三航院專業設定齊全，技術力量雄厚，能獨立承擔國內外各類港口、航道、海洋工程、物流工程、河川樞紐、修造船廠、公路、橋樑、機場跑道等綜合性大型工程項目及供水、輸電、環保工程、工業民用建築、工業計算機自動控制等項目的規劃、諮詢、勘察、設計、工程監理、工程造價及工程總承包等。三航院配備了先進的計算機輔助設計和科學管理等系統軟硬體裝備，全套現代化工程勘察設備居國內同行先進之列。
掀開中國水運工程的發展歷史，三航院是其中閃亮的一頁。自1958年成立以來，三航院在中國境內主要承擔了以上海、江蘇、浙江及福建為中心，北起遼寧，南至海南以及廣東、廣西等省市大型綜合性港區和物流園區的規劃和勘察設計任務，並完成了發電廠、鋼鐵廠、修造船廠、石油化工廠等百餘個大中型企業專業化碼頭的勘察設計任務。還出色地完成了澳門國際機場、緬甸國際貨櫃碼頭等境外大型交通工程的勘察設計任務。累計完成包括上海國際航運中心洋山深水港區工程在內的大中型勘察設計項目4000餘項，已成為國內成就卓著、聲譽斐然的工程勘察設計企業。
半個世紀以來，三航院人才輩出，培養和擁有一大批技術精湛、經驗豐富的中高級設計勘察人員。三航院實施“科教興院”和“人才強企”戰略，積極營造聚才留人的良好環境，2004年被上海市委、市政府授予“上海市人才工作先進單位”稱號。
三航院一貫重視產品質量，視質量為生命，推行全面質量管理。1998年和2003年通過英國勞氏公司的94版和2000版認證。2007年再次通過英國勞氏公司“質量、環境、職業健康安全”體系認證。
至2007年，三航院先後榮獲國家及省部級優秀設計、科技進步等獎項共200餘項，其中獲國家優秀設計金質獎5項、銀質獎6項、銅質獎4項；國家優質工程銀質獎5項和“中國建築工程魯班獎”、“中國土木工程(詹天佑)大獎”7 項。
在全球經濟一體化進程中，三航院積極實施“走出去”戰略，先後承攬了多項國際工程項目。與日本、美國、德國、英國、挪威、荷蘭、法國、葡萄牙、香港、澳門等十多個國家和地區的有關公司進行了技術合作和交流；還接受國家有關部門委託，與外國公司合作對世界銀行及國外有關銀團在中國境內外投資或貸款的十多個大中型工程項目進行了技術評估與審查，具備了國際工程承攬能力。
2006年三航院改制成為中交股份（上市公司）全資子公司，正揚起風帆，以建立現代企業制度為契機，內強管理、外拓市場，向著新的輝煌，向國際知名的國際工程諮詢設計公司的目標邁進。
