歷史沿革
1959年3月24日，廣東省西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處於西沙永興島成立，作為廣東省人民政府的縣級派出機構，委託由海南行政區行政公署領導。西南中沙群島辦事處設文教助理，協助主任負責文化教育工作，為三沙市教育科技與衛生局的最早前身。西南中沙群島辦事處不設科技、衛生部門和人員編制，科技、衛生工作由辦事處統一負責。
1988年4月海南省成立，西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處改由海南省管轄。
1988年9月19日西南中沙群島辦事處正式更名為“海南省西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處”。
2008年，海南省機構編制委員會辦公室下發《關於西南中沙行政體制調整方案的通知》，參照市縣黨政機關模式，設定紀委、組織部、宣傳部、黨群部、公安局等18個行政職能部門，並設定了圖書館、氣象台等20多個部門和事業單位。海南省西沙群島、南沙群島、中沙群島教育科技與衛生局設立，為海南省西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處的工作部門，是辦事處主管教育、科技、衛生等工作的職能部門。教育科技與衛生局與中共西南中沙工委宣傳部、海南省西沙群島、南沙群島、中沙群島文化廣電出版體育局合署辦公。
2011年，國家發展和改革委員會將海南省西沙人民醫院建設列入2011年農村衛生服務體系投資計畫。新的西沙人民醫院按一級醫院建設，仿二級醫院配置，規劃建設門診樓和住院樓各一幢，建築面積2338平方米，將擁有床位30張，人員編制35人，項目投資1800萬元，資金來源由農村醫療衛生服務體系縣級醫院建設項目中央預算內投資全額安排。
2012年2月，海南省西沙人民醫院項目在西沙永興島動工建設。
2012年6月21日，國務院批准撤銷海南省西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處，設立地級三沙市，管轄西沙群島、中沙群島、南沙群島的島礁及其海域。三沙市人民政府駐西沙永興島。
2012年7月，海南省西沙人民醫院被納入為新型農村合作醫療(新農合)定點醫療機構。
2012年7月24日，三沙市人民政府正式成立。原海南省西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處教育科技與衛生局正式改為三沙市教育科技與衛生局。三沙市成立後，中國共產黨三沙市委員會、三沙市人民政府立即將發展教育事業納入工作日程，積極進行前期調研並與海南省教育廳溝通協調。
2012年12月27日，三沙市人民政府接受海南高速公路股份有限公司捐贈的500萬元資金，將用來建設三沙市永興島中心國小、幼稚園，截止12月27日，該項目已完成選址工作，占地面積800至900平方米，預計2013年內建成。這預示著三沙市學校教育將實現零的突破。
2012年12月底，三沙市人民醫院主體工程已封頂，預計到2013年6月左右醫院可建成投入使用。
職能
三沙市教育科技與衛生局的主要職責是：
（一）主要貫徹執行黨和國家及省有關教育科技及衛生工作的方針、政策、法律、法規和規章；研究制定辦事處教育科技及衛生事業的發展規劃，制定教育科技及衛生工作的地方性行政措施並監督執行。
（二）管理和指導三沙市學前教育、基礎教育和村委會、漁民、民工文化技術教育工作；指導各類學校的德育教育工作，組織實施掃盲、語言文字和學校體育衛生、國防教育、藝術教育等工作；負責各級學校教育經費的審查工作；負責三沙市科技專項經費和科研物資的使用管理、審查工作；負責科學技術研究、科技成果的示範推廣等工作；負責科技成果的鑑定、認定、登記、公布、獎勵工作，申報國家、省級科技獎勵事項，以及市級科技獎勵事項；負責衛生工作的宣傳以及民眾性健康教育。
（三）承辦愛國衛生運動委員會的日常工作；負責辦事處藥政工作和公共衛生食品的監督檢查；負責衛生應急工作，制定衛生應急預案和措施，負責突發公共衛生事件監測預警和風險評估，指導實施突發公共衛生事件預防控制與應急處置，發布突發公共衛生事件應急處置信息。
