遊戲系統
遊戲系統與SFC的前作相比又有了很大的改變。遊戲角色增加至四名，可以在遊戲開始前選擇。人物增加了血格的設定，每條命有三格血（這個設定在美版中被取消了）。操作上，為了配合MD的手柄，變為如下設定：A：武器切換
B：射擊
C：跳躍
X或A＋B：切換射擊狀態
下＋C：滑鏟
其中，前作的“定位射擊”依然存在，新增動作“滑鏟”，在滑鏟時人物處於無敵狀態
武器系統變為每個角色各自有A、B、C、D四種不同的武器，在遊戲初始所有人都是普通衝鋒鎗，通過取得標有A、B、C、D字母的紅色獵鷹取得相應武器，以下是各位角色的武器列表：
A武器 B武器 C武器 D武器
雷 雷射步槍 爆發彈 霰彈 跟蹤飛彈
茜娜 機關槍 手雷 雷射 跟蹤雷射
方 格林機關槍 破壞拳 火焰噴射器 超力破壞彈
布羅尼 V字雷射 特種手雷 電子悠悠球 防衛球
炸彈不再是一條命自帶一個而是全部在遊戲中獲得，避免了堆命靠炸彈通關的打法。
遊戲中第一次出現了分支路線和多結局設定，走不同的路線直接關係到不同的結局。結局總共有五個。
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align="center" | STAGE 1
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align="center" | Stage 2
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align="center" | STAGE 4
STAGE 13
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align="center" | STAGE 5
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align="center" | STAGE 6
STAGE
7
STAGE
11
style="background-color: rgb(255, 102, 0);"
align="center" | ROUTE A
STAGE
8
STAGE
9
style="background-color: rgb(255, 153, 0);"
align="center" | ROUTE B
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align="center" | STAGE 3
style="font-weight: bold;" colspan="2"
align="center" | STAGE 1
style="background-color: rgb(255, 204, 51);"
align="center" | ROUTE C
style="font-weight: bold;" colspan="2"
align="center" | STAGE 12
style="background-color: rgb(255, 255, 102);"
align="center" | ROUTE D
雖然MD主機的機能，特別是迴轉放縮方面不及SFC，但在KONAMI的製作人員的努力下，《魂斗羅·鐵血兵團》的聲光表現絲毫不遜於SFC上的前作。
劇情
異形戰爭（即《魂斗羅精神》中的與外星人的戰爭）結束三年後的公元2639年，戰爭中的英雄巴哈姆特上校陰謀發動政變顛覆地球聯邦政府，事情敗露後巴哈姆特下落不明。兩年後的2641年，聯邦軍的機器人部隊突然發生暴動，地球聯邦軍統合機動部隊特別任務班，通稱“魂斗羅部隊（Hard Corps）”的四人雷、茜娜、生化改造狼人方和機器人布羅尼被派遣前往平息暴動。在任務的同時，地球聯邦實驗室內保存的異形細胞被搶奪。這一切都是兩年前失蹤的巴哈姆特上校所為。巴哈姆特上校為達成統治世界的野心和實驗室的科學家勾結，意圖利用異形細胞開發生化兵器。“魂斗羅部隊”因此被派遣出動阻止巴哈姆特的陰謀得逞。秘技
以下秘技均只限在日本版中使用在標題畫面，用2P手柄輸入C、B、A、右、左、C、B、A、右、左、C、B、A、右、左，聽到提示音後即表示輸入成功，可以將初始生命數增加至70。
在標題畫面，用2P手柄輸入左、右、A、B、C、左、右、A、B、C、左、右、A、B、C，聽到提示音後即表示輸入成功，可以在進入遊戲選擇人物後選關。
在遊戲中按Start鍵暫停，輸入上、上、下、下、A、上、上、下、下、B、上、上、下、下、C，聽到提示音後即表示輸入成功，可以立即獲得四種武器。
魂斗羅系列
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