秘書處
主要職能是處理各種日常工作，策劃各類吉它文化選題，協調與上級主管部門和下屬文化單位的關係等。秘書處設秘書長一人，副秘書長、辦公室主任、秘書若干人等，具有監管選舉結果任免各組織機構領導的職能。
理事會
成員由全國各地區理事組成，理事由學會會員選舉產生，理事會是中國音協吉它學會最高執行機構。理事會由理事長一人，副理事長若干人並協同各地區的理事共同執行全國代表大會決議；理事會負責制定和審議學會的各項《章程》、《條例》和《管理辦法》。
會員部
負責發展會員，管理會員藝術檔案，開發吉它音樂文化項目，主持所有會務工作，並通過會刊、夏令營、培訓等活動進行服務。
專家委員會
是中國吉它專業領域裡最高藝術水平的代表，專家委員會由全國各地區吉它專家組成，專家委員由專家會員選舉產生。專家委員會是中國音協吉它學會最高學術機構，專家委員會由主任一人，副主任若干人和各吉它專業的專家委員共同組成。專家委員會負責吉它音樂文化的研究、傳播與發展。學會開發的各項有關學術交流、各專業《標準》的制定、教材的編纂、音像製品的錄製、等級認證和各種大賽的評審、吉它音樂文化的推廣和普及、學報和會刊的撰稿等工作由專家委員會負責組織專家完成。
會刊編輯部
負責編寫、出版、發行會員刊物《中國吉他音樂》，聯絡吉它生產經營企業和吉它音樂愛好者，搭建二者之間溝通的橋樑。
培訓部
負責組織全國各地區吉它專業教師，面向在校學生和社會各界進行吉它音樂文化的普及教育。
中國音協吉它學會採取由秘書處為領導核心、專家委員會為學術載體、理事會為建設基礎的管理原則，配合會員部、培訓部和編輯部在全國範圍內組織吉它音樂文化活動，各部門之間相互支持、相互協調、相互依賴組成一個負有藝術生命力的堅實的整體。
管理模式
中國音協吉它學會採用以上的組織機構管理模式，目的是充分體現各部門和各專業的特色，把學會真正建設成為中國吉它愛好者和工作者的大家庭，為所有熱愛吉它音樂的人士提供充分展現自己才華的大舞台，使人們以吉它為職業的理想能夠得以實現。
