圖書信息
書名:蛋白質結構模擬與設計
作 者：李榮秀
出版社：化學工業出版社
出版時間：2011年5月1日
ISBN:9787122101839
開本：16開
定價:49.00元
內容簡介
《蛋白質結構模擬與設計》在扼要回顧蛋白質結構研究中的重要歷史事件及概述蛋白質結構基礎理論基礎上，闡述蛋白質結構預測、蛋白質結構模擬、鋅指核酸酶的構建、誘導多能幹細胞的關鍵轉錄因子Oct4結構模擬與設計、蛋白質(酶)進化工程等內容。書中部分素材來源於作者自
身研究成果和經驗，內容較新。
《蛋白質結構模擬與設計》作者撰寫本書的目的之一在於引導從事蛋白質結構研究的科技工作者在解決具體問題借鑑前輩科學大師的有效邏輯、方法及強有力的意志。
圖書目錄
第1章導論1
11生命是什麼1
12生物體的有序結構1
13生物體功能與結構層次2
14蛋白質是生命活動的載體2
141蛋白質的功能2
142蛋白質結構4
15蛋白質結構模擬5
151序列比對6
152蛋白質結構比對和預測6
參考文獻7
第2章蛋白質結構研究的重大歷史事件8
21假設+假設=諾貝爾獎8
211X射線：波還是粒子？8
212晶體結構之謎9
213諾貝爾獎培訓班9
214一石二鳥的精巧實驗設計10
22父子同心:X射線晶體學11
23蛋白質晶體學的興起12
231蛋白質結構12
232多蘿西?霍奇金：蛋白質結構測定時代的起始12
233馬克斯?佩魯茨：蛋白質結構測定技術的成熟13
234相位問題16
235又是相位問題：核糖體結構的解析18
24核磁共振方法20
241傅立葉變換和多維核磁共振20
242測定蛋白質結構的核磁共振方法22
25蛋白質結構測定的其他輔助工具24
251實驗方法24
252計算及結構顯示工具24
26生物分子、複合物及病毒結構測定25
261重要生物學功能蛋白的測定25
262病毒結構的測定27
27同步輻射光源及發展趨勢28
參考文獻30
第3章蛋白質結構基礎理論32
31蛋白質結構形成的本質32
32分子勢能33
321量子力學33
322Born?Oppenheimer近似34
323勢能函式36
33分子內基團識別的要素37
331分子之間相互作用37
332靜電相互作用38
333氫鍵39
334溶劑或疏水相互作用39
335倫敦類型的相互作用41
336原子核在超短距離時的排斥作用42
34識別的專一性42
35基團間識別與接觸44
參考文獻45
第4章從序列到結構46
41背景介紹46
42蛋白質二級結構預測47
421Chou?Fasman方法47
422GOR方法47
423機器學習48
43蛋白質三級結構預測49
431蛋白質結構的從頭預測50
432蛋白質結構的同源建模50
433同源建模實例53
44蛋白質四級結構預測56
45結束語57
參考文獻57
第5章蛋白質結構模擬在蛋白研究中的套用實例59
51引言59
52蛋白質結構的預測60
53分子對接61
54蛋白結構預測與分子對接在生物研究中的套用64
55分子動力學模擬在蛋白結構變化中的套用67
551研究背景68
552實驗方法68
553實驗結果69
554結論71
56分子動力學模擬研究胺基酸突變對蛋白結構的影響72
561研究背景72
562方法介紹73
563實驗結果與分析74
564結論76
57靶標蛋白與抑制劑的相互作用研究77
571研究背景77
572實驗方法78
573體系分子動力學軌跡分析79
574結構變化分析81
575結論85
58本章總結85
參考文獻86
第6章鋅指核酸酶的構建88
61鋅指蛋白88
611鋅指蛋白的分類89
612鋅指蛋白的作用及機制89
613鋅指蛋白與免疫性疾病91
62鋅指核酸酶92
621核酸酶92
622鋅指核酸酶93
63鋅指核酸酶的設計94
631靶位點的確定94
632ZFN蛋白序列的設計及最佳化95
633鋅指核酸酶設計舉例95
參考文獻106
第7章誘導多能幹細胞的關鍵轉錄因子Oct4結構模擬與設計108
71導讀108
72幹細胞108
73誘導多能幹細胞110
74轉錄因子Oct4112
75轉錄因子Oct4結構解析的意義113
76蛋白質三維結構研究方法115
77同源模擬法117
78轉錄因子Oct4的POUS結構域同源模擬118
參考文獻123
第8章蛋白質（酶）進化工程125
81蛋白質的理性設計128
811蛋白質原有性質的改進128
812蛋白質優良性質的組合130
813蛋白質新催化活性的獲得131
82蛋白質的定向進化132
821定向進化的原理及目的132
822定向進化的套用133
83蛋白質的半合理設計134
831基於結構的有選擇的隨機突變134
832隨機突變後的定點飽和突變135
833隨機突變與定點飽和突變同步135
834計算機輔助的半合理設計135
84套用實例——超嗜熱醯基肽水解酶/酯酶的半理性設計136
841引言136
842實驗方法136
843實驗結果140
844討論151
845小結152
參考文獻153
第1章導論1
11生命是什麼1
12生物體的有序結構1
13生物體功能與結構層次2
14蛋白質是生命活動的載體2
141蛋白質的功能2
142蛋白質結構4
15蛋白質結構模擬5
151序列比對6
152蛋白質結構比對和預測6
參考文獻7
第2章蛋白質結構研究的重大歷史事件8
21假設+假設=諾貝爾獎8
211X射線：波還是粒子？8
212晶體結構之謎9
213諾貝爾獎培訓班9
214一石二鳥的精巧實驗設計10
22父子同心:X射線晶體學11
23蛋白質晶體學的興起12
231蛋白質結構12
232多蘿西?霍奇金：蛋白質結構測定時代的起始12
233馬克斯?佩魯茨：蛋白質結構測定技術的成熟13
234相位問題16
235又是相位問題：核糖體結構的解析18
24核磁共振方法20
241傅立葉變換和多維核磁共振20
242測定蛋白質結構的核磁共振方法22
25蛋白質結構測定的其他輔助工具24
251實驗方法24
252計算及結構顯示工具24
26生物分子、複合物及病毒結構測定25
261重要生物學功能蛋白的測定25
262病毒結構的測定27
27同步輻射光源及發展趨勢28
參考文獻30
第3章蛋白質結構基礎理論32
31蛋白質結構形成的本質32
32分子勢能33
321量子力學33
322Born?Oppenheimer近似34
323勢能函式36
33分子內基團識別的要素37
331分子之間相互作用37
332靜電相互作用38
333氫鍵39
334溶劑或疏水相互作用39
335倫敦類型的相互作用41
336原子核在超短距離時的排斥作用42
34識別的專一性42
35基團間識別與接觸44
參考文獻45
第4章從序列到結構46
41背景介紹46
42蛋白質二級結構預測47
421Chou?Fasman方法47
422GOR方法47
423機器學習48
43蛋白質三級結構預測49
431蛋白質結構的從頭預測50
432蛋白質結構的同源建模50
433同源建模實例53
44蛋白質四級結構預測56
45結束語57
參考文獻57
第5章蛋白質結構模擬在蛋白研究中的套用實例59
51引言59
52蛋白質結構的預測60
53分子對接61
54蛋白結構預測與分子對接在生物研究中的套用64
55分子動力學模擬在蛋白結構變化中的套用67
551研究背景68
552實驗方法68
553實驗結果69
554結論71
56分子動力學模擬研究胺基酸突變對蛋白結構的影響72
561研究背景72
562方法介紹73
563實驗結果與分析74
564結論76
57靶標蛋白與抑制劑的相互作用研究77
571研究背景77
572實驗方法78
573體系分子動力學軌跡分析79
574結構變化分析81
575結論85
58本章總結85
參考文獻86
第6章鋅指核酸酶的構建88
61鋅指蛋白88
611鋅指蛋白的分類89
612鋅指蛋白的作用及機制89
613鋅指蛋白與免疫性疾病91
62鋅指核酸酶92
621核酸酶92
622鋅指核酸酶93
63鋅指核酸酶的設計94
631靶位點的確定94
632ZFN蛋白序列的設計及最佳化95
633鋅指核酸酶設計舉例95
參考文獻106
第7章誘導多能幹細胞的關鍵轉錄因子Oct4結構模擬與設計108
71導讀108
72幹細胞108
73誘導多能幹細胞110
74轉錄因子Oct4112
75轉錄因子Oct4結構解析的意義113
76蛋白質三維結構研究方法115
77同源模擬法117
78轉錄因子Oct4的POUS結構域同源模擬118
參考文獻123
第8章蛋白質（酶）進化工程125
81蛋白質的理性設計128
811蛋白質原有性質的改進128
812蛋白質優良性質的組合130
813蛋白質新催化活性的獲得131
82蛋白質的定向進化132
821定向進化的原理及目的132
822定向進化的套用133
83蛋白質的半合理設計134
831基於結構的有選擇的隨機突變134
832隨機突變後的定點飽和突變135
833隨機突變與定點飽和突變同步135
834計算機輔助的半合理設計135
84套用實例——超嗜熱醯基肽水解酶/酯酶的半理性設計136
841引言136
842實驗方法136
843實驗結果140
844討論151
845小結152
參考文獻153
