主要職責：
(一)貫徹執行國家和省衛生工作的方針政策和法律、法規;制定全區衛生工作巨觀指導政策、衛生標準和技術規範,並監督實施;依法對全區各級各類醫療衛生機構實施監督管理,研究指導醫療衛生機構運行機制改革,完善衛生服務體制。
(二)編制並指導實施全區衛生事業發展規劃,擬定衛生經濟政策和管理辦法,統籌規劃和協調全區衛生資源的配置,統籌協調和指導區域衛生規劃的實施;負責區級衛生單位基本建設和局屬單位國有資產及全區衛生專項投資的監督管理工作。
(三)依據衛生法律法規,監督管理傳染病防治和食品、職業、環境、學校、放射、公共場所、化妝品衛生;依法對各級各類醫療衛生機構和衛生人員進行監督管理和監督執法;普及衛生法律法規知識;負責衛生行政複議和對衛生執法的監督。
(四)研究擬定醫學科技發展規劃,負責醫學科技情報、科研項目的管理及組織技術開發和推廣運用工作;制訂全區衛生行業的在職教育培訓規劃並指導、檢查實施。
(五)貫徹落實中醫、中醫中藥結合、中西醫結合的方針、政策,制訂全區中醫發展規劃;會同有關部門推進中醫藥的繼承與創新,實現中醫藥現代化。
(六)貫徹預防為主方針,組織開展全民健康教育。制訂嚴重危害人群健康疾病的防治規劃並檢查、監督實施;加強對重大疾病包括傳染病、慢性非傳染性疾病、地方病、寄生蟲病、職業病的防治;負責全區愛國衛生工作的檢查、監督和指導。
(七)研究擬訂農村衛生、社區衛生服務、婦女兒童保健工作規劃和政策措施;指導基層衛生組織建設及初級衛生保健規劃的實施。
(八)制訂醫療衛生服務質量標準和服務規範並組織實施,負責各級各類醫療機構業務技術指導。 (九)研究制訂全區衛生人才發展規劃;指導全區衛生技術職務的評審和衛生專業技術隊伍的管理工作;開展衛生職業道德教育,加強行業精神文明建設。
(十)遇有重大突發事件和自然災害,組織調度全區各級衛生技術力量,組織搶救傷病員,對重大突發疫情、病情實施緊急處置,防止和控制疫情、疾病的發生和蔓延;組織接收國內外捐贈的救災防病藥品、設備、經費等。
(十一)承辦區政府交辦的其他事項。
機構設定：
內部科室
6個：辦公室、計財科、人事科、醫政科、衛生監督科、紀檢組（監察室、信訪室）；
直屬二級單位
7個：譙城區華佗中醫院、譙城區衛生防疫站、亳州市婦幼保健所、譙城區愛國衛生運動委員會辦公室、譙城區健康教育所、譙城區新型農村合作醫療管理局、亳州市衛生進修學校。
