個系兩個專業，其目的是培養動物飼養及獸醫兩個專業的高級技術人才，為內蒙古廣大牧區的畜牧事業服務。中央人民政府主席毛澤東同志簽署任命了第一任院長。建校之初，全院有教師12人，其中教授4人、副教授1人，學生126人。1958年8月，學院增設農學系，在畜牧系增設全國第一個草原專業。1959年2月，內蒙古農牧學校、農業幹部學校、牧業幹部學校併入內蒙古畜牧獸醫學院。1960年9月，內蒙古畜牧獸醫學院更名為內蒙古農牧學院。
1958年11月，內蒙古林學院在內蒙古扎蘭屯市成立，這是為適應內蒙古作為全國林業生產基地的需要，黨和國家在少數民族地區建立的第一所高等林業院校。當時學院有3個系4個專業：林學系、森林採伐運輸工業系和林產加工工藝系，有專任教師43人，其中包括來自東北林學院和北京林學院的10名教師。1960年8月，內蒙古林學院從扎蘭屯市遷至呼和浩特市。
1999年，經內蒙古自治區政府決定，教育部批准，內蒙古農牧學院和內蒙古林學院合併組建內蒙古農業大學。兩校悠久的辦學歷史、豐富的辦學資源、寶貴的辦學經驗不僅為內蒙古農業大學的可持續發展奠定了堅實的基礎，也為內蒙古自治區高等教育辦學體制改革提供了可資借鑑的經驗。2000年，內蒙古農業大學被確定為國家西部大開發重點支持建設的14所院校之一，被教育部批准為聯合建設的“國家大學生文化素質教育基地”院校之一。同時，內蒙古農業大學也是國家草業學會會長單位。學校下設的職業技術學院是全國高等職業技術教育示範院校建設單位。
