概念介紹
忽必烈即位以後， “採取故老諸儒之言，考求前代之典，立朝廷而建官府”。他沿襲宋、金的制度，建立一套比較完整的官僚機構。這套機構與其他各朝有相同之處，但也有其特殊設定。自忽必烈建立這套官僚機構後，終元一代，未曾作太大的交易。這個機構的中樞權力主要掌握在中書省、樞密院、御史台三個部門手中。
中書省
元朝建立以前，蒙古大汗任用各族的文士為必闍赤，起草文書，並協助大汗和蒙古官員處理各地政務。管理中原事務的必闍赤耶律楚材等人，依照漢地的習慣，便以中書省的官銜稱之。忽必烈建國後，正式建立中書省總理政務，中書省的最高長官為中書令，必以皇太子任之。《元史·百官志》載：“中書令一員……世祖以太子兼之；至元十年（公元1273年），立皇太子，行中書令。大德十一年（公元1307年），以皇太子領中書令。延祐三年（公元1316年），復以皇太子行中書令”，元末陶宗儀在《南村輟耕錄》卷22中說：“惟皇太子立，必兼中書令，樞密使”，均可作為中書令為皇太子兼職之明證。皇太子兼職僅虛領其銜而已，實權則歸之右左丞相，《元史·百官志》載：“右丞相、左丞相各一員……統六官，率百司，居令之次，令缺，則總省事，佐天子，理萬機”。蒙古人尚右，故丞相中以右丞相為尊。據《元史·仁宗紀三》載，延祐四年（公元1317年），仁宗任命合散為右丞相，“合散言：‘故事丞相必用蒙古勛臣，合散回回人，不厭人望’，遂懇辭；制以宣徽使伯答沙為中書右丞相，合散為左丞相”。這段記載，說明了右丞相為中書省的最高長官，也證實了中書省之長只限於蒙人為之。右左丞相之下，有平章政事4人，從一品、掌機務、為丞相之副，凡軍國重事，無不由其決之。其下又有右左丞各1員，正二品，輔佐宰相裁決庶務，號稱左右轄；參政2員，從二品，佐宰相以參大政，其職位次於右左丞。這些設定與金之尚書省制略同。與漢制明顯不同的是右居上，左居下。此外，還有參議中書省事，秩正四品，典左右司文牘，凡軍國重事可參預裁決。左右司郎中的設定則與漢制同，左居上，右居下。
元代中書省元世祖至元七年（公元1270年）定製，在中書省之下設吏、戶、禮、兵、刑、工六部，並於各部設尚書3員，正三品，侍郎2員，正四品，郎中2員，從五品，員外郎2員，從六品，分理政務。其中吏、戶、禮、刑、工五部之職掌略如宋、金，唯有兵部所掌特異前代，《元史·百官志一》說：“兵部……掌天下郡邑郵驛屯牧之政令。凡城池廢置之故，山川險易之圖，兵站屯田之籍，遠方歸化之人，官私芻牧之地，駞馬、牛羊、鷹隼、羽毛、皮革之徵，驛乘、郵運、祗應、公廨、皂隸之制，悉以任之”。可見兵部所掌皆為政務，而元代之軍務則統歸樞密院掌之。
樞密院
蒙古建國之初，由大汗及宗王各自統率軍兵，怯薛協助處理軍務，並無專設總領全軍的機構。元朝建立之後，沿宋、金舊制，於中統四年（公元1263年）五月，設樞密院，專掌軍務。《元史·百官志二》載：“樞密院，秩從一品，掌天下兵甲機密之務……世祖中統四年，置樞密副使二員，僉書樞密事一員”，《百官志》沒有樞密院使官名的記載，有人懷疑元代無樞密院使這一官稱，其實不然，《元典章》卷7“職官條”就明舉樞密使之名。《元史·世祖紀》：“（至元二十三年），銓定省，院，台，部官……樞密院除樞密院使外，同知樞密院事一員”。同書《董文忠傳》：“（至元）十六年（公元1279年）十月，奏曰：陛下始以燕王為中書令、樞密使”。《南村輟耕錄》也有“皇太子立，必兼中書令樞密使”之言。從這些記載可知元代確有樞密院使其官。但這一職務不授於一般大臣，倒由皇太子領其虛銜。《元史·世祖紀》：“中統四年五月乙酉，初立樞密院，以皇子燕王守中書令兼判樞密院事”。同書《裕宗傳》：“至元十年（公元1273年）二月，立為皇太子，仍兼中書令，判樞密院事”。所謂“判樞密院事”就是兼樞密院使之意。可見皇太子也領樞密院使之虛銜，而握實權者，則是同知樞密院事、樞密院副使等官。
元代制度，管軍政及武器的官吏專由蒙古人任之。色目人已極少，而漢人、南人更是絕不擔任。《黑韃事略》徐《疏》說：“若行軍用師等大事，祗韃主自斷：又卻與其親骨肉謀之，漢兒及他人不與也”。《元史·兵志序》也說：“以兵籍系軍機重務，漢人不閱其數，雖樞密近臣，職專軍旅者，惟長官一二人知之。”所以，有元一代，沒有一個漢人知機密院事。僅在元初（即至元元年至四年）趙壁與史天澤兩人任過短期的樞密院副官，這是由於世祖初年為了利用漢人之力以征服漢人的需要而任之。
延祐二年（公元1315年），仁宗為了鞏固政權，在其儒師王約壽辰的時候拜他為樞密副使（“為副樞首”。楊瑀《山居新話》卷三），主持軍務。《元史》載：拜樞密副使，視事，明日召見賜酒，帝謂左右曰：“人言彥博老病，朕今見之，精力尚強，可堪大任也。”是夕，知院駙馬塔失帖木兒宿衛，帝戒之曰：“彥博非汝友，宜師事之。” 延祐三年仁宗立自己的兒子孛兒只斤·碩德八剌為皇太子。按例皇太子領樞密院使之虛銜， 直到至治元年（公元1321年），英宗即位，帖木迭兒再次任相，王約才辭職不出，共任樞密副使六年。
樞密院建置之初，以皇子真金為院使，其下僅置副使2人，僉書樞密事1人。至元七年（公元1270年），在副使之上置同知樞密院事1人，僉書樞密院事之下，置院判1人，機構漸趨完備。至元二十三年（公元1286年），增置僉書樞密院事1人。次年，在同知樞密院事之上置知樞密院事1人，為該院之首官。此後，員額雖有增減，但設官則無變化。
元代的樞密院還有一些制度特異於前代的：即自置院之初，四宿衛（即四怯薛）即各派代表一人參預院議，四宿衛是皇帝身邊的護衛，因其承擔職務的重要，故參預樞密院議事，這是可以理解的。至元二十八年（公元1291年）以後中書省也派平章政事2人參決院事，其用意就不甚清楚了。《百官志》稱參預院議之平章為議事平章。這種制度至武宗至大三年（公元1300年）廢止。
御史台
元代御史台忽必烈召見由廉希憲推薦的漢人張雄飛，當議論到任職者多非其材，政事廢弛時，張雄飛建策設立御史台“為天子耳目”。同時，西夏儒者高智耀也向忽必烈建議，仿效前代，置御史台。忽必烈接受他們的建議，於至元五年（公元1268年）七月，初立御史台。以中書省右丞相塔察兒為御史大夫。御史大夫以下，設御史中丞，侍御史，治書侍御史。御史台的長官，照例也是專用蒙古人《元史·太平傳》載：“（至正）六年（公元1346年）拜御史大夫。故事台端非國姓不以授，太平固辭，因特賜姓而改其名”。太平非蒙古族，順帝任命他為御史大夫，還得“賜姓而改其名”才行，可見非蒙古人不可任其職。
御史台設立時，忽必烈詔諭說：“台官職在直言，朕或有未當，其極言無隱”。御史台不僅“糾察百官善惡”，也有指陳“政治得失”的職責。忽必烈敕令中書省、樞密院，凡事要與御史台官員同奏，這與宋制略有不同。御史台建立後不久，曾奏言：數月間“追理侵欺糧粟近二十萬石”。可見，撿括、料理財賦也是御史台的重要責任。
御史台之下設殿中司和察院，殿中司由殿中侍御史統領，主管糾察朝廷百官。察院設監察御史若干人，“司耳目之寄，任刺舉之事”。
御史台稱內台（又稱為中台），另設“行御史台”，置官品秩同於內台，稱為外台。至元十四年（公元1277年），始置於揚州，稱江南行御史台。二十一年（公元1284年）閏五月遷於杭州，二十二年（公元1285年）二月又徙於江州，同年五月，再徙杭州。二十三年（公元1286年）四月徙建康，二十六年（公元1289年）五月復徙揚州。至元二十七年（公元1290年），置雲南諸路行御史台，至此始有二行台。大德元年（公元1297年），移雲南行台於京兆，稱陝西行台，而雲南改立廉訪司。
元建國初，曾立提刑按察司四道（即山東東西道，河東陝西道，山北東西道，河北河南道），分隸於御史台、行御史台，掌管監督糾劾地方官吏之不法行為，兼勸農事。至元二十八年（公元1291年）二月改稱肅政廉訪司，後來增至二十二道：內道八，隸御史台；江南十道，隸江南行台；陝西四道，隸陝西行台。
宣政院
忽必烈在漢地立國建都後，仍然十分注意保持和發展蒙古民族的語言和文化。中統元年（公元1260年）十二月，忽必烈封吐蕃薩迦的八思巴為“國師”，命八思巴率領一些吐蕃語言文學者重新創製蒙古文字。至元六年（公元1269年）二月，新字製成，由忽必烈正式頒行，並加八思巴為“帝師”、“大寶法王”，統領全國佛教。朝廷立總制院，管領佛教僧徒及吐蕃境內事務，仍以“帝師”八思巴統領之。《元史·百官志三》載：“至元二十五年（公元1288年），因唐制吐蕃來朝見於宣政殿之故，更名宣政院。置院使二員，同知二員，副使二員，經歷二員，都事四員，管勾一員，照磨一員”。院使由朝廷命官任領。吐蕃有事，另設分院往治。宣政院的官員，僧俗並用，是元朝設立的一個特殊機構。它既是管理全國佛教的事務機關，又是直接統領吐蕃的政務和軍事。元明宗天曆二年（公元1329年），罷功德使司歸宣政院。設定院使10員，從一品，同知2員，正二品，副使2員，從二品。
機構創新
此外，中樞機構中還有一些設定有異於前代，必須提及的：
元代特別重視宗教，對於佛寺大加保護，特設總管機構“大禧宗禋院”，有院使、副使等官。所屬各大寺院設總管府（如“南鎮國寺”，設龍禧總管府；大“護國仁王寺”，設會福總管府；“大承天護聖寺”，設龍祥總管府等）。此外還設有田賦提舉司、營田提舉司、財用所、民佃提領所、香戶提舉司、營繕司等。在這方面幾乎政教不分，而以正式官署管理寺院事務也是前代所未有的。
歷代掌管宮廷器用之製作多為少府監所屬官署。而將作監則掌管公用之建築。元代升將作監為將作院，專司宮廷器用及衣冠服飾之製作。其所轄各種工藝品的作場也是非常繁多的，依其種類分設三個總管府掌管：一、諸路金玉人匠總管府。所屬有玉局提舉司、金銀器盒提舉司、瑪瑙提舉司、金絲子局、帶斜皮局、瓘玉局、浮梁磁局、畫局、裝釘局、大小雕木局、溫犀玳瑁局、漆紗冠冕局等。二、異樣局總管府。所屬有異樣紋繡提舉司、異樣織染提舉司、紗羅提舉司等。三、大都等路民匠總管府。所屬有備章總院、尚衣局、御衣局、織佛像提舉司等。
關於宮廷的職事，專供皇后的有中政院，所屬有中瑞司、內正司、正翊司等。專供太后的有徽政院；供應太子的有儲政院。總之，元代的皇后、太后、太子諸王都可以有領地，有丁口，國官與宮官交錯設定，政令分歧，是歷史上所僅見的奇特現象。
元代所設各院，與傳統比較接近的是：太常禮儀院、典瑞院、太史院、太醫院（其所屬有惠民局及醫學提舉司，是有關醫療事業與醫學教育的）。
元末設定的奎章閣及藝文監，專掌書畫鑑定及刊布圖籍之事，也是前所未有的特設機構。
元代的驛站制度特別發達，因此而特設通政院以管理全國驛站之事，而於各路置脫脫禾孫一官以辨奸偽。
其他機構
其他元代中央官僚機構中，省、院、台之權最重，一管政事、一管軍務、一管監察。除此之外，還有一些機構，分掌他職。主要有：
大司農司
大司農司，乃沿用前朝之制。至元七年（1270年）設立，凡農桑、水利、學校、饑荒之事，悉掌之。①因中原地區以農業生產最重要，關係國計民生，故而立司以鼓勵農業生產。置有大司農、司農卿、司農丞等職官。其下，又轄有籍田署、供膳司等機構。
翰林兼國史院
翰林兼國史院，元代中央的御用文化機構之一。至元元年設立。其職官有翰林承旨、翰林學士、翰林侍讀學士、侍講學士、翰林直學士等。主要負責為帝王草擬詔令，修撰諸帝實錄，編纂國史等事務。一度曾將集賢院合併於此，但不久重行析出。其任官者，皆為一時之文化名流。此外，又有蒙古翰林院，專掌有關蒙古文字之事務。亦設有翰林承旨、翰林直學士、翰林待制、翰林修撰等職官。
集賢院
集賢院，為元代中央主掌教育事務的機構。初合於翰林國史院。到至元二十二年，乃析出。其職官有大學士、學士、直學士等。負責管理全國的學校事務，並負責徵召各地人才。又兼管屬於道教及陰陽占卜等類別的宗教事務。在大都的元代最高學府國子監、學與興文署，亦直接歸於集賢院管轄。
太常寺
太常寺，中統元年（1260年）設立。亦曾一度合於翰林院。到至元九年，乃有定製。置有太常卿、太常少卿、太常博士等職。一度又將侍儀司併入，後亦析出。主要負責宗廟、社稷的祭享之事，以及帝王、百官等死後的封贈諡號等事.其下轄有太廟署、大樂署等機構。
司天監太史院
司天監、太史院，為元代主管天文、曆法的官僚機構。中統元年，因襲金朝舊制，設立司天台，以掌曆法、天象諸事。至元八年升為監，又在上都（今內蒙古正藍旗境）設立行監。此後，因修訂《授時曆》，又設定了太史院，與司天監並立，而有所分工，頒歷之政歸院，學校之設隸台。
同時，還設有回回司天台，負責用回回之方法觀測天象，頒行回回曆書諸事。
太醫院
太醫院，為元代掌管醫學及醫療事務的最高機構。世祖即位之初，乃仿窩闊台汗時之制，僅置宣差，以管理所轄之太醫，為帝王及蒙古貴族服務。至元二十年，正式設立官署，稱尚醫監。兩年後改為太醫院。設有院使、副使、判官等職官，多以全國著名醫師出任。又將廣惠司、御藥院、行御藥院、大都惠民局、上都惠民局、醫學提舉司等各種醫療機構都轄於其下。
通政院
通政院，為元代掌管驛傳事務的最高機構。蒙古立國之初，窩闊台汗設立驛傳之制，以便於國家信使之往還。為糾察不法之徒，曾設有脫脫禾孫之官，以掌驛政。世祖忽必烈即位後，於至元七年設立諸站都統領使司，以掌驛政。至元十二年，改為通政院。翌年，又分置於大都、上都二處。大都之院以掌中原之驛政，上都之院以掌漠北驛政。
崇福司
崇福司，為元代新創立的宗教管理機構之一。時既設集賢院兼掌道教諸事，又設宣政院兼領佛教之務。此外，因大批色目人進入中原，故而受其尊奉的伊斯蘭教、基督教也隨之而傳入中原。為此，世祖忽必烈於至元二十六年設該司。專掌此二種宗教之事務。其職官有司使、同知、副使、司丞等。
秘書監
秘書監，即元代的國家圖書館。主要負責管理、收藏由政府收集到的歷代圖書和各種陰陽禁書。其職官有秘書卿、太監、少監、監丞等。一般由世家、名宦子弟出任。
都水監
都水監，為元代專掌水利、河防、橋樑等事務的機構。至元二十八年始置。設有都水監、少監、監丞等職官。其下，則轄有河道提舉司。此外，元代的中央機構中，還有將作院、武備寺等機構，掌管大批手工工匠，生產各種手工製品，以供蒙古統治者及政府的日常需要。其下轄機構十分龐雜，在此不一一述及之。
元代設官特點
元代設官有以下幾個特點：
第一，除最高機構外，一般中外軍民官署皆在主官之外設一達魯花赤，主要由蒙古人擔任，特別是外官，自總管府以至府、州、縣行政實權皆操在達魯花赤之手。
第二，自仁宗始，開科取士，分蒙古人、色目人與漢人、南人為兩榜。雖已稍變初期專用蒙古人擔任要職的做法，但南榜進士最多做到御史台及六部尚書為止，最高職位仍限於蒙古族人。
第三，事務官及吏員比較充實，其地位也有所提高，例如都事及令史等，往往都有發言任事之權。這是由於蒙古高級官吏對情況不夠熟悉，能力薄弱，不得不假手於這些低級職員。
第四，工藝技術官司之設定十分繁瑣，這是由於元代手工業發達，有匠戶組織的緣故。
