行政區劃
2000年5月21日，經國務院批准，撤銷原亳州市，設立地級亳州市。亳州市轄渦陽縣、蒙城縣、利辛縣和新設立的譙城區；以原亳州市的行政區域為譙城區的行政區域。市人民政府駐新設立的譙城區。
譙城區國土面積2220平方公里，轄20個鎮，3個街道，2個鄉（林場），總人口165萬人。譙城區劃調整後，實施科教興區、城鎮化、外向帶動和可持續發展四大戰略，加快農業產業化和工業現代化進程；突出藥業特色，著力構築經濟發展新格局。
渦陽縣國土總面積2107平方公里，轄20個鎮，4 個街道，1鄉（林場），總人口154萬人。渦陽礦產資源雄厚，開發潛力巨大，地礦含煤面積1980平方公里，被列為全國13個億噸能源基地的第八主產區。
蒙城國土面積2091平方公里，轄12個鎮、3個街道、4個鄉（林場），人口134萬人。蒙城縣是淮北平原地區農業大縣、全國商品糧基地縣。
利辛縣國土面積1950平方公里，轄19個鎮、4個鄉（林場），共有157萬人。利辛自然資源豐富，是新崛起的能源大縣，境內盛產小麥、玉米、花生等。
主要職責
一、亳州市人民政府辦公室主要職責
（一）負責起草和審核以市政府、市政府辦公室名義發出的各類檔案、電報，管理市政府印章。
（二）負責市政府會議的籌備工作，組織落實會議決定的事項。
（三）負責督促、檢查市政府各部門和各縣、區政府對國家法律法規，國務院、省政府和市政府檔案、會議、指示、命令、決定及市政府領導重要指示的貫徹執行情況，並及時向市政府領導報告。
（四）研究市政府各部門和縣、區政府請示市政府的問題，提出審核意見，報市政府領導決定。
（五）負責協助市政府領導辦理需由市政府直接處理的突發性事件和重大事故。
（六）負責收集整理政務信息，準確及時地向上級政府和本級政府上報，並提出建議。
（七）負責市政府重大調查研究活動的安排組織工作，並提供具有前瞻性、可行性的調研報告，供領導決策參考。
（八）負責辦理省人大、省政協和市人大、市政協交辦的有關議案、建議、提案。
（九）負責協助處理人民來信來訪，及時向市委、市政府領導報告來信來訪中涉及的重要情況。
（十）負責市政府重要活動的安排組織工作；負責市政府值班、安全保衛工作。
（十一）負責行政事務、機關人事、思想政治工作，搞好後勤保障和服務工作。
（十二）負責市政府接待事務、對外聯絡事務，負責市政府駐外機構的管理和友好城市的締結及有關工作的辦理。
（十三）按規定辦理市政府辦公室和市政府駐外機構的中層幹部的任免工作。
（十四）負責市行政中心的安全保衛工作。
（十五）負責辦理市政府交辦的其他事項。
政府領導
主要領導及分工
杜延安同志 領導市政府全面工作。負責監察、審計等方面工作。
分管監察局、審計局。
劉輝同志 負責市政府常務工作。負責發展改革、財政、稅務、統計、物價、金融、編制、人力資源社會保障、住房城鄉建設、城管執法、城鄉文明創建、國土資源、環境保護、招商引資、政務公開、招投標管理、工商行政管理、食品藥品監督管理、國有資產監督管理、機關事務管理、應急管理、開發區建設、亳蕪現代產業園建設、區域經濟合作、高校等方面工作。
分管市政府辦公室、編辦、發展改革委、財政局、統計局、物價局、金融辦、人力資源社會保障局、住房城鄉建設委、城鄉規劃局、城管執法局、房產局（房改辦）、住房公積金管理中心、文明辦、國土資源局、環保局、招商局、公共資源招投標監督管理局（政務服務中心、政務公開辦）、工商局、食品藥品監督管理局、國資委、市直機關事務管理局、應急辦、經濟開發區管委會、亳蕪現代產業園區管委會、亳州師範高等專科學校、亳州職業技術學院、城市建設投資集團公司、亳州藥都地產公司、交通建設投資有限公司。
協助分管監察局、審計局。
聯繫亳州軍分區、國稅局、地稅局、國家統計局亳州調查隊、皖 北煤電集團駐亳辦事處、淮北礦業集團駐亳辦事處、淮北礦業集團亳州煤業股份公司、亳州眾合煤業有限公司、人民銀行亳州市中支、銀監分局，各商業銀行和保險、證券金融機構。
應國君：副市長。
秘書長：鄭超
魏黎耕同志 負責商務、外事、僑務、對台事務等方面的工作。
分管商務局、外辦（僑辦）、台辦、亳州機場建設辦、鐵路建設辦。協助劉輝同志分管發展改革委、招商局、財政局、國土資源局、亳州師範高等專科學校、亳州職業技術學院。
聯繫阜陽海關駐亳州工作組、國檢亳州辦事處（籌）。
馬露同志 負責農業、水利、林業、民政、扶貧、新農村建設、農業綜合開發、農業招商等方面工作。
分管農委、糧食局、水務局、林業局、民政局、供銷社、扶貧辦、新農村建設辦、農業綜合開發辦、婦兒工委。
聯繫氣象局、中儲糧亳州直屬庫、婦聯、團市委。
劉海石同志 負責公安、國家安全、信訪、司法行政、政府法制、仲裁等方面工作。
分管公安局、信訪局、司法局、法制辦、仲裁委秘書處。協助劉輝同志分管經濟開發區管委會、應急辦。
聯繫法院、檢察院、武警支隊。
王玉璽同志 負責教育、衛生、人口計生、文化、廣播電視、新聞出版、旅遊、體育、民族、宗教、人防、地震、地方志、紅十字會等方面工作。
分管教育局、衛生局、人口計生委、文化旅遊局（廣播電影電視局、新聞出版局）、體育局、民委（宗教事務局）、人防辦（地震局）、地方志辦、紅十字會辦公室、新聞辦、廣播電視台、文化旅遊發展公司。
聯繫文聯、社科聯。
高懷荃同志 負責科技、藥業發展、貿易促進、信息化等方面工作。
分管科技局（知識產權局、專利局）、藥業發展局、貿促會、殘聯、藥博辦、信息辦，協助劉輝同志分管食品藥品監督管理局。
聯繫科協、菸草專賣局、郵政管理局、石油分公司。
李軍同志 負責工業經濟、交通運輸、安全生產監督管理、質量技術監督等方面工作。
分管經委、交通運輸局、安全監管局、質量技術監督局。
聯繫工商聯、統戰部、總工會、供電公司、火車站、無線電管理處和電信公司、移動公司、聯通公司等在亳單位。
侯化同志在市長領導下，負責處理市政府日常工作。
領導市政府辦公室，分管經濟發展研究中心、檔案局（檔案館）、駐京聯絡處、對外聯絡服務辦公室。協助劉輝同志分管市直機關事務管理局。
2015年11月26日，亳州市三屆人大常委會召開第四十一次會議。會議表決並通過了有關人事任免事項，任命鄒桂武為市人民政府副市長；任命崔唯航為市人民政府副市長(掛職)；
