1436年,明朝正統皇帝下令完善北京城池,除將九門城樓和四角角樓修建齊全外,還將護城河加深,兩岸砌築磚石護坡。為了施工方便,需築壩將護城河截斷,但又擔心雨季會積水成災,因此在正陽門外東南側的低洼地帶開挖了一條減水河,以利泄水。那時北京南城尚未修建,正陽門外就是郊區。這條減水河向南再向東,一直流往通州。
明末古籍《帝京景物略》記述,明代後期,三里河已經乾涸為陸地,但低洼處仍有積水。萬曆皇帝的外祖父武清侯李偉,將積水引入附近的私家花園,建成了以水景著稱的名園,園中可以泛舟。
正因為東城區的三里河是古河道,所以附近有不少與河流相關的地名保留至今,如龍鬚溝、南橋灣、薛家灣、水道子、河泊廠等。如今的三里河路段已成為兩廣路寬闊街道中的一段,只有沿用了500餘年的古老地名,仍提示著這裡原來有一條河流。