共聚焦內鏡具體方法是在內窺鏡頭端整合一個共聚焦雷射探頭，通過特殊的螢光劑，使用雷射激發產生人體局部組織學圖像的裝置。目前該裝置為原Pentax公司獨家生產，國內已經開始將其運用到胃鏡和結腸鏡的檢查當中。目前的臨床實踐表明該裝置對於某些胃腸道常見疾病，比如食管炎、Barrett食管、食管‘癌、胃炎、胃腸上皮化生、胃不典型增生、潰瘍性結腸炎、結腸息肉、結腸癌，尤其是較小病灶以及早期胃腸道腫瘤的診斷具有快速、準確的優勢，並有可能在未來替代傳統的內鏡活檢與病理學檢查。
目前開展該檢查項目的單位包括山東大學齊魯醫院和北京301醫院等多家醫院，其中山東大學齊魯醫院是國內最早開展共聚焦雷射顯微內鏡的醫療單位，在胃腸道疾病的共聚焦顯微內鏡診斷方面積累了豐富的經驗，已經在國際學術期刊上發表相關學術論文多篇。
共聚焦雷射顯微內鏡的準備和操作與一般內窺鏡檢查大致相同，唯需要在檢查過程中使用特殊的螢光劑，如靜脈注射螢光素鈉，和局部噴灑吖啶黃溶液。當前的臨床實踐證明，螢光素鈉僅在一少部分人中發生皮疹、瘙癢類的不良反應，大多較輕，經抗過敏治療後均可好轉。無其他不良反應報導。
