歷史沿革
為完善統一的城鄉居民基本醫療保險制度和大病保險制度，不斷提高醫療保障水平，確保醫保資金合理使用、安全可控，統籌推進醫療、醫保、醫藥“三醫聯動”改革，更好保障病有所醫，國務院機構改革方案提出，將人力資源和社會保障部的城鎮職工和城鎮居民基本醫療保險、生育保險職責，國家衛生和計畫生育委員會的新型農村合作醫療職責，國家發展和改革委員會的藥品和醫療服務價格管理職責，民政部的醫療救助職責整合，組建國家醫療保障局，作為國務院直屬機構。
2018年3月，十三屆全國人大一次會議表決通過了關於國務院機構改革方案的決定，組建中華人民共和國國家醫療保障局。
主要職責
國家醫療保障局貫徹落實黨中央關於醫療保障工作的方針政策和決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對醫療保障工作的集中統一領導。主要職責是：
（一）擬訂醫療保險、生育保險、醫療救助等醫療保障制度的法律法規草案、政策、規劃和標準，制定部門規章並組織實施。
（二）組織制定並實施醫療保障基金監督管理辦法，建立健全醫療保障基金安全防控機制，推進醫療保障基金支付方式改革。
（三）組織制定醫療保障籌資和待遇政策，完善動態調整和區域調劑平衡機制，統籌城鄉醫療保障待遇標準，建立健全與籌資水平相適應的待遇調整機制。組織擬訂並實施長期護理保險制度改革方案。
（四）組織制定城鄉統一的藥品、醫用耗材、醫療服務項目、醫療服務設施等醫保目錄和支付標準，建立動態調整機制，制定醫保目錄準入談判規則並組織實施。
（五）組織制定藥品、醫用耗材價格和醫療服務項目、醫療服務設施收費等政策，建立醫保支付醫藥服務價格合理確定和動態調整機制，推動建立市場主導的社會醫藥服務價格形成機制，建立價格信息監測和信息發布制度。
（六）制定藥品、醫用耗材的招標採購政策並監督實施，指導藥品、醫用耗材招標採購平台建設。
（七）制定定點醫藥機構協定和支付管理辦法並組織實施，建立健全醫療保障信用評價體系和信息披露制度，監督管理納入醫保範圍內的醫療服務行為和醫療費用，依法查處醫療保障領域違法違規行為。
（八）負責醫療保障經辦管理、公共服務體系和信息化建設。組織制定和完善異地就醫管理和費用結算政策。建立健全醫療保障關係轉移接續制度。開展醫療保障領域國際合作交流。
（九）完成黨中央、國務院交辦的其他任務。
（十）職能轉變。國家醫療保障局應完善統一的城鄉居民基本醫療保險制度和大病保險制度，建立健全覆蓋全民、城鄉統籌的多層次醫療保障體系，不斷提高醫療保障水平，確保醫保資金合理使用、安全可控，推進醫療、醫保、醫藥“三醫聯動”改革，更好保障人民民眾就醫需求、減輕醫藥費用負擔。
（十一）與國家衛生健康委員會的有關職責分工。國家衛生健康委員會、國家醫療保障局等部門在醫療、醫保、醫藥等方面加強制度、政策銜接，建立溝通協商機制，協同推進改革，提高醫療資源使用效率和醫療保障水平。
內設機構
國家醫療保障局設下列內設機構（副司局級）：
（一）辦公室。負責機關日常運轉，承擔安全、保密、信訪、政務公開和國際合作交流等工作。
（二）規劃財務和法規司。組織擬訂醫療保障工作規劃。承擔機關和直屬單位預決算、機關財務、資產管理、內部審計工作，推進醫療保障信息化建設。組織起草法律法規草案、規章和標準，承擔規範性檔案的合法性審查工作，承擔行政複議、行政應訴等工作。
（三）待遇保障司。擬訂醫療保障籌資和待遇政策，統籌城鄉醫療保障待遇標準。統籌推進多層次醫療保障體系建設。建立健全醫療保障關係轉移接續制度。組織擬訂長期護理保險制度改革方案並組織實施。
（四）醫藥服務管理司。擬訂醫保目錄和支付標準，建立動態調整機制，制定醫保目錄準入談判規則並組織實施。擬訂定點醫藥機構醫保協定和支付管理、異地就醫管理辦法和結算政策。組織推進醫保支付方式改革。組織開展藥品、醫用耗材、醫療技術的經濟性評價。
（五）醫藥價格和招標採購司。擬訂藥品、醫用耗材價格和醫療服務項目、醫療服務設施收費等政策並組織實施，建立價格信息監測和信息發布制度。擬訂藥品、醫用耗材的招標採購、配送及結算管理政策並監督實施，推進招標採購平台建設。
（六）基金監管司。擬訂醫療保障基金監督管理辦法並組織實施。建立健全醫療保障基金安全防控機制，建立健全醫療保障信用評價體系和信息披露制度。監督管理納入醫保支付範圍的醫療服務行為和醫療費用，規範醫保經辦業務，依法查處醫療保障領域違法違規行為。
機關黨委（人事司）。負責機關和在京直屬單位的黨群工作。承擔機關和直屬單位的人事管理、機構編制、教育培訓、隊伍建設等工作。
人員編制
國家醫療保障局機關行政編制80名。設局長1名，副局長4名，正副司長職數21名（含機關黨委專職副書記1名）。
現任領導
局長：胡靜林
副局長：施子海、陳金甫、李滔
