發展歷史
根據學校加強科研巨觀管理、提升服務水平的要求，科研院在2010年4月進行了新一輪管理機構改革，根據管理職能要求，共設計畫項目辦公室、平台基地辦公室、科技合作辦公室、國際合作辦公室、重大專項辦公室、成果管理辦公室、國防科研辦公室（先進技術與裝備研究院）、四川研究院、項目管理中心及綜合辦公室。
主要職能
其職能包括：國家科研項目規劃與管理，985科技創新平台、科研基地建設與發展管理，科技項目合作規劃與管理，國際科研合作規劃與管理，國家重大科技專項規劃與管理，科技成果與智慧財產權管理，國防科研規劃與管理，以及為在研項目提供全過程管理指導與服務。
組織結構
領導機構
關新平：常務副院長
上海交通大學科學技術發展研究院職務分工：負責科研院全面工作，分管重大專項、綜合辦、項目管理中心工作
周薇：科研院副院長、先進技術與裝備研究院常務副院長
職務分工：負責分管先進技術與裝備研究院
丁健青：科研院副院長、醫學院科技處處長
職務分工：負責醫學院科技處工作
孫麗珍：科研院副院長（兼文科處副處長）
職務分工：分管計畫項目、平台基地工作
金隼：科研院副院長
職務分工：分管科技合作、成果管理、智慧財產權管理
李衛東：科研院副院長
職務分工：負責分管國際科研合作
徐兵：科研院副院長
職務分工：分管四川研究院工作
業務部門
上海交通大學科學技術發展研究院科技項目管理中心
綜合辦公室
重大專項辦
先進技術與裝備研究院
計畫項目辦（醫工結合）
平台基地辦
科技合作辦
成果智慧財產權管理辦
國際合作辦
四川研究院
醫學院科技處
