歷史沿革
中國醫藥工業研究總院（以下簡稱“醫工總院”）緣起於國家於1957年創建的上海醫藥工業研究院。
上海醫藥工業研究院是我國醫藥行業的科研大院和技術創新基地，2000年進入中央企業序列，先後隸屬於中央企工委、國務院國資委。2010年4月，根據國務院國資委“打造中央企業醫藥健康產業平台”的要求，原上海醫藥工業研究院與國藥集團、中國生物技術集團重組形成新的“國藥集團”。
2010年12月，經國藥集團董事會研究決定，在上海醫藥工業研究院等單位的基礎上，建立醫工總院。
2011年2月26日，中國醫藥工業研究總院揭牌儀式在上海舉行。
院況簡介
其戰略目標是要建設成為國家醫藥行業的科技創新基地、中國醫藥集團總公司的科技創新平台。中國醫藥工業研究總院的建立，是國務院國資委致力於把中國醫藥集團打造成“中央企業醫藥健康產業平台”的重大舉措，得到了上海市委、市政府的關注和支持，也引起了醫藥行業的普遍關注。
學術科研
中國醫藥工業研究總院學科齊全、格局完備、人才集聚、成果纍纍，擁有中國工程院院士2人，累計獲得國家科技發明獎22項，國家科技進步獎26項，全國科學大會獎46項，省部級科技獎329餘項。
近十年來，先後承擔國家和省部級項目355項，其中包括國家“新藥創製重大專項”中“綜合性新藥研究開發技術大平台”建設等項目。共獲得新藥證書391本，有數千項技術成果推廣到企業，催生和助推了一批國內知名醫藥企業的崛起和壯大，在我國創新藥物研究和國家生物醫藥產業發展中的有著巨大的影響力和帶動力。
發展目標
未來的中國醫藥工業研究總院將著力形成“六個平台”的功能，即成為“國家醫藥重大科研項目建設平台、行業前瞻性共性關鍵技術研發平台、中國醫藥集團技術創新支撐平台、重要技術成果轉化平台、高端人才培養平台和國際醫藥研發合作交流平台”。
管理團隊
董事會
董事長：周斌。
副董事長：周斌。
董事會成員：王麗峰、周斌、侯惠民、趙鎧、佘魯林、劉存周、林建、陳文浩、賈錦文。
監事會
監事會主席：李慧。
監事會成員：李慧、陸偉根、鄧濤。
經營班子
周斌：中國醫藥集團總公司副總經理、中國醫藥工業研究總院黨委書記、院長（法定代表人）兼上海現代製藥股份有限公司董事長。
賈錦文：中國醫藥工業研究總院黨委副書記、紀委書記
俞雄：中國醫藥工業研究總院黨委委員、副院長。
陳代傑：中國醫藥工業研究總院副院長。
易八賢： 中國醫藥工業研究總院黨委委員、副院長。
王浩：中國醫藥工業研究總院黨委委員、兼上海醫藥工業研究院院長、黨委副書記。
王小堅： 中國醫藥工業研究總院財務總監。
潘振云： 中國醫藥工業研究總院董事會秘書。
成員企業
上海醫藥工業研究院、四川抗菌素工業研究所、上海現代製藥股份有限公司、藥物製劑國家工程研究中心、國家（上海）新藥安全評價研究中心、中國醫藥工業信息中心。
