16SrDNA鑑定

16SrDNA鑑定是指用利用細菌16SrDNA序列測序的方法對細菌進行種屬鑑定。包括細菌基因組DNA提取、16SrDNA特異引物PCR擴增、擴增產物純化、DNA測序、序列比對等步驟。是一種快速獲得細菌種屬信息的方法。英文名稱是16S ribosomal DNA identification，套用有細菌種屬鑑定。 細菌rRNA（核糖體RNA）按沉降係數分為3種，分別為5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是細菌染色體上編碼16S rRNA相對應的DNA序列，存在於所有細菌染色體基因中。 16S rDNA是細菌的系統分類研究中最有用的和最常用的分子鐘，其種類少，含量大（約占細菌RNA含量的80%），分子大小適中，存在於所有的生物中，其進化具有良好的時鐘性質，在結構與功能上具有高度的保守性，素有“細菌化石”之稱。在大多數原核生物中rDNA都具有多個拷貝，5S、16S、23S rDNA的拷貝數相同。16S rDNA由於大小適中，約1.5Kb左右，既能體現不同菌屬之間的差異，又能利用測序技術較容易地得到其序列，故被細菌學家和分類學家接受。

進行鑑定

1、16S rRNA 普遍存在於原核生物中。rRNA 參與生物蛋白質的合成過程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物進化的漫長曆程中保持不變，可看作為生物演變的時間鍾。

2、在 16S rRNA 分子中，既含有高度保守的序列區域，又有中度保守和高度變化的序列區域，因而它適用於進化距離不同的各類生物親緣關係的研究。

3、16S rRNA 的相對分子量大小適中，約1 540 個核苷酸，便於序列分析。

4、可變區序列因細菌不同而異，恆定區序列基本保守，所以可利用恆定區序列設計引物，將16S rDNA片段擴增出來，利用可變區序列的差異來對不同菌屬、菌種的細菌進行分類鑑定。

鑑定步驟

1、細菌基因組提取

2、特異引物擴增16SrDNA序列

3、純化PCR產物

4、DNA測序獲得16SrDNA序列

5、與資料庫中已知細菌比較獲得樣品種屬信息

6、選取近似菌種序列，構建系統發育樹

套用

1、對未知樣品進行快速種屬分析

2、為生化鑑定提供指導信息

3、對於難以獲得純培養的細菌，如寄生菌等，使用16SrDNA鑑定是唯一可用的鑑定手段。

不足

1、有的菌種由於種間差異小，單獨依靠16SrDNA鑑定不能鑑定到種。需要其它鑑定方法補充。

2、16SrDNA鑑定是基於PCR的鑑定方法，與其它PCR鑑定方法一樣存在容易污染，獲得假陽性結果，應注意做好陰性對照。