地震經過
震後情況中國之聲駐日本特約觀察員黃學清介紹，日本熊本在4月16日夜裡1點25分又發生了超過6級的地震，相當於1995年阪神大地震的程度。
據CNN報導，美國地質專家VictorSardina分析，凌晨7.3強震威力較前晚“前震”大，推估有30倍，這么一震，必定對當地造成眾多損傷，後續災情恐比前晚首波地震影響嚴重。
日本氣象廳最初將14日晚在熊本縣發生的震度為7、震級為6.5的地震定為“本震”，然而之後又修改為16日凌晨發生的芮氏7.3級的地震為本震，14日的地震為“前震”等，也表現出對此次地震的迷茫。
前氣象廳地震預測情報課長、現為靜岡大學客座教授的吉田明夫指出：“這兩次地震的形成結構不同，並非是‘前震—本震’的關係，而是看作獨立的活動更好。”十四日晚的地震發生在日奈久斷層帶，十六日凌晨的地震是在布田川斷層帶，因此是相鄰兩地帶發生的連動。日本政府的地震調查委員會在17日，也得出同樣的結論。
在大分縣“火山地帶、中央構造線沿線等不穩固地區也誘發了地震”(吉田氏)。氣象廳把14日的地震命名為“熊本地震”，然而仍有可能對更廣範圍的地震全貌進行探討，更改結論。
社會影響
傷亡變化
截至16日上午7時，全縣共有6．89萬人在655處避難所避難。
截止16日上午8時，導致17人遇難，近千人受傷。
16日在熊本市和南阿蘇村等地確認有30人死亡。自熊本縣益城町14日發生芮氏6.5級地震以來，死亡人數已增至39人。九州各地大範圍內有超過1000人不同程度受傷。熊本縣約9萬人疏散避難。
停水停電
4月16日早上5點，熊本、大分、宮崎縣等各地已經有20萬2千戶停電。現在所有的新聞節目都在直播地震的新聞，各地的受災避難情況正在被不斷的報導出來，並且是邊報導傷亡和倒塌的情況，邊報告正在發生地震警報。九州四國等地仍然有明顯的震感，九州的大部分地區都在發布地震警報。
截至當地時間上午8時，熊本、大分和宮崎三縣約有18．1萬戶居民遭遇停電，熊本市全境和大分縣部分地區停水，熊本市約9成家庭停氣。
九州電力公司表示，截至16日凌晨4點左右，熊本、大分、宮崎3縣約20.37萬戶停電。此外截至凌晨3點，西部燃氣公司對熊本市內為主的熊本縣內約10.5萬戶停止供氣，逾9成用戶無法使用燃氣。
交通中斷
地震導導致九州地區交通出現癱瘓。日本道路交通信息中心透露，受地震影響，日本九州高速公路多個區間段均已封閉。九州新幹線和日本鐵路JR九州在來線全線停運。地震發生後，一列從日本大分縣開往熊本縣的JR列車在阿蘇市內發生脫軌。而在14日晚發生的6.5級地震中，一列日本新幹線列車也曾發生脫軌事故。
據《產經新聞》介紹，脫軌列車是一列返廠列車，因為沒有載乘客，所幸並未出現人員傷亡。
日本國土交通省稱，南阿蘇村的塌方造成57號國道以及JR豐肥線交通中斷。熊本縣表示，貫通南阿蘇村和西原村的表山隧道塌陷。連線熊本市和阿蘇地區的主要交通道路已經不通。
熊本機場航站樓16日全天封閉，各航空公司已經確定停飛所有該機場航班。管制塔部分受損，空管人員疏散至另外的房間，仍在繼續使用緊急設備對日本自衛隊直升機等實施應對災害的空管業務。熊本機場以外的機場未有損失。
九州鐵路公司(JR九州)當地線路的多個區間從早班車開始停運。
火山噴發
日本氣象廳稱，16日凌晨7.3級地震發生後，熊本縣阿蘇山中嶽第一火山口發生小規模噴發，濃煙高度大約為100米。上一次確認到阿蘇山噴發是在3月4日，火山口的濃煙高達1千米。日本氣象廳目前已將阿蘇山噴發警戒級別提升至2級，呼籲火山周邊民眾提高警惕，火山口周邊1公里範圍已被劃定為無人區。
此次阿蘇山噴發較3月的那次噴發規模較小，濃煙高度為100米左右。截至目前。阿蘇山中嶽第一火山口仍在不斷向外噴出濃煙。不過，日本氣象廳認為，此次阿蘇山噴發與近期九州地區接連發生的強烈地震並無直接關係。
日本京都大學火山研究中心教授大倉敬宏接受採訪，對阿蘇山在熊本縣發生芮氏7.3級地震的16日出現的噴發現象進行了分析。他認為，阿蘇山當天噴發的原因是強烈的震動引發火山口內的山體滑坡，導致這些砂土隨著火山氣體和蒸氣噴涌而上。
據介紹，與地下岩漿上升引發的火山噴發相比，此次噴煙顏色較淡，與噴發前一天發現的火山口內氣體噴出狀況相吻合。由此可見，16日發生的很可能不是由岩漿活動引起的真正噴發。
建築物損毀
九州島地震據熊本縣阿蘇市阿蘇神社透露，受此次強震影響，被譽為日本三大“樓門”之一重要文化遺產的阿蘇神社“樓門”以及參拜殿已經全部倒塌。
7.3級強震還導致熊本市內日本《日日新聞》社總部大樓部分出現損毀，所有從業人員都已經前往停車場避難。
阿蘇市境內另外3座神社的神殿均出現不同程度的損毀。
在熊本縣阿蘇市的“阿蘇神社”，16日凌晨的地震造成被指定為國家級重要文物的“樓門”垮塌。
製造業
日本九州熊本縣等接連發生的地震對日本的製造業構成了打擊。為了儘快恢復正常生產，各企業紛紛採取行動。索尼討論增加向其他公司的委託生產。對豐田汽車重啟生產起到關鍵作用的愛信精機也在尋求能夠替代生產的工廠。各企業都在加緊重新構築受損的供應鏈，但九州地區聚集著日本主要產業的生產基地，該地區的生產停滯所帶來的影響也正向其他地區擴散。
索尼和豐田等都在九州設有主力工廠。液晶面板構件生產占市場份額40%以上的富士膠片也在九州擁有子公司的工廠。其中很多基地的生產一旦陷入停滯，很可能給日本以外也帶來影響。
生產圖像感測器用半導體的索尼熊本工廠(熊本縣菊陽町)從14日起停產，目前似乎正準備討論增加對富士通三重工廠(三重縣桑名市)的委託生產。
索尼受災工廠生產的感測器主要面向日本國內外的數位相機及監控攝像頭廠商供貨。因為餘震不斷，確認工廠內的受損情況需要一段時間，復工時間尚不確定。一部分智慧型手機用感測器的生產除增加委託富士通生產外，還有可能向更多廠商委託生產。
富士膠片從事液晶面板構件生產的九州工廠(熊本縣菊陽町)也尚無復工計畫。該工廠主要生產對於液晶面板不可或缺的“偏光板用保護膜”，全球份額達到40%以上。該公司在派遣20多名技術人員加緊為恢復生產做準備的同時，目前將利用現有庫存加以應對，但如果恢復生產需要一段時間的話，計畫由神奈川縣及靜岡縣的工廠代替進行生產。
豪雅(HOYA)的熊本工廠(熊本縣大津町)16日凌晨因地震發生火災，該工廠主要製造液晶面板及半導體生產時不可或缺的光掩膜。該公司表示，“有可能停產1個月”，目前正籌劃在該公司位於韓國及台灣的工廠進行替代生產。
一方面，本田生產機車的熊本製作所(熊本縣大津町)也決定在22日之前停產。鋪設管線及照明設備在震中受損，將在周末之前確認受災情況，預計下周以後恢復生產。
豐田汽車也決定自18-23日在日本全國的工廠將分階段實施停產。原因是位於熊本市的愛信精機的子公司是生產控制車門開關的零部件“車門開度限位器”的主力工廠在地震中受災，無法向豐田供應相關零部件。另外，22-23日豐總公司以及集團旗下的企業的總計15個工廠的26條生產線也將臨時停產。5萬輛左右的汽車生產或受到影響。豐田目前已向愛信精機派遣了60名支援人員。
愛信精機方面已開始確認設備的受損情況。雖然工廠已恢復供電，但變電設備等還沒有恢復運行，該公司公關負責人表示，“生產設備能否正常運行尚且無法確認”。該公司已從愛知縣等生產基地派遣了援助人員。在加緊進行修復作業的同時，還討論委託其他工廠替代生產。愛信的新豐工廠(愛知縣豐田市)等似乎成為了候選工廠。
成因分析
4月16日九州島地震的震感強於4月14日發生的地震，氣象廳認為16日的地震並非14日地震的餘震，而是主震。儘管在發布了海嘯警報之後又解除了，但是依然讓居民遠離海岸，加強警惕。
此外，日本氣象廳表示“接下來一周時間還會持續發生震度為6弱的餘震”，呼籲大家保持警惕。
各方反應
日本
震後情況而據日本氣象廳稱，日本熊本縣在台北時間00:25:04發生地震，發布熊本縣地震海嘯預警，海嘯高度可達0.2-1米。
東京政府表示，調派其他地區的緊急救援隊，到熊本協助救災，而當地傳出手提電話無法接通的情況。
日本首相安倍晉三已取消前往熊本縣視察,他表示,新一波地震,可能會造成廣泛破壞。安倍表示:“我們正在嘗試盡力評估災情,以及拯救有需要的人。我已下達指示,為民眾提供儘可能準確的資訊。”
據日本《產經新聞》4月16日報導，日本內閣官房長官菅義偉在16日凌晨記者會上表示，日本熊本縣再次遭受震度6(日本標準)以上的強震，目前接到53件受害者被困報警，另外有23起受害民眾被活埋。
菅義偉表示，地震之後相繼發生火災、房屋倒塌、隧道崩落，求救撥打110、119的電話連續不斷，此次強震造成更大範圍的破壞。
日本警方在此前1800名救災人員的基礎上再次增派1000名救援人員，救災自衛隊的規模也將擴至兩萬人。
日本警方在此前1800名救災人員的基礎上再次增派1000名救援人員，救災自衛隊的規模也將擴至兩萬人。
村上春樹19日在日本文藝春秋出版社的女性雜誌《CREA》官網上發布支援熊本地震災區的訊息，呼籲大家捐款。
村上寫道“非常希望為遭遇災害的人們略盡綿薄之力”，“讓我們就像嚼乾魷魚那樣，踏踏實實但毫不鬆懈地推進支援工作”。
美國
美國國防部發言人柯比表示，日本九州地區相繼發生強烈地震，如果日本政府提出救援求助，美國政府將提供任何形式的救援支持。目前美方還沒有接到日本政府要求支援的請求，不過，美國政府正緊密注視當地災情。台灣
台灣在地震發生之後，宣布捐款1000萬日元，後來台灣地區領導人馬英九指示再提供50萬美元的款項。
蔡英文則宣布捐出一百萬元新台幣（約3萬餘美元）、高雄、台北以及台中的市長也宣布捐出一個月的薪資，高雄還開設了帳戶方便民眾捐款。
2016年04月17日夜間，記者會上，菅義偉針對有關台灣表示將向日本捐款和提供救災協助的問題回答說從台灣“得到了許多的慰問，日本政府想要表達由衷的感謝”。
但是菅義偉也說，雖然有數個國家表示願意協助救災，不過目前日本只接受駐日美軍所提供的援助。
