故事梗概
決戰之後若干年，當人們以為世界已經和平之時，世界再度面臨危機。同時曾經為拯救世界而戰的瀧澤靖一，卻與世隔絕孤獨地生活著。而主人公龜井康志在與馳野死別後，便鬱鬱寡歡……某日突然出現了與傳說有未知關聯的神秘三人，除了直接對過去的黑天使造成威脅之外，還進行著一連串秘密計畫，將已回歸各自生活的主角群們，再次捲入風波之中……
第一章
波浪下的平靜決戰後若干年，俄羅斯伊爾庫茨克。高大莊嚴的天主大教堂威嚴聳立，寬敞空曠的教堂內，陽光透過鑲嵌著花格玻璃的窗戶照射進來，一排排的椅子整齊而沉默，仿佛都在等待著什麼。一個人坐在最前排的椅子上，雙手合十虔誠地祈禱著。他的面前是一尊高高掛在牆上的基督神像，正表情嚴肅地俯視著下面那個人默默地祈禱著，突然不由地睜開眼睛。身後傳來一陣大門關閉的聲音，一直敞著的大門不知為何突然關上了。那人放下雙手站起來轉過身去，隱約看見教堂那頭門口的方向有一個人影正徐徐走來。
從黑水晶出來後幾個人便都回去了。科斯卡幾天后便回了俄羅斯。儘管銀次很不捨，但他也沒能把這個夥伴留住。龜井隨後也告辭回家了。但他走了以後才想起自己已經無家可歸。生活了十幾年的房子被炸了，秀明也已經不在了。雖然他知道了他的真實身份，了解了他的所作所為，但他畢竟是自己的養子，是自己一直以來的精神寄託。可是現在什麼都沒有了，只剩下他自己。龜井一個人孤零零地走在街道上，腳步機械，精神恍惚。他不知道自己要去哪兒，又有哪兒可以去呢？不知不覺地他便走到了天主大教堂。雖然曾經是座威嚴的高大建築物，但是經過那場戰爭以後已經變得破敗不堪了。龜井推開虛掩的大門走進去，裡面同樣是一副狼藉滿地的景象。到處是椅子玻璃的碎片，被毀的基督神像倒在過道盡頭。
龜井已經想到自己不會再在這裡找到撒卡主教了。他慢慢地沿著過道走過去，在倖存下來的祭台上發現一隻信封。他好像知道那是留給自己的，但當他打開那封信的時候心情仍然不免有些沉重。龜井先生：請原諒我的不辭而別。我知道自己再留下來也是無濟於事，因為結果是已經被注定了的，我們誰也改變不了。我知道接觸過灰天使，經歷過太多事情的你看到這樣的結局一定會很難過。但很遺憾的是，我恐怕什麼也幫不了你。事到如今，如果我能為你做些什麼，恐怕也就只有.....
