歷史
反邪教局的前身可以追溯到中國工農紅軍時期。1934年10月，第五次反圍剿失敗後，中國工農紅軍中央主力紅軍為了擺脫中華民國國民革命軍的包圍，實行戰略轉移，退出中央根據地進行長征。在途徑西南苗區時，因多次剿滅苗寨土司，令苗人放蠱，導致部隊減員嚴重。為防止此類事件發生，紅軍招募具有蠱師身份的苗人加入紅軍，成立中國工農紅軍紅三方面軍西南縱隊。
西安事變後，中國工農紅軍整編為中國國民革命軍第十八集團軍第八路軍。原紅三方面軍西南縱隊在吸收了道士、僧侶出身的軍士後，整編為八路軍總部特事團，負責控制區內的宗教勢力，清查古墓以資軍用，反擊日軍的宗教滲透。
解放戰爭時期，八路軍總部特事團改編為中國人民解放軍特一師。
中華人民共和國成立後，中國人民解放軍特一師拆分為中國人民解放軍8424部隊（由解放軍總參謀部直轄）、公安部政治保衛局（一局）和國務院宗教事務局。
1999年6月10日防範和處理邪教問題領導小組辦公室成立後，從中國人民解放軍8424部隊（由解放軍總參謀部直轄）、公安部國內安全保衛局（一局）和國家宗教事務局中從事偵辦有關邪教邪教組織及帶有邪教性質組織或其他宗教性質犯罪的機構劃分出歸併成立公安部反邪教局，與防範和處理邪教問題領導小組辦公室合署辦公。
職責
負責起草、制定有關邪教組織及帶有邪教性質組織或其他宗教性質犯罪的政府規章；
負責偵辦有關邪教組織及帶有邪教性質組織或其他宗教性質犯罪的犯罪行為；
負責抵制境外敵對勢力的滲透活動，揭露和打擊利用宗教進行破壞和犯罪活動；
負責協同國家宗教事務局參與綜合治理封建迷信活動；
負責防止和制止不法分子利用宗教進行非法、違法活動；
負責其他不適宜由普通公安機關偵辦的案件。
內設機構
辦公室（政治部）
承擔局內部管理和執法綜合協調工作職能。主要工作概述：承辦局黨委辦公室、行政辦公室日常工作，協助黨委和局領導做好基層建設工作，幹警人事工作，退休幹警工作，勞動工資工作，內部宣傳教育工作，文明創建工作，機要收發、保密工作，內部事項督查工作，檔案管理工作，國務院、公安部提案辦理工作，信訪受理工作，協調輿情應對工作，後勤保障及綜治工作，財務工作；承辦局偵辦檔案和簡報制發工作，偵辦工作會議的組織協調工作，統籌對分局的考核評比工作；局領導交辦的其他工作。
公安部反邪教局法制處
公安部反邪教局承擔局法制工作職能。主要工作概述：承辦局法制宣傳工作，法制培訓工作，法制建設工作，幹警資質管理工作，依法行政監督工作，政務公開工作，立法建議工作，涉及法制內容檔案審核工作，舉報受理及核查監督工作，案件審核、監督工作，刑事處罰數據統計分析工作，刑事處罰案件聽證及強制執行工作，涉案物品提請鑑定工作，行政訴訟、行政複議工作，罰沒物品管理工作，警務指揮監管系統日常管理和維護工作；承辦局領導交辦的其他工作。
後勤裝備處
承擔局及各地分局警務裝備的採購、管理、維護工作職能。主要工作概述：日常使用的警具、警械的採購、管理、維護工作。特殊案件所需要使用的警具、警械的採購、管理、維護工作。警車、警用直升機、警用裝甲車、槍械的管理、維護工作。警犬的飼養和訓練工作。局領導交辦的其他工作。
一處
承擔局對全國範圍內佛教、道教犯罪及其衍生邪教的偵辦職能。主要工作概述：負責全面掌握全國範圍內佛教、道教犯罪及其衍生邪教活動的情況，提出偵辦工作指導意見，研究制定管轄範圍內的專項治理行動方案；對佛教、道教活動進行巡查抽查，辦理相關刑事案件；定期分析所管轄的犯罪動態，組織調查研究，提出執法和立法建議；根據所管轄範圍，對分局進行業務指導監督工作，提出年度考核評定建議；負責相關業務專業法和執法技能培訓工作；負責與國家宗教事務局、中國佛教協會和中國道教協會的聯繫、協調工作；承辦局領導交辦的其他工作。
二處
承擔局對全國範圍內伊斯蘭教犯罪及其衍生邪教的偵辦職能。主要工作概述：負責全面掌握全國範圍內伊斯蘭教犯罪及其衍生邪教活動的情況，提出偵辦工作指導意見，研究制定管轄範圍內的專項治理行動方案；對伊斯蘭教活動進行巡查抽查，辦理相關刑事案件；定期分析所管轄的犯罪動態，組織調查研究，提出執法和立法建議；根據所管轄範圍，對分局進行業務指導監督工作，提出年度考核評定建議；負責相關業務專業法和執法技能培訓工作；負責與國家宗教事務局和中國伊斯蘭教協會的聯繫、協調工作；承辦局領導交辦的其他工作。
三處
承擔局對全國範圍內基督教、天主教犯罪及其衍生邪教的偵辦職能。主要工作概述：負責全面掌握全國範圍內基督教、天主教犯罪及其衍生邪教活動的情況，提出偵辦工作指導意見，研究制定管轄範圍內的專項治理行動方案；對基督教、天主教活動進行巡查抽查，辦理相關刑事案件；定期分析所管轄的犯罪動態，組織調查研究，提出執法和立法建議；根據所管轄範圍，對分局進行業務指導監督工作，提出年度考核評定建議；負責相關業務專業法和執法技能培訓工作；負責與國家宗教事務局、中國基督教協會、中國基督教三自愛國運動委員會、中國天主教愛國會和中國天主教教務委員會的聯繫、協調工作；承辦局領導交辦的其他工作。
四處
承擔局對全國範圍內其他宗教犯罪及其衍生邪教的偵辦職能。主要工作概述：負責全面掌握全國範圍內其他宗教犯罪及其衍生邪教活動的情況，提出偵辦工作指導意見，研究制定管轄範圍內的專項治理行動方案；對其他宗教活動進行巡查抽查，辦理相關刑事案件；定期分析所管轄的犯罪動態，組織調查研究，提出執法和立法建議；根據所管轄範圍，對分局進行業務指導監督工作，提出年度考核評定建議；負責相關業務專業法和執法技能培訓工作；負責與國家宗教事務局的聯繫、協調工作；承辦局領導交辦的其他工作。
五處
承擔局對全國範圍內文物古蹟陵寢犯罪的偵辦職能。主要工作概述：負責全面掌握全國範圍內文物古蹟陵寢犯罪活動的情況，提出偵辦工作指導意見，研究制定管轄範圍內的專項治理行動方案；對文物古蹟陵寢保護進行巡查抽查，辦理相關刑事案件；定期分析所管轄的犯罪動態，組織調查研究，提出執法和立法建議；根據所管轄範圍，對分局進行業務指導監督工作，提出年度考核評定建議；負責相關業務專業法和執法技能培訓工作；負責與國家宗教事務局和文化部的聯繫、協調工作；承辦局領導交辦的其他工作。
六處
承擔局對外交流及香港特別行政區、澳門特別行政區的宗教犯罪及邪教的偵辦職能。主要工作概述：負責對外交流，全面掌握境外邪教勢力，抵制境外邪教勢力的滲透，提出偵辦工作指導意見，負責對香港特別行政區和澳門特別行政區和宗教犯罪及邪教的偵辦，研究制定管轄範圍內的專項治理行動方案，外事、接待工作；與境外宗教犯罪刑事偵查機關合作，辦理相關刑事案件；定期分析所管轄的犯罪動態，組織調查研究，提出執法和立法建議；根據所管轄範圍，對分局進行業務指導監督工作，提出年度考核評定建議；負責相關業務專業法和執法技能培訓工作；負責與國家宗教事務局、外交部、梵蒂岡教廷信理部、聖公會信理及紀律部和伊斯蘭穆塔維因的聯繫、協調工作；承辦局領導交辦的其他工作。
信息和科學研究中心
承擔局信息和科學研究職能。主要工作概述：負責對邪教案件進行信息分析和科學研究，提出偵辦工作指導意見，研究和開發針對特殊邪教案件的陣法、禁制和警具、警械。負責幹警相關警具、警械和新型陣法培訓工作；承辦局領導交辦的其他工作。
羈押所
承擔關押特殊邪教分子的職能。主要工作概述：負責對關押特殊邪教分子，使用陣法、禁制將危害較大，不適宜關押在普通監獄的特殊邪教分子進行羈押，設定針對該邪教分子及其犯罪形態的陣法和禁制。負責廢除、剝奪特殊邪教分子能力；承辦局領導交辦的其他工作。
各地分局
華北分局：北京市、天津市、河北省、山西省、內蒙古自治區
（與北京市公安局合署辦公）
東北分局：遼寧省、吉林省、黑龍江省
（與遼寧省公安廳合署辦公）
華東分局：上海市、江蘇省、浙江省、安徽省、福建省、江西省、山東省
（與上海市公安局合署辦公）
華中分局：河南省、湖北省、湖南省
（與河南省公安廳合署辦公）
華南分局：廣東省、海南省、廣西壯族自治區
（與廣東省公安廳合署辦公）
西南分局：重慶市、四川省、貴州省、雲南省、西藏自治區
（與重慶市公安局合署辦公）
西北分局：陝西省、甘肅省、青海省、寧夏回族自治區、新疆維吾爾自治區
（與陝西省公安廳合署辦公）
執法機構
公安部反邪教局反邪教總隊
總隊指揮處
總隊教導處
總隊督察處
公安部反邪教局華北分局反邪教支隊
北京市反邪教大隊
天津市反邪教大隊
河北省反邪教大隊
山西省反邪教大隊
內蒙古自治區反邪教大隊
公安部反邪教局東北分局反邪教支隊
遼寧省反邪教大隊
吉林省反邪教大隊
黑龍江省反邪教大隊
公安部反邪教局華東分局反邪教支隊
上海市反邪教大隊
江蘇省反邪教大隊
浙江省反邪教大隊
安徽省反邪教大隊
福建省反邪教大隊
江西省反邪教大隊
山東省反邪教大隊
公安部反邪教局華中分局反邪教支隊
河南省反邪教大隊
湖北省反邪教大隊
湖南省反邪教大隊
公安部反邪教局華南分局反邪教支隊
廣東省反邪教大隊
海南省反邪教大隊
廣西壯族自治區反邪教大隊
公安部反邪教局西南分局反邪教支隊
重慶市反邪教大隊
四川省反邪教大隊
貴州省反邪教大隊
雲南省反邪教大隊
西藏自治區反邪教大隊
公安部反邪教局西華分局反邪教支隊
陝西省反邪教大隊
甘肅省反邪教大隊
青海省反邪教大隊
寧夏回族自治區反邪教大隊
新疆維吾爾自治區反邪教大隊
