正式設立
水環境環保部首次正式公開水、大氣、土壤“三司”信息，表明“三司”已正式設立。
設立背景
此前2016年5月31日，中國政府網發布《國務院關於印發土壤污染防治行動計畫的通知》，意味著“土十條”正式出台。中國已出台“大氣十條”、“水十條”。至此，大氣、水、土壤頂層設計治理計畫已齊備。2016年全國兩會前夕，網傳環保部機構調整，新設水、大氣、土壤“三司”，並傳出一份三司人事任命名單，但未獲官方證實。
2016年3月3日下午，環保部官網發布《關於環境保護部機構調整的回應》稱，2015年2月，中央有關部門批覆同意環保部機構編製作部分調整，不再保留污染防治司、污染物排放總量控制司，設定水、大氣、土壤三個環境管理司。由於機構調整涉及面廣，內部職能、運行機制的建立和人員配備完全到位尚需要一個過程，待整個工作完成後，將專題向媒體發布。
2016年6月2日，環保部網站在發布《2016年中國機動車環境管理年報》時，間接確認大氣環境管理司司長為劉炳江，除此之外，水、土壤司長還未由官方正式發布。
6月4日，環保部網站發布網站升級調試公告，至6月5日“世界環境日”當天，環保部網站煥然一新，新網站在機構職能一欄已經明確“三司”職能。
機構職能
水環境管理司負責全國水環境保護的監督管理。擬訂和組織實施水體污染防治政策、規劃、法律、行政法規、部門規章、標準及規範。
擬訂水環境功能區劃和近岸海域環境功能區劃等工作。
內設綜合處、地表水處、飲用水處、海洋處、水固定源處、農村處6個內設機構。
