黑芥基因組

黑芥（Brassica nigra，又名black mustard），基因組為BB，2n=16，是芸薹屬的一個基本種。2016年，中國科學家完成了芥菜和黑芥基因組測序與序列解析，研究結果“The genome sequence of allopolyploid Brassica juncea and analysis of differential homoeolog gene expression influencing selection”發表在國際期刊《Nature Genetics》上。

背景

黑芥屬於一年生植物，種子常被用作調味品，分布在非洲北部的熱帶地區、歐洲的溫帶地區和亞洲的部分地區。

禹氏三角

黑芥（ B. nigra; BB, 2n = 16）是芸薹屬栽培種的三個基本種之一，另外兩個是白菜( B. rapa; AA, 2n = 20)和甘藍( B. oleracea; CC, 2n = 18)。黑芥與白菜遠緣雜交多倍化後形成芥菜型油菜( B.juncea; AABB, 2n = 36)，黑芥與甘藍遠緣雜交多倍化後形成衣索比亞芥( B. carinata; BBCC, 2n = 34) ，另外，白菜和甘藍遠緣雜交多倍化後形成甘藍型油菜( B. napus; AACC, 2n = 38)，,這就是著名的禹氏三角(U, 1935)。

基因組信息

測序材料為DH系YZ12151，利用二代測序技術組裝黑芥的基因組，基因組大小為591Mb，完整度為68%。預測出來49826個編碼蛋白的基因，其中94.7%可以注釋到Nr。

套用

芥菜和黑芥基因組的測序分析，將為芸薹屬作物的系統比較研究提供基礎數據，為芥菜類作物的優異基因資源挖掘和農藝性狀改良打下基礎。