特徵
rDNA rDNA是編碼核糖體RNA的基因，其測定序列常用來鑑定物種同源性，和鑑別物種可以通過PCR技術和螢光染色技術結合準確定位基因位置。核糖體被譽為“細胞的蛋白質工廠”，rDNA所編碼的蛋白質就是核糖體蛋白。在普通的細胞中，存在著超過100個rDNA重複序列，而且它們相當不穩定。這些重複序列彼此之間很容易發生重組，而在人體內，這種重組若發生在其他DNA序列上則會導致多種疾病(例如，癌症和亨廷頓舞蹈症)。核糖體內不存在DNA。rDNA是指核DNA中編碼核糖體蛋白的DNA序列，只是長鏈DNA序列中的一段，不存在一條DNA序列只編碼核糖體蛋白。所以rDNA是不會單獨存在的。
rRNA一般存在於細胞核的核仁組織區，在轉錄完畢後結合成核糖體的大小兩個亞基並在細胞質中與mRNA結合形成核糖體。在葉綠體和線粒體裡也有部分rRNA。
微生物鑑定
隨著生物技術的飛速發展, 傳統的微生物鑑定方法常常難以鑑定眾多的生長習性複雜的微生物,因而基於基因組序列的分子鑑定受到廣泛關注。在細菌基因組中, 編碼 16S rRNA 的 rDNA 基因 具有良好的進化保守性, 適宜分析的長度( 約為 1 5kb), 以及 與進化距離相匹配的良好變異性,所以成為細菌分子鑑定的標準標識序列。目前16SrDNA的序列信息已經廣泛套用於菌種鑑定和系統發生學研究。
根據細菌的16S rDNA 3'端和23S rDNA 5'端的高度保守區設計引物，PCR擴增了2株創傷弧菌(Vibrio vulnificus)的16S-23S rDNA間區(Intergenic spacer,IGS)，克隆到pGEM-T載體上。測序是用BLAST和DNAstar軟體對16S-23SrDNA間區序列及其內的tRNA基因進行比較分析。結果表明，2株創傷弧菌共測出9條16S-23S rDNA間區序列,其中ZSU006測出5條，間區類型分別為：IGSGLAV、IGSGLV、IGSIA、IGSA和IGSG.其中IGSGLAV最大，包含tRNAGlu、tRNALys、tRNAAla和tRNAVal基因；IGSGLV包含tRNAGlu、tRNALys和tRNAVal基因；IGSIn,則包含tRNAIle和tRNAAla基因；IGSG僅包含tRNAGlu基因；而IGSA僅包含tRNAAla基因。菌株CG021測出的16S-23S rDNAIGS序列有4條，除缺少IGSA外，其餘的IGS類型均與ZSU006的相同。與GenBank內的創傷弧菌ATCC27562的IGS序列比較，發現創傷弧菌所有類型的IGS的tRNA基因兩端的非編碼區具有較高的種內同源性。16S-23S rDNA間區結構的差異為建立一種新的創傷弧菌檢測方法奠定了基礎。
採用CPD（PI和DAPI組合）染色對番茄減數分裂粗線期和有絲分裂中期染色體進行了顯帶分析，隨後用兩種不同的45S rDNA 克隆在相同的分裂相進行了螢光原位雜交定位分析。CPD 染色在8條粗線期染色體上顯示出了10條紅色的CPD 帶紋，在6對有絲分裂中期染色體上顯示出了12條CPD帶紋。有絲分裂中期染色體上的CPD帶紋與粗線期染色體上顯要的帶紋具有對應性。用改良的CPD染色程式清晰而穩定地顯示出的這些特徵性的CPD帶紋，為番茄的染色體，特別是有絲分裂中期染色體提供了新的識別標記。用番茄的一個45S rDNA 克隆進行的螢光原位雜交，不僅在位於2號染色體短臂的隨體上顯示了強的雜交信號，而且在粗線期染色體的5個CPD帶區或有絲分裂中期染色體的4對CPD帶區顯示了弱的雜交信號。然而，用來自小麥的45S rDNA 克隆 pTa71進行的原位雜交卻只在隨體上顯示了雜交信號。鑒於所用的兩個45S rDNA 克隆在序列上的差異，推斷在番茄基因組中只有隨體含有45S rDNA 單位的編碼區，即番茄只有一對45S rDNA位點。
其它
結構基因（structural gene）是指某些能決定某種多肽鏈（蛋白質）或酶分子結構的基因。結構基因的突變可導致特定蛋白質（或酶）一級結構的改變或影響蛋白質（或酶）量的改變。
調控基因（regulator and control gene）是指某些可調節控制結構基因表達的基因。調控基因的突變可以影響一個或多個結構基因的功能，或導致一個或多個蛋白質（或酶）時的改變。
此外，還有一些只轉錄而不翻譯的基因，如核糖體RNA基因（ribosomal RNA gene），也稱為rDNA基因，它們專門轉錄rRNA；還有轉運RNA基因（transfer RNA gene），也稱為tRNA基因，是專門轉錄tRNA的。
