事件概述
三一九槍擊事件3月19日，爭取總統連任的民主進步黨籍總統陳水扁、副總統呂秀蓮正在陳水扁的家鄉、民進黨大票倉台南掃街拜票，在下午1時45分發生槍擊事件由於當時道路兩旁民眾正在放鞭炮慶祝總統來訪，巨大的噪聲掩蓋了槍聲，也沒有人看見嫌犯，使得嫌犯可以在煙霧中逃離現場。總統、副總統隨後被送往離事發地點5.8公里外的奇美醫院治療。根據事後警方調查，兇手共開了2槍，其中一顆子彈穿過汽車擋風玻璃後擊中副總統呂秀蓮膝蓋，另一顆則擦過陳水腹部。
事件在2時左右最先有媒體報導，最早的報導稱總統副總統被鞭炮炸傷，但是也有傳聞稱是子彈攻擊。總統府秘書長邱義仁在3時30分召開記者會，證實陳水扁、呂秀蓮是在競選行程中遭到槍擊，並已經送往奇美醫院治療。醫院隨後也召開記者會，公布了3張總統腹部的照片和一些沾滿血跡的衣物，但是表示只傷及總統的脂肪組織，並沒有打穿腹腔。傷口有11厘米長，3厘米深，共縫了14針。兩顆子彈也分別在總統的衣服和汽車中找到。
總統、副總統在當晚7時30分離開奇美醫院，乘總統專機離開台南，返回台北，國安機制在總統遭槍擊後立即啟動。
由於此事發生在2004年中華民國總統選舉投票日的前一天，引起巨大的政治爭議空間，導致事實真相成為信者恆信，不信者恆不信的結果。
刑事調查
事件發生後，台南市警察局立即展開偵察，在事件發生一周后公布一卷監視錄像帶，其中拍攝到兩名嫌疑男子，但當地民眾普遍反應沒有看到過這個人，認為不是本地人。泛藍人士對於當地警方的偵察表示懷疑，認為有政治力介入的可能性，因此提出由國際專家對案件進行調查，對此泛綠陣營也表示同意。
3月29日，美籍華人李昌鈺博士推薦的3名美國刑事和彈道專家抵達台灣，開始調查工作，他們取得了事件發生時所有有關的證物，併到現場勘察，將會把採樣到的資料帶回美國，與李昌鈺共同討論。民進黨雖然之前表示歡迎國際刑事專家對事件展開調查，不過在3月29日當天又表示，李昌鈺身為連宋北美後援會的會長，有關聘請李昌鈺的事宜都是由泛藍陣營搭線，陪同美國專家做翻譯的雷倩也是新黨黨員，因此也對李昌鈺的公正性提出了些許質疑，但仍表示不抗拒刑事局與李昌鈺一同進行分析調查。
3月30日3名美國專家結束了調查工作，在離台前的記者會上，他們表示受到台灣方面的充分配合，並且還會見了陳水扁本人，並親自檢查了他的傷口。他們認為傷口確實是槍傷無誤，而且是新的傷口，但是進一步的推斷無法做出，因為傷口已經開始癒合。此外他們還表示基本上已經能夠確定到底兇手是近距離還是遠距離射擊，但目前不能公開，因為詳細的鑑定結果必須要跟李昌鈺博士確認後才可公布。
4月9日，李昌鈺抵達台灣，他在機場首先表示，自己只是進行鑑識工作，後續的調查還需要台灣方面自行負責，而且他表示事件可能成為一宗懸案。當天他首先秘密拜訪總統府，檢查了陳水扁和呂秀蓮的傷口，確認是槍傷，而且是新的，但是就無法推測具體受傷的時間；隨後他又到台北調查局領取了所有的證物和照片進行研究。下午，李昌鈺到台南，先訪問奇美醫院與醫生談話，再度確認，之前受懷疑的X光片沒有問題。晚間他來到案發現場，採用雷射技術判斷出兇手可能是躲在公共汽車牌附近射擊，而且由於車內滿布細微玻璃碎片，是由外向內射擊所造成的無庸置疑。李昌鈺還發現子彈有機器印（machine mark），這需要進一步調查；至於陳水扁的外套上並沒有火藥殘留痕跡，代表遠距離射擊可能性極高。但他離開前留下了一段話。“假設今天這件事情是造假的，那我所做的判斷一律為無效。”
李昌鈺調查報告
8月28日晚11時，李昌鈺在美國召開記者會，宣布已經完成其133頁的調查報告，當晚就交給台北駐紐約經貿辦事處，立即以外交包裹形式送回台北，轉交給台灣方面負責刑事偵查的檢察總長盧仁發。記者會上，李昌鈺對媒體做出以下幾點交代：
1、李昌鈺的調查小組在子彈上找到十分特殊的“工具痕”（machine mark），對偵查十分有幫助，如台灣方面能找到作案時使用的槍管，就可進行比對。李昌鈺稱，只要找到槍枝，案件就解決了大半；
2、對陳水扁衣服的檢驗結果發現，夾克上大部分不是血跡，而是藥用油膏；在陳水扁的襯衫上也發現大量藥用油膏；
3、子彈上發現藍、白衣服纖維；
4、歹徒所使用的槍枝是特製的土製槍枝，由於工具痕特性一致，所以應為同一槍管。如果是兩支槍管，那會是用同一機器製成，然後切成兩半；
5、由於兇手非常專業，而卻又使用火力很小的槍枝，因此可以排除是政治謀殺行為。
李昌鈺表示自己的報告不設政治立場，不作任何推斷，也不受台灣藍綠和美國任何一方政治勢力的影響。但是他卻又表示“如果仔細讀（報告），就可以知道是什麼意思”。但是藍綠兩陣營對此的解讀卻完全相反，各自強調對自己有利的證據來發揮，民進黨稱該調查報告與刑事局之前的調查報告基本相似，而李昌鈺做出的“非政治謀殺”推論結論過於倉促，因為台灣與美國的情況不同，不應那么早排除任何可能。藍營則指，“非政治謀殺”的結論證明了藍營的清白，他們更進一步指出，既然動機非純粹的暗殺，則唯一可能的解釋就是企圖影響選舉結果，而這又是對當時選情並不看好的綠營有利。
涉案者及結案
2005年3月7日，台灣最高法院檢察署及刑事警察局召開聯合記者會，指出三一九槍擊事件開槍的嫌犯為已溺斃的陳義雄。但由於兇槍等證物尚未尋獲，目前仍不宣布破案。刑事警察局稱陳義雄家人已經坦誠陳義雄涉案，他在死前曾留有遺書承認犯案，但家人為保護陳義雄名譽已經將該遺書銷毀，並將陳義雄之死上報為意外死亡。
陳義雄已於2004年3月29日，即槍擊案發生後10日，落海溺斃於安平港，且其生前留下的遺書已經被毀，使得國民黨仍高度質疑調查的確實性，並表示2005年3月19日的三一九周年仍會舉行大規模抗議。而甫於2005年2月24日與陳水扁舉行扁宋會的親民黨也表示，嫌疑人已經死亡，使案件死無對證，對檢調結果存疑。
2005年8月17日，台灣最高法院檢察署檢察總長吳英昭正式宣布結案，由於涉案的陳義雄已死，全案予以不起訴處分。
外界對於刑事警察局調查結果的質疑主要集中在槍枝下落及嫌犯死亡的方式（有人質疑陳義雄生前是漁民，擅長游泳，溺水身亡的原因為何），泛藍更懷疑陳義雄系遭滅口。
遺書及家屬態度也是另一向關鍵，刑事局亦稱其家人因五次接受測謊未通過，加上為維護陳義雄名譽，對案情多所隱瞞，遺書亦早已焚毀。然而當此事件告一段落，部份陳義雄家屬接受新聞媒體採訪，被問及陳義雄是否是真犯人時，家屬並不直接回答，只說“這樣的結果我們不能接受”、“我們只希望還給我們一個平靜”。唯2006年03月12日陳義雄家屬翻供，並指責檢警逼供，案情再度產生新疑點。
當事人之一的副總統呂秀蓮則表示：民進黨政府保護民主人權，不會像過去國民黨執政時那樣栽贓無辜，這樣子結案他也不能接受，希望能繼續偵辦下去。在當時擔任行政院長的謝長廷也表示，必要時仍可再次邀請李昌鈺來台檢視。
2006年3月家屬翻供後，呂秀蓮發表兩點聲明：“一、呼籲各界尊重死者人權，體諒家屬處境，勿以政治因素干擾其生活安寧，但她本人願與家屬晤談以了解實情。二、為穩定政局，並杜國內外悠悠之口，建議新任最高法院檢察署檢察總長另組專案小組，繼續偵查三一九槍擊案，以期真相大白。”
李昌鈺記者會
台灣最高法院檢察署及刑事警察局召開聯合記者會當晚，鑑識專家李昌鈺博士隨即在美國康乃狄克州自宅召開記者會。他首先肯定台灣警調單位“取得重大進展及突破”。他說，侯友宜於案情發表會前日曾與他通過電話，把案情做了一次最新的匯報。依台北警方目前最新偵辦進度而言，他認為三一九槍擊案情可能有重大進展。
他也表示，依目前證據研判，陳義雄為兇嫌的可能性非常高。並建議：“由於陳義雄已溺斃，溺斃的確比較難以確定是他殺或自殺，但仍可以從地點、是否有遺書、屍體外傷等查出重要線索。即使陳已火化，也可從驗屍照片、法醫的記錄等，查出蛛絲馬跡。”
李博士表示，國外也有許多嫌犯已死亡、兇器未尋獲，但仍逕自宣布破案的例子。他表示：“最重要的是辦案人員能否達到百分之百的確信。例如三一九槍擊事件，警方即是運用排除法，逐一排除不可能涉案的槍枝。檢警所謂的重大突破，即是指目前己排除了百分之九十，只剩百分之十待查。一旦比對到僅剩一把槍未查，即使該槍枝未尋獲，仍可視為重要證據。”他同時承諾，必要時將返台協助調查。
五個不知道
2004年8月中華民國最高法院檢察署公布李昌鈺博士鑑識團隊的調查報告，證物編號4的夾克右下緣有類似彈孔狀之孔洞，但在2004年12月李昌鈺返台期間，坦承有五個鑑識上的“不知道”。
子彈穿過陳總統的襯衫並劃傷肚皮，夾克卻沒有破洞，原因“不知道”。
陳總統的夾克沒有破洞，襯衫為何會出現六個小洞，解釋“不知道”。
作案槍枝型號“不知道”。
火藥用量多寡“不知道”。
吉普車的車速“不知道”。
李昌鈺說，由於部份資料不齊，刑事警察局和部份民間單位據此所做的各項模擬試射結果，其實並不能回推當時槍擊真正的情形。
影響
這次事件對於2004年中華民國總統大選有著相當大的影響。在事件發生後，泛綠和泛藍兩個陣營都宣布取消一切競選活動，不過中選會宣布次日舉行的投票將如期舉行，原因是陳水扁僅受輕傷，不符合正副總統選罷法必須為候選人死亡或重傷才能延後投票的規定，而連戰陣營當時也未提出延期投票的要求。國民黨主席連戰在晚間陳水扁回到台北官邸後也親自前往探視，但是因陳水扁已經就寢，連戰在留下名片後離去。
事件的影響可能主要來自槍擊發生的時間（投票前夕），以及案發後政府第一時間處理的程式。例如一個被質疑的環節是，正副總統輕傷傷勢在台南奇美醫院已獲妥善處理而無大礙，但台北政府安全部門在案發後第一次召開的記者會，卻未將此點詳細說明，而做出子彈仍在傷者身上的評論，一度使選戰雙方和支持者流言四起。
案發稍晚，泛藍泛綠同聲譴責暴力，不過泛藍表示希望當局在3月19日午夜前公布初步的調查結果。支持泛藍的飛碟電台成員則在媒體上質疑槍擊案真假。
泛藍人士大多認為槍擊案對泛綠選情有很大的幫助，而多數泛綠人士則認為槍擊案本身同時刺激泛藍及泛綠選民的投票率；泛綠及部分泛藍本土派認為真正可能扭轉選情的是泛藍對於槍擊案的處置不當（質疑槍擊案真假）。
國際一些著名媒體，包括CNN和BBC，都在第一時間做出報導；日本首相和菲律賓總統向陳水扁發出慰問電。中國大陸國台辦則表示“密切關注勢態發展”，據傳中國大陸官方對訊息進行了管制，直到當晚9點新華社才發布一條簡短的訊息，稱“台灣領導人陳水扁”在競選活動中遭槍擊，但是傷勢不重。
在次日舉行的大選投票中，陳水扁和呂秀蓮都出現在投票所，兩人分別發表了一段講話，稱不會被子彈打倒。大選的開票結果是陳呂獲勝，雙方得率票勝差為0.228%。
當時泛藍陣營認為，由於數萬軍警等公務人員因受管制無法順利投票，被認為直接逆轉了泛藍陣營原可勝選的結果，但經選舉無效之訴合議庭調查後認為雖啟動國安機制，軍憲警人員並未增額留守。
但是由於泛綠高層高估泛藍選後行為對泛藍的傷害，造成同年立法委員選舉藍營高額提名、有些泛綠支持者認為泛綠必勝而懶得投票、而對泛藍失望的泛藍選票也沒有轉移到泛綠（沈富雄的落選為一例），因此泛綠立委席次只成長一席。
後續發展
三一九槍擊事件真相調查特別委員會
2004年8月24日立法院三讀通過三一九槍擊事件真相調查特別委員會條例。由於條例部分內容侵犯三權／五權分立原則、部分內容也等同允許以違反人權方式（如刑求）調查，故行政院隨即提出覆議，然而失敗。民進黨立院黨團提請大法官釋憲，在此同時，總統依法公布該條例，卻違反憲政慣例加以批註，並拒派代表參與三一九槍擊事件真相調查特別委員會。隨後真調會即召開會議，執政的民進黨則發動行政機關行使抵抗權，引發了嚴重的憲政危機。
同年12月15日司法院大法官作成585號釋憲，認為真調會條例“部分違憲”，宣告違憲的條例如下：
1、三一九槍擊案刑事責任偵查權專屬真調會
2、全部案卷證物移交真調會
3、真調會行使職權不受國家機密保護法
4、刑事訴訟法等法律規定限制
5、不得以涉及國家機密等理由規避或拒絕說明
6、真調會有權對相關人做出限制出境處分
此一釋憲否定以泛藍成員為主的真調會大部分的職權，但該會仍得以改組並繼續運作。此後的真調會沒有刑事調查權，而行政部門仍嚴令所屬機構拒絕配合。該會仍2005年1月17日公布的調查報告，斷言槍擊案是一場“操作選舉”。對立的泛綠質疑，在失去調查權力後，真調會的結論是並無根據，並認為這樣的結論是“由政治動機出發所做的荒謬推斷，完全無法令人接受。”真調會則反駁，釋憲後重組的真調會是合法機構，行政當局阻礙其運作，才是導致該會無法推動業務之主因。
疑點與反駁
動機疑點
邱毅呼籲319槍擊案應該要重啟調查1、使用土製槍械，威力比制式槍械小。
2、土製槍械無膛線，彈道比較不穩定，不可能精準瞄準移動中的人員只擦傷肚皮，應是誤傷。
3、如果同一人連開兩槍，兩槍間隔太短，開完第一槍，因后座力而槍口上揚，第二槍無法瞄準。
4、火藥減量，第一顆子彈只夠打破玻璃，第二顆子彈只夠打破一層夾克，掉在陳水扁衣內。
5、如果兩顆子彈調換順序，第一槍打不穿玻璃無法傷人，第二槍反而可能致人於死。
6、火藥減量，子彈威力非常小，打破玻璃後的彈道會因動能衰減而急速下彎，無法預測。
7、第一槍有充足時間瞄準，但並沒有朝沒被玻璃擋住的人體上半身頭胸等要害直接射擊，而是打擋風玻璃，之後傷及下半身的膝蓋。
子彈火藥減量疑點
以下矛盾，可由嫌犯唐守義解釋。
1、據嫌犯唐守義表示：為害怕出人命，所以[只裝]五成到六成的火藥。
2、刑事警察局專案報告指出：唐守義為[增加]子彈火藥容量，將底火坫片的牙數由四圈改為二至三圈。
以下矛盾，可由侯友宜先生解釋。
1、2004-06-24 刑事局長侯友宜強調，歹徒沒有刻意將火藥減量。
2、據嫌犯唐守義表示：為害怕出人命，所以[只裝]五成到六成的火藥。
瞄準的目標的疑點
1、槍手理應知道自己槍枝和子彈的威力很弱，而且第一槍有充分的時間瞄準。
但第一槍卻是打擋風玻璃，而不是對陳水扁或呂秀蓮的頭部胸部等要害部位射擊。
2、沒有人能預測子彈打破擋風玻璃後的動向，因此第一槍絕對不是瞄準呂秀蓮女士的膝蓋來發射的。這只是誤傷。
3、如果在一秒內連開兩槍，那第二槍沒有人能瞄準行進間車子上的目標還只擦傷肚皮。所以第二槍瞄準的絕不是陳水扁先生的肚皮。這只是誤傷。
子彈動能疑點
第一發子彈能以約40度角貫穿汽車擋風玻璃，再傷及呂秀蓮女士：
1、依經濟部標準檢驗局的CNS國家標準，汽車擋風玻璃的耐貫穿實驗，要能垂直承受88焦耳的能量而不被貫穿。
2、入射角40度，依三角函式可計算要貫穿的距離增加30%以上，貫穿所需要的能量超過88*1.3=114.4焦耳。
3、刑事警察局引用日本研究，表示子彈動能20焦耳才能穿破皮膚。
4、所以第一發子彈的動能至少超過114+20=134焦耳。
5、如果還打穿了呂秀蓮女士的護膝，可能動能超過了160焦耳。
6、依據美軍技術手冊TM9-1907記載，子彈動能達到58呎-磅（78.6焦耳）以上時就具有殺傷力或造成失去戰鬥力。
7、據嫌犯唐守義表示：為害怕出人命，所以[只裝]五成到六成的火藥。不過第一彈的動能，卻是美軍致命標準的兩倍。
8、但刑事警察局試射結果，第二發子彈動能只有62焦耳。是第一發的一半以下。
2005年3月，美國重要媒體《紐約時報》網路版評論陳水扁政府所公布的319槍擊案破案報告就像坊間廉價小說的情節。
2005年3月19日，政治屬性泛藍的民眾重新號召其支持民眾，至總統府前遊行抗議，聯合報、中央日報及國民黨黨部皆宣稱有30萬餘人參與該場遊行。同時台北市警察局表示，大約有3-4萬人。自由時報報導為3-4人。
甫進行扁宋會的親民黨主席宋楚瑜則選擇不主動、但亦不反對其成員遊行。然而，此一決定造成親民黨及泛藍內部嚴重爭議，引發了部分泛藍支持者的不滿。
另外，曾於1998年獲得監察院委託重新調查孫立人將軍案的中央研究院近代史研究所學者朱浤源，案發後一年間自行研究案情，出版了《槍擊總統？》一書，認為該案疑點甚多，可能屬於假造。朱浤源當年就讀於台大政治系博士班的指導教授，即為前任國民黨主席與總統候選人連戰，泛綠方面認為他立場與背景明顯偏袒泛藍，懷有偏見，論據不足採信。仍宜以檢調和刑事局等專業和有公權力機構之調查為準。
呂秀蓮的意見
呂秀蓮2007年4月，副總統呂秀蓮接受台灣媒體訪問時公開指出，三一九事發當天她曾提出，由於自己與總統傷勢不重，應於包紮後即召開記者會安定輿情，為國安部門所拒。她同時聲稱總統府秘書長邱義仁把“三一九記者會開成那樣，害陳總統背黑鍋”。呂秀蓮堅稱該案絕無“作假”，但案發後的處理與調查都有疏失。她也不認同警方指陳義雄涉案的結論。2008年中華民國總統選舉結束，呂秀蓮在接受電視訪問時表示，新領導人可以重新調查三一九事件，她的這個態度沒有改變。呂秀蓮後來在發表“透視319”時，提出了4種可能和七大瑕疵，這四種可能有:1.紅色(中國大陸)，可能原因:消滅台獨、打擊民進黨。不可能原因:應由職業狙擊手犯案，一槍斃命。2.藍色(泛藍)，可能原因:阻卻陳呂連任，先下手為強使選舉延後。不可能原因:沒有理由要殺副總統，且案發後連宋主動宣布停止競選活動，分別探視陳呂，展現一定善意。3.綠色(泛綠)，可能原因:為爭取同情拉抬選情，藉故啟動國安機制，限制軍警人員投票。不可能原因:只要槍擊副總統即可，不必連總統一起挨槍。國防部也一再強調，319當天無法投票的3萬7千多軍人是因特殊任務性質，與啟動國安機制無關。4.黑色(賭盤或黑道)，可能原因:選情後期翻轉，怕輸故鋌而走險。不可能原因:專案小組早排除此一可能，且陳義雄無簽賭嗜習。七大瑕疵:1.槍彈出自唐守義製造?質疑點:真調會曾對兩者的製造方法與特徵尺寸提出專業質疑，唐守義也公開否認。2.陳義雄出錢買槍?質疑點:全憑陳義雄姐夫黃維藩的片面之詞。對陳義雄買槍的錢無法交代，槍枝至今也未尋獲。3.黃衣禿頭男出現槍擊熱區?質疑點:無人證實。黃衣禿頭男是否就是陳義雄，家屬的說法也前後不一。4.陳義雄的暗殺動機?質疑點:反扁挺藍就是槍擊案殺的強烈動機?陳義雄支吾其詞不等於默認犯案。5.陳義雄死因過分離奇?質疑點:應非意外落水，也非自殺。專案小組未查證陳義雄死前的行蹤；目擊者指稱看到陳義雄死前曾與3男1女現身安平港，專案小組卻以目擊者“眼誤”輕輕帶過，令人起疑。6.檢警一槍二彈說法?質疑點:專案小組似乎曲解李昌鈺原意，貿然認定陳義雄並無共犯，太過武斷草率。7.陳義雄0.63秒內連開2槍?質疑點:陳義雄無專業射擊能力，如何能再現場1千多名警力及隨扈保衛下，2槍2命中，案發後又從容逃逸無蹤?
李昌鈺2008年的新說法
2008年2月18日晚，李昌鈺在出席國際青年領袖基金晚宴演講時說，案發之後沒有封鎖現場是重大失誤，但他根據車玻璃彈孔判斷，“槍手要射的人並不是站在前面的那個人，而是後面那個人”。
2008年2月19日，在美國法醫學年會回答記者提問時，李昌鈺再度確認再度確認稱：“槍案的第一顆子彈是45度的角度，從左向右斜著進入，彈道是非常明確朝向呂秀蓮”，他沒有辦法確定槍手的動機，“但是開第一槍時有足夠的時間準備，也有足夠的時間瞄準，因此第一槍打誰最能表現槍手的意圖”，而他判斷槍手的目標是呂秀蓮。至於第二顆子彈，他表示，瞄準的不一定是陳水扁。他解釋，槍手打完第一槍之後應該沒有足夠的時間瞄準，加上吉普車正在前行，所以彈道顯示子彈是射向吉普車，但那不一定是射向陳水扁。因為“如果是以陳水扁為目標，為何不瞄高一點，射擊頭部呢？”。不過，李昌鈺鑑定陳水扁腹部所受傷的確是槍傷。後來李昌鈺再次否認了“動機說”，稱記者誤解他的意思，自己只對物證和彈道負責，不會去分析槍手的動機。李昌鈺辨稱：“呂副總統中彈是結果，但他無法根據現場跡證推論出歹徒射擊的目標就是呂副總統，因為槍手可能槍法很爛，或者本來只想朝吉普車開槍，並沒有設定要打呂副總統或陳水扁總統”。但在之前的報導中，記者就已經有提到李昌鈺說自己無法確定槍手的動機。
李敖的說法
2005年9月，著名作家、歷史學家李敖在參與鳳凰衛視的《魯豫有約》的節目中透露，在CIA給他的一份李昌鈺的偵辦結果顯示：三一九槍擊案是“兩個人、兩把槍、兩顆子彈”，一個人是替罪羊，另一個人可能是陳水扁自己安插的人，而不是現在所謂的“一個人、一把槍、兩顆子彈”。但是李昌鈺是美國方面的人，他在美國的指使下，沒有把真相公布天下，而是把偵辦的真實結果壓下來。李敖在節目中表示：美國從此憑藉手中掌握的三一九槍擊案的真相為要挾，與陳水扁政府作政治交易，要求台灣當局把6108億台幣的天價軍購案過關。
