特色科室
心血管內科
上海新華醫院是醫院、醫學院新一輪重點建設學科之一，也是國家級重點學科。學科確立的主要研究方向有心律失常的非藥物治療，冠心病的最佳化治療，血管生物學和動脈粥樣硬化調控機制研究，高血壓的臨床和基因研究四個主要研究方向，這些年來在堅持醫、教、研緊密結合，床邊心臟病學、分子心臟病學和介入心臟病學相輔相成，整體快速全面發展，科室學術地位和社會聲譽日益提高，尤其在房顫、室速等難治性心律失常治療領域，達到國內領先地位。
心血管內科現擁有普通床位150張、監護床位20張。年出院4100餘人，年手術2000餘例，年門診量24萬人次，單科門診量位於上海各大醫院前列。全科共有醫護人員80名，心血管內科實力雄厚、人才濟濟，包括主任醫師8名、副主任醫師9名，其中博士生導師5名，碩士生導師4名，主管護師6名。
疑難兒童皮膚病
我科擁有多位國內一流的兒童皮膚病專家，診治大量來自全國各地的少見疑難兒童皮膚病病例，經驗豐富。
奶癬
我科積數十年經驗，結合本院專用製劑，具有很高的知名度。
遺傳性皮膚病
我院是上海市遺傳病產前診斷中心，我科兒童遺傳性皮膚病的諮詢與產前診斷在國內屬於領先開展單位。
病毒疣
我科具備各種治療病毒疣的手段與措施，包括內服，外用、雷射、冷凍、局部注射等多種手段，有經驗豐富的專職人員從事該項治療，療效確切。
真菌感染
包括淺部真菌感染（各種癬病，皮膚念珠菌病等），少見疑難真菌感染。我科具備良好的實驗室檢查條件，有真菌感染專病門診。真菌感染是我科博士點研究的重要方向。
普外科
上海新華醫院上海交通大學醫學院附屬新華醫院普外科創建於1958年。分設胃腸外科、肝膽外科、肝移植科、胰腺外科、血管外科、內分泌外科（甲狀腺、乳腺外科、肛腸外科）等專業，是衛生部專科醫師培訓基地、衛生部臨床藥師教育培訓基地（抗感染專業）、衛生部臨床藥物實驗外科基地以及上海市全科醫師培訓基地。
擁有高級職稱醫師17位，其中博士生導師2名，碩士生導師7名，先後承擔多項國家自然基金、“973”計畫以及上海市重點科研項目等，並獲得5項相關專利。共有100張病床，年住院病人手術總數近4000例，門急診病人數近7萬人次。
小兒內科
新華醫院新生兒科由我國兒科著名老前輩馮樹模和吳聖楣等教授在1970年代初創建，幾十年來在他們的帶領下得到不斷發展，2008年正式成為獨立科室，現為教育部“211工程”重點學科，在全國和上海具有重要的地位和影響。多年來是中華醫學會兒科學會新生兒學組和中華醫學會全國圍產學會等學術組織的成員單位，著名新生兒專家朱建幸教授為中華醫學會全國圍產學會常委、上海醫學會圍產學會副主任委員，上海醫學會兒科分會新生兒學組副組長，《中國新生兒雜誌》副總編。新生兒科在朱建幸主任的帶領下，已經成為醫院臨床醫療、教學和科研全面發展的重點學科。
新生兒科現有比較充實的學科梯隊，其中教授和主任醫師5名，副教授和副主任醫師5名和中級職務醫師數名。現有博士生導師3名，碩士生導師3名，其中具有博士學位的5人，碩士學位的6人；有6名醫師具有在北美、歐洲和日本等已開發國家的醫院和研究機構一年以上的學習培訓經歷。
醫療水平
醫院在胃癌、慢性肝炎、肝纖維化診治、肝臟移植、幹細胞移植、腹腔鏡、胸腔鏡、前列腺增生症電汽手術和腔內碎石等微創治療，居國內先進水平。心肌病防治、心律失常消融治療、冠狀動脈病變介入治療和微創搭橋手術，達國內一流水平。兒科學整體實力保持國內領先、國際先進水平，在心血管病介入治療、複雜先心病手術、外科畸形矯治、難治性白血病、新生兒疾病篩查、新生兒聽力障礙診治等為國內頂級水平。眼科、皮膚科、耳鼻咽喉－頭頸外科、口腔科等專業各具特色。
內外兼顧，協調發展
按照上海市醫療衛生體制改革“5+3+1”工程的整體部署，全面負責崇明三級醫院創建工作，派出陣容強大的專家組進駐新華醫院（崇明），全部復蓋《上海市三級綜合醫院評審標準》所要求學科專業，協助人才培養，開展適宜技術，醫療業務量迅速提升，學科建設躍上台階，市局級以上課題和市級繼續教育項目實現突破，成為上海市唯一一家國家腫瘤規範化診治試點醫院。組建“新華－崇明醫療聯合體”，由新華醫院作為龍頭，實現崇明島內24家公立醫院的資源共享，在各級醫療機構之間建立更為緊密的分工合作機制，提升醫療管理、服務水平和效率，減少醫療資源浪費，並在此基礎上開展管理運行、醫保支付、居民就醫模式等改革，為海島居民提供更優質的醫療服務。醫院積極回響衛生部及上海市政府號召，積極做好援疆、援滇等對口支援工作。與本市及外地的市區縣簽約，支援周邊29所社區衛生服務中心和郊區、農村的醫療機構。
對外交流與合作
自上世紀七十年代起，醫院與其它國家的醫療機構共建合作項目31個，並在世界健康基金會（PROJECT HOPE）支持下建成了兒中心。各類國際交流活動蓬勃開展，既為醫院的發展增添了活力，也充分展示了中國醫院的良好形象。
自上世紀七十年代起，醫院與其它國家的醫療機構共建合作項目，與國外逾20所大學和醫院建立友好合作和學術交流，包括美國芝加哥大學普里茨克爾醫學院、美國威斯康辛大學醫學院、加拿大麥克馬斯特大學、法國巴黎第十二大學HENRI MONDOR醫院等。在世界健康基金會（Project HOPE）支持下凝聚幾代新華人的智慧與汗水，成功打造了一座現代化上海兒童醫學中心。
科研成績
科研治療技術學科帶頭人李毅剛教授是國內射頻治療快速心律失常技術的最早掌握和推廣人之一，在室性心動過速、房撲、房顫、房室結折性心動過速的機制研究和治療方面所取得了令人矚目的成果，在新型起搏器預防、治療房性快速性心律失常及體內自動轉復/除顫器（ICD）治療室性快速性心律失常的研究和套用方面處於國際領先地位。他在國際上率先進行了房室結折返性心動過速、房撲和心梗後室速折返環的定量分析。率先進行了冠狀動脈竇內室速的機制的研究和治療；在國際上首次證實束支折返性室性心動過速可發生於正常HV間期的患者；率先進行了有器質性心臟病室顫的射頻消融；成功進行了國際上首例心臟移植後房撲的射頻消融術等。
科室特色
1.廣泛開展了各種複雜的和急診和PCI術；
2.單雙腔起搏器及ICD植入；
醫護團隊
上海新華醫院醫院作為上海交通大學醫學院的教學醫院，通過學科建設，有效地搭建了提升教學科研水準的最佳平台。醫院在職職工近3000 人，專業技術人員占
職工總人數的83%，其中具有中高級職稱的占專業技術人員的46%。醫院現有博士生導師42名、碩士生導師181名，設有臨床博士後流動站，博士專業點8個，碩士專業點25個；先後培養了本科生5000餘人、碩士300餘人、博士及博士後100餘人。醫院科研成果疊出，近五年科研獎項包括有：國家科技進步二等獎等30餘項。另外，五 年 來獲得專利授權10項；共發表論文1698篇，其中有66篇論文被SCI收錄，10篇被ISTP收錄，5 篇被EI收錄；撰寫專著51本；獲得國家、省部級等科研項目183項。此外，醫院和上海市兒科醫學研究所主辦的兒科專業學術期刊《臨床兒科雜誌》被多家國際檢索資料庫收錄。
學科建設
上海交通大學新華臨床醫學院設在新華醫院內，承擔全日制本科/長學制教育、研究生教育、住院/全科醫師規範化培訓、畢業後醫學繼續教育、以及本科及以下的學歷教育和在職職工的崗位培訓等各級教育。學院設有16個臨床教研室，擁有多功能計算機語音教室、智慧型錄播教室、多媒體教室、臨床教學實訓中心、及PBL/客觀結構化臨床考試（OSCE）教室。學院每年接受上海交通大學醫學院臨床醫學專業五、七年制和臨床營養專業學生200餘人，承擔八年制臨床醫學專業（兒科學課程）教學任務，同時還接受徐州醫學院麻醉系專業、江蘇大學和溫州醫學院檢驗系專業、蘇州大學臨床醫學專業（兒科班）等學生的臨床實習教學。
新華臨床醫學院在兒科教學方面有著悠久的教學歷史，擁有雄厚的師資隊伍，具有豐富的臨床教學經驗。在八年制臨床醫學兒科學課程中率先採用原版教材，實行“雙語教學”和PBL教學。《兒科學》於2009年同時獲國家級和上海市級精品課程。
學校有13個學院，1個校直屬系（部），1所全國重點衛生學校，5所綜合性附屬醫院，1所專科性附屬醫院，15所教學醫院，126個教研室。有2個七年制專業，6個本科專業，6個三年制高職高專專業，有博士後流動站3個，二級學科博士點31個，碩士點47個。
學校共有74個學科，其中國家級重點學科6個，上海市重點學科7個（其中“重中之重”學科2個），上海市教委重點學科22個，上海市醫學領先專業9個，設有15個市級研究所，3個研究（培訓）中心，2個世界衛生組織合作中心，1個國家重點實驗室，1個教育部重點實驗室，3個衛生部重點實驗室和1個市屬高校開放實驗室。
醫院設施
醫院占地面積109畝，綠化率為30%，總體建築面積19.2萬平方米。院本部設施一流的門診綜合樓、外科大樓、成人急診兒科門急診大樓、醫技樓和婦兒樓為病人提供了優美、舒適的就醫環境，建設中的科教大樓將進一步為醫教研工作的騰飛提供保證。兒中心更是以優良的醫療設施贏得了世界同行和社會的讚譽。各種先進的醫療設備為病人提供著優質的服務，全院專業設備萬元以上共1058件，其中包括：PETCT、DSCT（雙源CT）、SPECT/CT、ICT,2台核磁共振、4台螺鏇CT、3台數字減影心血管造影儀、2台直線加速器、ECT、直線加速器、高（低）壓氧治療艙、生化分析儀器、流式細胞計、全自動蛋白分析儀等大型設備，與各類監護、檢驗、影像診斷儀器組成了強大的現代化醫療設備陣容，確保了診斷和治療的品質。
學術榮譽
消化內科、心血管內科、神經內科、普外科、心胸外科、神經外科、泌尿外科、骨科、兒外科學、眼科、耳鼻咽喉、頭頸外科、皮膚科、臨床營養中心等學科綜合實力一流，分別為國家級、省市級、局級和醫院重點學科，共榮獲市校級臨床醫學獎21項。
集體榮譽
上海交通大學醫學院附屬新華醫院在《2007全國醫院排名》中兒科排名名列第一，心血管病科排名名列第六。1993、1995年分別被國家衛生部授予三級甲等醫院和愛嬰醫院稱號。
80年代以來，三次榮獲全國先進集體稱號，七次被評為上海市文明單位；2012年被評為中國名醫百強榜文明單位。
