海關清光緒二十五年（1899年5月8日），清廷鑲紅旗協領明玉會同稅務司前往三都澳開關，三都澳港正式對外開放。次年5月設立福海關（當時閩東稱福寧府），是繼閩海關、廈海關之後設立的福建省第三個海關。福海關，它與當時的廈海關不通，廈海關完全獨立於閩海關，而福海關則受閩海關稅務司和總稅務司的雙重領導。三都澳港開放初期，商貿不多，稅務較簡，由當時的東衝口委員就近兼管，後又由中國當局和閩海關稅務司共同組成一個委員會，負責管理。
三都澳自開闢為通商口岸後，關稅主權就始終操在外國人手中。設在三都澳的「福海關」，內設有稅務司一員，長期由英國人擔任。這座福海關從成立到撤銷有50多年的歷史，儘管經營者在它的籌建和發展上傾以心血，按照洋關建制，內外班、工役、海務，樣樣俱全，但真正旺盛的時期卻十分短暫。福海關作為福建海關史上特殊產物至1949年終於正式關閉。
福海關稅務司，為晚清西洋風格建築，磚木混凝土結構，占地面積600平方米，進深30米，面闊20米，高15米，雙層正方脊頂，拱形門窗。抗戰期間，遭日軍多次轟炸，並兩次登陸燒殺搶掠，舊埠建築破壞嚴重，現僅存三都鎮西部山崗上的部分建築，有福海關和由西洋人留下的教堂、修道院、聚教樓等。
當時，三都島上分外街、中街和內街。外街為大機關、大洋行所占據，有海關、海關俱樂部、海關代報處，各國的洋行代理處，包括美商「美孚」、「德士古」以及英商「亞細亞」煤油、肥料、航運、茶葉、水產等20多家洋行，同時還有國內富紳辦的公私銀行（中央銀行、農民銀行等）、錢莊、保險公司以及經營百貨、京果的大商行等眾多國內企業落戶三都島；此外，當地還開設了一家「新民」大旅社，樓上設有「清唱堂」與鴉片館。中街則是三都澳日常生活買賣中心，大多當地人的人開的日用品小商店，每逢茶季還開幾家茶棧。內街為居民區，期間也偶有夾雜著幾間小店，遠不如外街、中街熱鬧。
