系統組成
按照系統功能來劃分，Protel99se主要包含以下倆大部分和6個功能模組。
Protel99SE電路工程設計部分(1)電路原理設計部分（Advanced Schematic 99）：電路原理圖設計部分包括電路圖編輯器（簡稱SCH編輯器）、電路圖零件庫編輯器（簡稱Schlib編輯器）和各種文本編輯器。本系統的主要功能是：繪製、修改和編輯電路原理圖；更新和修改電路圖零件庫；查看和編輯有關電路圖和零件庫的各種報表。
（2）印刷電路板設計系統（Advanced PCB 99）：印刷電路板設計系統包括印刷電路板編輯器（簡稱PCB編輯器）、零件封裝編輯器（簡稱PCBLib編輯器）和電路板組件管理器。本系統的主要功能是：繪製、修改和編輯電路板；更新和修改零件封裝；管理電路板組件。
（3）自動布線系統（Advanced Route 99）：本系統包含一個基於形狀（Shape-based）的無柵格自動布線器，用於印刷電路板的自動布線，以實現PCB設計的自動化。
電路仿真與PLD部分
（1）電路模擬仿真系統（Advanced SIM 99）：電路模擬仿真系統包含一個數字/模擬信號仿真器，可提供連續的數位訊號和模擬信號，以便對電路原理圖進行信號模擬仿真，從而驗證其正確性和可行性。
（2）可程式邏輯設計系統（Advanced PLD 99）：可程式邏輯設計系統包含一個有語法功能的文本編輯器和一個波形編輯器（Waveform）。本系統的主要功能是；對邏輯電路進行分析、綜合；觀察信號的波形。利用PLD系統可以最大限度的精簡邏輯部件，使數字電路設計達到最簡化。
（3）高級信號完整性分析系統（Advanced Integrity 99）：信號完整性分析系統提供了一個精確的信號完整性模擬器，可用來分析PCB設計、檢查電路設計參數、實驗超調量、阻抗和信號諧波要求等。
功能特性
1、開放式集成化的設計管理體系
2、超強功能的修改與編輯功能
3、強大的設計自動化功能
快捷鍵大全
Enter 選取或啟動
按住滑鼠右鍵移動整個浮動視窗
Esc 放棄或取消
F1 啟動線上幫助視窗
Tab 啟動浮動圖件的屬性視窗
Pgup 放大視窗顯示比例
Pgdn 縮小視窗顯示比例
End 刷新螢幕
Del 刪除點取的元件（1個）
Ctrl+Del 刪除選取的元件（2個或2個以上）
X+A 取消所有被選取圖件的選取狀態
X 將浮動圖件左右翻轉
Y 將浮動圖件上下翻轉
Space 將浮動圖件旋轉90度
Ctrl+Ins 將選取圖件複製到編輯區里
Shift+Ins 將剪貼簿里的圖件貼到編輯區里
Shift+Del 將選取圖件剪下放入剪貼簿里
Alt+Backspace 恢復前一次的操作
Ctrl+Backspace 取消前一次的恢復
Ctrl+G 跳轉到指定的位置
Ctrl+F 尋找指定的文字
Alt+F4 關閉protel
Spacebar 繪製導線，直線或匯流排時，改變走線模式
V+D 縮放視圖，以顯示整張電路圖
V+F 縮放視圖，以顯示所有電路部件
Home 以游標位置為中心，刷新螢幕
Esc 終止當前正在進行的操作，返回待命狀態
Backspace 放置導線或多邊形時，刪除最末一個頂點
Delete 放置導線或多邊形時，刪除最末一個頂點
Ctrl+Tab 在打開的各個設計檔案文檔之間切換
Alt+Tab 在打開的各個應用程式之間切換
A 彈出Edit\Align子選單
B 彈出View\Toolbars子選單
E 彈出Edit選單
F 彈出File選單
H 彈出Help選單
J 彈出Edit\Jump選單
L 彈出Edit\Set Location Makers子選單
M 彈出Edit\Move子選單
O 彈出Options選單
P 彈出Place選單
Q PCB中mm/mil單位切換
R 彈出Reports選單
S 彈出Edit\Select子選單
T 彈出Tools選單
V 彈出View選單
W 彈出Window選單
X 彈出Edit\Deselect選單
Z 彈出Zoom選單
左箭頭 游標左移1個電氣柵格
Shift+左箭頭 游標左移10個電氣柵格
右箭頭 游標右移1個電氣柵格
Shift+右箭頭 游標右移10個電氣柵格
上箭頭 游標上移1個電氣柵格
Shift+上箭頭 游標上移10個電氣柵格
下箭頭 游標下移1個電氣柵格
Shift+下箭頭 游標下移10個電氣柵格
Ctrl+1 以零件原來的尺寸的大小顯示圖紙
Ctrl+2 以零件原來的尺寸的200%顯示圖紙
Ctrl+4 以零件原來的尺寸的400%顯示圖紙
Ctrl+5 以零件原來的尺寸的50%顯示圖紙
Ctrl+F 查找指定字元
Ctrl+G 查找替換字元
Ctrl+B 將選定對象以下邊緣為基準，底部對齊
Ctrl+T 將選定對象以上邊緣為基準，頂部對齊
Ctrl+L 將選定對象以左邊緣為基準，靠左對齊
Ctrl+R 將選定對象以右邊緣為基準，靠右對齊
Ctrl+H 將選定對象以左右邊緣的中心線為基準，水平居中排列
Ctrl+V 將選定對象以上下邊緣的中心線為基準，垂直居中排列
Ctrl+Shift+H 將選定對象在左右邊緣之間，水平均布
Ctrl+Shift+V 將選定對象在上下邊緣之間，垂直均布
F3 查找下一個匹配字元
Shift+F4 將打開的所有文檔視窗平鋪顯示
Shift+F5 將打開的所有文檔視窗層疊顯示
Shift+單左鼠 選定單個對象
Ctrl+單左鼠，再釋放ctrl 拖動單個對象
Shift+Ctrl+左鼠 移動單個對象
按Ctrl後移動或拖動移動對象時，不受電氣格點限制
按Alt後移動或拖動移動對象時，保持垂直方向
按Shift+Alt後移動或拖動移動對象時，保持水平方向
按*號鍵可以進行電路頂層和底層的切換
按+、-鍵可以進行電路相鄰層的切換
shift+s 在PCB層間切換
