歷史發展
20世紀50年代初，駐菲蘇比克灣的美國軍隊無視中國主權，擅自將黃岩島開闢成為靶場。
1977年10月、1978年6月，中國科學院南海海洋研究所的科研隊還登上島進行考察活動。
1980年後，菲律賓政府將黃岩島劃在其200海里專屬經濟區內，但由於當時黃岩島由駐菲美軍實際控制，菲律賓並未提出主權要求。
從1997年開始，菲方多次出動軍艦和軍用飛機在黃岩島及其附近海域對民間組織的無線電探險活動進行跟蹤、監視和干擾。4月30日，菲國兩位眾議員公然搭乘海軍艦艇登上黃岩島，他們在島上豎旗立碑，並對中方人員進行攔堵和恫嚇。
1994年《聯合國海洋法公約》有關專屬經濟區的法規頒布實施後，菲律賓政府以黃岩島位於其200海里專屬經濟區內為理由，宣稱對黃岩島擁有海洋管轄權，後來又改為對黃岩島擁有主權。
1997年4月30日，中國無線電運動協會組織的中美日無線電探險隊登上黃岩島進行無線電探險活動期間菲律賓多次出動軍艦和軍用飛機對此進行跟蹤、監視和干擾。
1997年5月20日，一艘菲律賓海軍巡邏艇在黃岩島外11千米處拘捕了一艘準備航行到馬紹爾群島的中國漁船，拘留了21位中國漁民。
1997年8月5日，菲律賓和美國聯合在黃岩島附近舉行飛機和戰艦的實戰演習。
1998年1—3月，來自海南省瓊海市潭門鎮的瓊海00473和00372號以及中遠漁313和311號四艘漁船在兩個月時間內，相繼在黃岩島海域被菲海軍攔截，51位漁民同樣遭到“非法入境”的指控，被菲拘押近半年時間。
1999年5月23日，中國一艘漁船在黃岩島遭菲軍艦追擊並被撞沉，導致11名漁民落水。據報導，菲海軍在追趕漁船時，曾使用機槍掃射。中國外交部發言人就此向菲提出嚴正抗議和交涉。
1999年6月，菲律賓教育部在新版地圖中將黃岩島，連同整個南沙群島列入版圖。8月，菲政府把“南沙群島是菲律賓領土”列為修憲的內容，試圖以法律的形式進行領土擴張。
1999年11月3日，菲海軍一艘艦艇在黃岩島巡邏時擱淺。菲宣稱軍艦是在參加救援時發生故障，經中國多次交涉後，仍不將船隻拖走。
2000年1月6日，菲海軍又在黃岩島公然驅逐中國正常作業的六艘漁船。
1997年以來，菲海軍在黃岩島抓捕好幾批中國漁民，都以“非法入境”、“非法捕撈”等莫須有的罪名將他們移交司法機關處理。漁民們大都經歷了漫長的司法過程，甚至是鐵窗之苦，其間所受的折磨一言難盡。
2000年5月28日，菲海軍開槍射殺一名中國漁船船長。
2009年1月28日，菲律賓參議院三讀（即最後一讀）通過了2699號法案，即“制定菲律賓領海基線的法案”，該法案將中國所有的兩處島嶼劃為菲律賓所屬島嶼。
2009年3月10日菲律賓總統阿羅約不顧中國的反對，正式簽署“領海基線法”，將中國的南沙部分島礁和黃岩島劃入菲領土。中國駐菲大使館11日對此表示強烈反對和嚴正抗議。接下來，這一法案將被提交聯合國審議。但中菲學者都認為，聯合國是絕不會採納這一法案的。中國學者在接受採訪時表示，主權問題不容置疑，如果菲律賓在這個問題上繼續一意孤行，勢必造成雙方更多衝突。
2012年4月10日菲律賓海軍巴拉望號在海南省三沙市黃岩島海域抓捕12艘中國漁船上的中國漁民，正當菲律賓海軍在中國漁船上抓捕漁民時，中國海監船75號和海監船84號抵達，阻止菲律賓海軍帶走中國漁民和漁船，隨後中國漁政船和菲律賓海軍護衛艦開始對峙。
2013年2月19日，中方將菲方照會及所附通知退回。
2013年3月26日，菲律賓單方面將南海爭端提交國際海洋法法庭，而國際法庭欲“強行”仲裁南海爭端。
2013年4月初，中菲南海爭端並未提交至國際海洋法法庭，而是遵照《聯合國海洋法公約》的規定，並在爭端一方菲律賓的要求下，進入到爭端解決機制之一的“仲裁”程式中。
2013年7月16日，菲律賓外交部發言人表示，國際法庭對中菲南海爭端仲裁程式已經開始。
2014年10月3日，菲宣布暫停島上工程，等待國際仲裁。
2016年7月12日，菲律賓南海仲裁案仲裁庭作出非法無效的所謂最終裁決。中方多次聲明，菲律賓共和國阿基諾三世政府單方面提起仲裁違背國際法，仲裁庭沒有管轄權，中國不接受，不承認。
仲裁程式
提交仲裁
2013年3月下旬，菲律賓單方面將南海爭端提交國際海洋法法庭，而國際法庭欲“強行”仲裁南海爭端。
總部設在德國漢堡的國際海洋法法庭的書面回覆中說：中菲南海爭端並沒有提交至國際海洋法法庭，在《聯合國海洋法公約》(UNCLOS)附屬檔案七的規定下，菲律賓提起仲裁程式。因此，此案將由為此組成的仲裁庭來處理。
中菲皆是《聯合國海洋法公約》簽約國。《公約》設有四種爭端解決機制，分別是：國際海洋法法庭(ITLOS)，國際法院，《公約》附屬檔案七規定的“仲裁”程式，《公約》附屬檔案八規定的“特別仲裁”程式。
菲律賓即是根據《公約》附屬檔案七發起的仲裁機制，並非國際海洋法法院機制。新聞官朱麗葉·芮塔對本報說，在此案沒有進入《公約》其他爭端解決機制前，國際海洋法法庭不能就此置評。
中業島2013年4月，應菲律賓方面要求，中菲南海爭議仲裁庭組成。
2013年4月26日，外交部發言人華春瑩就菲律賓推進設立涉中菲南海爭議仲裁庭事做出發言。
2013年1月22日，華春瑩介紹，菲律賓向中方提交了就南海問題提起國際仲裁的照會及通知。中方不接受菲方所提仲裁。華春瑩強調，中方的上述立場不會改變。
中方一向堅決反對菲方的非法侵占，鄭重重申要求菲方從中國島礁上撤走一切人員和設施。
仲裁進程
2013年1月，菲律賓於向國際仲裁法庭提出訴訟，指控中國在至少5座南海島嶼進行填海造陸工程。同年8月，仲裁法庭要求菲方提交正式備忘錄，說明本方立場依據。中方則拒絕參與，並表示不接受菲方啟動的仲裁進程。由於中國拒絕承認該法庭管轄權，該法院對中國領土主權問題並無管轄權。
2014年3月，又向仲裁庭呈交多達約4千頁的陳情書，挑戰中國南海9段線效力，中國則多次重申，不接受、也不參與仲裁。此前菲律賓也曾在國際上申請仲裁。
2014年10月3日，菲律賓政府宣布暫停南沙群島所占島嶼上的一切維修工事，以免影響“南海仲裁案”裁決結果。
菲律賓停止了在南沙海域的所有施工活動，以此顯示在領土爭議問題上菲律賓希望站在道德制高點的決心。
菲律賓表示，中國在南中國海海域填海造陸，用這種方式擴大其領土。同樣對南中國海海域提出主權要求的台灣正在建設一個新的港口。馬拉西亞和越南也正在改進他們在這片海域的設施。
菲律賓軍隊曾計畫在南中國海空域和海域建設多項設施，另外的施工項目還包括住宿地點、燈塔和雷達站。
應菲律賓單方面請求建立的南海仲裁案仲裁庭書記處2016年6月29日稱，仲裁庭將於7月12日公布關於仲裁案的實體問題裁決 。
各方態度
菲方
菲律賓聲稱，中國對南海大片海域的主權主張“違反《聯合國海洋法公約》，應該被判無效”。埃爾南德斯說：“我們一直堅持的立場是，中國聲稱的‘九段線’在國際法上是擴張性的、過度性的和非法的。”他還表示，菲律賓總檢察部門將全力配合仲裁法庭，以確保仲裁流程公平、公正，並達成符合國際法的、具有約束力的判決。
如果海牙仲裁庭宣布對菲律賓提出的訴訟擁有管轄權，當局就會開庭審理。埃爾南德斯表示，總檢察部門將全力配合仲裁法庭，“以確保仲裁流程公平、公正，並達成符合國際法的、具有約束力的判決”。
2013年7月15日，菲律賓外交部公開聲稱，菲律賓已“不可能”與中國就南海問題繼續進行雙邊磋商。
7月16日，菲律賓外交部發言人赫爾南德斯在馬尼拉的記者會上表示，菲律賓政府非常“高興”看到，荷蘭海牙關於中菲南海爭議案件的仲裁庭已正式成立，仲裁程式也已經開始，並稱中國“違反”了聯合國海洋法公約。
中方
對於菲方的無理指責，2013年7月16日中國外交部作出回應。中方對菲方關於“已不可能與中方進行雙邊討論”的表態感到遺憾，對菲方拒絕外交談判，關閉對話大門的做法不滿，同時堅決反對菲方不顧中方合法權利和正當關切，一意孤行推進國際仲裁。對於菲方繼續炒作南海問題，歪曲事實，抹黑中國，中方表示難以理解。
中方表示，中國堅定維護國家領土主權和海洋權益，一貫致力於通過談判協商解決領土海洋爭議。關於菲將南海問題提交國際仲裁，中方已多次表明立場。中方不接受仲裁有充分的國際法依據。
2016年7月12日，菲律賓南海仲裁案仲裁庭作出非法無效的所謂最終裁決。中方多次聲明，菲律賓共和國阿基諾三世政府單方面提起仲裁違背國際法，仲裁庭沒有管轄權，中國不接受，不承認 。
