機構設定
正式掛牌人民健康是民族昌盛和國家富強的重要標誌。為推動實施健康中國戰略，樹立大衛生、大健康理念，把以治病為中心轉變到以人民健康為中心，預防控制重大疾病，積極應對人口老齡化，加快老齡事業和產業發展，為人民民眾提供全方位全周期健康服務，方案提出，將國家衛生和計畫生育委員會、國務院深化醫藥衛生體制改革領導小組辦公室、全國老齡工作委員會辦公室的職責，工業和信息化部的牽頭《菸草控制框架公約》履約工作職責，國家安全生產監督管理總局的職業安全健康監督管理職責整合，組建國家衛生健康委員會，作為國務院組成部門。
保留全國老齡工作委員會，日常工作由國家衛生健康委員會承擔，全國老齡工作委員會辦公室設在衛生健康委，承擔委員會日常工作 。民政部代管的中國老齡協會改由國家衛生健康委員會代管。國家中醫藥管理局由國家衛生健康委員會管理。不再保留國家衛生和計畫生育委員會。不再設立國務院深化醫藥衛生體制改革領導小組辦公室。
十三屆全國人大一次會議表決通過了關於國務院機構改革方案的決定，批准成立中華人民共和國國家衛生健康委員會。
2018年3月，根據第十三屆全國人民代表大會第一次會議批准的國務院機構改革方案，設立中華人民共和國國家衛生健康委員會。
2018年3月27日，新組建的國家衛生健康委員會正式掛牌。馬曉偉出任主任、黨組書記。
主要職責
國家衛生健康委員會貫徹落實黨中央關於衛生健康工作的方針政策和決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對衛生健康工作的集中統一領導。主要職責是：
（一）組織擬訂國民健康政策，擬訂衛生健康事業發展法律法規草案、政策、規劃，制定部門規章和標準並組織實施。統籌規劃衛生健康資源配置，指導區域衛生健康規劃的編制和實施。制定並組織實施推進衛生健康基本公共服務均等化、普惠化、便捷化和公共資源向基層延伸等政策措施。
（二）協調推進深化醫藥衛生體制改革，研究提出深化醫藥衛生體制改革重大方針、政策、措施的建議。組織深化公立醫院綜合改革，推進管辦分離，健全現代醫院管理制度，制定並組織實施推動衛生健康公共服務提供主體多元化、提供方式多樣化的政策措施，提出醫療服務和藥品價格政策的建議。
（三）制定並組織落實疾病預防控制規劃、國家免疫規劃以及嚴重危害人民健康公共衛生問題的干預措施，制定檢疫傳染病和監測傳染病目錄。負責衛生應急工作，組織指導突發公共衛生事件的預防控制和各類突發公共事件的醫療衛生救援。
（四）組織擬訂並協調落實應對人口老齡化政策措施，負責推進老年健康服務體系建設和醫養結合工作。
（五）組織制定國家藥物政策和國家基本藥物制度，開展藥品使用監測、臨床綜合評價和短缺藥品預警，提出國家基本藥物價格政策的建議，參與制定國家藥典。組織開展食品安全風險監測評估，依法制定並公布食品安全標準。
（六）負責職責範圍內的職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生、公共場所衛生、飲用水衛生等公共衛生的監督管理，負責傳染病防治監督，健全衛生健康綜合監督體系。牽頭《菸草控制框架公約》履約工作。
（七）制定醫療機構、醫療服務行業管理辦法並監督實施，建立醫療服務評價和監督管理體系。會同有關部門制定並實施衛生健康專業技術人員資格標準。制定並組織實施醫療服務規範、標準和衛生健康專業技術人員執業規則、服務規範。
（八）負責計畫生育管理和服務工作，開展人口監測預警，研究提出人口與家庭發展相關政策建議，完善計畫生育政策。
（九）指導地方衛生健康工作，指導基層醫療衛生、婦幼健康服務體系和全科醫生隊伍建設。推進衛生健康科技創新發展。
（十）負責中央保健對象的醫療保健工作，負責黨和國家重要會議與重大活動的醫療衛生保障工作。
（十一）管理國家中醫藥管理局，代管中國老齡協會，指導中國計畫生育協會的業務工作。
（十二）完成黨中央、國務院交辦的其他任務。
（十三）職能轉變。國家衛生健康委員會應當牢固樹立大衛生、大健康理念，推動實施健康中國戰略，以改革創新為動力，以促健康、轉模式、強基層、重保障為著力點，把以治病為中心轉變到以人民健康為中心，為人民民眾提供全方位全周期健康服務。一是更加注重預防為主和健康促進，加強預防控制重大疾病工作，積極應對人口老齡化，健全健康服務體系。二是更加注重工作重心下移和資源下沉，推進衛生健康公共資源向基層延伸、向農村覆蓋、向邊遠地區和生活困難民眾傾斜。三是更加注重提高服務質量和水平，推進衛生健康基本公共服務均等化、普惠化、便捷化。四是協調推進深化醫藥衛生體制改革，加大公立醫院改革力度，推進管辦分離，推動衛生健康公共服務提供主體多元化、提供方式多樣化。
（十四）有關職責分工。
1.與國家發展和改革委員會的有關職責分工。國家衛生健康委員會負責開展人口監測預警工作，擬訂生育政策，研究提出與生育相關的人口數量、素質、結構、分布方面的政策建議，促進生育政策和相關經濟社會政策配套銜接，參與制定人口發展規劃和政策，落實國家人口發展規劃中的有關任務。國家發展和改革委員會負責組織監測和評估人口變動情況及趨勢影響，建立人口預測預報制度，開展重大決策人口影響評估，完善重大人口政策諮詢機制，研究提出國家人口發展戰略，擬訂人口發展規劃和人口政策，研究提出人口與經濟、社會、資源、環境協調可持續發展，以及統籌促進人口長期均衡發展的政策建議。
2.與民政部的有關職責分工。國家衛生健康委員會負責擬訂應對人口老齡化、醫養結合政策措施，綜合協調、督促指導、組織推進老齡事業發展，承擔老年疾病防治、老年人醫療照護、老年人心理健康與關懷服務等老年健康工作。民政部負責統籌推進、督促指導、監督管理養老服務工作，擬訂養老服務體系建設規劃、法規、政策、標準並組織實施，承擔老年人福利和特殊困難老年人救助工作。
3.與海關總署的有關職責分工。國家衛生健康委員會負責傳染病總體防治和突發公共衛生事件應急工作，編制國境衛生檢疫監測傳染病目錄。國家衛生健康委員會與海關總署建立健全應對口岸傳染病疫情和公共衛生事件合作機制、傳染病疫情和公共衛生事件通報交流機制、口岸輸入性疫情通報和協作處理機制。
4.與國家市場監督管理總局的有關職責分工。國家衛生健康委員會負責食品安全風險評估工作，會同國家市場監督管理總局等部門制定、實施食品安全風險監測計畫。國家衛生健康委員會對通過食品安全風險監測或者接到舉報發現食品可能存在安全隱患的，應當立即組織進行檢驗和食品安全風險評估，並及時向國家市場監督管理總局等部門通報食品安全風險評估結果，對得出不安全結論的食品，國家市場監督管理總局等部門應當立即採取措施。國家市場監督管理總局等部門在監督管理工作中發現需要進行食品安全風險評估的，應當及時向國家衛生健康委員會提出建議。
5.與國家醫療保障局的有關職責分工。國家衛生健康委員會、國家醫療保障局等部門在醫療、醫保、醫藥等方面加強制度、政策銜接，建立溝通協商機制，協同推進改革，提高醫療資源使用效率和醫療保障水平。
6.與國家藥品監督管理局的有關職責分工。國家藥品監督管理局會同國家衛生健康委員會組織國家藥典委員會並制定國家藥典，建立重大藥品不良反應和醫療器械不良事件相互通報機制和聯合處置機制。
內設機構
國家衛生健康委員會設下列內設機構：
（一）辦公廳。負責機關日常運轉，承擔安全、保密、信訪、政務公開等工作。
（二）人事司。擬訂衛生健康人才發展政策，承擔機關和直屬單位的人事管理、機構編制和隊伍建設等工作，負責衛生健康專業技術人員資格管理。
（三）規劃發展與信息化司。承擔健康中國戰略協調推進工作，組織擬訂衛生健康事業發展中長期規劃，指導衛生健康服務體系及信息化建設，組織開展愛國衛生運動和衛生健康統計工作。承擔《菸草控制框架公約》牽頭履約工作。
（四）財務司。承擔機關和預算管理單位預決算、財務、資產管理和內部審計工作。
（五）法規司。組織起草法律法規草案、規章和標準，承擔規範性檔案的合法性審查工作，承擔行政複議、行政應訴等工作。
（六）體制改革司。承擔深化醫藥衛生體制改革具體工作，研究提出深化醫藥衛生體制改革重大方針、政策、措施的建議，承擔組織推進公立醫院綜合改革工作。
（七）疾病預防控制局。擬訂重大疾病防治規劃、國家免疫規劃、嚴重危害人民健康公共衛生問題的干預措施並組織實施，完善疾病預防控制體系，承擔傳染病疫情信息發布工作。
（八）醫政醫管局。擬訂醫療機構及醫務人員、醫療技術套用、醫療質量和安全、醫療服務、采供血機構管理以及行風建設等行業管理政策規範、標準並監督實施，承擔推進護理、康復事業發展工作。擬訂公立醫院運行監管、績效評價和考核制度。
（九）基層衛生健康司。擬訂基層衛生健康政策、標準和規範並組織實施，指導基層衛生健康服務體系建設和鄉村醫生相關管理工作。
（十）衛生應急辦公室（突發公共衛生事件應急指揮中心）。承擔衛生應急和緊急醫學救援工作，組織編制專項預案，承擔預案演練的組織實施和指導監督工作。指導衛生應急體系和能力建設。發布突發公共衛生事件應急處置信息。
（十一）科技教育司。擬訂衛生健康科技發展規劃及相關政策並組織實施。承擔實驗室生物安全監督工作。組織開展住院醫師、專科醫師培訓等畢業後醫學教育和繼續教育工作，協同指導醫學院校教育。
（十二）綜合監督局。承擔公共衛生、醫療衛生等監督工作，查處醫療服務市場違法行為。組織開展學校衛生、公共場所衛生、飲用水衛生、傳染病防治監督檢查。完善綜合監督體系，指導規範執法行為。
（十三）藥物政策與基本藥物制度司。完善國家基本藥物制度，組織擬訂國家藥物政策和基本藥物目錄。開展藥品使用監測、臨床綜合評價和短缺藥品預警。提出藥品價格政策和國家基本藥物目錄內藥品生產鼓勵扶持政策的建議。
（十四）食品安全標準與監測評估司。組織擬訂食品安全國家標準，開展食品安全風險監測、評估和交流，承擔新食品原料、食品添加劑新品種、食品相關產品新品種的安全性審查。
（十五）老齡健康司。組織擬訂並協調落實應對老齡化的政策措施。組織擬訂醫養結合的政策、標準和規範，建立和完善老年健康服務體系。承擔全國老齡工作委員會的具體工作。
（十六）婦幼健康司。擬訂婦幼衛生健康政策、標準和規範，推進婦幼健康服務體系建設，指導婦幼衛生、出生缺陷防治、嬰幼兒早期發展、人類輔助生殖技術管理和生育技術服務工作。
（十七）職業健康司。擬訂職業衛生、放射衛生相關政策、標準並組織實施。開展重點職業病監測、專項調查、職業健康風險評估和職業人群健康管理工作。協調開展職業病防治工作。
（十八）人口監測與家庭發展司。承擔人口監測預警工作並提出人口與家庭發展相關政策建議，完善生育政策並組織實施，建立和完善計畫生育特殊家庭扶助制度。
（十九）宣傳司。組織開展衛生健康宣傳、健康教育、健康促進活動，承擔衛生健康科學普及、新聞和信息發布工作。
（二十）國際合作司（港澳台辦公室）。組織指導衛生健康工作領域的國際交流與合作、對外宣傳、援外工作，開展與港澳台地區的交流與合作，承擔機關和直屬單位外事管理工作。
（二十一）保健局。負責中央保健對象的醫療保健工作、中央部門有關幹部醫療管理工作，以及黨和國家重要會議與重大活動的醫療衛生保障工作。
機關黨委。負責機關和在京直屬單位的黨群工作。
離退休幹部局。負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。
人員編制
國家衛生健康委員會機關行政編制525名（含兩委人員編制10名、援派機動編制4名、離退休幹部工作人員編制29名）。設主任1名，副主任4名，司局級領導職數88名（含機關黨委專職副書記1名、衛生健康監察專員10名、離退休幹部局領導職數2名）。
國家衛生健康委員會所屬事業單位的設定、職責和編制事項另行規定。
現任領導
主任、黨組書記：馬曉偉
副主任、黨組成員：崔麗
副主任、黨組成員：王賀勝
副主任、黨組成員：曾益新
紀檢組組長、黨組成員：馬奔
黨組成員：王建軍
政策檔案
2018年4月，新組建的國家衛生健康委員會發布《關於做好2018年家庭醫生簽約服務工作的通知》。通知提出，各地合理確定簽約服務的工作目標，不要盲目追求籤約率，做到簽約一人、履約一人。
