早年經歷
邱義仁邱義仁1950年5月生於台南，和陳水扁是同鄉。他畢業於台大哲學系， 後獲得美國芝加哥大學政治學碩士學位。25歲從政，1984年創立了“新潮流系”，1986年成為民進黨創黨18名籌備委員之—，台灣行政院秘書長，台灣國家安全會議副秘書長。2008年10月31日清晨因涉貪污被聲押獲準，前台灣情報頭子邱義仁被銬上手銬，坐進囚車，送往台北看守所。
政治生涯
邱義仁曾擔任民進黨副秘書長和秘書長達9年之久，因此他最大的特點就是善於協調，是民進黨內部的重要智囊。在2000年選舉期間，他更是充分發揮了幕後軍師的作用。一直以來，邱義仁都是宣揚“台獨”的幹將，有“台獨第一軍師”的稱號，“公民投票”就是其主要觀點之一。他向陳水扁提出了“台獨行動綱領”，即在台灣舉行“公民投票”，決定統“獨”走向。至於“公投”時機，他認為應具備三個要素，一是島內共識，二是國際因素，三是大陸的反應。陳水扁的“一邊一國”論正是體現了他的主張。他是陳水扁黨務工作的重要智囊，他曾擔任民進黨副秘書長和秘書長達9年之久，他最大的特點就是善於協調，是台獨的基本教義派，在台灣兩次“總統”選舉期間，他扮演了幕後軍師的角色，他還是陳水扁與美國溝通的重要渠道。
擔任職務
台灣行政院秘書長
台灣國家安全會議副秘書長
台灣民主進步黨駐美代表
台灣民主進步黨秘書長
台灣文化大學政治學系兼任講師
人物履歷
1976年：民主進步黨（民進黨）創黨18人小組
1976—1978年：民主進步黨副秘書長1982年：台灣文化大學政治學系兼任講師
1991—1995年：民進黨副秘書長
1995—1999年：民進黨秘書長
1999—2000年：民主進步黨駐美代表
2000年：民主進步黨陳水扁“總統”競選指揮中心執行總幹事
2000年：“國家安全會議副秘書長”
2000-2002年：“行政院秘書長”
2002年2月1日-2002年3月7日：國家安全會議秘書長
2002年3月7日-2007年2月6日：總統府秘書長
2007年2月6日-2007年5月20日：行政院副院長
2007年5月21日-2008年5月6日：行政院穩定物價工作小組召集人
2016年5月27日主導台當局對日事務的“亞東關係協會”完成改選，由陳水扁執政時期的“國安”機構負責人邱義仁接任會長。
人事任命
陳水扁調動人事島內在野黨認為是選舉考量，中國國民黨與親民黨都認為，這是民進黨為因應年底“立委”選舉與明年台灣地區領導人選舉所作的準備，而與民進黨同屬“綠營”的台聯黨，也與泛藍陣營的看法相同。綜合台灣“中央社”、陳水扁辦公室發布新聞稿指出，陳水扁任命台當局“國安會秘書長”邱義仁為台當局“總統府秘書長”，職缺由“總統府秘書長”陳唐山調任。台當局“國安局局長”薛石民調任“總統府戰略顧問”，職缺由“國安局副局長”許惠佑調任。中國國民黨中央政策會執行長曾永權接受媒體訪問時表示，
邱義仁（左）
邱義仁是民進黨選舉機器的要角，2004年台灣地區領導人選舉時，雖然擔任台當局“國安會秘書長”職務，卻仍擔任民進黨大選操盤手，引起“國安機構”介入選舉非議，這波調動是為方便邱義仁操作民進黨選舉機器。
邱義仁國民黨籍“立委”蘇起（不分區）認為，邱義仁的任命案是為啟動民進黨選舉機器，許惠佑的任命可視為陳水扁將“軍、情系統本土化”的第一步，在“軍購案”預算通過後，現任台當局“國防部長”李傑就可“光榮下台”，由“副部長”柯承亨接替，完成台灣“軍、情系統本土化”。他 擔心在“軍、情本土化”完成後，“族群、省籍”仍會是民進黨年底、明年選舉的主要訴求。親民黨政策研究中心主任張顯耀當晚受訪時也指出，陳水扁這次人事調度很突兀，不尊重專業，許惠佑歷任台海基會副董事長兼秘書長、“海巡署長”，從未接觸“國安體系”，“掌控得了‘國安局’嗎？”他說，台“立法院”曾決議“國安體系”官員不得介入黨政事務，但“立委”與台灣地區領導人選舉在即，扁再次重用邱義仁，目的當然為了介入選舉操盤，可見陳水扁準備要出招了。台聯黨也表達出與國親兩黨相同的看法，該黨“立法院”黨團總召集人曾燦燈認為，從邱義仁的從政經歷來看，每每關鍵的選舉時刻，他總會回台當局“總統府”當“秘書長”操盤，因此，邱義仁與陳唐山職務互調，應該是民進黨的選舉考慮；至於許惠佑掌台當局“國安局”，則是文人出任台當局“國防部長”的先期布局。此外，對於此次人事洗牌，台灣TVBS電視台指出，外界認為，陳水扁辦公室是考慮到“機要費”案開庭因素，再加上陳唐山直率敢言的性格，常引發爭議，才會將其與以“謀略智囊見長”的邱義仁互調職務。不過民進黨主席游錫堃否認了這一說法。
扁案角色
扛得下嗎
距離卸任廿天，扁政府又爆出大紕漏，讓人眼界大開，原來扁政府涉外事務是這樣搞的。台灣外交處境困難，掮客難免，但是扁政府信賴掮客已經到了匪夷所思的地步。當年從呂秀蓮出訪東南亞，到陳水扁的世紀大迷航，都是透過掮客；總統大選前爆出的中東投資案，冒出頭的還是掮客；這些號稱有通天本領的人士，開出天價，惹出事端，扁政府卻硬是不信邪，再讓活生生的三千萬美金“人間蒸發”，這回落跑的不是華裔掮客，卻是扁系所相信的“自己人”。這個迄今失聯的金紀玖，政壇認識他的人不少，打過交道者大概都有個譜；此人企圖靠著政商關係賺點蠅頭小利，而他經營政商關係的手法不過就是代付酒錢、贈送名筆，招呼到讓你貼心。他在前國民黨大掌柜劉泰英人前人後跟了不只十年，沒聽說真撈到什麼好處。最後，金紀玖竟在扁營里大A十億。金紀玖一路鑽營的扁系人馬從最早的馬永成、柯承亨、林文淵，然後真給他鑽進了邱義仁辦公室。為什麼扁系人馬會信賴一個靠逢迎拍馬行走江湖的人？眾多扁系人馬里，與之敷衍者不少，敷衍之後少與往來者更多，如果沒有扁的影子，邱義仁是哪根筋壞了，會把建交大事交到此人手裡？不要忘了，國防外交兩岸早經扁宣示屬總統職權，此案，恐怕未必是邱義仁一肩扛得下的。
關於邱義仁住過什麼高檔旅館，海外旅遊吃過什麼好料，乃至於喜歡穿什麼名牌衣服，都隨著邱毅爆料邱義仁的信用卡明細而“公諸於世”。扁當局本來就有貪腐形象，邱義仁涉巴紐案也在被調查之中。現在加上這些花花綠綠的消費資料，真不知應當成八卦新聞，還是當成“全民公審”？但這真的只是一則花邊新聞嗎？一年前，台新銀行被“金管會”罰鍰兩百萬元，另加處分停發新卡一個月，就是為了邱毅爆料陳致中和趙建銘的信用卡資料事件。台新銀因泄密而被主管機關重罰，自行懲處記過內部員工達百人以上。如今舊事上演，“金管會”要第二度處罰台新銀嗎？台新控管內部資料是否有問題，固然有待查證。但“立委”是透過什麼管道取得銀行內部資料，難道不也是問題核心嗎？而整件事是在“‘立委’喜歡爆料，民眾歡迎爆料”的社會氣氛中燒起來的。反正藍綠對立，只要一方爆對方的料，就被當成“鋤奸英雄”一般受到喝彩和附會。“綠委”對馬英九和國民黨官員的綠卡大爆料，邱毅對扁家族及其親信的消費習性大爆料，也不管資料來源和內容真實性如何，只要能讓對方焦頭爛額，能擴大自己的“民眾基礎”，能在媒體上熱鬧一陣，就達成爆料目的了。
如果這就是台灣的常態現象，或甚至被視為“揭弊”的正當手段，那不如大家一起來宣布“司法已死”！個資遭到泄密，在現代法治社會根本是犯罪行為，還敢大搖大擺開記者會“公告”嗎？和邱義仁同涉巴紐案的黃志芳的帳戶也被泄露，他二人的財務資料，就算正受司法調查，也仍在“偵查不公開”的階段，連檢察官都無權公布。“立委”拿著他人刷卡明細開記者會，調侃某某人愛穿某某名牌衣服，此事如果具有正當性，則政商名流難保不成為下一次“公布欄”上的受害者，又有那一個平民百姓的隱私能受到保護？張俊彥被爆料以及白文正之死事件後，輿論還認真檢討過爆料風氣的惡劣影響。但爆料之風何曾收斂？何曾被繩之以法？司法單位要查邱義仁，“金管會”要查台新銀，而正義之線只到此為止嗎？
拜訪阿扁
2008年9月3日電台灣前“調查局長”葉盛茂召開記者會大爆料，同一時間，前“國安會”秘書長秘書長邱義仁亦進入陳水扁辦公室，因此引發外界諸多揣測。邱義仁晚間表示，看他(指扁)很慘，所以去跟他聊聊天、打氣，自己也是曾經歷過“這種事”的人，最能體會此時的感受，這個時候探望老長官，是做人基本分寸。台灣檢方羈押“巴紐案”涉嫌人吳思材期限將在本周五屆滿，據了解，目前檢方清查結果，吳、金兩人海外賬戶並無款項流入公務人員賬戶，前邱義仁可望擺脫“巴紐案”的糾纏。他在家中接受訪間，言談間顯得神清氣爽，他笑稱自己是個“半死之人”，“已被打個半死的人”。邱義仁表示，他在葉盛茂召開記者會的同一天前往陳水扁辦公室，純屬巧合，因昨日至台大醫院抽血檢查，就順道去探望老長官。
與扁切割說
他意有所指地說，聽說陳水扁前陣子情緒不太好，自己也是經歷過這種事(指巴紐案)的人，知道此時有人打氣很重要。到扁辦時，葉盛茂的記者會還沒開始，記者會開始時兩人正在閒談，扁並未開電視觀看記者會現場直播。邱義仁形容，和扁談話，感覺他還算恢復以前說話的神色，不過，心情仍未見舒坦。對於民進黨內傳出與扁切割說，邱義仁相當不以為然，他直言，民進黨的動作應該要等司法調查清楚，等這些事情過了再說，民進黨人此時跟扁要切割，“要切割什麼？怎么切割？”他進一步問，“是切割官司？還是切割過去八年的功功過過？”他表示，要切這個官司很無聊，無罪就判無罪，有罪就有罪，都是扁一個人的事。若是把扁過去八年的所有作為都切掉，更是不智，扁執政八年的功過都有，也都需要時間沉澱。邱義仁說，此時未想清楚就做切割，傷都傷到民進黨人，自己要先想好，這個節骨眼風風雨雨更需要穩下來想清楚。邱義仁說，做人有一些基本分寸和基本要求，若司法認定扁有罪，他也沒辦法硬拗，但“過去的長官也是朋友”，此時有事，連去看一下也沒有，不是做人的基本道理。
收押禁見
陳水扁任內“行政院副院長”邱義仁被收押禁見，2008年10月31日，台灣檢方特偵組在偵辦陳水扁一家涉嫌海外洗錢案中，發現前“國安會”秘書長邱義仁疑似在2004年侵吞“機密外交”經費50萬美元，30日在傳喚邱義仁到案訊問後，以他涉嫌貪污治罪條例利用職務詐取財物罪且有串證之虞，向法院聲請羈押。台北地方法院審理後，於31日凌晨裁定邱義仁收押禁見。隨後這位陳水扁當權時期的高官被戴上手銬，送往台北看守所拘押，成為洗錢案又一名被收押者，且是職務最高者。特偵組主任檢察官、 發言人陳雲南30日以該案涉及“機密外交”為由，拒絕披露邱義仁涉案詳情。邱義仁是民進黨創立者之一和派系龍頭，曾任民進黨秘書長、當局領導人幕僚長、“行政院副院長”和統轄當局情報工作的“國安會”秘書長等要職，在近年來島內多次重大選舉中扮演民進黨操盤手的角色。
挪用機密預算
台灣《中國時報》報導說，特偵組懷疑，陳水扁利用“金援外交”名義，挪用當局“外交部”的機密預算，事後並有部分資金流向陳水扁家族的海外人頭戶；另懷疑陳水扁宣稱以“國務機要費機密費”核銷“機密外交”，資金根本不是“機要費”，而疑似來自“外交部”機密經費。為此，特偵組30日下午動員全體檢察官、檢察事務官兵分多路搜尋，並以證人身分傳喚邱義仁等多位陳水扁任內“外交”、“國安”單位高官，偵查行動一直持續到深夜，最後決定聲押邱義仁。另據報導，特偵組偵辦陳水扁“機要費”貪瀆案，將在2008年11月24日“扁家賬房”、原當局領導人幕僚機關出納陳鎮慧拘押期滿前結案。針對這一報導，特偵組表示，一切都還在積極偵辦，將儘快在年底前結案。與陳水扁一家有關的幾個大案中，“機要費”案目前屬於收網階段，洗錢案也屬於後期階段，海外密賬案已查出部分明朗案情，可望一併結束偵查。
刑逾十年
涉貪污及泄密刑責台媒稱邱義仁恐須服刑逾十年，偵辦陳水扁洗錢案，台檢方查出台當局前“國安會秘書長”邱義仁將50萬美元旅行支票在賭場兌現。此外還查出邱義仁因金援案下台後，將替陳水扁執行秘密“外交”的數據帶回家，檢方先以貪污罪聲押邱義仁，另分案追究其涉泄密刑責。據了解，由於邱義仁在貪污案部分即觸犯法定本刑七年以上罪責，未來再論處其涉嫌泄密刑責，已經59歲的邱義仁，可能會獄中服刑超過十年。據台灣《聯合晚報》報導，特偵組今天凌晨三時將邱義仁涉案卷證移送台北地方法院閱卷， 法官四時開庭，五點三十分即裁定邱義仁羈押禁見，審案速度顯示，邱義仁涉案罪證相當明確。事實上，陳水扁卸任前，邱義仁即因涉及金援案被搜尋過一次，台北地檢署當時在邱義仁家中查扣事證不多。陳水扁卸任後，特偵組啟動偵查機要費案、洗錢案，上月25日特偵組發動第二波搜尋，檢調當即懷疑陳水扁利用機密“外交”A錢，一併搜尋與執行“外交”事務有關的邱義仁及前“外交部長”陳唐山。
羈押禁見
特偵組監聽發現，在陳水扁弊案如火如荼的偵查期間，邱義仁疑將卸任後替陳水扁執行金援項目的數據帶回特定處所，特偵組開出六張搜尋票搜尋邱義仁及其友人住處，於檢方第三度對他搜尋時終於查扣一批敏感資料。由於事涉機密事項及“外交”機密，辦案單位不願透露扣案證物內容，但表示證物與其利用“國安會秘書長”、“行政院副院長”的職權交代“外交部”撥款有關係。此外，邱義仁向“外交部”詐領的50萬美元旅行票，因在澳門“威尼斯人”賭場及美國共兩個賭場兌現被查獲，不過，由於澳門賭場是開幕時間不長，邱義仁詐欺旅行支票後很長時間才使用。特偵組認為，不管邱義仁是個人去兌現領籌碼或換現金，或是他交付第三人去兌現，由於他詐領專款罪證確鑿，所以被裁定羈押禁見。
銬入看守所
邱義仁上銬入看守所與詐欺犯同牢房，2008年10月31日清晨因涉貪污被聲押獲準，前台灣情報頭子邱義仁被銬上手銬，坐進囚車，送往台北看守所。報導說，邱義仁今天上午遭到台北法院裁定收押，約在7點20分步入台北土城看守所，身上穿著白色襯衫，不過臉上的神秘微笑不復見，取而代之的是落寞的神情。邱義仁在看守所的編號是2875，住在“孝三舍”的雙人房，和詐欺犯同房。經過一晚偵訊，邱義仁還不能休息，必須經過一連串檢查；看守所人員也將告知未來在看守所的注意事項。邱義仁在擔任台當局“國安會秘書長”期間，因涉嫌詐領50萬美金“機密外交”款，加上至少八次動用了“機密外交”預算，還不包括金援案，就已經超過750萬美金，約摺檯幣2.37億元，且未提出相關使用收據，因此被依涉貪污重罪且有串證之虞，裁定收押。
詐領50萬美金
邱義仁詐領50萬美金疑似部分流入賭場兌現，前台當局“行政院副院長”邱義仁因涉侵吞50萬美金，遭到檢方聲押。今天傳出邱義仁詐領的50萬美金，有部分流到海外賭場兌現。邱義仁遭收押禁見，法官的理由是，邱義仁犯下“貪污治罪條例”7年以上重罪，符合5年以上羈押要件，另外還涉嫌違反有關機密保護的法規，且有串供之虞，因此庭訊之後順利將邱義仁收押。報導說，邱義仁在2004年擔任台當局“國安會秘書長”，涉嫌侵吞公款50萬美金，折合台幣1000多萬；而台北法院發言人表示，邱義仁當時向台“外交部”申請了多張空白支票，之後這些支票有部分在海外賭場被兌現了。回溯檢方特偵組在9月25日的大搜尋中，除了陳水扁辦公室、住處之外，其實邱義仁家中也遭到搜尋。當時檢方發現有非常多“機密外交”資料被邱義仁帶回家。邱義仁在擔任“國安會秘書長”期間，有許多受外界質疑的地方，包括曾8次向“外交部”拿了“機密外交”款項，且金額高達2.3億新台幣，最啟人疑竇的是，當時在要這些錢的時候，並未附上支出明細。另外在2006年發生的金援弊案中，10億新台幣的公款遭侵吞、流向不明，當時邱義仁被列為貪污被告。
