中心的主旨是從我國湖泊及其流域生態環境保護的角度出發,根據國民經濟、社會發展和市場的需要,以我國典型區域的湖泊與水庫陸域及水體生態環境的保護與治理為目的,圍繞湖泊與水庫流域污染源控制系統、重要水源保護、湖濱緩衝帶的修復、水網湖盪修復、內負荷治理、湖內水體生境修復等湖泊水污染防治領域的重大關鍵、基礎性和共性技術問題,以湖泊富營養化調查與診斷技術、入湖河流治理技術、農村面源污染治理技術、湖濱帶與緩衝區生態修復技術、污染底泥環保疏浚技術、湖泊大規模藍藻水華的收集、處理與資源化技術、農村生物質廢棄物資源化技術為主體,以水源地水質保障技術、湖泊調水引流技術等為輔助的湖泊生態環境保護與治理集成技術創新研究,將具有重要科學創新價值的科研成果進行中試和工程化研究開發,為企業生產提供成熟配套的工藝和技術裝備,並不斷地推出具有高附加值的系列新產品,推動本行業及所在領域的科技進步,促進新興產業的發展。
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