簡介
過去Zero為了防止自己體內的機器人破壞程式再次啟動而威脅世界的安危（X6zero線結尾），Zero選擇封印了自己並希望未來的科技可以拆掉他體內的機器人破壞程式，但之後身體被拜魯博士奪走並被改造成歐米茄(Omega)，之後更同黑暗精靈引發了妖精戰爭，最後被X（艾克斯）和用著複製身體的zero打倒，戰爭結束後Omega同拜魯博士被人類政府“NEO.阿爾卡迪亞”流放太空。而Copy-Zero的身體則被封印在古老的研究所中，以防止再次被他人盜用。
最初現身的Omega在艾爾皮斯將黑暗精靈解放兩個月後，一隻不明來歷的宇宙船墜落在一個雪山上。雪兒博士從中探測到與“黑暗精靈”一樣的能量源，Zero在調查時，遇到巨大的思考型機器人“Omega” 和被其重傷的法布尼爾（Fefnir）與蕾薇雅丹，兩人在zero來到後撤離，但在傳送的瞬間便失去意識，zero與Omega交戰，正當Omega被重傷準備反擊時，赫爾琵亞（Harpuia）出現準備消滅Omega，但一名自稱“拜魯博士” (Dr.VILE) 的科學家中斷了雙方的攻擊。這個一百年前被放逐的科學家宣布Omega成為NEO.阿爾卡迪亞的一員。突然，一個貌似 X 的思考型機器人到場（實為拜魯為啦進入NEO.阿爾卡迪亞和後續計畫而復活的Copy-X2），並表明同意拜魯博士和Omega加入NEO.阿爾卡迪亞，赫爾琵亞深知拜魯與Omega曾經發動“妖精戰爭” ，但也不能違逆Copy-X2的命令，便隨一眾離去。唯Zero一人不明拜魯“看看你的身體還可能頂多久”一言。
重整後的反抗軍，開始調查NEO.阿爾卡迪亞最近的變動，也挑起了對拜魯八判官（原NEO.阿爾卡迪亞8判官被拜魯改造後成為受其操控的棋子）的決戰。為了全力尋找“黑暗精靈”，拜魯與Copy-X2將內藏Omega的飛彈射向人類居住區，Zero不能阻止Omega與黑暗精靈合體，只能救回被其打傷的赫爾琵亞，Copy-X2向雪兒博士要求分出“雪兒系統”（雪兒所開發的解決能源危機的新能源），但雪兒實在不相信拜魯一眾，拒絕要求後，Zero與反對派立即被copy-X2定為恐怖分子。迎擊新·阿爾卡迪亞的進攻後，Zero潛入新·阿卡迪亞的高空總部——X區域2，Copy-X2所在的地點
omega與zero的對決Copy-X2戰敗的時候，真正的精靈 X 出現，告知兩人事實，Copy-X2得知自己只是個棋子，惱羞成怒欲變身第二形態打敗zero證明自己不是個任人操控的棋子時，引發拜魯設下的自爆程式，Zero亦正中了拜魯的圈套：在眾人面前殺了NEO.阿爾卡迪亞的統領，拜魯順理成章成為了新的統治者。反抗軍繼續尋找有關拜魯、Omega、黑暗精靈與妖精戰爭的資料，發現了令人驚慄的事實：自異常體戰爭後，電子精靈被大量使用，當中力量最大的為“瑪薩精靈” (Mother Elf) ，野心家拜魯博士，將瑪薩精靈變成黑暗精靈，用Omega和她的力量，殺了地上過半人類和思考型機器人，史稱“妖精戰爭”。Zero知道真相後誓要打敗Omega，闖到“NEO.阿爾卡迪亞地下” (Under Arcadia) 動力部，在那裡遇到啦已成為電子空間孤魂的潘恩托姆，其告知zero並不是真正的英雄之身，並為啦試探zero而與之交戰，zero將其打敗後，潘恩托姆確定了面前的zero有著英雄的心和靈魂後告知zero，“去和Omega刀刃相對，去確認你那真正的軀殼吧…！等到你知道了真實之後是否會就此退縮…看你究竟有沒有資格身為英雄…你就親自去見識看看吧！”，在打倒被拜魯利用欺騙的兩個嬰兒精靈之後再到拜魯的地下研究所。zero在先後打敗Omega兩個形態後，降落於自己最初甦醒之地，面對Omega的終極形態——自己的“真身”。拜魯聲稱Zero的身體其實是複製出來的，Omega才是真正的Zero。不過Zero輕易擊敗了只有身體卻沒有心的Omega，正當黑暗精靈讓Omega回復戰鬥力之際，三天王聯攻Omega，精靈 X 出現，把事情因由告知Zero，Zero最後選擇了自己的命運，手執Z光劍、奔向Omega，解除了拜魯施在黑暗精靈的困咒與自己的宿命。
—來自洛克人zero3劇情
OMEGA第一形態
釋放黑暗精靈力量後的壓倒性的身姿攻擊方式：（金色形態前兩招攻速變快一些，打上半身才減血）
①Omega雷射 發射三次雷射有近中遠三種（發射順序可能不同，但必定為遠中近或近中遠）
②雕刻之輪 放出雙手不斷變換位置進行射擊（攻擊位置固定）
③穿刺之劍 拔出劍對zero進行3次刺擊，最後一次會冒出岩石（金色形態使用，劍會擋下子彈攻擊）
OMEGA第二形態
攻擊方式：（打中間的頭才減血，至於右手的劍是擺設並不會在戰鬥中使用）
①超越暴擊 X型的炮口集氣後射出巨大三連彈（衝刺跳能跳過但比較難）
②約束球 頭上的角發光後放出捕捉彈（無傷害），被抓到角上後會一直扣血（連打可掙脫，幻影衝刺無視其能力，捕捉彈若一直沒抓到過一段時間便會消失）
③閃耀追跡 頭部有小閃光閃爍後放出有特殊追蹤力的球團（不能向上拐，能抵擋子彈攻擊）
④三重雷射 三個頭有大閃光閃爍後，分別朝固定位置攻擊，每個頭都會用一次，但順序為隨機（攻速很快，光線無傷害僅地面有傷害）
⑤NEO・超越暴擊 炮口舉高集氣後放出直線雷射並且往下掃射（此時槍口會擋住攻擊）
真.zeroOMEGA第三形態-真.zero
（配音演員：風間勇刀）
攻擊方式：（ZX里不用再打前兩個形態，但無用的動作都消失啦，攻擊也變的猶如連環技一般，絲毫不給人喘息時間，部分技能也強化啦）
①三段斬 三連斬攻擊（無視無敵時間，一定砍完三刀，困難模式全部接下的話會只剩1滴血）
②天裂刃 衝刺後升龍斬攻擊（無視無敵時間）
③神聖光環/撼天斬 快速集氣，然後使用蓄力斬攻擊（附帶3塊落石，困難模式僅兩下便足以打倒主角，無視無敵時間）
④弧鋒光 空中做出迴旋斬動作，發出7個下半方向的小型劍氣波
⑤滅閃光 用拳頭捶擊地面，放出五個方向的能源彈
⑥霸天靈光 用拳頭捶擊地面，從周圍噴出六根光柱圍繞自己（出招過程中無敵。ZX中附帶恢復生命值能力，困難模式恢復量增多）
⑦零式亂舞 雙重儲氣炮和真空刃組成的三連擊（真空刃是上挑斬且無視無敵時間，ZX第一發蓄力彈變得更大）
EX-Ω亂舞・終焉幻想 突然向前低空跳一段距離（速度很快），被Omega撞到後被抓住進行七連斬，最後以天裂刃結束連續技（無視無敵時間，困難模式中招就等於秒殺，在被撞到前可以擊退打斷，Z3時為半血後使用，ZX中無限制）
洛克人ZX
在N-1區作為隱藏Boss登場，由於在與傑洛的最後一場戰鬥之後發生了大規模的爆炸，現實和電子空間之間產生了縫隙，這與Omega流亡後返回地球時發生的情況類似，而他在縫隙之中不斷漂泊到最後，過於接近ModelV本體所在地的他，與之共鳴後的力量影響周邊空間（似乎是神之黃昏墜落使該地區產生啦接近零空間（零空間是殖民地歐羅西亞崩潰/墜落時產生的異常空間，擁有甚至允許程式逃脫電子空間具象化的能力）的效果，而Omega則產生啦打開電子空間（電子空間是思考型機器人的靈魂以及電子精靈所生存的隙間，所有的資料都會匯集於此）的效果，兩種力量混合後便造成N區中來自電子空間的數據呈現出物質形式），而他也得以再度現身，他的目標只有一個，將眼前所見的全部打倒，尤其是曾打倒他的赤色的身影。將其擊破後可以獲得在N區下方得到“不可思議之石”，並可以2周目與工程師對話獲得最強的生命金屬Model OX。（和他一同出場8個Z系列Boss一樣僅有戰鬥，無劇情，可以認為是遊戲的彩蛋）
ZX中的omega人設模組O（モデルO/ Model O ）
（配音演員：諏訪部順一）
Omega Zero、驕傲和霸氣的化身。身處在遺蹟的深處，等待對手的到來。
OX型（モデルOX/ Model OX ）
起源不明。它被認為是在ModelV同一時間誕生。推斷是來自拜魯博士記憶中Omega的數據和Omega本身的靈魂共鳴後形成了接近生命金屬的產物，誕生的原因大概是因為Omega的“靈魂”太過靠近ModelV的本體所在地，神之黃昏的墜落點，擁有各種攻擊屬性。外型酷似洛克人Z系列時代的Omega Zero；裝備與模組ZX一樣，但能力遠在ZX之上，各種攻擊都有著Z系列時代Omega Zero的影子（但它似乎也稍微影響啦二人的性格，這在官方圖片中顯示出來，梵似乎是狂笑或尖叫的狂暴狀態，稍微類似於普羅米修斯，而艾兒則似乎是像潘多拉一般的冰冷且寡言）。
擁有各種攻擊屬性，身體技能及特別技能與ZX基本相同（自帶防滑鞋，水中行動不受阻）
無限O.I.S. ：使自身能力變得如同Omega一般（發動後攻擊時無法走動，衝刺跳無影響）
槍：儲氣彈連射（開啟O.I.S後黃豆彈全部變成一段蓄力彈），雙重大儲氣彈（第二發無視Boss受擊無敵）、大地粉碎拳（按下攻擊並打出4塊岩石往周圍掉落）、滅閃光（一段蓄力並按下攻擊發出9個小型儲氣彈往周圍擴散攻擊）、裂光霸（2段蓄力並按下攻擊發出大範圍上下交錯的光柱攻擊，無視Boss受傷無敵）。
劍：三連斬（無視無敵時間）、蓄力斬（O.I.S發動後不可）、弧鋒光（跳起攻擊直接迴旋斬並砍出8方向冰屬性小劍氣波）、龍炎斬（按上攻擊向上方發出火屬性斬擊）、真空刃（按下攻擊並切出一個無限距離的電屬性劍氣）。
※Omega的意識是Zero未忘記指令“打敗洛克人並毀滅世界”時的意識，曾被拜魯說這才是真正的Zero（指心裡只想毀滅一切的Zero，也就是X5里的覺醒Zero）。
PS.實質上意思就是Omega擁有zero的原本的真正身體，而玩家操縱的copy zero則是擁有真正想要守護世界的心的zero。
