上世紀30年代,軍閥割據,戰亂頻繁。潛伏在湖南一帶、以牙科醫生為掩護的日本間諜渡邊四郎早就知道禪師肉身的價值,便乘亂毒死寺內的小和尚,將元際禪師肉身移放在寺廟外,隱藏了起來。不久,該寺廟毀於兵火,世人都以為禪師的肉身也一起遭劫了。
抗日戰爭末期,渡邊見日本侵華軍的大勢已去,便偷偷地將肉身偽裝成貨物,裝船經上海偷偷運到日本。
開始,輾轉放置在他所在的鄉間,後來移置在東京郊外一座小山的地下倉庫里,秘而不宣。1947年,渡邊病重身死,人們在清理遺物時,從他的日記本中得知這一重大秘密。當局立即派人打開倉庫,只見禪師盤腿如坐,雙目有神,儼如活人。專家認為,一般木乃伊的保存,是人工藥物制的“軀殼”,並不太奇。但暴露於空氣中的肉身千年不朽,實為世界唯一奇蹟。經檢查,禪師腹內無污物,體內滲滿了防腐藥物,嘴及肛門均被封住,這些可能都是肉身不朽的基本原因。至於他臨終前飲用的大量湯藥究竟是什麼草藥,已經無從考究了。
元際禪師的肉身現存於橫濱鶴見區總持寺,並被視為日本“國寶”。