本跡之說,原為姚秦鳩摩羅什三藏門下之僧肇、僧睿等大師所倡,僧肇早年崇信老、莊,精通《易經》,讀《維摩經》,欣賞不已,遂於鳩摩羅什門下出家,擅長般若學,以道家的本跡思想解般若,被人稱其“解空第一”。
僧肇會通中外思想,以玄解佛的思辨方式,在佛教史上首創中國化的佛教哲學般若學思想體系,成為佛教中國化的一個重要里程碑。他的佛學與經學關係極大。《肇論》各篇,無論內涵還是方法上,受王弼、郭象、易學影響極深。三教行本跡謂如上理事之教。皆名為本。稟教修行。名之為跡。故名教行本跡。四體用本跡謂如上稟教修行契理。證於法身之體為本。即法身之體。起應身之用為跡。故名體用本跡。五權實本跡謂最初實得法應二身。皆名為本。中間化度眾生。數數唱生唱滅。種種權施法應二身。皆名為跡。故名權實本跡。(最初得法應二身者。謂佛於過去無數劫前。最初破無明惑。證法性身而起套用也。中間者。謂過去世初成佛時。乃至於今菩提樹下示成正覺之中間也。)六今已本跡今即是本。謂法華經從地湧出品已後。所說久遠理事乃至權實。皆名為本。已即是跡。謂法華經從安樂行品已前。及華嚴鹿苑方等般若。已說事理權實等法。皆名為跡。故名今已本跡。