![黑名單[2013罪案題材美劇黑名單The Blacklist]](/img/1/acc/nBnauM3X4YDO1EjM2ADM2MDO0UTMyITNykTO0EDMwAjMwUzLwAzL1YzLt92YucmbvRWdo5Cd0FmLxE2LvoDc0RHa.jpg "黑名單[2013罪案題材美劇黑名單The Blacklist]")
劇情簡介
幾十年來，綽號“紅魔”的前軍事情報官員Raymond Reddington一直是聯邦調查局通緝犯名單上的重要人物。他為全世界形形色色的罪犯代辦各種交易，撮合非法生意，被人們稱作“犯罪世界的管理員”。然而令人大跌眼鏡的是，他竟然主動向從來沒有抓住過他的聯邦調查局“自首”，並提出一個神秘但是驚人的條件：他願意幫助聯邦政府抓住所有人都認為早就死了的恐怖分子Ranko Zamani，但他只和一個聯邦探員對話——Elizabeth “Liz” Keen，一位剛剛結束訓練成為聯邦調查局初級分析師的“菜鳥”。Liz被這突如其來的情況搞得一頭霧水，這可是她第一天上班。
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黑名單[2013罪案題材美劇《黑名單The Blacklist》]分集劇情
第一季第1集雷蒙德·雷丁頓，綽號“紅魔”，FBI頭號通緝犯，進入FBI總部要求與助理局長哈羅德·庫珀見面。在前台人員發現他身份、大批武裝保全趕來前，雷丁頓已從容淡定的走到大廳中央，高舉雙手等待被捕。在FBI檔案記錄里，雷蒙德·雷丁頓曾是海軍司令官候選人，卻在不明原因失蹤後的幾年裡為罪犯服務，促成很多罪惡交易。雷丁頓還沒等FBI助理局長庫珀開口，就直接拋出一個重要線索，三起懸案的真正兇手——塞爾維亞人冉科·薩馬尼。這名在FBI檔案里已經死亡6年的人，現在卻從國際機場入境美國。雷丁頓提出可以幫助FBI抓住薩馬尼，但他只和一個人對話——伊莉莎白·凱恩。伊莉莎白·凱恩，原紐約應急心理科長，第一天到FBI任職的新手。因童年為孤兒，所以內向而強勢，擅長犯罪心理學。因為雷丁頓只願意與她對話，FBI自然對她產生懷疑。伊莉莎白在家門口吻別丈夫湯姆準備上班時，迎接她的是盤旋著的直升機和呼嘯而至的警車。助理局長庫珀親自與這個第一天上班的新手見面。可伊莉莎白和其他人一樣，對雷丁頓為什麼要選擇自己也是毫無頭緒。在FBI一直公開否認存在的秘密監獄和審訊中心——黑牢里，伊莉莎白見到了這個頭號通緝犯。雷丁頓似乎並不為自己現在的處境擔憂，像老朋友一樣與伊莉莎白寒喧，對伊莉莎白的身世非常了解，知道其在童年時被職業罪犯的父親拋棄，母親含恨自殺，甚至知道伊莉莎白的小名莉茲。見伊莉莎白並不理會，雷丁頓說出薩馬尼來美國的計畫——綁架雷克將軍的女兒貝瑟尼。庫珀局長和調查雷丁頓多年的萊斯勒探員並不相信雷丁頓所說的內容，只有伊莉莎白相信這是他在證明自己的價值，要求調動人手對將軍女兒貝瑟尼進行保護。伊莉莎白和萊斯特趕到學校用車接貝瑟尼趕往安全地點，卻在一座大橋上遭到薩馬尼伏擊，女孩被劫走。伊莉莎白再次返回黑牢，尋求雷丁頓的幫助。雷丁頓卻問起伊莉莎白右手十四歲時因火災造成的傷疤。得到回答後，雷丁頓指點伊莉莎白要從罪犯的角度去思考問題，重新梳理了FBI已經掌握的線索。得到啟發的伊莉莎白根據線索分析出薩馬尼是為了給被生化武器研究所爆炸殃及的家人報仇，而下令轟炸生化武器研究所的正是雷克將軍，所以薩馬尼僱人製造生化炸彈，而貝瑟尼就是炸彈的載體。雷丁頓對伊莉莎白的分析很滿意，並提供了炸彈製造人的線索，但交換條件是住在自己最愛的大酒店裡。FBI不得不同意，但在雷丁頓的身體裡植入了GPS晶片。在FBI根據線索抓捕炸彈製造人時，雷丁頓在酒店裡享受著豪華待遇。伊莉莎白不想把時間浪費在監視雷丁頓上，從酒店返回家中，卻發現丈夫滿臉是血被綁在椅子上。薩馬尼用刀抵著湯姆，逼問伊莉莎白對自己的計畫還知道什麼。但伊莉莎白並不知道更多的細節，薩馬尼很失望的認為伊莉莎白並沒雷丁頓說得那么聰明，不清楚為什麼雷丁頓對伊莉莎白這么痴迷。在達到盤問的目的後，薩馬尼讓伊莉莎白做出一個重要的選擇，是選擇去拯救更多的人，還是只救自己的丈夫。說完，薩馬尼一刀捅進了湯姆的腹部。醫院裡，看著昏迷的丈夫，伊莉莎白想起薩馬尼的話，怒氣沖沖的衝到酒店質問雷丁頓是否是他讓薩馬尼這么做的。雷丁頓並沒有直接回答，只是一再追問薩馬尼有沒有說其他內容，他相信炸彈危機並沒有解除。憤怒的伊莉莎白用筆扎穿雷丁頓的頸動脈，但雷丁頓仍帶著平靜的表情稱自己死了，伊莉莎白就無法知道自己丈夫的真相。被送醫的雷丁頓在內應幫助下從醫院逃跑，到林肯紀念館見到薩馬尼。兩人邊走邊聊，FBI則根據雷丁頓體內的GPS晶片追蹤並抓捕。萊斯特跟著信號來到一幢大樓屋頂，卻發現是薩馬尼。看到薩馬尼從口袋裡掏出一根金屬管，萊斯特以為是引爆器，開槍擊斃了薩馬尼，卻發現是雷丁頓的GPS晶片。雷丁頓在大街打電話給伊莉莎白，告訴她薩馬尼計畫要傷害更多的孩子，並再次追問當晚薩馬尼有沒有說什麼內容。伊莉莎白仔細回想當時的情境，想起當時薩馬尼的手背上有華盛頓動物園進門的橡皮章印。伊莉莎白迅速趕往動物園，找到一個人坐在長凳上的貝瑟尼。貝瑟尼的身上纏著化學品，背包里的定時器只剩下兩分多鐘。此時拆彈組已經來不及趕到，只有雷丁頓的一個烏克蘭朋友前來。在最後幾秒炸彈被拆除，但做為報酬被這個朋友拿走了。雖然這次事件有驚無險的解決了，但FBI仍不信任雷丁頓，並聲稱雷丁頓是想滲透進FBI套取情報。雷丁頓對這個說法報以嘲笑的態度，自己根本不需要FBI的情報，相反自己有一份長期積累的名單，名單上有政治犯、犯罪集團成員、黑客、間諜等，都是FBI根本找不到的人物。如果FBI想抓到名單上的人，就必須滿足一些要求，其中之一就是雷丁頓只與伊莉莎白對話。伊莉莎白獨自在家清理著被血染紅的家具。地毯上大塊的血跡無法清洗，伊莉莎白不得不割掉有血跡的地毯，卻發現地毯下的地板上有一個暗門。打開暗門裡面有一個匣子，匣子裡放著幾疊錢、一把手槍和幾本各國護照。護照上的照片赫然是自己的丈夫湯姆。這難道就是雷丁頓說的自己丈夫的真相？
第一季第2集雖然上周雷丁頓幫助FBI化解了一場危機，但調查局對這個頭號要犯仍不放心，對雷丁頓和伊莉莎白進行了多次的測謊。同時調查局為了獲得雷丁頓掌握的黑名單，極力與法務部談判，為雷丁頓爭取豁免權，卻被法務部嚴辭拒絕。雷丁頓對這種無休止的調查很不耐煩，為了增加談判的砝碼，再次透露有一場罪惡即將在一家工業園發生。調查局馬上調派大批人手對工業園進行地毯式搜查。在排爆人員對園區內鐵軌沿線檢查時，一輛客運列車超速衝過來並脫軌，當場造成60名乘客死亡。對這次重大人員傷亡，助理局長哈羅德·庫珀非常惱怒，對關在黑牢里的雷丁頓進行審問。雷丁頓只說這次脫軌事件並非意外，實際目的是刺殺客車上的一名女議員。但更多的情報，他只會和伊莉莎白·凱恩說。伊莉莎白再次到黑牢與雷丁頓見面。見伊莉莎白對自己的寒暄並不感興趣，雷丁頓告訴伊莉莎白，之前發生多起看起來是普通的事故，其實背後都是有針對性的刺殺行動，每次行動都會附帶更多無辜人的傷亡。這些行動的策劃人綽號“自由職業者”，只有雷丁頓才能與他取得聯繫。於是助理局長庫珀讓伊莉莎白與雷丁頓一起與“自由職業者”碰頭。一直在為丈夫真實身份困擾的伊莉莎白私下問雷丁頓，是否是他把護照、手槍等物品放到自己家，以干擾、控制自己。雷丁頓並沒有直接回答，只是提醒伊莉莎白，如果舉報只會讓湯姆獲罪，如果與湯姆當面對質他也只會否認，所以要得到答案必須想想其他方法。加拿大蒙特婁，伊莉莎白與雷丁頓到一家餐廳與“自由職業者”接頭。調查局人員通過監控對每一個與雷丁頓接觸的人進行面部識別。餐桌上，雷丁頓試圖與伊莉莎白進行交流，讓伊莉莎白用專業知識對自己進行側寫。伊莉莎白認為雷丁頓對自己如此照顧，一定與自己父母有關。在伊莉莎白的追問下，雷丁頓告訴伊莉莎白，她自己認為的生活一直都是個謊言。說完這句話，雷丁頓留下一臉詫異的伊莉莎白，自己藉故離開。等萊斯勒帶著調查人員趕到餐廳時，雷丁頓已經從餐廳後門逃跑。萊斯勒正在為丟失雷丁頓行蹤懊惱時，卻發現雷丁頓就坐在自己的監視車裡。雷丁頓告訴萊斯勒，自己已經完成了與“自由職業者”的接頭，說著拿出一張照片。照片上的人是弗羅瑞安娜·坎博，人權份子，致力於解救被販賣的婦女，其丈夫也因此被暗殺。伊莉莎白和萊斯勒回紐約找到坎博，說明了情況。坎博不同意取消當晚要舉行的慈善酒會，但願意配合調查局抓捕“自由職業者”。因為只有雷丁頓知道“自由職業者”的模樣，必須讓他到酒會現場。雷丁頓藉機提出自己的要求，加密的追蹤器，兩名自己的手下以及自由身份以掩蓋為FBI服務的隱情。調查局為此不得不再找法務部談判，最終獲批，但必須加入一名中情局特工米拉·馬利克。在行動前雷丁頓被植入軍用加密追蹤器，也非常高興見到自己兩個老熟人，保鏢鄧比和管理資金的魯麗，對面無表情的米拉也表示歡迎。在一幢大樓里舉行的慈善酒會裡四處散布著調查局特工，輕鬆品嘗美食的雷丁頓與如臨大敵的伊莉莎白也在人群里。正在坎博激情洋溢的發表演講時，雷丁頓發現了偽裝成服務員的刺客。那名服務員發現異常拔腿便逃，伊莉莎白舉起手機阻止，現場一片混亂。等特工們好不容易抓住四處逃竄的嫌疑人，進行盤問才發現他是受僱於雷丁頓。已保護坎博回到酒店房間的伊莉莎白接到萊斯勒的電話，才知道這場暗殺行動根本就是雷丁頓一手策劃的，於是立刻返身趕往坎博的房間。此時坎博已經看到坐在暗處的雷丁頓，她不知道雷丁頓為什麼要這么做，自己曾提出與雷丁頓合作被拒絕，現在他卻和調查局的人來“保護”自己。但坎博也並不害怕雷丁頓，畢竟她有著光鮮的外表，而雷丁頓只是個通緝犯。雷丁頓嘲笑著坎博的表里不一，坎博則並不在意，不以為恥反以為榮。當伊莉莎白趕到坎博房間時，坎博立刻換上害怕的表情，要伊莉莎白保護自己。對著坎博的狡詐和伊莉莎白的質問，雷丁頓仍舊保持著一貫的從容。雷丁頓說在坎博喝的酒水裡，“自由職業者”已經下了致命的毒藥，並告訴伊莉莎白，坎博並非她想像的那樣。驚慌的坎博下意識的叫出了雷丁頓的名字“雷蒙德”，暴露了她早已認識雷丁頓。正當坎博還想狡辯時，突然感到腹痛難受。雷丁頓見到坎博倒地，說出自己身邊帶著解藥，只要坎博坦白自己行為，立刻就能解毒。這個偽善的人權主義者終於點頭承認了雷丁頓所說的內容，長年以來借解救之名行販賣之實，還雇兇殺害發現真相的丈夫。雖然坎博仍搶救無效死亡，但FBI已經通過調查坎博多年來的業務，發現她的販賣集團並解救出被該集團販賣的婦女。事後，伊莉莎白和雷丁頓在公園碼頭聊天。雷丁頓說出自己並沒有解藥，本來就是想讓喪失天良的坎博死亡。伊莉莎白對雷丁頓的敵意消除了很多，也談到自己無法處理與湯姆之間的問題。雷丁頓再次提醒她，要么舉報要么對質，或者用第三種方法了解真相。伊莉莎白回到家重新將裝著護照、手槍、美元的匣子放回了地板下的秘密隔間裡，然後不動聲色的把已經甦醒的丈夫湯姆接回家。與敵人共處，可能是發現真相的最好方法。
第一季第3集暫無
第一季第4集一間汽車旅館裡,一名男子帶著一隻狗登記入住。進入房間後，取出假牙，摘掉假髮，用剃刀清理全身的毛髮，用強力清潔劑去除全身皮屑。清潔身體後，用透明塑膠布覆蓋房間所有的牆面，蓋住所有的家具，只留下衛生間裡大大的浴缸。狗狗則在一邊靜靜的看著主人做著一切，也許是看過很多次，早已激不起好奇心。今天伊莉莎白要上庭作證，相關罪犯還是她在紐約任應急心理科長時，警方根據她對罪犯的側寫，抓獲的毒梟赫克托·洛爾卡。本次開庭會有一名重要證人指證洛爾卡所犯的罪行。庫珀局長仍對伊莉莎白不太信任，讓萊斯勒與伊莉莎白同行。伊莉莎白也知道這一點。出發前，雷丁頓要與伊莉莎白見面。伊莉莎白到了約定地點。雷丁頓馬上要趕往太子港進行一樁交易，臨行前告訴伊莉莎白，赫克托·洛爾卡的人找自己為洛爾卡準備一整套假身份資料。雷丁頓警告伊莉莎白，洛爾卡知道自己會獲得自由，所以今天的開庭肯定不會一切順利。庭上，檢方陣述了在以往6年時間裡，109名參與調查洛爾卡企業的探員、警察失蹤，很可能均被洛爾卡殺害。檢方證人出席，陳述親眼看到洛爾卡將受害者塞入裝有強鹼液的桶里毀屍滅跡。此時，陪審團中一人突然心臟不適，不得不休庭。伊莉莎白馬上將證人轉交給趕來的法警，送到休息室等待再次開庭。證人與法警離開後，伊莉莎白碰到萊斯勒，萊斯勒告訴伊莉莎白陪審員是被人下毒導致心臟病發。伊莉莎白知道不妙，轉身跑回休息室時，只看到地上躺著真正法警的屍體，而證人和假法警都無影無蹤。雷丁頓正在太子港與客戶交易軍火，接到伊莉莎白的電話。電話里，伊莉莎白氣急敗壞的質問洛爾卡的人到底說過些什麼。雷丁頓並不介意，淡定的告訴伊莉莎白自己已經把知道的情況都說了，至於失蹤的證人肯定已經死了。但聽到伊莉莎白說有上百人活不見人死不見屍，雷丁頓想到了自己名單上的一個人，燉肉匠。證人的屍體的確已被運到早已在汽車旅館裡準備就緒的燉肉匠手裡。燉肉匠在拍照留念後，將屍體丟進大浴缸，倒滿化學溶液，等著屍體慢慢消失，再沖入下水道。當晚，警方通過交通攝像頭跟蹤運送證人屍體的車輛來到汽車旅館，但房間裡早已收拾得乾乾淨淨，沒留下任何痕跡。在伊莉莎白一籌莫展時，雷丁頓打來電話詢問情況，並提示伊莉莎白，去查查浴缸的下水口。果然，在下水口處有化學品的味道，鑑證人員從下水道里提取到證人的DNA。雷丁頓回到FBI總部，向伊莉莎白講述了燉肉匠的行事作風，他有一個怪癖就是會保留受害者的一顆牙齒做為戰利品。只要找到燉肉匠和他的戰利品就能解決幾百樁懸案。但燉肉匠非常謹慎，連雷丁頓都不知道他的行蹤。伊莉莎白立刻著手審訊曾與燉肉匠聯繫過的洛爾卡。雖然伊莉莎白和米拉以與恐怕組織有聯繫作威脅，老奸巨滑的洛爾卡寧願接受國安局調查，也不願意透露燉肉匠的聯絡方式。於是伊莉莎白不得不將洛爾卡移交國安局，卻在移交過程中被武裝份子襲擊，自己也被劫持。雷丁頓對FBI的無能非常憤怒，現在只能靠自己與洛爾卡接觸，用提供假身份交換回伊莉莎白。雷丁頓與萊斯勒來到洛爾卡的藏身處。一見到洛爾卡，雷丁頓就講出萊斯勒的身份。萊斯勒沒來得及反應就被人按倒在地。萊斯勒也不是吃素的，一個過肩摔撂倒按住自己的人，還告訴洛克爾假身份都是自己修改了總部資料庫才得到的。這才打消了洛克爾的疑慮。雷丁頓提出，自己協助洛爾卡逃出美國，洛爾卡講出伊莉莎白的下落，萊斯勒救出伊莉莎白立功，三家皆大歡喜的方案。洛克爾完全相信了雷丁頓，提供了與燉肉匠聯繫的中間人姓名。萊斯勒與米拉通過聯網調查，發現中間人其實就是燉肉匠，真名斯坦利·R·考尼特，開有一家牙齒診所。庫珀命令萊斯勒與米拉立刻趕往考尼特家，但雷丁頓認為FBI這樣太過費時，不如自己出手。離開FBI後，雷丁頓打電話到動物管理局，以考尼特的名義要求提供尋狗定位服務。不一會，狗狗定位的數據就顯示在了雷丁頓手機的地圖上。一幢林間小屋裡，考尼特在欣賞著整整齊齊擺放在托架上的戰利品，屋子的中間是雙手被反綁的伊莉莎白。伊莉莎白用自己的心理學知識與考尼特聊著，希望為自己爭取一些時間。但這也沒能阻止考尼特按客戶要求對伊莉莎白進行疼痛折磨。萊斯勒闖入考尼特家中，只發現了考尼特的妻子、女兒。考尼特的妻子告訴萊斯勒，考尼特可能在自家的一幢林間小屋，但只能提供小屋的大致位置。萊斯勒立刻從林業局調派直升機和熟悉地形的嚮導，對森林進行搜尋。考尼特給伊莉莎白注射了鎮靜劑。伊莉莎白趁考尼特放鬆警惕時，掙脫縛手的綑紮帶，跑進森林，但沒久就被帶著狗趕來的考尼特抓住。在鎮靜劑的作用下，伊莉莎白已無力反抗。考尼特把伊莉莎白拖回小屋，正準備拍照取戰利品時，被身後的雷丁頓打暈。雷丁頓輕輕安慰著伊莉莎白，扶著她坐到輪椅上，卻把考尼特一把推進了原本為伊莉莎白準備的強鹼池中。萊斯勒帶著其他隊員闖進屋內。雷丁頓對現在的殘局沒有興趣，隨便FBI怎么處理，自己則走到戰利品的相冊里，抽出了一張女子照片。
第一季第5集伊莉莎白為了調查真相對匣子裡的手槍進行了彈道測試，測試報告顯示該手槍與一件發生在“天使驛站”酒店，被標記為‘高度機密’的謀殺案有關（第三集內容）。因伊莉莎白的許可權低，不能顯示具體內容。現在丈夫又預訂了“天使驛站”的房間，到底是巧合，還是有意為之。一直被這件事困擾的伊莉莎白終於忍不住在一天晚上問了丈夫湯姆，不想卻被丈夫死死掐住脖子。危急時刻，伊莉莎白從夢中驚醒。雷丁頓得知伊朗正在試圖獲得的一組情報，這組情報雷丁頓非常感興趣，但賣家委派了業內有名的“信使”負責中間情報與報酬的傳遞。信使是出了名的盡職且殘忍，絕不允許交易有絲毫的違約和干擾，否則全部格殺勿論。這讓雷丁頓感到非常棘手，決定借FBI的手，為自己清除這個障礙。伊莉莎白自然被雷丁頓口裡所說的價值兩千萬的情報吸引，並與萊斯勒根據雷丁頓提供的買方資料進行監視跟蹤。一處農貿市場內，伊莉莎白和米拉步行監視買方——一名伊朗情報官，萊斯勒則在監視車內監控指揮。正當情報官與信使接觸時，信使發現四周的調查人員，開槍打死來接頭的情報官後，駕車逃跑。伊莉莎白和米拉徵用了一輛皮卡，在直升機的指引下追擊信使。信使一邊逃竄一邊向伊莉莎白的車輛掃射，但終被追上，被米拉攔腰撞停。信使下車拖著已脫臼骨折的左臂，想繼續頑抗，卻還是被米拉抓獲。審訊內，信使一言不發，對萊斯勒的問題不理不睬。萊斯勒捏住信使骨折的左臂，想用疼痛迫使信使交代情報藏匿的地點。但信使似乎沒有任何感覺。這一情況讓所有在場的人都很詫異。經醫生檢查，發現信使患有先天性無痛感的基因疾病，這也解釋了為什麼信使渾身傷疤。雷丁頓暗示信使很可能把一些東西藏在傷口裡。經醫生再次檢查，果然在最新一處傷口裡發現了一張記憶體卡，再經過B超檢查，發現其他傷口裡也藏有不確定的物品，需要到醫院才能取出。FBI從記憶體卡里發現一段視頻。視頻里是一名聯邦高級程式設計師賽斯·尼爾森戴著面罩和氧氣瓶，被關進一台密封的冰櫃裡。據推測，氧氣瓶可以使用24小時，伊莉莎白認為現在交易被中止，如果不及時找到尼爾森，那他就會窒息死亡。由於買家已經死亡，信使軟硬不吃，只能再次找雷丁頓幫忙。雷丁頓同意幫忙，但要伊莉莎白說出對湯姆的調查情況。伊莉莎白只能說出調查到的線索，但因為是機密，自己無權查看。雷丁頓找人幫忙，找到了信使的藏身處。FBI進行搜查，發現了信使的真名湯米·菲爾普斯，有一個在坐牢的兄弟。最重要的是在一部相機里發現了買家和賣家的照片，確認是信使為了防止交易中有人欺詐而對雙方進行跟蹤。賣家為德查姆博，前法國情報人員。庫珀局長想申請逮捕令卻被雷丁頓勸阻，想審訊一名能力不亞於庫珀的情報人員，只是浪費時間。現在只能找人喬裝成信使，套出德查姆博把賽斯交給信使的地點。萊斯勒假裝信使來到德查姆博的夜店，雖然德查姆博未親眼見過信使，萊斯勒也用割破手臂證明自己“沒有痛覺”，但狡猾的德查姆博還是沒有上當，因為她知道真正的信使在交易失敗後會不分青紅皂白的殺死交易雙方，而不是找自己談判。事情敗露，伊莉莎白只能指揮人手衝進夜店，抓捕德查姆博。在FBI決定利用給信使坐牢的弟弟減刑交換隱藏賽斯的地點時，信使卻在送往醫院的路上用蔵在身體裡的開鎖工具打開鐐拷，殺死看守逃跑了。雷丁頓認為現在只有放了德查姆博，自己去套取信息。庫珀局長別無選擇，只能同意。德查姆博回到夜店，碰到早已等候的雷丁頓。雷丁頓告訴她，買家已經被信使殺死，按信使的做事風格，賣家就是下一個，自己可以為她提供離開美國的途徑，但需要當初交接賽斯的地點做交換。德查姆博知道雷丁頓所言非虛，只有答應。此時伊莉莎白和萊斯勒帶人在信使弟弟交待的自家老舊房車處發現了信使的蹤跡，隨即與躲在房車裡的信使展開槍戰。等萊斯勒沖入房車，發現信使正拎著包搖搖晃晃的走向樹林，要上前逮捕時看到信使倒地。原來已有一顆子彈射穿了信使的腦袋，因為沒有痛覺，信使仍在殘存的意識下逃跑，最終還是倒地死亡。回到總部，調查人員正在根據雷丁頓取得的交接地點信息調看周圍監控錄像，分析可能的隱藏賽斯地點。分析後認為只有一處廢舊物品丟棄點可能性最大，伊莉莎白和雷丁頓立刻趕往。在最後時刻救出了已經奄奄一息的賽斯。在救護車旁，雷丁頓悄悄俯下身要求賽斯答應自己一件事，進入FBI檔案室取一份資料。賽斯無法拒絕救命恩人，答應只此一次。幾天后，伊莉莎白取得一份郵件。打開信封，看到雷丁頓留下的便箋，上面寫著“你要尋找的答案”，後面是自己無法查看的“天使驛站”謀殺案的機密檔案。其中嫌疑人照片上，赫然是自己丈夫湯姆走出“天使驛站”酒店的照片。雷丁頓的書房裡，一個消瘦的男子對雷丁頓浪費僅有一次的寶貴機會去幫助伊莉莎白的行為很不理解。雷丁頓以長遠打算作為回答。消瘦男子離開。失魂落魄的伊莉莎白找到雷丁頓。兩人默默無語的，坐在黑暗中。伊莉莎白最終還是決定回家，與丈夫好好談談。但她沒想到的是，還沒開口，湯姆居然先拿出了蔵在地板下的匣子。
第一季第6集丈夫湯姆似乎完全不知道匣子裡的手機、錢、有自己照片的護照是從哪來的，甚至責怪起伊莉莎白在發現以後沒有早點告訴自己。伊莉莎白拿出機密檔案中的嫌疑人照片，指出當時酒店內一名叛逃美國的俄羅斯特工被殺，湯姆又在同一時間出現在酒店，無法用巧合來解釋這種情形。兩人爭執不下，只能向FBI上報，希望能通過調查程式找到真相。伊莉莎白和湯姆被調查人員帶到黑牢。湯姆被關押審訊，而伊莉莎白則被停職。伊莉莎白決定去找雷丁頓，自己調查整件事的來龍去脈。雷丁頓提供了一條線索，吉娜·雅奈特克斯，一名企業恐怖份子，為肯出錢的企業整垮其競爭對手。看伊莉莎白不太明白，雷丁頓告訴伊莉莎白，吉娜是湯姆曾經的愛人。米拉負責審問湯姆，對為何出現在酒店，湯姆的回答是當天本應當去一所學校面試，但校長臨時有事，所以與校長約好到附近的酒店咖啡廳面試，並詳細說明了當天自己的活動軌跡。米拉拿出該校長的照片，卻並不是當天面試湯姆的人。萊斯勒負責對匣子裡的物品進行檢查，從一顆子彈上取得了部分指紋，尚找到沒有匹配的信息。雷丁頓則告訴庫珀，自己已經告訴停職中的伊莉莎白一些信息。為了繼續調查，庫珀和萊斯勒不得不找到伊莉莎白了解情況。根據這些情況，FBI查到吉娜已經進入美國且剛用信用卡在一間酒店買了兩杯酒。伊莉莎白和萊斯勒進入酒店房間，只發現一名死亡的男子倒在地上。伊莉莎白留在房間保護現場。萊斯勒邊打電話調派人手，邊乘電梯下樓看監控錄像，卻在電梯裡碰到正欲離開的吉娜，一番打鬥後被吉娜打暈。吉娜離開時，沒有察覺自己的手機掉在萊斯勒的身下。經調查，房間裡的死者是土耳其大使館的工作人員。從吉娜的語音信箱裡發現一條重要線索，經分析認為吉娜打算在美國某地引爆一杖髒彈。從電話記錄里發現最近聯繫最多的是一個叫哈納的集團公司。但伊莉莎白更關心的是手機里沒有任何與湯姆有關的內容。伊莉莎白再次審視了檔案中的照片，發現一張照片裡有一名女子與吉娜極為相似。在對吉娜的公寓進行搜查時，伊莉莎白同樣發現了一個匣子。匣子裡除了錢與多本護照外，還有一疊照片，其中一張就是在“天使驛站”被殺的俄羅斯特工。在床頭發現了丈夫湯姆的一張照片。這讓伊莉莎白剛剛有了一點的希望，又再次破滅。在吉娜的電腦中，發現吉娜曾向一名德國爆破專家匯款。這次只能由雷丁頓出馬。雷丁頓找到爆炸專家，聲稱如果髒彈爆炸，相關政府一定會追查放射物的來源，從而影響到自己的安全。為此雷丁頓為爆炸專家提供一個相當誘人的大生意，以交換他為吉娜做的髒彈情報。已喝得微醺的專家，激動的講述著自己的作品，一輛裝著放射性爆炸物，能定時爆炸的轎車。如果爆炸，半徑五英里範圍內都會被輻射污染。因為專家並不知道轎車目前的位置，雷丁頓讓專家與吉娜電話聯繫。FBI通過專家的電話定位到吉娜的位置，一個公園內。特工迅速趕到公園，吉娜發現不妙，慌不擇路的逃進一間女廁。緊隨其後的伊莉莎白對女廁進行搜查時，與吉娜發生搏鬥。吉娜將伊莉莎白壓倒在地上，抽出一把彈簧刀往伊莉莎白身上捅去。緊急時刻，萊斯勒趕到開槍將吉娜射倒。轉危為安的伊莉莎白卻更擔心吉娜的生死。只有她能證明丈夫是否有罪。伊莉莎白對現有的線索進行分析，認為哈納集團運輸分部業績下降，很可能為了打壓對手僱傭了吉娜。吉娜計畫用髒彈攻擊對手的休斯頓港口，這樣海運船隻只能到哈納的港口上下貨。於是FBI馬上調動人馬趕往休斯頓港口搜查。但面對成千上萬的貨櫃，不可能在剩餘的一小時內找到炸彈。伊莉莎白想到了死在房間裡的土耳其使館人員，根據船隻日誌，發現了由此人簽發的外交免檢箱單。調出相應貨櫃，果然有一輛德國制轎車，車內的計時器只剩十分鐘。炸彈製作得非常精密，拆彈人員根本無法拆除。萊斯勒當機立斷將車開進大海，利用海水消除了爆炸產生的衝擊波並壓制了輻射粉塵。醫院裡，吉娜也已脫離危險。經鑑定，湯姆手槍上的殘缺指紋就是吉娜的，由於這次爆炸產生的輻射在可控範圍，FBI決定用減罪協定交換吉娜的情報。吉娜承認發生在天使驛站的謀殺案是自己所為，僱傭自己的是雷蒙德·雷丁頓。伊莉莎白和萊斯勒聞言吃了一驚。最讓伊莉莎白關心的問題也終於有了答案，吉娜從未見過湯姆。吉娜的招供，讓湯姆的嫌疑被消除。湯姆也從黑牢被釋放。但當湯姆看到情報板上一張消瘦男子的照片時，立刻認出他就是當天面試自己的人。伊莉莎白找到雷丁頓，指責雷丁頓把湯姆的照片放到吉娜的公寓，雇吉娜殺害俄羅斯特工，還讓跟班引誘湯姆到事發酒店，這些事都是出於雷丁頓對自己扭曲變態的迷戀。從此，不再願與雷丁頓合作。雷丁頓無奈的撓撓頭，知道自己這一次慘敗。
第一季第7集捷運上發生一起生化武器襲擊案。兇手將生化武器放在公文包內遺留在捷運上，導致三十多名乘客死亡。消除了疑慮的伊莉莎白與丈夫湯姆再次回到當初恩愛的生活，兩人正在商量著是否裝修廚房時，萊斯勒打來電話讓伊莉莎白打開電視。電視裡正報導著捷運慘案。伊莉莎白趕到捷運站，其他探員已經從捷運監控錄像里發現了一名嫌疑人物。在調查這名嫌疑人身份時，雷丁頓打來電話，聲稱知道嫌疑人身份，但要求伊莉莎白與自己見面。本對雷丁頓無比痛恨的伊莉莎白無奈找到雷丁頓。雷丁頓告訴伊莉莎白，嫌疑人叫弗雷德里克·巴恩斯，前國防研究科學家，專攻生化製劑。五年前從國防部辭職，開始把自己的發明賣給出價最高的人，能一次殺死成千上萬人的發明。但這一次明顯不同的是，巴恩斯在自己投放生化武器。伊莉莎白和萊斯勒到疾控中心了解生化武器的情況。根據醫生介紹，死者均表現為靜動脈硬化引起的全身缺氧，是非常罕見的疾病——庫爾茲病。正常情況下庫爾茲病要經歷數十年才會影響人的生命，但這一次病毒卻只用了兩分鐘。庫爾茲病本來非常罕見，現在卻在6個月時間裡收治了幾百名病例，因此一定有人在改進並傳播病毒。此外，醫生還發現病毒製作人在用放射物質同位素鍶90做為降低受害人群免疫力的手段。有了鍶90的線索，庫珀局長要求雷丁頓找到供貨人。雷丁頓親自去找供貨人收集情報，伊莉莎白不得不跟著一同前往。雷丁頓想藉機修復兩人之間的關係，但伊莉莎白並不領情。伊莉莎白相信丈夫是清白的，雷丁頓仍堅持湯姆有問題。因為雙方談不攏，伊莉莎白拒絕與雷丁頓同去。萊斯勒與伊莉莎白來到巴恩斯前妻家。前妻對巴恩斯稱讚有加，但不清楚巴恩斯離開的原因。正說著，巴恩斯年幼的兒子伊桑進來。伊莉莎白發現伊桑的血管發黑，也有硬化的跡象。果然，伊桑患有庫爾茲病。在得知捷運慘案是巴恩斯所為後，前妻非常震驚。前妻說，在五年前巴恩斯得知兒子患有庫爾茲病後，巴恩斯曾聯繫製藥企業，但因為此病過於罕見，所以研究人員並未重視。伊莉莎白相信這就是巴恩斯辭職並培育庫爾茲病毒的原因，造成更多病例，引起公眾注意，推動對庫爾茲病治療的研究。雷丁頓獨自一人找到鍶的供貨商，故意要購買12公斤鍶。在供貨商無法足量供應時，雷丁頓提出願意從前買家那高價收購，讓供貨商還能從中漁利。貪婪的供貨商立刻電話聯繫巴恩斯，卻被雷丁頓暗地裡追蹤到了巴恩斯的確切位置，一處法院內。伊莉莎白和萊斯勒得到雷丁頓通知，立刻趕到法院，卻為時已晚。巴恩斯已經用相同手段在一間陪審員休息室內施放病毒。伊莉莎白拉響火災警報讓所有人撤離。萊斯勒則衝進法院尋找巴恩斯的蹤跡，卻發現被反鎖在休息室內的二十多名陪審員。砸開休息室大門後，陪審員均已死亡，僅一人倖免。伊莉莎白在人群中發現巴恩斯，隨即上前追捕，卻因巴恩斯劫持一名警衛不得不放下手槍，讓巴恩斯逃脫。庫珀局長知情後非常憤怒。伊莉莎白指責萊斯勒出賣自己時，萊斯勒則指責伊莉莎白為了一個人質放走巴恩斯，讓更多人的生命受到威脅。對伊莉莎白這樣不專業的行為，將受到局裡調查。米拉思考巴恩斯選擇目標的方式時，發現捷運和陪審員的共同點是受害者的隨機性。據此，米拉相信巴恩斯是在實施某種試驗。在疾控中心內，醫生為法院裡的倖存者進行最後一次抽血檢查。醫生離開後，喬裝成護理人員的巴恩斯進入病房，在輸液袋裡注射了鎮靜劑，看著床上的倖存者慢慢昏迷。伊莉莎白沒有辦法，只能再次向雷丁頓求助。雷丁頓似乎很不滿意伊莉莎白對自己的態度，不想幫忙。但聽到是因伊莉莎白的過失造成巴恩斯逃脫，雷丁頓還是放下了架子。雷丁頓提示伊莉莎白，巴恩斯作為一名殺手，不會允許有倖免者。伊莉莎白和萊斯勒趕到醫院，發現了仍昏迷不醒的倖存者。醫生檢查後發現，巴恩斯做了骨髓活體組織採樣。現在伊莉莎白知道了，巴恩斯並不僅僅是在殺人，而是在實驗找出對庫爾茲病有自然免疫能力的人，提取他們的骨髓，並以此合成解藥。現在巴恩斯已經得到了他想要的東西，一定會去找自己的兒子伊桑。伊莉莎白立刻驅車趕往伊桑家，同時電話通知伊桑的母親。但巴恩斯已經潛進了自己前妻家，打暈前妻後，用乙醚麻醉了兒子伊桑。正當巴恩斯要將解藥注射進兒子的身體時，伊莉莎白趕到。巴恩斯不顧伊莉莎白阻止強行要注射，有了前車之鑑的伊莉莎白果斷開槍擊斃了巴恩斯。雷丁頓也來到了巴恩斯前妻家，在屋外看著警察處理現場。雖然伊莉莎白對雷丁頓仍有芥蒂，但仍要上前感謝他的幫忙。聽到巴恩斯已經死亡，雷丁頓一聲嘆息，對他這種不惜代價的父愛表示理解。伊莉莎白聽著感覺雷丁頓像是在說他做的一切都是在保護自己，很不喜歡這樣的感覺。伊莉莎白也做出讓步，同意與雷丁頓繼續保持工作上的合作，但希望雷丁頓不要干涉自己的私生活。幾天后，雷丁頓來到一所高價購買的舊宅。雷丁頓在屋裡徘徊，回憶著以前在這裡和家人的生活。鄧比則按雷丁頓要求在地下室改動了燃氣管道。雷丁頓離開後，整個房子發生爆炸，所有東西與回憶一起化為灰燼。
第一季第8集湯姆邊吃早餐邊看著電視裡播出的突發新聞，一架貨運飛機在起飛後不久爆炸墜毀。伊莉莎白則接到繼父山姆的電話，雖然四歲時才被現在的父親收養，但兩人間的感情如同親生父女。電話里，山姆語氣輕鬆的告訴伊莉莎白自己到醫院進行腫瘤檢查，一再拒絕伊莉莎白的探視，但伊莉莎白仍不放心。在調查局裡，庫珀局長向雷丁頓要求協助調查貨機墜毀整件時，雷丁頓提出要登入聯邦調查局犯罪資料庫的許可權。庫珀局長同意後，雷丁頓講出貨機墜毀的幕後主使是盧德派的領導人——“盧德將軍”。這個幫派以恐怖活動抗議金融家對中產階級的剝削，是受過良好教育、訓練有素的恐怖份子，創建人是納撒尼爾·沃爾夫。萊斯勒從調查墜機現場的同事處得到兩個嫌疑人姓名，一名是運送炸彈的貨運司機羅傑·加德，目前行蹤不明；另一名是盜竊化肥廠化學原料的員工阿瑟·丹寧。萊斯勒通過調查化肥廠的監控錄像，取得了阿瑟·丹寧的面部照片。與伊莉莎白調查到的羅傑·加德的照片對比，兩人極其相似，可以肯定為同一個人。根據這兩個身份登記的住址，伊莉莎白和萊斯勒前往搜查。從搜查到的照片郵件等，發現是屬於盧德派創建人沃爾夫的。其父親一生為飛機製造業工作，卻被金融投機者搞得失去了工作，最後自殺身亡。從屋內取得的指紋也屬於沃爾夫。所以可以確定羅傑·加德和阿瑟·丹寧就是整容後的納撒尼爾·沃爾夫。在伊莉莎白找到雷丁頓尋求幫助時，雷丁頓突然要求伊莉莎白去陪陪癌症復發的老父親。見伊莉莎白又要對自己干涉生活不滿，雷丁頓說出一個整容醫生的名字亞伯拉罕·莫爾茨。伊莉莎白跟著雷丁頓找到莫爾茨的診所。但莫爾茨為了病患保密協定，拒絕告訴雷丁頓，沃爾夫現在使用的名字。伊莉莎白立刻亮出身份，警告莫爾茨如果不說自己會叫人來對診所全面搜查。當莫爾茨醫生說出沃爾夫現在使用的新名字“布拉德利·荷蘭德”後，兩人立馬又換了副面孔。雷丁頓指責莫爾茨居然受了一點點威脅就透露客戶的信息，太讓自己失望了。伊莉莎白則表現出此人不可信任的模樣。兩人離開，留下莫名其妙的莫爾茨一個人發獃。FBI調查發現荷蘭德現在是一家航空公司的飛行員，伊莉莎白相信華爾街當初讓他父親失去了生命，現在沃爾夫則要用航空公司的優勢打垮華爾街。里根機場，沃爾夫身穿機長制服，通過VIP通道，找到地勤人員希望要一個去丹佛的位子。他知道，現在只有一架飛機去丹佛，那架飛機正是他的目標。在等待訊息的時候，沃爾夫激活了藏在筆記本里的定時引爆裝置。果然，那架飛機上有一個空餘的頭等艙座位。等行李被託運後，沃爾夫假借取飛行日誌離開了航站樓。等伊莉莎白和萊斯勒到達機場，飛機發生了爆炸。所幸機場及時得到FBI通知，疏散了客機里的乘客。伊莉莎白向庫珀局長請假卻未獲批准。因為里根機場的爆炸，總統發布禁飛令，全美國的航班均被取消。此時FBI收到盧德將軍在網上發布的視頻，宣稱對金融寡頭實施一系列的報復行動。而禁飛令則讓貨物運輸停滯，打擊了經濟。FBI查到荷蘭德名下的一張信用卡在一家倉儲公司使用過。伊莉莎白和萊斯勒趕到荷蘭德租用的倉庫里，發現牆上對應著保存的物品標記著很多人名，最後匯總到一個叫約翰·霍爾拜克的人。米拉則查到約翰·霍爾拜克在一家運輸公司工作，該公司與印鈔廠簽有每天運輸幾億美元現鈔的協定。原本是用飛機運輸，現在有禁飛令，則不得不用卡車運輸。米拉相信這是一起精心策劃的搶劫案。伊莉莎白的繼父山姆發現雷丁頓坐在自己的病床邊。兩人像老朋友一樣的打招呼、聊往事。雷丁頓感謝山姆多年來對伊莉莎白的悉心照顧。山姆卻對伊莉莎白心存內疚，想在臨死前告訴伊莉莎白真相。雷丁頓試圖說服山姆保守秘密無效，遂用枕頭悶死了這位老朋友。 湯姆趕到醫院時，護士告訴湯姆，山姆已經去世。湯姆心情難受，坐在醫院外的咖啡廳不知道怎么告訴伊莉莎白這個不幸的訊息。雷丁頓走了過來，坐在湯姆身邊。寒暄幾句後，雷丁頓有意無意的說伊莉莎白的父親會一直在暗處保護著她，然後對著尷尬的湯姆笑了笑離開。伊莉莎白和萊斯勒追蹤著約翰·霍爾拜克押運的運鈔車，指揮警車圍追堵截。但沃爾夫把車裡的現鈔在華爾街當街拋灑，製造混亂後脫身。
第一季第9集雷丁頓正在德國和朋友一起喝酒慶祝交易成功，萊斯勒則根據雷丁頓脖頸里的追蹤器信號追蹤而至。雷丁頓在朋友們面前假裝親熱的介紹萊斯勒是自己在政府部門裡的臥底，隨後私下問萊斯勒的來意。萊斯勒告訴雷丁頓，伊莉莎白被扣留需要雷丁頓的幫助，具體的扣留原因無法得知。雷丁頓立刻乘專機返回華盛頓。但此時的伊莉莎白正在自己家中收拾著繼父的遺物，湯姆在一旁安慰著。睹物思人，伊莉莎白忍不住暗自悲傷。等雷丁頓帶著魯麗和鄧比來到“黑牢”才發現自己被騙。FBI接到情報一個叫安斯洛·加里克的人要刺殺雷丁頓，所以要對雷丁頓實施保護性監禁。雷丁頓非常熟悉加里克，曾和他合作多年。後發生矛盾，雷丁頓近距離對加里克臉部開槍，但仍被加里克逃走。加里克知道雷丁頓的行蹤不定，根本無法行刺。現在一定是有內奸泄密給加里克，雷丁頓在與FBI合作，所以加里克散布出訊息，讓FBI找到雷丁頓實施保護。這樣才能定位到雷丁頓的準確位置。果然，“黑牢”大門處，一輛日常負責清掃的垃圾車進門，門衛查看證件無誤即放行，卻不知副駕駛座位下戴著頭套的加里克正用槍指著司機。此時，收拾好繼父遺物的伊莉莎白匆匆趕來上班。正在伊莉莎白乘電梯時，垃圾車停在了卸貨區，後車門打開衝出一幫武裝人員快速沖入建築物內，射殺了在場的守衛人員。等庫珀局長得到被入侵的訊息時，加里克已經率人占領了主機電房，切斷電源及電話線路，在各處安置了無線通訊干擾器。現在整個建築成了一座無法對外聯絡的孤島。伊莉莎白則被困在電梯裡。加里克帶人清理各樓層時，庫珀通知摧毀所有數據，並向軍械庫撤退。萊斯勒帶著雷丁頓向高級監禁室撤離時遇上兩名武裝襲擊者，雖擊斃了兩人，自己也腿部中彈，無法行動。雷丁頓從被擊斃的襲擊者身上取出武器，擊退趕來的其他襲擊者，拖著萊斯勒來到黑牢中心區——高級監禁屋。這裡是貨櫃式設計的牢房，全身用鈦合金製成，並配有軍用級別防彈玻璃，關閉後只有高級人員的指紋和密碼才能再次打開。看到倉門關閉，來遲一步的加里克怒視著玻璃後的雷丁頓。雷丁頓為萊斯勒進行緊急止血，根本不理睬門外加里克絮絮叨叨的泄憤言語。收拾停當後，雷丁頓調侃了幾句加里克臉部扭曲的傷疤，因為那就是他開槍造成的。憤怒的加里克隔著玻璃對雷丁頓開槍，但玻璃沒有絲毫損傷。還不知情的伊莉莎白從電梯的通風口爬了出來。庫珀帶著其他人員到達了軍械庫。為了恢復對外聯絡，庫珀局長派技術員阿蘭姆到主機電房恢復無線通訊。伊莉莎白看到被射殺的同事，知道不妙，從一名FBI人員屍體上得到一部無線電通話器，與庫珀取得了聯繫。庫珀帶著人在軍械庫與襲擊者槍戰，掩護阿蘭姆趕到主機電室修復無線信號線路。但寡不敵眾，庫珀等人被俘。伊莉莎白則辦公區用寶特瓶做成消聲器擊斃一名襲擊者，取下武器。顯然加里克低估了黑牢里監室的牢固程度，沒有帶足夠的炸藥炸開監禁室。加里克通過無線電派軍械庫周圍的襲擊者從軍械庫中取更多的炸藥。這個命令被伊莉莎白通過繳獲的通話器聽到，事先趕到軍械庫守株待兔，擊斃一人打暈一人。修好了線路的阿蘭姆也趕到軍械庫與伊莉莎白會合。為了恢復無線信號，伊莉莎白和阿姆不得不四處尋找並破壞干擾器。加里克再次派人往軍械庫查看情況，發現了被綁的一名襲擊者，知道還有人在活動，隨即命人四處搜尋敵人。同時為了及早抓到雷丁頓，加里克把庫珀等人押到監禁室旁。見雷丁頓對自己用槍指著庫珀局長毫不在意，只顧著護理萊斯勒的傷口，加里克把魯麗拖了過來，用槍抵著魯麗的頭。雷丁頓這一次不能再無視魯麗，請求庫珀局長打開監禁室。槍指著庫珀自己時，庫珀都拒絕打開監禁室，現在庫珀更不會因為魯麗而講出打開監禁室的密碼。一聲槍響，魯麗的血噴灑在雷丁頓前面的防彈玻璃上。另一頭，伊莉莎白和阿蘭姆為了加快速度，分頭尋找干擾器。伊莉莎白卻被一名襲擊者偷襲。見仍無法打開倉門，加里克又把鄧比拉到面前，但庫珀仍無動於衷。雷丁頓試圖叫醒昏迷的萊斯勒索要密碼，卻被鄧比阻止。鄧比無比忠誠，不畏死亡，在槍口下背誦著古蘭經。雷丁頓在玻璃另一側用波斯語為這個保鏢兼摯友送行。隨後的槍聲結束了這場悲壯的送別。
第一季第10集伊莉莎白與阿蘭姆分頭行動尋找干擾器。阿蘭姆破壞周圍幾個干擾器後，手機終於能收到外界的信號，立即打電話給FBI總部請求支援。等阿蘭姆回頭找伊莉莎白時，才發現伊莉莎白被一名襲擊者擒獲，沒有實戰經驗的阿蘭姆開槍擊斃襲擊者救下伊莉莎白。但槍聲打斷了加里克。加里克顧不上鄧比，派人去查看情況。迅速趕來的其他人循著槍聲的位置，再次俘虜了伊莉莎白和阿蘭姆。監禁室內的雷丁頓看到被俘的伊莉莎白，臉色大變。狡猾的加里克抓捕到了這一點，丟下鄧比，轉而用槍抵住了伊莉莎白。雷丁頓見狀，用力打醒了昏迷中的萊斯勒，向他索要開監禁室門的密碼。倉門外的庫珀局長命令萊斯勒不許透露密碼。看著跪在倉門前的伊莉莎白和站在不遠處雙手反綁的局長庫珀，萊斯勒不知道如何決定。此時，伊莉莎白的手機響，湯姆打來電話。加里克知道無線信號恢復，不久後就會有FBI的武裝人員前來支援。雷丁頓也知道，在這種情況下加里克很可能走極端，對伊莉莎白的安全造成危險。於是，雷丁頓用槍抵著萊斯勒的頭。剛才還在救人，現在卻要殺人，不能不說是個諷刺。萊斯勒清楚雷丁頓是在用自己的命換伊莉莎白的命，便說出了密碼是“羅密歐”。加里克用庫珀的指紋和密碼打開了監禁室，命人帶走雷丁頓和伊莉莎白，留下一人處決庫珀等人。此時收到訊息趕來的支援部隊已經開始進攻建築物。加里克在地下室炸開一個出口，從廢棄的捷運隧道逃離。留下準備處決庫珀等人的襲擊者被萊斯勒從背後擊斃，用的槍正是剛才雷丁頓抵著他頭的那把，雷丁頓在離開前有意放在了萊斯勒手邊。加里克押著雷丁頓和伊莉莎白走出隧道。隧道口停著一輛救護車，上車後立刻馳離。隧道內，剛剛被解救的鄧比獨自一人追趕著救護車。對雷丁頓的忠誠，讓鄧比不顧一切的想辦法拯救雷丁頓。救護車內，一名專業的護士開始動手取出雷丁頓脖頸里的追蹤器。伊莉莎白趁沒人注意，偷偷打開了邊上的電擊除顫器。看到伊莉莎白的舉動，雷丁頓說出了“芝加哥使者酒店 卡普蘭先生”。伊莉莎白來不及搞懂雷丁頓的意思，在護士準備下刀前抓起電擊器按在旁邊看守身上。看守倒地，伊莉莎白拔出看守手槍，一槍打爆司機腦袋，車廂內一片混亂。副駕上的加里克極力穩住救護車的行駛方向，車廂內看守和護士拚命想控制住伊莉莎白，但伊莉莎白打開車廂門，跳出救護車，摔到大街上。伊莉莎白從地上爬起來，徵用了後面駛來的一車輛轎車追趕已經駛遠的救護車。阿蘭姆通過追蹤器找到救護車的位置，伊莉莎白讓轎車司機開到地點，卻只看到被丟在地上的追蹤器。雷丁頓已經無影無蹤。法務部長黛安·福勒趕到了黑牢，對眼前的一片狼籍非常氣憤，要求解散現在的行動小組，雷丁頓重新恢復為通緝犯的身份。伊莉莎白不能接受這個決定，私下找到阿蘭姆幫助，希望阿蘭姆能提供雷丁頓進入黑牢前一小時的周邊路面監控錄像。在阿蘭姆著手收集時，伊莉莎白打電話到芝加哥使者酒店找雷丁頓所說的卡普蘭先生，卻被告之卡普蘭先生沒空以後會聯繫伊莉莎白。對這一通莫名其妙的電話，伊莉莎白以為是雷丁頓在胡言亂語。雷丁頓被帶到一個廢棄的廠房裡，雙手吊在從房頂垂下的鐵鏈上。加里克就以往的恩怨與雷丁頓慢慢算著賬。伊莉莎白回到家中。焦急的湯姆終於放下一直懸著的心。在伊莉莎白加入FBI後，家裡出了這么多事，讓湯姆無法忍受，勸伊莉莎白辭職，一起去其他地方居住。但伊莉莎白現在只想著找到雷丁頓，畢竟他為了自己走出監禁室，無論他是死是活都要找到。伊莉莎白剛收到卡普蘭先生的簡訊，要求撥打他的電話。還沒來得及撥打，阿蘭姆就打來電話。阿蘭姆告訴伊莉莎白，路面監控里沒有任何線索，沒有人跟蹤雷丁頓。所以一定是有內部人泄密。阿蘭姆調查了近期所有從黑牢傳送出去的電話信號，發現每次雷丁頓到達黑牢後的幾秒鐘內就會有一個信號從一次性手機發到一個固定號碼。經過定位該號碼，查到接收地點是12大街8123號。伊莉莎白聽到這個地址吃了一驚，因為就是她家對面的地址。廠房內，雷丁頓被打得渾身是傷。但加里克並不罷休，他的任務是把雷丁頓帶來，有人要審問雷丁頓。在審問前，有專業醫生給雷丁頓注射了特殊藥物，能放大大腦對外界的刺激，即使微風吹過皮膚也會感覺疼不欲生。伊莉莎白帶著槍偷偷從後門潛入街對面的8123號。空蕩蕩的房間裡空無一人。伊莉莎白偷偷摸上二樓，發現一個房間裡有一排監視螢幕，螢幕里居然是自己家的各個房間。正在伊莉莎白驚訝之時，被人從背後用槍抵住。伊莉莎白反身擋開槍口，下蹲前衝撞倒來人。來人還未起身，就被伊莉莎白開槍擊斃。伊莉莎白正想打電話向庫珀匯報，但想起庫珀同樣有監視自己的動機，遂打消了念頭，還是選擇找雷丁頓所說的“卡普蘭先生”。
第一季第11集凱倫是位嚴厲的母親。今天凱倫送兒子邁克到遊樂場時碰到一位自稱兒子同學的叔叔，喝了點對方遞過來的潘趣酒後不久暈倒在了停車場。等凱倫慢慢甦醒過來，發現自己被束縛在一個手術台上。剛才自稱兒子同學叔叔的人，完全不顧凱倫的衰求，按照一張X光片上顯示的傷口位置，對凱倫進行同樣的傷害。當晚，他將奄奄一息的凱倫遺棄在路邊，還撥打邊上的公用電話報警後離開。清晨，湯姆對屋外的監視車很厭惡，雖然伊莉莎白解釋在找到內奸前這是必要的程式，仍不能安撫湯姆對目前生活狀態的不滿。伊莉莎白得知湯姆沒和自己商量就要去美國中西部的內布拉斯加州林肯大學面試，也很不高興。但在爭執發生前，伊莉莎白的手機就響了，螢幕上顯示一樁伊莉莎白曾參與的案件有了新案情。調查局內，為了查出內奸，所有人都要進行詢問。完成例行詢問後，伊莉莎白和杵著拐杖的萊斯勒開始著手調查凱倫被殺案。這起案件里，兇手已經殺害了七人。受害者沒有任何交集，受折磨的方式也沒有共同點。最奇怪的是，兇手並不直接殺死受害者，而是報警，給救護人員時間搶救。現在伊莉莎白和萊斯勒趕到太平間，見到最新受害者的家屬，凱倫的丈夫布羅丁和兒子邁克。在伊莉莎白陪著布羅丁到冷庫認領妻子屍體時，萊斯勒在外面陪著邁克。邁克對母親的死亡似乎並不悲傷，反而更關心父親什麼時候回來。在另一個地方，雷丁頓正安排著魯麗的葬禮。加里克的死並不能平息雷丁頓心中的怒火，雷丁頓發誓要為魯麗報仇。雷丁頓很快就分別找到了當天救護車上的護士、廠房裡注射藥物的醫生以及參與監視伊莉莎白家的另一人。顯然對手非常精明，這三個人只是臨時僱傭，相互之間都不認識，報酬也只以小額現金支付。三人知無不言言無不盡，只求活命。但雷丁頓不可能讓幫助加里克的人活著，仍一一滅口。晚上，伊莉莎白回到家，發現湯姆已經自行去林肯大學面試，似乎湯姆決意要離開紐約。手機鈴響，雷丁頓聽說了凱倫的案子，特意打來電話。聽到伊莉莎白毫無頭緒，雷丁頓提醒伊莉莎白，更好的了解受害者才能了解兇手的意圖。伊莉莎白重新查看了凱倫案的資料，發現凱倫的兒子邁克曾多次受傷，根據醫療紀錄上的X光片顯示，邁克身上的每處斷裂、傷口，都在凱倫身上重現。萊斯勒和米拉聽了伊莉莎白的發現也感到很吃驚。正準備著手深入調查時，庫珀局長把米拉叫了出來。米拉已被排除在內奸嫌疑之外，所以庫珀讓米拉調查加里克小組的海外銀行賬戶。米拉則向庫珀局長匯報了雷丁頓聯繫過伊莉莎白的情況。雷丁頓根據以小額現金支付報酬的情況，找到了有此支付習慣的弗奧多。弗奧多起初不肯說出是誰資助加里克的行動。但經不住雷丁頓的折磨，弗奧多交待出資金是從傑斯塔頓州立銀行的紐約辦事處寄出來的。得到答案的雷丁頓，開槍打死了弗奧多。伊莉莎白和萊斯勒從凱倫兒子邁克處確認了凱倫的確存在虐待行為，由此推測其他案件很可能是相同的動機。米拉的調查也有了新情況。通過對加里克海外賬戶的調查，發現有筆25萬美元從傑斯塔頓州立銀行匯到了一個叫路易斯·庫根的賬戶，而路易斯·庫根正是技術員阿蘭姆的化名。FBI立刻派人沖入阿蘭姆的公寓進行抓捕，卻發現公寓內沒人。阿蘭姆此時被鄧比先FBI一步抓到了一個房間，拉掉頭罩，看到坐在桌子對面的雷丁頓。雷丁頓限阿蘭姆兩分鐘內從一個指定賬戶偷五百萬美元到另一個賬戶，並且資金無法被追蹤，否則就會對著阿蘭姆的頭開一槍。阿蘭姆急忙一通操作，最後時刻完成了任務。也已查到有25萬轉賬的雷丁頓看著驚魂未定的阿蘭姆，確認他不會是內奸。有隱藏資金能力的人不可能傻到明目張胆的轉入能被追蹤的佣金，一定有人在嫁禍阿蘭姆轉移調查方向。既然查清了阿蘭姆是被人陷害，雷丁頓找到向他透露這條假線索的傑斯塔頓州立銀行紐約辦事處的亨利。亨利頂不住雷丁頓的威脅，說出了真正內奸的姓名，牛頓·菲利浦斯。伊莉莎白和萊斯勒調查了之前的七名受害人家庭，的確都有被受害人虐待的現象。但被虐待人是在不同的醫院就診，不同的保險公司，並沒有共同點。伊莉莎白仔細看了醫療紀錄，發現他們都是同一名護士卡爾·霍夫曼處理的傷勢。霍夫曼是護士兼臨時醫師，經常到人手不足的醫院幫忙。因從小被母親虐待，在平時工作時遇到因虐待受傷的患者就會勾起他自身的痛處。為了伸張正義，他會找到並綁架一些虐待家人的惡徒，在改裝成手術室的母親家車庫裡，在惡徒身上重複他們曾經施加在別人身上的虐待過程。整個過程都會讓他年事已高，坐在輪椅里無法動彈的母親在一旁觀看，讓她看看自己當年所做的事是多么可怕。這一次，霍夫曼綁架了一名虐待妻子的丈夫喬治，同樣在車庫裡，讓母親旁觀自己的懲罰過程。伊莉莎白從霍夫曼值班的醫院查到霍夫曼接待了一名骨折的女患者，而患者的丈夫喬治在教堂的討論會與一名陌生人離開後失蹤。經教堂工作人員確認，那名陌生人就是霍夫曼。伊莉莎白相信霍夫曼為了彌補小時候生活里的裂痕，一定會選擇在童年生活的地方實行自己的犯罪行為。
第一季第12集雷丁頓所說的下一個人，江湖人稱“鍊金術士”。此人的專業是讓無辜的人代替真正的犯罪份子，只要符合條件，不論男女老幼都會成為他殺害的目標。雷丁頓已經得到訊息，污點證人麥得澤科夫妻已與他達成了某種保護協定。酒店內，一位金髮美女在與自己新結識的情人調情，卻不知為何暈倒。等她再次醒來時，發現自己坐在一架豪華私人飛機里，身上的衣服變了，皮膚變得更白。從邊上包里翻出粉餅盒，看到自己的模樣完全變了。對面坐著一個不認識的男人，也是剛剛甦醒，不知道發生了什麼事。一個男子背著降落傘從駕駛室出來，在兩人的注視下，打開艙門跳了出去。飛機在不久後墜毀。FBI對飛機現場清理後得出結論，遇難者是比托· 麥得澤科和凱瑟林· 麥得澤科夫妻，前塞爾維亞罪犯，後成為污點證人。但鑒於雷丁頓之前對伊莉莎白所說的內容，庫珀讓伊莉莎白找雷丁頓了解更多信息。雷丁頓為了找到FBI的內奸，自己在秘密地點組織了一批年青的技術宅查找線索。對黑牢被入侵時，所有的政府職員間的簡訊、電話紀錄、數據等進行篩選，但還未取得成果。技術宅們還通過關係從負責銷毀政府檔案的私人公司買到了最近未處理的已粉碎的紙質檔案。把這些已碎成紙條的檔案拼起來，工作量太大，所以一直沒人願意查看這些垃圾。雷丁頓讓年青人把這些紙條都拼起來，而且並不是在開玩笑。技術宅們的領導人波拉科夫，看著這些成堆的碎紙發獃。因為FBI的內奸還沒找到，伊莉莎白只能按雷丁頓的要求到教堂與雷丁頓見面。伊莉莎白告訴雷丁頓，對墜毀現場的屍體進行了DNA測試和牙齒對比，確認麥得澤科夫妻已經死亡。雷丁頓則堅持比托·麥得澤科還活著，鍊金術士能改變DNA。正因為鍊金術士幫人消失的手段高超，所以麥得澤科夫婦沒有選雷丁頓，而是雇了鍊金術士。伊莉莎白聽言下之意，麥得澤科夫婦也曾找過雷丁頓，那雷丁頓應當知道這對夫婦在哪裡藏身。匈牙利布達佩斯的一個酒吧里，伊莉莎白和萊斯勒帶著其他探員蹲守比托·麥得澤科。果然，比托出現。但狡猾的比托很快就發現了在監視自己的特工。正欲逃跑，被伊莉莎白、萊斯勒和米拉圍住，只能舉手投降。完成任務的伊莉莎白回到家中。去林肯大學面試的湯姆突然也回到家中，稱心裡放不下伊莉莎白。伊莉莎白正感覺幸福時，卻聽到湯姆說要領養一個還未出世的孩子。雖然伊莉莎白以前很想有個自己的孩子，但經過這么多事以後，她認為現在並不是合適的時候。只是看到湯姆的熱情，伊莉莎白也不好反對，於時湯姆打算請同事到家中舉辦場歡迎寶寶的派對。FBI對墜機事故里的男性死者再次進行驗屍，發現死者牙齒被人為改動過，但仍不清楚是如何將比托的DNA弄到了無名男屍體內。這一點，雷丁頓也不是很確定，只聽到過傳言，鍊金術士去除被害人的白細胞，用客戶的紅細胞代替，以此混淆警方的DNA的檢測。雷丁頓提供了更多的案子，這些案件中兇手都被認定死亡，但其實都還活著。FBI在對女性死者的骨髓取樣重新檢測DNA後確認了其真實身份。阿蘭姆發現了她在幾天前最後一次上網是通過社交網站與一名男子約會。此時，鍊金術士察覺到麥得澤科夫婦已經暴露。為了保護自己，他聯繫凱薩琳·麥得澤科到自己的實驗室。等凱薩琳趕來，確認沒有其他人知道這件事以後，殺死了凱薩琳並把屍體放入汽車後備箱焚屍滅跡。隨後以比托·麥得澤科律師的身份進入FBI的會議室，趁機毒死比托。等萊斯勒發現伊莉莎白從社交網站上獲得的約會男子照片與剛才的律師是一個人時，為時已晚。鍊金術士已經逃跑。根據從社交網站上的照片，FBI查到鍊金術士名叫埃里克·德泰爾，一名輟學的醫學院學生，偽造哈佛醫學院的學位證書在人類基因計畫組找了一份工作，後在一樁謀殺案中提供DNA偽證而被解僱，不久即失蹤，有一妻一女。伊莉莎白拜訪了德泰爾的妻女。德泰爾六年前失蹤時，女兒才兩歲，最近查出患有糖尿病。她對自己的父親根本不了解。而德泰爾的妻子非常害怕自己的丈夫，認為他是個很危險的人。還說德泰爾對科學非常執著，會在實驗室呆很長時間。萊斯勒和米拉接到通知，發現了一輛被焚燒的汽車，後備箱內屍體的描述與凱薩琳·麥得澤科相符。兩人立刻趕到現場。現場的鑑證人員在車內發現了一張帶有一串數字和二維碼的殘片。雷丁頓的天才少年們也沒閒著，為了完成雷丁頓安排的不可能完成的任務，他們想出了解決方案。把所有紙條掃描成電子檔，再圖形識別軟體根據每張紙條殘留文字的字型形狀顏色等，進行自動拼圖。正在雷丁頓讚揚波拉科夫的奇思妙想時，伊莉莎白趕來。FBI還沒有確定在凱薩琳屍體邊發現的數字含義，伊莉莎白認為可能是鍊金術士的賬號。雷丁頓不以為然，讓伊莉莎白多了解一下德泰爾。伊莉莎白想起德泰爾的妻子說過，德泰爾喜歡呆在實驗室里，這串數字可能是實驗設備上的序列號。萊斯勒馬上安排人調查生產DNA設備的廠商。
第一季第13集紐約街頭，一名精神恍惚的女子逢人就說有人帶走了自己的孩子，路人唯恐避之不及。警察見此情景上前安慰，一名自稱家屬的男子趕來稱女人患有精神疾病。警察在無法辨別真偽的情況下，打算與總部聯繫。男子見狀開槍殺死警察和女子。伊莉莎白對前幾日為了工作而冷落的丈夫，感到很內疚。為了安撫丈夫，伊莉莎白與丈夫一同看著申請領養、尚未出世孩子的B超照片，一起討論著孩子出世後的家庭生活安排。在伊莉莎白沉浸著即將擁有自己孩子的幸福氛圍時，雷丁頓卻大煞風景的提出另一個案子，賽普拉斯收養機構。賽普拉斯收養機構在業內享有盛名，提供完善的服務，可以讓客戶選擇孩子各方面特徵的遺傳基因。創始人兼CEO是歐文·馬洛里，法律顧問泰德·考德威爾。雷丁頓相信，這個收養機構暗地裡做著誘拐兒童的骯髒交易。雷丁頓把下一個被販賣嬰兒的資料給了伊莉莎白，希望伊莉莎白能尋找線索，端掉這個犯罪機構。伊莉莎白根據資料找到了嬰兒的收養人羅蘭夫婦。羅蘭夫婦得知自己將要收養的孩子可能是誘拐兒童，感到非常吃驚，願意配合伊莉莎白進行調查。咖啡店裡，賽普拉收養機構的法律顧問泰德在向羅蘭夫婦介紹後期的一些手續，羅蘭夫婦則旁敲側擊的想了解更多有關孩子的情況。這一過程都在FBI的監聽之下。羅蘭夫婦的問題讓泰德產生了懷疑，以接電話為藉口到店外聯繫歐文。伊莉莎白立刻上前表明身份，要求泰德配合調查。泰德見到調查局的人非常慌張，邊後退邊拒絕談論有關機構的事，沒注意到車輛，不幸被汽車撞飛，當場死亡。雷丁頓將米拉關在一個秘密地點，找了自己的審問專家，對米拉進行審問。經過專家的審訊，認為米拉是清白的。雖然從垃圾堆里復原的政府資料顯示，是米拉簽署了黑牢的安全升級招標資料，但她絕不是藉機把黑牢內部結構泄露給加里克的人。既然如此，決定進行黑牢升級的人就是雷丁頓要尋找的下一個嫌疑人。為了找到內奸，一直不喜歡雷丁頓的米拉也主動與雷丁頓合作。伊莉莎白和萊斯勒申請搜查令，對賽普拉斯收養機構進行全面搜查。讓萊斯勒意外的是，機構CEO歐文主動配合。從搜查到的資料來看，儘管3年裡27例收養明顯過多，而且每起收養案例都無法查明嬰兒來源，但違規不代表違法。庫珀要求將收養兒童與失蹤兒童數據進行對比，希望找到線索。此時米拉回到了FBI，對庫珀局長的詢問，米拉以孩子生病搪塞。對比結果讓人失望，沒有一例相符。伊莉莎白向雷丁頓求助。雷丁頓讓伊莉莎白轉換思路，從孩子的DNA查找有血緣關係的人。在伊莉莎白離開前，雷丁頓提醒她，如果對湯姆還有懷疑的話就不要領養孩子。但伊莉莎白不認為湯姆有任何可疑之處。FBI通過對賽普拉斯機構經手的27名兒童的DNA檢測，發現了5名失蹤女性是其中12名兒童的生母。伊莉莎白、萊斯勒和庫珀在情報室內討論這五名女性的失蹤情況，12名兒童均是在失蹤案發生後出生，這一點讓三人相信賽普拉斯收養機構絕對有問題。米拉則偷偷走進庫珀局長辦公室，拿走庫珀的ID卡，並在檔案室用庫珀的ID卡複製了黑牢安全升級招標的全部資料。阿蘭姆在泰德電腦的檔案里發現一份“採購訂單”，訂單內容是一名叫夏洛特·帕特森女大學生的完整檔案。伊莉莎白相信她很可能是下一個“失蹤”目標，立刻和萊斯勒趕到，帕特森所在的學校。伊莉莎白和萊斯勒在學校停車場找到帕特森的車，看到遺落在車旁的教科書。旁邊的廂式貨車突然啟動加速，兩人來不及阻攔，只能通知路面警察搜查該車。晚上，歐文來到一間車庫。從廂式貨車上下來一名男子，正是他在街頭殺死警察和女子。歐文得知FBI已經發現了帕特森被抓走，知道事情可能敗露，趁男子轉身開車門時，從背後開槍殺死男子滅口。調查局內，大家討論案情，已經在全國發布了綁架帕特森車輛的特徵、牌照。此外所有收養協定資料上都是泰德的簽名，無法證明歐文和其他人知情。街頭被殺死的女子屍體被一名溜狗人無意中發現，經查這名女子叫凱特·艾里森，三年前失蹤。從照片上看，凱特和帕特森都是金髮碧眼類型的女性，而且凱特被殺後兩天帕特森失蹤，伊莉莎白相信這是收養機構在找替代品。法醫在屍檢後發現，凱特的肌肉有萎縮現象，應當是長期臥床不動造成；臥床期間被以藥物維持昏迷，通過手臂上的導管餵食，並有數次生育經歷。伊莉莎白簡直無法相信這種聳人聽聞的事情。此時阿蘭姆來電，他發現歐文·馬洛里是頂替了一個叫查爾斯·拉西特二世的名字入讀了哈佛大學。伊莉莎白和萊斯勒拜訪拉西特家。年邁的拉西特夫婦看了歐文的照片後，承認自己曾收養歐文，當時他只有七歲，改名為查爾斯·拉西特。但當時夫妻倆並沒有很好的解決與查爾斯的感情問題，不得不在16個月後取消了收養關係。老夫妻倆一直為當時草率的收養行為深深自責。這件事對伊莉莎白的觸動很大。米拉則在招標資料里找到了下令升級黑牢安全系統的人，把這份檔案交給了雷丁頓。
第一季第14集土耳其伊斯坦堡納茲蘭銀行里，一名女子利用偽造的各類證明資料，冒充雷丁頓遺孀取走了雷丁頓銀行保險箱裡的物品。等銀行發現有詐，該女子早已消失在街頭的人流里。雷丁頓拿到一封署名“m”的郵件，約定晚上八點在溫莎大廳見。如約到了溫莎大廳，雷丁頓看到多年不見的情人瑪德琳·普拉特，其表面是人脈極廣的交際花，背地是很有天賦的竊賊。伊莉莎白與湯姆之間的緊張氣氛沒有任何緩和，尤其在談到孩子的時候，更是沒共同語言。雷丁頓找到了伊莉莎白。在吃了瑪德琳的虧以後，雷丁頓想借FBI的手取回自己原先的東西。但不是去抓瑪德琳，而是幫瑪德琳得到她想要的東西。瑪德琳想要的是一座阿塔加提斯雕像，多年前被竊，最近出現在一家拍賣行，被FBI沒收歸還敘利亞。這座雕像最大的價值在於裡面藏有一份據傳是冷戰時6名蘇聯間諜的名單，這6人被稱為“坤格六子”。在清除了FBI的內奸後，雷丁頓終於再次踏入了FBI辦公樓。庫珀局長懷疑黛安·福勒的失蹤與他有關，但雷丁頓卻裝糊塗，答非所問。談到正事，瑪德琳太過引人注目，因此雷丁頓要幫瑪德琳從敘利亞大使館偷出雕像。雷丁頓猜測瑪德琳背後可能有俄羅斯的支持，現在需要伊莉莎白喬裝成小偷，假意幫瑪德琳偷出雕像，截獲藏在裡面的名單。庫珀同意接下這案子，但警告伊莉莎白，這次行動沒有官方保護，出了差錯只能自己承擔。瑪德琳卻對雷丁頓帶來的叫“尼科爾”的女人並不信任。見說了幾件“前科劣跡”後，瑪德琳仍不為所動，伊莉莎白假裝告辭，離開前把偷拿的手機丟還給瑪德琳。露了這一手，瑪德琳才正式同意伊莉莎白加入偷竊行動。瑪德琳介紹了大使館的保全情況，雕像的保護措施，進出使館的方法，還把伊莉莎白加入了大使館的宴會名單。伊莉莎白動用FBI的設備為自己複製了一張大使館工作人員的ID卡，順便還複製了瑪德琳手機里的SIM卡，以便監視。臨行動前，雷丁頓發現在賓客名單里有羅修·卡利夫，大使館文化專員，目前瑪德琳的約會對象。這個羅修是俄羅斯黑手黨的線人，很可能就是他讓瑪德琳偷雕像。瑪德琳會和他一起參加當晚的大使館宴會。在這種情況下，雷丁頓決定冒著被大使館發現其身份的風險，陪伊莉莎白進大使館偷雕像。敘利亞大使館內，各方賓客正相互攀談。雷丁頓故意打翻盛酒的托盤製造響動，掩護伊莉莎白進入裝有保險箱的安全屋。隨後特意拉著瑪德琳跳舞，防止她另有陰謀。在伊莉莎白用瑪德琳提供的自動運算器測試保險箱密碼時，瑪德琳一再要雷丁頓解釋當年在佛羅倫斯爽約的原因。這件事在她心裡一直是個痛。等伊莉莎白輸入密碼打開保險箱，才發現保險箱是空的，警報器也隨即鳴響。雷丁頓在大廳聽到警報聲，知道伊莉莎白出了事。見羅修帶著瑪德琳走進緊急避難屋，雷丁頓搶過保全的手槍對空兩槍，現場頓時一片混亂，隨後來到安全屋，一通胡說八道後打暈了聽得莫名其妙的守衛，救出伊莉莎白。瑪德琳在避難屋的監控螢幕里看到了雷丁頓的行動，立即大聲喊出雷丁頓的名字，讓保全趕快前往安全屋。趁其他人的目光都集中到監控螢幕時，瑪德琳悄悄的將擺放在避難屋物品托架上的阿塔加提斯雕像塞進手提包里。庫珀對這次行動失敗非常光火。幸虧從瑪德琳的SIM卡里調出了過去兩周的電話清單，讓FBI不至於太沒面子。清單里有幾通電話是撥往一間清真寺，清真寺里的一名神職人員菲拉斯·阿什爾是國安局的監控對象。對菲拉斯進行審問才知道，原來雕像正是他父親從大英博物館偷出來的。幾個月後一幫美國人襲擊了菲拉斯的家鄉。菲拉斯的父親把一張紙塞進雕像交給了菲拉斯，讓菲拉斯趕快逃命。但仍被美國人抓住，雕像被搶走，從此後菲拉斯再沒見過自己的父親。經FBI調查，菲拉斯所說的襲擊行動，是中情局在1983年實施的。當時中情局收到訊息，有人要賣情報給蘇聯。根據目前掌握的情報分析，應當就是雕像里的坤格六子。庫珀認為坤格六子並不是指6名蘇聯間諜，而是指冷戰期間蘇聯偷運到美國境內的核武器，藏在雕像里的紙上應當是這些核武器的坐標。雷丁頓找到了瑪德琳的行蹤。瑪德琳對雷丁頓當年佛羅倫斯的不辭而別一直耿耿於懷，這次也是故意讓雷丁頓卷進來。瑪德琳正說著，突然衝過來兩人，電暈了雷丁頓和瑪德琳，拖入一輛廂式車。瑪德琳醒來發現自己被關在一間昏暗的囚室里。突然隔壁囚室門響，拷打後的雷丁頓被丟了進來。瑪德琳知道是敘利亞人想重新拿回雕像，但已經不可能了。雕像已經賣給了俄羅斯人。雷丁頓沒有接瑪德琳的話，反而講起二十多年前家人在平安夜的不幸。那一天，雷丁頓歸心似箭，沒發現汽油不足，在離家四英里的地方拋錨。冒著大雪步行到家，眼前不是溫馨的家，而是滿地鮮血的人間地獄。正是這個原因，雷丁頓沒有在佛羅倫斯出現。此後多年，雷丁頓都把自己封閉在自己的世界裡。
第一季第15集失蹤了12年的助理檢察官馬克·哈斯丁出現在賓夕法尼亞州一條偏僻的高速公路上，心理創傷讓他即使看到多年不見的妻子也一聲不吭。雷丁頓認為馬克是被一個叫“審判官”的人囚禁，因為馬克錯判一名無辜者12年徒刑，因此馬克也受到了相同的懲罰。以眼還眼，這就是審判官的法則。雷丁頓相信，這些冤情是通過聯邦監獄的借書系統匯集到監獄外的圖書存放處。審判官在覆核案情確認冤情後，就會實施相應的報復。調查局對監獄文學項目的圖書存放處職員進行了調查，發現一名曾被錯判死刑的弗蘭克·戈登，很可能就是他在收集夾在書里的信件，然後轉交給審判官。庫珀決定就從戈登入手。雷丁頓在經過多方打探，終於確認了一直在尋找的“露西·布魯克斯”已化名為茱蓮妮·帕克。這個女人為了躲避雷丁頓已經假死過一次，現在再次出現一定有原因。雷丁頓找到綽號“牛仔”的私家偵探，幫自己查找這個茱蓮妮以前的行蹤，到底有什麼意圖。而茱蓮妮此時正和湯姆在奧爾良參加教育協會組織的會議。伊莉莎白和萊斯勒來到圖書存放處。戈登就住在存放處的地下室。萊斯勒在昏暗的地下室搜查時，被躲在暗處的戈登襲擊。伊莉莎白上前支援，戈登則趁亂逃走。在地下室里，調查人員發現了來自全國各個監獄的手寫信件。其中一封是艾倫·雷·里夫金，一名被定為叛國罪的美國大兵，即將執行死刑。而這個案件當時的調查員居然是哈羅德·庫珀局長。在這件事上，庫珀並不認為自己當初在調查過程中有任何失誤。於是伊莉莎白到監獄探訪里夫金。里夫金在國際特赦組織的露絲·吉卜林陪同下與伊莉莎白見面。里夫金並未講審判官的事，只稱自己被調查員庫珀和首席檢察官湯姆·康諾利屈打成招。逃跑的戈登來到里夫金家農場，這裡正是關押冤案製造者的地方。露絲·吉卜林，也就是里夫金的母親，一邊與戈登說話，一邊給關在馬廄里的人餵食。戈登擔心哈斯丁最終會說出這裡。但露絲並不擔心，她一定要履行好審判官的責任，直至被抓。伊莉莎白幾個人調查了里夫金被抓後的押運記錄，一份是車輛正常時間到達，另有一份日誌卻顯示押送人員刷卡時間比正常時間多出兩小時。伊莉莎白找到了當時押送的法警，法警承認的確多出了兩小時。在這段時間裡庫珀在檢察官康諾利的要求下，對里夫金用刑取得認罪口供，之後讓里夫金在監獄而不是醫院裡接受的治療，以避免留下記錄。得知真相的伊莉莎白憤怒的衝進庫珀的辦公室，當著庫珀和康諾利的面指責他們刑訊逼供。庫珀承認當時用刑，但仍堅持里夫金有罪。康諾利也知道，現在已經不可能阻止死刑，所以他並不擔心伊莉莎白會翻案。牛仔對茱蓮妮在酒店的房間進行了搜查，發現她在前六個月去過哈瓦那、太子港、邁阿密。雷丁頓知道，這個女人一直在尾隨調查自己，隨時都有可能對自己不利。死刑在監獄裡執行，里夫金對觀察窗外的母親說了句“晚安，母親”，藥物慢慢注射進里夫金體內，心臟停止了跳動。旁觀了里夫金執行死刑後，庫珀和康諾利一起離開監獄。康諾利為這個敏感的案子能就此結束而高興，得意忘形的承諾向總統推薦庫珀任FBI的正式局長。還沒得意多久，兩人就在監獄外被假冒FBI的一夥人綁架。FBI發現庫珀局長被劫持，卻沒有任何線索。伊莉莎白找到雷丁頓，雷丁頓認為只有讓哈斯丁開口，才有可能找到庫珀。伊莉莎白立即趕到哈斯丁家，但哈斯丁仍是一言不發，直到伊莉莎白起身告辭時，哈斯丁突然說了句“晚安，母親”。伊莉莎白感覺似曾相識，想到報紙上報導過里夫金執行死刑時的遺言是對旁邊的精神顧問露絲·吉卜林所說的“晚安，母親”。阿蘭姆立刻從資料庫中找到了露絲·吉卜林的住址。農場裡，露絲對庫珀和康諾利進行了審問。雖然兩人都堅持自己沒有過錯，露絲還是以審判官的身份判兩人有罪。庫珀被推上自製的電椅，露絲為他進行監刑前的祈禱。此時伊莉莎白率隊趕到，但並沒有發起攻擊，而是請求露絲與雷丁頓對話。雷丁頓取出通過特殊關係取得的國防部機密檔案。檔案顯示里夫金的確與塔利班組織有聯繫。在一次抓捕美國線人失敗後，為泄憤而屠殺了阿富汗境內一個村莊的村民。中情局擔心這件事會引發過多負面影響而掩蓋了整件事。里夫金的死是罪有應得。雷丁頓知道露絲的想法，她在放走哈斯丁時就知道自己一定會被捕，她追求的不是報復，而是公平。露絲在看了國防部檔案後，選擇投降。庫珀大難不死，決定把所有在圖書存放處找到的申冤郵件送到法務部門重新檢閱。湯姆與茱蓮妮多日的接觸中好感日增，甚至差點出軌。但湯姆還是告訴茱蓮妮自己深愛著妻子。話音剛落，茱蓮妮就揭穿了湯姆的面具，伊莉莎白是湯姆的目標而非妻子。湯姆這才知道茱蓮妮並非普通人，很可能是上面派來監視自己的人。
第一季第16集伊莉莎白在街上偶遇了曾有一面之緣的代課老師茱蓮妮，遂請茱蓮妮到家中小坐。茱蓮妮自稱與未婚夫要在附近找地方住，與伊莉莎白和湯姆閒聊了幾語後告辭。臨離開前，伊莉莎白熱情的給了茱蓮妮一個做房產中介的好友電話。湯姆不清楚茱蓮妮到底有何意圖。萊斯勒和未婚妻奧德麗一起參加好友山姆·拉伊莫的葬禮。山姆曾與萊斯勒一起出生入死，也是當年萊斯勒帶隊抓捕雷丁頓的四人小組成員之一。那一次行動沒有抓到雷丁頓，卻意外抓獲一名日本黑幫老大谷田真子。山姆的死亡，官方認定是自殺，其實是從北海道監獄越獄的谷田真子，以山姆家人做要挾，逼迫山姆切腹自盡。萊斯勒對山姆的死抱有懷疑，但並不像其他人那樣認為與雷丁頓有關。雷丁頓主動找到萊斯勒，告訴他谷田真子已經越獄的訊息。雷丁頓認為如果是谷田殺了山姆，那當初行動小組剩下的三個人都有危險，包括萊斯勒。果然不久後，另一名馬奎爾探員的屍體在布魯克林大橋下被發現。FBI對谷田真子進行調查，發現谷田在被捕後，其組織不僅沒削弱，反而規模更大，生意也有很大發展。沒有任何情報顯示，谷田是如何在監獄裡繼續操控自己的組織，只能推測是由谷田真子的弟弟谷田愛子在幫助谷田真子。庫珀下令全面調查谷田愛子。此時，FBI收到馬奎爾的死訊，庫珀決定對剩餘的兩人萊斯勒和波比·傑尼卡實行保護措施。但萊斯勒更擔心未婚妻奧德麗的安危，決定先送奧德麗到喬治王子郡的一個安全屋。湯姆和茱蓮妮在一個秘密地點會合。茱蓮妮說柏林對湯姆不放心，湯姆對這個說法非常不滿。湯姆認為自己忠實的執行任務，娶了伊莉莎白，兩年里沒讓伊莉莎白起任何疑心。茱蓮妮認為可能是四個月里湯姆沒有匯報的原因。湯姆解釋說因為當時雷丁頓找人捅了自己，伊莉莎白還發現了他的護照、錢等，不得不潛伏下來等風頭過去。現在湯姆必須和茱蓮妮合作，為柏林收集雷丁頓與伊莉莎白之間的情報。湯姆和茱蓮妮一起離開秘密地點時，牛仔在路邊拍到了他們的照片。萊斯勒送奧德麗到安全屋的路上，遭遇谷田真子的追殺。在與谷田的搏鬥中，奧德麗不幸中彈身亡，谷田趁機逃跑。庫珀擔心萊斯勒的情緒會影響行動，因此讓萊斯勒暫時休息。但心中的怒火讓萊斯勒決定與波比一起找到谷田。波比本想勸萊斯勒收手，但萊斯勒心意已決。波比只能建議找谷田真子曾經的合作夥伴，雷丁頓。雷丁頓正在與牛仔碰頭，看到湯姆與茱蓮妮在一起的照片後，讓牛仔把茱蓮妮帶來見面。接到萊斯勒的電話，趕來見萊斯勒。雷丁頓想用自己的親身經歷勸萊斯勒放手，見萊斯勒不為所動，就告訴了萊斯勒一個地下醫院的地址。萊斯勒立刻回家準備好武器趕往地下醫院，波比只能無可奈何的跟著。在地下醫院裡，發現了襲擊萊斯勒過程中被萊斯勒射傷的人。在萊斯勒的逼問下，受傷者交待了谷田的藏身處。地下醫院的聲響驚動了附近居民，伊莉莎白和米拉根據警方訊息趕到現場，了解到是兩名聯邦調查人員闖入地下醫院，立刻想到是雷丁頓提供的情報。為了在萊斯勒殺死谷田真子之前找到谷田，伊莉莎白尋求雷丁頓的幫助。在講了調查到的有關谷田真子的情況時，雷丁頓說谷田愛子在真子被抓的當天就已經死了。米拉重新翻閱當天的事故報告，谷田愛子的車遭到伏擊，只找到司機的屍體，當時隨行押送的是聯邦探員波比·傑尼卡。波比對谷田的企業了如指掌，伊莉莎白斷定波比就是谷田集團的幕後指揮。讓人誤以為谷田愛子還活著，就是為了轉移他的嫌疑。牛仔打算抓茱蓮妮，卻低估了湯姆的能力，反被湯姆從背後偷襲。牛仔被湯姆帶到秘密地點審問。即使牛仔一言不發，湯姆也知道是雷丁頓委派牛仔調查茱蓮妮。為了不讓自己暴露，湯姆讓茱蓮妮打電話告訴伊莉莎白，就說因未婚夫另找到份工作，不得不搬到其他地方。等茱蓮妮打好電話，湯姆就動手殺死了茱蓮妮和牛仔。萊斯勒和波比在谷田真子的藏身處抓到了谷田。萊斯勒要把谷田帶到曾要保護奧德麗的安全屋。途中，谷田說對萊斯勒未婚妻的死並不內疚，因為自己的弟弟死在了萊斯勒或波比之手，那人還接管了自己的企業。開車的波比眼見秘密要被揭穿，情急之下對被拷在后座的谷田開槍。萊斯勒急忙阻攔，混亂中發生了翻車。等萊斯勒清醒過來，看到受傷的波比在向不遠處的樹林逃跑，立刻追了上去。波比終於體力不支，坐到地上。萊斯勒想不通，自己曾經的敵人雷丁頓救過自己一命，還找到奧德麗來探望受傷的自己；而最好的朋友卻害死了奧德麗，還有山姆和皮特。萊斯勒從背後取出本想用在谷田身上的切腹短刀，扔給了波比。庫珀想起萊斯勒曾說起要送奧德麗去的安全屋，認為萊斯勒一定會把谷田帶到那，以便不受打擾的為奧德麗報仇。伊莉莎白和米拉立刻帶人趕往安全屋，在路上看到翻在一旁的車輛。在附近搜尋，發現了正在逼波比自盡的萊斯勒。波比知道自己的秘密暴露，已沒有活路可走，終於還是舉刀自盡。萊斯勒返回尋找谷田時，才發現谷田已經掙脫手銬逃走。湯姆清理掉茱蓮妮和牛仔的屍體後，回家繼續過著“正常生活”。還有悲痛中的萊斯勒收到雷丁頓送來一個紙箱，裡面放著谷田真子的頭顱。
第一季第17集一個秘密項目研發中心的網路被黑客攻擊，值班人員把項目原型送往安全地點時遭遇車禍，司機身亡，車內的項目原型被人搶走。卡普蘭先生在偏僻山林里找到了湯姆掩埋屍體的地點，雷丁頓確認了茱蓮妮和牛仔的屍體後，重新掩埋恢復原樣，再打電話報失蹤。伊莉莎白為了增進與丈夫的感情，特意在湯姆的公事包里塞了一隻流行的河馬手辦，希望這個手辦能讓當教師的湯姆更受孩子歡迎。門鈴響，當地警局的迪巴羅警官拜訪。因為接到茱蓮妮失蹤的報警，警方必須對她的朋友及同事例行詢問。伊莉莎白和湯姆，一個真一個假，對茱蓮妮的失蹤都很驚訝，但也提供不了任何有用的線索。雷丁頓叫來了伊莉莎白，讓伊莉莎白看報紙上報導的車禍新聞。這件看起來似普通車禍，卻和一個網路罪犯“伊凡”有關。伊凡曾從雷丁頓的賬戶中偷走過五百萬美元，這讓雷丁頓對他記憶深刻。以往，伊凡都是對俄羅斯實施網路攻擊，這一次出現在美國，一定有重大計畫。FBI不敢怠慢，著手調查這次車禍情況。伊莉莎白、萊斯勒和阿蘭姆對事故車輛的行車電腦進行調查，發現安全氣囊是在車禍前彈出，且系統匯流排上有一個“伊凡”的二進制簽名，可以肯定是伊凡操控行車電腦製造了車禍。伊莉莎白還在車內發現一個配有衛星跟蹤的電子產品保護盒，盒子裡的東西已失蹤。突然幾輛廂式車趕來，自稱國安局的人要求伊莉莎白等人離開事故車輛，並以非法持有被盜技術而扣留他們。幸虧庫珀局長及時趕到，與國安局溝通後，國安局探員帶著眾人來到車禍死者的工作地點。這裡是國安局開發“萬能鑰匙”項目的秘密地點，首席工程師戴維·費希爾介紹了這個剛剛完成的項目，可以輕易控制供電、武裝、通訊等系統，甚至能精確控制單個的電源分配點和通訊基站，是非常厲害的網路武器。但目前仍只是原型，按計畫應當到科羅拉多的指揮部進行實測，現在卻被人搶走。雷丁頓對政府機構的無能嘲笑了一通後，告訴伊莉莎白，伊凡在白俄羅斯的明斯克，但想讓他開口，必須要另想辦法。雷丁頓在明斯克的一間酒吧里找到了伊凡並警告他，因為他造成一名美國安全局的職員身亡，現在美國和俄羅斯在聯手抓他。只要伊凡把以前偷的五百萬美元連本帶利交出來，雷丁頓就能護送他安全離開。看到門外疾馳而至的警車，伊凡不得不同意這筆交易。在私人飛機上，雷丁頓本想趁伊凡驚魂未定時套出“萬能鑰匙”的賣家。不想伊凡卻說美國的事是有人冒充他的名頭實施的，自己並不知情。伊莉莎白從警方處得知茱蓮妮的真名是露西·布魯克斯。看到聯邦犯罪資料庫里露西的累累罪行，伊莉莎白認為自己的工作威脅到了家庭，更下決心要找到茱蓮妮的幕後主使。伊莉莎白私下讓阿蘭姆調查茱蓮妮手機的通話記錄。阿蘭姆發現茱蓮妮最後一個電話是打給伊莉莎白，通過定位找到撥打電話時的地址，洛杉磯斯塔大街1896號。伊莉莎白循著地址來到湯姆的秘密地點。湯姆正在秘密地點收拾裝備，接到伊莉莎白的電話，才發現伊莉莎白一個人在門外，正準備進來搜查。湯姆馬上把各種資料丟進垃圾桶，澆上助燃劑後燒毀。等伊莉莎白用開鎖工具進入後，只看到來不及處理的設備、武器等。在後院伊莉莎白發現了被焚燒過的資料碎片，卻沒看到躲在門板後的湯姆。湯姆見伊莉莎白走近，猛推門板撞倒伊莉莎白，趁勢跑出大門。倒地的伊莉莎白只看到一個背影。因為涉及到茱蓮妮，伊莉莎白只能讓警方的迪巴羅警官接手，只要求迪巴羅能提供現場照片的副本。根據伊凡提供的信息，FBI發現那名冒充伊凡的秘密黑客是在三、四個月前開始活動。除了黑入“萬能鑰匙”項目、色情網站外，他還黑入社保網站，為一個人增加了養老金。萊斯勒和米拉調查發現被增加養老金的老婦人並沒有任何電腦知識，但她的孫子哈里森·李有很大嫌疑。哈里森·李暗戀著學校的女生艾比·費希爾，甚至模仿她的行動、習慣、飲食。在食堂里，哈里森在默默注視著艾比。刺耳的警笛聲傳來，哈里森知道不妙，立刻跑到自己的衣櫥櫃，取出藏在裡面的“萬能鑰匙”模組。通過模組操控了學校的撤離程式，學校里頓時響起撤離的廣播，師生都匯集到走廊向室外撤離。哈里森趁機逃過伊莉莎白等人的抓捕。阿蘭姆對哈里森的電腦進行了檢查，發現很多艾比的照片。艾比正是“萬能鑰匙”項目首席工程師戴維·費希爾的女兒。這些照片都是通過電腦攝像頭或監控攝像頭拍攝，此外還發現哈里森黑進了艾比的手機、信箱，對艾比的一舉一動都了如指掌。在伊莉莎白打電話通知戴維·費希爾時，哈里森通過“萬能鑰匙”切斷了華盛頓的電路和通訊，僅留下他需要的部分電源。華盛頓陷入一片漆黑之中。哈里森冒充艾比好友傳送簡訊，讓艾比來到捷運站。哈里森控制電源分配站打開站前的路燈向艾比表白，稱因為艾比不想隨父親去科羅拉多州，所以自己才會去搶“萬能鑰匙”。艾比被哈里森的“愛意”嚇壞了，打算離開。哈里森情急下想攔住艾比，導致艾比滑倒撞在樓梯台階上。此時，伊莉莎白等人根據電源分配站定位，趕到捷運站。哈里森逃進停在站台上的捷運，並接通捷運電源。看到捷運開動，伊莉莎白開槍打碎車窗玻璃躍入捷運內。
第一季第18集伊莉莎白發現湯姆的秘密後，對湯姆的態度明熱情實提防。但伊莉莎白的情緒變化也被湯姆察覺，為了用感情迷惑伊莉莎白，湯姆決定再舉辦一次結婚典禮，“重溫”當初的激情。伊莉莎白內心憤怒，嘴上卻同意了湯姆的第二次“求婚”。為了查清真相，伊莉莎白打算自己秘密調查湯姆，這自然也需要雷丁頓的幫助。雷丁頓相信湯姆是為了自己而接近伊莉莎白，搞清楚湯姆的幕後主使就能了解真相。此外，雷丁頓還從卡普蘭先生那取來了8123號里所有的監控錄像，希望能從監控錄像里發現湯姆不為人知的一面。為了不讓其他人察覺伊莉莎白的異常，雷丁頓讓伊莉莎白接手一件看似交通意外，實則為蓄意謀殺的案子。他認為這案子裡計程車追尾油罐車造成司機與乘客死亡，是一名叫“送葬者”的人的安排。送葬者的特徵就是能說服普通人殺死指定目標後自殺。伊莉莎白正在開始調查這件案子時，又發生一起精神異常女子在加油站縱火自焚殃及另一名男子的慘案。與之前失控計程車案一樣，有送葬者的行事特徵。庫珀決定從兇手家庭開始入手調查。伊莉莎白等人發現兩名兇手都患有絕症，伴有痴呆、情緒化等精神問題，會讓警察誤判，且都有大額款項入賬。調查資金來源，很可能找到送葬者的蹤跡。湯姆回到家，意外發現親朋好友都在。自己的兄弟克雷格也在伊莉莎白的一再邀請下來參加自家兄弟的二次婚禮。舉杯祝賀後，伊莉莎白偷偷將克雷格的酒杯藏起來，準備化驗。克雷格陪著湯姆梳洗。克雷格認為伊莉莎白已經知道了湯姆的身份，湯姆則堅決否認，但其實他自己心裡也沒底。在第二次婚禮上，伊莉莎白和湯姆口是心非的說著自己的結婚誓言。除了克雷格，其他人都沒發現有何異常。伊莉莎白瀏覽著監控錄像，裡面記錄著自己與湯姆生活中的點點滴滴。終於，在錄像里發現湯姆在落地燈的底座藏了把鑰匙，但伊莉莎白不知道這把鑰匙能開的鎖在哪。阿蘭姆已成功找到劃賬給兩名兇手的基金賬號的匯款記錄，可以知道送葬者已經營多年，客戶遍布全球。而且21小時前，這個賬戶剛匯款給一個叫丹尼·莫斯的人，此人高齡且患有絕症。與莫斯家聯繫，得知莫斯去了一處議員演講的場地。伊莉莎白和萊斯勒趕到會場，及時阻止了莫斯的行動。雷丁頓從伊莉莎白處拿到了克雷格的酒杯，找專家對酒杯上的DNA檢測。得到結果後，雷丁頓打電話給伊莉莎白，告訴她克雷格的真實身份是克里斯托費·馬利，讓伊莉莎白找機會安排三人一齊見面。伊莉莎白跟蹤馬利返回酒店，在酒店房間偷襲得手後，等雷丁頓到來。不同於伊莉莎白的肉體折磨審問，雷丁頓找到了馬利患有老年痴呆的母親。出於對母親的感情，馬利交待自己也不知道湯姆的真實身份，只知道他在芝加哥有個兄弟並談論過一個叫妮基的女人，其他情況並不了解。此時房間的電話響起，伊莉莎白不得不給馬利鬆綁，讓馬利敷衍電話那頭的湯姆，以拖延時間。可湯姆並不理會，稱自己要對柏林做出說明，執意立刻趕到酒店與馬利商量伊莉莎白的事。在電話掛斷後，雷丁頓問馬利有關柏林的事。馬利不肯開口，趁眾人不備跳出酒店窗戶自殺。雷丁頓和伊莉莎白只能趕緊離開。FBI在雷丁頓的提示下調查送葬者是如何知道這些人患有絕症。對比三名兇手發現，這三人都被同一家人壽保險公司退保。萊斯勒和米拉在保險公司了解到退保的檔案都交給了一名叫米爾頓·巴比特的職員處理。知道巴比特已提前離開後，萊斯勒和米拉立刻對巴比特的家進行搜查，發現了之前三名受害者的檔案，另外還有一份弗雷德里克·奧斯本醫生的檔案。萊斯勒認為這就是下一名受害者。果然，奧斯本被巴比特劫持，不知去向。萊斯勒深入調查發現，送葬者最近三次策劃的謀殺案相互關聯。15年前奧斯本醫生負責臨床試驗一種治療糖尿病的藥物。 當時是由第三起謀殺案受害者的基金會資助，在第二起謀殺案受害者的推動下，藥物很快通過藥監處批准。第一起謀殺案受害者則是奧斯本醫生助理，及試驗的申請人。而米爾頓·巴比特正是第一例實驗對象。萊斯勒想起巴比特的同事說過巴比特經常到一座公墓獻花，他很可能會在那裡殺死奧斯本醫生並結束自己的生命。戴著炸彈背心的巴比特此時正在公墓里，對奧斯本醫生侃侃而談。因為藥物不合格，讓巴比特全身多處潰爛。多年與病魔的抗爭讓他自認對死亡有了重新的認識，給予了那些身患絕症，又被拋棄的人更大的力量，讓他們的家庭得到了照顧。伊莉莎白等人趕到公墓，找到巴比特。見巴比特按著引爆器不讓警方靠近，萊斯勒不顧炸彈威脅，隻身上前，以篡改證據、腐敗等罪名逮捕了奧斯本醫生。巴比特見奧斯本將受法律制裁，也就不阻止他離開。但巴比特自知罪孽沉重，引爆了炸彈自殺。案件解決後，雷丁頓經庫珀同意拿到了巴比特的客戶名單。而對於湯姆的事情，雷丁頓勸伊莉莎白要保持耐心，一切照舊才能獲得更多信息。從湯姆的秘密據點焚燒過的資料殘片裡，有一張印有“柏林”字樣的紙片。搞清“柏林”的含義是整個事件的關鍵。
第一季第19集暫無
第一季第20集伊莉莎白發現了湯姆的真正面目，但湯姆離開前給了伊莉莎白的照片裡顯示，其繼父山姆死亡那天，雷丁頓曾出現在醫院（第19集內容）。湯姆的背叛，雷丁頓又隱瞞與繼父的關係，伊莉莎白真不知道應當相信誰，或者都不相信。雷丁頓發現總有一個神秘力量在阻撓自己的生意。這一次，布拉格一名議員因醜聞下台，導致自己的生意泡湯。雷丁頓相信一定是這個神秘力量僱傭“造王者”製造的。此人能操控政界人物的起落，設計醜聞，操縱輿論，不惜代價扶持自己培養出來的政治勢力，因而被稱為造王者。雷丁頓想借FBI之手抓住造王者，作為交換條件，伊莉莎白要求知道湯姆的一舉一動。按照雷丁頓提供的情報，FBI搜尋入境航班，對比乘客信息，發現一名叫保羅·弗雷德里克·史密森的人，很可能為造王者。但搜查其入住的酒店發現，造王者是冒用保羅的身份信息入境。現在FBI根本無從查到造王者的行蹤。除了找FBI合作，雷丁頓還找到了菲奇，一直與雷丁頓秘密合作互惠互利的美國高層人物。雷丁頓讓菲奇明白，自己如果被打敗，菲奇和他背後更多的利益集團都會蒙受巨大損失。菲奇遂與自己聯盟的各集團代表投票，投票結果讓雷丁頓很失望，他們不願與一個不明底細的人為敵。雷丁頓只能孤軍奮戰。派屈克·錢德勒，一名青年的州議員，帶著家人開車經過一座大橋時，被貨車撞入河中。肇事貨車逃逸。錢德勒奮力救出妻子女兒，但妻子仍不幸身亡。在大眾對這名悲劇英雄點讚時，雷丁頓看出這是造王者策劃的一場戲。對事故現場調查後果然發現疑點，事發地點不在錢德勒回家的必經路上，也沒發現貨車或錢德勒轎車的剎車痕跡，雖然這些可以解釋，但錢德勒因此事人氣大漲是不爭的事實。伊莉莎白和萊斯勒親自找到錢德勒議員，他解釋因為女兒要去買冰激凌才去大橋，其他的不願再多談。萊斯勒接到通知，已找到肇事車輛，但趕到時，肇事司機已經被滅口。米拉調查了肇事司機的通話記錄，顯示曾有人通過一部路邊公用電話與他聯繫。在伊莉莎白看來很普通的電話亭，在雷丁頓看來卻另有玄機。電話亭旁的當鋪里隱藏著一家奢華的地下酒吧，在等待老闆的當口，伊莉莎白詢問雷丁頓在山姆去世那天是否在他病床邊。雷丁頓只承認去送別山姆。酒吧老闆的到來打斷了兩人間的對話。伊莉莎白從酒吧老闆處得知造王者下塌的酒店，與萊斯勒趕到酒店房間並未發現人影，卻發現一套豪宅的平面藍圖及警報器線路等信息。根據安保公司提供的信息確認是參議員阿爾伯特·R·米切爾的住宅，庫珀認為如果參議員意外死亡，按程式會舉行一次特別選舉，在目前情況下人氣很高的年青議員錢德勒當選是沒有任何疑問的。FBI撥打參議員電話，卻無法接通。等伊莉莎白和萊斯勒趕到參議員家時，在屋外聽到槍聲。沖入室內，發現參議員已經中彈，兩人遂分頭搜查。在二樓搜尋的伊莉莎白被躲在暗處的造王者襲擊，危急時刻萊斯勒趕來擊斃了造王者。造王者死亡，讓雷丁頓知道幕後委託人的希望破滅。FBI隨後以涉嫌參與謀殺罪名逮捕了錢德勒議員。伊莉莎白請阿蘭姆幫忙調出醫院監控，看到雷丁頓是下午4:37分離開醫院，醫院記錄顯示山姆是下午5:30去世。這似乎印證了雷丁頓只是去送別山姆的說法。但阿蘭姆發現屍檢報告顯示，山姆的死亡時間為下午4:30左右。疑竇叢生的伊莉莎白找到雷丁頓，要知道當時的真實情況。雷丁頓解釋是為了幫助老友解除痛苦。伊莉莎白根本無法接受這樣的解釋，提出結束現在的合作關係後，轉身離去。
第一季第21集與雷丁頓鬧翻後，孤立無援的伊莉莎白只能向FBI匯報了湯姆是間諜的情況，並接受局裡調查。因馬利自殺，茱蓮妮被殺，伊莉莎白建議調查人員審問吉娜·扎尼塔克斯，卻得知吉娜已在不久前越獄。同時，雷丁頓也在派人監視湯姆，但被湯姆逃脫。局長辦公室里，伊莉莎白向庫珀提交辭職信，要求退出以雷丁頓為核心的行動小組。坐在一邊的雷丁頓提出有另一個案子發生，而且此案與湯姆有關係，有理由相信很快就會發生一起襲擊事件。見伊莉莎白執意離開，雷丁頓大義凜然的說出一番民眾安全的大道理。伊莉莎白只能同意接手案件調查。根據雷丁頓的情報，華盛頓出現一種高致命高傳染性無解藥的病毒——卡倫病毒，已有一名押送車司機感染死亡。雷丁頓相信這只是一個龐大計畫的第一步，最終的目的就是要打擊自己。伊莉莎白和萊斯勒趕到死者死亡現場，從疾控中心專家處得知，死者的確感染了卡倫病毒，但病毒只保留了高致命性，卻沒有傳染性。專家認為，有人專門培育了這種沒有傳染性的卡倫病毒用於殺人。為了搞清楚這種病毒，伊莉莎白陪雷丁頓去精神病院拜訪一位頂尖傳染病專家，研究卡倫病毒的先驅布魯斯·桑德斯。途中，雷丁頓示好，將已經破譯的隱藏在高數公式里湯姆與上級之間傳遞的信息內容（第19集內容）交給了伊莉莎白。這些內容里除了有關計畫內容外，還有很多關於伊莉莎白的事情。疾控中心在死者身上發現一支注射器，經研究發現注射器里的液體並非卡倫病毒，而是卡倫病毒的解藥。這讓FBI大惑不解。調閱了死者的手機發現一條簡訊，內容是要求死者完成任務後才能繼續收到解藥，中間並未提及任務內容。庫珀推定這是條勒索簡訊，死者拒絕合作因而死亡，幕後黑手一定會找另一名替代者。緬因州一家精神病院內，伊莉莎白對這個為了研究而給自己注射腦膜炎病毒的專家並不相信。在卡倫病毒的事上，桑德斯一直堅稱卡倫會帶來五名天啟騎士（聖經里為四名天啟騎士），還有一個UD4126的太空特工曾經找自己做研究。伊莉莎白對這種胡言亂語忍無可忍，轉身離開醫院，獨自返回調查局。調查局內，庫珀接到上面通知，如果伊莉莎白離職，則與雷丁頓的協定就會取消，雷丁頓將被永遠監禁。辦公室外伊莉莎白等人正在研究雷丁頓從桑德斯那得到的訊息。所謂的太空特工UD4126和天啟騎士應當是有人利用桑德斯的知識研製出病毒，並以病毒操控五個人。為了弄清楚是誰在與桑德斯合作，伊莉莎白不得不再次請雷丁頓一齊去見桑德斯。桑德斯一再聲稱是UD4126太空特工，伊莉莎白則從醫院護工的胸卡上得到了啟發。伊莉莎白回到調查局，讓阿蘭姆搜尋所有政府機構的胸卡ID，終於從疾控中心找到了胸卡ID為UD4126的員工，尼古拉斯·沃格爾。對沃格爾的家進行搜查，在地下室發現了病毒的研發設備以及冷藏櫃裡的卡倫病毒解藥。沃格爾無視萊斯勒和米拉的審問，一言不發。伊莉莎白以其人之道還治彼身，將卡倫病毒放入沃格爾的水杯中。伊莉莎白對雷丁頓提供的所有案件進行了梳理，發現其中存在很多關聯，從吳京（第三集內容）到露西、從吉娜到湯姆等。分析下來，雷丁頓是在對付一個他自己都不知道的敵人，為此他才投靠了FBI，想利用FBI找出敵人。這個敵人很可能就是柏林。而沃格爾和五個被病毒威脅的人，正是柏林到來的關鍵。為了得到解藥，沃格爾只能交待出五個被脅迫的人。根據調查，這五個人是飛行員、維修工、退休空管員、押送車司機、機場清潔工，都為機場服務。此外沃格爾還交待是涉及到監獄運輸，很可能是越獄。從沃格爾的電腦上發現，目標是一處簡易機場。機場內，清潔工悄悄打開伺服器機房門，維修工進去關閉保全網路，押送車帶著一批武裝人員進入機場，控制航站樓後退休空管員關閉了一架雙引擎螺旋漿飛機的雷達信號，並指揮降落。飛機上的飛行員關閉應答器，擊斃兩名看守和副駕駛，並在空管員的指揮下準備著陸。正在飛機即將著陸時，大量警車呼嘯而至。武裝人員緊急呼叫飛機離開。萊斯勒和米拉只能眼看著飛機重新升空。美國空軍立即派出大黃蜂戰機，在多次警告無效後，發射飛彈擊落這架不明來歷的飛機。與此同時原本願意配合抓捕雷丁頓的伊莉莎白心生悔意，趕到與雷丁頓約定的見面地點，讓他趕快離開。雷丁頓已經發覺周圍暗布的FBI探員，索性用槍指著伊莉莎白，以消除伊莉莎白打算放走自己的嫌疑。等抓捕人員到來，雷丁頓如同最初一樣，從容淡定的接受逮捕。此時，一架雙引擎飛機冒著濃煙從上方掠過，墜入遠處的河中。雷丁頓知道，柏林來了。
第一季第22集一架從波哥大起飛，秘密飛入美國領空，沒有記錄，滿載著囚犯的飛機墜毀在河岸。FBI對倖存者進行審問，了解飛機的具體情況。幾名犯人都提到有一個戴著兜頭帽的囚犯與看守手拷著手上了飛機，此後機長槍殺看守和副駕駛，在情況緊急時，那個兜帽男指揮機長找安全地點迫降，之後把手砍掉逃走。而此時醫院正在緊急搶救一名身穿警服，手被砍掉的人。因為行動小組解散，雷丁頓被關押在黑牢的囚室中，伊莉莎白想找雷丁頓協助調查墜機事件的請求也被駁回。菲奇到黑牢中與雷丁頓見面。菲奇作為情報機關負責人，也無法調查到墜毀飛機任何信息，只能認為是與雷丁頓的死敵有關。因此為了自己的利益著想，菲奇安排雷丁頓“越獄”，讓雷丁頓去解決這顆定時炸彈。獲得自由的雷丁頓第一時間打電話，讓伊莉莎白把小組裡的人都撤回調查局，以防不測。而萊斯勒和米拉已經接到通知，到一間嘈雜的迪廳里抓捕在逃囚犯。當萊斯勒檢查一些人證件時，米拉發現舞池裡一個可疑人員，正要上前調查，可疑人員已逃進舞池後的走廊。米拉尾隨在後，被躲在暗處的殺手割喉。等伊莉莎白帶人趕到，為時已晚。伊莉莎白找到雷丁頓，想知道為什麼行動小組會成為目標。雷丁頓認為行動小組一次次破壞了柏林的計畫，因此為柏林不會容忍行動小組的存在。伊莉莎白想到柏林獲得行動小組名單的途徑只有一個——湯姆。審問了在迪廳抓獲的囚犯後，FBI知道飛機是屬於俄羅斯，事情本身是克格勃的秘密行動。FBI知道，通過外交途徑不可能獲得飛機上的人員名單，只有讓雷丁頓出面。不負眾望，雷丁頓從俄羅斯大使處取得了名單。機上一共十名犯人，三名看守。兩名看守死亡，一名在搶救；三名囚犯被捕，四名死亡，其中一人被燒焦，正在屍檢調查身份，另有三名在逃。伊莉莎白和萊斯勒找到剛動過手術的看守，希望能找出在逃的犯人里誰是柏林。但看守並不知道柏林是誰，只知道有關柏林的故事。蘇聯時期，柏林為克格勃工作，為救愛上政敵的女兒而被捕入獄。其女兒卻被敵人一塊塊送還給他。最後柏林把自己女兒的骨頭磨成刀，殺死獄警越獄，從此人間蒸發。但他一直在調查殺害女兒的兇手。對行動小組的刺殺仍在繼續，米拉之後，庫珀也被襲擊，生命垂危。兇手在現場附近被逮捕。米拉慘死和庫珀遇襲讓原本遵守規定的萊斯勒一反常態的要勒死一言不發的兇手。在這種極端的方式下，終於知道了“柏林”的真正身份，米洛斯·帕維爾·金斯基，前俄羅斯特種部隊，前克格勃。雷丁頓找到菲奇，要求取得全球監控的特權，以找到柏林的下落。雷丁頓終於告訴了伊莉莎白，山姆打算說出的故事。山姆受一個老友的委託，照顧一個父親死於大火的小女孩。山姆一直以來都隱瞞著伊莉莎白生父的真實身份，擔心她生父的身份會害死伊莉莎白。為了山姆，雷丁頓也絕不會告訴伊莉莎白，其生父的秘密。在菲奇的幫助下，終於找到了柏林的藏身處。雷丁頓只身前往，殺死守衛，見到了久聞其名的柏林。在被射穿了右手左手後，柏林終於說出是為了報復2010年發生在貝魯特的事。但未說完，湯姆押著伊莉莎白進入房間。柏林要湯姆殺了伊莉莎白，為自己失去的一切報仇。雷丁頓抬手開槍射穿了柏林的頭，隨後放下槍走向湯姆。湯姆舉槍向雷丁頓射擊，伊莉莎白趁機奪下湯姆的手槍。搏鬥中，手槍走火射中湯姆腹部。雷丁頓本想上前解決湯姆，被伊莉莎白攔住。她想自己動手。雷丁頓離開房間後，湯姆掙扎著告訴伊莉莎白一個秘密，伊莉莎白的生父還活著。說完後，湯姆無力的垂下腦袋。眾人本以為解決了柏林。但隨後關於被燒焦屍體的屍檢報告卻又掀起波瀾。根據DNA確認，被燒焦的人並非罪犯而是看守。這時伊莉莎白等人才意識到，飛機上的兜帽人並非砍掉警衛的手，而是自己的手。醫院裡的人並非警衛，而是囚犯，是真正的柏林。等伊莉莎白和萊斯勒趕到醫院時，柏林早已殺死警衛逃之夭夭。伊莉莎白找到雷丁頓後，雷丁頓也承認早已知道自己殺死的不是柏林。因為此人2010年與雷丁頓結怨，而柏林對雷丁頓生意上的攻擊比其早好幾年。雷丁頓不說出來的原因，就是讓柏林以為雷丁頓放鬆了警惕。經歷了這些事後，伊莉莎白的生活被完全摧毀，搬出了現在的住宅，過著居無定所的日子。重傷的庫珀有了一絲生命的反應。FBI在對假柏林房間搜查時，湯姆的屍體不翼而飛。逃走的柏林找到棲身地，看著女兒的照片，盤算下一步的計畫。雷丁頓離開前，伊莉莎白趕來送別。伊莉莎白說出湯姆臨死前告訴自己的秘密。雷丁頓確切的告訴伊莉莎白，當年的大火不僅造成她右手的傷疤，也奪去了她父親的生命。為了尋找真相，伊莉莎白要與雷丁頓一起找到逍遙法外的柏林。(第一季本季終)
第二季第1集雷丁頓從西非一名僱傭軍頭目處得知，柏林僱傭了一個綽號“巴爾的摩伯爵”的賞金獵人。但接替黛安的副檢察長和接替庫珀的馬丁似乎對這點情報並不滿意，到目前為止，經過幾個月的調查，花費上千萬美元，仍不知道柏林的真實身份和目的。伊莉莎白現在也非常謹慎，任何動靜都會引起警覺，為了防止被監視，還經常變換居住的汽車旅館。與雷丁頓見面也更隱蔽，因為伊莉莎白知道，馬丁根本不會保護行動小組。雷丁頓告訴伊莉莎白，下一個目標是巴爾的摩伯爵，一名追蹤者，此人用非常精密的算法分析數據，通過網路收集目標信息。伊莉莎白讓阿蘭姆搜尋所有數據分析公司職員的信息，發現一名叫羅文·米爾斯的數據工程師的賬戶有異常變動。羅文承認有筆大額款項匯入過自己的賬戶。但她對伊莉莎白和萊斯勒說自己並不知情，發現匯款後以為是賬戶被盜，就立即修改了密碼並報警。此外八月份羅文還發現有人登入過自己的電腦，不知道他們要找什麼資料。當晚，羅文的語音信箱裡就有了一條警告羅文不許透露任何信息的留言。阿蘭姆發現羅文的電腦的確有被入侵的痕跡。但阿蘭姆也質疑，雷丁頓根本不使用網路，手機天天換，交易都是面對面談，巴爾的摩伯爵搜尋的目標，很可能是其他人，而不是雷丁頓。通過定位給羅文留言的手機方位，FBI發現一處房間。伊莉莎白在房間內發現了黑進羅文系統的筆記本電腦、一把車鑰匙和羅文的多張照片。羅文堅稱自己從未到過這個房間，並認為唯一合理的解釋就是七年前已死亡的雙胞胎妹妹諾拉仍活著。諾拉童年曾被叔叔騷擾，自小性格孤僻，後在私人武裝安保公司工作，七年前在國外執行任務時被敵方俘虜，公司認定其死亡。當伊莉莎白還在調查時，雷丁頓卻被幾個開著軍用直升機的武裝人員劫持。指揮劫持行動的是以色列摩薩德組織的納瓦比，她抓住雷丁頓以換取情報。雷丁頓非常欣賞這個聰慧、幹練的情報人員。隨後馬丁趕來，經過交涉從納瓦比處接手了雷丁頓。阿蘭姆分析黑客盜取羅文電腦數據的算法，發現巴爾的摩伯爵要尋找的是一個女人，縮小搜尋範圍後，仍有兩百多名女性在範圍之內。雷丁頓從這些人資料里，一眼就看出，巴爾的摩伯爵的目標是內奧米·海蘭，因為她是雷丁頓的前妻。羅文正在家中翻看著小時候的照片，突然一個自稱馬庫斯的男人開門進入房間。馬庫斯讓羅文不要驚慌，隨後播放《The Ink Sports》的唱片。在歌聲中，原本驚恐的羅文慢慢恢復平靜，臉上出現堅毅的表情，完全像變了一個人。此時萊斯勒根據搜查到的車鑰匙，發現了停在羅文母親家後院的一輛廂式貨車。打開車門，萊斯勒發現了躺在冰櫃裡的“諾拉”屍體。伊莉莎白等人正在勸海蘭接受FBI的保護時，變成另一個人的羅文帶著一隊人馬趕到。海蘭被人從眼皮底下劫走，伊莉莎白追出屋外，看到正準備離開的羅文。審問時，羅文根本不知道自己做過什麼。在專家分析後得出結論，羅文有解離性精神分裂，身體裡的兩個性格不知道彼此的存在，一個性格下做的事，另一個性格完全不知情。要找到諾拉，就必須找到觸發諾拉性格的鑰匙。對被捕的馬庫斯進行審訊後，伊莉莎白知道了曾經的往事。諾拉被抓後，從敵方組織逃了出來，通過秘密渠道返回美國的家中。諾拉出於嫉妒和羨慕殺死了羅文，希望得到像羅文一樣的生活，也由此產生了精神分裂。當晚發生這些時，房間裡播放的正是《The Ink Spots》。馬庫斯與FBI做了減刑交易，交待了藏匿海蘭的地點。但當FBI趕到時，海蘭已經不見蹤影，而諾拉的人除一人重傷外其他人都被殺死。雷丁頓知道活著的人是被留下來傳遞口訊。果然，傷者說出一個地址“本寧路藍冠鴉旅店604號房間”。等雷丁頓趕到旅店，只拿到一塊嵌有前妻照片的懷表。雷丁頓知道就像當年柏林一樣，以後自己會逐漸收到前妻一塊塊的肢體。伊莉莎白終於通過特殊關係撤銷了與湯姆的婚姻關係。傷愈後的庫珀重新回到FBI。行動小組又重新正常運轉。
第二季第2集已收到前妻一根手指的雷丁頓異常憤怒，失去了往日的冷靜從容，對柏林的手下大開殺戮，追查前妻的下落。但這並沒有阻止柏林殘忍的行為，這一次又送來了一顆牙齒。伊莉莎白也在幫雷丁頓調查其女兒珍妮佛的下落，但線索也只能查到七年前，對現在珍妮佛的情況，毫無頭緒。雷丁頓很失望，提出讓伊莉莎白調查道格拉斯君主銀行。該銀行是犯罪份子首選銀行，總部設在美國，在63個國家有分行，但犯罪活動僅限於華沙分行。兩小時前華沙分行被幾個訓練有素的人搶劫，雖然銀行聲稱沒有損失，但雷丁頓認為他們丟失了所有資產。FBI調查下來，該銀行的確涉嫌洗黑錢，但賬面乾淨找不到任何漏洞。庫珀相信這次搶劫就是針對洗錢記錄，遂派伊莉莎白和萊斯勒前往華沙調查。伊莉莎白和萊斯勒到達現場時，已有一名FBI探員保羅·薩勒諾參與銀行搶劫的調查。保羅的態度並不友好。兩人在保羅的陪同下與銀行副總裁馬特·斯特里克蘭見面。馬特承認並非沒有損失，而是損失了40萬美元的不記名債券，也很配合的提供銀行各種記錄資料。萊斯勒發現銀行門口有一台交通監控攝像頭，調取監控錄像後，發現進銀行搶劫的是五個身穿連體防塵服的人，出來時卻是六個，從身形可以看出多出了一名女性。在調查了銀行刷卡記錄後，萊斯勒找到被綁架的銀行職員是卡婭·托姆恰克。伊莉莎白察覺銀行方面對卡婭的情況遮遮掩掩，卡婭的住宅房間內還有監控攝像頭，有保鏢接送上下班，這與卡婭普通會計員的身份很不相襯。雷丁頓趕到華沙，從販賣槍枝的線人處得到搶劫犯的藏身地點，伊莉莎白和萊斯勒馬上前往解救。但出乎意料的是，卡婭並不是被綁架，而是自願與劫匪離開。原來卡婭擁有超強記憶力，能記住所有洗黑錢的賬戶和劃賬記錄，所有賬面上不能有的內容，都存在卡婭的腦子裡。卡婭因此有種罪惡感。正在萊斯勒對卡婭進行審問時，保羅探員掩護一幫武裝份子欲搶回卡婭。幸虧摩薩德的納瓦比出現，幫助伊莉莎白三人脫離險境。但卡婭被流彈擊中，萊斯勒立刻幫卡婭止血。在雷丁頓的安排下，伊莉莎白、萊斯勒和卡婭擺脫當地警察圍捕，但雷丁頓出於個人目的強行將卡婭帶走。被柏林關押的海蘭也在積極自救，借上廁所的機會打傷看守逃跑，但還是沒能躲過柏林的魔掌。正當柏林準備繼續折磨海蘭時，雷丁頓打來電話要與他見面。遊樂場裡，長久以來的宿敵終於見面。雷丁頓告訴柏林，他的女兒並非自己殺害的。告訴柏林這個錯誤信息的人，一定是別有用心。同時雷丁頓警告柏林，自己已經掌握了柏林在道格拉斯君主銀行華沙分行的賬戶信息，他所有的錢已經被轉到一個無法追蹤的第三方賬戶里，要么釋放海蘭要么讓他的錢消失得無影無蹤。柏林知道自己處於下風，只能釋放海蘭。但不甘示弱的柏林說出了伊莉莎白的名字，也知道伊莉莎白對雷丁頓的重要性。這讓雷丁頓在以後與柏林的戰爭中，不得不分出更多的心思保護伊莉莎白。伊莉莎白和萊斯勒兩手空空的返回FBI，讓庫珀大為光火。因為卡婭中彈受傷，雷丁頓必須要找個會護理的人。伊莉莎白想到雷丁頓的美甲師受過外科醫生訓練，立即通過美甲師找到了卡婭，也了解到雷丁頓用錢換妻子的計畫。雷丁頓接到伊莉莎白電話，知道伊莉莎白已經凍結了存有柏林資產的第三方賬戶。伊莉莎白吸取以前的教訓（第一季第七集內容），不想因為一個人而讓更多人受到犯罪威脅。雷丁頓知道無法說服伊莉莎白，決定冒險繼續與柏林的交易。當晚，遊樂場外，雷丁頓給了柏林第三方賬戶的密碼。柏林成功取回自己上千萬美元的財產後，釋放了海蘭。伊莉莎白還是不忍心看到雷丁頓被害，在交易之前取消了賬戶凍結。卡婭向FBI提供了所有在華沙分行里無官方記錄的犯罪份子賬戶信息。庫珀發現調查局居然也在華沙分行有不明款項，這也就解釋了保羅探員的行為是為了掩蓋這件醜事。納瓦比向庫珀提供了自己對雷丁頓多年調查的情報，條件是加入行動小組。
第二季第3集警方在清理大橋下的流浪漢聚集區時發現被挖去心臟的前富豪保羅·懷亞特的屍體。伊莉莎白在睡夢中突然被驚醒，發現丈夫湯姆拿槍對著自己。湯姆說著讓人不解的話，雷丁頓在利用伊莉莎白，只要柏林一死，雷丁頓就會殺了她。湯姆繼續說要伊莉莎白去問問雷丁頓，14年前燒傷伊莉莎白的火是怎么回事，到FBI自首的目的等。正在說著，雷丁頓踢門而入，槍殺了湯姆。伊莉莎白再次驚醒，原來只是場夢。住在汽車旅館的伊莉莎白心神不寧，總疑神疑鬼，甚至懷疑一個去健身房的男子是在跟蹤自己而對他進行盤問。而雷丁頓仍在繼續著以前的角色，為犯罪份子提供服務，以掩蓋自己是FBI線人的身份，也能收集情報。今天，雷丁頓與合伙人尼科商量著，為了與柏林競爭，決定加大對印度尼西亞當地物流公司的投資，以爭取印尼政府運營港口的契約。尼科不同意為了與柏林對抗就冒血本無歸的風險。但雷丁頓心意已決。尼科走後，雷丁頓問坐在鄰桌的伊莉莎白對保羅·懷亞特死亡新聞的看法。伊莉莎白引述了警方的說法，保羅的公司因詐欺而破產，很可能是曾經的客戶為了泄憤而這么做。雷丁頓並不認同，他認為是一名做非法器官移植生意的醫生詹姆斯·考文頓摘除了懷亞特的心臟用於非法移植給不願意等捐獻又肯出大價錢的人。調查局對考文頓醫生做了詳細調查，發現這個曾經優秀的醫生在一次非法移植手術後失蹤。法醫在對懷亞特的屍體解剖後發現，被摘除的心臟是懷亞特接受移植的心臟，但懷亞特的醫療記錄里並沒有接受移植的記錄。從懷亞特妻子處了解到，原來懷亞特也是考文頓醫生的客戶，從他那租了一顆心臟，每年須支付50萬美元。現在懷亞特破產付不出租金，所以心臟就被收回。尼科正在和另兩個合伙人討論雷丁頓投資印尼的計畫，一個自稱柏林的手下瓦爾加突然闖了進來。似乎柏林願意為尼科提供一個千載難逢的機會，讓雷丁頓及他的合伙人們在柏林的名下運營管理。雖然其他合伙人願意接受，但雷丁頓執意不肯。此後尼科“發現”另兩個合伙人在與瓦爾加接觸，雷丁頓把這些“叛變”的合伙人處理掉。但其實尼科才是背叛了雷丁頓的人，甚至與瓦爾加密謀殺死雷丁頓。FBI對懷亞特妻子所說的租金支付進行了調查，發現租金是匯入一個叫“光芒基金”的慈善機構。再深入調查，發現該機構曾付給一個叫戈登·阿爾比的醫生20萬諮詢費。阿爾比醫生是一名驗屍官，伊莉莎白和萊斯勒對他進行詢問無果後，向雷丁頓借了卡普蘭先生對阿爾比經手的屍體進行檢查，發現一部分的內臟果然缺失。有了證據後，伊莉莎白對阿爾比進行正式審訊。阿爾比只能坦白自己是通過中間人提供器官。伊莉莎白和萊斯勒就設局用豬心假冒人心，讓阿爾比通知中間人取貨。調查人員在跟蹤中間人時被發現，隨後的追逐過程中，中間人發生車禍當場死亡。在中間人的車上，萊斯勒發現了原定要接受這顆“豬心”的被移植人身份信息，一個販運武器和毒品的大享，FBI一直苦於沒有證據指控他。對這種罪犯只能由雷丁頓出面，得到了與考文頓聯繫的手機號碼。通過定位這個手機號碼，伊莉莎白和萊斯勒找到一處廢棄的店面，在地下室里發現醫療設備齊全的房間。房間裡有躺在病床上的兒童。最裡間，考文頓醫生正準備為一名兒童做換肺手術。伊莉莎白舉槍阻止手術進行，但考文頓不為所動。考文頓告訴伊莉莎白，因為現在醫療制度的缺陷，兒童不能接受成人器官捐獻。現在他在用自己的技術彌補這個缺陷，拯救那些需要新器官的兒童。考文頓把從像保羅·懷亞特這樣的壞人身上賺的錢，都用在了經營這個地下兒童醫院上。伊莉莎白無言以對，說服了萊斯勒讓考文頓繼續這場不合法的手術。自以為得計的尼科約雷丁頓到秘密地點會面。雷丁頓到達後看到的是尼科和拿著槍的瓦爾加。正在尼科得意洋洋的讓瓦爾加動手時，卻發現雷丁頓從瓦爾加手裡拿下手槍，瓦爾加沒有任何反抗。等看到另兩名被“處理”掉的合伙人走進來時，尼科才知道自己上了雷丁頓的當，但為時已晚。雷丁頓在向另兩名合伙人宣布已與印尼政府簽訂了港口運營契約後，開槍殺死了尼科。伊莉莎白在旅館裡再次碰到了那位健身的男子，上前為自己當天的魯莽行為道歉，並得到了諒解。但伊莉莎白不知道，她並沒有錯。雷丁頓去看望已經康復的前妻，得到的回應卻是一記耳光。
第二季第4集雷丁頓為了前妻海蘭的安全，一再勸海蘭離開原來的城市搬到新的地方生活。但海蘭考慮到現任丈夫弗蘭克的感覺，拒絕了雷丁頓的建議。而且海蘭為了不讓女兒珍尼弗步自己的後塵，拒絕說出珍尼弗的下落。雷丁頓知道弗蘭克不想離開的真正原因是為了情人。趁海蘭休息時，雷丁頓邀請弗蘭克一起散步。好話說盡，見弗蘭克仍執迷不悟，雷丁頓顯出強盜本色威脅弗蘭克，對海蘭忠誠否則只有死路一條。弗蘭克不得不轉變態度，勸海蘭和自己一起搬到其他地方開始新生活。伊莉莎白向雷丁頓提出要審問海蘭，想從她那得到一些柏林的線索。雷丁頓立即轉移話題，講起華盛頓最近發生的七宗暴力傷害案。七名兇手都沒有前科，雷丁頓認為是有人在秘密進行有關心理學的精神控制實驗。行動小組知道雷丁頓不想讓FBI繼續調查自己的前妻，但必須要先解決手頭這個案子。伊莉莎白於是請阿蘭姆收集一下弗蘭克和海蘭最近幾年的通話紀錄，以備案子結束後進行調查。伊莉莎白和萊斯勒找到最近一宗暴力案兇手的心理醫生，了解到兇手最近總感覺工作不順，總有人批評她，被他人中傷，與丈夫的關係也逐漸破裂，生活的壓力讓她產生了報復社會的情緒。其他兇手也發生了類似情況，被人造謠中傷，讓他們產生巨大壓力。伊莉莎白從這些人的DNA檔案里發現他們都有一種特殊基因，俗稱極端戰士基因。擁有這種基因的人無法排解壓力，好鬥或有反社會行為。很可能有人在利用這一點製造了這些暴力案件。庫珀曾聽說過政府有一個“子項目7號”的秘密項目是有關基因的精神控制。於是伊莉莎白和萊斯勒找到相關預算的控制人謝里丹參議員，得到的回答是項目並沒有成功。謝里丹參議員為了讓伊莉莎白相信項目已經取消，同意提供相關機密資料。在離開參議員辦公室時，伊莉莎白與下一位拜訪者打了個照面。機密資料里，所有關鍵地方都被塗黑，根本找不出任何有價值的線索。幸虧納瓦比知道有個人能破解出這些被塗黑的內容，在雷丁頓的安排下，伊莉莎白終於通過此人看到了完整版的“子項目7號”的資料。從項目資料里，伊莉莎白看到一張當年項目成員的照片，其中一個人似乎在哪見到過。經查，此人是萊納斯·克里爾醫生，當年的實驗助理，目前開有一家私人心理諮詢診所並在6家醫院任代理醫師。交叉對比兇手與克里爾醫生髮現，這些兇手都曾在克里爾醫生任值的醫院進行過心理諮詢。從克里爾醫生在網上發布的心理諮詢調查表來看，他似乎在以此標準尋找基因戰士的試驗品。為了能從克里爾醫生的電腦里獲得更多情報，伊莉莎白假裝一名性格偏激、自殘的病人接受克里爾醫生的心理治療。趁克里爾醫生暫時離開時，盜取了他的電腦密碼。阿蘭姆黑進克里爾醫生電腦，發現了之前暴力案兇手資料和另一個叫鄧肯的年青人資料。行動小組認為鄧肯就是下一名基因戰士。克里爾醫生確實一直在私自繼續“子項目7號”的研究。在有了多例成功激活基因戰士的案例後，克里爾醫生曾拜訪謝里丹議員，希望政府能接受自己的試驗結果，對國民進行基因篩查。被謝里丹議員拒絕後，克里爾醫生在網上假冒一名年青女子與鄧肯談戀愛，後又製造移情別戀的假裝激發出鄧肯的暴力情緒，並引誘鄧肯趕到謝里丹議員演講的現場。克里爾醫生走到鄧肯面前，坦言是自己捏造了一個虛擬女友欺騙鄧肯。他的目的就是讓公眾看到鄧肯在暴怒下殺死自己，用公眾輿論迫使政府重視基因篩選。但克里爾醫生的計畫被聞訊趕來的FBI打亂，鄧肯在伊莉莎白的干擾下只是打傷了克里爾。伊莉莎白上前查看克里爾傷情時，被克里爾劫持。在克里爾準備殺死伊莉莎白為自己的事業做名殉道者時，遠處一名不明身份的狙擊手開槍打死克里爾。伊莉莎白遠遠看到，狙擊手正是汽車旅館裡的健身男。阿蘭姆從弗蘭克的通話紀錄里發現了其情人的電話。再深入調查，發現弗蘭克情人有多個未接電話，是從一個偏僻地點的公用電話撥打的。伊莉莎白按線索找到了海蘭，想從海蘭處了解雷丁頓與自己的關係，但談話被雷丁頓打斷。雷丁頓安排海蘭和弗蘭克出發到其他城市生活。伊莉莎白看到其他人離開後，詢問那個狙擊手是否為雷丁頓工作，並要求此人離開，不要再監視自己。見雷丁頓沒有同意，伊莉莎白憤憤離開。雷丁頓知道伊莉莎白一定在隱瞞一些事。伊莉莎白不想讓雷丁頓知道的是，湯姆並沒有死，而是被伊莉莎白關在一個沒人知道的地點。
第二季第5集雷丁頓繼續讓健身男保護和監視伊莉莎白，這讓伊莉莎白很不滿，但又想不出辦法解決這個問題。雷丁頓告訴伊莉莎白，一個激進環保組織領袖馬多克斯·貝克的妻子凱莉·貝克在街頭被計程車撞死。該組織被稱為“前線組織”，曾多次用恐怖手段阻止污染企業運營。馬多克斯為人極端，認為人類是破壞環境的根源，應當把人類從地球上清除。雷丁頓認為很可能是溫和派的凱莉與丈夫發生了分歧，而被丈夫害死。這件事讓伊莉莎白產生了興趣。經檢查凱莉處於腦死亡狀態，身上有多處挫傷，前臂有自衛性瘀傷，應當是與人搏鬥造成。最讓人吃驚的是，凱莉已懷孕30周，所幸孩子安全。目前凱莉在醫院由機器維持生命，直到孩子出生。而且在凱莉的指甲里發現了有700多年歷史的粘土。行動小組調查下來，這種粘土是古時作畫時使用，上周某展廳正好有幅古油畫被盜。但因為這幅畫在展廳里最不值錢，所以偷畫的目的應當不是用於出售換取經費。行動小組從展廳處了解到當時為了辨別該畫真偽，使用了熱成像和光譜分析，在油畫的下面發現了一些奇怪的線條。庫珀和萊斯勒找到美術館專家尋求解釋。專家只說中世紀時造成兩億人死亡的黑死病，即肺炎型鼠疫，被四名牧師帶到了世界盡頭。在庫珀懷疑畫裡的線條就是地圖時，專家否定了這個說法，認為這畫一錢不值。但在雷丁頓處，專家卻肯定了這是標記病毒所在地點的地圖。伊莉莎白才知道，專家收了雷丁頓的錢。當年的世界盡頭，現在卻是世界上最發達的國家。但馬多克斯早已先一步取得病毒，並在同夥的協助下逃脫伊莉莎白和萊斯勒的追捕。在前線組織基地里，馬多克斯找人重新培育病毒，放在了簡易呼吸器里。一名志願者為了試驗病毒效果，首先吸入了病毒，並在華盛頓導致幾百人感染，造成了巨大的恐慌。因為目前根本沒有這種七百年前病毒的解藥或疫苗，所以很可能有更多的人被感染。FBI從這個首例感染者身上提取到一根動物毛髮，確定是試驗用白鼠的毛髮。根據白鼠供應商提供的發貨地址，行動小組確定了馬多克斯的實驗室地址。在實驗室，伊莉莎白、萊斯勒和納瓦比在電腦里發現了馬多克斯打算在全球發動生化攻擊的地點，立刻通知航空局提高警戒級別。某機場外，疾控中心隔離了一輛可疑車輛。車外發現的呼吸器里發現了鼠疫病毒。行動小組查到車主購買了單程機票，無行李託運，8小時前訂票，根據這個條件搜尋到一共有24人很可能是攜帶病毒的“前線組織”成員。除一人外，其餘23人都已經登機。庫珀立刻命令通知全球航空部門，隔離這些人乘坐的飛機。伊莉莎白和納瓦比則出發阻止最後一人登機。機場裡，納瓦比發現了還未登機的感染者。一番追逐後，納瓦比將感染者推進吸菸室。搏鬥中，感染者向納瓦比噴射呼吸器里的病毒，並奪下佩槍將她打傷。隨後趕來的伊莉莎白擊斃感染者，並不顧納瓦比的勸阻進入吸菸室照顧受傷的納瓦比。要製造解藥就必須找到馬多克斯手中的原始菌株。正在FBI為尋找馬多克斯急得焦頭爛額時，雷丁頓已經根據前線組織使用的特殊離網型太陽能設備找到了馬多克斯。雷丁頓發現馬多克斯是一個偽君子，他在煽動別人為信仰獻身時，自己卻想與情人佩珀在世外桃源偷生。當他誓言旦旦的與其追隨者一起吸入病毒，讓他們到世界各地犧牲時，自己卻偷偷注射了早已合成出來的解藥。但雷丁頓除了拿到解藥外，還有另一個目的，就是讓佩珀交出了一把鑰匙。在注射了解藥後，伊莉莎白和納瓦比轉危為安。凱莉的孩子出生，或許她就是為了孩子才想阻止馬多克斯的計畫。馬多克斯和佩珀在FBI趕來前，已經畏罪自殺。疾控中心開始批量生產解藥，用於治療其他被隔離的人群。雷丁頓一直在尋找著燉肉匠戰利品相冊照片上的女人，皇天不負有心人，終於在一個車管所朋友的幫助下找到了這個叫佐伊的女子。
第二季第6集一直以犯罪為營生的雷丁頓卻對突然對保護動物有了興趣，說服伊莉莎白調查蒙巴特·卡特爾，一個販賣動物的大鱷，也是偷獵活動的幕後主腦。伊莉莎白調查下來，發現最近幾年一些偷獵集團的頭目相繼失蹤，懷疑是蒙巴薩·卡特爾試圖壟斷非法動物買賣。四天前，在俄羅斯堪察加半島海岸發現一具被剝皮的屍體，確認為是一名偷獵份子。雖然伊莉莎白多次讓雷丁頓撤掉監視保護自己的人，甚至使用替身迷惑對方，但仍舊被一直跟蹤伊莉莎白的健身男發現了關押湯姆的地點。健身男原本出於好意，給伊莉莎白一天時間讓她自己向雷丁頓坦白。但伊莉莎白卻借這個時間派人抓捕了健身男，以避免秘密泄露。為了了解更多蒙巴薩·卡特爾集團的情報，雷丁頓讓伊莉莎白冒充一名記者的身份，以揭發蒙巴薩·卡特爾醜聞為藉口，採訪一個叫傑夫·珀爾的富豪，他一直致力於動物保護。傑夫對伊莉莎白的印象很不錯，很快就提供了一條線索，協和進口公司。經審訊該公司負責人張先生，了解到該公司從事野味和瀕危動物進出口貿易，涉案金額巨大，但張先生拒不說出與蒙巴薩的關係。這時，在日本北海道海岸又發現一具被剝皮的屍體，其身份同樣是偷獵者。雷丁頓利用空閒時間光顧佐伊經營的街頭咖啡店，並藉機與佐伊結識，為自己下一步計畫做準備。阿蘭姆模擬潮汐和洋流的數據，計算出兩具被剝皮屍體都是在阿拉斯加的錫特卡沿海區域被丟下海。該地區曾有一個激進的地下動物保護組織，之後因一次過激的訴訟導致組織破產並解散。庫珀命令查這個組織仍留在錫特卡的成員，並派萊斯勒隻身趕往該區域調查。萊斯勒剛到錫特卡就接到通知，張先生被保釋不久即失蹤，目前FBI正在搜尋他的行蹤。此外山區有座農場，曾是當年該動物保護組織的聚集地。萊斯勒隨即趕往調查。納瓦比提出被害的兩人很可能是通過非公共渠道運往阿拉斯加，伊莉莎白遂讓阿蘭姆調查兩人失蹤當天，包括私人飛機在內的航班情況。萊斯勒到達被廢棄的農場，看到一名老婦及隨後開車而來的婦人的兒子彼特。兩人似乎並不太了解以前的動物保護組織。萊斯勒正準備離開時看到彼特的貨車後用篷布遮蓋，出於職業本能查看了一下，發現居然是被鎖在鐵籠里的張先生。 彼特從背後偷襲，打暈了萊斯勒。此時，阿蘭姆也發現了在兩名被害者失蹤後不久，當地機場都會有一張特許通行證發生，讓一架飛機起飛。在張先生失蹤之後，也有同樣情況發生。發出特許通行證的三家公司分布不同地方，但同屬一家母公司——溫迪戈有限責任公司。這家公司在錫特卡地區擁有房產。伊莉莎白等人發現萊斯勒失聯，遂與雷丁頓聯繫，想了解溫迪戈公司的情況，但雷丁頓在知道公司名後並未說任何信息就掛斷了電話。萊斯勒醒來，發現自己也被鎖在囚禁動物的鐵籠里，邊上就是同樣關在籠子裡的張先生。兩人的耳朵上都被打上了一個標牌。不遠處的灌木叢里，彼特叮囑手裡拿著弓箭的弟弟馬修，只能射有標牌的“動物”。馬修身材高大，從小有智力障礙，卻有一個病態的愛好，製作人皮玩偶。他的父母、兄弟為了滿足他的愛好分工合作，父親負責找合適對象，兄弟彼特負責綁架，母親負責日常照顧，馬修則在獵殺目標後將其做成自己的人皮玩具。彼特囑咐好後，遙控打開了鐵籠。萊斯勒和張先生爬出鐵籠。兩人本想跑出樹林求救，張先生卻被馬修一箭射死。萊斯勒這才知道自己成了獵物，拔下張先生身上的箭，往樹林深處跑去。在馬修獵殺萊斯勒時，馬修的母親給傑夫·珀爾打電話。原來傑夫就是馬修的父親，前地下動物保護組織成員。知道情況後，傑夫要妻子在萊斯勒被殺後，絕不能像以往一樣剝皮、填充，不能留下痕跡。掛斷電話，傑夫看到了雷丁頓。雷丁頓知道溫迪戈公司是傑夫名下的子公司，這些事必定和傑夫有關。在雷丁頓的威脅下，傑夫只能交出掌握的蒙巴薩·卡特爾的成員和企業名單，供FBI日後調查。萊斯勒看到有一處篝火，幾個人圍坐在火堆旁，上前才發現都是假人。這些正是馬修製作的人偶。萊斯勒脫掉一個人偶的服飾，裝成假人坐在火旁。過了一會，馬修過來坐下，與這些“朋友”聊天。但萊斯勒手控制不住的抖動暴露了自己。搏鬥中，萊斯勒用箭扎傷馬修後逃離。此時伊莉莎白等人也趕到農場，帶隊搜尋農場，尋找失蹤的萊斯勒。對農場發動攻擊，擊斃了企圖反抗的彼特。房間內，受重傷的馬修被母親扶進灌滿水的浴缸，隨後母親也坐進浴缸。在伊莉莎白等人衝進來時，母親將浴缸邊的錄音機丟進浴缸，與兒子一起觸電身亡。
第二季第7集納瓦比在參與摩薩德（以色列情報部門）與中情局的行動中，刺殺了一名伊朗核專家。為此，雷丁頓破天荒的找伊莉莎白和納瓦比同時與自己見面。碰面後，雷丁頓告訴她們伊朗為了報復，已經派出綽號“彎月蛇矛”的殺手。此人不僅是個職業殺手，還慣用計謀。庫珀從國防部了解到，值得伊朗實施報復的美國核專家有三人，被稱為“雲巔”。這三人中任何一人落入他國之手，都能讓對方的核技術進步數十年。國安局已為這三人製作了假身份。庫珀認為這還不夠，應當實施保護性監禁。其中兩人已經實施，但剩餘的一位阿瑪莉亞·柯林斯高級工程師，對外身份是天文物理學家，有一場公開演講。如果貿然取消演講，反而引起他人懷疑。伊莉莎白從湯姆處審問出為柏林提供武器的軍火商塞萬·沃爾科夫。與塞萬見面後，伊莉莎白威脅把他列入通緝名單，到時柏林就會殺了塞萬滅口。塞萬隻能答應安排一次與柏林碰頭給伊莉莎白創造機會抓住柏林。但伊莉莎白並不想活捉柏林，只想為米拉和庫珀報仇，也要為他安排湯姆擾亂自己生活懲罰他。因此，伊莉莎白找到了雷丁頓。雖然雷丁頓願意幫助伊莉莎白，但對她向自己隱瞞情報來源而不滿。剛回到FBI，伊莉莎白就接到通知，國防部發現了一個監視攝像頭。通過反監控手段，阿蘭姆找到了接收攝像頭數據的地點，一處工棚內。伊莉莎白和萊斯勒帶隊搜查工棚，發現桌上有一名叫約翰·里斯的國防安全服務部探員資料和詳細的跟蹤情況。萊斯勒懷疑是“彎月蛇矛”想綁架此人以獲取“雲巔”的情報。於是兩人立刻驅車找到里斯，卻被人襲擊，導致翻車。伊莉莎白本來發現自己在貝塞斯達國家醫院裡，左手打著繃帶，疼痛難忍。萊斯勒則在另一張病床上昏迷不醒。一個自稱里韋拉的醫生告訴伊莉莎白，她左臂多處骨折，萊斯勒則腦部受傷嚴重，且車裡沒有其他人。伊莉莎白要求打電話給總部。里韋拉在病床邊裝好臨時電話，伊莉莎白立即撥打庫珀的電話。FBI也接到了車禍報警，庫珀派納瓦比到貝塞斯達國家醫院查看情況。此時伊莉莎白電話過來，稱里斯被伊朗人抓走，應儘快通知國防部取消柯林斯的演講，採取保護性監禁措施。庫珀通知國防部後，對方居然稱國防部並沒有叫約翰·里斯的人。從醫院了解到的情況也是並沒有接收伊莉莎白和萊斯勒兩名車禍傷員。伊莉莎白掛斷電話後，無意中發現電話上有不明污漬，這似乎不符合這家高級醫院的規定。伊莉莎白立刻提高了警惕，試探護士何時給萊斯勒做核磁共振，護士也是隨口搪塞。趁病房裡沒有其他人時，伊莉莎白到萊斯勒床邊，看到萊斯勒的病歷後都是空白。隨後假裝到萊斯勒床邊關心搭檔，引來護士攙扶自己時，偷走了護士口袋裡的剪刀。等護士離開，伊莉莎白剪開左手的繃帶，看到有三杖釘子扎在手臂里，拔掉釘子後，手臂活動自如。自稱里韋拉醫生的人就是“彎月蛇矛”，在得到柯林斯的情報後，命令清除痕跡。護士回到病房時，被早有提防的伊莉莎白控制住。伊莉莎白立刻到萊斯勒床邊拔掉鎮靜劑滴管針頭，搖醒了萊斯勒，並打暈隨後趕來的看守，奪下武器。納瓦比為了救伊莉莎白主動找到雷丁頓，不顧摩薩德的規定說出一名被摩薩德長期監視的經常協助伊朗襲擊活動的嫌疑人阿里·哈山，希望雷丁頓能從他那找到“彎月蛇矛”的線索。見納瓦比如此有情有義，雷丁頓也告訴了納瓦比另一個情報，“彎月蛇矛”就是當年害死她弟弟的瓦利德·阿布·西塔。伊莉莎白和萊斯勒從醫院走廊出來才發現原來是在倉庫里的一個布景。正在倉庫里尋找出路時，從哈山處得知倉庫地址的納瓦比已經帶人攻入倉庫，解救了兩人。等眾人趕到會場時，才得知柯林斯已經失蹤，庫珀已經下令封鎖會場所在的酒店。正在指揮與會者返回酒店內時，伊莉莎白發現一名侍者正推著一個放有旅行箱的行李車離開。伊莉莎白產生懷疑，立刻上前阻攔。偽裝成侍者的西塔見狀丟下行李車，在同夥的協助下逃離。伊莉莎白和萊斯勒檢查旅行箱，裡面正是被綁架的柯林斯。西塔回到哈山家準備下一步方案時，碰到守株待兔的雷丁頓。雷丁頓把五花大綁的西塔交給了納瓦比，自己則按伊莉莎白的通知趕往塞萬安排的與柏林見面的地點。西塔暗示納瓦比的弟弟並非像納瓦比想像的那樣是因為人體炸彈而死，卻又不多說。自以為可因此活命的西塔，仍陣屍河道。柏林見到雷丁頓很驚訝，更讓他吃驚的是雷丁頓帶來了他一直以為已死亡的女兒佐伊。
第二季第8集四個月前，伊莉莎白把受傷的湯姆秘密送到一艘停靠在岸邊的廢棄軍艦上，由軍艦的看管人史蒂文負責看守。史蒂文原本是米拉的線人，願意幫伊莉莎白找到謀殺米拉的原凶柏林。在這幾個月里，湯姆幾乎把知道的都說了出來。雷丁頓從佐伊那知道柏林的原名是米洛斯·基爾霍夫。此時米洛斯看著女兒佐伊，不知道說什麼好。現在他也知道雷丁頓的話是對的，自己被人利用了。現在米洛斯和佐伊兩廂映證，米洛斯入獄收到“女兒”屍骨，仇恨被引向雷丁頓；而佐伊被人以避免受她父親迫害為由逃出蘇聯。這個人被稱為“十二月黨”。雷丁頓決定與米洛斯一起尋找這個十二月黨。廢棄軍艦上，史蒂文不同意伊莉莎白放走湯姆，擔心湯姆被FBI發現後，伊莉莎白和他自己都免不了牢獄之災。此時港務局長尤金按到舉報，有人非法闖入，因此上船查看。伊莉莎白順著口風自稱就是前來搜捕逃犯，打發走了滿腹狐疑的尤金。尤金還是在伊莉莎白離開後，趁史蒂文疏忽進入廢棄軍艦，發現了被囚禁的湯姆。伊莉莎白得知雷丁頓居然要與柏林合作，非常氣憤。雷丁頓告訴她，“十二月黨”才是真正的幕後黑手，才是殺死米拉和傷害庫珀的真兇。FBI通過調查柏林提到的當年一起刺殺蘇聯保守派領導人的爆炸案，發現製造爆炸的嫌疑人是一個叫基里爾·莫羅佐夫的人，原克格勃，現俄羅斯財政部長。此人可能就是“十二月黨”，但法務部否決了FBI對國外政要進行調查的要求。庫珀對法務部的決定很不滿，於是暗示伊莉莎白把這個信息告訴雷丁頓，進行非官方調查。雷丁頓得到訊息後，立刻與柏林啟程前往莫斯科。伊莉莎白接到史蒂夫的電話，立刻趕到關押地點。港務局長尤金已經被史蒂夫打傷，伊莉莎白想放走尤金，再轉移走湯姆。但史蒂夫怕港務局長會報警，湯姆也認為這么做只會讓伊莉莎白進監獄。湯姆為了向伊莉莎白表明自己還關心她，殺死了港務局長。伊莉莎白想上前阻止，卻被史蒂夫擋住去路。情急之下伊莉莎白拔槍射穿史蒂夫的腳，卻也沒能救下尤金。雷丁頓和柏林在酒店裡劫持了莫羅佐夫，他承認是有人授意自己製造爆炸並誣陷雷丁頓，這個人就是菲奇，真正的“十二月黨”。雷丁頓萬萬沒想到，這個與自己合作或者說相互利用的人，居然會是整個事件的幕後黑手。他一定要趕在柏林之前找到菲奇。還在會議中的菲奇看到雷丁頓送來的緊急暗號，立即離席與雷丁頓見面。菲奇承認，當年雷丁頓失蹤前偷走了對他和利益集團不利的信息，因此而派了很多殺手要除掉雷丁頓。但在雙方達成互不干涉協定後，菲奇要求那些殺手暫停行動，只有柏林被仇恨所困，拒絕執行暫停命令。現在知道真相的柏林誓要殺死菲奇，但沒有菲奇的保護，一向支持剷除雷丁頓的其他利益集團就會找人幹掉雷丁頓。現在兩人就像拴在一根繩上的螞蚱。可菲奇還是被冒充國安局人員的柏林手下綁架。正在行動小組調查時，已經知道湯姆情況的雷丁頓找到伊莉莎白，認為她仍對湯姆心存愛意。但現在不是追究這些的時候，雷丁頓想知道湯姆有沒有交待過柏林曾經的安全房及聯繫人的所有信息，想藉此找到被綁架的菲奇。在目前情況下，伊莉莎白只能與湯姆達成協定，釋放湯姆，湯姆則通過內部聯絡方式取得安全屋的地址。為了安全，伊莉莎白找來了萊斯勒。湯姆通過電話聯絡後，把安全屋地址交給伊莉莎白，自己則消失在街頭。萊斯勒雖然很糾結，但也沒有阻止。FBI突襲柏林的安全屋，救出了菲奇，但菲奇的脖子上已被套上一個很複雜的炸彈。出於安全考慮，菲奇被送到黑牢的貨櫃式監禁室內。為了解除炸彈，雷丁頓利用佐伊引出了柏林。但柏林並不知道解除炸彈的方法。自知命不長久的菲奇，讓仍在努力的拆彈人員退出監禁室並要求在無監控的環境下與雷丁頓交談。庫珀關閉了監禁室的監控監聽設備。隔著監禁室大門，菲奇告訴雷丁頓，自己努力說服了其他人延遲對付雷丁頓，但那些人懷疑雷丁頓手裡並沒有能鉗制他們的“支點”，認為雷丁頓一直是在虛張聲勢。菲奇建議雷丁頓與米徹姆和霍布斯談談，或許能改善情況。最後菲奇稱有一個保險箱，密碼是83044，自己妻子的生日。正在說地址時，炸彈爆炸，血污濺滿大門。憤恨的雷丁頓與柏林飲盡一瓶伏特加後，對著柏林當胸幾槍，也算是為自己、為伊莉莎白、為米拉討了個公道。伊莉莎白向雷丁頓坦白自己根本無法下手殺死湯姆，雷丁頓安慰她，理解愛情是無法控制的。但伊莉莎白不知道，湯姆沒有說自己與雷丁頓之間的事。雷丁頓為湯姆提供了出逃用的新身份，條件是湯姆不再與伊莉莎白見面。
第二季第9集香港媒體報導，FBI的頭號通緝犯雷丁頓因一起謀殺案在香港被捕，並被引渡回美國。而此時雷丁頓已經被送到白令海峽某處偽裝成石油平台，代號為“工廠”的秘密監獄。伊莉莎白相信，雷丁頓故意暴露自己被捕，一定有目的。庫珀認為，雷丁頓敢進這個號稱“間諜屠宰場”的頂級監獄，一定是為了聯繫某個監獄裡的人。雷丁頓見到典獄長，稱一名叫盧瑟·托德·布拉克斯頓的囚犯計畫越獄，同時他會竊取一份機密情報數據包，裡面包括威脅國家安全的重要情報。但典獄長並沒在意，只向上級匯報，未採取防範措施。行動小組還在進行調查時，盧瑟已經在內奸的協助下開始了越獄行動。控制住看守室後，打開其他監室，放出自己的同夥，進而全面控制監獄。此時伊莉莎白等人已乘直升機到達“工廠”，想從雷丁頓處得到更詳細的情報。飛機剛著陸，萊斯勒和納瓦比就淪為盧瑟的階下囚，伊莉莎白僥倖逃脫。談判專家失敗後，庫珀只能親自與盧瑟對話。伊莉莎白潛入監獄，正好撞到雷丁頓。雷丁頓告訴伊莉莎白，盧瑟的目的就是為了取得“支點”。支點是一份勒索檔案，能證明一些一直處在幕後的利益集團的存在。如果檔案被公開，一些權貴就會下台甚至被處決。監獄裡有支點的重要線索，雷丁頓就是來阻止盧瑟的。伊莉莎白想幫助雷丁頓，卻被拒絕。雷丁頓要求伊莉莎白馬上乘直升機返回，自己想法營救萊斯勒和納瓦比。倔強的伊莉莎白同樣拒絕了雷丁頓，堅持要先救出搭檔。雷丁頓在監獄裡找到幾個可以幫助自己的熟人，分析下來盧瑟一定會去伺服器機房查找信息。要阻止他就得從通風管爬進機房邊的鍋爐房，再修改程式，讓鍋爐超載炸毀機房。但盧瑟也已經在監控系統發現了雷丁頓等人。盧瑟聯繫上庫珀，索要監獄危急情況下由中情局主機自動生成的救援代碼。有了這個代碼盧瑟就能自由進出監獄的任何地方及訪問監獄伺服器，通過伺服器就能登入政府網路，獲取自己想要的情報。雖然知道代碼的重要性，但庫珀還是為了納瓦比的性命，說出了代碼。盧瑟立刻派人登錄伺服器侵入了網路。這次事件發生，也讓那些利益集團發現雷丁頓並沒有“支點”，完全不用再害怕他。最後，他們做出決定，摧毀“工廠”。既能除掉雷丁頓，又能防止支點泄露，一舉兩得。隨後兩架F-22從基地出發，飛向“工廠”。此時鍋爐房內，為了讓鍋爐超載必須要手工操作，直到鍋爐達到得需壓力，但操作人只有十幾秒時間逃離爆炸範圍。其他人都不願意，只有伊莉莎白和雷丁頓來操作了。他們一邊操作，雷丁頓一邊告訴伊莉莎白自己的處境，還稱沒有伊莉莎白，盧瑟就得不到“支點”。伊莉莎白來不及細問，就被盧瑟的人發現。在槍林彈雨間，雷丁頓完成了最後幾步操作。鍋爐房發生爆炸，伺服器被毀。隨後趕來的盧瑟手下抓住了伊莉莎白，將她帶去見盧瑟，卻沒發現昏迷倒在廢墟里的雷丁頓。清醒後的雷丁頓在典獄長室找到槍械，隻身穿過已經完全去控制的監獄區，營救伊莉莎白。任務失敗的盧瑟不想多糾纏，派人去攔截雷丁頓，並通知處死所有人質。雷丁頓一路殺來，打傷盧瑟，救下伊莉莎白。盧瑟對雷丁頓說自己知道20年前發生的事，知道那場火災和那個女孩。突然盧瑟意識到雷丁頓很在乎眼前這個女人，可能她就是20年前的那個女孩。此時，F-22到達“工廠”上空，發射兩杖飛彈。“工廠”陷入一片火海。
第二季第10集“工廠”里一片狼籍。爆炸讓萊斯勒掙脫束縛，打跑看守，救下了納瓦比。雷丁頓從瓦礫中爬了出來，伊莉莎白卻已經被盧瑟帶走。直升機上，伊莉莎白聽到盧瑟所說的話，才知道自己腦袋裡有盧瑟想要的東西。直升機在阿拉斯加的一家醫院降落，FBI隨即監測到該飛機從“工廠”到醫院軌跡，立即要求空軍司令部派人確認。確認的確為盧瑟的人馬後，庫珀命令獲取該地區所有監控攝像頭的控制權。同時海岸警衛隊也收到“工廠”里雷丁頓通過無線電發出的求救信號。求援飛機立刻前往救助倖存者。盧瑟把伊莉莎白帶到自己的地盤，動用水刑拷問“支點”下落，仍一無所獲。但盧瑟並沒有死心，他相信伊莉莎白是被人封閉了部分記憶。為此，盧瑟綁架了曾消除過自己記憶的神經科醫生塞爾瑪·奧查德的兒子，脅迫她去恢復伊莉莎白的記憶。此時雷丁頓用搜繳來的手機聯繫上盧瑟，警告他及時收手。盧瑟得意忘形的稱會把伊莉莎白腦子裡的記憶挖出來。掛斷電話後，雷丁頓立即讓FBI調查所有與盧瑟有過接觸的精神類專業人員。利益集團的首腦們對這次行動失敗非常懊惱，幾個關鍵人物都還活著，只能讓官方宣布是某營地遭敵方襲擊，起因是雷丁頓被轉移至該營地且現已失去雷丁頓行蹤。同時他們也派出支人馬尋找“支點”。等萊斯勒和納瓦比回到FBI，阿蘭姆也已經查到塞爾瑪醫生的信息。根據記錄，塞爾瑪醫生曾幫盧瑟消除過記憶，以治療戰爭創傷。萊斯勒和納瓦比趕到醫生家中，發現塞爾瑪和她的兒子已經失蹤，也找不到任何他們去向的線索，只能在目擊者提供的大致方位進行搜尋。雷丁頓也在尋找盧瑟的蹤跡。他招集了盧瑟的所有線人、合伙人，威脅他們在接到盧瑟求助時要立即與自己聯繫，否則就取他們的性命。塞爾瑪醫生已經開始使用催眠加藥物的方式，嘗試提取伊莉莎白26年前那場火災的記憶。看到伊莉莎白痛苦的模樣，塞爾瑪除了說抱歉，其他也無能為力。在自己記憶里，伊莉莎白看到4歲時的自己在火災當晚躲在衣櫥里，外面隱隱傳來爭吵的聲音，似乎有人在找“瑪莎”。伊莉莎白走出衣櫥，隱約看到自己的父親。但隨著情緒越來越激烈，伊莉莎白的心跳、血壓也越來越高。塞爾瑪醫生不得不注射鎮靜劑，暫停實驗。萊斯勒從目擊者處得知盧瑟曾找過兩名醫學院的學生。而雷丁頓則從線人處得知盧瑟要找一個偏僻的地方與某人見面，線人也提供了地址。盧瑟要求晚上九點前得到伊莉莎白所知道的事情。塞爾瑪只能繼續實驗，伊莉莎白也想通過實驗知道火災當晚到底發生了什麼。記憶中，伊莉莎白只感覺到有人在為“支點”爭吵。與盧瑟見面的人正是利益集團的代表。盧瑟答應在九點前將“支點”交給他們，但為了報復之前受飛彈攻擊，價格增加了10%。見面結束，盧瑟走出來看到早已等著他的雷丁頓。在嘲笑了盧瑟不聽勸告後，雷丁頓叫盧瑟上車，帶自己去藏匿伊莉莎白的地點。萊斯勒和納瓦比也找到了為盧瑟提供精神藥物的醫學院學生，對方交待出送藥地點。正要出發去救人時，已先行找到伊莉莎白的雷丁頓打電話，讓萊斯勒帶人去解救塞爾瑪被綁架的兒子。沉浸在記憶中的伊莉莎白想去看看房間裡是誰在與父親爭吵，卻被雷丁頓的聲音阻止。掙扎中只聽到一聲槍響，隨後就是對大火的記憶。大火中，童年時的伊莉莎白拎著一隻玩具兔子，看到父親倒在血泊中，幾個人匆忙離開，其中一人正是雷丁頓。塞爾瑪的兒子被及時解救，送回母親身邊。清醒後的伊莉莎白，醫護人員檢查下來並無大礙。伊莉莎白知道雷丁頓當晚在場後，認為雷丁頓接近自己、關心照顧自己是另有居心，不願再理會雷丁頓。與盧瑟見面的利益集團代表回家，看到掛在吊燈上盧瑟的屍體。雷丁頓以此警告利益集團們不要輕舉妄動。而塞爾瑪在事後告訴伊莉莎白，從她的經驗來看，以前有人想禁止伊莉莎白對火災時的記憶。能說出真相的人，只有那個想讓伊莉莎白忘記真相的人。伊莉莎白回家翻出小時的物件，希望喚回記憶，卻在珍藏多年的小兔玩具里發現了一個晶片。
第二季第11集伊莉莎白對雷丁頓不理不睬，不接電話不看簡訊。雷丁頓只能自行找上門。一名在烏茲別克斯坦偽裝成神父的CIA探員伯克被綁架，綁架者正是雷丁頓的熟人，魯斯蘭·傑尼索夫。魯斯蘭領導著一批分離派份子，以綁架外國企業的高級管理人員換取贖金，資助自己的分離事業。但最近魯斯蘭屢次破壞之前的承諾，讓雷丁頓和他背後的利益集團遭受損失。因此這一次雷丁頓幫美國政府救人，FBI幫雷丁頓除掉這個眼中釘。對於此事，庫珀不得不在法務部的幫助下與CIA負責人溝通，但CIA的海沃斯否認被綁架的神父是CIA探員。因涉及到美國公民，為此法務部授權行動小組全面負責調查和談判工作。伊莉莎白和萊斯勒前往烏茲別克斯坦，到機場迎接他們的是崑山司令。但崑山司令非常不友好，禁止兩人與魯斯蘭交涉，還必須交出武器。在酒店，伊莉莎白驚訝的看到雷丁頓。雷丁頓主動到此提供幫助，並催著伊莉莎白等人回房間梳洗。可伊莉莎白和萊斯勒剛進電梯，背後的牆被打開。魯斯蘭的手下給兩人戴上頭套，拖入秘密通道。魯斯蘭的營地內，魯斯蘭向兩人控訴美國安尼卡石油公司污染環境，害死數百人，讓更多的人生病。但當地政府、美國大使館都不管不顧，石油公司代表甚至否認污染環境。為此魯斯蘭綁架了該公司的一名副總經理，將他泡在受污染的水裡。現在讓伊莉莎白將這個全身潰爛的人帶走，一是表示誠意，二是向世人說明真相。FBI查出，安尼卡公司的確有這名副總，但公司並未上報其失蹤。醫院裡，安尼卡公司的公關代表迪恩找到萊斯勒。迪恩稱公司並沒有責任，所謂的泄漏、污染，是魯斯蘭想藉此敲詐罷了。另一邊崑山司令因為伊莉莎白私自接觸魯斯蘭而與伊莉莎白發生爭執，還命令手下將伊莉莎白和萊斯勒軟禁在酒店裡。雖然有士兵看守，伊莉莎白和萊斯勒仍通過電梯後的暗道與魯斯蘭見面。伊莉莎白告訴魯斯蘭，美國當局與安尼卡公司交涉後，安尼卡公司願意談判解決問題。魯斯蘭聞言，說已經找了專人代表自己。此時雷丁頓出現，並裝作不認識的樣子與伊莉莎白和萊斯勒打招呼。FBI內，庫珀向法務部匯報了目前的情況，並根據伊莉莎白講述的時間、地形分析出魯斯蘭營地的地點。一旁的海沃斯認為應當立刻進行突襲，卻被庫珀以破壞雙方信任及危及現場探員為由否決。法務部也同意庫珀的意見。晚上，通過秘道回到酒店的伊莉莎白接到自稱馬丁·威爾克斯特警探的電話。對方稱在調查港務局長失蹤一案，伊莉莎白以機密為由掛斷了電話。在伊莉莎白和雷丁頓商量談判事宜時，CIA違反了法務部的命令，讓崑山司令對魯斯蘭的營地發動襲擊。雖然在雷丁頓的提醒下人質已經早已轉移到其他地方，讓突襲行動失敗，但十幾名手下死亡還是惹怒了原本想談判魯斯蘭。怒不可遏的魯斯蘭差點為了泄憤而殺死CIA人質伯克，幸虧雷丁頓勸他打消了念頭，甚至勸魯斯蘭眼光放長遠，成為一個帶領國家走出困境的人。正在伯克慶幸撿回一條命時，雷丁頓卻審問起伯克有關扎彬的事。雷丁頓知道用宗教作偽裝是違反CIA內部規定的，而CIA明知故犯，一定是為了保護更重要的人里歐尼德·扎彬，前內閣部長。伯克交待，是扎彬在統治這裡時給了安尼卡公司建設輸油管的特權，為此他獲得了大量佣金和部分輸油管的所有權。此人兇殘、邪惡卻又非常虔誠。於是雷丁頓和魯斯蘭在教堂抓住來懺悔的扎彬，逼問出安尼卡公司得到特權的具體細節。酒店裡，伊莉莎白和萊斯勒被崑山司令派人軟禁在房間裡。一直惴惴不安的伊莉莎白，忍不住告訴了萊斯勒港務局長失蹤的所有細節。她卻不知道，馬丁警探已經找到了當時看管湯姆的史蒂文。史蒂文經不住警察盤問，交待出藏匿屍體的地方。在取得安尼卡公司新罪證後，雷丁頓約伊莉莎白重新開始談判，但要求帶上安尼卡公司的公關代表迪恩。談判桌前，扎彬供述了1988後安尼卡公司在修建第一條輸油管時，為了利益，不等全部完工就開始運營，給沿線村莊帶來災難性後果。蘇聯解體烏茲別克自治後，安尼卡公司賄賂扎彬掩蓋這些罪證，新建另一條輸油管並摧毀第一條輸油管存在的所有證據。迪恩還想狡辯，卻在扎彬提供的原始資料前啞口無言，只能提出給予賠償。但雷丁頓則要求安尼卡公司和他們的輸油管離開烏茲別克斯坦。最後安尼卡公司為了避免醜事被公開，只能在烏境內一家酒店召開新聞發布會，公開宣布終止在當地的管道運營項目。仍不死心的CIA，打算在魯斯蘭釋放伯克時刺殺魯斯蘭。當伊莉莎白和萊斯勒在指定地點從魯斯蘭和雷丁頓手裡接收伯克時，CIA的狙擊手正潛伏在附近灌木中等待行動命令。正當海沃斯要下令時，庫珀衝進他的辦公室，警告他，如果現場探員出了任何事，法務部將會介入此事。海沃斯雖然一直想除掉魯斯蘭，壓制CIA利用宗教偽裝保護扎彬的事，但現在也不得不取消行動命令。
第二季第12集伊莉莎白應約在車管所找到雷丁頓。雷丁頓告訴伊莉莎白，車管所里的一位叫格倫·卡特的朋友，表面是公務員，他的副業是尋找人或物。雷丁頓提到賈斯汀·肯揚。伊莉莎白知道這人是個利用宗教宣揚歪理的傢伙，但他花巨資聘請高級律師，讓政府部門也拿他沒辦法。雷丁頓透露，肯揚除了是個邪教頭目外，他還利用國家劃撥的保護區建造秘密地下室，為犯罪集團提供倉儲服務。這才是他巨額資金的來源。但現在肯揚突然失聯，貨主都無法聯繫到他，這讓很多危險份子非常緊張。伊莉莎白走後，雷丁頓好不容易才進了格倫的辦公室。這一次雷丁頓要找艾倫·菲奇臨死前所說的保險箱。法務部出於宗教保護等政治因素考慮，拒絕了庫珀搜查肯揚保護區的要求。但一輛停靠在州際公路的車輛爆炸導致兩名巡警死亡，改變了事態發展。FBI調查到該車識別號與肯揚教堂註冊的車輛一致，而車牌是從肯揚圍場不遠處的停車場偷的。同時查到另一組在該區域失竊的車牌，正掛在一輛駛向華盛頓的汽車上。因此法院批下搜查令，對肯揚的保護區進行搜查。庫珀命令伊莉莎白和萊斯勒前往肯揚圍場，納瓦比則去追查嫌疑車輛。伊莉莎白和萊斯勒帶隊進入肯揚圍場。慢慢靠近中心的教堂時，發現教堂門被從外面鎖住。開門沖入教堂，裡面一片血腥。成年信徒被屠殺，肯揚本人和女孩們卻不見蹤影，只找到一個倖存女孩。對地下室進行搜查，裡面已經被清空，很多軍火和炸藥失蹤。伊莉莎白發現倖存女孩一直在緊張的看著樹林，說樹林裡有“守望者”。另一處，警方已經發現了嫌疑車輛。納瓦比用望遠鏡遠遠看到，駕駛室內只有一個孩子。於是她不顧警方勸阻，獨自走到車輛邊。在納瓦比溫柔的言語下，孩子放下了手中的引爆器。車管所的格倫通過調查艾倫的現金走向，終於找到艾倫在俄羅斯聖彼得堡買的一幢公寓。在公寓的油畫後，雷丁頓找到了保險箱。保險箱裡只有一個電話號碼。納瓦比將孩子帶到FBI。此時肯揚教堂的屍檢報告已經完成，報告顯示死者死因為捅死、勒死、踩死、毆打，很可能是出於報復。同時，一名前邪教成員道恩·維斯頓看到電視，認出車裡的孩子是自己的兒子。納瓦比與道恩交談後了解到，肯揚為了控制圍場裡男孩的數量，每年一月第一次滿月時都會放逐一名男孩到森林裡生活，這被稱為“叢林流浪計畫”。但本想讓男孩死在樹林裡的計畫卻造就了一批更強大的叢林“守望者”。守望者們認為賈斯汀·肯揚已經背叛初衷，應由他們接手，繼續完成原本的進入天堂清洗罪惡的使命。伊莉莎白的車輛遭到守望者襲擊。隨行警官死亡，伊莉莎白、倖存女孩和萊斯勒被抓。納瓦比向雷丁頓求助。雷丁頓找到地下室庫存清單里一個存放飛彈的貨主，從她手裡購買了飛彈激活碼。激活飛彈後，從飛彈前錐體攝像機接收到影像，並收到飛彈的GPS數據。此時,在守望者的基地里，賈斯汀·肯揚的兒子大衛，第一個被放逐到森林裡的孩子，正在譴責父親肯揚背叛信仰。伊莉莎白詢問萊斯勒等人的情況，趁人不備偷偷掙脫繩索，在萊斯勒的配合下搶到槍，鎮住了這群稚氣未脫的“守望者”。FBI也隨後趕到控制了整個營地。等伊莉莎白找到肯揚時，他已經被大衛殘忍殺死。大衛逃到營地里一輛裝滿炸藥的貨車上，威脅其他人不許靠近。在伊莉莎白的勸說下，大衛正準備放下引爆器，卻被另一個虔誠的“守望者”槍殺。那人也死在FBI的亂槍之下。案子結束，伊莉莎白想告訴雷丁頓，他在肯揚處存儲的物品都已充公。但雷丁頓並沒有接這個茬，反而是給了伊莉莎白一把新寓所的鑰匙，希望她不要再住汽車旅館。但伊莉莎白並不領情。其實，雷丁頓不關心肯揚地下室的貨品，他真正要的是教堂講台下密室里的那個公文箱。之後，雷丁頓撥打從保險箱裡得到的電話，想知道對方到底是什麼人。
第二季第13集伊莉莎白在課堂上講述一個仍未破案的連環殺手案子，通過兇手的行為分析出兇手的性格。此殺手十幾年來，在黑夜用弩箭獵殺了12名成年男性，開膛破肚取出內臟，最後在肝臟上咬下一塊作為個性標記。被稱為獵鹿人。雷丁頓在公用電話與艾倫保險箱裡電話號碼的神秘人約好面對面交談，定下時間後電話掛斷。伊莉莎白也正好按雷丁頓的要求趕來，但態度冷淡，一副只談公事的樣子，對“支點”的事只說不知道。但雷丁頓看得出伊莉莎白在隱瞞一些事，於是提出交換條件，幫助伊莉莎白解決連環殺手的案子。雷丁頓認為這名殺手是女性，研究此案多年的伊莉莎白並不認同，各自保留意見。伊莉莎白和萊斯勒隨後到鑑證科了解屍檢情況，卻抓到一個偷拍屍體照片的人。此人對連環殺手很痴迷，對此案也有研究。他認為，兇手殺害之前六人的手法在逐漸進步，但之後六人在手法技術上卻是完全一致。所以現在的兇手只是一個模仿者。這一點對伊莉莎白很有啟發。調查港務局長失蹤案的馬丁警探再次打來電話，聲稱已找到薩繆爾·阿列克，化名史蒂文。阿列克已交待當天港務局長被殺的仔細情節。目前已準備交聯邦法官裁定是否審理這個有關“國家機密”的案件。伊莉莎白知道，此事恐怕無法再隱瞞下去。雷丁頓想暗中幫伊莉莎白解決此事。但押送阿列克的時間與神秘人約定的時間衝突，這讓雷丁頓很頭痛。最後雷丁頓還是選擇幫伊莉莎白。在阿列克被押送監獄的途中，看守讓雷丁頓與阿列克見面。雷丁頓用阿列克弟弟提前移植和大筆安家費，換他閉嘴。在伊莉莎白心神不寧時，萊斯勒找到案件的突破口，對比受害者肝臟咬痕大小，的確發現前六起的咬痕比後六起要寬。可以斷定之後六起兇案是模仿者所為。此時又有一起同樣手法的兇案發生，伊莉莎白從受害者妻子瑪麗異樣的表情看出她有所隱瞞，遂故意說出現在的兇手是在模仿以前兇手作案，對她形成心理壓力。納瓦比對後七起的死者進行調查，發現這七人都對身邊的女人有過暴力行為，很可能是某人在保護這些女人。再深入調查發現這些女人都找過一家援助組織。在伊莉莎白和萊斯勒到該組織負責人的辦公室了解更多情況時，辦公室外的會計特蕾西·索羅伯特肯顯得很不安。瑪麗果然越想越擔心，受不了壓力，主動要求與伊莉莎白交談。但在伊莉莎白趕來前，特蕾西先到了瑪麗家中。瑪麗本想搪塞過去，但特蕾西看到窗外趕來的伊莉莎白和萊斯勒，知道瑪麗要出賣自己，氣憤之下用砧板打暈了瑪麗，並從後門逃跑。按門鈴沒有回應，萊斯勒從前門進屋內查看情況。伊莉莎白到後門查看時看到不遠處的特蕾西，立即追上前，卻被躲在暗處的特蕾西打暈。伊莉莎白醒來時，已被特蕾西吊在車庫裡。阿蘭姆也查到了特蕾西的情況，她的丈夫是第一個被模仿者殺死的受害者，其本人目前也在援助組織里擔當會計，有機會了解受害女性的情況。在車庫裡，特蕾西也講述了丈夫童年生活對丈夫的傷害，造成丈夫變態性格，對自己非打即罵。在一次意外發現丈夫在車庫裡解剖人時，她才知道丈夫就是電視裡說的獵鹿人。秘密敗露的丈夫想滅口，卻被特蕾西用弩箭殺死。之後特蕾西就決定用獵鹿人的手法，為受家暴折磨的女性維權。說完這些後，特蕾西準備殺死伊莉莎白。伊莉莎白趁特蕾西走近，突然用腿夾住特蕾西的脖子。掙扎中，萊斯勒帶隊趕到特蕾西家。大難不死的伊莉莎白認為港務局長的死和自己有很大關係，決定告訴馬丁警探事情真相。萊斯勒卻並不認同，他認為如果伊莉莎白坐牢，行動小組解散，黑名單上的人繼續逍遙法外只會造成更多人、更多家庭受傷。為了彌補對一個人的愧疚，這樣的代價太大。而馬丁警探現在也在為阿列克的翻供頭痛不已。阿蘭姆受雷丁頓委託，私下對公用電話進行了追蹤，查到一處地址。雷丁頓本想彌補錯失的與神秘人見面的機會，可趕到那裡卻只看到空蕩蕩的屋子，一張翻倒的沙發和地上幾灘血漬。再次撥打電話號碼，沙發下一個被遺棄的電話鳴響起來。雷丁頓與伊莉莎白見面，先是責怪她獨自一人去追兇手，身犯險境的行為很不明智。隨後承認獵鹿人的問題上，伊莉莎白最初是對的。伊莉莎白知道這事上大家各對一半。冰釋前嫌後，伊莉莎白告訴了雷丁頓自己找到了“支點”。但用支點換更多童年真相的提議，被雷丁頓拒絕了。
第二季第14集脫離伊莉莎白囚禁的湯姆重新找到自己曾經的導師布特，他當年將還是街頭混混的湯姆培養成聰慧、狡黠的特工人才。現在湯姆只想隨便找個臥底工作，讓自己忘記伊莉莎白。布特給了他一個在德國的任務。雷丁頓在汽車旅館找到伊莉莎白，稱曾經要伊莉莎白協助在敘利亞大使館偷雕像的瑪德琳·普拉特被綁架。雖然這個女人當時讓伊莉莎白和雷丁頓身陷險境，但雷丁頓與她微妙的關係以及綁架者的身份，使雷丁頓對此事非常感興趣。綁架者是一個沒落的皇族，厄爾國王和他的兩個兒子泰勒王子和弗朗西斯王子。他們通過綁架、盜竊特定人和物，並找特定買家拍賣。不同的是每次拍賣後，兩個兒子都要分別計算自己的交易金額。金額少的人必須進行一次“俄羅斯輪盤”，以此激勵兩人更努力的尋找交易目標和對象。瑪德琳得罪過很多人，一定會有人出大價錢買她，這就是她被綁架的原因。如果破獲這個案子，就能解決更多懸而未決的綁架案和盜竊案。雷丁頓提供了一張少年自拍時無意中拍到的瑪德琳被綁架照片。阿蘭姆通過綁架者的紋身確認了其身份，但他的檔案被法務部凍結。庫珀找到法務部的好友湯姆·康諾利，但康諾利卻旁敲側擊的讓庫珀透露些訊息給自己一位涉嫌醫療欺詐的朋友，以免他受到起訴。伊莉莎白查到綁架者的藏身處。雷丁頓趕到時發現綁架者已經死亡，瑪德琳與弗朗西斯和一群槍手同時出現。這時雷丁頓才意識到自己又被瑪德琳騙了，自己才是真正的綁架目標。行動小組從鄧比處得知雷丁頓被綁架，但卻不知道拍賣會的地點。伊莉莎白認為應當從拍賣的物品找到潛在的買家，從買家處得到拍賣會的信息。經過調查，一名俄羅斯寡頭很可能會來買一幅被盜的梵谷作品，因其本人在禁飛名單，所以有一名代理人約瑟芬·沙利文到達了美國。伊莉莎白決定冒充約瑟芬參加拍賣會。酒店裡，伊莉莎白對前台說出約瑟芬交待的暗號後，在前台的安排下乘電梯到指定房間。卻沒想到電梯直接到了地下車庫，所說的房間號其實是車位號。這讓監視保護伊莉莎白的萊斯勒和納瓦比撲了個空。車裡，伊莉莎白喝了點飲料後，沉沉的睡了過去，醒來時已經在一間豪華的房間，身上的衣服也已經被人更換。此時萊斯勒正在審問開車送伊莉莎白去拍賣會的司機，卻問不出任何訊息。庫珀得知約瑟芬在被關押期間，盡然被允許聯繫律師。這已經讓暴露伊莉莎白暴露了身份。情急之下，庫珀關閉監控，親自審問司機。庫珀稱自己患有腦瘤，時日不多，所以開槍殺人已經對他沒有什麼影響。在這種情況下，司機只能交待拍賣會地點。拍賣開始，本應只競拍梵谷作品的伊莉莎白居然參與了雷丁頓的競拍，最後被西非僱傭軍頭子亞巴里拍得，雷丁頓曾用地獄火飛彈轟炸他的營地以逼問柏林僱傭的賞金獵手。而伊莉莎白感覺周圍情況不妙，有幾個人在慢慢向自己靠攏，於是放棄競拍轉身離開了拍賣會。厄爾的手下四處搜尋伊莉莎白。伊莉莎白卻悄悄潛回來，擊斃了正打算處決雷丁頓的亞巴里。拍賣會結束，厄爾正在和兩個兒子結算拍賣金額。因伊莉莎白不僅沒有拍泰勒的油畫，還抬高了雷丁頓的拍賣價格，讓常勝將軍泰勒輸給了弗朗西斯。泰勒認為很不公平，但規矩就是規矩，只能將左輪手槍指著自己的腦袋。此時雷丁頓和伊莉莎白闖進屋內，讓泰勒放下槍。認為這種殘酷遊戲不應當存在的雷丁頓拿起泰勒的手槍，對著厄爾摳動扳機。沒想到六分之一的機率居然發生，一聲槍響，子彈命中厄爾的胸口。一旁的泰勒目瞪口呆。趕來的FBI，將所有參加拍賣的買家和泰勒等人抓拿歸案，解救被綁架的人，並繳獲大批被盜珍貴物品。根據厄爾的拍賣清單，可以追溯到很多被盜物品。但庫珀從法務部得知，一個醫療欺詐嫌疑人潛逃。這讓庫珀的內心興奮轉而變成愧疚。德國，原本溫文爾雅的湯姆，變成了一副打手模樣。在一次打架中展示了自己的身手，引起當地一個幫派頭目的注意。
第二季第15集一名聯邦助理檢察官組建了一個大陪審團，開始調查前港務局長尤金謀殺案。庫珀收到一張傳票，要求他去法院作證伊莉莎白當時在船上是辦理公事。庫珀問伊莉莎白當時具體為何事出現在船上時，伊莉莎白只回答是為了阻止柏林。這讓庫珀很不滿。為了不讓雷丁頓為FBI工作的事泄露出去，法務部只能提交動議，爭取撤銷此案的審理。但主審的登納法官是個政務公開的支持者，對法務部以國家機密為由秘密進行動議審查很不高興。法庭上，法務部的賴特女士以涉及國家安全為由，申請撤銷案件的審理。而馬丁警探一方的律師馬肯則以公民知情權進行反駁。雙方互不讓步的情況下，登納法官決定在內庭聽法務部門的解釋，以確定是否涉及國家安全並確定是否對案件進行公開審理。對賴特女士的反對，他完全不理會。在登納的辦公室，伊莉莎白宣讀誓辭後開始講述自己的經歷。從認識雷丁頓到殺死丈夫湯姆，行動小組偵辦的各種案件，黑名單、前罪案部領導人黛安可能是內奸、雷丁頓殺死繼父、支點等，但對船上的事伊莉莎白只說是為了找薩繆爾·阿列克做線人，且當時並沒有找到。庫珀隨後也在登納辦公室宣誓，但他為了保護伊莉莎白堅持說她是去辦公事。此時，雷丁頓提出調查一個綽號“校長”的人，此人擅長將頑劣的孩子培養成富有魅力，受過良好教育的人，為他從事危險而恐怖的事。庫珀不知道雷丁頓的為什麼堅持現在提這件事。其實湯姆就是校長的學生之一，雷丁頓想通過校長找到湯姆為伊莉莎白擺脫殺人罪名。要找到校長就要通過聯合國馬來西亞副部長馬特·克里希南，此人也是校長的學生，並且是販毒集團安插在聯合國的眼線。因為不能邀請聯合國官員來FBI與雷丁頓交談，納瓦比和萊斯勒只能綁架馬特。雷丁頓威脅馬特交待校長的下落，否則就向販毒集團舉報他已向官方招供。馬特知道販毒集團如果收到舉報，會不論青紅皂白殺死自己，只能帶雷丁頓找到校長。在雷丁頓的質問下，校長說出了湯姆的去向。仍不死心的馬丁警探又再次提審阿列克。阿列克仍堅稱不記得當時的情況，卻無意中說出自己挨了一槍。馬丁立刻派人到船上搜尋，果然從地板下發現一顆子彈。經鑑定，子彈是從伊莉莎白的手槍里發射出來，現場發現的血跡是阿列克的。這個證據提交給登納法官，就證明伊莉莎白說未見到阿列克是在撒謊，說明伊莉莎白在掩蓋殺死尤金的真相。
第二季第16集面對著登納法官拿出來的子彈及鑑證科報告，伊莉莎白仍堅持以前的說法，並堅稱自己沒有殺害港務局長尤金。登納法官見伊莉莎白拒不說出船上發生的事，心裡已經決定不顧法務部反對公開審理此案。FBI內，納瓦比和阿蘭姆聽到雷丁頓尋找湯姆·凱恩以解除伊莉莎白殺人嫌疑的計畫很詫異，除了萊斯勒，其他人都以為湯姆已經在幾個月前身亡。既然已經有辦法幫助伊莉莎白，大家就開始著手調查。從校長提供的線索來看，湯姆正潛伏在一個德國的販毒黑幫里。FBI在黑幫里沒有線人，只能由雷丁頓親自出馬，萊斯勒決定一起前往德國，找回湯姆。德國，雷丁頓從線人處得知湯姆正作為中間人為黑幫購買軍火，立刻讓萊斯勒與當地警方聯繫，帶隊到機場收繳剛剛運抵的槍械。供貨方失了貨物，雷丁頓則出面稱願意幫忙從海關取出貨物，但要高額的手續費。見供貨方似乎不敢惹購買貨物的黑幫，雷丁頓主動表示願意去和中間人及黑幫談判。FBI內，庫珀已經知道伊莉莎白對法官撒謊，為伊莉莎白辜負自己的期望而憤怒。當庫珀情緒激動指責伊莉莎白引出這一連串事情時，突然暈倒在地，緊急送醫搶救。在醫院裡，伊莉莎白從庫珀妻子沙琳口中得知，庫珀在上次柏林事件受重傷後查出腦部有一個惡性膠質瘤，目前正通過他朋友康諾利的關係參加一個特殊治療實驗。當晚，在交貨地點。中間人湯姆看到來交易的居然是雷丁頓和萊斯勒，大驚失色。雷丁頓告訴湯姆，伊莉莎白現在的情況。已經滲透進黑幫的湯姆不想輕易放棄已經取得的成果。雷丁頓見湯姆不肯回美國，索性向來取貨的黑幫說，湯姆介紹的供貨方早已被警方長期監視，所以湯姆要么是腦子有問題要么就是德國警方的臥底。湯姆此時百口莫辯，只能選擇逃跑。萊斯勒兩手空空的返回FBI，看來伊莉莎白躲不過牢獄之災。早上，登納法官出庭，正要宣布是否公開審理案件的決定時，法警趕來稱有突發情況，走廊里有一人聲稱自己是殺死港務局長的兇手。這一情況讓在座的眾人都吃了一驚。隨後法庭門打開，湯姆在法警的陪同下進入法庭，並在登納法官面前承認自己殺死了尤金。這個伊莉莎白一再聲稱已死亡的湯姆·凱恩出現，讓登納法官又生疑問。辦公室內，登納法官對湯姆進行了詢問，了解尤金被害時的情況。他看出湯姆真正愛上了伊莉莎白。但伊莉莎白並不能因此免罪，仍犯有綁架、騷擾證人、做偽證等罪名。此時，法務部的康諾利突然出現，指責登納法官無權秘密審訊涉及國家安全的案子，並強迫聯邦探員泄露國家機密，這些行為違反了間諜法案和愛國者法案。知道自己越權的登納，無言以對。回到法庭，憤怒的登納當庭指責了政府濫用保密法踐踏法制，但最後只能宣布取消對此案的審理。法庭外，伊莉莎白看到馬丁警探安慰著尤金的妻子女兒，也深感愧疚。醫院裡，庫珀已經清醒。醫生檢查後認為，試驗用藥物很有效果，腫留明顯縮小。此次發作是藥物的副作用及情緒激動造成的，並無大礙。妻子沙琳聞言，非常欣慰。在法務部的干預下，為了保護以雷丁頓為核心的行動小組，湯姆也被免罪並以新的身份生活。伊莉莎白和雷丁頓約好在大學圖書館見面。伊莉莎白變賣了雷丁頓送的公寓再加上自己的積蓄，為尤金的女兒提供獎學金，就讀該所大學。雷丁頓語重心長的告訴伊莉莎白，當她選擇守護這個小女孩時，將走上一條漫漫長路。一番話，讓伊莉莎白感覺雷丁頓也是出於同樣的原因，一直在默默照顧自己。
第二季第17集清晨，沙琳從睡夢中醒來，看到丈夫庫珀的行動比以前更利索，可見治療實驗非常的成功。湯姆則因為雷丁頓暴露了他的身份，不得不再次向校長求助。但沒想到校長卻想除掉他，還沒等校長下手，從德國趕來報復的販毒黑幫就抓住了湯姆。雷丁頓為伊莉莎白帶來了葡萄酒，作為生日禮物。在伊莉莎白感嘆年紀時，雷丁頓說出了一個長生不老的組織。這是一家私人企業，由科技大亨羅傑·霍布斯提供基金，致力於研究無限延長人類生命。昨晚一名被槍殺巡警旁的一輛貨車裡發現被肢解的屍體，雷丁頓認為就是這家公司在進行人體試驗後的廢棄物。伊莉莎白和萊斯勒在一幢很有科技風格的豪宅里拜訪了羅傑·霍布斯。羅傑介紹了長生不老組織的運營、研究情況。但對於貨車裡發現的屍塊，羅傑並不認為是該組織所為，也願意提供工作人員名單配合調查。康諾利找到庫珀，要求停止對羅傑的調查。但庫珀拒絕了，隨後就接到主治醫生萊溫的通知，說有關庫珀腦瘤藥物的試驗取消了。庫珀知道這是康諾利在背後搗鬼，想脅迫自己停止對羅傑的調查。法醫屍檢後認為幾具被肢解的屍體是死於精神類試驗，腦組織被注射了外來細胞。這幾個死者的大腦額葉都受過嚴重損傷，但損傷並非由試驗形成，而都是因為意外事故。其中一名死者就是從一家療養院失蹤，伊莉莎白和萊斯勒立刻趕往療養院調查。伊莉莎白了解到失蹤前，死者與另一名病人保羅在一起。保羅只顧玩自己的接龍遊戲，並沒有理會伊莉莎白。當被問及死者的情況時，保羅仍一言不發，只是抽出一張方塊K給伊莉莎白。伊莉莎白原本以為這是保羅老年痴呆的反應，但在看了進出門記錄里有一個“金皇冠”製藥公司的醫藥代表後，才知道保羅的意思。調查這名醫藥代表勞埃德·芒羅時發現，他今天沒有上班，且另一名受害者失蹤的當天，他也曾出現過。FBI遂抓獲勞埃德並從其身上搜出手槍，經鑑定就是殺死巡警的槍。勞埃德交待了是朱利安·鮑威爾醫生出錢讓他尋找和綁架有大腦額葉損傷的試驗對象，以及接送試驗對象的地點。FBI對該地點的實驗室進行了搜查，發現了另一名已死亡的試驗對象。在死者的大腦里發現被注射了燈塔水母的細胞。燈塔水母能在環境壓力和受到攻擊時會逆轉生長過程，再次變回幼體，因而能長生不死。鮑威爾醫生正是利用這個特點進行轉基因研究。對朱利安·鮑威爾醫生調查發現他在幾年前就沒有任何消費、醫療、納稅紀錄，似乎根本就不存在。他失蹤前效力的醫療公司的老闆正是羅傑·霍布斯。販毒黑幫劫持湯姆和校長到一處隱秘的房間，用酷刑威逼湯姆講出滲透入黑幫的目的。湯姆原本並不在乎酷刑，但伊莉莎白的名字被發現後，湯姆說出是為了調查黑幫策劃的一樁謀殺案的兇手。考慮到湯姆與FBI的關係，黑幫份子決定不再為難湯姆。在外逃亡的鮑威爾不聽從返回命令，這讓羅傑非常惱怒，決定除掉他。伊莉莎白和萊斯勒再次來訪，此時羅傑又不承認自己與鮑威爾醫生有任何關係。通過對鮑威爾實驗室電腦上數據的調查，發現有一份跟蹤了多年的大腦額葉受傷的病人資料。伊莉莎白認為這個叫利恩·麥格拉斯的病人是下一個受害者。但伊莉莎白錯了，利恩是鮑威爾的未婚妻。在伊莉莎白和萊斯勒趕到利恩所在醫院時，鮑威爾正要帶利恩離開一同逃亡，卻在後門碰到了早已等候的雷丁頓。等伊莉莎白發現利恩不在病房，趕到後門時，只看到雷丁頓的車疾馳而去。從醫護人員處伊莉莎白了解到，利恩因車禍大腦額葉受傷，當時開車的正是鮑威爾。原來鮑威爾並不是追求長生不老，而是想發現修復大腦細胞的方法，找回以前的利恩。雷丁頓雖然是受羅傑之託來除掉鮑威爾，但他另有目的，希望通過鮑威爾的研究讓伊莉莎白恢復記憶。鮑威爾帶雷丁頓回到自己與利恩曾經的家，告訴了雷丁頓自己真正的目的。但他多年來的試驗都失敗了，為了讓羅傑能繼續資助，就篡改了試驗數據。利恩不可能再恢復到以前的樣子，內疚的鮑威爾說完這些後吞槍自盡。羅傑對雷丁頓能製造出鮑威爾自殺的“假象”非常滿意，鮑威爾的死能讓羅傑不再受人體試驗的牽連。雷丁頓趁機提出，讓羅傑能幫自己一個忙。而伊莉莎白則對雷丁頓異常憤怒。雷丁頓承認讓伊莉莎白調查此案是為了找到鮑威爾，但實際的目標一直是羅傑·霍布斯。利用FBI給羅傑製造麻煩又幫他解決，這樣他就欠了雷丁頓一個人情，以後的某個時刻羅傑將會成為非常重要的朋友。羅傑的事完美解決後，康諾利再次承諾為庫珀找關係加入治療試驗。而校長不惜代價要除掉湯姆，無路可去的湯姆只能又找到了伊莉莎白。
第二季第18集湯姆想要回以前藏在地板下匣子裡的護照，重新開始新生活。但那些護照已經交證物室保管，伊莉莎白不願意再去碰它們。在兩人爭執時，雷丁頓的出現讓湯姆知趣離開。雷丁頓再次叮囑伊莉莎白不要再信任湯姆後，交給她一個案子。三名或被殺或入獄的前企業家，雖然官方報導上他們罪惡累累，但雷丁頓認為他們是被一個女人栽贓。這個女人會用很長的時間設計圈套，等目標中計後不僅捲走他的財產，還會毀掉他的名譽自由甚至生命。最近一次作案是一個叫德克蘭·塞林傑的投資家，被發現吸毒過毒淹死在浴缸里。鑑證科對死者電腦進行調查後發現，有筆巨額款項被划走。庫珀遂命令納瓦比去拜訪死者妻子，伊莉莎白和萊斯勒去找那三人中入獄的人談談。監獄裡，還在服刑的康威對伊莉莎白講述了自己的案子。一個叫克勞迪婭的臨時女工與他發生婚外情，掌握了他的密碼等信息。半年後克勞迪婭消失，客戶的錢被劃到空殼公司。而他的車上有打包好的行李，電腦上有他訂的飛往國外的機票，種種跡象都在證明他想卷錢逃跑。這一切都是克勞迪婭策劃好的，康威只是代人受過。律師也對克勞迪婭進行過調查，卻一無所獲。納瓦比則從塞林傑妻子處得到更多情報。塞林傑妻子曾找私家偵探跟蹤過自己的丈夫和情人幾個月時間，但是對那個女人仍一無所知，只取得部分指紋、一次性電話以及塞林傑手機里一些特寫自拍。阿蘭姆用照片技術把手機里的特寫照片進行合併，得到了一張女性的完整面部照片。再對指紋進行技術修復後查出這名女子叫瓦內薩·克魯茲。此時瓦內薩正在對她下一個目標開展行動，用自己女友艾比的身份勾引女友上司卡爾頓到旅店裡幽會，卻要求蒙住頭。收集到卡爾頓的指紋、毛髮後瓦內薩就離開了房間。雷丁頓與羅傑·霍布斯碰頭。最近他一直在為雷丁頓四處遊說利益集團代表，雖然有米徹姆的支持，但賈斯珀掌握了最關鍵的一票。投票結果將決定是否除掉雷丁頓。雷丁頓遂要求羅傑安排自己與賈斯珀見面。伊莉莎白和萊斯勒找到瓦內薩註冊的住址，其母親家。瓦內薩的母親卻說女兒早已死亡。在丈夫埃爾南多被發現做內線交易而自殺後，瓦內薩一直堅信丈夫是清白的。此後人們在海灘發現她的衣物，就再也沒人見過她。但她臨死前曾買了份保單，以確保母親生活無憂。納瓦比調查了保險公司開來的支票後發現這一個架子公司，與空殼公司不同的是，架子公司是罪犯一次性付清大筆費用後有人會保證該公司的最低成本運營，用以洗清各種非法交易，時間可長達幾十年。於是伊莉莎白請雷丁頓幫忙，找到這個維護架子公司的人。雷丁頓則趁機要求交換支點。不甘就此認輸的伊莉莎白又找到了湯姆，用湯姆的護照交換架子公司的情報。湯姆找到運營架子公司的人，取得瓦內薩的郵寄地址。萊斯勒立刻帶人搜查，除了各種假髮、服裝外，還找到按受害者姓名分類好的血液、唾液、毛髮等可以作為查案證據的物品。其中有一個叫德魯·羅伯茨的名字，萊斯勒記得他是受害者之一，與瓦內薩丈夫工作於同一家公司。萊斯勒深入調查後發現一些瓦內薩的受害者是當年栽贓給她丈夫的人。從康威處得知現在還剩一個人未受到懲罰，梅森·卡爾頓，那個瓦內薩女友的上司。卡爾頓再次收到“艾比”的邀請，雖然上次被放鴿子，但色心仍讓卡爾頓趕去酒店赴約。瓦內薩把收集到的卡爾頓的東西散布在艾比的公寓，再用卡爾頓的信用卡訂好酒店，等待卡爾頓上鉤。策劃好一出通姦女下屬發現上司貪污進化訛詐不成被上司槍殺的戲碼。但就在瓦內薩準備對應約來到酒店的女友艾比開槍時，伊莉莎白和萊斯勒已根據卡爾頓的信用卡訂房信息趕到了酒店。自知罪責難逃的瓦內薩放棄了計畫，從酒店邊門逃離。事後，卡爾頓以涉嫌謀殺埃爾南多·克魯茲被捕，FBI要繼續調查其他被瓦比薩冤枉的人。在庫珀想不通這個案子對雷丁頓有何好處時，雷丁頓已經把瓦內薩招募到麾下。雷丁頓在羅傑的安排下見到了肯尼斯·賈斯珀，勸他不要屈從於“主任”的淫威，自己很願意幫他奪得在利益集團聯盟里的領導權。但賈斯珀還是投向了“主任”，羅傑則被放逐出美國。投票結束後羅傑應當第一時間打電話通知雷丁頓結果，但他卻沒有，這讓雷丁頓識破了賈斯珀的假面具，決定追殺賈斯珀並與“主任”對抗。湯姆如願拿回自己的護照，他向伊莉莎白說出這些護照其實是雷丁頓提供的。伊莉莎白約雷丁頓見面，想知道湯姆是否是雷丁頓安插到自己生活里。在得到雷丁頓肯定的答覆後，傷心的伊莉莎白把找到的晶片交給了雷丁頓，以後不想再與雷丁頓聯繫，不想再繼續這種生活在謊言裡的日子。在雷丁頓試圖解釋時，遠處一聲槍響，雷丁頓應聲倒地。
第二季第19集伊莉莎白和鄧比把胸口中槍的雷丁頓拖上車。鄧比開車迅速離開，伊莉莎白打電話向庫珀求援。鄧比突然搶下伊莉莎白手機丟出窗外，給了另一部電話讓伊莉莎白撥特殊號碼找卡普蘭先生。卡普蘭先生立即召集平時潛伏在醫療部門的人，在一個隱秘倉庫搭建了移動手術室。雷丁頓在手術前叮囑伊莉莎白一定要找到倫納德·考爾。在伊莉莎白趕往倉庫時，布置暗殺任務的“主任”安排人手監視所有醫療機構。另一個神秘人通過科技手段黑進交通監控發現了伊莉莎白的去向，他叫倫納德·考爾，就是雷丁頓通過艾倫·菲奇保險箱電話號碼聯繫的人。當天他被人襲擊後死裡逃生，但也付出了兩根手指的代價。庫珀正為雷丁頓遇襲失蹤的事焦頭爛額，康諾利突然到來，稱可以動用全部資源幫助庫珀。隨後伊莉莎白打來電話，向庫珀匯報雷丁頓的手術地點、槍擊原由及要查找倫納德·考爾。庫珀和萊斯勒等人聽到所謂的秘密集團、支點，不敢相信這些是真的。FBI的系統里根本沒有倫納德·考爾的資料。從阿蘭姆當初提供給雷丁頓的地址找到房主，也找不到租客信息。從地板血漬情況分析考爾受了傷，再查找那幾天醫療記錄，發現一個帶著兩根手指急診的人有嫌疑。此人在看到急診室的警察後顧不上拿自己的手指，就匆匆離開。有兩名自稱聯邦探員的人趕到倉庫，稱已為雷丁頓準備好醫療直升機。可卡普蘭先生看到兩人佩槍不符合規定，知道是有人假冒，立刻開槍將兩人擊斃，但主刀醫師也被流彈擊中身亡。現在手術地點暴露，很快會有更多人來襲擊，而主刀醫師身亡，雷丁頓的情況不允許隨便移動。伊莉莎白陷兩難境地，最後只能向幾年前的一位醫師男友尼克求助。在搜尋附近倉庫準備搭建另一處手術間時，伊莉莎白碰到了住在倉庫里的湯姆。顧不得解釋，卡普蘭先生帶人開始醫療工作。尼克到達伊莉莎白所說的地址，為雷丁頓動手術。庫珀要求的特遣小隊到達原先地址時，已沒有雷丁頓和伊莉莎白的蹤影，只有三屍體。此時庫珀接到伊莉莎白電話，這才知道派出特遣小隊的華盛頓秘密行動處里很可能有內奸泄露了機密。這一次卡普蘭先生不再相信政府部門，直接調來了自己的武裝人員。但庫珀在法務部賴特和康諾利的施壓下，被迫透露了雷丁頓新的手術地點。FBI也對考爾遺留在急診室里的手指進行指紋比對，只查出考爾原名約瑟夫·麥克雷，前中情局職員在摩薩德工作。從考爾以前的一個同事處，庫珀知道考爾最近在與雷丁頓合作。倉庫里，子彈已經取出，雷丁頓轉危為安，但仍處於麻醉狀態。鄧比要伊莉莎白到一個小公寓取一隻公文箱，雷丁頓從肯揚圍場得到的公文箱。伊莉莎白找到公寓，屋裡有一些照片，其中一張母女的照片引起伊莉莎白注意，感覺似曾相識，於是用手機拍了下來，隨後找到鄧比所說的公文箱。當伊莉莎白拎著公文箱準備離開時，一直跟蹤她的考爾站在門口。回到屋內，考爾讓伊莉莎白相信他是在與雷丁頓合作。打開公文箱，裡面是類似解碼器一樣的設備，考爾設計了這套裝置。在考爾講解了其工作原理後，伊莉莎白拿出晶片插在接口上。考爾一番操作，公文箱裡的投影儀放映出很多機密視頻和檔案內容。伊莉莎白終於找到了支點。送伊莉莎白回倉庫的路上，考爾告訴她自己曾為艾倫·菲奇賣命，但“主任”不再信任菲奇。而“主任”則是國家秘密行動處的局長。此時已快到倉庫，伊莉莎白看到有一批人在集結，立刻叫考爾假裝路過，不要開進倉庫。隨後打電話給湯姆，通知倉庫里的人做好防禦準備。在向庫珀求援後，伊莉莎白要回倉庫幫忙，但考爾認為直搗虎穴才是最好的辦法。倉庫里的電源被切斷，眾人知道攻擊即將開始。果然不一會大批訓練有素、裝備精良的武裝人員衝進倉庫，雙方展開激烈的槍戰。同時中情局內，伊莉莎白衝進秘密行動處局長的辦公室，播放出支點檔案里的政治暗殺、恐怖行動等視頻。雷丁頓的人死傷慘重，處於下風。雷丁頓本人也被控制，命懸一線。此時襲擊者接到一個電話後，全部迅速撤離。伊莉莎白離開前，局長說了一句伊莉莎白很像她的母親，這讓伊莉莎白很在意，卻不願向局長多打聽。伊莉莎白不知道，她手裡支點的備份資料，已經讓她自己成為利益集團的死敵。伊莉莎白回到倉庫時，庫珀已經派信得過的人保護雷丁頓。經歷這場劫難的雷丁頓，終於告訴伊莉莎白當初僱傭湯姆是作為自己的替身保護她，但兩人關係逐漸親密後，雷丁頓只能解僱湯姆，防止意外。只是天不遂人願，伊莉莎白還是愛上了湯姆，而湯姆轉而效忠柏林以避免被雷丁頓加害並能維持與伊莉莎白的關係。所以雷丁頓到FBI自首並指定與伊莉莎白接觸，就是為了指引她真相。但仍有部分真相，雷丁頓不願意說出來。“主任”為了加強自己的籌碼，說服了康諾利向自己效忠。伊莉莎白為了尋找更多真相，希望從湯姆那了解雷丁頓更多的秘密。
第二季第20集暫無
第二季第21集暫無
第二季第22集伊莉莎白已經知道照片裡的女孩就是她自己，而她的母親是一個傳奇般的俄羅斯女間諜。伊莉莎白被誣陷破壞國家情治單位及用生化病毒謀殺參議員霍金斯，誣陷她的正是利益集團組成的“秘社”。（詳見第20、21集）現在伊莉莎白的辦公室正被搜查，電話里，雷丁頓告訴伊莉莎白，她現在已經完全被秘社掌控，有理也說不清，想留下來證明清白只會是徒勞的，唯一的辦法就是逃出FBI再想法收集證據。伊莉莎白還是寄希望於庫珀能保護自己，但在庫珀辦公室外，她偷聽到庫珀與康諾利的對話。康諾利那套伊莉莎白是俄羅斯間諜女兒，與雷丁頓合作擴大犯罪帝國的說辭，讓庫珀完全無法反駁。知道庫珀對自己的事也無能為力，伊莉莎白還是聽從了雷丁頓的建議。辦公室里，康諾利還有曾做偽證、泄密及庫珀的妻子（第20集內容），甚至用腦瘤試驗威逼庫珀配合調查伊莉莎白。憤怒的庫珀把藥丟給康諾利，不想再受制於這個卑鄙小人。康諾利遂讓庫珀停職休假，直到調查結束。此時在事發現場化驗病毒攜帶者的萊斯勒和納瓦比（第21集內容）也發現了伊莉莎白很可能是攜帶致命病毒並感染參議員的嫌疑人。在聯繫雷丁頓想逃出FBI的伊莉莎白，剛出電梯就被康諾利堵個正著。監禁室里，伊莉莎白聲稱自己被秘社陷害，卻沒人相信。一個個證據都證明伊莉莎白是潛伏在FBI的俄羅斯間諜。只有法務部的賴特相信庫珀的為人，庫珀被停職反而讓她產生懷疑。因此賴特任命萊斯勒為此案的代理主管。此時伊莉莎白的檢血報告出爐，顯示她的血液里的確有殺死霍金斯議員的病毒。這讓萊斯勒感覺很棘手。心裡憤怒難平的庫珀找到雷丁頓。雷丁頓戳破了他想走司法途徑解救伊莉莎白的幻想，只有用非法手段才能救伊莉莎白出來。FBI內部的所有電源，包括備用電源都被雷丁頓在電力公司的朋友切斷。系統重啟到監控攝像頭恢復，這中間有90秒時間，在這段時間裡伊莉莎白被內應救出監禁室，再由庫珀電話指揮走緊急通道，最後有鄧比在外接應。雖然中間碰到了萊斯勒，但萊斯勒假裝被打倒，讓伊莉莎白逃離。伊莉莎白與雷丁頓和庫珀碰頭，三人研究伊莉莎白是如何被感染上病毒。伊莉莎白思來想去，只有在聯合車站被“狼蛛”襲擊時（第21集內容）最有可能。雷丁頓讓伊莉莎白到車站想辦法拿到當時的監控，自己則要去準備另一場戰鬥。伊莉莎白在庫珀的配合下取得了當天襲擊自己的人的臉部照片，是病毒學家裡奧·安德羅波，而並非之前認為的“狼蛛”（第21集內容）。正要著手尋找安德羅波時，庫珀接到律師電話，稱沙琳因向媒體泄密而被調查（第21集內容）。伊莉莎白只能獨自找到飯店老闆安東·威樂（第21集內容），詢問安德羅波的下落。而對於伊莉莎白母親凱特琳娜·羅斯托娃的事，安東閉口不談。伊莉莎白知道是雷丁頓授意安東不要說。伊莉莎白找到住在遊艇里的湯姆，請他幫忙尋找安德羅波。在安東所說的安全屋裡，兩人沒來得及阻止安德羅波逃跑。經過一場馬路追逐後，安德羅波在撤離點被自己人滅口，最後一個能證明伊莉莎白清白的人也死了。所幸伊莉莎白在安全屋裡找到一個隨身碟，裡面竟然是庫珀的病歷資料。得知自己的主治醫生萊溫居然是為秘社服務，憤怒的庫珀衝進萊溫的辦公室，掐著他的脖子質問他所謂的試驗是不是根本就不存在。萊溫只能交待庫珀完全健康，病歷都是偽造的，疾病反應都是藥物作用，感覺好轉只是減輕藥量而已。這些都是安德羅波設計的。雷丁頓的另一場戰鬥開始了，他劫持了世界上最優秀的十幾名調查記者，向他們展示了支點裡，幾十年來那些有權有勢的權貴們所參與的陰謀，這些權貴形成的組織被稱為“秘社”。雷丁頓希望他們能調查、挖掘這些真相併向世人公開，但也警告他們期間巨大的風險是不可避免的。庫珀掌握了康諾利威脅萊溫醫生偽造病例的證據，立刻與伊莉莎白一起找到康諾利，要他停止現在所做的一切，還伊莉莎白清白，解除對沙琳的指控，恢復庫珀的職務，叫“主任”不要再去動雷丁頓，否則就將證據提交給FBI。康諾利不屑一顧的嘲笑兩人。他現在已經被任命為法務部長，整個法務部門都在他的掌握之下，根本不懼任何威脅，甚至可以輕而易舉的讓行動小組成員全部入獄。忍無可忍的伊莉莎白開槍打死了這個偽君子。在康諾利倒下的瞬間，伊莉莎白想起火災當晚發生過同樣的情形，那天是自己開槍殺死了在傷害母親的人——自己的父親。隨後伊莉莎白就像當年一樣，驚慌的逃離。在指定地點，雷丁頓找到伊莉莎白。伊莉莎白知道雷丁頓封閉她的記憶並不肯說出真相，都是為了保護她不受這段痛苦記憶的折磨。雷丁頓像父親般安慰伊莉莎白，希望她不要被痛苦折磨，變成像他一樣的人。隨後雷丁頓帶著伊莉莎白開始逃亡。而伊莉莎白也被FBI列為首要逃犯，被全球通緝。庫珀交出證件接受調查。“主任”翻開報紙即看到頭版上有關秘社陰謀的報導。湯姆開著遊艇離開碼頭。萊斯勒、納瓦比和阿蘭姆則要開始對伊莉莎白進行調查。(第二季本季終)
第三季第1集華盛頓全城的警力都在全力追捕涉嫌毒殺參議員霍金斯並槍殺法務部長康諾利的前FBI特別探員伊利莎白·基恩及其同夥雷蒙德·雷丁頓。城裡所有的地面、空中交通均被封鎖，FBI探員萊斯勒負責此次追捕行動，他要讓嫌犯插翅難逃。全城戒嚴早在雷丁頓的預料之中，最危害的地方才最安全，他並不打算冒險出城，而是要在城裡尋求幫助。雷丁頓早有安排，在同夥的接應下利用隧道盲區順利擺脫警方追蹤。隨後兩人換上準備好的警服，開著假警車混入大街的車流中。原FBI特別行動小組組長、FBI副局長哈羅德·庫珀因涉嫌幫助伊利莎白而接受調查。即使他說出秘社通過康諾利控制他，也只是更增加自己的嫌疑，拿不出任何證據證明自己的說法。他現在唯一的要求就是希望萊斯勒能釋放被無辜牽涉進來的夏琳，他深愛的妻子。目前暫時負責行動小組的萊斯勒也不知道該相信什麼人。行動小組裡納瓦比和阿蘭姆都不相信伊利莎白會是俄羅斯間諜，萊斯勒雖然也不願相信，但他的職責讓他必須追捕伊利莎白和雷丁頓。整個小組就在這種矛盾的氣氛中運作著，完全沒有了以前的合作氛圍。雷丁頓找到一個偽裝成酒吧的安全屋，老闆蒂夫將他和伊利莎白安置在隱蔽的地下室躲避風頭。他在要這裡呆上一周時間，讓“巨人農場主”有足夠的時間為他出城創造各種混淆警方判斷的小道訊息。但臨時暫住在酒吧的老闆妹妹蒂芬妮，讓雷丁頓有些擔心。此時在一個寧靜的小屋裡，正在為孩子準備食物的艾莉發現有個又高又瘦的陌生男人正抱著自己幾個月大的孩子。陌生男人輕易就將試圖反抗的艾莉打倒，他要求艾莉的父親鄧比到指定地點見面，否則就永遠別想再見到孩子。地下室，電視裡都在播放著有關伊利莎白的新聞，秘社在暗中引導輿論，不僅把所有罪責推到她身上，還暗指其是受命於俄羅斯情報部門。畫面中出現了中情局國家秘密行動處主管彼得·卡奇奧普羅斯，伊利莎白立刻站了起來，這個人正是秘社組織中的重要頭目之一。因為雷丁頓將支點的內容透露給媒體，讓這個隱藏在深處的大鱷不得不公開露面發表聲明澄清這些“謠言”。聲明中把訊息來源提供者雷丁頓和伊利莎白稱為叛國者和俄羅斯間諜的後代，對不明真相的人很有說服力，但對於了解內情的雷丁頓和伊利莎白來說，只是通篇謊言。彼得剛發表好聲明，回來發現又高又廋的秘社聯絡人馬蒂亞斯正在他的辦公室里。馬蒂亞斯代表秘社指責彼得判斷失誤導致支點泄露，這讓彼得很不高興。彼得雖然在盡力彌補過失，全力抓捕雷丁頓和伊利莎白兩人，但秘社已經對他去失了信心，認為他是在玩火自焚。正在床上休息的雷丁頓聽到老闆兄妹的爭吵聲，感覺出異常。從隱密口來到酒吧後，舉槍要求蒂芬妮交出手機。果然手機上最後一個電話是FBI的舉報電話，蒂芬妮作為一個軍嫂，絕不允許家人窩藏通緝犯。此時屋外已經現出特警隊的身影，雷丁頓只能用槍押著蒂夫到地下室並拿走手機，留蒂芬妮一人支走警方。萊斯勒帶隊沖入酒吧，雖然蒂芬妮聲稱沒見過通緝犯，但他仍不放心，四下檢查。檢查無果後，萊斯勒通知本部的阿蘭姆回撥舉報電話，以了解更多情況。正在萊斯勒打算收隊時，突然聽到地板下傳來手機鈴聲。他馬上意識到有暗室，很快就在廁所的水槽下找到了地下室出口。等警方沖入地下室，只找到蒂夫，雷丁頓和伊利莎白已經順著牆上的通風管道逃離。兩人穿著警服來到停車場，伊利莎白利用自己的分析能力很容易就從停車情況找到一處短時期內無人居住的豪宅。在這裡，兩人重新換裝，伊利莎白將原先的栗色頭髮染成金色，這讓雷丁頓一驚，現在伊利莎白的樣子像極了她的母親凱特琳娜 ·羅斯托娃。回過神後，雷丁頓打算馬上去找巨人農場主，這個為政府部門、犯罪集團服務，利用網路散播虛假新聞、訊息、評論並從中獲利的組織。在萊斯勒的協調下，法務部同意釋放夏琳，並且因萊斯勒並未說出庫珀協助伊利莎白逃跑的行為，庫珀也可以返家接受繼續調查。但萊斯勒卻在因為自己放走了伊利莎白導致法務部長被殺而氣惱，決定開始全城大搜查，不放過任何角落。在一處民宅內，屋子裡擺滿了電腦，一群黑頭髮的人在電腦前指指劃劃編造著各種訊息。負責人博昌對雷丁頓提前到來很不滿，但情況有變，雷丁頓不得不提前出城。博昌只得抓緊為伊利莎白安排，找替身冒充她出現在各監控攝像頭前，再找人頻頻舉報以擾亂FBI視線。這些捕風捉影的訊息讓萊斯勒疲於奔命，大量消耗警方的力量。只是這並沒有欺騙萊斯勒多入，他很快就意識到雷丁頓是在調虎離山，把警方引向南部地區，雷丁頓必然是想往北方。
第三季第2集華盛頓特區的俄羅斯大使館如臨大敵。外面警車及武裝車輛將使館包圍，雙方隔著鐵門對峙。萊斯勒雖然惱怒自己放走了一個俄羅斯間諜，但他也知道貿然衝進使館無異於武裝入侵俄羅斯，很可能引發一場世界大戰。使館審訊室內，伊利莎白對前來盤問的小角色毫無交談的興趣，直接要求與情報負責人對話。不一會，俄聯邦安全局駐華盛頓高級情報官亞歷山大·羅斯科維奇進來，隨手將審訊室內的監控、監聽設備一一關閉。與此同時，俄羅斯大使康尼正在與自己的情人幽會，急促的電話聲打斷了他的好興致。他從浴室里出來，看到是使館的電話，憤憤的掛斷。背後突然有人打招呼，轉頭就看到雷丁頓拿著手槍坐在椅子裡。康尼剛想叫人，可雷丁頓馬上就讓他知道俄國大使與美國參議員老婆偷情的橋段會被媒體炒翻天。康尼不得不妥協，而雷丁頓的要求就是馬上聯繫大使館，他要實時知道俄大使館裡發生的所有事情，以及莫斯科高層的決定。亞歷山大對每一名在美洲的現役和非現役情報員都了如指掌，但他卻從不知道有個叫瑪莎·羅斯托娃的俄羅斯特工。伊利莎白只能說出自己是為了尋求相互幫助，秘社不僅將參議員霍金斯的死栽贓到她身上，還將俄羅斯牽涉進來，誣衊她是俄國間諜，試圖挑起美俄之間的冷戰。為了讓亞歷山大相信自己，伊利莎白說出俄羅斯派出的殺手卡拉庫爾特（第二季第21集內容）已經叛變，秘社將此人做的所有事都嫁禍給她，一個克格勃間諜的女兒。而亞歷山大應當可以很快就查出已經無法與卡拉庫爾特取得聯繫，以映證自己的話。使館外，萊斯勒得到訊息俄方拒絕了美國務院的要求，而白宮仍堅持用外交手段解決這次事件。使館內，亞歷山大核實後向莫斯科進行了匯報，得到通知要將伊利莎白轉移到莫斯科接受訊問。踏出國土就意味著叛國，可伊利莎白別無選擇。雷丁頓也很快從康尼處得到了這個訊息，讓他吃驚的是下達轉移伊利莎白至莫斯科命令的人居然是俄聯邦關稅部的弗拉基米爾·維特森。正是此人將卡拉庫爾特送到美國，他無疑是秘社的人，伊利莎白只要踏上飛機很可能就會被滅口。雷丁頓馬上聯繫了萊斯勒，可為時已晚伊利莎白已經坐著使館的車前往機場。萊斯勒聞言顧不上什麼外交規定，開著FBI慣用的大馬力SUV追上使館車輛後，不顧一切的衝撞使館車輛致其撞上路障。伊利莎白趁機跳下車輛逃之夭夭。等萊斯勒解決使館護衛人員後，早已不見了伊利莎白的蹤影。FBI行動小組內，法務部的雷文·賴特為庫珀爭取到了免於調查的決定，條件是立刻退休。但庫珀拒絕了雷文的好意，即使冒著可能被投入監獄的風險，他也要幫伊利莎白討回清白。伊利莎白收到雷丁頓發來的簡訊，內容只是幾個數字，其實是GPS坐標。她根據坐標位置來到一處咖啡館，咖啡店老闆崔實際運營著地下錢莊，不過他家傳的核桃派的確是一絕。一臉驚慌的伊利莎白進來後，坐在雷丁頓對面，對萊斯勒突然發瘋似的想“殺死”自己心有餘悸。雷丁頓只好向她解釋萊斯勒實際是為了救她。行動小組內賴特還在責怪萊斯勒不遵守命令擅自行動，萊斯勒卻寧願相信雷丁頓，至於雷丁頓是否正確只能等躺在醫院裡的使館司機清醒後才能得知。但他們不知道，馬蒂亞斯已經潛入病房殺了司機，以絕後患。此時警方收到匿名舉報，得知雷丁頓和伊利莎白在某處咖啡館，馬上派出一輛警車前往檢查。咖啡館內，雷丁頓看到店外的警車似乎早有準備，從旅行袋裡取出霰彈槍走到店門口連開兩槍，隨後在客人們驚恐的目光中走回店內用溫和的語氣告訴他們，他們已經成為人質。FBI和警方立刻行動包圍咖啡館，並切斷電源。萊斯勒到場後上前談判，沒想到雷丁頓提出的條件是恢復店裡的供電、準備一輛裝甲車、要與馬文·傑拉德見面。FBI調查後得知，馬文·傑拉德是一個很有天份的律師，曾在岳父的律師事務所任職，但在離婚後因試圖綁架自己的兒子而被判刑，並被取消律師資格。即使如此他仍是很多犯罪集團及政客的影子律師，目前在服刑當中。乾瘦的馬文被押送過來時非常不滿，滿嘴的法律條文指責FBI侵犯了他的個人權利。納瓦比也不想與他多說，讓他脫下囚服換上裝有竊聽器的西裝，將他送進咖啡館。在馬文看來這是非常愚蠢的行為，根據第四修正法案只要雷丁頓問他是否有竊聽器，他就必須如實相告，否則根本不能成為證據。萊斯勒、納瓦比和阿蘭姆聽得目瞪口呆，但仍堅持裝上竊聽器。
第三季第3集湯姆和萊斯勒的見面並不愉快。萊斯勒對湯姆余恨未消，雙方也沒有任何信任可言。湯姆不相信伊利莎白是俄羅斯間諜，想在一些FBI無法出面的場合提供幫助。但萊斯勒並不領情，他絕不會違背自己的原則與這個曾經的通緝犯合作。弗地安特企業是全球最大的綜合性農作物銷售商，產品銷到全球各地。因其轉基因的玉米、大豆種子有良好的抗蟲基因而廣受歡迎，但也因其價格過高受到小農戶的抵制。一群自稱“收割者”的激進份子通過內應襲擊了愛荷華州的弗地安特企業分廠，不僅造成人員傷亡，還盜取了最重要的轉基因專利資料數據。如果這份資料被公布，弗地安特企業的產品就會被大量仿製，導致其股票大跌。而弗地安特企業還有另一重隱秘身份，秘社的洗錢機構。深夜，愛荷華州際公路上一輛貨櫃車在疾馳，車上的貨櫃里正是雷丁頓和伊利莎白。雷丁頓沒有按原定計畫跨海去西班牙，而是打算反守為攻。他相信秘社的重要頭目“主任”彼得·卡奇奧普羅斯因為在支點事情上判斷失誤，已經引起秘社其他成員不滿。隨著那些頂尖記者對支點數據的挖掘，秘社成員會慢慢曝光。只要利用好這一點，秘社就不得不犧牲“主任”彼得，並還伊利莎白以清白。雷丁頓的方案就是找到被盜的專利檔案，以此要挾弗地安特企業，進而牽制秘社。等到了指定的停車地點，雷丁頓發現鄧比並沒有按計畫到此匯合。他意識到鄧比一定出了事。在伊利莎白動手撬竊一輛轎車時，雷丁頓打電話給車管所里擅長尋人的格倫。這個傢伙最大的愛好就是捉弄雷丁頓，在騙雷丁頓自己已向FBI坦白一切，嚇是雷丁頓一驚一乍後，格倫終於心滿意足的答應幫助尋找鄧比。開著偷來的車輛，雷丁頓和伊利莎白在一處農場找到“收割者”成員，他們只是一些失去生計的小農戶，在伊利莎白的槍口下很快就交待出他們的頭目伊萊·馬奇特和內應加布里埃爾·科斯塔。只是他們在討論如何應對弗地安特在銀脊倉庫里進行的絕密試驗時，馬奇特突然暴怒並離開了他們不知所蹤。雷丁頓決定先去找科斯塔。此時，在一個簡陋的飼料倉庫里，科斯塔和另幾名激進份子正興奮的看著破譯出來的專利檔案。他們中間出現兩種意見，一種是要賣給出價高的人彌補自己的損失，另一種是要公開檔案讓所有小農戶受益。就在爭執不下時，坐在一旁的馬奇特突然開槍殺死所有人。他有自己的第三個想法，一個更大更激進的想法。給屍體蓋上帆布後，馬奇特來到地下室。地下室里擺滿了試驗室的用品。一個專家盯著電腦螢幕複製著基因數據，他正在用這些數據製造專門針對弗地安特轉基因農作物的病毒，而且很快就能完成。就在雷丁頓和伊利莎白前往尋找收割者時，FBI已經查到了兩名嫌犯通過咖啡館的密道逃往了港口。阿蘭姆和納瓦比查到當天有一艘可疑貨船，在警方進攻咖啡館約一小時後出港，不久又以引擎故障回港，卻只在深夜卸下了一隻貨櫃。通過追查編號，FBI查到被遺留在愛荷華州已空無一人的貨櫃。弗地安特企業受到襲擊，雷丁頓出現在此，一定不是巧合。阿蘭姆將弗地安特企業資料與雷丁頓的資料進行了交叉對比，發現弗地安特的首席技術官蘇珊·漢諾瓦曾出現在支點的數據里。萊斯勒和納瓦比來到受襲擊的弗地安特企業分廠，得知行兇者竊取了高度機密的專利檔案。種種情況看來，似乎就是為了打擊弗地安特企業。此時法醫的DNA對比有了結果，死者里並不包括當天的一名當值員工加布里埃爾·科斯塔。雷丁頓和伊利莎白根據農戶提供的地址來到科斯塔家中。翻找了一會，伊利莎白抬眼看到通風口的柵欄沒有擺正，雷丁頓踩在桌上打開了柵欄，裡面果然有一個黑閘子。還沒來得及打開，伊利莎白就看到萊斯勒出現在樓下的街道上。兩人立刻從樓梯離開，避開了乘電梯上樓的萊斯勒和納瓦比。伊利莎白不知道萊斯勒只是碰巧調查到科斯塔，以為他一直在追蹤自己，心裡很害怕。等車停在停車場雷丁頓下車買開箱工具時，她忍不住打電話給萊斯勒，希望他能放自己一馬，讓自己有時間自證清白。但恪守原則的萊斯勒並沒有答應。萊斯勒很快發現了沒來得及蓋好的通氣口柵欄，知道伊利莎白曾到過這裡。納瓦比則從一輛提前到達現場的警車車載攝像里發現了雷丁頓和伊利莎白上車離開的視頻，馬上對該車發出通緝。科斯塔的黑匣子裡有他之前竊取的公司檔案目錄，還有一份關於“起源”計畫項目的備忘錄。匣子裡還有一個飼料倉庫的地址，科斯塔把檔案都送到了那裡。就在雷丁頓開車前往的時候，馬奇特已經從專家手裡拿到了幾百個載有病毒的小昆蟲。按照地址趕來的雷丁頓和伊利莎白來晚一步，只看到帆布下包括科斯塔在內的幾具屍體，以及地下室里仍在自動運轉的試驗設備。電腦里正是偷來的專利檔案，伊利莎白忙找到一個隨身碟進行複製，但檔案太大需要一段時間。此時萊斯勒和納瓦比已接到警方通報得知被通緝的車輛依靠在一家飼料倉庫附近，兩人迅速調派人手趕到了現場。等兩人搜查到地下室時，雷丁頓和伊利莎白已經從側門逃走，電腦螢幕上顯示出一個複製中斷的對話視窗。再仔細搜查，納瓦比發現了一個培養更多幼小昆蟲的保溫箱，保溫箱裡密密麻麻的小蟲在飛舞著，發出嗡嗡的聲音。
第三季第4集華盛頓街頭燈光閃耀，一幢安靜的豪宅里一名頭頂半禿的男子認真的在一個四肢被綁身體半裸的昏迷毒販身上認真的用筆畫出內臟位置，並一一標明。一名金髮女子出現，她江湖人稱“燈神”，她的工作就是為所有肯出錢的人實現他們最真切的欲望，現在眼前這名半禿男子就要為自己被毒品害死的兒子報仇。燈神將解藥注射進毒販身體裡，毒販慢慢清醒，驚恐的看著眼前的兩個人，身體根本無法動彈。等燈神離開後，禿頭男子拿出燒烤工具，準備享受等待已久的“美餐”。阿蘭姆剛回到家，卻發現家門打開，一個陌生男子出來逕自離開。阿蘭姆還沒反應過來就聽到有人在屋裡喊自己，戰戰兢兢的進門正看到雷丁頓。伊利莎白和雷丁頓需要阿蘭姆幫忙，這才潛進他家。剛才離開的人正是接受雷丁頓的任務，去尋找綁架鄧比的馬蒂亞斯。看到伊利莎白安然無恙，阿蘭姆心裡的大石頭也放了下來。雷丁頓需要找到燈神，想通過她的能力為伊利莎白正名。但兩人手裡只有一個加密的網站，他們需要阿蘭姆的專業知識破解網站，與燈神取得聯繫。阿蘭姆願意幫忙，但條件是必須向萊斯勒匯報。此外阿蘭姆說出湯姆想提供幫助卻被萊斯勒拒絕的事。伊利莎白內心一震，她沒想到湯姆會為她再次返回美國。中國餐館裡，庫珀將俄羅斯間諜卡拉庫爾特的資料遞給了湯姆。資料顯示卡拉庫爾特很可能已經整容變換身份，藏身於其姐夫查理·沃肯斯的犯罪集團里。現在萊斯勒帶領著行動小組，所有精力都集中在雷丁頓和伊利莎白身上，庫珀只能出此下策，讓湯姆對卡拉庫爾特進行調查。調查的唯一途徑就是潛入查理·沃肯斯的犯罪集團，而潛伏是湯姆最擅長的。阿蘭姆在雷丁頓的要求下回到行動小組，向萊斯勒匯報了情況。萊斯勒調派人手抓捕的同時，對燈神也進行了調查。顯然燈神策劃了很多刑事案件，比如公主被綁架、捕獵者被關進獅籠餓死、毒販被生吞活剝等，其取名的含義就是來自於《阿拉丁》里為人實現夢想的燈神。但萊斯勒和納瓦比不相信雷丁頓只是為了正名才尋找燈神，之前的巨人農場、惡棍律師及為秘社洗錢的公司，到底與燈神有什麼聯繫，這是他們無法知道的。萊斯勒要求阿蘭姆儘快對IP進行分析，在雷丁頓之前找到燈神。一間中東裝修風格的房間裡，金髮的燈神為亞塞拜然財團老闆的女兒納西姆送來了她的夢想，一個被綁縛在十字架上的老人。這正是她的父親，財團老闆巴赫拉姆·巴爾什。納西姆要為自己曾經所經歷的一切復仇。很快行動小組也調查到燈神策划過的酒店謀殺案、劫機兩起案件都是針對亞塞拜然財團的旗下機構，而其老闆也在兩小時前被綁架，看來有人僱傭燈神打擊亞塞拜然財團。這起綁架案是否與伊利莎白有關係，還不得而知。而此時正躲藏在一家小劇院裡的雷丁頓和伊利莎白也接到了燈神的會面通知，其實雷丁頓並非要燈神為伊利莎白正名，而是需要燈神手裡的顧客名單。他確信名單里有兩個秘社裡的重要人物。次日，伊利莎白坐在指定的公園長椅上等待燈神的到來，而雷丁頓則從在不遠處偷偷的監視著。不一會，長椅下傳來電話鈴聲，伊利莎白找到一部手機。接通後，電話那頭傳來女性的聲音，讓她沿著一條小路到移動衛生間。伊利莎白依言而行，雷丁頓發現她進了移動衛生間心知不妙，快步跑上前，果然發現衛生間後面被人打通，一輛轎車正向遠處馳離。在封閉的車廂里呆了一段時間後，伊利莎白終於在一間幃帳里看到了燈神，一頭金髮優雅而神秘。燈神洞若觀火，知道伊利莎白內心真正的欲望並非復仇，而是另一種人生。伊利莎白也不多言，故意打翻茶杯引開燈神的注意，悄悄將一枚追蹤器貼在燈神的鞋底，然後告辭離開。亞塞拜然財團的繼承人哈米德正在為自己父親失蹤而憂心忡忡。雖為繼承人，他卻沒有經商頭腦。現在財團又面臨著一家新城堡冒險集團的惡意收購，沒有父親主持，董事會裡都亂成一團。董事會成員紛紛要求與更加精明能幹的納西姆聯繫，聽聽她的意見。納西姆掛斷哥哥的電話後，得意洋洋的將一根釘子釘進了父親的手掌。她給出的意見就是接受對方的出價，這無異於將自己父親的公司拱手相讓。廢棄的車間裡，鄧比正用力的磨尖一把勺子柄，在磨好後，他將勺子藏在自己的襪子。只待一有機會就和同事一起逃出這裡，找到雷丁頓。可那名同事在被拷打後招出了鄧比的計畫，兩名看守前來搜身。鄧比佯裝憤怒衝上前掐住同事的脖子，趁看守上前阻止時，鄧比打倒一名看守，同事則從牆角拔出磨尖的勺子扎傷另一名看守。隨後兩人搜出車鑰匙，迅速開車離開。到達市鎮後，鄧比下車買了份報紙，回到車上攤開報紙找到一則出售樂器廣告的聯繫電話，通過這個號碼就能找到雷丁頓。得知了這個秘密的同事突然開槍擊中鄧比腰部，隨後搶走報紙奪路而逃，只留下倒在血泊里的鄧比。馬蒂亞斯的苦肉計終於得逞。
第三季第5集湯姆化名為馬特·巴克利成功取得了亞瑟·薩頓的信任，還受邀參加他與未婚妻格溫的訂婚宴。亞瑟表面風光其實負債累累，因參加地下比賽打假拳而得罪了俄羅斯犯罪集團，不得不每月支付兩萬美元補償他們的損失，這正是湯姆看中他的原因。在訂婚宴上，湯姆趕走了討要錢款的收賬人。亞瑟雖然知道湯姆是好心，但心裡更擔心受到報復。小劇場裡，伊利莎白翻閱著當天的報紙，報導稱總統成立了特偵組調查伊利莎白的案件，這似乎是尋求真相的好機會。雷丁頓匆匆回來顧不上看一眼報導里的內容，他帶來了可怕的訊息，一個被稱為雪怪的殺手將伊利莎白定為了刺殺目標。雪怪不受僱於任何人，他充當義警身份，確認並找出目標，最後將其殺死。多年來作案數起無一失手，卻沒人知道他的身份。為了安全，雷丁頓派人來接伊利莎白去另一安全屋，自己則出去尋找幫助。雷丁頓找的人正是萊斯勒。在互助會裡，雷丁頓用槍抵著毫無防備的萊斯勒（萊斯勒曾服止痛藥成癮），確保自己不會被捕的情況下告訴他有關雪怪的情況。回到行動小組，萊斯勒從檔案里查到很多有關雪怪的懸案，其特點就是用自製的子彈殺人。他調查雪怪並非是為了幫助伊利莎白，而是想在雪怪找到伊利莎白時一箭雙鵰，同時抓住雪怪和伊利莎白。萊斯勒安排好納瓦比和阿蘭姆追查此事，然後趕去國會接受特偵組的質詢。小劇場旁僻靜的街道上，兩名大漢受命保護伊利莎白撤離。突然一發子彈命中其中一人的腦袋，伊利莎白和另一人急忙找地方隱蔽，緊接著另一人也中槍倒地。伊利莎白無法看到槍手地點，急中生智，彎腰跟在一輛路過的計程車後面，前進十幾米後突然加速衝進街道旁的小胡同。可子彈似乎從四面八方過來，胡同里也不是安全之地。伊利莎白冒著隨時可能飛來的子彈，撬開路邊停放的車輛，伏在車座上開車衝出槍手的伏擊圈。雷丁頓從阿蘭姆口中了解了槍擊事件，得知伊利莎白安然無恙後，便詢問雪怪的調查情況。阿蘭姆只查到雪怪曾使用的子彈來自於一個叫扎德的制槍大師。行動小組不知道去哪找這人，雷丁頓卻心裡有數。國會大樓內，法務部的雷文·賴特向萊斯勒介紹了特偵組的負責人國家安全顧問勞雷爾·希欽女士。勞雷爾溫和熱情，頭腦犀利，在質詢中屢屢戳中要害點。萊斯勒竭儘自己所能為伊利莎白做了最有利的猜測，這算是履行了對雷丁頓的承諾。但很不幸，特偵組最終並沒有採信支點的相關內容，且因伊利莎白曾自稱為俄方間諜，因此要求行動小組必須與中情局的主管卡奇奧普羅斯共享相關情報，以免重蹈當年911情報失誤的覆轍。萊斯勒知道卡奇奧普羅斯就是秘社中的主任，卻苦於沒有證據。共享情報無異於將雷丁頓和伊利莎白交到秘社手中。納瓦比正在槍擊現場調查，從一枚子彈底部上發現有陽文“聖詩1:1”，引用舊約中的“不從惡人的計謀”，可以證明是雪怪所為。心有餘悸的伊利莎白也與雷丁頓匯合，她還是第一次與死亡這么近。雷丁頓安慰了一會後說出一個好訊息，鄧比已經按以前約定的方式進行了聯絡。在去找鄧比之前，雷丁頓和伊利莎白先找到了扎德。當制槍大師面對著槍口時也只能說出雪怪的藏身處。在雷丁頓進行審訊時，伊利莎白瞄了一眼桌上凌亂的草圖，並沒有什麼線索。兩人馬上按地址找到正在製作子彈的雪怪。雪怪哪肯束手就擒，翻窗而出沿著防火梯上到房頂，在房頂上高高低低一路狂奔，伊利莎白緊追其後。在飛躍兩幢房屋時，雪怪雙手抓住了對面房屋陽台邊腳卻沒有著力點，無力翻上陽台，高高的掛在房屋的外牆邊。就在他進退兩難時，雷丁頓出現在陽台，一把抓住他的胳膊。在這種形勢下，雪怪只說並非他一人，還有其他人會趕來。見雪怪不肯再多說一個字，雷丁頓兩手一松，仍由他摔下樓去。行動小組很快介入了這起墜樓案，從死者的硬碟上，阿蘭姆發現了一個懸賞網站。該網站類似於眾籌，只不過眾籌的項目是刺殺。某人可以在網站上建立刺殺目標，登入網站的人如果認同此人該殺，就會劃入比特幣表示支持。當金額達到一定數量後，自然就會吸引到職業殺手。成事後，殺手只要提供證明，眾籌到的款項就會劃入殺手的帳下。而伊利莎白正是當前該網站中，懸賞金額最高的刺殺目標。發起懸賞的人叫“亞略·該隱”。因網站分散隱藏在世界各地的伺服器里，阿蘭姆也無法關閉網站。
第三季第6集一架私人飛機上，伊利莎白為鄧比更換了繃帶。經過幾天的治療，鄧比的傷勢已經基本痊癒。即使如此，鄧比並不在意自己的身體，反而鼓勵著伊利莎白。雷丁頓從駕駛艙回來，坐在沙發上喝著咖啡，提到一個叫安德拉斯·哈爾米的人。他是一名計量經濟學家，智商極高，最近被人綁架。同時他也是“主任”最依賴的顧問，根據影子律師馬文的分析，其手上掌握的信息對雷丁頓打擊秘社的計畫非常重要。起初，雷丁頓以為他被綁架只是巧合，可在之後不久又有一名女性計量經濟學家失蹤。最近過去的六個月里，各領域都有專家失蹤，且都是一男一女。雷丁頓據此相信，有人在建設諾亞方舟，以延續這些聰明人類的血脈。所以，為了證明伊利莎白的清白，就必須找到關押著安德拉斯·哈爾米的方舟。華盛頓FBI行動小組裡，萊斯勒、納瓦比和阿蘭姆在辦公室里偷偷接聽雷丁頓打來的電話。因為特偵組要求行動小組必須與中情局的主管卡奇奧普羅斯共享情報，他們三人不得不謹慎行事。雷丁頓要求他們在不讓卡奇奧普羅斯知情的情況下尋找哈爾米。可這非常困難，卡奇奧普羅斯及其手下時刻監視著行動小組的一舉一動。卡奇奧普羅斯也正在調查行動小組以往的行動，發現他們其實是在為雷丁頓“工作”。萊斯勒指出，只有與雷丁頓保持聯繫才能接近目標伺機抓捕，而且雷丁頓最近提供的每個案子都抓獲了相應的秘社成員。卡奇奧普羅斯一聽到秘社的字眼，馬上轉移了話題，要求萊斯勒對新案件儘快提交報告。行動小組根據雷丁頓提供的線索，找到了失蹤專家的名單。萊斯勒在大螢幕上顯示著相關圖片信息，向卡奇奧普羅斯進行匯報時，阿蘭姆偷偷刪除了哈爾米圖片，以免引起卡奇奧普羅斯的疑心。最近失蹤的是一名西班牙男性數學教授庫切拉博士，在相同領域能與他比肩的女性數學家只有美國的安娜·尼霍夫博士。萊斯勒正在聯繫當地警方，並要與納瓦比一同前往保護。這點信息並不能讓卡奇奧普羅斯滿意，他認為雷丁頓一定是在尋找某人，而行動小組在故意隱瞞。阿靈頓郡的一幢民宅內，尼霍夫博士戴著耳機邊聽音樂邊寫著論文。屋外的廂式貨車內，三名男子則在準備著綑紮帶、膠布等物品。過了一會，尼霍夫看到手機螢幕上的提示，有一條來自FBI的留言，警告她正處於危險之中。這時她也看到窗外有兩名男子闖入院子，急忙躲進沙發底下。可手機的震動聲暴露了她的位置，被兩男子抓住拖進院子外的廂式貨車內。幸虧萊斯勒和警方及時趕到，經過一番槍戰，擊斃兩名匪徒，活捉一人。此時雷丁頓也沒閒著，他找來的施工隊正在一處舊餐館內按計畫施工。可秉公辦事的監理員總是在施工現場，讓施工隊無法做手腳。馬文查到監理員的女友麗莎是一個沒天份，卻熱衷於烘焙點心的準糕點師。雷丁頓找到這位糕點師，極力恭維後，稱其男友正在為她裝修餐廳。麗莎欣喜異常，迫不及待的到施工現場察看。看著女友興奮的樣子，再加上雷丁頓承諾事後餐廳歸其所有，監理員終於放下自己的原則，同意給雷丁頓一天的自由施工時間。FBI的審訊室里，被活捉的人犯對萊斯勒的問話不理不睬。卡奇奧普羅斯親自上陣，用上了惡毒的威脅家人手段，終於知道了雇凶綁架的人是億萬富豪克里斯潘·克蘭德爾爵士，而被綁架的人都送到波士頓地區機場附近的一棟樓里。就在行動小組前往波士頓時，卡奇奧普羅斯到一處天台見了馬汀斯。馬汀斯有自己的情報網，他知道卡奇奧普羅斯的手下已經從FBI的檔案系統中發現阿蘭姆刪除安德拉斯·哈爾米的照片。卡奇奧普羅斯承認哈爾米是秘社的高級顧問，因此必須找到他。只是向來多疑的馬汀斯並不完全相信他的話。萊斯勒和納瓦比帶著武裝人員趕到機場邊的建築物里，砸開門禁系統後才發現，裡面是成排的人體冷凍室，每個冷凍室里都放置著一個被冰凍的人體。這是克蘭德爾爵士的業務之一，為有絕症的人提供冷凍服務，只等以後醫療技術發達後再解凍復活。業務完全合法，並且每個被冷凍的人都簽訂了服務契約。被綁架的人並不在其中。員工不願意與警方多談，要訊問克蘭德爾爵士本人也比較困難，因為他常年居住在自己的A380飛機上，很少著陸。阿蘭姆根據航空部門的紀錄查到過去三年里，他的飛機只著陸過三十餘次，時間正好都與綁架案日期吻合。原本今天有著陸計畫但又取消，很可能是因為綁架尼霍夫失敗。基本可以判定這架飛機就是克蘭德爾的方舟，被綁架的精英都在飛機里處於冷凍狀態。萊斯勒馬上下達禁飛令，禁止加油機升空。
第三季第7集清晨，庫珀剛起床就聽到門鈴聲。開門看到一身血污的湯姆，庫珀吃了一驚。得知卡拉庫爾特就在外面車子的後備箱裡，庫珀馬上讓湯姆將車開進車庫，以免被妻子夏琳發現。車庫裡，頑固的卡拉庫爾特還試圖反抗，庫珀操起管鉗將他打暈。看來讓他開口，不是件容易的事。夏琳聽到動靜前來查看，被眼前的一幕驚呆。雷丁頓和伊利莎白在一家餐廳的廚房裡等候著中間人，希望他能安排與一個重要人物見面，身體已經痊癒的鄧比站在一旁保護。廚房上方的電視裡播放著新聞，主持人報導六名拉薩拉姆國際系統的員工在國內被綁架，這個行動被當局視為本土發生的恐怖行為。中間人過來，因為雷丁頓目前過於扎眼，他不想冒險安排會面。不過雷丁頓讓他改變了主意，條件是將扎爾·比恩·哈桑交給中間人的老闆。哈桑是歷史上殺死以色列情報部門摩薩德特工最多的人，狂熱的反以色列激進份子。摩薩德多年來一直組織人手抓捕，但除了一張模糊的背影照片，外界從未見過他的真容。納瓦比曾經的拍檔為抓捕哈桑喪命，她本人也受重傷。哈桑組織的多起襲擊事件中，伊朗的皮欣爆炸案造成納瓦比的弟弟沙辛死亡。有傳聞，這次的綁架事件就是哈桑策劃，目的是懲罰該公司為以色列防導系統提供技術支持。為此雷丁頓聯繫了納瓦比，聯手追捕這個神秘的哈桑。中餐館裡，店員正在忙碌著。一名又高又瘦的黑人男子和藹可親的詢問店員，是否見過照片裡的人。店員看著他手裡的照片，照片上是伊利莎白和湯姆的合照。她本來還有點疑慮，但很快就被馬汀斯的謊言打消。馬汀斯聲稱照片中女子的叔叔有筆遺產。店員聞言放鬆了警惕，將湯姆留下的電話號碼交給了馬汀斯。這個號碼很快就到了卡奇奧普羅斯手裡。此時FBI的行動小組內，萊斯勒在向法務部的雷文和專家組負責人勞雷爾證明是中情局秘密行動主管卡奇奧普羅斯派出秘社殺手馬汀斯到克蘭德爾爵士的“方舟”飛機，目的就是除掉雷丁頓和伊利莎白。只不過，僅憑一張監控上的照片，無法讓說服雷文和勞雷爾。勞雷爾再次聲明，FBI和中情局可以分頭追查線索，但必須共享情報信息，否則嚴懲不怠。會談結束，雙方各自行動。抓捕哈桑並非行動小組的責任，但為了納瓦比和她的弟弟，萊斯勒和阿蘭姆毅然決然的接下了這項任務。此時，一段視頻出現在新聞網站。一名被綁架的員工被迫宣讀了綁匪的聲明，確認了綁架人數及目的後，即被綁匪槍殺。萊斯勒看到這段視頻，命令納瓦比與在美國活動的摩薩德特工聯繫，攜手捉拿大魔頭哈桑。就在納瓦比分析視頻細節時，阿蘭姆私下告訴萊斯勒一個秘密。他繞過中情局的防火牆，發現卡奇奧普羅斯的手下正在監聽一個電話號碼，很有可能是伊利莎白或雷丁頓的電話。雖然這樣做是違法的，但阿蘭姆很喜歡這樣的感覺。納瓦比也有了發現，她從被害人眼鏡片的反光里看到了幾個發電廠標誌性的煙囪，地點確定為塞林傑電力公司。萊斯勒召集FBI特警人員迅速包圍電力公司。納瓦比也叫來了摩薩德人員，他們有抓捕哈桑的經驗，有可能對行動有所幫助。偵查人員通過熱成像及針孔相機了解了內部情況，基本確定了恐怖份子的方位，並且一個發號施令的人應當就是頭目哈桑。在摩薩德特工協助下，萊斯勒強攻進入發電廠，瞬間擊斃擊傷恐怖份子，解救出人質，只有狡猾的哈桑趁亂逃走。此外，FBI還在電廠內發現鐵籠和幾個關在籠內的人員。讓納瓦比意外的是，被認為多年前死於爆炸的弟弟沙辛也在其中。當年爆炸案後，納瓦比並沒有見到屍體，只能通過血液分析判斷弟弟已經屍骨全無。父母遇刺身亡時，納瓦比曾發誓保護弟弟沙辛。此事對她打擊很大。這次意外的重逢，對納瓦比而言不安多於驚喜。在清理戰場後，除哈桑逃脫，一名恐怖份子受傷被俘，其餘均被擊斃。為了儘快得到哈桑的訊息，納瓦比建議到摩薩德的據點審訊，以避免繁瑣的手續過程。庫珀和湯姆在廚房裡商量如何讓卡拉庫爾特開口，夏琳戰戰兢兢的聽著面前兩人的對話。車庫裡傳來聲響，三人馬上回到車庫，看見手腳被綁的卡拉庫爾特已經從後備箱翻了出來，抱著一瓶洗衣液，側躺在地上痛苦的喘息著。這是瓶可降解的洗衣液，由大豆製成。庫珀立刻意識到這個頑固的傢伙對豆類過敏，他想用這種方法自殺。庫珀和湯姆想辦法催吐，夏琳則跑到有過敏史的鄰居家，借來腎上腺素保住了卡拉庫爾特一命。對這個寧死不開口的傢伙，湯姆真想不出什麼辦法。雷丁頓得知哈桑從突襲行動中逃脫，多少有些失望。他轉而找到幫助哈桑偷渡入境的蛇頭，看看能否得到一些訊息。在雷丁頓的槍口下，蛇頭說出哈桑可能躲藏的地址。這時湯姆打來電話，要與伊利莎白見面，雷丁頓不認為這是好主意。電話很快掛斷，可卡奇奧普羅斯已經監聽到了內容，阿蘭姆同樣監聽了這個電話。
第三季第8集清晨維吉尼亞州郊區的公路上，雷丁頓和伊利莎白開著一輛破舊的越野車前往伊恩書店。今天從“主任”保險箱裡拿到的巨款將會到那，雷丁頓要親自領取這份包裹。為了防止萬一，鄧比提前抵達書店等候伊恩到來，雷丁頓會隨後抵達。到了一座加油站，伊利莎白去洗手間，雷丁頓則給車輛加油。連日的奔波讓伊利莎白面容憔悴，特意在洗手間裡漱洗了一會。當她出來後，卻發現雷丁頓和車子都無影無蹤。電話沒人接聽，鄧比也沒接到雷丁頓的電話，伊利莎白情急之下向納瓦比求助。此時納瓦比正躺在萊斯勒的床上，經歷了昨天再次失去弟弟的痛苦，她急需安慰。這或許辜負了一往情深的阿蘭姆，可當時她也沒有多想。接到伊利莎白電話時，萊斯勒在衛生間沐浴。伊利莎白說出雷丁頓的電話號碼，希望納瓦比能幫忙定位手機方位，並叮囑不能讓萊斯勒知道。納瓦比打開萊斯勒放在床頭的電腦，查出手機在大衛灣附近的舊車回收場。告訴伊利莎白結果後，納瓦比急忙將電腦放好，生怕被萊斯勒發現她曾幫過伊利莎白。萊斯勒出來，似乎並未發現異常，聊了幾句就拿上電腦匆匆上班。剛到行動小組，萊斯勒就取出電腦讓阿蘭姆恢復被清除的檢索記錄。原來他已經察覺納瓦比的動作，只是沒有點破。安排好後，萊斯勒上樓，法務部的雷文正在等他匯報工作。對於庫珀的行為，萊斯勒無法接受。有關伊利莎白與湯姆見面的事情，他只告訴過庫珀，在中餐館的抓捕行動失敗，無疑是庫珀向湯姆泄露了訊息。而在對馬汀斯的調查上，萊斯勒已經查出他是被中情局除名的探員，曾駐非洲工作。雷文打算詢問勞雷爾，她對非洲事務比較熟悉。萊斯勒負責查清庫珀與湯姆的行動。與此同時，庫珀家中，湯姆緊張的看著窗外。屋外人影閃動，很明顯有人試圖闖入，目的自然是為了卡拉庫爾特。湯姆和庫珀拿著手槍藏身角落嚴陣以待，卡拉庫爾特雙手被縛蹲在兩人身後，夏琳則在樓上躲避。武裝人員破門進屋，卡拉庫爾特突然衝出角落，以為能獲救，沒想到來人直接將槍口對準他。幸虧湯姆反應及時，擊斃對方。看來秘社並不打算救人，而是要滅口。庫珀馬上招呼另外三人乘車離開。納瓦比剛到行動小組，阿蘭姆就告訴她萊斯勒的奇怪行為，居然要查自己電腦上的檢索記錄。這讓納瓦比心裡一震，語帶懇求的請阿蘭姆不要告訴萊斯勒結果。在解釋為什麼要用萊斯勒電腦檢索時，納瓦比只能謊稱當時萊斯勒的電腦在她的辦公桌上。阿蘭姆半信半疑的答應下來。不過感情會沖暈理智，阿蘭姆在檢查的過程中發現納瓦比是在清晨使用了這台電腦，而且IP位址顯示是萊斯勒家。感覺被欺騙的阿蘭姆確認伊利莎白會得到公正調查後，將檢查出的結果告訴了萊斯勒。得知納瓦比私下幫助通緝犯，萊斯勒非常氣憤。納瓦比也不再隱瞞，說出是自己通知了湯姆才導致中餐館行動失敗。她這么做的原因很簡單，伊利莎白被捕的下場只有死路一條。萊斯勒意識到自己錯怪了老上司庫珀，更是無法原諒納瓦比的所作所為，一怒之下將納瓦比解僱。阿蘭姆這時後悔自己的衝動之舉，卻為時已晚。伊利莎白根據納瓦比提供的方位，在舊車場裡找到了雷丁頓的車。后座上有血跡，手機掉落在后座前的地板上，人卻不見蹤影。此時雷丁頓慢慢清醒過來，發現自己被銬在房車的角落裡，三個壯漢不懷好意的看著他，一個打扮妖治的女人躲在為首的男人後面。雷丁頓知道自己落入了公路劫匪的手裡，他們綁架公路上的司機，洗劫一空後再把司機丟在路邊。這種罪犯沒有什麼頭腦，雷丁頓反而並不擔心。這四人正是號稱“公路之王”的犯罪團伙，為首之人叫卡仕，還有一名幫凶賈斯伯在拖車公司負責物色目標並拖走車輛賣到舊車回收場。顯然雷丁頓低估了卡仕的智商，他認為雷丁頓衣著昂貴卻開輛破舊的老車，很可能是在跑路，一定可以榨更多油水。為了套取信息，卡仕讓女友吉莉色誘雷丁頓。吉莉貌似單純，實則心狠手辣。看到雷丁頓不為所動，順手拔出隱藏在玩具娃娃里的匕首，想強行逼問。不過雷丁頓隱藏在皮帶下的兩萬多美元讓她眉開眼笑，喜滋滋的跑出房車，到卡仕面前邀功，卻沒發現匕首掉在了地板上。雷丁頓抓緊機會，用匕首撬開手銬，然後靜觀其變。也正是這筆錢引起了團伙的分歧，賈斯伯的好友巴勃羅認為應當有賈斯伯一份，頭目卡仕卻不這么想。另一個貪心的同夥伯恩拿著槍進來，想找找是否有更多的錢財。雷丁頓出其不意的奪下手槍，朝著伯恩的肚子就是一槍，然後拿走車鑰匙準備逃離，但被聞聲而至的卡仕截住。伊利莎白在竭盡全力尋找雷丁頓。她從舊車場老闆處得知車子是由一個叫賈斯伯的拖車工送來。在酒吧里伊利莎白假裝與賈斯伯邂逅，態度親熱，待對方上當後偷偷查看其手機信息，上面果然有同伴巴勃羅發來的信息。
第三季第9集伊利莎白在曾經的搭檔萊斯勒押送下回到FBI的行動小組總部，曾關押著雷丁頓的貨櫃式監獄成為了她臨時的落腳處。伊利莎白作為俄羅斯間諜被捕，激活了特定流程。白宮顧問辛西婭·帕娜貝克要求將伊利莎白轉移到聯邦法院，並已下發執行令。這打亂了中情局主管卡奇奧普羅斯的計畫，他原本想將伊利莎白送到中情局審問，再藉口其奪槍反抗予以滅口。距離聯邦法院執行押運僅有三個小時時間，勞雷爾命令卡奇奧普羅斯儘快徹底解決伊利莎白，以絕後患。萊斯勒完成押送任務後，卻總無法聯繫上雷文，心中有種不詳的感覺。這時他看到卡奇奧普羅斯正帶著一幫手下走向伊利莎白的關押點，急忙上前阻攔。卡奇奧普羅斯聲稱接到俄方情報，美國本土即將面臨恐怖攻擊，因此他要押伊利莎白回中情局審問。因雷文失蹤，無人能質疑卡奇奧普羅斯的說法，萊斯勒打定主意絕不說出打開牢門的密碼。卡奇奧普羅斯不屑的一笑，他早已從FBI主管處拿到了密碼。可他還沒來得及收回笑容，就發現密碼已經被人改動，牢門紋絲不動。卡奇奧普羅斯馬上下令手下著手破解密碼，必須在聯邦法警趕到前帶走伊利莎白。萊斯勒擔心自己無法阻止卡奇奧普羅斯，偷偷打電話向雷丁頓求助。雷丁頓暫時無力幫助，萊斯勒只能靠自己的能力。不過雷丁頓告訴了萊斯勒一個好訊息，俄羅斯殺手卡拉庫爾特已經同意向美國政府認罪，其中包括秘社安排陷害伊利莎白的行動，並且卡拉庫爾特已經在庫珀和湯姆的保護下躲藏在湖邊小屋。這無疑是針強心劑，讓萊斯勒恢復了一些戰鬥的信心。看到卡奇奧普羅斯的手下在破解密碼，萊斯勒衝進勞雷爾的辦公室，希望這個雷文最信任的朋友能出面，就像前次因為卡奇奧普羅斯不共享情報一樣，再次將他踢開。勞雷爾裝出不能越權的模樣拒絕了。萊斯勒為了說服勞雷爾，情急之下說出卡拉庫爾特的事情，以此證明伊利莎白有可能被冤枉，希望勞雷爾能出手阻止卡奇奧普羅斯。勞雷爾聽到此事心中一驚，卻不動聲色的安慰萊斯勒。為了儘快打發萊斯勒並向秘社匯報此事，勞雷爾稱雷文曾提到過一個同事，湯米·馬金，此人或許與雷文的失蹤有關，希望萊斯勒著手調查。從勞雷爾的辦公室出來，萊斯勒急忙找到阿蘭姆。湯米·馬金的名字萊斯勒只和雷文一人說過，他已經明白勞雷爾也是秘社成員，而且雷文很可能已經遇害，最糟糕的是他將庫珀等人置於了危險之中。因為湖邊小屋沒有信號，萊斯勒根本無法聯繫上庫珀。阿蘭姆看著萊斯勒焦急的模樣，讓他馬上前往小屋。密碼正是阿蘭姆修改的，他確信卡奇奧普羅斯的手下無法破解，伊利莎白暫時不會有事。如果卡拉庫爾特有任何閃失，伊利莎白就無法洗脫罪名，之前做的努力都將付之東流。伊利莎白和鄧比均被抓。僥倖逃離的雷丁頓已經布置好了詳細的計畫為伊利莎白洗脫罪名，他需要的是時間和人手。納瓦比被趕出的行動小組，但她幫助伊利莎白的心是堅定的，她成了雷丁頓的最好幫手。首要任務是取回被FBI取走的“包裹”。納瓦比分析，當地州政府沒有可以保存證物的FBI辦事處，因此包裹會被送往更遠的匹茨堡。為了在人不知鬼不覺和情況下取回包裹，雷丁頓和納瓦比布置了一個重大的犯罪現場，一輛載有大量毒品並撞上大樹的汽車，幾輛假警車，幾個假警察，幾梭子彈製造的彈孔。布置停當後，納瓦比馬上聯繫當地警方要求鑑證科派人來接收毒品，以留存作證。不一會正在開往匹茨堡的鑑證科車輛繞道趕來，在同夥的配合下，納瓦比偷偷將車裡的“包裹”取出，鑑證人員沒有發現絲毫異常。取得包裹後，雷丁頓用自己的方式見到了委內瑞拉外交部長。他要給這個反美國家一份厚禮，用以換取他們的支持。當外交部長打開“包裹”時，裡面整齊擺放著12塊百元美鈔電板。有了它們就可能隨心所欲的印製美元，完全不用擔心美國的制裁。這讓雷丁頓提出的任何無理要求都變得可以接受，外交部長有些心動了。原先是卡奇奧普羅斯用來保命的後路，現在成了為伊利莎白洗冤的籌碼。庫珀等人押著卡拉庫爾特已經到達了湖邊小屋。庫珀不希望妻子捲入這場危險的戰鬥之中，留下湯姆看守著犯人，自己開車送妻子夏琳去親戚家躲避。在路上，庫珀的電話響起，電話那頭正是焦急的萊斯勒。只是庫珀已經離開小屋很長時間，反倒是萊斯勒能更快到達木屋。在得到地址後，萊斯勒加大油門趕往湖邊小屋。
第三季第10集“卡普蘭先生”從鐵門上的窺視孔審視來人後再打開門，來人正是阿蘭姆。庫珀、馬文律師、納瓦比也隨後到達。對雷丁頓忠心耿耿的僱傭兵巴茲負責安保措施，不許任何人隨身攜帶武器及手機。這幫人馬組成了行動小組，他們的目標就是回擊秘社，還伊利莎白清白。雷丁頓最後出現，簡單敘述了自己的計畫。只是因為性格及行事習慣，並沒有向眾人講明細節。他已和律師馬文制定出反擊計畫，突破點就是主任彼得·卡奇奧普羅斯。先通過破壞弗地安特企業打擊秘社的資金來源（第3集內容），從燈神處得到的名單也是打擊秘社的籌碼（第4集內容），再通過方舟掏空了主任的小金庫（第6集內容），所有這一切行動都是為了削弱主任的影響，造成秘社內部互不信任和分歧。最後雷丁頓用哈桑（第7集內容）換到了美鈔電板，說到這裡，納瓦比心頭一痛。現在萬事俱備，眾人將在雷丁頓的指揮下，完成雷霆一擊，還伊利莎白自由之身。與此同時，押送伊利莎白的車輛也被各家媒體追蹤報導，法院門口也有人群聚集。明顯有人泄露了訊息，想趁混亂刺殺伊利莎白。而且勞雷爾是混入白宮的秘社成員，誰都不知道聯邦法院是否會有秘社的線人。伊利莎白擔心自己難逃毒手，寫下遺囑交給了萊斯勒，萬一有個三長兩短，也會有人完成自己的遺願。當晚，伊利莎白就在聯邦法院的拘押室過夜，萊斯勒就坐在門口寸步不離，等待第二天辯護律師的到來。伊利莎白的擔心沒有錯，勞雷爾和彼得並不甘心在FBI的失敗，已經著手收買了聯邦法院的一名安保人員艾弗森，在伊利莎白轉移時實施滅口行動，而聯邦法院裡秘社安排的地方檢察官和法官則會確保艾弗森以精神問題無罪獲釋。雷丁頓必須儘快實施計畫。計畫的第一步就讓庫珀大吃一驚，綁架中情局秘密行動處主管彼得·卡奇奧普羅斯。馬文通過長期監視，發現彼得的妻子琳達患有恐慌焦慮症，依賴藥物控制。為此，彼得和琳達每周會定期到心理醫生處進行婚姻諮詢，保證婚姻生活健康。唯一能抓住彼得的機會，就是沒有保鏢在場的諮詢時間。雷丁頓早就租下同一幢大樓的8層，按診所的布局裝修。當彼得和妻子乘電梯到診所所在的6樓時，阿蘭姆就要黑進大樓電梯系統，控制電梯到8樓。而納瓦比和庫珀的任務就是讓彼得提前去進行婚姻諮詢。第二天，一場攻防戰開始。聯邦法院裡，伊利莎白在辯護律師艾莉森·蓋恩斯的陪同下接受審訊。俄歐分析處14條人命，被感染死亡的參議員霍金斯以及被射殺的法務部長康納利，共16項謀殺指控，外加叛國罪和間諜罪，每一條都能讓伊莉莎白被判死刑。鑒於有間諜罪指控，法官允許伊利莎白轉移到國土安全局接受調查。而法院門口，在萊斯勒的安排下，大批媒體記者雲集，湯姆特意押著卡拉庫爾特經過記者面前引起騷動。在記者們追問下，萊斯勒發表簡短聲明，以防止秘社再次對卡拉庫爾特做出不利行動。同時，雷丁頓帶著卡普蘭先生、馬文、鄧比、阿蘭姆等人先到診所大樓內準備。納瓦比在大街上看到拿著咖啡的彼得妻子琳達走近，“不當心”撞到她身上，碰灑了咖啡。為了表示歉意，納瓦比堅持再買一杯作為賠償，但琳達拿到的其實是庫珀調包的咖啡。琳達喝下咖啡後，很快就感覺頭暈胸悶心跳加快，不遠處的庫珀“好心”上前攙扶。琳達以為是恐慌症發作，請庫珀代為聯繫了主治醫生。在琳達打車去診所時，主治醫生也聯繫了彼得，讓他儘快趕來。彼得就如同雷丁頓計畫的那樣，帶著兩名保鏢來到大樓。一名保鏢在大堂戒備，另一名保鏢陪同彼得乘電梯前往6樓。彼得走進假冒診所大門時，並沒有感覺出異常。保鏢留在大門口等候，彼得獨自一人走過前台，逕自走進“主治醫師”的辦公室。可門後卻是沒有裝修的房間，雷丁頓就站在房間裡。躲在門後的鄧比等人一擁而上，迅速向彼得的脖子注射了鎮靜劑。6樓診所里的琳達還在焦急等候丈夫的到來。醫生聯繫了彼得的辦公室內線，在大堂的保鏢接到了電話，聽到主管還沒到診所也很詫異，馬上聯繫陪同主管的保鏢，這時他們才發現主管彼得失蹤。雷丁頓帶著失去意識的彼得從貨運電梯離開，僱傭兵巴茲和鄧比負責殿後。等兩名保鏢從假診所一路追趕到大街上時，雷丁頓等人已經打著法醫辦公室的幌子，將彼得堂而皇之的運上車消失在車流中。等彼得恢復意識，搖搖晃晃的從單人床上醒來，發現自己身處大西洋上空，委內瑞拉政府的豪華專機上。雷丁頓和委內瑞拉外交部長迪亞茲正在會議桌旁靜候他的清醒。雷丁頓不認為彼得是人質，而應當是犯人。他明確的告訴彼得，迪亞茲代表委內瑞拉政府指控彼得犯有戰爭罪和反人道罪等罪行。飛機的目的地是荷蘭鹿特丹，抵達後荷蘭警方將會押送彼得到海牙國際法庭接受審判。如果此事發生，會對美國的國際聲譽造成重大影響，導致政府倒台，彼得也會成為千古罪人。彼得還想出言威脅。可委內瑞拉政府已經有了12塊百元美鈔電板，根本不懼美國的制裁。甚至只要總統同意，委內瑞拉就可以大量印製美元，破壞美國經濟。因此對於彼得的威脅，迪亞茲只是輕蔑的一笑。
第三季第11集屋內一片血腥，“卡普蘭先生”熟練的指揮著幾名私下招募的清潔女工清理屍體和血跡。突然兩名大漢沖了進來，“噗噗”幾聲後，清潔女工倒在無聲手槍的槍口下。手槍指著“卡普蘭先生”的頭，卻沒有摳動扳機。來人留下了她一條命，讓她給雷丁頓傳個話，他們已經知道雷丁頓的所作所為。“卡普蘭先生”看著兩人走出房門，明白雷丁頓為FBI提供情報的秘密已經泄露。重獲自由的伊利莎白回到行動小組，只是待遇已經不同，警徽與特別持槍證被收回。不過比起一周前面臨著十六項謀殺罪名及叛國罪指控，目前的情況已經很不錯了。從FBI出來，伊利莎白來到雷丁頓的公寓，在門口碰到正要離開的“卡普蘭先生”。雷丁頓剛看到伊利莎白就提供了一條新情報，“貝殼島”。伊利莎白非常詫異，之前三個月的逃亡生活，對雷丁頓似乎沒有任何影響。看到伊利莎白詫異的表情，雷丁頓微微一笑，前三個月的生活正是他之前25年所過的生活。現在為行動小組提供諮詢的生活，就如同是在休假。貝殼島是一個代號，指一群犯罪團伙為特定目的聚集。主持人馬庫斯·卡利朱里領導著規模龐大的武器供應商——帕特爾·戴集團，數個國際犯罪團伙和黑手黨組織。每當有重大問題，貝殼島聚會就會舉行。聚會地點是機密，與雷丁頓有競爭關係的霍華德·詹斯諾負責本次聚會的交通安排。如果FBI調查霍華德這條線，就能將與會的眾多犯罪集團一網打盡。FBI的秘密行動小組，伊利莎白向小組成員講述了貝殼島聚會的來龍去脈，以及與會人物的重要性。能將這些惡貫滿盈的傢伙抓捕歸案，讓行動小組充滿了動力。阿蘭姆很快從電腦系統中找到了霍華德的地址，庫珀馬上下令抓捕。伊利莎白下意識的站起身，但庫珀按在她肩頭的手，讓她意識到自己已經不是探員，不能再參加外勤行動，心頭多少有些失望。坐不住的伊利莎白來到碼頭，湯姆正在遊艇旁擺弄著零件。看到伊利莎白到來，湯姆內心激動。當初的婚姻充滿了欺騙，這次湯姆想真誠的向伊利莎白求婚。雖然只是一個墊片，但湯姆希望伊利莎白能再次答應嫁給他。經過之前三個月的逃亡生活，伊利莎白無法告訴湯姆自己以後想要的是什麼，她只知道現在她想得到什麼，那就是一場乾柴烈火般的激情。此時行動小組已經抓到了霍華德，從審訊中得到了一名與會者的地址。FBI迅速出動，到達指定地址後，沖入屋內。屋內只有一個西裝筆挺，滿頭銀髮的男子，他身邊的皮箱裡裝滿了大量檔案檔案，都是行動小組根據雷丁頓提供情報所破獲的案件。當萊斯勒質問該男子姓名時，得到的回答是“雷蒙德·雷丁頓”。萊斯勒和在場的納瓦比都是一愣，不敢相信。伊利莎白接到行動小組電話後，馬上趕回了FBI。雷丁頓曾失蹤25年，當時FBI根本未收集到任何與他有關的DNA，照片等證據，無從辨別真假。從該名“雷丁頓”的皮箱裡搜到的資料，都是黑名單上的案件，很多都是機密檔案，從未公布過。庫珀只能讓伊利莎白出馬，審問“雷丁頓”是如何得到的這些檔案。和兩年前初次見到雷丁頓一樣，伊利莎白來到監禁區，等貨櫃式的牢房慢慢打開，面對面的坐在“雷丁頓”的面前。銀髮“雷丁頓”對伊利莎白開門見山式的提問，並沒有直接回答，而是講起了自己的事。他一直搞不清楚，為什麼自己的合作夥伴會一一被FBI抓獲。直到在電視上看到了“自己”協助伊利莎白逃亡的新聞，他才恍然大悟，有人在打著自己的旗號，利用FBI和伊利莎白清除對手。銀髮“雷丁頓”願意提供有關貝殼島的情報，前提是要與另一個雷丁頓面對面交談十分鐘。雷丁頓站在螢幕前看著牢房裡來回踱步的“雷丁頓”。他不關心那些機密檔案是如何泄露的，而是擔心自己與行動小組的關係。顯然之前追捕伊利莎白的行動曝光了這層關係，謠言四起。在他看來，牢房裡的“雷丁頓”正是別人派來確認其是否與FBI有聯繫的手段。牢房裡的“雷丁頓”好像也感覺到了雷丁頓的到來，通過牢房裡的麥克風對雷丁頓出言嘲諷。貝殼島聚會邀請了銀髮“雷丁頓”，而不是站在螢幕前的雷丁頓，這就已經證明了孰真孰假。為了能見一面，銀髮“雷丁頓”主動提供一條情報作為交換。FBI的一名行政人員珍妮特·麥克納馬拉將會被人綁架，策劃綁架的人正是貝殼島聚會的主持人馬庫斯。珍妮特是FBI的高級管理人員，掌握局裡所有線人的信息，包括雷丁頓。馬庫斯的目的很簡單，就是為了確認雷丁頓是否為FBI的線人。庫珀馬上下令萊斯勒和納瓦比前往保護珍妮特。無法出勤的伊利莎白借這個時間與中介一起看房子，想安置個新家。不過當中介看到申請表上伊利莎白·基恩的名字時，委婉的拒絕了伊利莎白的申請。看來還是有很多人對涉嫌叛國罪的她沒有好感。萊斯勒和納瓦比在鋼琴學校找到了接女兒下課的珍妮特，正遇上持槍綁匪。雖然擊斃兩人，但珍妮特仍被趕來支援的匪徒劫走。
第三季第12集伊利莎白出院回到剛租下的公寓，沒有心情收拾屋裡零亂擺放的雜物，坐在桌旁寫著孩子對自己的好處和壞處。孩子能讓她過上嚮往已久的正常生活，但身為重刑犯的處境讓她無法奢望普通人的生活。敲門聲傳來，伊利莎白知道是湯姆來送早餐，急忙將手中的紙張收好。湯姆除了帶來早餐，還帶來個好訊息。他在波士頓的一所高中找到份教歷史的工作，馬上要趕去面試。如果成功，他希望伊利莎白能一起去波士頓生活，離開現在的是是非非。伊利莎白沒有馬上回答，也沒說出懷孕的事，拿上早點匆匆出門上班。在門口，伊利莎白碰到抱著孩子的鄰居，兩人善意的一笑，擦身而過。伊利莎白到了行動小組，雷丁頓已經在向小組成員講述一個案件。愛德華·韋斯頓曾是雷丁頓的同事，他的被殺一直沒有破案。而今天發現另一名受害人威廉·多德，死狀相同，同樣是被一種中世紀的刑具，向口中灌入了熔化的鉛水。類似作法是中世紀活躍於日耳曼地區的菲默會特有，他們得到當時大主教的支持，以暴易暴懲罰罪人。很可能又有人再次組織了這個秘密宗教組織，受害人一定還有更多。庫珀下令阿蘭姆從系統中尋找類似手法的懸案，萊斯勒和納瓦比負責了解多德的情況，伊利莎白自告奮勇調查鉛的來源。散會後，大家各自行動。在伊利莎白辦公桌旁，雷丁頓悄悄遞給她一把手槍。伊利莎白忍不住將懷孕的事告訴了像父親一般的雷丁頓，沒想到雷丁頓早已從她行為舉止的變化中有所察覺。顯然伊利莎白還沒有做好準備，雷丁頓也提醒她孩子的出現會讓目前的形勢平添更多障礙。說完後，雷丁頓離開了FBI，他還有自己的事要處理。萊斯勒和納瓦比來到受害人多德的家，從他妻子的口中得知多德是個熱心的好男人，積極參與社區活動，經常在孩子們的生日聚會上扮演小丑，逗大家開心。可萊斯勒發現事實可能並非如此，多德家中擺放的照片裡，唯獨沒有他的獨生女兒艾米的照片。或許艾米知道自己父親更真實的一面。阿蘭姆和伊利莎白也從繁多的檔案中找到了十餘起符合菲默會手法的謀殺案，受害人都遭受了中世紀的酷刑折磨，而受害人均為沒有前科的“清白”之身，為何被害無從得知。阿蘭姆也找到了多德女兒的情況，她已經更名麗莎·尼爾，開始新的生活，似乎在躲避什麼。萊斯勒和納瓦比立刻前往調查，得到的情報果然令人髮指。多德實際是個人面獸心的戀童癖，借著小丑的角色接近並性侵男童。女兒艾米發現了父親的罪行，卻沒人相信。於是艾米選擇離家出走，並改名換姓。在她看來，無論是誰殺死了父親，都是為民除害。此時在人來人往的大街上，一個人正觀察著從計程車上下來的兒童心理醫生坎貝爾·邁耶博士。他拿到了資料，有證據證明邁耶博士也是個變態的戀童癖。在周密安排下，幾名菲默會成員利用下班時診所無人之際，強行綁架了邁耶。伊利莎白下班回到公寓，再次遇上抱著孩子的鄰居，話題很自然的談到了孩子。養育孩子的過程有苦有樂，熱心的鄰居也願意隨時幫助伊利莎白解答疑問。伊利莎白道謝後進了家門，湯姆正在等她。湯姆看到了有關孩子的好處壞處表，意識到伊利莎白有了身孕。他曾想和伊利莎白領養一個孩子（第一季內容），而現在有了自己的孩子，心情自然無比激動。這股熱情馬上就被澆滅，伊利莎白打算將孩子送給別人收養。畢竟只要和雷丁頓在一起，生活就會充滿犯罪、仇恨、暴力，誰也不希望孩子生活在這種環境裡。湯姆沒有放棄，努力勸說，希望伊利莎白再次考慮去波士頓展開新生活的建議。在城市另一頭的房間裡，雷丁頓和毆打伊利莎白的人面對面的坐著，講述著自己因傷害他人而有過的內疚。這時接到訊息返回了行動小組的伊利莎白打來電話，告之菲默會是在獵殺戀童癖。不管其他人如何，雷丁頓知道曾經的同事愛德華·韋斯頓做過很多壞事，但絕不是戀童癖，此事一定另有隱情。掛斷電話後，雷丁頓抬手向對面的人開了幾槍，作為他毆打孕婦的懲戒，這一次他心裡沒有任何內疚。隨後雷丁頓把現場交給了“卡普蘭先生”清理，他要去尋找殺死韋斯頓的嫌疑人傑拉爾德·沙利文。經過一晚的調查，阿蘭姆從熔鉛的成份確定了供應商，並從客戶清單里找到一個最可疑的目標——聖詹姆斯避難所，是一處為前科犯提供過渡住所的地方。他們購入鉛塊，熔化後用於製作宗教飾品，很容易成為菲默會這種宗教組織的根據地。萊斯勒和納瓦比帶著武裝人員搜尋了避難所，在地下如同迷宮般的甬道中，發現了已經被燒穿肚腸的邁耶博士。幾名躲在暗處的菲默會成員試圖反抗，被探員擊斃或活捉。在避難所里也發現了每個受害者的資料，其詳細程度不亞於警方的調查資料。在之後的屍檢中，更是讓人吃驚。三具菲默會成員的屍體全身無毛髮，且被閹割。法醫從他們下身的傷口形成角度判斷，他們應當是自行閹割。對這幾名成員的指紋比對中發現其中一人名叫哈蘭·豪爾特，曾因性侵未成年人獲刑七年。從這些情況分析，萊斯勒和納瓦比認為菲默會成員也是戀童癖患者，但他們自願閹割贖罪，並在某人的領導下懲罰其他仍在作惡的罪人，以宗教名義進行一場惡魔獵殺魔鬼的行動。
第三季第13集紐約市的瓦卡洛家族成員哈皮死於一場槍戰，兇手正是有多年宿怨的埃里克松家族成員。眼看這兩大黑幫家族之間將要發生更大規模的血腥火併，一個人出現，並決意從中調停，幫這兩個家族摒棄前嫌。他就是阿里斯泰爾·皮特，外號破冰人。他的本事就是讓家族合併，並從中獲得利益分成。即使是兩個相互仇視的家族，他也能用自己的方法達到目的。伊利莎白不想讓自己的孩子一出生就生活在犯罪的陰影之中，打算通過領養機構，找到更合適的父母。她唯一的要求就是公開雙方的姓名，這樣她也能在以後的生活里參與到孩子的成長之中。領養的事情，伊利莎白還沒有告訴湯姆，而湯姆也有一件事沒有告訴伊利莎白。因為失去了波士頓的工作，為了攢錢和伊利莎白及自己的孩子開始新的生活，他再次聯繫了以前的搭檔吉娜，參加一次犯罪活動——搶劫以殘忍著稱的地下珠寶交易所，蘭登·德格魯特珠寶行。伊利莎白從領養機構回到家，一開門就看到坐在沙發上的雷丁頓和站在他身後的鄧比。雷丁頓聽出伊利莎白還在為之前的事生氣，立刻轉移話題說起了破冰人。破冰人皮特很少在公開場合露面，這一次出面合併兩大有巨大殺傷力的家族，說明事態緊急。這兩大家族一旦合併成功，東海岸的販毒組織將重新洗牌，小的幫派會被清洗，血腥屠殺就在所難免。行動小組內部對兩個家族進行了調查，庫珀決定與緝毒署合作，對兩個家族進行監聽。不過參與部門合作的緝毒署主管塔克很不友善，對行動小組拒絕透露情報來源非常不滿，對曾有叛逃嫌疑的伊利莎白更是懷有敵意。兩個部門合作監視兩大家族負責人丹尼爾·瓦卡洛和馬茲·埃里克松的見面。這次會面由破冰人皮特組織的，他提出運用古老的方法重新建立家族關係——聯姻。埃里克松家族的小兒子娶瓦卡洛家族的小女兒，通過婚姻結束家族間的殺戮，聯手控制東海岸的毒品交易市場。馬茲和丹尼爾原本對這種建立在脆弱婚姻上的合併提議不屑一顧，但當皮特拿出他的客戶名單，以證明他有能力摧毀任何敢於違反誓約的一方，再加上合併後的確能讓兩個家族獲得更多利潤。於是這個違背現代文明的約定就在雙方家長的點頭下通過，但仍存在一個障礙，埃里克松家族小兒子克里斯托弗的女友安娜。行動小組和緝毒署雖然有了破冰人皮特的照片，但因為程式和技術等原因無法確定其行蹤。雷丁頓還是使用他自己更有效的方法，通過線人安排紐約市所有的門童、前台、酒店女傭查找皮特，很快就從酒店服務員處得到了訊息。萊斯勒都納悶，雷丁頓是如何知道破冰人下塌的酒店。FBI迅速在酒店裡安插了監視人員，阿蘭姆也通過酒店登記進一步調查破冰人的真實身份。皮特離開了酒店，萊斯勒緊隨其後。萊斯勒發現他來到一處醫院門口，佇立等候了一會後又轉身離開。萊斯勒繼續跟蹤，沒注意身後從醫院裡出來一對親密的情侶。一輛SUV在街口疾馳而來停在小情侶的面前，車裡人舉槍一番掃射後迅速離開。這對情侶正是克里斯托弗和他至愛的女友安娜，安娜身中數槍倒地身亡，克里斯托弗“僥倖”未受傷。萊斯勒看到有人受傷，顧不上跟蹤皮特，上前幫忙。皮特從角落中轉了出來，一臉陰笑的快步離開現場。他計畫中的障礙被剷除了。克里斯托弗悲痛欲絕，認為是瓦卡洛家族為哈皮之死實施的報復行動，他希望父親能帶領家族成員進行反擊。但馬茲沒有同意，反而勸說兒子與瓦卡洛家族聯姻，以避免類似的悲劇再次發生。而此時瓦卡洛家族的小女兒艾麗西亞已經同意父親的決定，她自願為了家族利益犧牲自己的幸福。破冰人的計畫已幾近成功，只差最後一步，在兩家族成員面前宣布。馬茲正在準備兒子的訂婚儀式，意外的發現雷丁頓站在自家的廚房裡。雷丁頓事先得到訊息，緝毒署要對港口進行突擊搜查。在他的安排下，埃里克松家族藏匿在港口的上千萬毒品在搜查前就安全轉移。這些當然是FBI策劃的，雷丁頓也憑著這份“大禮”得到了馬茲的邀請，參加兩大家族的訂婚儀式。雷丁頓得到了兩大家族聚會的地址卻並沒有告訴行動小組，他還包藏著自己的私心。但阿蘭姆已經有了發現，查到了破冰人的真實身份，並從電話監聽中得到了聚會地點在格林沃爾德酒店。FBI和緝毒署馬上在酒店裡安插了人手，並在周邊布置了武裝人員隨時應付可能發生的各種情況。監視螢幕前的伊利莎白、萊斯勒和緝毒署的塔克驚訝的發現雷丁頓竟然也進入了酒店。不知內情的塔克幾次下令抓捕雷丁頓，都被萊斯勒阻止，因為他們的目標是破冰人皮特。
第三季第14集曾有個童話故事，說巫婆會帶著被遺棄的孩子們住在森林深處，為他們塗上七彩的顏色，讓他們享受永生和快樂。雷丁頓相信現實生活中就有這樣的“巫婆”，但她並非為了孩子的永生和快樂。伊利莎白的心情不錯，她終於通過領養機構為孩子找到了合適的父母，對方也不在意伊利莎白以往的經歷。不過雷丁頓並不同意伊利莎白這么做，在咖啡館碰面時，雷丁頓取出支票，想為伊利莎白的孩子成立信託基金。被伊利莎白拒絕後，他也沒有堅持，開始講起了那個童話故事。伊利莎白當然熟悉這個故事，她驚訝的是現實中真有此人。雷丁頓拿出當天的報紙，頭版刊登著“曾確認死亡的男孩生還”。他希望行動小組進行深入調查。行動小組調查發現，已有三起類似情況發生。三名兒童都是因各種事故失蹤後被確認死亡，在發現生還時，他們臉上都畫有某種宗教圖案。但因為三名兒童各自都患有認知或身體障礙，所以根本無法講述到底發生了什麼事。納瓦比敏感的發現孩子臉上的圖案是用手指畫 的，殘留了部分指紋。庫珀隨即安排提取指紋，萊斯勒則帶著伊利莎白到醫院，對報紙上刊登的生還男孩進行評估。被發現的男孩名叫伊森，多年前在野營時溺水失蹤。再次被人發現時，他臉上畫著奇怪圖案，穿著古怪的衣服，光著雙腳坐在超市地板上吞咽糖果。伊森患有自閉症，對伊利莎白不理不睬，卻對伊利莎白的原珠筆很感興趣，反覆的將筆頭按進按出，似乎沒有其他事比這個更有趣。伊利莎白沒有得到有用的線索。伊森的父母得到通知趕到醫院。看到父母激動的表情，伊利莎白和萊斯勒識相的退出病房。此時阿蘭姆發來訊息，在伊森失蹤前兩周，伊森父母曾聯繫過一家領養機構。這讓萊斯勒和伊利莎白產生了疑問，這對父母是否真像表面顯示的那樣愛伊森，還是為遺棄伊森製造了失蹤假象。森林裡，一個中年婦女帶著一群又蹦又跳、臉上畫著古怪圖形的孩子圍在一口枯井邊。一個叫西奧多的男子費力的拖著一個用麻布包裹的擔架。當他把擔架拋進枯井後，一群蝴蝶飛出枯井，在孩子們的歡呼聲中向天空飛去。中年婦女讓孩子們相信，擔架里的馬修已經成蛹化蝶，飛向快樂天堂。等孩子們離開後，中年婦女大罵西奧多放跑了伊森。西奧多不敢頂嘴，畏懼的低下了頭。行動小組裡，阿蘭姆調查了伊森失蹤前的情況。因為伊森的自閉症，他母親珍妮不得不辭職全天照顧兒子，治療費用也讓家庭入不敷出。在伊森失蹤前6個月，伊森父母聯繫過多家領養機構。庫珀安排萊斯勒和納瓦比去詢問領養機構，看看能否發現新情況。此時雷丁頓則在嘈雜的車管所大廳里。感覺耍夠了雷丁頓，格倫才終於讓他進了辦公室。雷丁頓因為有求于格倫，只能一次又一次的忍受被他戲耍。這次雷丁頓要找一名前克格勃探員瓦西利亞·帕丁卡。在她的手裡有些雷丁頓需要的秘密檔案，而交換條件就是多年前失蹤的瓦西利亞的女兒安雅。醫院裡伊森的母親珍妮焦急的在走廊里給領養機構打電話，質問電話那頭的諾亞為什麼會讓伊森被人發現。諾亞是該領養機構的工作人員，他和妻子多年以來製造失蹤假象，幫助不堪重負的父母擺脫他們有健康問題的孩子。他接到珍妮的電話時，剛說了幾句，就看到有警方人員來機構進行調查。做賊心虛的諾亞嚇得掛斷電話從後門逃走。來調查的正是萊斯勒和納瓦比，在諾亞的電腦里，有了重大發現。逃跑的諾亞當晚就聯繫珍妮碰頭，商量解決辦法。珍妮按約定趕來，剛坐上副駕位置，躲藏在后座的西奧多就用塑膠袋活活悶死了珍妮。這就是諾亞一勞永逸的解決辦法。而在醫院的伊森父親林利則被萊斯勒和納瓦比帶走，因為找不到珍妮，在領養機構登記後，伊森暫時由伊利莎白照顧。伊森一聲不響的來到伊利莎白的公寓，手裡一直擺弄著原珠筆。伊利莎白想熱些吃的，可手忙腳亂不當心引燃了櫥台旁的餐巾紙。煙霧警報器的蜂鳴聲讓伊森很緊張。守在隔壁的巴茲拿著手槍沖了進來，更是把伊森嚇得鑽進了桌底。等一切平靜下來後，伊利莎白都在懷疑自己是否能照顧好孩子。在城市的另一個角落裡，湯姆、吉娜和另幾個同夥已經清理了打劫時用的車輛。湯姆還沉浸在成功的興奮之中，以為可以用分到的錢與伊利莎白擺脫雷丁頓，開始新生活。可吉娜意味深長的邀請湯姆和她一起繼續犯罪生涯。當湯姆婉拒後，意想不到的事情發生了，吉娜一個手勢，兩名大漢提到機槍從角落裡沖了出來，對著湯姆和另幾人掃射。湯姆大腿中彈，倒在人堆里。等吉娜離開，湯姆趁兩名槍手不備開槍擊斃兩人，這才保住性命。他掙扎著走到一幢公寓樓，翻窗而入。在浴室里湯姆強忍巨痛拔出大腿里的子彈。可正遇上公寓主人回家，湯姆已經無法動彈，失血過量和劇烈疼痛讓他暈倒在浴缸里。
第三季第15集雷丁頓沉浸在藝術館裡模擬風暴的震撼音響里，這就像他的生活寫照。整夜未等到湯姆的伊利莎白到來時，首先就是懷疑雷丁頓是否對湯姆不利。但伊利莎白看出此事的確與雷丁頓無關，於是問起雷丁頓要她前來是否有其他事。雷丁頓拿出一張已經在新聞中報導的罪案現場照片，照片裡滿是警用黃色隔離帶。被害人是蘭迪·布雷納，被擰斷脖子死在新購的豪宅內。蹊蹺的是，屍體坐在沙發上，一手拿著酒一手拿著手機，耳朵里還塞著耳機，似乎在舒適的享受生活。警方認為這絕不是尋常的入室搶劫案。雷丁頓則有更多的線索，這是一個瘋子的藝術品。這個瘋子江湖人稱德雷克賽爾，行為藝術家，不過他是通過殺人表現對社會的批判。雷丁頓確定此案是德雷克賽爾所為的證據就是一張在網上流傳的，為德雷克賽爾下一場演出作宣傳的海報。海報上正是蘭迪坐在沙發里的屍體，而這張海報在屍體被發現前兩小時就已經開始在網上傳播。行動小組裡，伊利莎白匯報了案情。這張海報刊登線上上雜誌《里格比》，該雜誌以探索發布非公開事件為宗旨。暱稱為“雷蒙娜”的記者專門寫了篇文章推廣德雷克賽爾的下一場表演。“雷蒙娜”將會對德雷克賽爾進行採訪，因此雷丁頓已經去找這位神秘記者，以便找到德雷克賽爾。庫珀對雷丁頓的插手沒有意見，命令萊斯勒和納瓦比儘快到蘭迪的死亡現場尋找更多線索。到達現場時，當地警方已經做了全面的鑑證調查。萊斯勒拿著從海報上截取的屍體照片，對比著現場的屍體，尋找照片的拍攝位置。作了幾次對比後，他發現照片是桌上電腦的攝像頭拍攝。就在萊斯勒感到不解時，德雷克賽爾正坐在電腦前看著螢幕上的萊斯勒。勘察完現場後萊斯勒和納瓦比來到蘭迪創辦的金融信息服務公司，找其合伙人也是報案人約翰·阿德爾森。約翰非常合作，但也沒提供多少線索。不過約翰緊張的表情上，萊斯勒和納瓦比認為他有所隱瞞。可這三個人都不知道，德雷克賽爾正在通過桌上的攝像頭，看著他們的一舉一動。剛從蘭迪的公司出來，阿蘭姆就打來電話。他研究了蘭迪家中的電腦，從硬碟上發現了遠程訪問木馬程式。這種程式代號“老鼠”，是國家安全局開發的監控程式，功能強大到可以隨時調用任何聯網裝置。萊斯勒馬上安排與國安局安全主管見面，要搞清楚一個死亡藝術家是如何得到高度機密軟體的。“老鼠”程式泄露屬於嚴重泄密事件，很可能危及國家安全。通過內部調查，國安局發現高級程式設計師亞倫·馬爾格魯有重大嫌疑。萊斯勒和納瓦比來到研發辦公室時，亞倫試圖逃跑，被納瓦比及時抓住。審訊很快讓亞倫招供，他信奉自由資源分享而將這個終極監控程式的原代碼上傳到網上。為了防止被壞人利用，他修改了部分代碼，但凡有人運行程式，程式就會將使用人的IP位址返回到伺服器中。不過下載“老鼠”的人太多，一一排查並不可行。在萊斯勒和納瓦比四處忙碌時，伊利莎白只能坐在辦公桌前分析整理資料。手機響起，顯示是湯姆的電話，可電話那頭卻是做醫生的前男友尼克，正是尼克實施的搶救。伊利莎白這才知道湯姆中彈，且嚴重失血。已經有警方到醫院調查，並認定湯姆是一樁搶劫案嫌疑人。當她趕到醫院時，湯姆仍躺在病床上暈迷不醒。雷丁頓找到了“雷蒙娜”採訪過的半藏大廚，技術高超的日本廚師。他擅長烹製河豚，這違反了美國的安全食品法，因而得到《里格比》的專訪。一個老廚師哪敢招惹雷丁頓，很快就說出了《里格比》雜誌的地址。在那裡，雷丁頓假稱願意接受採訪，從編輯處得到了一些德雷克賽爾的訊息和記者“雷蒙娜”的住址。雷丁頓和鄧比剛從《里格比》隱蔽的大門出來，就看到怒氣沖沖的伊利莎白。她非常自責，自己受雷丁頓控制，而湯姆為了讓她擺脫困境身受重傷。這讓伊利莎白同樣遷怒於雷丁頓。雷丁頓不同意伊利莎白的觀點，他認為湯姆夥同吉娜搶劫價值幾千萬的鑽石，本身就非常魯莽、危險。這樣的人根本配不上伊利莎白，也不配撫養孩子。伊利莎白一時啞口無言，她卻沒有意識到雷丁頓竟然知道湯姆所做的事。行動小組裡，納瓦比對蘭迪公司的賬務資料進行審查，發現公司並沒有什麼營利，蘭迪不可能買得起豪宅。分析認為蘭迪和亞倫一定還有其他地下生意，德雷克賽爾的下場演出很可能就是要曝光亞倫。這時庫珀接到雷丁頓的電話，得知德雷克賽爾在紐約。通過對比使用人IP位址，從上千條紀錄中篩選出十餘條紐約IP，再排除女性使用人、公共機構及案發後下載，得到唯一一個最可疑的地址。可當萊斯勒和納瓦比帶著武裝人員衝進該地址大樓時，德雷克賽爾並不在。房間裡還擺放著一幅簡單的素描，畫著寫有“雷丁頓”名字的墓碑。阿蘭姆從出租信息里，很快查出來租用此地的人叫雷金納德·特納，一名辦過個人展覽的藝術老師。可以確認德雷克賽爾就是特納。萊斯勒還在桌上的電腦旁發現了一些蘭迪和約翰的照片，說明德雷克賽爾已經監視兩人很長時間。
第三季第16集清晨，腹部已微微隆起的伊利莎白穿上外套，準備出門上班。客廳里已經出院的湯姆為她做好了早飯。這一切就像恢復到進FBI之前的寧靜生活，也是伊利莎白嚮往已久的簡單生活。為了得到這樣的生活，伊利莎白不顧雷丁頓的警告，願意與湯姆復婚。或許之前有過太多的謊言，但伊利莎白認為寬恕不能改變過去，卻能改變未來。就在兩人濃情蜜意時，門口傳來敲門聲。藥店的快遞員為湯姆送來處方藥，因為需要本人簽字，伊利莎白也沒有懷疑，出門去見雷丁頓，留下湯姆單獨簽收。可快遞員除了帶來止痛藥，還給湯姆帶來他需要的手槍。湯姆為了能過上正常的生活，特意找到吉娜，提出退出組織，從此互不相干。他的意願能否實現，卻是個未知數。在一幢還未竣工的大樓里，雷丁頓很高興聽到伊利莎白要留下孩子的決定。但伊利莎白要和湯姆復婚的決定，讓雷丁頓有些不快。他沒有直接言明，而是轉移了話題。美國國務院官員拉塞爾·普理察在北京被謀殺，原因很可能是為了報復其殺害中國官員張柳。據一份在網上流傳的錄音，拉塞爾是在華裔美國商人埃迪森·溫的幫助下毒殺了張柳。溫為自保防止日後被滅口，遂錄下了與拉塞爾的協定，並交給“看護人”。看護人作為各類機密的保險箱，原本應當按客戶的要求做好保密或公開工作。但不知什麼原因，協定被意外曝光。看護人違反職業道德泄露機密，這就意味著一定發生了嚴重問題。拉塞爾被殺，很可能只是開頭，之後必有更多秘密被曝光，更多人的性命將受到威脅。伊利莎白向行動小組匯報了情況，庫珀下令從埃迪森·溫入手，尋找看護人的真實身份並協助調查張柳被殺的內幕。華裔商人溫被帶到審訊室後，不承認毒殺了張柳。萊斯勒和納瓦比對這種政府間的勾當不感興趣，那是中情局的管轄範圍，他們只想知道如何找到看護人。溫交待是通過地下管道系統。這是美國郵政在19世紀末開發的氣流管服務，客戶利用管道中的氣流傳送實體物件，之後這種方法延伸到圖書館、醫院、百貨公司等。數百條管線和幾千個節點構成了龐大複雜的管道傳送系統。隨著科技的發展，這個系統被官方廢棄並遺忘，卻被罪犯份子利用，成了在警方眼皮底下傳送毒品、現金等物品的地下渠道。幸好雷丁頓知道是誰在操控、運營著這些管道。自稱“雨果”的人，在過去二十多年裡修復、完善並擴展了這個管道系統，把它做成了定製化的私人服務。雷丁頓作為早期客戶，“雨果”願意與他見面，只是沒想到一同來的人里會有FBI的人。雷丁頓聲稱伊利莎白是他在FBI的內線，得到內部訊息FBI正在搜捕“看護人”。看護人被捕，FBI就能順藤摸瓜找到“雨果”。如果“雨果”說出看護人的下落，讓雷丁頓先一步找到看護人，伊利莎白就會想辦法讓“雨果”避開FBI的調查。“雨果”沒有其他選擇，只能說出如何找到看護人。行動小組得到訊息後，連夜開車趕往目的地——墓園看管所。在荒涼的墓地里，納瓦比遠遠看到有人開著聚光燈。深更半夜不可能有人舉行葬禮，只能是看護人。萊斯勒和納瓦比帶著武裝人員分頭包抄，發現一個滿頭白髮的黑人唱著歌，剖開墓穴里死人的肚子，從裡面取出裝滿檔案的玻璃罐。他就是看護人亞努斯，將機密資料藏在屍體裡，正是亞努斯家族幾代人從事“看護人”事業的訣竅。審訊室里，亞努斯很平靜，並沒有試圖抵抗審問。他承認這次錄音泄露並非事故，而是被迫為之。因為有人綁架了他的女兒羅斯，羅斯一直幫父親記賬。綁架者已從賬目中知道了看護人的客戶信息及保管秘密的地點。他們以羅斯的性命要挾亞努斯，按照他們的要求公開秘密。在公開了溫的錄音後，他們又要求曝光一份德國政府與航空公司的秘密協定。只不過，看護人還沒來得及公開，就被萊斯勒和納瓦比抓獲。德國政府工作失誤導致客機因恐怖攻擊墜毀。為掩蓋真相，德國政府與航空公司達成協定，由航空公司公開承認墜機原因為機械故障，以換取政府幾十億歐元的“服務費”。而航空公司負責人出於與溫一樣的想法，將協定交給看護人保管。行動小組調出羅斯被劫持時的監控，發現劫匪的車牌系盜用，車型也很常見，根本無法及時追查並解救羅斯。為了羅斯的安全，庫珀只能下令公開德國政府與航空公司的協定，以爭取更多營救時間。這一欠考慮的行為，無疑會觸怒德國政府。而雷丁頓從監控錄像中發現了線索，劫匪所用的貨車有軍用防彈裝甲，僅幾家公司有能力安裝。很快，雷丁頓就從朋友處得到了劫匪所用貨車的下落。白宮顧問辛西婭·帕娜貝克突然造訪庫珀辦公室。她帶來一個更嚴重的訊息，有兩名德國恐怖份子滲入了美國，計畫對某大型項目發動爆炸襲擊。德國情報部門曾找到他們，但美國情報部門卻跟丟了。因庫珀的草率決定，德國拒絕與美國共享情報。現在唯有希望雷丁頓能知道一些情報。就在萊斯勒和納瓦比帶人突襲雷丁頓提供的地址，解救出羅斯，找到看護人賬簿，並抓獲一名綁匪時，雷丁頓正坐在庫珀辦公室里談條件。雷丁頓能通過人脈關係找到恐怖份子，但庫珀因此欠他一個人情。庫珀知道這是非常可怕的承諾，雷丁頓的人情絕不容易還，可除此之外別無選擇。
第三季第17集紐約市里一片廢棄工業區的道路上，法警的車隊魚貫而行，押送的人犯正是秘社殺手馬汀斯·所羅門。其實參與押運的法警都效忠於秘社，他們接到勞雷爾·希欽的命令，要清除後患。對於這一點，馬汀斯並不奇怪，秘社的這些章程他也曾參與制訂。車隊停下後，馬汀斯在法警的注視下慢慢走下車，準備接受生命的最後時刻。幾聲槍響之後，周圍的法警紛紛中槍倒地。等槍聲停止，一輛豪華勞斯萊斯幻影停在他面前。車窗放下，逃過一劫的馬汀斯疑惑的看著車裡的陌生人。伊利莎白和湯姆在籌劃著名婚禮。肚子漸漸隆起，預產期越來越近，，伊利莎白想儘快在教堂簡單的舉辦場婚禮，時間就訂在當天下午。當她把這個決定告訴雷丁頓，希望他能參加婚禮時，雷丁頓並沒有回答，反而提起了馬汀斯越獄的事。雷丁頓根本不相信官方所謂搶槍逃獄的說法，不過他也認為不可能是秘社所為。從線人情報得知，馬汀斯在打聽儲備、運送戰略核武器的事，結合空軍將通過高速公路秘密運送核武器的訊息，雷丁頓覺得馬汀斯有可能想實施報復，所以伊利莎白的婚禮不得不推遲。伊利莎白聽了半天才知道雷丁頓仍不接受自己與湯姆的婚事，並想用這些事從中作梗。這讓伊利莎白很惱火，她決定不參與這次行動，向行動小組匯報後，她就去教堂。行動小組得到情報，馬上開始調查活動。馬汀斯的越獄已經從監獄方得到確認，但軍方則拒絕回復是否有核武器的運輸計畫。伊利莎白完成了自己的任務，她希望隊員們能及時阻止馬汀斯的行動，並有時間參加婚禮。她最希望的是如同父輩般的庫珀能主持婚禮，不過能否如願，還要看事態發展，不能強求。就在伊利莎白和湯姆為婚禮做各項準備時，庫珀親自到五角大樓確認核武器的事項。軍方態度強硬，不僅拒絕確認還禁止行動小組插手此事。此路不通，庫珀立刻想到叫阿蘭姆調查核設施的異常情況。阿蘭姆果然查到一家位於巴爾的摩的亨特谷核工業企業被打劫，一群武裝份子搶走了可以防止核輻射的同位素運輸罐。從監控上可以看到的確是馬汀斯指揮武裝人員所為，被搶企業的一名主管說出，除了馬汀斯還有一名未蒙面的女性搶劫者對核武器也很了解。阿蘭姆從監控截圖中面部識別出該女性為內茲·羅文，原海軍核武專家，退役後成為僱傭兵，共有6個假名，其中一個登記入住了巴爾的摩的汽車旅館。萊斯勒和納瓦比隨即帶人趕往抓捕。FBI的戰術小組包圍了旅館，突襲過程中遭到火力抵抗，幾名武裝份子從側門逃走。萊斯勒正要帶人追趕，發現內茲從另一個房間偷偷溜了出來。萊斯勒還沒來得及阻止，內茲就逃到了停車場。所幸內茲的吉普車無法打著火，納瓦比才及時包圍停車場，逮捕了內茲。在行動小組的審訊室里，了解規則的內茲不想多廢口舌，要求政府提供豁免權和證人保護計畫，用以交換她所知道的情報。起初萊斯勒不願意討價還價，但當內茲說出他們知道高速公路的運輸路線只是幌子並已得知真實路線時，軍方坐不住了，要求行動小組不惜代價的取到情報。在得到承諾後，內茲說出了真正的襲擊地點、時間和方案，萊斯勒馬上與軍方合作在那裡部署武裝人員。既然案子基本破獲，只剩最後的武力抓捕由萊斯勒負責，行動小組其他人則都趕往教堂參加伊利莎白的婚禮。在臥室中收拾禮服的湯姆聽到有異響，打開房門查看，發現了吉娜。他曾向吉娜提出過退出組織的要求（第16集內容），現在他的要求得到了回復。組織的領導人，曾一手培養湯姆的“上校”從背後掩至，槍口抵著湯姆的腦袋。“上校”絕不允許背叛，他要處決湯姆，以儆效尤。湯姆跪在地上，準備接受自己的命運。兩聲槍響，上校倒在了地上。吉娜仍對湯姆有著特殊的感情，這是她能幫湯姆的唯一方法，也可能是最後一次。劫後餘生的湯姆等吉娜離開後，擦了擦額頭上的汗。在婚禮前他必須處理掉地板上的屍體，這種事他曾做過很多次，也希望這是最後一次。當湯姆收拾停當來到教堂時，阿蘭姆正在裝飾婚車。他走進化妝間，將剛才發生的事一五一十的告訴了伊利莎白。湯姆的坦誠讓伊利莎白更加堅信雷丁頓是錯的。原來雷丁頓早就來過，但他不是來參加婚禮，而是再次勸說伊利莎白取消婚禮。他至始至終都不相信湯姆會為伊利莎白改變。兩人為此發生爭執，伊利莎白甚至下了逐客令，以致不歡而散。所幸有庫珀的勸慰，伊利莎白的心情才慢慢平復。
第三季第18集湯姆專挑冷清的小路穿行。路邊行人看到婚車，都抱以善意的微笑，卻不知車裡的兩人剛逃過生死一劫。伊莉莎白現在才冷靜下來思考是誰僱傭了馬汀斯，從他們不敢傷害自己來看，很有可能是母親凱特琳娜 ·羅斯托娃。雖然雷丁頓一再強調凱特琳娜已經死亡，但伊利莎白心裡仍堅持自己的觀點。湯姆在這個問題上不便發表意見，他更關心的是去哪才安全。而此時，一架無人機在高空緊緊跟隨著湯姆和伊利莎白。大螢幕前，代號“操作員4-6”的人正實時向馬汀斯報告伊利莎白的動向。馬汀斯得知目標已經離開教堂，馬上下令撤離，轉而追蹤那輛逃離的婚車。教堂內仍在苦苦支撐的雷丁頓等人發現了敵人的意圖，衝出教堂打算攔截敵人的車輛，為伊利莎白爭取時間。但馬汀斯的手下行動迅速，已經帶著傷亡人員乘SUV撤離。在操作員4-6的引導下，馬汀斯很快就找到了婚車。伊利莎白仗著對方不敢傷害自己，將身子探出車外，對著緊追不放的SUV連開數槍。不過手槍子彈對SUV的防彈裝甲毫無影響，反倒是馬汀斯指揮著SUV將婚車逼向路旁，湯姆剎車不及重重撞向路邊的貨車車尾。車頭被撞得支離破碎，無法再行駛。湯姆急忙拉著伊利莎白躲進路邊的護理院。馬汀斯也緊隨而至，正準備對護理院進行搜查。一直在觀察周邊環境的操作員4-6匯報，警方已經出動，很快就會趕到。馬汀斯略一遲疑就放棄了搜尋，帶人撤離。在離開前他看到婚車副駕位置有少量血跡，心中有了打算。躲在門後的湯姆看到馬汀斯離開，剛舒了口氣，卻碰到了更棘手的事情。伊利莎白的下身流血，看來撞車傷及到了腹內胎兒。湯姆抱著難忍疼痛的伊利莎白，跑步來到最近的瑪格麗特醫院。經過急診室醫生初步治療，伊利莎白的情況逐漸穩定，後續治療須等婦產科專家確診。雷丁頓得知這個情況後，在電話里堅持讓伊利莎白離開醫院，否則馬汀斯很可能隨時追到醫院大開殺戒。猶豫再三，伊利莎白只能接受雷丁頓的建議，卡普蘭先生在幾分鐘內趕到。果不出雷丁頓所料，馬汀斯看到血跡時就知道伊利莎白會去醫院。當他追蹤到瑪格麗特醫院時，只找到空空的病床。伊利莎白坐在后座上，感覺到腹部一陣陣收縮，羊水也流了出來。卡普蘭先生加快速度趕到安全屋，一處打烊的夜總會。裡面已經搭建起臨時無菌室，尼克（第15集，尼克已承認被雷丁頓招募）和其他醫護人員迅速到位，展開救治。伊利莎白沒想到自己的孩子會出生在夜總會，周圍還有一群荷槍實彈的僱傭兵。這絕不是伊利莎白想要的生產環境，心中對雷丁頓再次生起一股怨氣。尼克作為急診醫生，也受過婦產方面的培訓。經過他的診斷，認為伊利莎白的情況並不樂觀。因撞車導致胎盤早剝，如果不馬上剖腹產，胎兒很可能窒息死亡。為了平撫伊利莎白的心情，湯姆打開了夜總會的音響和彩燈。在保羅·安卡《Having My Baby》的歌聲中，尼克開始手術，雷丁頓等人在無菌室外緊張的關注著裡面的一舉一動。此時雷丁頓心中也非常煩躁，無端的將怒火撒向鄧比，責怪他未能做好教堂外的保衛工作。卡普蘭先生實在看不下去，出面指出所有事情的根源都在雷丁頓身上，是雷丁頓讓大家認為他能保護好伊利莎白，可實際情況卻恰恰相反。聽到這番話，雷丁頓無言以對，他明白卡普蘭先生沒有錯。庫珀等人在教堂收集線索以確定襲擊者身份，將保護伊利莎白的任務托負給了雷丁頓。不過襲擊者訓練有素，行事幹練，鑑證人員沒發現任何有用的線索。幸好鄧比在與一名襲擊員短兵相接時曾打落對方的頭盔，納瓦比在附近發現一副遺落的入耳式通訊器。阿蘭姆調查了通訊器，發現這是黑市貨，根本無法查到銷售渠道。但在耳機的鈕扣電池上發現了一枚殘缺指紋，經過與資料庫對比，確認其屬於已在伊拉克戰爭中陣亡的空軍特種兵阿薩·雅克比。納瓦比對雅克比的遺孀進行了調查，沒有發現她有什麼異常。但其遺孀提供了一條線索，在丈夫失蹤的前幾年，每到結婚紀念日，就會有一個神秘電話打來，電話那頭總是悄無聲息。阿蘭姆追查電話來源，從電話綁定的賬單進而查到一處位於哥倫比亞高地的房產，房主登記的姓名是虛假的。庫珀馬上命令萊斯勒和納瓦比突擊搜查該處房產，在地下室發現了跨國光纖網路，有人通過這個網路遠程獲取數據。正在繼續搜查時，地下室的網路設備突然自行關閉下線。納瓦比四下檢查，發現了天花板牆角的監控，顯然有人發現了FBI的行動。遠程關閉設備的人正是操作員4-6，他將此事報告了馬汀斯。馬汀斯當著手下的面，質問是誰遺落了通訊器。當雅克比站出來打算承認錯誤時，馬汀斯二話不說就是當頭一槍。他絕不允許任何人有失誤，否則那人就不應當存在。
第三季第19集鴉片館簡陋的床上，雷丁頓被老闆娘叫醒。在鴉片的作用下，他昏昏沉沉的走上大街，心裡依稀記得是如何被湯姆拒絕，必須遠離艾格尼斯。失去伊利莎白後的這又一次打擊，讓雷丁頓心灰意冷，不得不藉助鴉片麻醉自己。走過馬路時，險些被計程車撞到。雷丁頓索性坐上計程車，到幾百公里外的開普梅，那裡有很多回憶。到達開普梅，雷丁頓在電話里吩咐馬文律師暫停所有交易，並清償所有債務。交待好業務後，雷丁頓用讓人咋舌的高價買下了那輛計程車，錢在他眼裡已經毫無意義。坐在小飯館裡享受一頓簡單的午餐，他敏稅的察覺到旁邊一名栗色頭髮女子在躲避追殺。顯然她有足夠的能力處理那些麻煩，雷丁頓也沒打算出手相助。吃過午餐，雷丁頓駕車來到一處停業的海濱旅館，拿出一副躺椅，準備在陽光、海浪聲中回想過往。遠處一個拿著金屬探測器的老人正在沙灘上尋寶，另一邊坐著一個女人，正是餐館裡躲過追捕的女子。只見她緩緩的脫下外套放在身邊，輕輕的摘下項鍊放在外套上，做好這一切後，她堅定的走向大海，一躍而入。雷丁頓見狀急忙沖向海邊，躍入大海，努力良久才將已經昏迷的女子拉上沙灘。攙扶著女子回到旅館，為她蓋上毯子，點燃壁爐。女子嘴裡嘟囔著“是因為死前對他說的話”，但因體力消耗太大，兩人在壁爐前沉沉睡去。當雷丁頓醒來時，天色已黑，身邊的女子也不見蹤影。雷丁頓在黑燈瞎火的旅館裡四下尋找，終於在二樓的房間裡看到她緊張的向窗外張望。外面似乎有人影晃動，雷丁頓拎著小斧出門查看，只發現一隻碩大蝙蝠。其實女子的直覺並沒有錯，一個男子正在暗處監視著旅館。用罐頭食品做出的晚餐並不美味，可雷丁頓吃得津津有味。雷丁頓想知道是誰在追殺女子，是否和她說的，在某人死前說了不該說的話有關。女子藉口當時神志不清，否認了這些話。相反，雷丁頓壓抑不住內心的自責，說出當時在母親和女兒只能選其一的情況下，不得不放棄母親的痛苦選擇（此處實際是指卡特蓮娜和伊利莎白，見下文）。他曾經自大的認為能培養、保護女兒，讓她得到安全和快樂，卻事與願違。對話被敲門聲打斷，警察接到報警，稱停業旅館有燈光，所以前來查看。雷丁頓巧妙的打發走警察後，晚餐也就結束了。剛有一段平靜的時光，門口又傳來玻璃破碎的聲音。看到地上的碎玻璃，雷丁頓馬上意識到有人闖入。他抓過壁爐旁的撥火釺，快步走到女子休息的房間。還沒等他反應過來，就有人從背後襲擊。眼見雷丁頓被打倒在地，女子衝上前身手敏捷的制服對手，將襲擊者的頭一次又一次的撞向盥洗台，直到再無反應。女子很冷靜，她知道此人是“他們”中的一員，不是第一個，也不會是最後一個。雷丁頓取出死者身上的手機，用浴簾裹好屍體，丟進車庫。女子手法熟練的清洗地上的血跡，清理打破的物品。忙好所有事，天已放亮。女子坐在鋼琴前清彈一曲，好像什麼事都沒發生過。雷丁頓坐在寬大的落地窗前，看著外面的沙灘。他想知道女子為什麼要自殺。女子反問雷丁頓，他殺的人都是罪有應得，那雷丁頓是否曾饒過某個有罪有應得的人。雷丁頓坦承的確有這么一個人，他曾深愛過的女人，她留下了一個女兒。慢慢的，雷丁頓的思緒又回到了伊利莎白身上，想起湯姆拒絕他靠近艾格尼斯。他不能傷害湯姆，否則就與傷害艾格尼斯無異。而無法進入艾格尼斯的生活，又讓他痛徹心扉。正說著，襲擊者的電話響起，電話里有人在詢問情況。看來對方得不到回應，很快就會有大批人馬殺到。雷丁頓想儘快離開，女子卻堅持要單獨留下來。在這種情況下，雷丁頓絕不肯獨自逃生。當他救下女子時，就已經有了保護她的責任，不能讓她的自殺行為傷害到愛她的人。但女子別無選擇，就像雷丁頓為了保護艾格尼斯而不得不離開一樣，她為了讓女兒免受傷害就只能選擇死亡。既然如此，雷丁頓決定留下來做個了斷。在這個時候，女子叫出了雷丁頓的名字“雷蒙德”。夜幕中，一批武裝份子偷偷潛入旅館，在伸手不見五指的房間裡搜尋。雷丁頓和女子已經在旅館各處布下陷阱，只等來人上鉤。在他們潛入旅館時，雷丁頓和女子反其道而行之，在夜色的掩護下出了旅館。女子悄無聲息的撲向天台，將把守高處的人幹掉。雷丁頓則在附近草叢，清除躲在隱蔽處的狙擊手。清理外圍後，兩人再次悄悄返回旅館。此時在旅館裡搜查的襲擊者也紛紛中招，被通電的水流、泄漏爆炸的煤氣、懸空的鋼琴弦幹掉大半。剩下的人，也在兩人的默契配合下被悄無聲息的解決。天色大亮，雷丁頓打開車庫門準備開車和女子一起離開。可他發現車庫裡的車子上積滿了灰塵，車胎也空癟著，根本無法開動，與昨晚放置屍體時完全不一樣。他連忙返回旅館，本應零亂的家具卻整整齊齊，本應倒在地上的屍體也不見蹤影，甚至用來包裹屍體的浴簾也完好的掛在浴室里。就在大惑不解時，雷丁頓看到窗外，女子正向大海走去。
第三季第20集雷丁頓的僱傭軍忠實的守在嬰兒看守室外，守護著伊利莎白女兒艾格尼斯的安全，只有這樣湯姆才能放下心，參加伊利莎白的葬禮。所有認識伊利莎白的人，湯姆、行動小組成員、卡普蘭先生等人，庫珀還帶來了妻子夏琳，在教堂為伊利莎白送行，唯獨雷丁頓沒有出現。庫珀致辭時忍不住落淚，隨後伊利莎白的棺柩在警車護送下前往墓地。此時的雷丁頓萬念俱灰，在沙灘上找到卡特蓮娜的項鍊後，只想去找卡特蓮娜的父親多姆。多姆當年在女兒死後悲痛萬分，隻身躲進樹林裡，猶如受傷的獅子獨自舔著傷口，等待死亡降臨。這三十年來，為了保護外孫女瑪莎（即伊莉莎白）的安全，他一直隱姓埋名住在偏僻山區的小屋裡。現在雷丁頓給他帶來瑪莎的死訊，又帶來一次打擊。他恨雷丁頓以所謂保護的名義接近瑪莎，最終導致不幸。但再多的恨也無法讓伊利莎白復活。白宮顧問辛西婭專程來行動小組，要求庫珀不要插手有關伊利莎白死亡的調查。以她的標準來看，庫珀等人無論是從個人情感上，還是能力上，都不是調查工作的最佳人選。所以辛西婭要求行動小組把工作重點放在找到重要線人雷丁頓並維持與他的合作關係上。這種官方做派，行動小組成員不可能遵守。阿蘭姆已經查到襲擊伊利莎白的人黑進了電信樞紐，而哥倫比亞高地房產里的伺服器就是用來篩選相關數據。可對方在發現FBI以後，就切斷了通信，因此還不能確定篩選後數據的去向。從目前掌握的數據來看，對方通過各種方式全方位監聽、監視伊利莎白的一舉一動。此外，阿蘭姆還發現，對方同時在攔截沃里克酒店附近的基站、監控錄像以及一個全球金融理事會的語音數據。至於這些與伊利莎白之間有何關係，阿蘭姆無法判斷，或許只有雷丁頓才能一眼看穿其中的奧秘。經過努力，阿蘭姆發現酒店和理事會的線索都指向一個叫班傑明·斯托德的人，他是能源聯合集團的總裁，現住在沃里克酒店並將在全球金融理事會舉辦的會議上發言。萊斯勒和納瓦比隨即前往酒店調查斯托德。當他們到達酒店時看到斯托德的私人保鏢倒在電梯間裡，前台的監控正好發現斯托德被人押著走向大樓西側的員工通道。兩人兵分兩路，納瓦比從樓梯間追擊，萊斯勒則到酒店外包抄。在納瓦比的干擾下，劫持者不得不放棄行動，和大樓外的同夥一起撤離。雖然沒抓到人，但納瓦比發現劫持者是之前被捕的僱傭兵內茲·羅文（詳見第17集），萊斯勒也發現內茲同夥使用的裝備，與FBI所使用的完全一樣。根據官方檔案，內茲已被移送國安局羈押候審，為什麼她會出現在綁架現場，讓人百思不得其解。庫珀本想讓阿蘭姆調查此事，但得知他已請假，只能親自去找辛西婭詢問情況。不過辛西婭仍是那套說辭，禁止庫珀等人介入此事。從白宮辦公室出來後，庫珀知道正常渠道已經行不通，只有使用非常手段。他電話聯繫了湯姆，請湯姆幫忙調查。一直在醫院照顧女兒的湯姆早就在等著庫珀的這句話，參與調查伊利莎白的死因才能撫慰內心的悲傷。萊斯勒和納瓦比也對斯托德進行了詢問，得知他在相關領域的建議可以讓一些人得到價值幾十億美元的訂單，同樣也能讓其他人失去訂單。這可能是被綁架的原因，但他並不認識伊利莎白，只是在新聞中看到過。所以襲擊伊利莎白的人為什麼要監視綁架斯托德，仍是個謎團。萊斯勒只能一一排查斯托德的客戶，希望能從中找到線索。阿蘭姆請了假，卻並沒有在家休息。他通過鄧比找到了多姆的小屋，此來的目的就是想讓失聯多日的雷丁頓出山。平日西裝風衣禮帽裝著得體的雷丁頓，此時卻是T恤襯衫不修邊幅的樣子。無論阿蘭姆說什麼，即使搬出他曾救伊利莎白一命，雷丁頓因此欠他的人情債（詳見第9集），雷丁頓都不為所動，冷冷的關上了大門。多姆在屋裡聽到了兩人的對話。等阿蘭姆離開後，多姆講出自己多年來的感受。失去女兒的痛苦讓他同時失去了鬥志，在這裡慢慢等死，而雷丁頓正在重蹈他的覆轍。多姆認為雷丁頓有一點與他不同，那就是外面還有正直的人需要雷丁頓的幫助。雷丁頓聽完，若有所思。阿蘭姆回到行動小組，看著萊斯勒和納瓦比期待的眼神，搖了搖頭。如今沒有了雷丁頓的幫助，只有另想辦法找出襲擊者。阿蘭姆已經試過很多方法都無法找到哥倫比亞高地房產數據的接收伺服器，他突然靈機一動，想到對方有可能是使用被遺忘的網路，比如天上棄用的離線衛星。經過測試，阿蘭姆終於找到一個爛尾的衛星網路，亞提斯網路。它是由七十多顆衛星構成的全球範圍數據覆蓋網路，在運營公司倒閉後，該工程也被迫終止。找到了數據傳輸路徑，阿蘭姆順藤摸瓜找到了數據接收地點。在這幢看似普通的大樓外面，萊斯勒和納瓦比帶著武裝人員準備突襲。大樓內的“操作員4-6”也從監控中發現了樓外的動靜，馬上啟動預案銷毀數據。他和幾名手下有條不紊的開始粉碎紙質檔案，拔出伺服器硬碟放入微波爐加熱，在系統中置入病毒，最後在撤離時引爆了室內的炸彈。等FBI武裝人員沖入大樓，只看到被炸得散落一地毫無用處的設備零件。
第三季第21集有了雷丁頓的協助，調查工作馬上就有了進展。照片上的女人，雷丁頓一眼就認出是蘇珊·斯科蒂·哈格里夫，與其丈夫霍華德共同擁有一家提供特殊安保服務的公司，哈爾西恩之盾公司。該公司實際是私人軍事情治單位，專業從事一些不能公開的秘密軍事行動。雖然仍不清楚白宮顧問辛西婭為何要保護斯科蒂，但庫珀還是打算向地檢申請逮捕令。此外，班傑明·斯托德也隱瞞了認識斯科蒂（詳見第20集）的事實，斯科蒂對他實施綁架的原因仍然不明。他現在已經離開美國，行動小組決定從其女助手阿曼達·畢格羅入手，監視調查其行蹤。這個需要接近女性的任務，熟門熟路的湯姆自然義不容辭。在行動小組開展活動的同時，雷丁頓也在以自己的方式尋找斯科蒂。突襲哈爾西恩的據點，殺死其多名裝備精良、訓練有素的手下，也沒能引出目標人物。雷丁頓就找到了秘社成員勞雷爾。在他看來，正是因為秘社的追殺，才導致伊利莎白的身份被曝光。之後的綁架事件，秘社難辭其咎，伊利莎白的死他們有不可推卸的責任。秘社已大不如前，勞雷爾不敢再與雷丁頓為敵，只好答應以國家安全顧問的身份聯繫哈爾西恩公司。當勞雷爾在一處廢棄廠房與哈爾西恩的客戶代表接觸時，雷丁頓闖了進來。能與白宮官員接觸的客戶代表，必定是公司里的頂尖好手。雷丁頓就是要他向斯科蒂傳個話，只不過不是用嘴，而是用他的屍體。湯姆的任務原本很簡單，只要接近在咖啡店裡的阿曼達，將阿蘭姆提供的嗅探器靠近她的電腦，讓阿蘭姆入侵其電腦終端，竊取相關郵件、資料即可。沒想到，阿曼達的電腦使用了其公司開發的高級加密系統，嗅探器根本沒起作用。更沒想到的是，阿曼達注意到了在自己身邊轉悠的湯姆，對這個小帥哥產生了興趣。阿蘭姆馬上改變方案，讓湯姆在約會時將隨身碟插進阿曼達的電腦，隨身碟內的程式就會自動下載電腦中的加密構架，讓阿蘭姆能遠程入侵，進而監聽全公司的電話、郵件。湯姆在犧牲了部分色相後，終於順利完成了任務。庫珀與地檢的談判卻並不順利，很明顯有人在向地檢施壓，檢察官拒絕簽發斯科蒂的逮捕令。庫珀一籌莫展時，納瓦比收到了雷丁頓送來的線索，哈爾西恩客戶代表的手機，從手機上的血液可以看出過程並不友善。行動小組也管不了許多，阿蘭姆從手機通話記錄里發現該客戶代表當天與同一手機號聯繫過三次。通過三角定位發現該手機正在華盛頓特區，萊斯勒和納瓦比出動尋找，但陰差陽錯的與目標擦肩而過。幸好納瓦比反應及時，拍下了目標的面部照片。通過面部比對，目標是薩繆爾·蘭德，威斯坦石油公司副總裁。如此大型的企業，如果逮捕其副總裁，只會招來一大堆律師，對調查不會有任何幫助。既然不能公然帶薩繆爾回行動小組調查，庫珀想到了另一個辦法。當薩繆爾回到家時，雷丁頓已經在他的公寓中等候多時。看到雷丁頓手裡的槍，薩繆爾還沒開口，他的妻子就已經承受不住，全都說了出來。原來威斯坦公司的競爭對手從恐怖份子手中購買低價原油，拉低市場原油價格。威斯坦公司為了打擊對手，搶占市場，雇哈爾西恩公司做一些不可告人的事情，其中一項就是阻止競爭對手在荷蘭阿姆斯特丹港買進大批石油。在伊利莎白死後，雷丁頓第一次踏入了行動小組的大門。對著庫珀，雷丁頓說出了威斯坦公司的計畫。他需要聯調局支援，即不是阻止也不是保證交易，而是搶走那批石油。這樣做的好處是，恐怖份子沒得到一分錢，還可以從搶來的石油中獲利，還能逼斯科蒂現身，一舉三得。庫珀從沒想到自己會和雷丁頓做起黑吃黑的勾當。當晚在阿姆斯特港，聯調局的海外小組對碼頭進行嚴密監視。因為這批石油見不得光，不能用大型油輪裝載，為掩人耳目，只能桶裝並藏在碼頭貨櫃中等待運輸。深夜將至，化裝成叉車工的內茲·羅文終於出現。在遠程監控的萊斯勒下令行動，但海外小組遭到不明武裝人員的火力襲擊。內茲不顧身後嘈雜的槍聲，在“操作員3-8”的引導下，直奔貨櫃集散區，在能製造最大破壞的中心區域安置強力炸彈。一名聯調局海外小組隊員尾隨而至，在爆炸前將炸彈丟進其他區域，將破壞程度降到最小。阿姆斯特丹行動的失敗讓哈爾西恩公司的聲譽受損，失去客戶的風險讓斯科蒂再也無法忍受，電話聯繫雷丁頓，約他到華盛頓國際機場頭等艙候機室F廳見面。在前往的途中，雷丁頓接到湯姆的電話。剛才監聽到斯科蒂與班傑明的重要通話內容，以確認是班傑明的僱主僱傭哈爾西恩綁架伊利莎白。但伊利莎白死亡讓斯科蒂成為僱主的暗殺目標，斯科蒂才策劃綁架班傑明作為與僱主談判的籌碼。現在斯科蒂為了示好，願意處死雷丁頓以改善與僱主之間的關係。班傑明知道自己的僱主與雷丁頓有不共戴天之仇，就接受了這個提議。
第三季第22集湯姆剛到家門口就發現房門敞開，雷丁頓正站在客廳里。雷丁頓尊重湯姆的決定，不會去接觸伊利莎白的女兒，但他希望湯姆能接受他提供的保護。湯姆此時心裡只想著報仇，雷丁頓接到他的警告後仍往斯科蒂的陷阱里跳，很明顯是有備而去。湯姆就想手刃斯科蒂，其它的事他都不想理。雷丁頓只好說出幕後黑手亞歷山大·柯克，而要找到此人，就必須依靠斯科蒂。但雷丁頓不想湯姆插手此事，只需要保護好艾格尼斯。湯姆不可能接受這樣的安排，於是提出折中方案，雷丁頓想幫忙保護艾格尼斯就必須同意湯姆參與抓捕亞歷山大·柯克。亞歷山大·柯克是個政治寡頭，在前蘇聯解體時通過低價買進國有資產發跡，後因失去克林姆林宮的寵信而銷聲匿跡。目前，他通過秘密資助各國政要得以生存。斯科蒂此前幫助美國政府營救了在雅加達被綁架的美國公民，從此事上就可以看出斯科蒂卓越的戰略眼光和不拘一格的行事作風。所以要抓住混跡於政客之間的亞歷山大·柯克，就必須與斯科蒂聯手。斯科蒂已經摸清了柯克的財務狀況.他通過私人資助某委員會，間接支持參議員羅伯特·迪亞茲競選總統，以換取日後的政治優勢。這筆金額數億的資助款就是突破點，只要偷了這筆錢，就能逼柯克現身。這個搶劫下任美國總統的計畫，雷丁頓自然非常感興趣。在美國政府外包的私人戰術訓練中心，經過重重掃描、認證，兩隊人馬終於在斯科蒂的地下指揮中心見面。根據情報，資助羅伯特的競選資金已經劃入曼哈頓基大西洋銀行，要取得這筆錢就必須到銀行伺服器機房訪問終端系統。戰術安排很明確，斯科蒂的人馬以搶劫銀行為幌子，庫珀的人手則進入銀行，明著是調查劫案，實則是為進入機房。曾經刀兵相見的死對頭，現在要聯手搶劫銀行，行動小組成員都很難接受，但沒有更好的方法可以選擇。行動開始，內茲·羅文、馬汀斯·所羅門和湯姆負責搶劫環節。三人蒙面持槍闖入銀行，引起一陣騷亂。等所有人都趴在地上後，內茲找大堂經理打開金庫，煞有其事的搶了份沙特的外交郵包。原本順利的計畫卻被銀行顧客里的一名紐約便衣警察打亂，他掏出手槍指著湯姆。馬汀斯只能開槍擊傷其手臂，但流彈擊中了躲在角落裡的小女孩。無奈之下，三人只能抱著受傷的小女孩，和她的父親一起上車撤離。在途中，斯科蒂的操作員們實時匯報救護車的行進路線，在最快的時間裡找到並將小女孩送上救護車。隨即內茲引爆車上的高溫燃燒彈，銷毀證據，三人迅速消失在城郊的樓房裡。這種搶劫外交郵袋的案件，FBI應參與調查。萊斯勒和納瓦比接到“報警”後，馬上趕往搶劫現場。萊斯勒負責與大堂經理到金庫調查。納瓦比在阿蘭姆的引導下進入機房，找到主伺服器並插上加密狗，這樣阿蘭姆就能實施遠程控制。可阿蘭姆碰到個棘手問題，他雖然能通過收集銀行行長的社交網路資料生成密碼庫並取得正確密碼，但終端有視網膜掃描的二級認證手段，密碼和視網膜缺一不可。湯姆完成任務後，想到醫院看看女兒。剛進門就看到大批警察在場，地上還有已經死亡的護士。牆上四濺的血跡，說明這裡剛才發生過激烈的槍戰。他衝到嬰兒監護室，艾格尼斯已經沒見了蹤影。他首先想到的就是女兒被斯科蒂劫持為人質。當他衝進斯科蒂的辦公樓時，斯科蒂正在為羅伯特·迪亞茲舉行小型的籌款宴會。湯姆先到辦公室中等候，辦公室里掛滿了斯科蒂與各界名人的照片，桌上一張小小的家庭照片反而顯得很突兀。照片裡是斯科蒂和她的丈夫，中間坐著她曾經的兒子。看到這張照片，湯姆隱約有種似曾相識的感受。斯科蒂很快就抱來了艾格尼斯，她收到了柯克欲圖綁架艾格尼斯的訊息，就馬上聯繫了FBI，破壞了柯克的計畫。這場小風波結束後，兩隊人馬再次到指揮中心碰頭。斯科蒂已經查出視網膜掃描的人是彼得·普魯特，名義上是某集團總裁，實為亞歷山大·柯克錢財的保管人。目前普魯特正在土耳其駐德國大使館做客，即將出席使館為峰會舉辦的招待會。只是斯科蒂暫時還沒想出取得其眼球樣本的方法。湯姆提出可以利用他的另一個假身份，尤金·帕夫連科。這個身份因洗錢被土耳其全球通緝，只要持有這本護照，就會被國際警察扣押，屆時土耳其政府會要求引渡到當地大使館。只要進入了大使館，湯姆就有辦法帶出普魯特，需要的只是一包加料香菸“尤金”在柏林被警方逮捕，引渡到了土耳其大使館。操作員3-8黑進監控系統後，湯姆三下五除二的解決看守，在操作員的指引下躲過警衛巡邏，裝扮成服務人員混入了招待會。普魯特是個老煙槍，幾乎煙不離手。湯姆趁打翻香檳幫他擦拭西裝的時候，偷換了放在內袋的香菸。很快，普魯特就呼吸困難，站立不穩。在外接應的馬汀斯和內茲開著救護車趕來。三人當著其他大使、參贊的面將普魯特抬上車後，揚長而去。
第三季第23集各大媒體都在直播羅伯特·迪亞茲參議員的講話。羅伯特暫停了總統競選活動，並公開要求能源大亨亞歷山大·柯克到美國參加聽證會，就其從極端組織處購買原油一事進行聽證。這無疑是用柯克的錢買通了羅伯特，而羅伯特也樂於向公眾展示他對恐怖組織硬強的一面，所以同意配合雷丁頓演了這場戲。但雷丁頓心裡清楚，這個指控純屬子虛烏有，亞歷山大不可能上當。要讓他出現，必須再加把勁。此外，雷丁頓相信羅伯特能進入白宮。他要從羅伯特那得到特赦令，赦免伊利莎白·基恩槍殺法務部長的指控。即使伊利莎白已死，雷丁頓也要遵守承諾，還她一個清白。根據兩人達成的協定，艾格尼斯接受雷丁頓提供的保護，湯姆參與抓捕亞歷山大。雷丁頓溫柔的看著躺在嬰兒床里的艾格尼斯，卡普蘭在一旁收拾著嬰兒用品，房屋的四周都有僱傭軍把守。湯姆的母親斯科蒂給了湯姆一份工作，不過湯姆復仇的火焰並沒有熄滅，隨時準備對付亞歷山大。可他不知道，亞歷山大已經派出殺手，殺手得到的命令就是只要孩子。僅靠羅伯特做出的聲明，並沒能逼出亞歷山大。雷丁頓還要坐實對他的指控，這就需要行動小組的協助。這對一向是打擊犯罪的FBI來說，很不容易接受。連庫珀現在都覺得為了幫助雷丁頓，行動小組的底線越來越底。雷丁頓首先從卡車司機協會的線人處得到，亞歷山大名下的耐克薩天然氣公司運輸的時間和路線。在司機停車午餐的空檔里，雷丁頓擋在快餐店的訂餐檯前，儘量拖延身後司機的時間。湯姆和雷丁頓的手下趁機將裝有走私原油的槽罐車，替換原本的天然氣槽罐車。萊斯勒和納瓦比接到“線報”沿途布控，抓獲該車，並對油罐內的原油進行分析，證明其與敘利亞極端組織售出的原油一致。在這種情況下，亞歷山大不得不做出前往美國參加聽證會的決定以示清白，否則他在美國的政客朋友就只能與他劃清界限並凍結其在美國的幾十億資產。這些證據的指控並不能支撐多久，亞歷山大很快就能證明是有人栽贓。不過雷丁頓並不在意他是否能做到自證清白，反正他不可能活著走進聽證室。在這次行動之後，雷丁頓將與行動小組終止合作，沒有伊利莎白，就再也沒有呆在這裡的理由。殺手已經找到艾格尼斯的主治醫生，通過他與湯姆聯繫，確認艾格尼斯身體健康。利用通話的時間，定位到了湯姆的所在方位。湯姆毫不知情，抱著女兒，在卡普蘭的保護下到超市購物。因為被吐了一身，湯姆要去衛生間收拾，卡普蘭替他抱著襁褓中的嬰兒。湯姆離開沒多久，一名女子驚慌的帶著超市保全四處尋找才幾個月大的兒子，卡普蘭這才發現懷裡的嬰兒並不是艾格尼斯。等卡普蘭帶著手下衝出超市時，湯姆已經不見了蹤影。殺手此時也在超市停車場，看到了撤離的卡普蘭。他不知道發生了什麼事，只能繼續追蹤湯姆的手機信號。通過定位手機信號，殺手一路跟蹤到飛機場，看著湯姆抱著女兒上了一架私人飛機。從機尾編號可以查到航班信息，湯姆正飛往古巴的巴拉科阿。在法院不遠處的大樓里，雷丁頓帶著鄧比和一名專業狙擊手占據了合適位置。在這裡能一覽無餘，亞歷山大從下車到進入法院的這段台階，就在狙擊範圍之內。正在準備時，萊斯勒尋蹤而至。格守原則的萊斯勒接受不了明知某人會被殺，卻無動於衷。他舉槍對準狙擊手的腦袋，命令他離開。但狙擊手一動不動的盯著瞄準鏡，他只聽從雷丁頓的命令。雷丁頓不希望如此忠誠的人無辜喪命，命令狙擊手離開，他親自下手。以他的從軍經驗，心裡有把握不會失手。萊斯勒用槍指著雷丁頓的頭，實在不知道自己是否應當開槍，而他的內心是希望雷丁頓摳動扳機。可雷丁頓卻愣住了，瞄準鏡十字準星里的臉並不是亞歷山大·柯克。亞歷山大得知湯姆逃跑後，就改變了主意。在美國機場著陸後派出私人代表參加聽證，他轉道趕赴古巴。從當地的情報網得到訊息，有一名美國人購買了別墅，高牆聳立，裡面的人深居簡出。已經有情報小組對這幢別墅進行了監視，亞歷山大看著發來的照片，照片裡的人讓他大吃一驚。湯姆帶著女兒出了機場大門，在嘈雜的大街上叫了輛車，直奔別墅，完全沒想到後面會有人跟蹤。當他打開在大門時，伊利莎白等候已久。她抱著女兒艾格尼斯，久久不願放下。雷丁頓也得知了湯姆出逃的訊息，結合亞歷山大私人飛機的行程，很快就查出了飛往相同地點的另一架私人飛機。這架正是湯姆逃亡乘坐的飛機，機主是雷丁頓多年的老友。更讓雷丁頓沒想到的是，安排此次飛行的竟然是卡普蘭，是她協助湯姆逃出了美國。在飛往古巴的飛機上，卡普蘭交待了所有事情。當她看到伊利莎白擔驚受怕的樣子時，就開始懷疑雷丁頓能否真正保護伊利莎白的安全。因此她和伊利莎白、湯姆、尼克策劃了逃離雷丁頓的計畫。搶救時的監護儀被做了手腳，讓伊利莎白的體症表現得很不穩定。在送往醫院的時候，尼克給伊利莎白注射了大量的β-受體阻滯藥，降低心跳輸出和脈搏水平。當受到馬汀斯襲擊時，雷丁頓根本難以察覺這些細小的差別。卡普蘭授命處理伊利莎白的遺體後，尼克又注射了事先準備好的解毒劑和胰高血糖素。葬禮上，卡普蘭找來相似屍體矇混過關，欺騙了所有人。(第三季本季終)
第四季第1集雷丁頓非常惱火，一向忠誠的“卡普蘭先生”居然會瞞著他，與伊利莎白配合導演了一場詐死的戲碼。這樣做的結果就是他無法掌握整件事，以致伊利莎白、艾格尼斯和湯姆被人綁架。可他沒有意識到，伊利莎白之所以要詐死，就是為了脫離他的掌握，過普通人的生活。卡普蘭先生也失去了雷丁頓的信任，雖然雷丁頓同意她隨行協助尋找伊利莎白，但所有事情的安排準備，全部交給了其他人。連“卡普蘭先生”這個雷丁頓團隊里的代號，也被暫時中止，鄧比再次稱呼她的本名，凱特。在古巴的眼線很快查到了一名受傷的綁架者，但已經因傷勢過重死亡。這難不倒雷丁頓，只要一顆人頭就足以找到死者的身份，以及幕後黑手。這顆人頭是屬於一名黑警察。因古巴經濟長年蕭條，警察收入薄弱，經常要撈些外快才能養家餬口。凡用錢能買的，必能因錢被賣。雷丁頓從其他黑警察的口中得知，這顆人頭的主人是為一名走私販，約瑟夫·巴爾贊，效力。在突襲約瑟夫的老巢時，雷丁頓聽到了柯克和伊利莎白的聲音。只是聲音，因為三人之間隔著單向玻璃。柯克早有防備，這塊防彈的單向玻璃讓他能看到雷丁頓，雷丁頓卻無法觀察到他。這是場沒有結果的談判，柯克想再次承擔起父親的責任，但雷丁頓為了卡特蓮娜絕不會同意。而且談判也無法繼續，與柯克勾結的古巴革命武裝力量已經得到訊息迅速趕了過來，雷丁頓不得不離開。在這種情況下，他需要幫助，來自美國聯調局的幫助。行動小組在得知伊利莎白仍活著的訊息後，都很震驚。同時也因伊利莎白的行為產生了分歧，在是否去巴西協助解救伊利莎白的問題上，納瓦比明確表現出反感。她認為伊利莎白的作法除了想擺脫雷丁頓，同樣也是為了脫離行動小組。所以現在的情況是伊利莎白應當預料到的，無需其他人插手。庫珀作為聯調局副局長兼行動小組負責人，他認為自己有必要保護小組成員伊利莎白的安全，並讓湯姆和艾格尼斯安全返回美國。萊斯勒臨危受命，前往古巴聯繫一名神秘人物，曼紐爾·埃斯特班。曼紐爾曾是智利獨裁者皮諾切特的忠實手下，精於間諜術並擁有一個綁架謀殺的恐怖組織，是獨裁政權的傳奇執法者。柯克在古巴受到軍方的保護，只要有軍方介入的事，曼紐爾就一定會知道。最微妙的是，古巴獨裁者卡斯楚招募了曼紐爾，中情局同樣招募了曼紐爾。而通過中情局安排的會面，往往是無法預測結果的。曼紐爾是雙重間諜，警惕性比其他人要高很多。尤其目前美古關係升溫，萬一他的身份曝光就會讓兩國陷入難堪和憤怒之中。所以當萊斯勒出現時，他認為是美國要對他實施清除。幸好只要通過電話與雷丁頓聊幾句，就能打消曼紐爾的疑慮。雷丁頓知道曼紐爾所處的困境，他以提供庇護所為條件，換取伊利莎白被藏匿的地點。曼紐爾只打聽到了伊利莎白的位置，卻沒有艾格尼斯的訊息。這也難怪，因為艾格尼斯已經被柯克的手下送到了伊利莎白手上，而湯姆則被送到密林之中準備滅口。湯姆非等閒之輩，趁看守打電話之機，制服了看守。然後湯姆馬上聯繫行動小組，把艾格尼斯所坐車輛信息告訴了阿蘭姆。當阿蘭姆追查到車輛依靠在古巴某海濱小漁港，並想通知雷丁頓時，雷丁頓已經帶著自己的僱傭軍到達了該地點。但柯克也有自己的訊息渠道，在雷丁頓到達前就有一架水上飛機在海面降落。雖然因為凱特的機警，艾格尼斯被及時救下。可雷丁頓眼睜睜看著載有柯克和伊利莎白的水上飛機從頭頂掠過，無能為力。唯一能讓雷丁頓感到慶幸的就是找到了艾格尼斯，湯姆從電話里得知這個訊息，也是鬆了一口氣。在返回的路上，雷丁頓和凱特坐在后座，飽含溫情的看著嬰兒座椅上的艾格尼斯，誰都沒注意到一輛車從側面飛馳而來。劇烈的撞擊過後，凱特看著艾格尼斯被抱走，隨後陷入了昏迷。
第四季第2集當湯姆趕到車禍發生地時，雷丁頓和凱特已經恢復了意識。凱特看到了抱走艾格尼斯的人，認出此人叫瑪托。瑪托是尋人和追蹤的高手，偶爾也會殺人。凱特知道通過什麼人能找到他，但以雷丁頓現在的情緒狀態，凱特擔心自己的朋友會受到傷害。儘管凱特說得很婉轉，雷丁頓還是聽出凱特所謂的朋友是小尼科斯，曾帶凱特出道的人。他命令身邊的鄧比儘快安排飛機，他要回美國見見這位小尼科斯。與此同時，伊利莎白失望的從水上飛機往下俯望，可下面只有一望無際的大海。柯克一直聲稱雷丁頓奪走了伊利莎白，讓他沒有機會享受與家人的天倫之樂。在伊利莎白的眼裡，柯克也在做同樣的事，也有同樣的理由恨他。伊利莎白不會任人擺布。趁柯克接聽電話安排艾格尼斯的時候，她突然發難，奪下駕駛員的手槍。倉猝間，狹小的機艙里發生打鬥，手槍走火，駕駛員當場死亡。飛機也失去控制向海面急墜，伊利莎白雖奮力向後拉操縱桿抬升機頭，但飛機仍重重摔在水面。等伊利莎白從撞擊中清醒後，發現機身漂浮在水面上，但海水已經從裂口湧進來，恐怕堅持不了多長時間。她加快動作，調整無線電頻率，向外發出求救信號。並在機艙沉沒前，把柯克拖上斷落在一旁的浮筒上，等待救援。這期間，柯克表現出慈父的胸懷。可能是人之將死其言也善，伊利莎白對他產生了一些好感。可惜這點好感稍縱即逝，在被趕來的巴西漁船搭救後，為隱藏蹤跡，柯克槍殺漁民的行為又顯露出他兇殘的本性。雷丁頓的飛機抵達了美國。小尼科斯曾在凱特人生最困難時出手相助，所以凱特想盡力幫他避免傷害。可此時的雷丁頓為了找回艾格尼斯，不惜任何手段。即使小尼科斯正在做手術，雷丁頓還是用槍逼著醫生停止手術撤除麻醉，由湯姆親自動手逼問。聽到手術室里傳來小尼科斯的慘叫聲，凱特最後一次試圖向雷丁頓說明，她的所作所為並非背叛，而是符合雷丁頓長久以來的目的，保護伊利莎白。但這些話並沒有說動雷丁頓，反而讓他有了另一個念頭。雷丁頓還是晚了一步，雖然抓到了瑪托，但艾格尼斯已經被其他人接手，正在與柯克匯合的路上。瑪托是名印地安人，有著強烈的信仰。他不怕痛，不怕死，卻害怕死後被困在棺材裡，靈魂永遠與腐爛的肉身為伴。這一點對瑪托的打擊是巨大的，在雷丁頓承諾將他葬在有孔的棺材裡後，他說出了柯克要去的地方，“夏日皇宮”。夏日皇宮，雷丁頓再熟悉不過。二十多年前，柯克一家在七月搬進位於加拿大東南部的別墅，因女兒瑪莎像小公主，柯克為別墅取名夏日皇宮。伊利莎白此時正在那裡，這個地方對她來說又陌生又熟悉（雷丁頓封閉了伊利莎白童年的記憶，在第二季第10、22集中提及）。她在各個房間裡隨意走著，看著房間裡的陳設。在二樓的走廊盡頭，一扇房門虛掩。推門進去，是間女孩的房間，小桌上還放著蠟筆畫，上面寫著“瑪莎”。她這才知道，這是她童年的臥室。桌上有張照片，她曾在雷丁頓安全屋裡看到過（第二季第19集），母親凱特蓮娜扶著女兒瑪莎坐在鞦韆上。從視窗望向花園，大樹的枝幹下的確掛著相同的鞦韆。現在伊利莎白不知道，是該相信雷丁頓還是自稱父親的柯克。難道雷丁頓真是因為痴戀母親凱特蓮娜，才奪走並封閉伊利莎白的記憶？這在伊利莎白心中畫上了大大的問號。走到花園的大樹下，伊利莎白在腦海里閃現出一絲回憶。她想起母親曾和她在樹下埋了時間膠囊，裡面有母親留下的繩編手環。她循著記憶挖下去，一隻銹跡斑斑的鐵皮罐露了出來，除了幾個具有俄羅斯特色的兒童玩具，一隻繩編手環靜靜的躺在裡面。突然空中傳來直升機的轟鳴聲，機身上赫然塗著聯調局的標誌。庫珀接到雷丁頓的情報，派萊斯勒帶領武裝人員，趕到夏日皇宮。雖救出了伊利莎白，但柯克聞風而逃，艾格尼斯的下落更無從查起。回到美國後，伊利莎白和湯姆住在雷丁頓精心準備的安全屋，屋裡的陳設、裝修與巴西的住所一模一樣。雷丁頓並不相見伊利莎白。他只是遠遠看著伊利莎白走進安全屋，就讓鄧比開車離開。他和凱特來到一處人跡罕至的樹林，這是他買來送給凱特，希望凱特在這裡永遠安享寧靜。一聲槍響，凱特應聲倒地。雷丁頓無法再信任凱特，曲解他的目的並擅作主張，就只有付出生命的代價。可轉身離去的雷丁頓沒有看到，俯身倒在地上一動不動的凱特右手卻緊緊抓著地上的泥土，就像要把獨斷專行的雷丁頓捏得粉身碎骨。
第四季第3集伊利莎白和湯姆再次回到了行動小組。萊斯勒和阿蘭姆已經原諒了她之前為保護女兒而做出的詐死行為，只有納瓦比仍無法釋懷。雖然在庫珀的要求下，她同意暫時加入到營救艾格尼斯的行動中，但去意已決。亞歷山大·柯克在全世界都有資產，聯調局已申請十幾個國家聯合調查，因此這個案子由法務部全權負責。從夏日皇宮裡繳獲的物證、資料大部分都存放在法務部，由專案人員分析處理。伊利莎白和湯姆作為受害者和案件涉及人本不應參與調查，萊斯勒看在往日情分上，對她翻看相關資料也就睜一隻眼閉一隻眼。但關鍵資料全在法務部，於是伊利莎白決定鋌而走險，到法務部去一次。在法務部，伊利莎白和湯姆發揮出特工的優勢。在專案負責人辦公室，湯姆聲嘶力竭要求了解案件詳情的同時，偷取了負責人的門禁卡。坐在一旁的伊利莎白佯裝思女心切，傷心過度要到戶外透氣。她拿著門禁卡潛入資料室，用手機拍下一些關鍵資料。這時一本放在物證袋裡的日記本引起了她的注意，日記本封面上有母親卡特蓮娜的名字縮寫。伊利莎白撕開物證袋，將日記本放進自己的挎包里。在負責人發現之前，她又回到辦公室偷偷將門禁卡塞給湯姆。湯姆再順勢將門禁卡放回負責人的辦公桌上，沒有人察覺到這對“傷心”夫妻的行為。而雷丁頓也有了新線索。只是出於缺乏信任或者是懲罰的目的，他沒有像往常一樣告訴伊利莎白詳情，只說出了一個名字，邁爾斯·麥克格拉斯。此人智商極高，具有反社會人格，專業從事犯罪風險投資。目前這人受僱於柯克，住在倫敦的豪華酒店，正在策劃某件罪犯行為。雷丁頓計畫立刻飛往倫敦，爭取在次日早上與他見面。庫珀不打算就這樣無所事事的等訊息，他讓納瓦比聯繫了蘇格蘭場，協助監視邁爾斯。在倫敦豪華酒店的後門，蘇格蘭場的兩名特工正在密切監視進入人員，並對每個人都進行拍照。當他們將照片向聯調局資料庫上傳時，被人發現當場被槍殺。不過阿蘭姆從上傳的部分數據里發現了一個人，經過數據修復對比，確認是原海豹突擊隊成員布萊德利。因這次失敗的監視行動，雷丁頓錯失了與邁爾斯見面的機會，邁爾斯連夜退房，消失得無影無蹤。現在唯一的希望就在布萊德利的身上，可很快就傳來訊息，在倫敦某公園發現了布萊德利的屍體。很明顯，是不想冒任何風險的邁爾斯殺人滅口。線上索盡斷的情況下，雷丁頓想到一個前海豹突擊隊的長官喬漢·豪貝克，退役後他就招募一些退役的同事，專做收錢辦事的勾當。一天前喬治亞洲港口城市薩凡納的發電廠被四名裝備精良，行動默契的恐怖份子炸毀，很可能就是喬漢的傑作。雷丁頓估計到喬漢不可能說出炸毀發電廠的原因，要想知道邁爾斯僱傭喬漢的原因，就只有滲透進去。布萊德利剛被滅口，喬漢一定缺少人手，這是讓湯姆打入內部的絕佳機會。在雷丁頓的推薦下，湯姆見到喬漢並順利通過測試。第二天，喬漢的行動開始。湯姆和另幾個成員成功劫持了一列火馳的貨車。幾節車皮裝載的貨櫃里都是由疾控中心秘密裝運，處於嚴密保存狀態的致命病毒。當萊斯勒帶著武裝人員趕到並“抓獲”喬漢和湯姆時，發現其中一節車皮的利博斯基病毒樣本已經被喬漢的手下取走。行動小組這才明白，發電廠被炸就是為了讓失去電力的疾控中心將病毒轉送他地，便於喬漢中途攔劫。雷丁頓從喬漢嘴裡得到了與邁爾斯見面交易的地點，邁爾斯對雷丁頓的突然出現也有些詫異。高智商人才畢竟敵不過心狠手辣的雷丁頓，見雷丁頓眼都不眨的就殺了喬漢的手下，邁爾斯也不敢多做反抗，馬上打電話詢問柯克交貨地點。雷丁頓沒打算就此放過邁爾斯，仍將他交給了隨後而來的萊斯勒。但雷丁頓的方案沒有成功，老奸巨滑的柯克察覺到異常，並未現身。雷丁頓想以病毒換艾格尼斯的計畫，最終落空。從母親的日記本里，伊利莎白知道了很多秘密，也逐漸感覺到有血有肉的母親形象出現在眼前。母親與雷丁頓的確發生了婚外情，只不過母親是被派去引誘和出賣雷丁頓，卻在相處中產生了感情。這種感覺就像湯姆愛上伊利莎白一樣，卡特蓮娜無法自拔的愛上雷丁頓。雷丁頓為了保護心上人，也曾逼迫卡特蓮娜帶著女兒瑪莎離開柯克。此外，日記中還提到柯克患有家族性的血液病，再生障礙性貧血。利博斯基病毒引發的白血病則會導致血紅細胞過多，以毒攻毒可以延長柯克幾年的生命。讓卡特蓮娜慶幸的是，這種疾病只遺傳給男性，瑪莎僥倖躲過一劫。從這裡可以看出，柯克不惜一切代價要找回瑪莎，並非為了親情，而是需要後代的基因和血液救他性命。而伊利莎白逃了出來，艾格尼斯就不可避免的成為柯克的試驗品。
第四季第4集伊利莎白的擔心不無道理。輸血只能為柯克暫時延緩病情，隨著時間的推移，其效果也越來越差。從艾格尼斯身上提取幹細胞，是目前治療柯克遺傳疾病的唯一可行方法。這種提取手術對嬰兒是致命的，主治醫生塞巴斯蒂安·雷夫勒出於職業道德，不會提出這種建議，但柯克的手下則沒有這樣的道德拘束。或許是真心希望得到女兒的關心，柯克為伊利莎白提供了視頻連線，讓伊利莎白可以隨時通過視頻看到女兒。此時伊利莎白也不能確定柯克的真實意圖，僅從當前的表現來看，她感覺柯克沒有傷害艾格尼斯的意思，似乎的確是為了趕走雷丁頓，與女兒一家團圓。伊利莎白希望能利用這一點欺騙柯克，讓他以為女兒有誠意回到他身邊。這個視頻連結不僅是伊利莎白與女兒的聯繫，更是她接近柯克的機會，萬一柯克察覺到有人追蹤就會切斷連結，所以伊利莎白拒絕了湯姆追蹤視頻源頭的要求。雷丁頓沒有放棄尋找艾格尼斯的任何機會，這一次他提供了一個環保恐怖份子的名字，蓋亞。雖然不明白蓋亞與艾格尼斯有什麼關係，伊利莎白仍向行動小組通報了雷丁頓的線索。蓋亞是名極端的環保主義者，為了讓公眾注意環保問題，不惜故意製造化學泄露、爆炸等恐怖行為，至周邊居民於不顧。他的巧妙之處在於將這些人為事件偽裝成意外事故，將不知內情的民眾目光轉到了相應的環境污染上。根據行動小組的調查，從2011年開始就有多起意外事故引起環境污染，導致民眾傷亡。萊斯勒和納瓦比在環保部門對這些事件進行調查，從繁多的資料里並未發現疑點。但一個細節引起了萊斯勒的注意，這些企業在發生事故前幾周內都經過現場檢查員的檢查，有幾家的現場檢查還是未經通知的臨時檢查。調出當時現場監控，發現檢查員竟然是同一人。行動小組遂向全國各化工、石油等企業發布了安全警示，並附上嫌疑人照片。不久行動小組就接到通報，一名天然氣管道檢查員被發現因心臟病死於車內，而一小時前有人以替平時檢查員代班的名義進入了當地天然氣工廠。庫珀馬上下令萊斯勒和納瓦比趕往天然氣工廠，並通知當地警察、保全協助。但狡猾的蓋亞衝出警戒圈逃之夭夭，阿蘭姆只能通過現場遺留工具的照片推斷，蓋亞是在尋找高壓天然氣管道最薄弱的地點。根據爆炸模擬演算，如果該地點發生爆炸，不止毀滅當地數百家庭，還會殃及附近一所核電站。蓋亞非常精明，幾乎沒有留下可用線索，除了偽造的通行證。通行證的調查工作就交給了雷丁頓。雷丁頓找到車管所的尋人高手格倫，這個侏儒總是先要戲弄雷丁頓一番才肯做事，雷丁頓拿他也無可奈何。通過格倫提供的情報，雷丁頓和伊利莎白在密林的空曠處找到一輛報廢校車，蓋亞把這輛破車打造成全天然家居。伊利莎白找到了車上一些有關哈德遜河的潮汐資料，核電站正是建在河邊。而雷丁頓更關心的是旁邊一張懷孕女子的照片。晚上，勞累了一天的伊利莎白，最開心的就是在電腦螢幕前為女兒唱搖籃曲。可她沒有想到，救女心切的湯姆背著她追蹤了視頻源頭，此時正和幾名僱傭兵對一幢偏僻建築物發動攻擊。可當湯姆衝進建築物才發現，唯一亮著燈光的房間裡只有幾台伺服器，視頻都是經過這些伺服器中轉，再到伊利莎白的電腦螢幕。湯姆的一舉一動被房間裡的監控攝像頭拍得清清楚楚，柯克不顧伊利莎白的解釋和哀求，切斷了視頻連結。伊利莎白只能對著漆黑的螢幕，流下傷心的眼淚。對湯姆做出的傻事，伊利莎白非常憤怒。但蓋亞的事情仍在調查之中，她沒有時間去找湯姆算賬。行動小組在調查後確認蓋亞原名歐文·艾爾斯，前海軍軍官，直升機駕駛員及機械員，曾參與日本福島救災工作。因受到核輻射影響，成為一名極端環保主義者。他關注哈德遜河潮汐，就是想在超級天文潮水位最低時製造爆炸，核電站無充足水源冷卻反應堆，讓核泄露的危害最大化，重現福島核電站的悲劇。明白了蓋亞的計畫後，行動小組分析出蓋亞無法從地面進入天然氣工廠，唯有從空中，最大的可能就是附近一家直升機服務公司。當萊斯勒和納瓦比趕到直升機服務公司時，從老闆那得知一名機師因心臟病過世，前不久剛找來一名替代機師。很明顯蓋亞又使用了相同手段，下藥毒殺再取而代之。可萊斯勒和納瓦比來晚了一步，蓋亞駕駛著直升機攜帶足量炸藥升空，向目標工廠飛去。派戰機攔截已經來不及了，阿蘭姆嘗試入侵為直升機提供增穩系統服務的網站，修改相關控制命令就可以關閉螺旋槳。庫珀見阿蘭姆有些猶豫，便親自按下了回車鍵。蓋亞的直升機馬上失去動力，一頭栽向地面，大火裹攜著黑煙沖天而起。在行動小組對付蓋亞的同時，雷丁頓通過格倫找到了照片上的懷孕女子。她是歐文的妻子瑪雅，和歐文育有一子斯凱。因歐文受核輻射影響，斯凱出生後臉部就像熔化的蠟燭，成為其他人眼中的怪物。歐文也因此越來越極端，瑪雅不得不離婚並申請了限制令。雷丁頓找她的目的，是因為斯凱患有和柯克一樣的遺傳性血液病，他的主治醫生和柯克是同一人。只要找到了主治醫生，就能找到柯克的藏身處，也就有機會救出艾格尼斯。
第四季第5集伊利莎白在冷靜下來後，對湯姆自作主張的行為沒有多做責怪，她能理解湯姆作為父親迫切想找回女兒的心情。在當前的情況下，伊利莎白默許了湯姆繼續以自己的方式尋找艾格尼斯。一向恪守原則的萊斯勒也少有的提供了私下的幫助，向湯姆透露俄羅斯駐華盛頓情報站負責人的姓名，瓦西里·科馬洛夫。俄羅斯同樣不喜歡亞歷山大·柯克，調聯局曾想分享俄方有關柯克的資料，但被拒絕。希望湯姆有辦法讓瓦西里開口。雷丁頓對雷夫勒醫生的拷問也有了進展。柯克必須每個月輸血及每周注射紅細胞生成素以維持生命，但每次都是柯克事前通知醫療地點。一天后就是本周的注射時間，所以雷丁頓需要雷夫勒醫生配合，抓住狡猾的柯克。在尋找柯克的同時，雷丁頓未雨綢繆，考慮讓柯克交出艾格尼斯的方法，這個方法能實現的前提就是找到林奎斯特財閥。林奎斯特財閥只是個代號，它的作用就是替大公司除掉不願出售專利的發明者，以維護大公司在市場的利益。每次行動後，林奎斯特財閥都會將謀殺偽裝成自殺或事故，並收走發明者的所有研發資料、原型樣機束之高閣。行動小組在調查後，發現近些年，幾名研發人員和科學家意外身亡，符合雷丁頓所說的林奎斯特財閥的行事風格。最近一起是奧馬爾·納賈，一名化學工程師。萊斯勒和納瓦比在奧馬爾的工作地點調查，同事們反映他是個很低調、不合群的人，都不知道他有什麼重大發明。來到奧馬爾家時，發現奧馬爾的妻子留下遺書自殺。從細節上萊斯勒判斷出這並非自殺，而是有預謀的殺人案件，唯一知道奧馬爾發明項目的人也被滅口了。納瓦比在對房間進行搜查時，發生書本里夾著一張奧馬爾與另一名女性的合影。納瓦比記得這名女子是奧馬爾的同事，在之前調查里，她聲稱與奧馬爾並不熟識。在傳喚這名女同事後，她交待與奧馬爾之間有地下婚外情。也正因如此，她知道奧馬爾成功研發了高效便利的海水淡化裝置，卻沒有被林奎斯特財閥滅口。奧馬爾被害前，曾在科技博覽會上遇到一名願為他推廣這項發明的專利律師，所有疑點就集中到了這名專利律師身上。調取博覽會的監控錄像，行動小組找到了專利律師的身影。雖然沒有正面影像，但從他遞出的名片裡，可以看到相關律師的姓名。可到了律師所才發現，這名律師是被盜用身份。現在唯一的希望就是名片上被遮蓋了最後三位數字的電話號碼，阿蘭姆通過數據對比排除，從眾多號碼中發現了嫌疑人為專利局工作的塞拉斯·高德斯百利，專利局的工作讓他有條件接觸到那些被害人，並用申請專利等名義取得信任後加以殺害。行動小組馬上對塞拉斯的公寓進行搜查，發現桌上放著下一名受害者的資料。當他們按照地址趕到時，塞拉斯已經逃走。受害人喝下塞拉斯帶來的香檳後，全身麻痹，倒在封閉的車庫裡，身邊還有輛發動的車輛，房間裡充滿了刺鼻的尾氣。納瓦比踹門進屋，及時救下了受害人。等納瓦比趕到專利局進行調查時，塞拉斯已經攜槍劫持了平時一起工作的同事，躲在機房內負隅頑抗。與雷丁頓想的不同，塞拉斯不完全是為了利益集團服務，他更大的目的是為了技術共享。所以他在機房，將收集在隨身碟里的所有新發明技術資料上傳網路。這明顯危害了國家安全，如若其中的技術被某不負責任的大國掌握，很可能引起局勢動盪。所以曾為秘社工作的國家安全顧問勞蕾爾，來到了行動小組的基地。因塞拉斯上傳的打包數據過於龐大，給了阿蘭姆時間，黑進專利局的控制系統。在發出火警的時候，機房的鋼化玻璃門會自動打開，並在機房噴射隋性氣體。納瓦比在氣體的掩護下，衝進機房開槍擊斃塞拉斯，並取消上傳操作。雖然這些研發數據沒有流失，可把它們交給勞蕾爾，萊斯勒和納瓦比都無法放心。在這件事上庫珀也無能為力，畢竟勞蕾爾的身份是白宮國家安全顧問，行動小組不能違抗她的命令。其中的一項專利，的確在幾天后到了雷丁頓的手上。雷丁頓已經是秘社的實際管理人，與曾經的敵人勞蕾爾也就成了親密的夥伴。這會雷丁頓已經得到了柯克將會出現的地址。他帶著伊利莎白到了日內瓦，卻不允許伊利莎白去伏擊柯克的現場。雷丁頓的僱傭兵巴茲帶隊，在雷夫勒接到通知的注射地點設下埋伏；伊利莎白只能呆在臨時住所等待訊息。這時湯姆打來電話，他在對瓦西里的監視過程中，發現每周為瓦西里提供兩次上門按摩服務的女子，其實是調聯局的線人。在湯姆拿著瓦西里為雙面間諜的證據出現時，瓦西里只好提供俄方收集到的柯克資料。根據最新資料顯示，柯克目前在俄羅斯，而非瑞士日內瓦。伊利莎白立刻意識到雷丁頓得到的地址是個陷阱，馬上撥通了雷丁頓的電話。正是這個電話延緩了雷丁頓的腳步，進了埋伏圈的柯克座駕突然發生爆炸，強大的氣浪將雷丁頓等人沖了出去，重重摔在地上。通過這件事，雷丁頓開始對伊利莎白產生了懷疑。伊利莎白對柯克的感情很複雜，為了女兒的安全，有向柯克泄密的可能。伊利莎白則從湯姆拿回的資料里，發現了她與柯克的DNA鑑定，結果顯示柯克確實為伊利莎白的親生父親。由此看來，雷丁頓曾經說的伊利莎白親手殺死生父，根本就是個謊言。雷丁頓與伊利莎白之間的信任危機，開始產生。
第四季第6集雷丁頓遇襲後，重新整理了思路。他感覺行動小組被竊聽，以致計畫泄露的可能性更大。而能做到神不知鬼不覺入侵聯調局系統的，只有黑客組織“畫眉黨”有這個能力。凡事有弊必有利，雷丁頓決定利用這條線傳遞假情報，引柯克上鉤。新方案必須有伊利莎白的配合，伊利莎白雖然對雷丁頓不再信任，但為了女兒，她願意冒這個險。在行動小組的基地里，雷丁頓親自向庫珀等人匯報黑名單上的一個人，雷內·勒布朗。此人最大的能耐就是向被美國政府制裁的商人貸款。一旦被美國政府制裁，其在美國的資產也會被凍結。雷內就會在此時出面向他們提供巨額貸款，供他們繼續經營非法勾當、吃喝玩樂。交換條件就是資產解凍後，解凍資產盡數歸雷內所有。雷內因此賺得盆滿缽滿。同樣，柯克的資產已經被美國政府凍結，雷內也提供了貸款。雷丁頓已經派人抓獲了雷內，雷內也願意配合聯調局調查柯克的其他未凍結資產，但配合的條件是獲得起訴豁免權。雷丁頓的整個講述過程里，伊利莎白都是冷言冷語，給人的感覺就是她已經與雷丁頓決裂。庫珀立刻安排萊斯勒和納瓦比到指定地點接收雷內，他則與白宮顧問辛西婭商量起訴豁免權的事。另外他必須以上級的身份讓伊利莎白消除不滿情緒，做好本職工作。正如雷丁頓所料，庫珀與辛西婭的通話被人監聽，接收雷內的地點也遭到泄露。雷內在萊斯勒面前被狙擊手槍殺，反倒讓雷丁頓對自己的計畫更有信心。下一步就是將小組成員安排到安全的地點，於是庫珀、萊斯勒、納瓦比、阿蘭姆被帶到了一處絕密安全屋，裡面沒有電子設備，卻有嚴密的防範系統，其程度比聯調局的安全系統尤過之而無不及。伊利莎白早已在安全屋裡等候大家，這時庫珀才知道之前伊利莎白的情緒表現只是在演戲。根據雷丁頓和伊利莎白的分析，行動小組的系統遭到入侵。這個判斷讓負責系統運作的阿蘭姆很不以為然，他每天上班第一件事就是檢查系統狀況，從未發現有外來入侵的跡象。而這正是畫眉黨厲害之處，入侵但不留痕跡。只要酬金夠多，且有挑戰性，畫眉黨都會接手。最近一起案例是發生在去年，印度某核能源廠由系統控制的電機突然發生轉數過載導致爆炸，數十人死亡，上千人遭到核輻射。這背後牽涉到的利益鏈條，讓雷丁頓斷定畫眉黨參與其中。庫珀對雷丁頓繼續讓黑客監視系統的計畫很猶豫。此事關係重大，他必須再次向辛西婭請示。同時他命令萊斯勒和納瓦比查閱印度核能源廠的調查資料，嘗試從中找到線索。阿蘭姆則回基地，全面檢查系統並向國安局匯報，前提是不讓畫眉黨發現異常。庫珀冒著失去職位的風險，終於說服辛西婭暫時不關閉系統。納瓦比通過在摩薩德的關係，得到以色列情報組織對印度核泄露事件秘密調查的絕密資料。其中可以肯定是有人對系統動了手腳，在翻看死難者照片時，納瓦比發現了新線索。其中一張照片她認識，正是阿蘭姆的女友伊莉斯。在與納瓦比的感情出現波瀾後，阿蘭姆結識了新女友。伊莉斯外貌清純，對其貌不揚的阿蘭姆卻“情真意切”，曾多次向納瓦比討教阿蘭姆的喜好。誰都不會想到這個有著可人外表、平日笨手笨腳的伊莉斯會是精通電腦技術，有意接近阿蘭姆的畫眉黨成員。阿蘭姆知道此事後，有如晴天霹靂。目前正好是以其人之道還治其身的機會，阿蘭姆同樣可以在伊莉斯的電腦里種下病毒，入侵畫眉黨的伺服器並定位坐標。阿蘭姆畢竟不是外勤人員，儘管極力想在伊莉斯面前穩定緊張的心情，可還是引起了懷疑。此時柯克的手下打來電話，命令伊莉斯確認監聽系統有無異常。伊莉斯這才發現自己的電腦上插著不明隨身碟，阿蘭姆不得不出手卻被身手不凡的伊莉斯制服。所幸在附近監聽的萊斯勒和納瓦比及時衝進屋，才保住了阿蘭姆的小命，病毒也成功植入到畫眉黨的伺服器。經歷這次事情，納瓦比發現自己仍放不下阿蘭姆，便取消了調職申請。伊利莎白則在不久前接到一個奇怪的電話。打電話的人是個飯店老闆，稱伊利莎白的手機遺落在飯店。掛斷電話後，伊利莎白明白柯克上鉤了。從飯店拿回的電話里只存有一個號碼，撥打過去接電話的人果然是柯克。柯克願意帶上艾格尼斯與伊利莎白見面，伊利莎白也表現出會盡力擺脫雷丁頓的看守與他見面的意願。這本來是個很好的機會，但雷丁頓聽說伊莉斯曾接到電話，隨後萊斯勒和納瓦比逼迫她回電話，通報監聽系統正常。這是個冒失的舉動，伊莉斯很可能通過個別關鍵字讓柯克知道監聽系統不再可靠。在這種情況下，柯克仍通過手機發來見面地點，一處荒廢的捷運站。雷丁頓相信，事情絕不像表面看起來這么簡單。
第四季第7集柯克坐在監室里，對庫珀宣讀的指控罪名不理不睬。伊利莎白從監控螢幕上看著柯克，臉上露出複雜的表情。雷丁頓注意到了這種表情，他擔心伊利莎白會抵抗不了這種感情，同情心泛濫的幫助柯克，所以他需要行動小組儘快找到黑名單上的下一個目標——“驗屍人”。驗屍人的買賣就是出售死亡人員的身份信息，讓那些想隱姓埋名的人過另一種生活。根據雷丁頓提供的情報，行動小組得知一名墨西哥毒販的女兒因不滿父親指定的婚姻而下手殺害父親以其對手，合併兩個販毒集團歸於自己的領導之下。其他販毒集團感覺到威脅，與之多次火併。死亡上萬人後，該女子隱姓埋名在美國生活。阿蘭姆通過交叉對比，發現了其以阿耶拉·雷納塔的身份，在一家私立學校工作。庫珀在派出萊斯勒和納瓦比後，發現伊利莎白凝視著監控螢幕。他同樣注意到了伊利莎白的表情，於是特許伊利莎白與柯克對話，但只能聊過去不許聊案情。伊利莎白一直想弄清楚自己的身世，這是次難得的機會。可惜並沒有讓伊利莎白如願，柯克鼻孔出血，倒在伊利莎白面前。在緊急送往當地軍方醫療中心後，醫生確診是再生障礙性貧血，柯克體內的血小板遠遠低於正常人。此時輸血會出現免疫性休克，如果不提高血小板，柯克在幾小時內就會出現腦出血，目前唯一的辦法就是不會造成排異的血親捐獻幹細胞。這對伊利莎白是個艱難的決定。出了這么多事，她對柯克只有仇恨。可作為女兒，她又不忍見死不救。伊利莎白最終還是同意捐獻幹細胞，就在醫院提取血樣準備配型時，醫療中心附近發生了嚴重的公車事故，幾十名傷者被送了過來，醫院頓時混成一團。庫珀知道柯克的手下會試圖營救，已布置人手嚴密看守，只是他沒想到會來得這么快。交通事故正是柯克手下製造出來，多名精幹人員混在傷員中，潛伏在醫院各處待命。萊斯勒和納瓦比已經找到了阿耶拉，並從她的交代中知道了聯繫驗屍人的方法。驗屍人出於謹慎，會調查交易對方的背景，出身摩薩德的納瓦比就成了最好的聯繫人。果然，驗屍人只查到納瓦比在摩薩德時的假身份。當萊斯勒埋伏在交易地點，看著驗屍人坐在納瓦比對面，隨時準備動手抓人時，雷丁頓突然出現了。雷丁頓引出驗屍人的目的，就是想知道當年他為索尼婭·布魯姆偽造的身份。得到想要的情報後，驗屍人被丟給了萊斯勒和納瓦比，雷丁頓自己匆匆上了路。抓到驗屍人已經是很大的功勞，據以找到很多已被定性為死亡實則用其他身份生活的犯罪份子。可萊斯勒不想受雷丁頓擺布，他要弄清這個索妮婭到底是什麼人。索尼婭曾參與最新的基因組研究工作，試驗通過重組基因治療疾病。在取得成果時，她的搭檔被從事收集專利的林奎斯特財閥殺害，從此她就銷聲匿跡。在以新身份艾德里安·肖生活後，她有了新的搭檔，並從事血液學研究，正是柯克的救命稻草。阿蘭姆從系統中調出肖及其搭檔的秘密實驗室，一艘停靠在港口的輪船，萊斯勒和納瓦比趕到並進行了搜查，裡面的情景讓他們大吃一驚。除了很多奇怪的設備外，長長的通道里還擺放著一排高低雙層床鋪。每個床鋪上都躺著一名病人，臉上都長滿奇怪的水泡。只有不時眨動的眼睛，讓他們現出一絲生氣。但搜查過整個實驗室後，未發現艾德里安·肖的身影。雷丁頓已經提前一步帶走了艾德里安·肖。與萊斯勒猜測的相反，雷丁頓並不是要艾德里安的性命，扼殺柯克的希望，而是願傾其所能，資助艾德里安從事研究工作。這時，伊利莎白打來了電話。醫院的檢測結果讓人出乎意料，DNA結果顯示柯克並非伊利莎白的生父。伊利莎白曾質問柯克，柯克聲稱是雷丁頓篡改了結果。伊利莎白打來電話就是想問清楚此事。雷丁頓立刻意識到伊利莎白有危險，柯克之前一直對伊利莎白禮貌有加，是基於伊利莎白是他的女兒。現在出現這種情況，柯克一定會有所行動。正如雷丁頓所料，潛伏在醫院的殺手接到了指令，正慢慢向柯克的病房靠攏。他們會幹掉所有阻擋道路的人。
第四季第8集柯克的手下訓練有素，快速占據關鍵地點並在通風系統中丟入煙霧彈，造成火警假象，讓醫院陷入混亂。雖然伊利莎白事先已經得到雷丁頓的預警，庫珀也一再通知警衛提高警惕，可還是沒能阻止裝備精良的武裝人員將柯克和伊利莎白帶離醫院。營救行動進行時，湯姆正在病區外。他意識到柯克有所行動，以一己之力擊斃兩人，並開車在接應柯克的救護車後緊追不捨。畢竟對方人多，湯姆在追擊途中自己也陷入險境。幸好萊斯勒和納瓦比在調查過輪船返程時接到指令趕來支援，才讓湯姆化險為夷。為了救回伊利莎白，被俘的柯克手下被送到行動小組基地。萊斯勒違反曾經恪守的原則刑訊逼供，可得到的訊息有限，只知道會有輛銀色箱式貨車在距離安全屋十分鐘路程的地點接應。於是庫珀命令調取周邊所有監控，尋找這輛銀色箱式貨車。阿蘭姆則搜尋對比當地與柯克有關聯的資產，希望能找到安全屋的地點。在等待對比結果的時候，萊斯勒和納瓦比也沒休息，他們趕到現場附近，對各個店鋪進行排查。伊利莎白被綁架，柯克很快就會用自己的醫生再次確認DNA配比結果。一旦結果證實伊利莎白與他沒有血緣關係，很難保證柯克不會在激憤之下傷害伊利莎白。這一點雷丁頓心裡非常清楚，所以他找來艾德里安·肖就是為了找到肖醫生曾經救治的零號病人。零號病人是肖醫生進行基因治療的第一個人體試驗，目前病人仍健康存活，並在地檢部門工作。有了此人證明肖醫生的治療方法，柯克應當會放過伊利莎白，接受肖醫生的基因治療方案。在找到零號病人前，柯克就打來了電話。他已經再次確認了DNA結果，對雷丁頓的憎恨有增無減。雷丁頓主動提出用自己交換伊利莎白，正中柯克下懷。二十分鐘後，在指定地點，雷丁頓看著一輛黑色商務車停在面前。他自知此去九死一生，臨上車前，雷丁頓向忠實的保鏢鄧比做了自己的懺悔，殺死凱特是他此生最痛苦的決定。可雷丁頓不知道，凱特被居住在密林中的隱士救活，現在正一步一步走出那曾讓她生不如死的樹林。當雷丁頓到達柯克藏身的安全屋後，等待他的將是殘酷的折磨。柯克不希望伊利莎白或者叫瑪莎看到這些，便命令手下奧德特帶著伊利莎白暫時離開。奧德特年青漂亮，思維縝密，營救行動就是由她策劃指揮。柯克在她心目里不僅是老闆，也是不可替代的愛人。雖然柯克強調要保證伊利莎白安全，但奧德特這一次不打算再服從命令。她一直痛恨伊利莎白，因為柯克對伊利莎白的執著才讓事情發展到無可挽回的地位。奧德特開著銀色箱式貨車從安全屋出來直奔船塢，她要在那裡解決伊利莎白。銀色貨車剛出動，就被嚴密監視的阿蘭姆發現。萊斯勒和納瓦比正在一處健身房盤查，接到訊息後立刻追蹤而至。奧德特發現無處可逃，就從高高的船身上一躍而下跌入冷凍的海水之中，寧死也不願束手就擒。此時，安全屋裡的雷丁頓已經被注射了幾種有毒製劑。這些化學物無一不是對神經的折磨，豆大的汗珠從強忍巨痛的雷丁頓額頭上流下來，他的頭也無法控制的不停抖動。雷丁頓承認伊利莎白是自己的女兒，同時還說出一件讓柯克無法接受的事實。雷丁頓並非柯克所想像的第三者，實際上卡特蓮娜是名優秀的情報特工，不論與柯克結婚還是接近雷丁頓，都是她的任務。所謂美滿的家庭，只是卡特蓮娜給柯克製造出的一種假象。這時湯姆和鄧比找到了零號病人，並在指定地點交給了柯克手下。被雷丁頓綁架的主治醫生雷夫勒也被一起送來，通過他證實肖醫生的療法的確對柯克的血液病有效。這種違反美國法律未被公開的療法成了柯克活命的唯一希望，但殺死雷丁頓的願望占了上風。在柯克親手將一支毒針扎入雷丁頓的頸動脈時，雷丁頓在他耳邊低語了幾句，讓柯克抓著注射器的手停止了動作。伊利莎白等人從銀色箱式貨車的GPS記錄中找到安全屋地點時，已經人去樓空。一張擺滿注射器的座椅旁，掉落著雷丁頓常戴的禮帽。幾天后，雷丁頓再次神采奕奕的站在伊利莎白公寓前，柯克的威脅已不復存在。他是來取回自己的帽子，對這個人，伊利莎白無法再拒絕他的要求，輕輕將艾格尼斯放入他的懷抱。
第四季第9集雷丁頓到底為何要放走柯克，沒人知道原因，包括庫珀在內的聯調局探員都無法接受這樣的結果。另外，阿蘭姆也因為伊莉斯將接受調查，不過根據他以往的工作態度，相信不會受到牽連。雷丁頓倒是一直在為伊利莎白的職位操心，自伊利莎白槍殺前法務部長後，就被吊銷證件，處於留用狀態。要讓現任法務部長同意啟用伊利莎白，幾乎不可能。雷丁頓打算利用即將上任的當選總統羅伯特·迪亞茲，畢竟此人為了競選曾接受柯克的政治獻金，之後又與雷丁頓達成私下交易。雷丁頓利用他的宣傳工具，才讓柯克受到美國政府制裁，一步步進入了雷丁頓布下的圈套。當然，雷丁頓首先要解決的是庫珀的質疑。為了轉移注意力，他提供了一樁大案。一家海鮮加工廠遭到蒙面武裝份子的襲擊，現場死者中有國際頭號通緝犯阿桑·阿卡尼，隸屬於利比亞新烈士兵團的恐怖份子。這個組織向來在中東活動，突然出現在美國，顯然絕非毒品那么簡單。大家都在圍繞這件事進行討論時，納瓦比則表現得漫不經心，想儘量淡化此事。納瓦比這樣的表現，是因為她的心裡有鬼。海鮮加工廠的襲擊事件，正是她和摩薩德同事實施的。新烈士兵團從美國境內得到了一批新型導航晶片，足以讓飛彈繞過以色列的防導系統“鐵穹”。納瓦比這么做是為了自己的祖國，但如果摩薩德在美國行動被發現，勢必造成國際糾紛，所以在這件事上她必須儘量為戰友打掩護。可不論納瓦比想如何隱瞞，都無法公開干擾調查。在襲擊現場發現了一枚破損的晶片，經過阿蘭姆的檢測，確認是由美國軍事防禦承包商布萊克索恩·金凱德製造。金凱德公司的高層非常配合，甚至主動提供了嫌疑人詹姆斯·馬多克斯，曾經最棒的程式設計師，後經酗酒被辭退。萊斯勒和納瓦比按程式逮捕了詹姆斯，雖然有多項證據證明詹姆斯涉嫌將晶片賣給恐怖份子，金凱德公司甚至還能提供目擊證人證明詹姆斯曾去過晶片庫存，可負責審訊的伊利莎白總覺得事有蹊蹺。除此之外，雷丁頓也利用自己的眼線得到最新訊息，新烈士兵團已派人來處理遇襲一事，為首人叫法魯克·薩尼。法魯克的確是受到指派來到美國找回被劫的導航晶片，他從加工廠的內線手中得到當晚的監控錄像，再找到晶片的真正賣家，金凱德公司的技術總監迪沃斯。迪沃斯手中掌握許多尖端技術，包括可以透過頭套映射出頭套下的人臉。很快迪沃斯就認出了曾到過公司調查的聯調局探員納瓦比，法魯克自然也就知道是摩薩德搶走了晶片。同時阿蘭姆從出入境數據中篩選出可疑人物，懷疑可能是法魯克。其實那是摩薩德成員，納瓦比不得不主動請求調查，然後證明已排除嫌疑，以分散聯調局的注意力。隨後納瓦比和萊斯勒前往調查金凱德公司所說的目擊證人時，遭到了伏擊。伏擊者並不與萊斯勒多做糾纏，他們的目標很明確就是納瓦比。這次劫持行為讓庫珀等人非常緊張，對納瓦比參與的調查活動進行了重新梳理，希望從中找到線索。雷丁頓一看到被納瓦比排除嫌疑的可疑人物照片，就認出是摩薩德的艾澤爾·孟德爾，與納瓦比熟識。進而深入調查，萊斯勒找到了摩薩德的安全屋。這時法魯克通過納瓦比的手機打來電話，要求以導航晶片交換人質。摩薩德的利維·舒爾冒著風險前去交換，萊斯勒則暗中策應，以免晶片流失。經過雙方合作，利維救下了納瓦比，萊斯勒從法魯克手裡搶回了晶片。阿蘭姆正如預料的一樣，順利通過了內部審查。伊利莎白也“意外”得到卸任總統的特赦，重新拿回了調聯局的證件。只是納瓦比的忠誠受到了質疑，庫珀希望她能確定效忠的方向。做這樣的選擇對納瓦比是艱難的，再三考慮後，她選擇了聯調局，從此與老東家摩薩德一刀兩斷。
第四季第10集柯克離開，伊莉莎白也恢復了探員身份，在目前情況下已經不需要住在雷丁頓提供的安全屋。伊莉莎白和湯姆租了間公寓，開始普通人的生活。湯姆擔起超級奶爸的責任，在家照顧艾格尼斯。收拾屋子時，他把多本護照丟進了垃圾桶。過去的生活已經不復存在，是時候拋棄這些假身份了。伊莉莎白拿起咖啡杯打開房門準備上班，可不知是誰在門口擺放了一個模型。模型上一個女人浮在泳池水面上，旁邊還有張字條寫著“請救救她”。伊莉莎白不知道這是惡作劇，還是另有目的，只能將模型拿到行動小組。很快就有訊息證實，聯邦法官特麗莎在俱樂部的泳池溺亡，與模型里的場景幾乎一致。但死亡時間比伊莉莎白看到模型的時間晚了一個多小時，所以庫珀不排除兇手在向伊莉莎白挑釁的可能性。對這種無頭案雷丁頓是最佳的情報來源，在幫伊莉莎白恢復自由身後，他也在國會山租了間不錯的公寓，為下一個計畫做準備。這一次雷丁頓沒能提供線索，他的想法和庫珀一樣，認為兇手是在向伊莉莎白挑戰，而且不會就此收手。果然，在整理屋子的湯姆看到房門下有人影閃動，打開門時看到了另一個模型。他快步追了出去，只看到一個穿著兜頭帽的人匆匆逃走。因為艾格尼斯還在房間，湯姆不敢再追，只能立刻通知伊莉莎白。這次的模型更加複雜，有人倒在血泊中，邊上還有一名拿著手槍的機車手。從背景可以分辨出是在舊郵局鐘樓附近，上面還清楚的畫著時間，就在中午十二點半。行動小組立刻行動，在鐘樓周邊布置人手。憑著這條線索，一條無辜的生命倖存下來，只可惜被槍手逃脫。鑑證科在伊莉莎白寓所附近和模型上提取到同一枚指紋，確認嫌犯為菲奧娜·德里斯科爾。菲奧娜被帶到審訊室時，並沒有否認，但事情也並非庫珀和雷丁頓想像的那樣。菲奧娜的女兒瑪吉，患有多種出生缺陷且有認知障礙。她自小失聰，一直生活在自我封閉的環境裡，以畫畫和做模型打發時間。兩年前，她突然開始製作一些恐怖模型，有災難也有血案，之後都會有相對應的慘劇發生。菲奧娜曾向警方報案，卻不被受理。前幾天在大街上，菲奧娜看到了伊莉莎白，認出就是電視上被總統赦免的蒙冤探員。她就尾隨到伊莉莎白家，以這種方式希望幫到那些有可能遇害的人。行動小組不會相信有“預言”這種事，阿蘭姆從瑪吉的醫療記錄里找到了原因。兩年前瑪吉接受了新產品測試，被移入高頻助聽器。很可能有無線電射頻干擾到瑪吉的助聽器，讓瑪吉聽到了兇手與僱主間的對話。為了找到嫌疑人，阿蘭姆在瑪吉的房間安裝設備，隨時監聽附近的各種無線信號。很快就找到一段可疑的手機通話信號，伊莉莎白舉起望遠鏡向對面住宅樓看去，正看到對面視窗有人在通話，而且口型與通話內容一致。對方也看到了伊莉莎白，隨即掛斷電話逃之夭夭。嫌犯雖然逃走，但阿蘭姆從瑪吉模型對應的案件中找到了共同點。每起慘案的發生都會牽涉到某家著名企業的股價，可疑的是在逃嫌犯班傑明曾實習的金融公司每次都會大賺一筆。由此班傑明和金融公司總裁范斯沃斯有重大嫌疑，很可能通過製造多起慘案從中謀取不義之財。這時瑪吉又聽到了班傑明與范斯沃斯的對話，他們已通過中間人做空自己公司的股票，準備撈取最後一筆後逃離出境。在出境前，班傑明還要回公司將中間人滅口，剷除後患。正當班傑明用電鋸割斷電梯索纜，偽造電梯墜樓意外時，被及時趕到的萊斯勒擊斃。伊莉莎白拉下了電梯制動閘，才保電梯裡驚慌失措的證人安然無恙。班傑明伏法，另一個卻逃走。伊莉莎白到雷丁頓的新公寓通報情況時，雷丁頓想都沒想就猜到是克里斯·范斯沃斯。這幾年一直有人向他推薦范斯沃斯，稱其能預言股價漲跌。雷丁頓從不相信預言，也就拒絕了。伊莉莎白倒是對剛進門時看到的兩個人感興趣，兩人推著碩大的工作箱出去，似乎很專業的樣子。但看到雷丁頓避而不談，她也就不再多問。晚上，伊莉莎白回到新家。湯姆準備了蠟燭、意大利麵簡單的慶祝喬遷之喜。經過這次的事情，湯姆意識到這個世界並不太平，所以他又從垃圾桶里取出了那些護照。這件事，他沒有向伊莉莎白隱瞞，伊莉莎白也能理解。在這個危機四伏的世界裡，有備才能無患。突然門口傳來敲門聲，伊莉莎白開門意外看到鄧比獨自站在門口。在行動小組偵破班傑明案件時，雷丁頓少有的沒有加入，因為他正在辦自己的事。雷丁頓有個好友賽勒斯·崔，一生致力於拯救被殘酷剝削和血腥鎮壓的非洲礦工，直到兩個月前被礦主殺害。雷丁頓目前所租住的公寓，就是賽勒斯被殺的地點，已經被礦主僱傭的“清道夫”清理得毫無痕跡。或許是要為好友報仇，雷丁頓離間礦主及其幫凶，讓他們自相殘殺。在礦主叫來“清道夫”清理現場時，雷丁頓又出手解決礦主，然後以雙倍價錢僱傭隨後趕到的“清道夫”。伊莉莎白進門時看到的兩人，就是收錢清理犯罪現場的“清道夫”。
第四季第11集伊莉莎白按約定來到雷丁頓的秘密據點。房間裡，雷丁頓的御用會計扎克·斯莫爾正帶著手下清點著成堆的美元。伊莉莎白心裡清楚這些都是黑錢，可鑑於雷丁頓與聯調局的關係，也只能睜一隻眼閉一隻眼。她亮出聯調局的證件，趕走了這些人，才開口與雷丁頓說話。雷丁頓對伊莉莎白的做法也沒多做理會，他手頭有另一個案子需要聯調局處理。政府的證人保護計畫名單被黑客竊取，雖然不知道名單的下落，但他知道誰想得到那份名單。想得到名單的組織叫“後宮”，因其由一幫女賊組成而得名。她們組織嚴密、身手不凡，而且只對犯罪份子下手。與其說是行俠仗義，不如說是“黑吃黑”。後宮最近的一起案子是明目張胆的從黑幫頭子托尼·吉努薩手裡搶走了價值上千萬的鑽石，而托尼前不久殺了出庭作證且被列入保護計畫的證人。這不可能是巧合，為了保證萬無一失，伊莉莎白必須打入後宮探明情況，奪回證人名單。後宮的首領叫瑪戈特·羅切特，為人謹慎。所幸雷丁頓知道一個曾與她合作的傢伙克雷格，只要克雷格肯為伊莉莎白擔保就可成功一半，至於另一半就需要伊莉莎白向瑪戈特證明自己的能力。伊莉莎白最初進聯調局就是因為她出色的分析應變能力，現在正好得到發揮。她假扮酒店服務人員進入瑪戈特房間，輕而易舉的拿走藏在行李箱中的鑽石，並留下字條。等瑪戈特發現，再根據字條來到酒店吧檯，伊莉莎白正悠然自得的喝著酒。這一手給瑪戈特留下深刻的印象，但她也不會輕易相信一個不速之客。這時克雷格的擔保起了作用，他為了讓監獄裡的弟弟提前獲釋，就與聯調局達成協定，在瑪戈特面前“證實”伊莉莎白是名個出色的騙子。不過瑪戈特的測試沒有結束，她還要求伊莉莎白當場殺了克雷格。伊莉莎白略加思索就明白了瑪戈特的用意，便嚴辭拒絕。這是個忠心測試，如果殺了克雷格就說明自己是個對同伴沒有忠誠的人，絕不可靠。伊莉莎白的表現讓瑪戈特很滿意，同意接收伊莉莎白成為新成員。行動小組調查到，除了首領瑪戈特，負責策劃的薩沙·劉，善於交際又個性衝動的傑西卡·皮哈以外，後宮裡還有一名成員，艾瑪·奈特莉，無法確定身份背景。有關她的所有資料都是空白，顯得非常神秘。伊莉莎白很快發現艾瑪身份的確特殊，其實是雷丁頓安插在後宮的前英國特工。雷丁頓對此沒有否認，他之所以再安排伊莉莎白，是因為艾瑪最近的行為有些反常，似乎另有心思。不過雷丁頓相信，兩名臥底應當能全力合作，找回名單。在薩沙的策劃下，為了拿回鑽石的托尼說出了出售名單的人是代號為“赫德里克”的黑客。瑪戈特手眼通天，黑白兩道人脈廣泛，查出赫德里克的行蹤不需要太長時間。有準確情報透露赫德里克就在香港過著紙醉金迷的生活，而且豪華公寓內有高級別安保措施。這並沒有難倒後宮成員，瑪戈特負責遠程指揮，薩沙負責破壞安保線路，伊莉莎白、傑西卡和艾瑪則潛入公寓伺機盜竊名單。當晚，赫德里克正在舉辦派對，薩沙入侵安保線路修改賓客名單，讓伊莉莎白等人順利進入公寓。但在動手時，艾瑪突然引發警報。傑西卡被趕來的保全擊斃，在伊莉莎白與保全纏鬥時，艾瑪趁亂取走保險庫里的名單消失無蹤。準備逃走的瑪戈特和薩沙被聯調局迅速抓獲，而名單則由雷丁頓交給了伊莉莎白。伊莉莎白看著面前的絕密名單，猜測艾瑪的命運一定和卡普蘭先生一樣，長眠於地下。但伊莉莎白錯了，艾瑪確實想過獨吞名單，用得到的錢過隱居生活，退出爾虞我詐的生活。雷丁頓找到她後，並沒有責怪她的背叛，而是給了她一份湖邊小屋的地契和大筆資金，讓她過上安逸的退休生活。另外，雷丁頓千方百計得到名單並非想據為己有。名單里有“卡普蘭先生”凱特的姐姐莫林·羅恩，她因目擊一場黑幫謀殺而出庭作證，並加入證人保護計畫。雷丁頓是為了保護莫林，彌補對“卡普蘭先生”的遺憾，才有此舉。同時，雷丁頓也身處危機。會計師扎克突發心臟病死亡，導致很多錢款不知所蹤，而此前安排妥當的生意都被競爭對手巴爾德爾·馬格努森搶走。雷丁頓心裡明白扎克絕不是死於意外，已經有人向他提出了挑戰。
第四季第12集雷丁頓在一家按摩房找到了扎克的屍體，整個屍體出現潰爛，似感染高致命病毒。而隨著扎剋死亡，還有兩億多錢款的失蹤。失去這筆巨款正好打亂了一樁至關重要的生意安排，在這個節骨眼上出事，絕不是巧合，而是有人處心積慮為之。雷丁頓感覺到危機四伏，這種感覺也曾有過，那時的對手是“秘社”，這一次又會是誰？雷丁頓要為聯調局提供情報，就必須維持自己在罪犯領域的地位。既然有人向他發出了挑戰，那聯調局應責無旁貸的提供協助。雷丁頓決定兵分兩路，聯調局調查殺死扎克的兇手，他自己則要想辦法找到老對手馬格努森，看看能不能找到幕後黑手。馬格努森與雷丁頓都是在罪犯領域縱橫幾十年的老手，他能抓準雷丁頓不利的時機搶走生意，不能不讓人懷疑他就是殺死扎克的幕後黑手。可馬格努森為人謹慎，很難掌握他的行蹤。於是雷丁頓想到了一個從沒人見過的神秘殺手，埃德加·萊蓋特。他其實是雷丁頓虛構出來的人物，每當雷丁頓需要有人來承擔謀殺罪名時，埃德加就是不二選擇。現在雷丁頓有個引蛇出洞的計畫，其中一個角色就是埃德加，而扮演這個角色的最佳人選只有湯姆。雷丁頓的計畫並不複雜。馬格努森一直想找個可靠的殺手幹掉雷丁頓，雷丁頓只要利用這點讓假扮埃德加的湯姆引起馬格努森的注意，帶他去馬格努森的藏身地即可。最近這段時間專職做家庭主夫的湯姆，身體裡還是流淌著冒險者的血。能暫時脫離平淡的家庭生活，重溫刺激的冒險生活，何樂而不為。計畫進行得很順利。雷丁頓在馬格努森名下的旗艦酒店偽造一起暗殺事件，湯姆扮演的“埃德加”在可疑時間、可疑地點出現。馬格努森自然而然的派人把“埃德加”領到他面前，而雷丁頓也沒浪費多少時間，就坐在了他的面前。可這時候，雷丁頓的危機感並沒有消失。直覺告訴他，馬格努森不是幕後黑手，搶走生意只是正常的商業行為。到底是誰殺死扎克，搶走了秘密賬號里的上億美元。仿佛有個巨大的黑影跟在身後，讓雷丁頓不寒而慄。同時，行動小組對扎克的死因調查有了結果。扎克是死於高致命性腦膜炎病毒，魯申氏病毒，從接觸病毒到死亡只需要幾分鐘時間。萬幸的是病毒本身很脆弱，無法脫離宿主存活，所以只要不直接接觸屍體就可確保全全。疾控中心從扎克嘴唇上發現含有病毒的唇膏殘留，很可能是某個自身不會發病的女性病毒攜帶者所留。阿蘭姆從疾控中心紀錄中查到國內共發生兩起魯申氏病毒事件，除了扎克外，還有一家典當行老闆，不同的是典當行遭到了搶劫。調取典當行和按摩院的周邊監控，發現了同一名女性的身影。奇怪的是，案發時間是七月，周圍人都是短衣短褲，只有她包裹著大衣，似乎生怕觸碰到其他人。再深入調查，在人類歷史上有記錄的魯申病毒爆發是在14年前的東歐摩爾多瓦，從疫情中存活的只有一名小女孩娜塔莉·盧卡。娜塔莉之後被霍桑生物衛生組織帶到美國，進行進一步治療。在霍桑生物組織，面對著萊斯勒和納瓦比，組織負責人不相信娜塔莉會做這種事。在她的印象里，娜塔莉溫柔善良。在娜塔莉成年後，組織便不再對她有過多的限制。前兩年娜塔莉與在組織里工作的生物技術研究員馬利克·魯曼相戀，組織尊重她本人的意願，準許她出院過普通人的生活。在院外的所有隔離、治療工作全部由她的戀人馬利克負責，並居住在指定地點定期報告。直到聯調局來調查，負責人才發現娜塔莉和馬利克已經離開指定居住點達幾個月之久，下落不明。衛生組織這裡沒了線索，卻發生另一宗案件。一輛運鈔車被搶，兩名押運員同樣出現魯申氏病毒症狀。目擊者提供了兇手駕駛車輛的牌照，行動小組根據車管所信息查到車主地址。萊斯勒和納瓦比帶人抵達後，並沒有發現嫌疑人，只看到屋裡擺放著各種醫療設備。屋裡的一半面積就像普通人家，另一半面積卻是掛著隔離塑膠幕布。疾控中心對屋裡的設備進行分析，發現馬利克是在提純娜塔莉體內的酶，嘗試在自己身上複製出對魯申氏病毒的免疫能力。看來多次搶劫是為了得到資金，但為何殺害扎克就不得而知。在馬利克的電腦里，阿蘭姆找到一處建築物藍圖和一些富豪人物資料。從雷丁頓那得到訊息，這幢建築物是富翁們聚集豪賭的地方，每天的流水令人咂舌。由此可以判斷，娜塔莉和馬利克正在準備搶劫此處。萊斯勒和納瓦比火速帶人趕到，正看到喬裝成服務員的娜塔莉。娜塔莉被控制，馬利克卻不知去向。萊斯勒把娜塔莉送上疾控中心的救護車，剛要搜尋周邊尋找馬利克。這時阿蘭姆發來通知，疾控中心正派車前往。萊斯勒這才知道被騙，緊忙與納瓦比上車追趕已經駛離的假冒救護車。可當他們追上時，救護車和另一輛麵包車相撞，雙雙翻倒在路邊。馬利克從麵包車裡爬出來奔向娜塔莉，卻被車裡人開槍擊中腹部。在生命的最後幾分鐘裡，馬利克終於能撫摸到娜塔莉的雙手，安詳的閉上了雙眼。
第四季第13集湯姆在睡夢中被伊莉莎白叫醒。新聞中剛剛報導了不幸的訊息，一架私人飛機失事，湯姆的父親霍華德·哈格里夫被確認死於此次事故。湯姆表現得很平靜，從小到大都是靠自己努力，早就忘記了什麼是父母親情。他不想再去深究與父母之間發生的事，現在只關心伊莉莎白和艾格尼斯，妻子女兒才是他的未來。既然湯姆這么說，伊莉莎白也就放心了。她如約到餐廳與雷丁頓見面，剛進門，就看到一個人從雷丁頓桌前起身離開。他叫斯特拉托斯，在雷丁頓商業帝國中負責地中海區域的航運業務。他追隨雷丁頓二十多的，即是老部下又是老朋友。馬上就是他與妻子的23周年結婚紀念，雷丁頓特意為他們夫妻倆在摩洛哥蒙特卡羅的豪華酒店租了房客作為賀禮。雷丁頓叫伊莉莎白過來，並不是為了斯特拉托斯，還是為了一樁巴黎發生的肇事逃逸案。事故中死亡的是雷丁頓的信使，信使所攜帶的巨額債券消失無蹤。這起偽裝成交通事故的謀殺案，很明顯就是針對雷丁頓，雷丁頓心裡很清楚又是行事不擇手段的伊莎貝拉·斯通所為。行動小組深入調查下來，發現這個伊莎貝拉的確作案累累，無不是讓人身敗名裂，現在看來她的下一個目標就是雷丁頓。庫珀安排萊斯勒和納瓦比前往法國調查。萊斯勒本就因弟弟病重要做手術而情緒低落，而且這一次又是為雷丁頓這個犯罪頭子辦案，他多少有些牴觸。可命令難違，萊斯勒還是強打精神和納瓦比到了法國。法國方面並沒有現成的可用線索，倒是阿蘭姆從法國提供的酒吧監控錄像中發現有人在監視信使。面部識別後確認是前海軍罪證調查探員墨菲·查爾斯，退役後居無定所，只有一個租賃的小倉庫。在這間倉庫里，伊莉莎白從資格櫃中發現了一疊照片，裡面不僅有已死亡的會計師和信使，還有曾見過一面的斯特拉托斯。她隨即通知了雷丁頓。雷丁頓接到伊莉莎白的電話後才知道老友有危險，可為時已晚，斯特拉托斯因為謀殺妻子被摩洛哥警方逮捕。雖然斯特拉托斯一再聲稱他的酒中被下藥，在賭場大廳與他發生爭執的女人並非他的妻子，他回到房間時妻子已經被害，可這些都沒有被警方採信。雷丁頓太了解這個朋友了，他與妻子相濡以沫23年，絕不可能在紀念日因為一場爭執就殺死妻子。行動小組在案發現場沒有發現破綻，可調查了住在隔壁的報案人後有了線索。報案人入住酒店時提供的護照系偽造，面部識別系統確認其真名為夏洛特·哈特。夏洛特和墨菲都是為一個人服務，朱迪思·普魯伊特。朱迪思的丈夫十多年前因金融詐欺罪入獄，後在監牢中被囚犯所殺。朱迪思堅信丈夫無罪，由此產生報復社會的心理，這也就是為什麼她犯下的案子，都會不擇手段的讓受害者名譽掃地。從網路上可以查到訊息，朱迪思作為主捐款人將參加一場慈善籌款答謝宴會，但其實這是她又一次行動。慈善基金會主席賈斯汀·斯佩里醫生得到過雷丁頓幾百萬的匿名捐款，也就成了朱迪思的目標。從巴黎搶到的債券被栽贓到基金會的飛機上，並被海關截獲。朱迪思就是等宴會開始後在網上發布慈善基金會為犯罪頭子運送違禁物品的醜聞，正在台上發言的賈斯汀被迫終止演講返回家中。朱迪思趁這個機會陪同賈斯汀返家，到了地方就凶相畢露，要求賈斯汀在攝像機前承認與雷丁頓勾結。賈斯汀的確收到過雷丁頓的捐款，但僅此而已，並非參與其他活動。可迫於威脅，他只能照辦。就在錄製過程中，特警隊及時趕到，朱迪思被抓獲。在行動小組的據點裡，朱迪思閉口不語，不肯交代僱傭她對付雷丁頓的幕後人。庫珀安排轉到地方監獄收押。可他沒想到，雷丁頓會在半路劫持。雷丁頓曾與鄧比、巴茲前往摩洛哥搭救老友斯特拉托斯，可在越獄過程中老友不幸中彈。為了這幾筆血海深仇，雷丁頓一定要與化名伊莎貝拉的朱迪思好好談談。晚上，伊莉莎白回到家時，見湯姆坐在報紙堆里，正看著電視裡播放的一段錄像。湯姆嘴上說著不關心以往的事，可心裡仍有芥蒂。這段時間裡，他找過雷丁頓，沒有得到答案。他翻遍了老報紙，知道自己小時候叫克里斯托夫·哈格里夫。三十年前失蹤後，父親還重金懸賞尋找。湯姆找到之前辦理失蹤案的警官，得到的卻是意想不到的答案。電視裡播放的視頻是一名兇犯的認罪錄像，他承認在三十年前親手殺害了年幼的克里斯托夫·哈格里夫。
第四季第14集雷丁頓從庫珀手中搶走了伊莎貝拉·斯通，自然會引起庫珀的憤怒。為了暫時轉移注意力，雷丁頓給了行動小組另一個黑名單上的人物，建築師。更準確的說，應當是犯罪策劃師。他收錢幫人策劃完美罪案，為達目的不擇手段。聯調局的檔案里，有關此人的犯罪資料多如牛毛。根據雷丁頓的情報，建築師正在組織一場黑客大賽。大賽的背後肯定另有陰謀，而行動小組中唯一能勝任這次任務的人選只有阿蘭姆。阿蘭姆對上次出外勤抓捕瘋狂前女友伊莉斯的行動還心有餘悸，這一次又要參加黑客大賽，心裡總有些擔心。以他的能力，從主辦方公布的幾條線索中找到大賽地點，並不是難事。可阿蘭姆剛進入隱蔽的比賽現場，就看到了應當在監獄服刑的伊莉斯。伊莉斯目前是國家安全局的線人，參加比賽是為了協助調查政府機構遭受入侵事件。兩人此時見面，可沒有心情敘舊。阿蘭姆懷著一腔怨恨打敗所有對手，成為大賽冠軍。就在結果剛剛出爐時，傳來一陣槍響，建築師帶著手下衝進了會場。行動小組成員還不知道現場情況有變，他們正在等待阿蘭姆發出信號。雷丁頓也匆匆進來，他已經從伊莎貝拉的嘴裡得到了一些訊息。伊莎貝拉並沒有見到僱傭她的人，所有雷丁頓的生意、行動資料都是通過匿名快遞送到，而報酬是通過一張軍事級別加密的電子信用卡轉賬。雷丁頓本想找阿蘭姆破解這塊電子信用卡，沒想到搬起石頭砸了自己的腳，為轉移庫珀注意力的案子讓阿蘭姆出了外勤。他只好匆忙離開，自己想辦法撬開這家銀行高層人員的嘴。如果在平時，雷丁頓這樣來去匆匆的樣子一定會引起伊莉莎白的注意，可今天她也有心事。湯姆沒有放棄對自己身世的追尋，雖然死囚理察·蓋姆承認殺死了年幼的克里斯托夫·哈格里夫，可他總覺得事有蹊蹺。伊莉莎白也查到理察在執行死刑前已身患嚴重的傳染病，就算沒判死刑也活不了多久。理察在監獄裡處於醫療監護狀態，唯一有權不受監視探望的只有他的母親露西·蓋姆。找到露西後，她承認收了十萬美元，說服兒子承認謀殺克里斯托夫·哈格里夫。至於案件細節，都是來息於一封匿名郵件，郵件將房間裡的各種裝飾、家具描述得詳詳細細，理察只是將郵件內容複述了一遍。查到這，湯姆的線索全部中斷。就在伊莉莎白心煩意亂時，行動小組收到了阿蘭姆的通話。阿蘭姆是趁亂逃到了大樓屋頂，通過步話機發出信號。萊斯勒和納瓦比帶領武裝人員循信號找到比賽現場，可阿蘭姆被建築師劫走，不知去向。阿蘭姆被劫持到南維吉尼亞州一座看守嚴密的監獄外。建築師要營救正在執行死刑的朗尼·珀金斯，他先通過黑客大賽對該州的電網發動攻擊，引起大面積斷電。在電力恢復前，監獄內應在控制系統中裝入後門。阿蘭姆的任務就是破解監獄二十多道防火牆，控制監獄系統。建築師的手中有一支高速爆破發射器，發射出幾倍音速的鈦棒足以摧毀一棟小型建築。由於監獄系統控制權被建築師取得，所有出入口被封閉，無法進行人員疏散。獄方不得不同意放出重犯朗尼。阿蘭姆在建築師的指揮下打開指定大門，讓朗尼大搖大擺的走出了監獄。但阿蘭姆沒有就此妥協，他秘密通過手中的電腦向行動小組發出雜亂無章的代碼，正在配合行動的伊莉斯捕獲代碼後反向跟蹤，終於得到了阿蘭姆的具體位置。當萊斯勒和納瓦比趕到地點營救阿蘭姆時，已經達到目的的建築師及其手下丟下發射器開車逃竄。阿蘭姆不想看到這種人再為禍社會，抓起發射器對準越來越遠的越野車摳動了扳機。建築師在鈦棒發出的高溫中，化為了灰燼。逃跑的朗尼也在高速路口被警方截獲，重新回到監獄，完成他應得的注射死刑。又是忙碌的一天，有喜也有憂。喜的是朗尼伏法，建築師也灰飛煙滅。憂的是還有三大謎團無法解決，一是建築師策劃的眾多案件無法繼續調查，找到僱傭人和受害者；二是湯姆無法查到是誰處心積慮偽造他的死亡；三是雷丁頓讓銀行家開了口，卻發現伊莎貝拉的資金來源是出自他自己名下的賬戶，尋找幕後黑手的線索中斷。除此之外，還有一樁陳年舊案被開啟，前法務部長雷文·萊特神秘失蹤。行動小組成員都清楚是原秘社成員，現任白宮國家安全顧問勞蕾爾·希欽殺了雷文。苦於沒有證據，調查被叫停。萊斯勒出於對雷文的尊重，決定不顧庫珀的勸阻，重新調查此案。
第四季第15集雷丁頓遇到了自“秘社”之後最大的危機，能動用他自己賬戶里的錢僱傭伊莎貝拉，那說明有內奸。他記得律師馬文在郊區有座小公寓，那裡相對比較安全。撬開門後，他坐在沙發上，輕嘬著鄧比遞過來的威士忌，想著對策。能接觸到這個賬號的人，除了雷丁頓之外，包括銀行家、會計、洗錢者在內只有十一人。為今之計只有把他們聚在一起，看看能不能找出叛徒。鄧比非常擔心這個決定，萬一真有叛徒在其中，只怕會出問題。果然，當雷丁頓醒來時，已經躺在了應急病床上。他的緊急醫療隊正在臨時搭建的醫療室內對他進行搶救，主治醫生哈弗坎普不得不據實相告。雷丁頓身中不明毒素，可能只有一到兩天的生命。雷丁頓此刻記憶模糊，不記得如何事發。只記得中毒前在一家餐廳吃晚飯，至於時間、地點腦海中沒有一點印象。連忠實的保鏢鄧比也不知去向，很可能在追查下毒人，也可能已死於非命。現在已沒有時間再浪費，雷丁頓不顧醫生的勸阻，執意聯繫伊莉莎白召集行動小組。在行動小組的基地，雷丁頓咳嗽著，搖搖晃晃的走了進來。伊莉莎白等人也是吃了一驚，他們還是第一次見到精神如此不濟的雷丁頓。雷丁頓要行動小組找到一名藥物毒理學家，江湖人稱“藥劑師”。這種將中毒症狀偽裝成發病狀態的毒藥，只有他才能做得出來。雷丁頓給了行動小組尋找“藥劑師”的線索，帕內提財團領導人伊拉里奧·帕內提。此人曾面臨詐欺與腐敗罪名，可主要證人卻在開庭前陷入昏迷，手法與“藥劑師”如出一轍。因此，只要找到伊拉里奧應當就能找到“藥劑師”。交待完後，雷丁頓便起身離開。他要去找鄧比，用僅有的時間救出自己忠實的夥伴。雖然庫珀、萊斯勒、納瓦比等人對雷丁頓多少有些排斥，但共事多年，他們也不想失去這個重要的線人。從地方檢察院得到些伊拉里奧的情況，這人行事謹慎，幾乎不給人留任何罪證、把柄。前段時間，他的競爭對手辦公室爆炸，事後他的會計師海倫向某秘密賬戶匯了二十萬元。檢察院審問了海倫，她願意作證，證明伊拉里奧向襲擊者支付報酬。可海倫在開庭前幾天外出與客戶吃晚飯時莫名其妙對食物產生了過敏反應，至今還處於昏迷狀態。伊莉莎白和萊斯勒前往醫院，向海倫的家屬了解情況。心急的納瓦比直接前往帕內提財團總部，沒想到伊拉里奧出奇的配合。事情根本不像檢察官猜測的那樣，伊拉里奧支付二十萬是因為受到威脅，為了避免遭到與競爭對手同樣的命運，他才花錢消災。所以海倫的證言在法庭上反而對他有利，沒必要花錢雇兇殺人。雖然暫時沒有證據證明帕內提的話，但他的確不像在說謊。而伊莉莎白得到份酒店監控錄像，證明海倫的丈夫羅伯特在海倫昏迷期間與另一名女性在酒店開房。再調查得知海倫家境殷實，有幾十億的家產。在結婚前，羅伯特和海倫簽有婚前協定。婚後十年內海倫死亡，羅伯特將得不到一分錢。現在還剩兩周就將到結婚十周年紀念日，看來羅伯特有重大嫌疑。庫珀相信審訊羅伯特不會有任何結果，他的情婦布魯克林才是最好的突破點。果不其然，在伊莉莎白和萊斯勒輪番攻勢下，那點婚外戀情很快破裂，布魯克林交代羅伯特是通過眼藥水下毒。在對羅伯特家進行搜查後，從衛生間的藥品櫃裡的確發現一瓶沒有標籤的眼藥水瓶。聯調局對其中的成分分析後，發現含有獨特成分，紅頭環蛇毒液中的多肽。這種罕見的巨毒蛇全球僅有四個供應商，北美的唯一供應商是家已關停的爬行動物農場，農場主叫阿薩·海托華。萊斯勒和伊莉莎白馬上前往農場搜查，發現農場實驗室內擺放著各種醫學提取設備。實驗室裡屋的床上還躺著阿薩的妻子，或者說更像是性奴。她因無法忍受阿薩的罪惡交易屢次想離開，阿薩偏激的認為只要有了孩子就能留下妻子。在近一年多的時間裡，他利用自製的麻醉劑讓妻子無力離開床塌，並實施強姦。目前他的妻子已經懷孕七個月，阿薩此時正在市鎮購買嬰兒用品，裝飾嬰兒房。終於得到了“藥劑師”的下落，伊莉莎白和萊斯勒立刻前往市鎮，將其一舉抓獲。就在行動小組尋找“藥劑師”的同時，雷丁頓也在努力尋找著鄧比的下落。可他發現，不只鄧比，連之前被他叫去的十一人也失去了聯繫。無奈之下，雷丁頓只能違反當初的約定在醫院找到哈弗坎普醫生。哈弗坎普醫生知道的也不多，只知道雷丁頓是被人開車送到指定的地點，接受緊急治療。那輛車就停在原地，雷丁頓砸碎車窗，從手套箱裡找一個地址。他開車前往，發現是個偏僻社區裡的小公寓。門被撬開，室內也有些凌亂。這時他聽到車庫裡有聲音，好像有人被鎖在後備箱。當雷丁頓滿懷希望打開車庫那輛賓士車的後備箱時，意外發現是名陌生的女人。陌生女人是住在對面的戶主露露，因昨晚看到鄧比撬門打算報警，才被雷丁頓關進後備廂。這些事雷丁頓都不記得，還是在露露的幫助下才想起，這裡是律師馬文的小公寓。馬文在官方記錄里是被通緝的逃犯，雷丁頓來到馬文未婚妻貝基的公寓，發現有匆忙離開的痕跡。錄音電話上的留言燈還在閃爍，按下播放鍵，傳出雷丁頓自己的留言，是昨天通知馬文到約翰餐廳見面的內容。
第四季第16集阿蘭姆還是選擇和伊莉斯在一起，畢竟每次和納瓦比在一起時，總是由衷的欽佩她的機智、果敢，卻也讓有點大男子主義的阿蘭姆有些害怕。當接到阿蘭姆被人劫持的訊息後，萊斯勒和納瓦比趕到阿蘭姆公寓，看到伊莉斯也在場，都很詫異。根據伊莉斯的描述，劫走阿蘭姆的人居然是鄧比。對於這種情況，連足智多謀的雷丁頓也沒想到。鄧比追隨雷丁頓二十多年，很得信任。雷丁頓把自己所知道的都教授給了鄧比，所以他認為鄧比絕非一時衝動，而是精心計算過才冒險綁架阿蘭姆。鄧比熟知雷丁頓的手段，以慣常手法已無法找到他。不過雷丁頓還有一個辦法可以找到鄧比，而聯調局可以負責尋找阿蘭姆，說不定能殊途同歸。去年，斯科蒂的手下所羅門曾利用鄧比的女兒和外孫女威脅鄧比。鄧比找到一家專門提供安全藏身處的公司，名叫“聖堂”，將女兒和外孫女藏了起來。問題是雷丁頓並不知道“聖堂”的運營者，只找到幾個接受過“聖堂”服務的人。或許通過他們，可以找到“聖堂”，進而找到鄧比的女兒。可事情發展得並不順，雷丁頓、伊莉莎白和巴茲找到第一個人的藏身處時，只看到大片血跡，看來有人提前一步下手。雷丁頓環顧了下四周，發現附近有台交通攝像頭。跟交通有關的事找車管所的格倫絕對沒錯，格倫又像平時一樣戲弄了雷丁頓幾句才拿出他的調查資料。從監控來看，在雷丁頓到達前，只有一輛車到過現場。車主叫查克·肖，是名剛被假釋的罪犯。雷丁頓找到查克時，他正在舉槓鈴健身。沉重的槓鈴壓在胸口，讓他很快就招供是與監獄心理醫生索菲婭·蓋洛普達成的協定，殺死醫生指定的人，以換取假釋。只是與醫生的聯繫途徑是部一次性手機，在完事後就被銷毀。伊莉莎白通過系統查到確實有索菲婭醫生負責東半區的罪犯心理諮詢，註冊的工作地點只是一個信箱，無法找到本人。索菲婭最近作證擔保假釋的犯人叫丹尼斯·考利，應當也存在類似的秘密協定。雷丁頓、伊莉莎白和巴茲馬上趕到丹尼斯在警方報備的地址，屋裡空無一人，桌上丟著一份檔案，很可能就是索菲婭要殺的下一個目標。雷丁頓一看檔案上的照片，就知道檔案里的人是得罪過黑社會，同樣接受“聖堂”服務隱姓埋名的古董專家。資料上還有目標的活動軌跡，每天下午都會在博物館打發時間。於是三人迅速趕到博物館，從丹尼斯的手中救下那名可憐人。雷丁頓總算得到了“聖堂”的內幕，是一對夫妻經營的蜂蜜公司。他們把遍布各地的蜂房作為安全屋，提供給需要隱匿行蹤的人。九個月前，這對夫婦經營的蜂房被人縱火，兩人死於非命，連他們從事治療師工作的女兒瓦妮莎也被嚴重燒傷。蜂蜜公司名下的蜂房都被銀行收回，只剩下被燒的那間仍在瓦妮莎的名下。三人來到蜂房，看到一名上身爬滿蜜蜂的女子。雷丁頓知道蜂蜜和蜂毒是治療燒傷後遺症最好的方式，看來眼前這名女子就是瓦妮莎。瓦妮莎承認自己就是索菲婭醫生，她殺死“聖堂”的客戶並非針對雷丁頓，而是為了報仇。這間蜂房的地下室里曾存有父母經營“聖堂”幾十年積累的錢物，九個月前一名覬覦這筆財富的客戶潛入蜂房，在用乙炔切割保險箱時引發大火。瓦妮莎不知道是誰造成了父母的死亡，她就計畫根據賬本上的名單，一個個殺死上面所有的人。瓦妮莎的罪行雷丁頓並不在乎，他需要的是賬本上鄧比女兒的藏身處。在前往的路上，伊莉莎白已從庫珀處得到訊息，阿蘭姆已被找到，但他並不責怪鄧比，而且認為鄧比沒有想過殺害雷丁頓。對這種事，雷丁頓還是相信自己的判斷，至於鄧比是否無辜，等找到他再說。鄧比的女兒伊莎貝拉對雷丁頓倒沒有絲毫戒心，把父親留給她的緊急聯繫電話交給了雷丁頓。撥通電話後，鄧比顯得有些慌張，說了句“她不在這兒”。這句話讓雷丁頓莫名其妙，還沒等問清楚，電話里傳來鄧比的一聲慘叫，然後就沒了信號。雷丁頓馬上打電話給阿蘭姆，要知道他和鄧比到底發生了什麼事。原來鄧比劫走阿蘭姆後，帶著他來到一處秘密貨櫃。雷丁頓在世界各地都有這種貨櫃，用於儲藏金錢、物品以備不時之需。阿蘭姆以為鄧比是要破解密碼鎖，將取裡面的錢物據為己有。可鄧比按下指紋鎖，打開了貨櫃門。貨櫃裡空空蕩蕩，早就被人洗劫一空。鄧比從未想過毒殺雷丁頓，他並不知道威士忌有毒。但沒有證據，無法證明清白，他只有逃走。現在鄧比希望阿蘭姆能查到密碼鎖的上一個開鎖人信息，這樣就能查出試圖毒殺雷丁頓的真正兇手。對鄧比的說法，阿蘭姆將信將疑。可當他告訴鄧比要破解指紋鎖里的加密信息需要幾天時間後，鄧比臉上絕望的表情不像是在演戲。於是阿蘭姆決定鋌而走險，以自己聯調局探員的身份到數據加密中心進行破解。在數據加密中心，指紋鎖里的信息很快解密，顯示上一個開鎖人是“凱薩琳·奈米克”。阿蘭姆無法忘記鄧比聽到這個名字時的表情，就像是見到了鬼一樣。這時萊斯勒和納瓦比尋蹤追了過來，鄧比覺得還有一件事需要確認，在阿蘭姆的幫助下匆匆逃走。
第四季第17集凱特開著皮卡車穿越小鎮，皮卡後拖著房車，這就是她休息睡覺的地方。右後腦又是一陣疼痛襲來，讓她不得不暫時停在路邊，混和著啤酒吃了片阿司匹林。繼續上路，來到一處汽車旅館。原本預訂好的8號房間，因為一對情侶續租，不得不改住到7號房間。晚上，凱特坐在床上，聽著隔壁那對情侶的吵鬧聲，想起了自己的往事。人生中第一次對屍體產生興趣應當還是在母親的葬禮上，那時凱特才六歲，還叫凱薩琳·奈米克。看著靈魂已去只留下軀殼的母親，她相信這副軀殼吸收了太多的痛苦和悲傷，留下了不可磨滅的印記。自那以後，她致力於學習，除了掌握多門外語，還在醫學院學習人體解剖學。當她意識到自己過於沉迷於其中後，便決定轉變方向，從研究生命的終點轉而研究生命的起點，並在幾年後獲得兒童發育碩士學位。從那會開始，她輾轉各地，為不同人種、階層的父母照顧孩子，從中獲得經驗。這樣的生活一直持續到她前往夏日皇宮，接受凱特蓮娜的面試。凱特的聰慧、誠實獲得了凱特蓮娜的完全信任。在凱特蓮娜外出期間，她就負責照顧凱特蓮娜女兒瑪莎。經過長時間的生活接觸，凱特幾乎把瑪莎當成了自己的女兒，心中對凱特蓮娜也有著一層特殊的情感。她從凱特蓮娜的行為舉止里也能知道凱特蓮娜的真實身份，明白凱特蓮娜混跡於幾個男人之間是間諜工作需要。她在背後默默支持著凱特蓮娜的工作，把自己的感情深埋在心底。甚至在凱特蓮娜為獲取情報而殺人後，利用自己的專業知識清理了屍體。這是她第一次那么做，她沒有覺得害怕，反而由衷的高興。之後，雷丁頓的出現徹底打亂了凱特平靜的生活。雷丁頓只是凱特蓮娜的一個任務，但雷丁頓付出了真情，當凱特蓮娜要從這段感情中抽身時，他無法接受。雷丁頓認為自己是瑪莎的父親，還從學校劫走了瑪莎。其實瑪莎到底是誰的孩子，連凱特蓮娜都不清楚，她也不想弄清楚。凱特和凱特蓮娜一起來到美國，在一場大火中，凱特蓮娜從雷丁頓手中救出了瑪莎交給了凱特。因凱特蓮娜的行為為美國和蘇聯兩個超級大國所不容，不得不亡命天涯。而凱特是瑪莎的保姆，也會成為兩國特工的追蹤目標。為了瑪莎的安全，凱特只能忍痛割愛將改名伊莉莎白的瑪莎交給薩姆收養。凱特蓮娜最後一次聯繫凱特是在海邊，她在生命終結前向凱特吐露出愛意，讓凱特心碎。幾周后凱特在報紙上看到“蘇聯間諜跳海，已終止搜救行動”的報導，這也是她最後一次看到有關凱特蓮娜的訊息。再之後，她遇到了人生中的第二個靈魂伴侶，安妮·卡普蘭。安妮在叔叔的保釋擔保行做事，她不太喜歡凱特在太平間的工作。凱特重持保姆工作，打算和安妮永遠快樂的生活在一起。可一個憤怒的客戶打破了凱特的夢想，客戶拿著手槍衝進擔保行，一顆子彈射進了安妮的胸口，另一顆擊中了凱特的右後腦。昏迷了幾周后，凱特才甦醒過來。子彈擊碎頭骨，進入後腦，很幸運沒有傷到重要部分，但安妮卻沒有那么幸運。康復後的凱特留下了偏頭痛的後遺症，她在擔保行繼續著安妮的工作，直到有一天，紅魔雷丁頓找到了她。這個男人是所有痛苦的根源，凱特根本不想理他。但聽到伊莉莎白處於危險之中時，她改變了主意。雷丁頓一直在暗中資助薩姆和伊莉莎白的生活，可要讓伊莉莎白的身份不被曝露並不容易。所以雷丁頓決定建立一個龐大的犯罪王國，讓蘇聯和美國特工無暇再去顧及凱特蓮娜和任何與她有牽連的人。為了保護自己深受的瑪莎，凱特同意幫助雷丁頓完成這頂驚人的計畫。從她為雷丁頓效力開始，世間就再沒有了凱薩琳·奈米克，只有“卡普蘭先生”。幾十年來，雷丁頓的犯罪帝國越來越強大，卡普蘭先生所做的一切都是為了凱特蓮娜和瑪莎，如果有一天要在雷丁頓和瑪莎之間選擇，她會毫不猶豫的選擇瑪莎。現在雷丁頓的控制欲讓伊莉莎白更加危險，凱特要行使起自己對凱特蓮娜的承諾，保護瑪莎，摧毀雷丁頓。8號房的小情侶吵吵鬧鬧，沒有要退房的意思。凱特用自己的手段讓出門抽菸的男方失蹤，沒過多久女方就退房走人。凱特住進8號房，沒有片刻休息就取出拆牆工具，切開櫥後牆壁的石膏板，從隱蔽的小隔間裡取走幾段真空包裝的軀幹和肢體。偏僻小鎮上的冰球館裡燈火通明，卻沒有一個觀眾。零下十幾度的冰面球場上，整整齊齊擺放著幾十具乾屍。這些都是卡普蘭先生為雷丁頓清理掉的罪行，如今凱特又讓這些罪行重現於世，成為一杖杖射向雷丁頓的致命武器。
第四季第18集凱特打出的第一槍就讓雷丁頓有點失了方寸。溜冰場的八十六具屍體，每一具上都放著詳細的資料。當局接到訊息後如臨大敵，聯調局派出專門特工進行調查。幸好雷丁頓太了解美國政府的運行體制，出這么大的事法務部等機構一定會封鎖訊息，讓整件事悄無聲息的終結。不過被派往調查的聯邦探員朱利安·蓋爾卻無意按政府的意思行事，他和萊斯勒曾是抓捕雷丁頓特別小組成員，幾年前小組被無緣無故解散，成員各奔東西。現在有了再次調查雷丁頓的機會，朱利安最先想到的就是老搭檔萊斯勒。萊斯勒接到朱利安的電話有些尷尬，雷丁頓自首，聯調局與雷丁頓合作屬於機密。如果讓朱利安查出此事並公之於眾，不僅政府信譽受損，恐怕行動小組所有人也都要坐牢。於是，在庫珀批准後，萊斯勒奉命與朱利安合作，而真實目的是要跟進朱利安的調查進度，並及時向庫珀匯報。朱利安可以說是個奇才，在調查方面往往不拘一格，出人意料。他在八十多具屍體裡首先就是選中前法務部刑事科負責人黛安·福勒。聯調局保留了黛安死亡現場的所有物證，朱利安還原了現場，分析出雷丁頓是坐在哪個沙發上開的槍，事後還聽著唱片等待清道夫。清道夫把現場清理得很乾淨，連唱片上的指紋都被抹去，卻忽略了唱片機凹槽里的唱片刷。唱片刷上滿是指紋，如果能匹配到雷丁頓，就能將他與案件聯繫到一起。讓人意外的是，鑑證科不僅沒有匹配上雷丁頓的指紋，甚至指紋庫里都沒有搜尋到匹配結果。萊斯勒不禁開始相信朱利安的話，部門裡還有其他潛伏的內奸為雷丁頓效力。朱利安想到的最大嫌疑人就是伊莉莎白。如果說利用死人是凱特打出的第一槍，那活人就是凱特的第二槍。雷丁頓的財務顧問被誘捕，隨後被捆綁手腳丟在警局門口，胸口上還堆放著雷丁頓的財務資料。這對雷丁頓的打擊可不小，他在安排自己的關鍵人物避難的同時，也在追查凱特的下落。從守林人的動態攝像機查到凱特走出樹林所搭乘的車，進而查到凱特所住的旅店。旅店老闆出於安全考慮，在每個房間都安裝了錄音機，倒是為雷丁頓省去了不少麻煩。在凱特居住那幾天的錄音里，有個叫菲洛梅娜的年青女子來訪。一聽到這個名字雷丁頓心裡就有了數，菲洛梅娜是賞金獵人中的高手，為了達到目的會用幾個月的時間潛伏在目標周圍，消除他們的戒心後再動手。為了找到菲洛梅娜，納瓦比負責調查財務顧問最後出現的酒吧，伊莉莎白則陪在雷丁頓身邊尋找上一個僱傭菲洛梅娜的客戶，埃德爾斯坦議員。對於卡普蘭先生的事，伊莉莎白很自責，都是為了她，卡普蘭才與雷丁頓反目。所以伊莉莎白也想儘快阻止凱特，前提是凱特不會受到傷害。從議員那，雷丁頓得到了與菲洛梅娜取得聯絡的方式。不過菲洛梅娜很謹慎，聯絡點會先對客戶進行背景調查，然後再打電話給菲洛格娜，由她決定是否接單。正是這通電話暴露了她的行蹤，阿蘭姆在雷丁頓離開聯絡點二十分鐘後就追蹤到一通電話。通過電話定位，納瓦比帶領武裝小組衝進一處閒置的廠房，卻只發現一些簡單家具和一張寫著“亞莉克莎·菲比特”名字的字條。亞莉克莎·菲比特實際上就是馬文律師的妹妹，菲洛格娜在咖啡店打工幾個月，就是為了裝成一個勉強維持生計，還要努力與前夫爭奪女兒監護權的可憐女子。有意製造一場車禍與亞莉克莎結識，讓自己的“悲慘命運”引起同情，亞莉克莎就會毫無防備的將她帶到哥哥面前，希望能為她提供一些有用的法律意見。當雷丁頓發現這一點時已經遲了一步，菲洛梅娜已經得手。雖然根據亞莉克莎的描述追查到了菲洛梅娜的車輛並將其抓獲，但車上沒有馬文的身影，馬文已落入凱特的手中。馬文沒有出賣雷丁頓，他的下場就是以逃犯的身份重新回到監獄，讓雷丁頓少了一個左膀右臂。唯一能讓雷丁頓感到欣慰的應當就是忠實的夥伴鄧比，又回到了他的身邊。
第四季第19集朱利安在調查工作上屢屢受挫，這冰球場上每具屍體在聯調局裡的資料都被標記為SCI7，即高度敏感機密。這個等級朱利安從沒見過，而且第一次出現是在伊莉莎白被調入聯調局的幾周后。由此他確信伊莉莎白、雷丁頓和聯調局之間一定存在某種協定，雷丁頓提供情報，換取庇護。對於這一點，一旁的萊斯勒也無法解釋。這時，萊斯勒接到來自費城警局貝爾警官的電話，稱有名目擊證人琳達知道雷文被殺當天的一些情況。在向庫珀做了匯報後，萊斯勒前往了費城。雷丁頓發現了凱特的蹤跡，有人拍到十八小時前，凱特在維也納與人一起吃中飯。雷丁頓一眼就認出那人叫波格丹·克利羅夫，一名操縱記憶的專家。根據出入境記錄，克利羅夫已經到了紐約。雷丁頓便決定自己前往歐洲繼續追蹤凱特，把調查克利羅夫的事交給了伊莉莎白。到了維也納，雷丁頓和鄧比一路追查到凱特坐上了歐洲快車。兩人乘上快車，從列車長手裡拿到乘客名單，終於找到凱特購買的臥鋪位置。可沒想到凱特已有準備，提前一站下車，還請上鋪的乘客幫忙轉交一部手機給雷丁頓。接通電話，聽筒里傳出凱特冷凍的聲音。凱特毫不避諱的告訴雷丁頓，她的下一站就是琉森。琉森是位於瑞士中部的小城鎮，那裡是雷丁頓犯罪帝國盟友之一沃納的大本營。二十多年前，雷丁頓努力構建著自己的帝國。為了拉攏沃納，他採用了非常手段，僱人綁架沃納年僅六歲的兒子漢斯，再假裝中間人出面調解。但出了紕漏，漢斯在綁架過程中窒息死亡，雷丁頓不得不改變計畫，殺死綁匪滅口，漢斯的屍體則交給了卡普蘭處理。不知內情的沃納還是加入了雷丁頓的帝國，凱特現在就是要去揭穿這個謊言。當雷丁頓下了列車，馬不停蹄的坐私人飛機抵達沃納的私人機場時，沃納已經知道了真相，等待雷丁頓和鄧比的是黑洞洞的槍口。這種情況，雷丁頓在聯盟建立之初就有所防範，在沃納的身邊安插了自己的人手。所以沃納下令開槍，原本指著雷丁頓腦袋的槍口卻轉向了鄧比身後的人。事已至此，雷丁頓只有殺了沃納以絕後患。雖然凱特沒能除掉雷丁頓，但失去沃納，雷丁頓也損失不小。更無奈的是，雷丁頓被沃納的手下追殺，疲於奔命。此時，伊莉莎白和納瓦比正在克利羅夫下榻的酒店進行調查。克利羅夫並不在酒店，前台有封轉交給他的郵件。伊莉莎白查看發現是封到貨通知，來到指定港口，打開貨櫃，裡面整齊碼放著醫療設備。伊莉莎白和納瓦比確定這些都是克利羅夫所需要的設備，而就在她們檢查時，克利羅夫遠遠看到自己的貨物被查封，馬上聯繫了遠在歐洲的凱特。庫珀發出全境通告尋找克利羅夫，很快就得到反饋。調取監控後，伊莉莎白發現克利羅夫正在跟蹤一名女性。這名女性伊莉莎白很熟悉，就是曾經受脅迫翻查過她記憶的塞爾瑪·奧查德醫生。塞爾瑪也從事記憶研究，克利羅夫一定是想從她那得到所需的設備。事不宜遲，伊莉莎白和納瓦比迅速帶領武裝小隊趕來，可只看到被搬空的實驗室和被打暈的塞爾瑪醫生。經過救治後，塞爾瑪恢復了意識。幸運的是塞爾瑪在設備上加裝了數據上傳裝置，可以查到設備運行時所在的地點。通過這個方法，武裝小隊很快抵達克利羅夫的藏身處將其抓獲。可手術台上只留下使用過的各種導管針頭，病人已沒了蹤影。一旁的電腦螢幕上，赫然顯示著萊斯勒的頭像。原來所謂的貝爾警官和目擊證人琳達都是克利羅夫的手下，萊斯勒盤問琳達時突遭襲擊，被震爆彈擊暈。隨後就被運回華盛頓接受克利羅夫的記憶移植。在被移植的記憶里，清醒後的萊斯勒從琳達的公寓出來就碰到了國家安全顧問勞蕾爾。上了勞蕾爾的車，聽到不許再插手的警告，萊斯勒斷然拒絕，下車時偷偷將手機塞進車座下。隨後跟蹤手機方位，來到勞蕾爾的湖邊小屋。克利羅夫讓萊斯勒相信，目擊證人就在那裡。昏迷的萊斯勒被從手術台上轉移到湖邊小層附近，清醒後他被虛假的記憶支配，潛入小屋劫持勞蕾爾檢查各個房間，尋找琳達的下落。伊莉莎白和納瓦比及時趕到，才沒有讓萊斯勒一錯再錯。但他也因此被法務部拘留，無法再從事調查工作。回到行動小組總部，有些懊惱的伊莉莎白提審了克利羅夫，她要知道克利羅夫到底在萊斯勒的大腦里移植了什麼記憶，還刪除了哪些忘記。克利羅夫不慌不忙的提出自己的條件，只要得到赦免，他不僅交待在萊斯勒大腦里做了什麼，還有伊莉莎白。看到伊莉莎白詫異的表情，克利羅夫說出一個讓人無法相信的事情。在兩年前伊莉莎白就見過克利羅夫，當時伊莉莎白發現了雷丁頓的部分真相，克利羅夫在雷丁頓的指使下消除了那部分記憶。伊莉莎白很想知道實情，但還是拒絕了克利羅夫的的免罪要求。撥通雷丁頓的電話時，雷丁頓正蜷縮在塞滿牲畜的貨車裡。雷丁頓否認了克利羅夫的話，並認為凱特是在瓦解行動小組，先是陷害萊斯勒，再是離間伊莉莎白。沒有了行動小組的保護，雷丁頓將無處遁形。
第四季第20集雖有庫珀的擔保，萊斯勒仍被停職。幸虧有克利羅夫醫生的證詞，才被免於起訴。現在萊斯勒就是專心呆在朱利安身邊，打探調查進度。朱利安對伊莉莎白抱著很大的懷疑，還提到了雷丁頓的清道夫。萊斯勒下意識的想到凱特，言語中不經意的使用了“她”。隨後朱利安又去了聯邦大樓問訊律師雷文，從雷文的言語裡朱利安明顯感覺到萊斯勒早與雷文有過接觸。結合以上兩點，朱利安基本確定萊斯勒有所隱瞞。而此刻，正忙於從歐洲返回美國的雷丁頓收到線人訊息，“收債人”正欲找伊莉莎白的麻煩。收債人是收錢進行精確復仇的人，他的標準很簡單以眼還眼，以牙還牙。雷丁頓只知道十五年前有名參議員的女兒因吸食了混合毒品淹死在了海灘，收債人受僱用同樣的方法對毒販進行報復。只是參議員已於去年過世，行動小組只有從參議員女兒的死亡地點，長灘碼頭開始調查。在長灘碼頭的沙灘下，調查人員挖出一個被密封的鐵桶，其中的乾屍正是當年失蹤的毒販。因當地警力不足，解剖屍體需要兩周時間。雷丁頓就聯繫了凱特，請她幫忙解剖。為了伊莉莎白的安全，凱特答應了下來。但她現在是聯調局的通緝人員，所以要求行動小組將屍體運送到指定地點，再由她派人來接手。庫珀口頭答應，卻仍派伊莉莎白和納瓦比跟蹤運屍車輛。哪知凱特已有防備，早將屍體調包，讓行動小組撲了個空。雖然聯調局不講信用，凱特還是檢查了屍體，從手法上確認兇手，也就是收債人叫埃德加·格蘭特，一名在中學工作的清潔工。確認了收債人身份，庫珀決定伊莉莎白暫時休假，與艾格尼斯前往安全屋居住。只是他沒想到，伊莉莎白居然會在家裡被埃德加綁架失蹤。納瓦比在埃德加家的地下室發現了人類肢體標本和一些物品，似乎是他每次作案的紀念品。在桌上還找到一疊郵件，顯示僱傭綁架伊莉莎白的人叫泰森·普頓爾。泰森在2012年郵寄多封帶有炭疽病毒的郵件致人死亡。當時還是聯調局側寫員的伊莉莎白準確分析出泰森的相貌、性格、職業，幫助警方抓住兇手。泰森被判無期，卻因查出癌症晚期在兩周前獲釋。納瓦比隨即前往泰森所在的療養院實施抓捕，但形如枯槁的泰森連站立都困難，也沒有錢僱人綁架伊莉莎白。雷丁頓再次聯繫凱特，說明伊莉莎白正處於險境。凱特義不容辭的擔起解救伊莉莎白的任務，她前往埃德加的工作地點，在其辦公室發現一把湖邊小屋的鑰匙，確信伊莉莎白就在那裡。因庫珀曾欺騙過她一次，雷丁頓的僱傭軍也不可信任，凱特決定出動自己的人馬。當她帶著人手抵達湖邊小屋時，突然聽到屋內伊莉莎白發出的警告聲。這時四周高地上顯出狙擊手的身影，凱特意識到中計了。原來整件事都是雷丁頓策劃的，他冒用泰森的名義綁架伊莉莎白，事後殺了埃德加滅口。雷丁頓不會傷害伊莉莎白，而是利用凱特對伊莉莎白的關心，引凱特自投羅網。小屋的門打開，雷丁頓和鄧比走了出來。伊莉莎白也從屋裡衝出來，希望調解這個矛盾，從此以後大家和平相處。但凱特已沒有回頭路，與雷丁頓之間很難有和平可言。這時傳來警笛聲，行動小組從中學監控中發現凱特的身影，納瓦比特意聯繫萊斯勒增援，一路追蹤到湖邊小屋。此時的情況任何一方都不敢輕舉妄動，僵持在那裡。就在三方對峙時，誰都沒發現尾隨萊斯勒而來的朱利安。朱利安從後備箱中取出步槍，遠遠瞄準雷丁頓摳動了扳機。子彈並未命中，卻足以讓各方陷入混戰。槍戰中，雷丁頓和凱特在各自人馬的掩護下撤離，伊莉莎白難得的一次調解機會徹底泡湯。所幸在聯調局對槍戰現場進行勘察後，根據彈道確認第一發子彈並非來自於凱特一方。或許這一點，能讓和解殘留一線希望。
第四季第21集朱利安已經確定了萊斯勒及其參加的行動小組與雷丁頓之間有著不可告人的秘密，即使萊斯勒辯稱行動小組所取得的成績遠遠高於其他部門，也說服不了朱利安。如果有人膽敢再阻撓他的調查，他誓必反擊，大不了魚死網破。凱特就是看中了朱利安的性格，私下與他聯繫，指導他應如何下手，打擊雷丁頓及其背後的勢力。在朱利安的舉報下，聯邦檢察院針對行動小組與雷丁頓勾結一事組成了大陪審團。阿蘭姆接到傳票，要求次日到法庭作證。按法律規定，被調查人不可能被要求作證，自證其罪。這就意味著檢察院要阿蘭姆出賣行動小組其他人，以換取豁免權。阿蘭姆絕不願意背叛行動小組，甚至違法規定向庫珀等人說出檢察院正在調查。再加上萊斯勒匯報朱利安已經知道了真相，庫珀基本確定行動小組凶多吉少。就算法務部與雷丁頓簽署了豁免協定，也無濟於事。一旦曝光，協定會被作廢，行動小組成員也都將入獄。雖然伊莉莎白剛被收債人綁架沒多久，但她也明白現在不是計較這些的時候，只有先幫雷丁頓擺平卡普蘭，雷丁頓才有精力對付朱利安，大家才能平安無事。此時，焦頭爛額的雷丁頓的確需要伊莉莎白的幫助。他發現自己多家銀行賬戶里的存款都被凱特轉移，可以說是被洗劫一空。而道上那些“朋友”聽到傳聞後，都落井下石，拒絕提供任何幫忙。雷丁頓從凱特僱傭的一名殺手身上拷問出為凱特開車的司機叫菲利浦·羅克，曾是黑幫老大唐的司機。但唐不願透露半點訊息，雷丁頓只有另闢蹊徑從菲利浦購車的汽車經銷商下手。這一查，雷丁頓發現居然是自己的會計師安倍劃出的購車款，再查賬簿，上面還有一筆匯給大盜馬里奧·狄克森的巨款。馬里奧是個偷窺貴重物品的竊賊，伊莉莎白和納瓦比從他弟弟的口中得知他在巴爾的摩有個偽裝成古董店的窩贓點。行動小組要搜查窩贓點需要搜查證，雷丁頓卻不用。雷丁頓此刻的焦慮心情，讓他恨不得撬開古董店店員的腦袋，看看馬里奧到底在哪。店員被雷丁頓嚇得直哆嗦，馬上交代馬里奧正在費城做一樁生意。雷丁頓和鄧比趕到店員所說的地點，看到一個人正躺在房間的手術台上呻吟，他的右眼只剩下空洞。那人掙扎著說出自己是岩石峽谷存檔機構的工作人員，在那個需要虹膜掃描才能進入的秘密地點存放著所有政府部門的機密檔案，包括雷丁頓與法務部簽署的豁免協定在內。只要那份協定到了法庭上，即使沒有阿蘭姆的證詞，行動小組和法務部都將被裁定有罪。在岩石峽谷存檔機構外，伊莉莎白和納瓦比看到已得手的馬里奧出來。可馬里奧開著機車一路狂奔，最後消失在狹窄的地下隧道。這個地下隧道如同迷宮，阿蘭姆都無法追蹤，而且有很多出口，幾乎無法知道馬里奧會出現在什麼地方。正在庫珀絕望時，其他執法部門聽說岩石峽谷被入侵，紛紛主動要求協助追捕馬里奧。一張大網在華盛頓撕開，馬里奧的機車剛出隧道，就被幾輛警車堵個正著。雷丁頓的豁免協定被拿了回來，伊莉莎白和納瓦比卻不知道應當怎么處置馬里奧。如果起訴他，豁免協定就會被當成證據公諸於世。伊莉莎白和納瓦比只能不情願的將馬里奧交給了雷丁頓，希望他能問出凱特的下落。馬里奧知道自己落入雷丁頓手裡，就不會有好果子吃。他拚死一搏，當著雷丁頓的面打電話給凱特，約好交付豁免協定的時間地點。但他沒有馬上告訴雷丁頓，而是要確保自己性命安全後才會透露。雷丁頓在很久前就為自己置辦了一處隱退的地點，在海外的孤島上有獨立的生存條件，有豪華的城堡和忠實的守護者，還有專門基金提供日常用度，可以說是與世隔絕的世外桃源。這可能是卡普蘭唯一不知道的秘密，小島的產權、授權書、鑰匙都被放在一個小鐵盒裡，埋在伊莉莎白外公多姆的小屋下。多姆知道外孫女瑪莎還活著的時候，心情可想而知。雷丁頓也知道再多的道歉都平息不了多姆的怒火，他只希望萬一他在這場戰爭中未能倖免，多姆能找到伊莉莎白，並好好照顧她。馬里奧來取鐵盒時，還特意帶了兩名保鏢以策安全。拿到海島的所有權證，他才說出與卡普蘭約定在劇場見面。剛說完，雷丁頓和鄧比拔槍幹掉兩名保鏢和馬里奧。這個鐵盒並不是為馬里奧準備，而是給凱特的。雷丁頓不希望行動小組插手，他隻身來到劇場，終於見到了曾經的朋友，現在的敵人卡普蘭先生。雷丁頓很後悔當初在樹林空地上開的那一槍，同樣他也想讓凱特明白，伊莉莎白不再是瑪莎，有她自己選擇的生活和能發揮特長的職業。雷丁頓答應與伊莉莎白保持距離，只要凱特願意接受小鐵盒，到海島上了此餘生。但凱特毫不猶豫的拒絕了。這時朱利安帶著人沖了進來，雷丁頓鄧在鄧比的掩護下安全撤離，凱特則留了下來。朱利安為沒有得到協定而氣惱，凱特卻還有辦法。她自願被朱利安逮捕，並出庭作證以換取豁免權，只為能擊敗雷丁頓。
第四季第22集凱特在哥倫比亞特區檢察官辦公室簽署了豁免協定，願意出庭證明庫珀帶領下的行動小組為取得情報而允許雷丁頓繼續從事嚴重罪行。在得到豁免協定的同時，凱特要求給她一天時間處理一些事，期間不得有探員監視。檢察官無奈之下，只能同意。凱特跟隨雷丁頓多年，學到了什麼叫有備無患，她要留下後招，以防不測。在這段時間裡，她趕往譚斯農場，在那棵樹身上刻著字母“K”的大樹下，挖出雷丁頓的秘密，放進皮箱鎖在火車站的暫存處。事情發展到這一步，連法務部都已決定丟車保帥，放棄行動小組。從法律手段上，庫珀無力阻止凱特出庭作證，雷丁頓想到了一個人，或許可以從他身上入手。雷丁頓想到的人叫亨利·普萊斯考特，一名膽大心細、精於善後的大師。因雷丁頓無法露面，只能由伊出面尋找亨利。經過調查，發現亨利開了一家空殼公司用於洗錢。公司的註冊地址是偽造的，但從納稅單上找到了線索。有筆收入是來自於一家真實存在的投資公司，老闆叫傑傑·布里克曼。有了這個名字，雷丁頓就很容易找到亨利。出於職業道德，亨利當然不想透露有關主顧的事情。不過聽到雷丁頓威脅要公開他的身份，亨利只能妥協。幸好雷丁頓只想知道一件事，兩年前亨利受僱從杜邦廣場取走的那份包裹的下落。在樹林中一間隱蔽的地下室，那裡是亨利的保險箱，保管著歷年生意所留下的物品。萊斯勒得到雷丁頓的通知趕了過來，疑惑的撬開了一隻鐵桶。在灌滿鐵桶的福馬林溶液里，赫然泡著雷文·萊特的屍體。屍體被送往當地犯罪實驗室，法醫從屍體內取出一枚子彈。經過彈道比對，與一柄格洛克19手槍相符，手機的註冊人正是白宮國家安全顧問蘇蕾爾·希欽。萊斯勒手裡握有希欽殺害雷文的鐵證，但在生死存亡的時刻，他必須顧全大局，用這顆子彈交換希欽的影響力。與此同時，法庭已經開始了對雷丁頓事件的審理。珍妮特陪著阿蘭姆來到法院，哪知看似柔弱的阿蘭姆卻倔強的拒絕提供證詞，還聲稱很榮幸與雷丁頓合作。因他的不配合，被檢察官以藐視法庭罪予以收押。珍妮特焦急的在法庭外等候處理結果，正看到聞訊而來的納瓦比。納瓦比從一開始就懷疑檢察院如何無緣無故就確定阿蘭姆認識雷丁頓，並發出傳票。一查之後，發現珍妮特在此之前為了抹去犯罪記錄向檢察院供出了阿蘭姆。只是阿蘭姆的忠誠和倔強出乎珍妮特的預料，才落得如今的狀況。在法院的監室里，納瓦比看到緊張的阿蘭姆，現在珍妮特是他的精神支柱。見此情況，納瓦比欲言又止，只能安慰他雷丁頓一定會想出解決的辦法。果然，沒多久希欽就帶著手下氣勢洶洶的來到法庭，以涉及國家安全為由強行解散大陪審團，並清除所有證詞。在場的朱利安大驚失色，立刻聯繫了凱特。案件不僅被撤銷，連凱特的豁免協定也被作廢。朱利安剛掛斷電話，坐上車準備離開法院，躲在后座的鄧比就用槍頂住了他的腦袋。雷丁頓笑呵呵的坐上副駕駛位，拿走了他的手機。現在聯繫不上伊莉莎白，雷丁頓要求庫珀儘快通過凱特的手機號碼定位，以免凱特在計畫失敗後利用伊莉莎白做出更極端的事。伊莉莎白被凱特的人帶到了海邊。凱特曾向卡特蓮娜發誓，用生命去保護瑪莎。可她已感覺力不從心，所以要讓伊莉莎白知道雷丁頓為什麼要進入伊莉莎白的生活，以及雷丁頓對卡特蓮娜到底做了什麼。可就在開車去火車站的路上，以巴茲為首的僱傭軍攔住了去路。讓凱特很失望，伊莉莎白沒有選擇與她一同去尋找真相，而是下了車。她只好開槍射傷巴茲，趁亂衝出包圍。可在大橋上，雷丁頓攔在了車前，刺耳的警笛聲也隨之傳來。凱特知道大勢已去，她下了車，走到雷丁頓的面前。此時此刻，她反而希望雷丁頓能再次開槍，只要自己一死，就會有人將火車站裡的皮箱送到伊莉莎白的手上。聽到凱特去過譚斯農場，雷丁頓心中一驚，想妥善處理此事。可凱特去意已決，從大橋上跳下，結束了自己的生命。危機結束了，阿蘭姆被法院釋放。等候多時的珍妮特急忙上前解釋自己的舉報行為。但看到阿蘭姆一臉詫異的表情，才知道納瓦比並沒有說出來。而阿蘭姆也意識到，真正愛他的人是納瓦比。庫珀拿到了DNA檢測報告。他一直想知道雷丁頓的動機，多年前，他剛入聯調局時，雷丁頓還在從事海外反間諜工作。庫珀負責調查和收集俄羅斯特工“海爵”的信息，雷丁頓卻在一次行動中被“海爵”所擒。在經歷了整整十天的折磨後，才被海豹突擊隊所救。庫珀調出當時的血衣擅自為伊莉莎白做了親子鑑定。看著報告中的結果，伊莉莎白很憤怒，甚至有些憎恨雷丁頓隱瞞了這么多年。但家人就是家人，伊莉莎白還是願意接受這樣的父親。萊斯勒從希欽的手裡取回了警徽，但在希欽還想討價還價時，他控制不住怒火失手推倒希欽。希欽後腦著地，當地死亡。思索良久的萊斯勒找來了亨利，曾經恪守原則的特工，還是成為了他自己厭惡的那種人。而此刻湯姆從暫存處取出了皮箱，看著皮箱裡的遺骸，他將按凱特生前的指示，繼續完成未盡的目標。
第五季第1集庫珀非常頭疼。新任聯調局長即將上任，屆時必定要向其匯報行動小組的運作情況。可雷丁頓的犯罪帝國已經被凱特破壞得分崩離析，雷丁頓已經提供不出更多的黑名單人物。庫珀面臨著兩個選擇，一是幫雷丁幫恢復他的帝國，以繼續得到更多的重要情報；二是結束行動小組的工作，以後國內發生的重大事件可能就很難查清內幕。不論前者還是後者，都是個難題。何況自己手下探員伊莉莎白經DNA確認是雷丁頓的女兒，這讓庫珀更是頭大無比。與這些比較起來，阿蘭姆和納瓦比兩人違反規定，偷偷搞著辦公室戀情，反倒顯得無足輕重。另外，國家安全顧問勞蕾爾·希欽被發現死在家中。此前，萊斯勒私下調查過勞蕾爾，還進出過勞蕾爾的公寓。在法醫鑑定結果出來之前，連庫珀都覺得，萊斯勒有重大嫌疑。萊斯勒當然知道實情，所以才會假冒雷丁頓保鏢的名義找清道夫亨利幫忙。亨利的確是此中高手，把所有痕跡消除得乾乾淨淨。法醫的最終結果是勞蕾爾在家中不慎跌倒，頭部撞擊椅背死亡，屬於意外。還沒等萊斯勒鬆口氣，亨利就找上了門。亨利已經查出萊斯勒的真實身份，並以手頭保留的證據為要挾，今後萊斯勒必須隨時聽候吩咐。雷丁頓這會正在想辦法籌錢支付房租。賬上的資金全部被凱特轉走，害得他只能住在汽車旅館，靠偷車過日子。不過他心裡更擔心的是被凱特取走的手提箱，因此向來跟隨左右的鄧比被派了出去，務必要在伊莉莎白發現箱中的屍骸之前拿回手提箱。伊莉莎白趕到汽車旅館時，雷丁頓正愜意的泡在泳池裡。庫珀急著想要黑名單，雷丁頓則想著另一件事，如何重建自己的帝國。他帶著伊莉莎白來到保釋公司，接受賞金獵人的工作。要找的人叫斯莫基·普特南，涉嫌貪污某家娛樂公司的兩百萬美元巨款。保釋公司交了八萬保釋金後，斯莫基潛逃。雷丁頓以五成保釋金的報酬，接受找回斯莫基的工作。伊莉莎白也不明白為什麼雷丁頓不去找黑名單上的人物，而是找個棄保潛逃的貪污犯。雷丁頓現在身無分文，哪還有資格挑肥揀瘦。只要能拿到錢，什麼事都要乾。伊莉莎白開車送雷丁頓來到斯莫基工作的嘉年華遊樂園，這裡已經破產倒閉，留守的工作人員並不想配合。在他們看來，都是會計霍金斯在搞鬼。東窗事發後，霍金斯就接受地檢的協定出賣斯莫基，所以斯莫基才要逃跑。這些一面之辭，伊莉莎白不會輕信。她仔細觀察四周，在日曆上發現了斯莫基與女友的照片。在手槍的威嚇下，雷丁頓得到了斯莫基女友的住址。在斯莫基女友家的天花板里，雷丁頓找到了想要的人。斯莫基曾帶領全球最棒的馬戲團週遊世界各個城市，要在一夜之間指揮大規模的人員、物品、動物從一個地方到另一個地方，需要絕對高超的指揮能力。連五角大樓都派出精英研究他的後勤術，用於更有效率的調撥軍隊進出戰場。可就是這么有能力的人，現在卻落魄到東躲西藏。在回程的車上，連雷丁頓都為他連連惋惜。就在這時，兩輛法院警車一前一後逼停伊莉莎白的車。伊莉莎白下車出示探員身份，正想說明情況。雷丁頓敏銳的察覺警車裡絕不是法警，趕緊跳下車舉起槍。幸虧有雷丁頓的提醒，伊莉莎白躲過射來的子彈。雙方在公路上展開槍戰，在對方增援趕到前，雷丁頓跳上車加速倒車前進，撞開前後車輛，奪路而逃。等開到偏僻地段，車子熄火無法再開動。斯莫基這才交代那些人是販毒組織“光頭黨”，因為好賭的斯莫基輸了一大筆錢，被迫同意通過娛樂公司為這些人洗錢。目前法院只知道斯莫基貪污公款，卻還不知道斯莫基偷走的是光頭黨的錢。如果斯莫基進了監獄，只會被光頭黨在監獄裡的成員幹掉。所以斯莫基答應，只要雷丁頓放他一碼，他就簽張四萬美元的支票。不過雷丁頓自有主張，根本不理會他提出的建議。三人乘長途車再轉火車，但火車晚點，等得不耐煩的雷丁頓出車站偷了輛車。光頭黨跟蹤而至，從伊莉莎白手裡搶走斯莫基。伊莉莎白記下車牌號和綁架人特徵，打電話向阿蘭姆求助。雷丁頓很清楚他們會去哪，一定是斯莫基藏匿巨款的地方。雷丁頓和伊莉莎白提前抵達斯莫基提到過的藏錢地點，正看到光頭黨頭目勒馬克押著斯莫基趕來。二人前後包抄，打了勒馬克一個出其不意。不過雷丁頓並不想要勒馬克的命，也不要他的錢，只要斯莫基。伊莉莎白是一萬個不願意，可也只能看著勒馬克拎著錢袋離開。總算在開庭前將斯莫基送到了法院。雷丁頓拿著保釋公司給的四萬美元酬勞，坐在車裡等著一個人的到來。不一會，一輛囚車押著霍金斯抵達。司機和押送人下車後，拿了四萬美元，扯下車身上囚車標記。伊莉莎白這才明白，雷丁頓從始至終都計算好了一切。送斯莫基上法庭，就是為了把霍金斯從監獄裡劫走。這輛假冒囚車帶走了霍金斯，無人指認斯莫基，法官只好當庭宣布斯莫基無罪釋放。斯莫基是統籌策劃的大師，霍金斯是洗錢高手，兩人都被收到了雷丁頓的麾下，為重建雷丁頓的犯罪帝國出力。而庫珀也得到了他想要的黑名單，一舉端掉販毒集團“光頭黨”的巢穴，活捉勒馬克及其黨羽。
第五季第2集庫珀現在面臨著很大的壓力，法務部和新任局長都在關注著雷丁頓的黑名單。可雷丁頓總以凱特破壞了所有關係為由，遲遲拿不出能讓人滿意的線索。法務部和新任局長可不會相信這套說辭，在他們看來，雷丁頓和臥底線人沒什麼區別，哪需要什麼犯罪網路。迫於壓力，庫珀在伊莉莎白的陪同下親自來到汽車旅館。剛走進旅館的內部區域就看到雷丁頓悠閒的坐在泳池邊和一個人說著話，好像提到了某個叫丹尼森的人。那人從泳池的邊門離開後，鄧比也匆匆離開。這會庫珀沒心情理會雷丁頓在搞什麼小動作，一心只想著要件大案子。雷丁頓似乎知道庫珀的來意，沒等庫珀開口就說出了一個名字格雷森·布萊斯。此人表面上是個熱愛極限運動的富豪，實際是個藝術品大盜，偷過諸多名畫。最近他還在自己的展會上偷了舉世聞名的拿破崙項鍊，只為博得情人安娜一笑。他的過人之處還在於，用這些灰色收入擴大自己在政壇上的影響，還打算有朝一日能參選。正是這樣的人，大家才不會懷疑他的身份。根據情報，格雷森將會出現在克羅地亞的一個拍賣會上。但雷丁頓不希望庫珀抓捕格雷森，而是要與他聯盟。一旦雷丁頓圈子裡的人聽說雷丁頓與格雷森聯手，會有助於重建他的犯罪帝國網路。關鍵問題是，要怎么讓格雷森相信，雷丁頓還和以前一樣掌握著巨額財富。庫珀不假思索的答應雷丁頓的計畫，條件是必須有伊莉莎白，還有萊斯勒、納瓦比一同前往克羅地亞。行動小隊很快就制訂出了方案，阿蘭姆侵入拍賣行的伺服器，在與會名單上加入了納瓦比。納瓦比進入拍賣行後，打開側門放入雷丁頓和伊莉莎白。所有事情都按部就班的進行著，直到雷丁頓舉牌出價兩百多萬叫價一枚一美分的黃銅錢幣。伊莉莎白嚇了一跳，幸好有人出價三百萬成交。買家正是格雷森，雷丁頓也成功的吸引了格雷森的注意。格雷森對雷丁頓的事有所耳聞，沒想到還能在這見到雷丁頓。拍賣會後，他主動找到雷丁頓。雷丁頓則裝出一副毫不在乎的模樣，跟格雷森聊著在愛琴海開闢新航道的事，就好像自己的犯罪帝國仍在正常運轉。出於謹慎，格雷森沒有馬上答應。雷丁頓也沒指望會成功，他主要是想請格雷森周六前往義大利科莫湖旁的別墅，鑑賞一副倫勃朗的畫作《加利利海風暴》。格雷森一聽到這副失蹤了近三十年的被盜名畫就兩眼放光，但這個經驗老到的竊賊沒那么容易上當。格雷森在科莫湖旁也有幢別墅，卻從沒聽說附近住著雷丁頓這樣的大人物。雷丁頓當然知道格雷森不會輕易就範，就在他和格雷森聊天時，伊莉莎白假裝欣賞安娜那對華貴的耳環，將定位器粘在了耳環後。雷丁頓在臨離別時暗示格雷森身邊有內奸，格雷森一回到住所就裡里外外搜查，發現了安娜耳環後的定位器。安娜隨即被掃地出門，格雷森也對雷丁頓刮目相看，便決定接受雷丁頓的邀請，看看是否有聯盟的價值。雷丁頓威逼利誘，強行借來了一幢別墅，還讓聯調局出錢辦場派對。只是在《加利利海風暴》上出了點意外，通過雷丁頓私下購買了畫作的買家，居然不遵守協定擅自出售了那副名畫。雷丁頓只好找高手臨時偽造一幅贗品，只要能瞞過幾分鐘即可。等格雷森光臨見到夢寐以求的名畫，雷丁頓馬上提出贈予格雷森，以慶祝兩家聯手。沒等格雷森看仔細，雷丁頓就指揮喬裝成安保的萊斯勒把畫作搬上格雷森的車。格雷森喜滋滋的剛離開，雷丁頓就報警，害得格雷森還沒到家就被義大利警方攔下，當場人贓並獲。雷丁頓和伊莉莎白抓緊時間趕到格雷森在科莫湖旁的別墅，向別墅里的安保隊長自稱是格雷森的首席安全顧問。雷丁頓一面焦急的說出格雷森被捕，一面指揮其他人趕快毀去所有資料。安保隊長半信半疑的聯繫了自己在國際刑警的內線，確認格雷森的確被捕後嚇得六神無主，對雷丁頓是言聽計從。雷丁頓有條不紊的指揮大家燒毀紙質檔案，將硬碟丟進水裡，所有手機、對講機、監控錄像都丟進微波爐等等，儼然一副毀滅罪證專家的模樣。而他和伊莉莎白直衝進書房，拿到藏在保險箱裡的隨身碟、剛被盜的拿破崙項鍊和那枚價值三百萬的一美分黃銅硬幣。達到目的後，雷丁頓和伊莉莎白趕緊離開，返回美國。庫珀非常憤怒，整件事上，他被雷丁頓耍得團團轉。而且格雷森還是被義大利警方抓獲，行動小組沒有半點功勞，卻花了一大筆舉辦派對的費用。坐在辦公桌對面的雷丁頓不慌不忙的取出格雷森保險箱裡的隨身碟，還有那副拿破崙項鍊。義大利警方拿到的只是贗品，很快就會放人。而庫珀手裡掌握著貨真價實的罪證，隨時可以將格雷森繩之以法。這下庫珀的臉色才好看了許多，有了這些成績在手，新任局長應當能滿意了。回到汽車旅館，伊莉莎白把玩著那枚一美分硬幣。不知為何，明知雷丁頓使用非法手段獲得格雷森的罪證和這杖硬幣，她卻還是非常配合，甚至樂在其中。也許這就是基因的作用。
第五季第3集雷丁頓碰到麻煩了。前幾個月做的一筆軍火交易，因為凱特的原因，現在即交不出貨又賠不出錢。對方都已經找上門來了，雷丁頓只能搬出旅館，先找個安全的地點再做打算。正在報紙上找著出租公寓時，伊莉莎白如約而至。雷丁頓翻到報紙的頭條，一樁警察執勤過程中擊斃嫌犯的報導就是庫珀需要的大案子。看似正常的警方執法行動，實則暗藏驚天的秘密。伊莉莎白不敢怠慢，回到行動小組後，立刻展開調查。死者斯科特是名吸毒的小混混，二十年來在監獄和戒毒所里進進出出，最近剛獲得假釋。擊斃斯科特的警官叫麥金尼斯，是名紀錄良好的新手警察。現場發現的手槍是三周前被盜的槍枝，斯科特並非盜竊案的嫌疑人。萊斯勒不相信警察會成為職業殺手，便與伊莉莎白合作，分別問訊了麥金尼斯警官和他的搭檔。搭檔當時在其他房間搜尋，只聽到四聲槍響，未親眼看到事發時的情形。麥金尼斯在陳述時出了紕漏，他聲稱嫌犯先開了兩槍，自己隨後連開兩槍還擊，第二槍射中了嫌犯。可根據伊莉莎白和萊斯勒的經驗，連開兩槍的情況下，第二槍必定會因為后座力而偏高。出現第二槍擊斃嫌犯的情況，要么是麥金尼斯第一槍就沒瞄準，要么就是麥金尼斯在說謊。伊莉莎白和萊斯勒一同拜訪死者家屬進行深入調查。可半當中萊斯勒收到亨利的指示，必須馬上幫他從警局取回一輛被扣押的車。萊斯勒無奈只能先行離開，留下伊莉莎白單獨問訊死者的父母。從斯科特父母的口中了解到，因小時候居住的政府公派房牆紙中含有重金屬，導致斯科特智力發育不全，為此還獲得五十萬美元的政府賠償。這筆錢本應在幾十年的時間裡每月支付，但水日金融公司僅以十萬美元的現金支票，一次性從斯科特手裡買斷了全部賠償權益。斯科特的智商根本分不清兩者之間的利弊，哪可能買槍襲警。阿蘭姆對水日金融的業務進行了全面調查，發現該公司存在大量類似低價交易行為。但按現行法律，並不構成犯罪。另外，水日金融還從事放貸業務，部分貸款對象就是現役警察，其中就包括了麥金尼斯警官。在問訊水日金融總裁詹森時，詹森堅決否認兩者之間存在關聯。因為斯科特賠償款的前提條件是斯科特必須健在，斯科特死亡反而造成了公司的損失，至今拿到的累計賠償款尚不足以彌補那十萬美元。詹森所說的情況，也許能幫水日金融擺脫嫌疑。可阿蘭姆的調查結果並非如此，除斯科蒂之外，還有三名將政府賠償出售給水日金融的人都因各種事件被警方人員擊斃，而涉事警員無一例外享受著水日金融提供的貸款，且沒有還款紀錄。根據這一情況，伊莉莎白和納瓦比從法院申請到了搜查令，對水日金融進行突擊檢查。公司的文檔資料顯示，像斯科特這樣出售賠償權益的人，水日金融都為他們購買了人身保險。也就是說，斯科特及另三個人的死亡，為水日金融帶來了幾千萬美元的保險金。而警方在抓捕詹森時，發現他已在自己家中窒息身亡。這說明詹森還另有同夥，且已消失無蹤。阿蘭姆根據幾名受害者的共性，比如絕症患者、癮君子、與警方人員有過衝突等，推斷出下一名受害者會是水日金融保險名單上的羅伯特·厄維勒。伊莉莎白和納瓦比緊急聯繫羅伯特，卻一直打不通。阿蘭姆利用手機定位，伊莉莎白和納瓦比抵達地點時，正看到一名巡邏女警用槍指著羅伯特的腦袋。該名女警承認是為了支付妹妹的高額醫療費，才接受了這個任務。與她接觸的人叫麗貝卡，要想抓捕此人，只有引蛇出洞。女警打電話告訴麗貝卡，未能完成任務。麗貝卡此時關心的不是任務是否完成，而是女警是否會揭發她。所以她借著重新安排刺殺計畫為由約女警再次見面，卻在見面地點不由分說對著警車的駕駛座連開數槍。幸好車窗是由防彈玻璃製成，趕來增援的萊斯勒從身後制服麗貝卡，邀下她手中的槍。穿著警服的伊莉莎白這才推開車門，下了警車。一樁利用警察職業殺人的大案告破，麥金尼斯等涉事警察被抓獲。為亨利取回被押車輛的萊斯勒默默看著審訊室里的麥金尼斯，想著自己明知後備箱裡有具屍體，卻又不得不把車交給亨利。曾經恪守原則的萊斯勒在慢慢滑向黑暗，他也不知道自己什麼時候會得到像麥金尼斯一樣的下場。雷丁頓在這整件事的調查工作中，始終未露面。為了完成軍火交易，他只有找車管所的格倫幫忙。這個小矮子的灰色收入不少，拿個一百萬出來應當不成問題。格倫雖然平時以戲耍雷丁頓為樂，可在這關鍵時刻還是幫了老朋友一把。有了錢，雷丁頓再去找非洲軍火走私犯布哈里。在以前，布哈里這樣的貨色，雷丁頓根本看不上，現在也只能委曲求全。
第五季第4集伊莉莎白和湯姆商量著找哪家餐廳，一起吃頓午飯。正說著，湯姆的手機響起。湯姆一看是尼克，趕緊接聽，嘴上卻說是電話推銷員。原來是彼得已經從骸骨中提取到了DNA，但醫院裡的公共DNA資料庫沒有符合的信息，只有進入聯邦資料庫才能找到匹配數據。湯姆無奈之下，只好找機會用手機偷偷拍下伊莉莎白的工作證，冒用身份登錄聯調局網路。伊莉莎白對湯姆的電話並沒有起疑心，她匆匆來到雷丁頓的新家，準備接收下一個黑名單。雷丁頓好不容易從網上找了箇中介，匿名租下這套位於郊外的別墅。別墅里設施齊全，環境清幽，正是藏身的好地方。前往海外度假又願意將國內住所出租的人並不多，雷丁頓很慶幸自己能找到這么一家。見到伊莉莎白進來，他隨手翻出今天的報紙頭條，內容是“冠軍賽馬和馴馬師死於馬廄大火”。看似普通的意外，其實暗藏玄機。這匹愛爾蘭冠軍賽馬是難得的種馬，馴馬師通過配種就能賺取幾百萬歐元。在大火發生前，這匹種馬僅配過一次種。大火之後，那匹唯一配種的母馬就身價百倍。這正符合一個名為“獨苗”組織的行事風格，以各種方法創造出獨一無二的事物，從中謀取暴利。行動小組調查下來，過去幾年中的確發生過相似事件，從文物到種苗。該組織為了達到目的，甚至不惜傷害性命。從愛爾蘭情報局得到線索，死於大火的馴馬師最後一名訪客是操中東口音的三十多歲女性，化名艾麗莎·格雷。庫珀認為要找到此人，就只有通過該事件最大獲利人，那匹母馬的主人。馬匹主人是一家國際安保公司的總裁，他稍做抵抗就全盤交代了出來。讓萊斯勒和納瓦比驚訝的是，中東女子主動聯繫馬匹主人，承諾讓那匹母馬升值。但她索要的報酬並非金錢，而是某國家公主的安保方案。該公主是皇權的唯一承繼人，正符合“獨苗”的要求。目前公主下榻於華盛頓特區一家酒店，準備參加聯合國大會。萊斯勒、納瓦比和伊莉莎白立即出動，在酒店安保的配合下發現了隱藏有炸彈的餐車。可將公主安全送到行動小組基地後，他們才發現公主的助理安娜，才是真正的目的。其實安娜的職責是公主的健康保障。公主是罕見的稀有血型，而安娜的血液更特殊，是被醫學界稱為“黃金血型”的萬能輸血者，全世界僅有七人擁有此血型。阿蘭姆搜尋網路，發現包括安娜在內，過去三個月里已有二人失蹤，還有一名年僅九歲的男孩正在特區醫院重症監護室。等萊斯勒和納瓦比趕到醫院，孩子已被一名護士帶走，失去了蹤跡。對比後發現，那名護士與馬廄縱火案嫌疑人為同一人。再調查被劫男孩的背景，發現其出生於敘利亞，後被美國夫婦收養。孩子患有先天性心臟病，因血型特殊，只有移植同為“黃金血型”的心臟才有生機。所以醫院已做好了孩子離世的準備，卻不想被人劫走。阿蘭姆查到孩子的母親叫妮拉·艾哈邁德，同樣是在冊的“黃金血型”擁有者。從照片上看，正是劫持孩子的護士和縱火嫌疑人。妮拉是敘利亞極端組織中的積極分子，也許是知道孩子過於特殊，受到任何創傷都無法存活，這才將孩子送到了美國。如此看來，妮拉帶走孩子和劫持兩名“黃金血型”者，是為了給孩子移植合適的心臟。醫院監控拍到妮拉離開時，有人開車接應。伊莉莎白帶著監控照片來找雷丁頓。雷丁頓開了門後沒讓伊莉莎白進屋，而是直接驅車前往一家地下診所。從診所負責人嘴裡得知開車的人就是診所里的另一名合作醫生，現在在一處廢棄的動物研究機構準備一個涉嫌違法的手術。在萊斯勒和納瓦比趕到前，雷丁頓和伊莉莎白先行抵達。雷丁頓勸說妮拉帶著孩子馬上離開，否則等行動小組趕到，孩子就徹底失去了重生的機會。妮拉知道雷丁頓所言非虛，只能和雷丁頓一起離開。伊莉莎白則留下來，照顧另兩名被劫持的受害者，並應對萊斯勒和納瓦比可能會提出的疑問。尼克再次被雷丁頓“請”到了地下診所，實施心臟移植手術。心臟的供體就是妮拉本人，偉大的母愛讓她吞槍自盡，為兒子獻出一顆健康的心臟。這樣的人間慘劇讓尼克很難平靜，手術成功後，他要求雷丁頓和伊莉莎白今後不要再與他聯絡。而此後伊莉莎白的確無法再見到尼克，因為當晚尼克去彼得家詢問情況時，被人從背後死死勒住了脖子，直到沒有了氣息。裝有骸骨的皮箱，也被兇手拿走下落不明。雷丁頓回到別墅，繼續著被伊莉莎白打斷的審問。前幾天有兩人趁黑夜潛入了別墅，被雷丁頓和鄧比逮個正著。雷丁頓沒想到這么快就被人發現了行蹤，在鄧比的拷打下，那兩人招供是受郵局工作人員安東尼指使。把安東尼抓了來，雷丁頓才知道只是個巧合。安東尼利用職務之便能查到郵局的清單，從訂閱的雜誌、報刊就能分析出客戶的富裕程度。如果客戶外出，會通知郵局保留郵件。通過保留的時間，就能知道客戶離家、返家的時間。再從網上招募兩個小偷，就能有針對性的入室偷盜，毫無風險。只是這一次失了手，被暫時租住的雷丁頓發現。雷丁頓一聽便有了想法，這么珍貴的情報用於盜竊實在是暴殄天物，不如租給那些願意出高價又不願被人找到的人。安東尼能查到房源，雷丁頓手裡有客戶，二人一拍即合。
第五季第5集尼克的屍體被人發現，聞聽尼克被害，伊莉莎白在家掩面而泣。記得尼克最後的話是不願再見雷丁頓和伊莉莎白，伊莉莎白不由得懷疑是雷丁頓殺人滅口。一旁的湯姆卻知道雷丁頓與尼克的死沒有關係，必定是那具骸骨惹來的殺身之禍。等伊莉莎白出門後，湯姆立刻動身來到彼得家中。仔細觀察，發現地板上有皮鞋留下的擦痕，這必定是尼克掙扎時留下的痕跡。裝有骸骨的皮箱和彼得均沒了蹤影，湯姆只有從彼得的工作地點入手調查。伊莉莎白來到雷丁頓的新住所。因為那個出租空置房的主意大賺特賺，霍金斯正歡天喜地的點著一堆鈔票。伊莉莎白板著臉走進來，支開霍金斯後，她一臉嚴肅的說出尼克的死訊，說完就緊盯著雷丁頓的表情。從雷丁頓的反應來看，他的確不知道尼克的事。不過雷丁頓保證，一定會找到殺害尼克的兇手。另外，還有一件案子需要行動小組解決。英國一家化工廠發生爆炸，恐怖份子伊萊斯·蘇爾科夫宣稱對此事負責。但雷丁頓很清楚，蘇爾科夫十五個月前就因胰腺癌去世，不可能參與這起爆炸案。蘇爾科夫是名活躍的恐怖份子，曾策划過多起襲擊、破壞、綁架事件。阿蘭姆查到，在之前的十五個月內，蘇爾科夫宣稱對三起襲擊事件負責。如果雷丁頓所說屬實，那必有人假借蘇爾科夫的名義實施恐怖行動。從英國軍情六處得到情報，六處和中情局蘇爾科夫特偵組早在幾個月前就開始追蹤蘇爾科夫使用的爆炸物來源，在炸藥供應渠道中摻入不同的追蹤劑。此次化工廠爆炸的炸藥殘留中找到的追蹤劑指向貝爾格勒的一家建築拆遷公司。為蘇爾科夫提供炸藥的嫌犯，就是該公司的工頭拉康·加法里。向塞爾維亞政府申請了執法許可權後，行動小組全員前往貝爾格勒抓捕拉康。因地處歐亞交界，有中東血統的納瓦比最適合此次行動。原計畫是冒充蘇爾科夫的聯絡人，引誘拉康從俱樂部出來再實施抓捕。不想拉康像是一眼就看穿了納瓦比的偽裝，拔腿就跑。納瓦比奮起直追，從後門衝出俱樂部時，一輛廂式貨車突然橫停在二人面前。貨車的側門拉開，幾名訓練有素的武裝份子將拉康和納瓦比一同推進車裡揚長而去。趕來接應納瓦比的萊斯勒和伊莉莎白只看到貨車的背影，連忙跳上車追趕。極少出外勤，從未見過這種陣勢的阿蘭姆呆坐在車裡，不知所措。萊斯勒駕車緊追不捨，終於在一處死胡同逼停前方車輛，雙方人員立刻下車拔槍對峙。在形勢變得更緊張前，萊斯勒掏出證件。對方一愣，原來他們是中情局蘇爾科夫特偵組，為首的魯瑟探員已調查蘇爾科夫多年。大水沖了龍王廟，消除了誤會，雙方來到中情局安全屋，對拉康進行審問。在魯瑟一頓拳打腳踢不管用後，伊莉莎白和納瓦比很容易就讓拉康開了口。伊莉莎白只說了句蘇爾科夫已死，拉康就知瞞不過眼前這兩人。他供出下一個目標在美國的維吉尼亞州，且要求是能炸穿凱夫拉防彈裝甲。就在此時，萊斯勒接到庫珀打來的電話。庫珀與中情局行動指揮部負責人考克斯局長在一起，考克斯局長否認蘇爾科夫特偵組的存在。魯瑟一直在盯著萊斯勒的神情，一見有異，拔槍便射。一場槍戰在安全屋裡展開，各人找地方隱蔽，被綁在椅子上的拉康不幸被流彈擊中身亡。魯瑟及其手下倉皇逃走，只有卡爾洪特工被捕。卡爾洪特工被送到位於華盛頓的行動小組總部。卡爾洪兩年前從中情局離職，之後又被魯瑟招募。她一直以為自己從事的是中情局秘密任務，沒想到魯瑟並非中情局特工。有理由懷疑魯瑟就是冒用蘇爾科夫名義實施恐怖攻擊的幕後黑手，正策劃在維吉尼亞發動襲擊。阿蘭姆查到魯瑟原名布萊恩·奧斯特曼，一聽到這個名字，考克斯局長心中一怔。布萊恩是中情局反間諜組織成員，但在08年就脫離了中情局。考克斯局長親自拿著布萊恩的資料，擺在卡爾洪的面前。卡爾洪心理防線徹底崩潰，交待了魯瑟小隊的落腳點。但聯調局武裝人員趕到時，已人去樓空，資料也被銷毀，伊莉莎白在現場只找到一個標有“颶風”的資料夾。線索全部中斷，伊莉莎白唯有寄希望於雷丁頓，希望他能知道些內幕。可雷丁頓並不認識布萊恩，從“颶風”和凱夫拉裝甲，倒是讓他有了另一個想法，或許布萊恩的目標是軍事設施。以此為線索，阿蘭姆查到軍方有十五艘“颶風級巡邏艦”，均是以凱夫拉鋼材製成。其中十四艘在世界各地執行任務，只有一艘停靠在母港維護，地點正是維吉尼亞的諾福克島軍事基地。
第五季第6集湯姆從聯邦法院的檔案室出來就看到鄧比站在法院的大門外，雷丁頓就坐在鄧比身後的車裡。湯姆對雷丁頓的來意心知肚明，對雷丁頓提到的皮箱裡的骸骨即不承認也不否認。因為他是伊莉莎白的未婚夫，雷丁頓不願用強，只好作罷。湯姆擺脫雷丁頓後，馬不停蹄的趕到彼得的女友莉娜家。不想原本答應協助尋找彼得的莉娜突然改口，還慌慌張張的收拾著行李，顯然是受到了某種威脅。湯姆拿出從法院拿到的檔案副本，裡面清楚記載著彼得涉及的詐欺案。彼得根本就是個手段高明的騙子，不僅騙了尼克，還騙了莉娜和湯姆。知道自己只是場騙局中的棋子後，莉娜心有不甘。偷偷來到彼得的辦公室，從彼得的電腦里複製了所有檔案。湯姆從這些檔案里發現彼得假冒莉娜的名義開了張信用卡，以隱藏自己的行蹤。下面將會是一場貓捉老鼠的遊戲，只是不知道誰是老鼠誰是貓。伊莉莎白一大早就來找雷丁頓。現在雷丁頓的經濟狀況比以前寬裕多了，還有閒情逸緻打高爾夫，比起當初躲在汽車旅館時的情境不可同日而語。雷丁頓叫來伊莉莎白是希望她幫個忙，老朋友米切爾·鄧寧會被人暗殺，以雷丁頓目前的實力無法提供幫助，只能請行動小組代為保護。據米切爾的情報，暗殺策劃者是個叫“旅行中介”的組織。該組織隱藏在暗處，運作了近三十年，受僱殺人無數，12年前毫無徵兆的關門歇業。如果聯調局藉助這個機會破獲“旅行中介”，很多懸而未結的命案就能告破。涉及到如此大案，伊莉莎白等人自然要全力以付。小組負責人副局長庫珀卻在此時任命萊斯勒暫時代理小組事務，他自己另有私事要處理。庫珀所謂的私事，是有關老朋友的兒子以賽亞·希爾。以賽亞的父親因是黑人而被警察誤殺，庫珀得知以賽亞找過毒販並失蹤，很擔心這位老朋友的兒子會走上歧途。通過雷丁頓幫忙，庫珀抓到了與以賽亞接觸過的毒販。得知以賽亞並非購買毒品，而是買了一把手槍。在毒販交代的送槍地址，庫珀找到了驚恐不安的以賽亞。以賽亞因無意中目擊了大毒梟齊克·威爾遜殺人而成為黑幫滅口目標，庫珀有責任為民除害，幫助以賽亞回到平靜的生活。伊莉莎白和納瓦比奉命接米切爾到行動小組總部接受保護，不想米切爾在她們眼前被人狙殺。米切爾的妻子提供不出任何線索，納瓦比倒是在米切爾的車內發現一張報紙，上面報導了一樁農場殺人案。米切爾很可能是看了這篇報導後認為自己處於危險之中，於是伊莉莎白和納瓦比立刻前往農場。農場主的女兒並不認識米切爾·鄧寧。這些年來父親都住在農場，她每周過來幫父親收拾一下房間。自從父親的旅行中介關門後，就沒有再去過其他地方。“旅行中介”這個字眼，引起了伊莉莎白的注意。得到農場主女兒的允許，伊莉莎白和納瓦比在農場倉庫里找到塵封多年的檔案櫃。這些旅行中介的的檔案櫃裡，一半是各地旅行的記錄，另一半則是暗殺襲擊的紀錄，兩者的時間點恰好一一對應。在一張旅行照片裡，還出現了米切爾。可見被害的農場主與米切爾，都曾是“旅行中介”的雇員。這兩起謀殺案說明，有人在逐一清除原“旅行中介”成員。阿蘭姆根據伊莉莎白和納瓦比找到的檔案，理清了大部分成員的組織關係。這些人中，只有一人尚存，是名叫阿爾貢的船運代理商。萊斯勒和納瓦比在碼頭訊問阿爾貢時，又遭遇槍擊，子彈從阿爾貢的手臂划過。隨後一輛86年款的奧斯莫比快速駛離，很快就從萊斯勒的眼前消失無蹤。阿爾貢被帶到審訊室才老實交代自己在“旅行中介”的職責，他們都是單線聯繫，從不見面，只通過傳呼機傳送號碼。阿爾貢記得當年他負責的下線代號是“五號”，就開著一輛86年款的奧斯莫比。每次有任務時，他會給“五號”傳送一個信箱號碼342，“五號”就會到七谷郵局的342號信箱領取任務資料。從七谷郵局工作人員那得知，342號信箱長期租給卡爾文·道森先生。卡爾文在1989年的一場搶劫中身受重傷，性命雖然保了下來，但嚴重的腦傷讓他患上了順行性遺忘症。受傷前的記憶還保留著，之後的記憶只能保留十幾個小時，然後便被遺忘。目前卡爾文在附近的療養院生活，他的妻子埃莉諾時不時會帶他回家住一兩天。伊莉莎白和納瓦比迅速調來武裝人員，對埃莉諾的家進行突擊搜查。桌上的咖啡壺還有餘溫，屋裡卻沒有人。在衣櫥里找到通往閣樓的暗梯，閣樓里更是發現了1989年的新聞錄像，多份當年的報紙、簡易傳呼機站和調查“旅行中介”的拼圖板。看來是卡爾文的妻子埃莉諾利用丈夫的遺忘症，操縱卡爾文謀殺原“旅行中介”所有人員。原來在1989年，卡爾文接到任務，便在“旅行中介”的安排下帶著家人前往指定地點旅遊。不巧的是，妻子埃莉諾突發闌尾炎住院開刀，卡爾文只有帶著兩個女兒執行任務。三歲的米婭和兩歲的薩曼莎被鎖在車裡，卡爾文卻因任務失敗被打成重傷丟在小巷裡等死。卡爾文被人及時發現送醫，兩個女兒因無力打開車門活活餓死在車裡。
第五季第7集伊莉莎白和湯姆在婚姻部門正式辦理了結婚登記，從傳統意義上來說，兩人正處於美好的蜜月生活。但手機總是響個不停，伊莉莎白的手機顯示是雷丁頓，湯姆手機上則無法顯示出呼叫方。也許是推銷廣告，伊莉莎白沒有在意就匆匆出門，趕著與雷丁頓見面。伊莉莎白前腳剛離開，湯姆也跟著出了家門。豪宅里，看著伊莉莎白左手無名指上的戒指，雷丁頓暗自擔心，湯姆已在將來的戰爭中占據了有利地形。他不動聲色的表示了祝賀，然後將桌上的報紙遞給了伊莉莎白。報紙上刊登了一則新聞，南加州海岸數具體被衝上岸，疑為人口販賣。雷丁頓也曾做過偷渡業務，因凱特的破壞，販運線路全部中斷。從目前情況看，已有人填補了空缺卻使用不安全的船隻。必須找出那人，才能避免更多人的死亡。雖然雷丁頓有借刀殺人清除競爭對手之嫌，但庫珀還是本著職業道德批准了調查行動。最好的調查就是派人臥底，而黑人鄧比就是絕佳的選擇。阿蘭姆在鄧比口腔內植入鑲有竊聽裝置的假牙，隨後行動小組趕赴偷渡線路的起點，希臘。鄧比很熟悉偷渡的規矩和暗語，順利的見到了蛇頭，有驚無險的通過了蛇頭虛張聲勢的測試。蛇頭提出了價格，還提到一個愛爾蘭人。雷丁頓立刻想到亞瑟·基爾加諾，現住在保加利亞。雷丁頓在聯調局之前找到了亞瑟，本想與他合作。但亞瑟無權這么做，他老了，早已金盆洗手。他的兒子科林更具野心，只用了幾個月就重建了雷丁頓從前的偷渡網路。亞瑟在保加利亞有一定的政治影響力，當地政府肯定不會配合聯調局的調查。在庫珀想辦法處理手續問題的同時，鄧比執意登上偷渡船尋找證據，即使這意味著很可能葬身海底。交納了三千歐元的費用後，鄧比踏上了偷渡之旅。阿蘭姆藉助假牙中的定位功能確認鄧比由陸路進入馬其頓，送到有武裝人員把守，且出入車輛頻繁的中轉站。這是個倉庫區，很多合法公司在這裡運輸中轉貨物，也在無意中為非法偷渡活動提供了掩護。庫珀聯繫了馬其頓警方，由當地警方派出人手對中轉站實施搜查。當武裝人員控制中轉站時，只解救了部分被關押的偷渡者。鄧比和其他人已裝進貨廂，分乘幾輛貨車駛往德國港口。而鄧比為了保護一個孩子，被看守重重打了一拳，正中面頰。口腔內的假牙脫落，阿蘭姆失去了追蹤信號。科爾建立的偷渡基團有明確的規定，一旦遭到突襲，所有在途的運輸車司機就會接到指令，會開到偏僻地點。司機棄車離去，根本不理會被關在車廂里的偷渡人員。為了能找到鄧比，雷丁頓再次來到亞瑟家，卻得知亞瑟剛剛去世。亞瑟死得蹊蹺，但雷丁頓沒時間調查此事，當務之急是聯繫上科林。在亞瑟妻子的幫助下，雷丁頓撥通了科林的電話。聽到電話里，科林毫不在乎自己母親的安危，甚至巴不得雷丁頓開槍解決了那個累贅，基爾加諾夫人徹底寒了心。科林的座駕是輛昂貴的美國車，車上有GPS定位系統。基爾加諾夫人以前為了兒子的安全在電腦上經常查看兒子的去向，如今成了幫助雷丁頓的途徑。有了定位，雷丁頓很快就找到了科林。從薪水單上很容易找到司機的電話，順便解決了科林，雷丁頓重新掌握整個偷渡網路。他親自追查運送鄧比的線路，及時找到被遺棄在死胡同里的貨車，打開了緊閉的車廂門。一股新鮮空氣讓車裡奄奄一息的人精神為之一振，雷丁頓慶幸自己沒有失去最忠實的保鏢和老朋友。另一邊，打彼得電話的人是莉娜。莉娜接到防欺詐中心的電話，詢問她是否在維吉尼亞州使用過信用卡。這說明湯姆猜測的沒錯，彼得確實冒用莉娜的名義申請了信用卡，而且在維吉尼亞活動。湯姆找到彼得使用信用卡的雜貨店，從監控中拍到彼得現在的模樣和駕駛車輛的外形。從彼得的外貌看，像是最近受過傷，通過車子的擋風玻璃可以看到儀錶盤上有把汽車旅館的鑰匙。從鑰匙上懸掛的牌子，湯姆和莉娜找到了躲藏在房間裡的彼得。可彼得並不是殺死尼克的人，他拽下手上的繃帶，左手有三根手指被齊齊削掉。在使用伊莉莎白的身份登入聯邦資料庫後，就有人找到彼得搶走了皮箱，還試圖殺人滅口。彼得僥倖逃走，尼克卻未能倖免。彼得以為是湯姆所為，才逃亡到維吉尼亞。正說著，突然有人闖進房間打暈了湯姆。湯姆醒來時，三個人被關在一間木屋裡。一個肥頭大耳，自稱拿走了皮箱的人要與雷丁頓聯繫，誰能讓他達到目的，誰就能活命。一旁的彼得嚇得所有事情都交代了出來，卻也證明他根本不認識雷丁頓，其下場可想而知。莉娜成了下一個受害者。彼得看得出來，眼前這人的智謀與冷酷，絕不在雷丁頓之下。保命的唯一辦法，就是把雷丁頓牽扯進來。
第五季第8集湯姆看著倒在地上的莉娜感到深深的愧疚，是他把莉娜拖進了這場是非之中，害得莉娜死於非命。而綁匪並不打算收手，顯然那個叫伊恩·加維的胖子頭目要借皮箱裡的骸骨和彼得列印出來的鑑定報告，得到雷丁頓掌握的所有財富和勢力。湯姆不明白伊恩打算怎么做，只能按他的吩咐給雷丁頓打電話，通知雷丁頓到指定地點見面。伊恩打算帶著手下去見面地點。他把鑑定報告放進皮箱，再留下兩個人看著皮箱和湯姆。臨出發前，他派人推來碎木機，當著湯姆的面將莉娜的屍體粉碎，以此警告湯姆不要輕舉妄動。可湯姆不是個甘於束手就擒的人，等伊恩離開，他看到地上的一灘碎肉里有塊扭曲的金屬片。那是莉娜頭頸項鍊上的掛墜，也是湯姆割開手腕上束線帶的最好工具。湯姆假意跌倒，趁人不備割斷束線帶。雙手獲得自由後，他立刻反扑打倒看守，拎起皮箱就逃了出去。出了木房，外面是一片樹林。湯姆穿過樹林，沿著公路逃命。身後不遠處有人緊追不捨，子彈不時從身邊掠過。突然一輛車沖了過來，停在湯姆身邊。雷丁頓打開車門，招呼湯姆上車。原來是雷丁頓派人警告莉娜離開，但莉娜未聽從警告招致殺身之禍。雷丁頓的人一直在暗中監視湯姆和莉娜的動向，在接到湯姆電話後，雷丁頓就沒打算去跟伊恩見面，而是趕來接應湯姆。如果上車，那好不容易得到的皮箱和鑑定報告就到了雷丁頓手裡。湯姆正猶豫間，被子彈打傷肩頭，只好慌忙上車。鄧比立即緊踩油門，擺脫追兵。幾發子彈打中車身，正中散熱器和油箱。沒開多久，車子就拋了錨。雷丁頓拎起皮箱，鄧比背上武裝袋，三人棄車徒步前行。所幸在路邊發現一座無人居住的度假小屋，鄧比到車庫尋找代步車輛，雷丁頓進屋找了些針線和烈酒為湯姆縫合傷口。發覺上當的伊恩沒留給雷丁頓多少時間，很快就帶著人馬追到了度假小屋。雷丁頓殺出一條血路，湯姆機智的用烈酒做成燃燒彈丟進伊恩人馬的車內，總算擺脫了伊恩。鄧比開著從車庫找到的車輛開到一家加油站。湯姆拎起鄧比的武裝袋，裡面有備用衣物，進了旁邊的雜貨鋪換下粘滿血跡的衣服。雷丁頓等了好一會不見他出來，意識到有詐。打開皮箱，才發現是幾把機槍，裡面的骸骨早被湯姆調了包。湯姆跑到了車站，拿出鑑定報告仔細觀看，終於明白了整件事情的來龍去脈。他立刻打電話給伊莉莎白，要伊莉莎白儘快回家，再三強調不要告訴任何人。一直聯繫不上湯姆的伊莉莎白已追查到了湯姆被綁架的汽車旅館，順著線索找到了彼得的屍體和被粉碎的莉娜。當她接到湯姆的電話時，心情激動不已。雖然不知道湯姆為何如此緊張，但她還是聽從湯姆的要求，沒有和同在現場調查的萊斯勒說一聲就悄然離開，並關閉手機和定位系統。發現湯姆逃走的雷丁頓打電話給伊莉莎白卻無法接通，隨即聯繫了阿蘭姆。阿蘭姆也找不到伊莉莎白，不過他調閱了伊莉莎白的通話紀錄，發現十幾分鐘前，曾與車站的一部公用電話通過話。在車站衛生間換好衣物的湯姆正欲離開，車站廣播突然呼叫他的名字，讓湯姆接聽大廳里的紅色免費電話。湯姆拎起電話，果然傳來雷丁頓的聲音。雷丁頓一再警告他切勿執迷不悟，招惹不必要的麻煩。但湯姆不會理會他的警告，一定要讓伊莉莎白知道真相。雷丁頓的判斷沒有錯，湯姆剛回到家就被等候已久的伊恩抓個正著。當伊莉莎白走進家門時，看到湯姆被反綁在椅子上。她不顧一切的撲上去，被伊恩的手下推到在地，後腦重重撞在地板上。在模模糊糊中，她依稀看到伊恩連捅湯姆腹部幾刀逼迫他聯繫雷丁頓。要求未得到滿足後，伊恩下令殺人滅口，隨後帶著裝有骸骨的袋子離開。幾個人留下來準備依命行事，湯姆拼盡最後的力氣想要保護伊莉莎白，卻力不從心。門被人猛地踹開，雷丁頓和鄧比衝進來，連開數槍擊斃伊恩的手下。此時呼叫救護車已來不及，雷丁頓和鄧比把伊莉莎白、湯姆抱上車，急急開往醫院。一路上，伊莉莎白和湯姆相互提醒著對方不要睡過去，可聲音越來越輕。庫珀、阿蘭姆、萊斯勒和納瓦比先後趕到了醫院，雷丁頓卻坐在車上。他不敢進手術室，害怕面對可能會出現的情況。伊莉莎白隱約聽到有人在身邊讀著聖經。她睜開眼，發現自己躺在豪華病房，喉嚨里插著食管和呼吸器。這些維持生命的設備讓她無法開口，她虛弱的抬起手碰了一下床邊雷丁頓的胳膊。雷丁頓抬起頭，驚喜的看著甦醒過來的伊莉莎白。伊莉莎白已昏迷了十個月，雷丁頓就這樣一直陪伴在她的身邊。而她將要接受一個不幸的現實，湯姆失血過多，未能挺過手術。
第五季第9集經歷了十個月的昏迷和更長時間的康復，伊莉莎白終於能行動自如，但心裡的創傷卻無法彌補。湯姆的去世讓伊莉莎白心灰意冷，只想找個地方遠離那些罪惡。她辭去了聯調局的工作，收拾好行李準備遠行。臨行前她拜託雷丁頓兩件事，一是繼續協助行動小組抓捕黑名單上的人物，不要因為她的退出而拒絕配合；二是不要試圖尋找和幫助她。雷丁頓答應了，但他也要求伊莉莎白不能沉淪在復仇的仇恨中無法自拔，過去的事就讓它過去。伊莉莎白最不放心的是艾格尼斯，女兒還小，不可能跟隨她漂泊不定。把艾格尼斯交給湯姆的母親斯科蒂撫養，即能讓伊莉莎白放心離開，也能告慰湯姆的在天之靈。安排好這些後，伊莉莎白來到阿拉斯加。在這裡，小鎮上的人只知道她叫格蕾絲，偶爾會來鎮上購買些生活用品，大部分時間都是呆在山上的小木屋。伊莉莎白看得出護林員科林對她有意，時常會來小屋幫她做些事。但伊莉莎白刻意保持著距離，她手上還戴著結婚戒指，山上埋葬著湯姆的骨灰。每當悲傷無助時，她都會到湯姆的墓前，說說心裡話。樹欲靜而風不止，本想遠離是非的伊莉莎白，卻沒想到麻煩會自己找上門來。今年冬天來得特別早，鎮上發布了暴雪警報，獨住在山上的伊莉莎白準備了應急物質。就在這么寒冷的天氣里，居然有人倒在了門口。伊莉莎白急忙將這名失去意識的男子拖進了屋，安置在沙發上。檢查後發現，男子肋下有道深可見骨的傷口。簡單縫合包紮後，伊莉莎白還是能從他的呼吸中聞到血腥味。這說明還有內出血，如果不儘快送醫，只怕他堅持不了多久。倉庫里的舊無線電接收不到信號，溫度太低連汽車都發動不了。把受傷男子抱到床上安頓好後，伊莉莎白冒著刺骨的寒風徒步走向護林站，尋求幫助。科林並不在站里，伊莉莎白只好留下張字條，希望他儘早趕來。再次冒著風雪回到木屋，還沒進門伊莉莎白就感覺不對勁。她輕手輕腳進屋，發現四個男人正圍在床前盯著在床上昏睡的傷者。四人中為首的叫比利，聲稱床上的傷者叫麥克，他們五人包機到附近湖泊捕魚，不想遭遇暴風雪墜機。駕駛員當場死亡，麥克先行離開尋找救援，他們是久候不見麥克返回，才一路尋到這裡。身為前聯調局側寫員的伊莉莎白立刻便發現比利話語中的疑點，發生墜機這四人卻毫髮無傷，墜機點在附近卻沒聽到有聲響。而且比利旁敲側擊的打聽伊莉莎白的情況，更讓人起疑。疑心歸疑心，伊莉莎白並沒有做過多的防範，只希望能想辦法把麥克送到鎮上的醫院。比利雖然有台步話機，但只能近距離使用，聯繫不到鎮上的電台。這四人倒也不客氣，比利喜歡嚼冰，把冰櫃里的冰塊放在杯子裡，沒事就倒進嘴裡嚼上一塊。另一個傢伙似乎對花生醬情有獨鍾，吃了大半瓶還意猶未盡。這時科林趕到了小屋，周邊路況很糟，基本被暴風雪封閉。伊莉莎白提出前往飛機墜落地點，飛機上的黑閘子能把救援人員帶到這裡。比利以照顧麥克為由阻止伊莉莎白外出，伊莉莎白只能看著另一人與科比一起出門前往尋找黑閘子。提醒科林留意後，伊莉莎白進了臥室，發現麥克已經甦醒。他掙扎著，斷斷續續告訴伊莉莎白那四人並非朋友，而是罪惡滔天的黑幫卡盧奇家族。麥克是污點證人，接受政府的證人保護計畫。卡盧奇家族不知從什麼途徑找到了他，比利等人奉命將他活著帶回去見老大。風雪中發生車禍，麥克趁機跳出後備箱逃到了這裡。伊莉莎白這下知道了那些人的來歷，便暗暗著手防範。顯然比利需要麥克活著，還需要伊莉莎白照顧麥克，所以暫時不會有什麼舉動。沒過多久，陪同科林外出的人回來了，科比卻沒有蹤影。聽到科林坐上騎警的三輪摩托前往鎮上求援，伊莉莎白沒有表現出懷疑的神色。她趁沒人注意關閉了電閘，然後借著修理屋外發電機的空檔跑到倉庫，再次嘗試用無線電與外界聯絡。可她發現無線電已被人破壞，旁邊還傳來“滴滴”聲。循著聲音過去，赫然看到科林的屍體，是他佩戴在腰間的步話機發出的警報聲。伊莉莎白憤怒了，她拿起步話機向屋內的比利喊話。比利見被識破並不驚慌，在這冰天雪地的地方，一個女人能拿四個大男人如何。突然，比利覺得喉嚨刺痛，忍不住的咳嗽。每咳嗽一聲，鮮血就會隨著從口中噴出來。而另一個人也口吐白沫，莫名倒地身亡。原來是伊莉莎白在冰塊里加了玻璃渣，在花生醬里放了老鼠藥。比利惱羞成怒，指揮另兩人包圍倉庫。可伊莉莎白根本不在倉庫，反而趁他們離開時救走了麥克。
第五季第10集伊莉莎白回到曾讓她幸福又給她帶來痛苦的家。地上乾涸的血跡猶存，她仔細回想著自己昏迷前看到的場景，記得殺害湯姆的兇手使用的是一把大馬士革匕首。警方已對此案做了詳細的調查，但伊莉莎白憑藉著職業敏感，認為調查有誤，兇手並非是那個叫納瓦羅的傢伙。雷丁頓坐在舒適的沙發上，又找到了有錢人的感覺，還聘請了高級廚師帕里斯成為他豪宅中的廚子。聽完伊莉莎白的調查結果，他只能給出不多的線索。在伊莉莎白家被他和鄧比槍殺的幾個人都是納什販毒集團的人，集團里的其他人對此事守口如瓶，也許是的確不知道，更有可能是某個位高權重的人讓他們閉嘴。正說著，納瓦比跟在鄧比身後走了進來。納瓦比是接到雷丁頓的通知而來，伊莉莎白不想再參與到行動小組的工作中，立刻起身告辭。納瓦比從她那堅毅的眼神看得出來，伊莉莎白不可能再回行動小組，不找到殺害湯姆的兇手，她絕不會善罷甘休。伊莉莎白走後，雷丁頓跟納瓦比說起最近在加拿大多倫多夜店發生的恐怖攻擊事件，神經毒氣殺死了數十人。策劃者已被捕，美國財政部宣布將凍結資助此次襲擊的銀行賬戶。而就在申請凍結程式時，一個化名為“線人”的人通過參議院情報委員會的加密電腦訪問了這些將被凍結的賬戶清單。雷丁頓認為線人計畫在凍結生效前向賬戶持有人透露這個訊息，以換取好處費。行動小組就此展開調查，線人使用科林根議員的身份登入了伺服器，而議員當時正在參加一場晚宴。議員辦公室有十幾名工作人員，排查下來助理霍華德·畢曉普的嫌疑最大。在對畢曉普進行跟蹤時，畢曉普意外的出現在警局，為一樁車禍提供目擊證詞，車禍發生的時間恰恰是伺服器被訪問的時間。在行動小組審訊室，畢曉普承認自己沒有第一時間自首是因為當時和一名有夫之婦在一起，與他有姦情的女人是法官索尼婭·費舍。費舍法官被傳喚到行動小組後，也承認了這段婚外情。事情到此似乎能證明畢曉普是無辜的，但庫珀並不相信他。在沒有證據的情況下，庫珀只能求助於雷丁頓，請他查出銀行賬戶持有人的真實身份。雷丁頓拿回了屬於他的上億資產，自然也就能在銀行界裡呼風喚雨。專為不法資金提供避風港的赫爾曼推薦了技術高超的黑客艾薩克森女士，這個酷愛紋身的無政府主義者入侵銀行系統被金融管理局採取了電子監管措施。艾薩克森對錢不屑一顧，雷丁頓看著她幾乎布滿全身的紋身，還有她腳上的定位器，心裡想到了一個價碼。日本北海道的削吉山大師是紋身界的教主，只要艾薩克森能提供有用的信息，雷丁頓就能安排削吉山來美國親自為艾薩克森設計紋身。有了賬戶持有人的身份，行動小組就能查到欲圖從線人手中購買制裁名單的買家。庫珀下令兵分兩路追蹤畢曉普和買家，務必在他們交易時人贓並獲。可行動中，正在跟蹤畢曉普的萊斯勒接到了亨利的電話，亨利要求萊斯勒帶領團隊離開，不得干涉情報交易。萊斯勒受夠了亨利休止的勒索，經過激烈的思想鬥爭他還是決定當場逮捕畢曉普和買家。被正式逮捕的畢曉普承認是亨利的客戶之一，那名承認有婚外情的費舍法官也同樣是受亨利脅迫才為畢曉普遮掩。深入調查發現，畢曉普和費舍所說的車禍其實就是一場謀殺，受害人叫賈斯敏·佩雷斯，警局內務調查員，針對警方多次工作失誤進行調查。在賈斯敏家中的電腦里，萊斯勒、納瓦比找到了黑警的錄音錄像證據，正是因為這些賈斯敏才會被滅口。雷丁頓私下聯繫萊斯勒，他知道了亨利的事，卻無法查到亨利目前使用的身份。為了得到更多的線索，萊斯勒和雷丁頓一起來到了法官費舍的家，只要她說出與亨利之間達成的協定，就能找到亨利。可亨利掌握的是費舍兒子的罪證，那是費舍法官的軟肋，她寧可跳樓自盡，也絕不能讓兒子坐牢。當初“丟失”費舍兒子涉嫌強姦證據的律師名叫米切爾·哈利，因證據缺失，指控才未能進行。萊斯勒和雷丁頓追查米切爾·哈利得知正是亨利的另一個身份，在“清道夫”行業里他叫亨利，回到普通人生活他就是律師米切爾·哈利。在一個國內常見的社區里，萊斯勒和雷丁頓找到了和妻子、兒子在社區公園享受幸福家庭聚會的亨利。亨利的偽裝在妻兒面前被撕下，被萊斯勒逮捕時，他發誓要讓萊斯勒陪葬。亨利被捕意味著自己也會坐牢，萊斯勒寫下認罪書交到副局長庫珀手中。庫珀從這幾天萊斯勒魂不守舍的狀態就能猜出幾分，不過他有個最新訊息要告訴萊斯勒，押送亨利的警車發生側翻，司機幸運逃離，亨利被活活燒死在車內。這場蹊蹺車禍的幕後黑手必定是雷丁頓，這一點大家心知肚明。庫珀收下了萊斯勒的認罪書，但他不打算向上遞交。在與雷丁頓合作的這些年裡，庫珀自己也做過不少違反法律的事。他把自己的認罪書交給了萊斯勒，今後大家繼續在行動小組努力工作，等行動小組的使命終結時，再通過合適渠道公布對方的過失。
第五季第11集庫珀副局長沒想到有朝一日會接到雷丁頓的報警，想想就不由得笑出聲來。今天早些時候，雷丁頓的車被一輛廂式貨車撞擊側翻，主使者搶走了一枚一美分的硬幣，正是雷丁頓使詐從格雷森·布萊斯手裡偷來的硬幣（詳見第2集）。為了得到行動小組的協助，雷丁頓直到此時才說出這枚硬幣背後的秘密，價值數億於上世紀三十年代發行的聯邦儲備券。官方從未正式承認過該批儲備券的存在，但持有人的確可以無條件向美國政府要求償付。硬幣就是得到這批儲備券的藏寶圖，只是不只一枚，一共有四枚。這四枚硬幣與其他一美分硬幣的不同點在於，它們的材質是青銅，而非黃銅。收藏家認為是鑄造時的失誤，其實只有鑄造者才知道其中的秘密。阿蘭姆進行了調查，與硬幣有關的案件已發生三起，並有人員死亡。也就是說不論主使者是什麼人，都已經擁有了三杖硬幣，還差最後一杖他就能得到巨額寶藏。阿蘭姆從拍賣記錄上發現四枚硬幣於1943年鑄造後消失了30年，1975年在市場上出現，缺少的那枚硬幣最後一次交易是在1984年。購買硬幣的人兩年前去世，臨終前將自己的收藏品贈送給了當地大學，目前硬幣被租借給當地博物館展出。萊斯勒和納瓦比立刻前往博物館，剛進大門就聽負責人說有兩名保險公司人員正在對硬幣真偽進行鑑別。此時此刻對硬幣進行鑑定必有蹊蹺，還沒等萊斯勒衝進負責人辦公室，大樓里就響起刺耳的火警鈴聲，兩名保險公司人員也隨著人流從安全出口逃離。行動小組即沒有抓住罪犯，也沒有拿到硬幣。因為警方接到匿名舉報，有人策劃盜取硬幣。所以硬幣被送到警局的證物室保管，沒有法官許可不得取出。庫珀不可能非法進入證物室，雷丁頓想到了伊莉莎白。讓伊莉莎白從事違法行動是雷丁頓一直不希望發生的事，可事急從權，只能如此。伊莉莎白沒有絲毫猶豫就答應幫助自己的父親進入證物室，但她現在沒有警徽，要另闢蹊徑。雷丁頓用一張支票請出了車管所的格倫，這個侏儒演技一流，在警局上演突發心臟病的戲碼沒有引起任何懷疑。伊莉莎白趁亂偷入證物室，拿到了雷丁頓急需的硬幣。在行動小組查出冒充保險公司專家的人叫亞伯拉罕·斯特恩時，雷丁頓已經面對面站在此人面前。亞伯拉罕是商業銀行信貸員，利用手中審批貸款的職權唆使他人犯罪。襲擊雷丁頓的貨車車主以及保險公司人員都是他的客戶，事成後他就會給出相應的貸款展期或其他優惠條件。雷丁頓知道是亞伯拉罕的父親鑄造了這四杖硬幣，並將寶藏的秘密藏於其中，但也只知道這么多。既然雷丁頓手裡有一杖硬幣，亞伯拉罕在專家破解硬幣之謎時，索性將硬幣的來龍去脈說了出來。亞伯拉罕的父親在丹佛鑄造廠工作，從學徒做到了設計師。但在聯邦儲備券丟失後，受到懷疑。因沒有確實的證據，檢方未提出指控，他卻仍被降級為鍋爐房的維護工。到了1943年，他被解僱，離職前鑄成了這四杖硬幣。亞伯拉罕父親的餘生都生活在該案的陰影中，臨死前將四杖硬幣交給了亞伯拉罕。他的確偷了那批儲備券並藏匿了起來，卻一直沒有拿出來使用。把硬幣交給亞伯拉罕或許只是希望兒子能走上正途，哪知少不更事的亞伯拉罕卻用它們換了酒。等他明白硬幣的作用，為時已晚，硬幣已被拍賣。過去四十年里，亞伯拉罕不斷的追尋，如今四杖硬幣終於集齊。正說著，專家破譯了硬幣中的密碼。四枚硬幣上的林肯頭像紋路中隱藏了地圖，拼在一起就是洛基山脈的一部分，所指地點正是丹佛鑄幣廠。而硬幣周圈缺失的字母，組合在一起就是“鍋爐房”。看來失蹤的儲備券一直就在鑄幣廠的鍋爐房中，只是這些年鑄幣廠進行了改造。鍋爐房廢棄不用，被一堵十多英寸的水泥牆封閉，外面成了舊幣回收室。如何進入鍋爐房，成了最大的問題。雷丁頓自有辦法。他調出八百萬美元的資金，再找輛押送車。只要亞伯拉罕在銀行動動手腳，就能以運送舊幣進入鑄幣廠。到時只要控制舊幣室的工作人員，再配上篡改監控設備和切割牆體的合金電鋸，價值數億的儲備券就唾手可得。掌管財政大權的霍金斯對此表示出疑議，誰也無法保證亞伯拉罕事後會心甘情願的平分這筆財富。亞伯拉罕的賭咒發誓讓雷丁頓同意繼續行動。二人親自開車進入鑄幣廠，雷丁頓卻在正式行動前被亞伯拉罕關在了押送車裡。霍金斯的懷疑沒有錯，可雷丁頓早有防備。打開車廂里的小機關，雷丁頓從押送車裡出來，馬上招呼喬裝成警察的自己人到鑄幣廠一側集合。霍金斯運來了一批高壓氣泵和粗大的軟管，連線好後一頭塞進鑄幣廠的通風管。雷丁頓估摸著亞伯拉罕應當已經切開牆體，找到了鍋爐房中藏匿的儲備券。他一聲令下，氣泵隆隆作聲，一股氣流噴射而出。正忙著往包里塞儲備券的亞伯拉罕這會傻了眼，只見儲備券被氣流吸進了通風口，沒過一會就少了大半。而亞伯拉罕還不知道，雷丁頓把他的行蹤報告給了庫珀，聯調局武裝人員業已抵達鑄幣廠，來個瓮中捉鱉。
第五季第12集雷丁頓為伊莉莎白找到一名能破解納瓦羅眼球晶片的專家，不過這位專家是和母親住在一起，而那位母親對雷丁頓很不友好。所以雷丁頓把母親工作地址給了伊莉莎白，自己跑去和行動小組合作，抓捕下一個黑名單人物“廚子”。雷丁頓所說的廚子是名危險的縱火犯，今天報紙頭條報導的夫妻死於失火的新聞正是他所為。廚子的高明之處就在於將謀殺隱藏在縱火案中，讓傷亡變成意外事故。雷丁頓沒有提供更多的內幕，但他推薦了一人，一名火災調查員兼縱火犯厄爾。用縱火犯調查縱火犯是最好的破案方法，條件是準許厄爾假釋。庫珀並不喜歡這樣的交易，但如果能抓到廚子，行動小組願意在法官面前美言幾句。一身囚服的厄爾在萊斯勒和納瓦比的押解下來到失火現場，剛走進廢墟他就看出廚子精心計算了著火點和助燃劑用量，就是為了讓受害者打開裡屋房門查看情況時產生回火。廚子就站在火場裡，看著火焰瞬間吞噬受害者，享受著某種滿足感。厄爾在火場唯一完整的牆面上聞到一股味道，用紫光燈照射，果然顯現出五芒星和一句銘文“自律不是信仰”。相同的作案方式，阿蘭姆在國家犯罪系統中又找到了四起。分別在不同城市的四起火災中，廚子已造成七人死亡，只有一起失手。倖存者是年青漂亮的急診醫生科瑞恩，庫珀安排納瓦比與科瑞恩接觸，萊斯勒則去調查廚子是否屬於某個邪教組織。從科瑞恩得到的訊息來看，她只認為是普通的縱火案，沒有想到自己是僥倖躲過一劫。而她能幸免於難也純屬巧合，當天從海外歸來的弟弟倒時差睡不著，兩人就深夜外出跑步，回來才發現房子起火。這也就是說，科瑞恩可能還處於危險之中。萊斯勒和納瓦比都沒得到有用的線索，留守的阿蘭姆卻有了發現。廚子縱火的地點在不同城市，像是在旅遊。而他不可能在每個城市都自帶交通工具，只有租車。在一起案件中，有目擊證人看到現場有輛紅色本田車。根據租車行提供的租客地址，萊斯勒和納瓦比立刻出動。可嫌疑人在屋中早布置好了防範措施，有人強行闖入就點燃導火索，一隻只燃燒餅從天花板落下，頃刻騰起大火。廚子趁亂逃走，萊斯勒和納瓦比好不容易脫險，只看到一個背影。厄爾被再次帶到火場，從灰燼中找到一張熱敏紙的殘片。這種紙最常用作收據，倒上乙醇，發黑的紙面上顯現出字跡，是廚子在五金店購買材料的收據。從五金店提供的監控上，庫珀詫異的看到，廚子竟然身著牧師的服飾。從他佩戴的胸針上，阿蘭姆查到是世傳教會標誌，聖殿設在阿靈頓附近。根據這條線索，萊斯勒和納瓦比從聖殿神父那得知，廚子的真實身份，是一年前違反禁慾誓言被除名的托馬斯。看到被燒得只剩骨骸的受害者照片，神父才說出托馬斯的秘密。托馬斯一直聲稱自己有幻覺，用地獄烈焰淨化了那些勾引聖徒的淫蕩女人。任何讓托馬斯產生慾念的女性都會有危險，阿蘭姆立刻通過國家交通系統查到托馬斯訂了張機票卻未登機。在機場酒吧，萊斯勒從吧檯服務生處得到情報，托馬斯和一名年青女性搭話，之後便尾隨其離開。阿蘭姆調出機場監控錄像，從人臉識別確認該女性為26歲的克萊爾。阿蘭姆打不通克萊爾的手機，萊斯勒和納瓦比立刻帶領當地警察和消防員前往克萊爾的住址。衝進屋時，萊斯勒看到克萊爾被綁在椅子上無法動彈。拿著一罐助燃劑的托馬斯見勢不妙，撒腿從後門逃跑，被納瓦比堵個正著。見無路可逃，托馬斯將助燃劑倒在自己身上，大聲詛咒著撒旦帶給世間的邪惡欲望引火自焚，終結了自己扭曲的人生。而雷丁頓向行動小組提供了破案線索後就接到了伊莉莎白的電話，伊莉莎白按雷丁頓所說的地址並沒有找到專家的母親，只好再次聯繫雷丁頓幫忙。雷丁頓領著她拐彎抹腳走到一處後院外，伊莉莎白這才看到專家的真面目，原來是個才十五歲的亞裔男孩塔達希。從柵欄的缺口鑽進來走到地下室，塔達希立刻在電腦前開始了破解工作。在塔達希忙著敲打鍵盤時，伊莉莎白對雷丁頓說出了心中的疑問。湯姆生前最後一個電話打給了伊莉莎白，電話里他稱自己找到了真相，可伊莉莎白卻沒有機會聽到他說出這個真相。從這段時間雷丁頓的反應來看，伊莉莎白確信雷丁頓知道湯姆所說的真相。雷丁頓思索了一會，明確告訴伊莉莎白，湯姆所調查的事情的確與他有關，而且他也警告過湯姆不要再插手，可湯姆置若罔聞終招殺身之禍。至於湯姆調查的是什麼，雷丁頓不會告訴任何人，甚至伊莉莎白也不行。正說著，忽聽塔達希大叫不好。晶片里還有定位系統，這個地方已經曝露。雷丁頓和伊莉莎白一聽，立刻拔出手槍防備。此時，聽到地下室有聲響的塔達希母親真理子下來看到拿著槍的雷丁頓勃然大怒。可雷丁頓已管不了許多，命令鄧比、伊莉莎白護送真理子和塔達希馬上從後院離開。他們前腳剛走，伊恩·加維和手下就闖了進來，只差分毫之間。
第五季第13集辛格爾頓警探確信是伊莉莎白殺了納瓦羅，還潛入證物室偷走了那塊沾了鮮血的抹布。但這些都只是推論，沒有確鑿證據，辛格爾頓警探對伊莉莎白也無可奈何。進行了必要的調查程式後，他不得不將湯姆的遺物歸還伊莉莎白。在湯姆的遺物里，伊莉莎白發現一把保險箱鑰匙。保險箱裡有本筆記，是湯姆正在調查的“夾竹桃”項目。伊莉莎白對此並不了解，從庫珀那才知道這是中情局多年前調查的一樁俄羅斯間諜案，該特工代號即為“夾竹桃”，被認為潛伏在美國多年。中情局的調查最終不了了之，伊莉莎白根據筆記上記載的地址找到了居住在偏遠郊外的多米尼克。多米尼克是個和善的老人，承認自己曾在蘇聯情報部分從事分析工作，冷戰後叛逃至美國申請到了政治庇護。讓伊莉莎白驚喜的是，多米尼克對卡特蓮娜非常熟悉，從他的口中可以得知母親很多事情。可多米尼克對雷丁頓卻閉口不談，似乎有著很深的怨恨。其實伊莉莎白還不知道，坐在她面前的人正是她的外公。第一次親眼看到自己的外孫女，多米尼克卻不敢相認。這會，雷丁頓正忙著自己的事。一大早電視裡播報一條新聞，在化工廠廢棄區發現多具屍體，雷丁頓認為兇手屬於一個叫“無形之手”的組織，該組織以自己的方式懲罰那些躲過法律制裁的罪人。納瓦比立刻返回行動小組進行調查，她剛走，郵差安東尼便溜了進來。安東尼替雷丁頓尋找房源非法租賃，已賺不少錢。可貪心不足，他居然偷了當地販毒集團的包裹。販毒集團頭目大威利找上門，安東尼為了保命就將矛頭指向另一個販毒團伙。但畢竟紙包不住火，安東尼這才跑來求雷丁頓幫忙。雷丁頓領著面如土色的安東尼，找到將製毒窩點隱藏在糖果廠後的大威利。雷丁頓講明事情的來龍去脈，願連本帶利賠償大威利的損失。可為時已晚，大威利已下毒手殺了對方團伙老大，招致兩派火併。幫大威利擺平此事後，雷丁頓提出了自己的要求，要追蹤納什集團。大威利聽到這話倒吸一口冷氣，納什集團勢力雄厚，都沒人記得他們最後一次被警方追查是什麼時候的事了。所以說，警方內部肯定有人在包庇納什集團，大威利可不敢惹這麻煩。行動小組正在調查的“無形之手”組織，其中有條線索也證實了大威利的猜測。在化學工廠廢棄區，警方一共挖掘出九具屍體。最早被埋在這裡的屍體已有兩年多時間，被土壤里的化學物質腐蝕成了枯骨。對這些屍體的身份進行調查確認後，發現他們大多與該化學工廠有關。當地化學工廠因污染嚴重，導致方圓十英里範圍被環保部門確定為不適宜居住區。居民曾發起訴訟，卻因現行法律漏洞，讓化學工廠只是關門賠償了事。此後，遷出去的居民相繼因癌症去世，已無人再為他們伸張正義。這個無人的廢棄區只有一台環保部門的監控探頭，每天僅拍攝一張照片，用於對比土質地形的變化。調取這些照片，阿蘭姆不指望能找到可疑車輛，但他在照片中意外看到有人未穿防護服穿行在污染嚴重的土地上。查閱當年的起訴卷宗，阿蘭姆發現被法院查封，而當年涉及此案的法官、律師就在那九具屍體之中。十五年前有原告史蒂芬試圖重啟此案，被法院拒絕。調出該原告照片，正是那名走進廢棄區的人。萊斯勒和納瓦比帶領武裝人員進入廢棄區，在一幢冒著炊煙的房子裡發現有人居住的痕跡。里房擺放著一套製作精良的追蹤設備，阿蘭姆從其定位的位置查出是居住在酒店的安娜女士。安娜曾是化工廠關閉前的CEO，她一定就是“無形之手”的下一個目標。萊斯勒和納瓦比帶人迅速趕往酒店，正碰見酒店後門的可疑車輛。一番槍戰後，五名嫌犯人，一名被擊斃，一名被擊傷，一名被活捉，另一名受傷嫌疑人和史蒂芬將安娜丟進廂式貨車逃離現場。通過審問，萊斯勒和納瓦比才知道，“無形之手”是由五名從小便是朋友的人組成。他們的童年生活在化工廠附近，後因污染被迫遷離流落各地。兩年前，童年好友患骨癌去世。在葬禮上五人重逢，開始向罪魁禍首復仇。作案動機找到了，可廢棄區有24平方公裡面積，全面搜尋不可能及時救出安娜。在行動小組施壓下，被捕嫌疑人交代了史蒂芬會活埋安娜的地點。萊斯勒和納瓦比及時抓到史蒂芬，解救出被埋在廢棄區中心的安娜。案子是破了，雷丁頓的興趣並不在兇手身上，而是他的那套追蹤設備。納瓦羅玻璃眼裡的晶片，接收晶片數據的伺服器以及這套追蹤設備都是出自一人之手，“玩具製造者”。這次終於能知道玩具製造者叫克利夫蘭·班迪考特。當雷丁頓和伊莉莎白找到他時，他正沉浸在製造小玩意的樂趣之中。當然，克利夫蘭醉心於這些電子器件，並不知道要求製作玻璃眼的人叫什麼名字。他是按要求製作了整套的偵查與反偵察設備，可見那人非常熟悉這些，很可能是個警察。大威利和克利夫蘭都提到了警察，這絕不會是巧合。如果真有警察參與其中，必定是個有組織的團伙。伊莉莎白意識到自己不能再單槍匹馬行事，她從庫珀手中接過警徽，再次加入行動小組。只有在行動小組的支援下，她才能找到湯姆的死因。
第五季第14集伊莉莎白現在被兩件事困擾。一是家中的監控發現負責調查湯姆被害案的辛格爾頓警探趁無人時，私闖伊莉莎白的家，伊莉莎白不得不懷疑辛格爾頓警探與殺害湯姆的黑警有關聯。二就是復職必須通過心理醫生的審查，但心理醫生對伊莉莎白與雷丁頓之間的關係頗有微詞，對伊莉莎白恢復探員身份非常不利。雷丁頓相信伊莉莎白能自己解決這些問題，所以他的首要任務還是與行動小組合作，尋找下一個黑名單人物。雷丁頓提供給納瓦比的案件有些特殊，在這些年裡，有些本可以定罪的案件，卻因目擊證人的證詞而被推翻。目擊證人都堅稱看到嫌疑人出現在其他地點，有不在場證明。而且警方也調查不出目擊證人有收受錢財做偽證的證據，嫌疑人也就因此脫罪。雷丁頓認為是有一名江湖人稱“不在場製造者”的神秘人物，製造了所有的不在場證明，幫助委託人逃脫法律制裁。類似的案件，納瓦比從犯罪資料庫中共找到了四起。行動小組最初懷疑是“不在場製造者”干擾或賄賂目擊證人，或者雇兇殺人。但調查證明，目擊證人與嫌疑人之間沒有任何關係，也沒有異常的財物進出。而且“不在場製造者”只提供完美的不在場證明，不提供殺手。這就讓萊斯勒和納瓦比一時陷入了調查的死胡同。在對一名目擊證人調查時，萊斯勒得知嫌疑人曾在旁邊的取款機提取現金購買的彩票。阿蘭姆立刻調取取款機上的監控錄像，雖然嫌疑人當時戴著墨鏡和滑雪帽，可面部識別還是確認此人是嫌疑人。如果嫌疑人在案發時間取款購買彩票，那的確能證明其無罪。阿蘭姆發現，面部識別軟體只做出了81%的相似結論。考慮到面部識別的誤差率，這在可接受的範圍之內。可不甘心的阿蘭姆還是人工進行了面部匹配，察覺血管紋路、眼距和嘴唇高點均有細微差別。阿蘭姆的結論是，“不在場製造者”很可能是為嫌疑人製作了高度相似的替身。將照片上傳到犯罪資料庫後，很快就匹配出監控里取款的人叫克希爾·舒拉，一名流浪漢。上月因聚眾吸毒被捕後，就下落不明。庫珀在向全國警察系統發布協查通告同時，還找來了雷丁頓。他希望雷丁頓能利用地下關係網找到替身，順便提醒雷丁頓不要再幫伊莉莎白用非法手段調查湯姆的死因。雷丁頓通過資助收容中心，擁有大批忠心的地下工作者。找人對他來說並不困難，可他頭痛的是，要去面對固執的心理醫生，而且他都不知道自己與伊莉莎白復職之間有什麼必然的因果關係。當然，既然伊莉莎白提出來了，雷丁頓也不會拒絕見面。他想對心理醫生說的是，如果討厭雷丁頓的為人，為什麼不給伊莉莎白一個機會，讓伊莉莎白回到正常的道路上去呢？收容中心有了訊息，有人看到克希爾與一個人交談後，上了一輛價值不菲的豪車。從雷丁頓提供的照片裡，一個叫羅利·辛克萊三世的人被認出就是與克希爾接觸的人。雷丁頓和鄧比衝進了羅利的藏身處，並沒有找到羅利。他們看到滿屋子的人面解剖圖和整容儀器，貨架上還擺放著幾十個石膏面部模型，一定是羅利此前委託人的相貌。從屋裡的儀器設備和資料，雷丁頓明白了羅利是如何製造完美的不在場證明。嫌疑人在作案前幾個月，就會按照羅利的指示每天做一些特定的行為，比如跑步、購買物品等。待周圍的人對嫌疑人形成了固定印象後，羅利就會找到身形相貌與嫌疑人相似的替身，進行必要的整容。在作案當天，替身就會代替嫌疑人完成那些特定行為，讓目擊證人產生錯誤印象。同時嫌疑人就可以為所欲為，又不用承擔任何法律後果。事成後，羅利並不會支付替身高額酬金，而是殺人滅口以絕後患。桌上有一幅剛製作好的人面模型，必定是羅利正在進行的委託項目。雷丁頓拿走了所有資料，然後向行動小組通報了訊息。行動小助可以通過桌上的人面模型找到對應的嫌疑犯，阻止即將發生的罪案。雷丁頓拿著資料，找到了正打算除掉替身的羅利。羅利是名嚴重的強迫症患者，對細節的要求近乎苛刻，這也正是雷丁頓所需要的。因此雷丁頓沒有將羅利交給行動小組，而是將被害的替身名單交給了庫珀。按美國法律，一罪不得二審。那些脫罪的嫌疑人不會再因相同的罪名接受審判。可庫珀手裡的名單，則可以讓他們以謀殺從犯受審，接受遲來的懲罰。案子得到了解決，伊莉莎白的心理測試結論還是沒有眉目。伊莉莎白在家裡將再次私自闖入的辛格爾頓警探抓個正著，讓她意外的是辛格爾頓警探同樣在監視伊莉莎白，知道伊莉莎白與全國最大通緝犯雷丁頓有來往。辛格爾頓警探懷疑伊莉莎白為雷丁頓做事，暗中接管納什販毒集團，所以才會殺害納瓦羅並從警局偷走不利的證物。伊莉莎白這才明白辛格爾頓警探不是她所認為的黑警，只是不明內情產生了錯誤的判斷。在徵得庫珀同意後，伊莉莎白領著辛格爾頓警探來到行動小組，由納瓦比詳細解釋雷丁頓所從事的線人工作。辛格爾頓警探解開了心中的謎團，願意協助伊莉莎白找到殺害湯姆的黑警。
第五季第15集伊莉莎白獲準恢復部分工作職責。在她上班的當天，辛格爾頓警探就跑來投訴。雷丁頓居然大半夜出現在他的家裡，還威脅他不得說出任何秘密。庫珀很清楚雷丁頓的行事風格，只要辛格爾頓警探替伊莉莎白找出殺害湯姆的兇手，不去干涉雷丁頓的事，就會安然無恙。這次雷丁頓提供了一條線索。一名南非黑市商人曾向他打聽某傳染病原體，被雷丁頓一口回絕。可今天紐約市一家餐廳出現病毒爆發，傳染性極強且殺傷力巨大，這讓雷丁頓不得不懷疑有人試圖恐襲紐約。從餐廳監控中發現有名女子在疾控人員趕到前就離開了餐廳，還時不時使用哮喘噴霧。此人有重大嫌疑，噴霧器中可能就是解藥。就在行動小組想通過面部識別查找嫌疑人身份時，收治被感染者的醫院電梯間發現一個噴發出煙霧的公文箱，監控拍到正是嫌疑人所放置。疾控中心如臨大敵，隔離電梯間進行消毒措施。出人意料的是，經檢驗噴發出的煙霧並非此前的致病病毒，而是解藥。嫌疑人先投毒再投放解藥的行為讓行動小組一時不明白其動機。阿蘭姆查到該女子名叫派翠西，是前美國陸軍傳染病研究中心的生物學家，軍銜至上尉。她嫁給了海軍上校丹尼斯，海豹突擊隊成員。簡歷一向清白的丹尼斯於去年三月在敘利亞執行任務時，被另一名海豹突擊隊成員抓到試圖偷走裝有沒收鴉片的卡車，被當場擊斃。軍事法庭判決事出自衛，沒有對涉事人員任何處分。派翠西也因此被迫辭職，下落不明。此時疾控中心發現異常，在上傳派翠西投放的病毒DNA樣本後，伺服器隨即產生宕機。只有熟知程式的阿蘭姆知道，派翠西不止培養了新病毒，還在病毒DNA中加入了特殊片斷。這些片斷被分析並上傳至伺服器時，轉化成了用“0”和“1”組成的電腦病毒。行動小組最初的想法是派翠西想得到更多的病毒，用於報復襲擊。但阿蘭姆穿著防護服進入疾控中心服務機房，進行全面分析才發現，派翠西是要通過疾控中心伺服器跳轉進入國防部主機，搜尋一份人類DNA樣本。海豹突擊隊成員的身份對外都是保密的，派翠西如此大費周章必定是為了尋找殺害她丈夫的兇手。從軍方得到訊息，派翠西要找的是退役海豹突擊隊員凱勒，正是他擊斃了丹尼斯。當萊斯勒和納瓦比帶人趕到凱勒家時，裡面空無一人，地板上丟棄著一隻已損壞的哮喘噴霧器。從鄰居那得知，凱勒拿著手槍，逼迫一名女性一同開車離開。看來派翠西雖然找到並讓凱勒染上了病毒，卻沒能完全控制住局勢。萊斯勒和納瓦比立刻發布協查令，尋找並攔截凱勒的車輛。凱勒很快被發現，並攔截至人員流動稀少的大橋下。見到聯調局探員，身上已出現紅疹的凱勒丟下槍，走出車子要求得到救治。同樣長出紅疹的派翠西也走下了車，她已不懼生死，從丈夫的遺物上提取到兇手的血液樣本，只想為丈夫正名。醫院已成功複製了派翠西的解藥，但萊斯勒從派翠西的話中聽出其中有內情。為了活命，凱勒終於承認夥同他人偷盜鴉片，被丹尼斯發現後殺人滅口的事實。丹尼斯得到了應有的國葬待遇，派翠西雙手戴著手銬，含淚接過折成三角形的美國國旗。行動小組在破解雷丁頓提供的案件同時，替伊莉莎白找出兇手，也是他們的重中之重。伊莉莎白和辛格爾頓警探已確信有警察參與其中，他們想出個方法，利用已死的納瓦羅。辛格爾頓警探散布訊息，“失蹤”的納瓦羅已與聯調局達成協定，要在某時某地提供證詞。隨後辛格爾頓警探和伊莉莎白在該地點布下信號攔截設備，只等有人上鉤。到了那天，果然有人出現。從攔截到的手機信號可以聽到，他正在與某人聯繫，尋找納瓦羅的蹤跡。阿蘭姆很容易就查到此人是名殺手，而他撥打的電話是部一次性電話，所處的方位正是辛格爾頓警探所在的警局。急於查清真相的辛格爾頓警探讓伊莉莎白撥打那部電話，他在辦公室之間尋找。可自那之後，辛格爾頓警探就失去了聯繫。直到次日，有人在小巷中找到他的屍體。現場看起來像是遭遇搶劫，伊莉莎白卻很清楚並非如此。正沮喪無助中，伊莉莎白猛然聽到一個聲音，是辛格爾頓警探所在警局的探長伊恩·加維正在要求警員全力破案。伊莉莎白一眼就認出這個禿頭矮胖子，正是手持大馬士革匕首，殺害湯姆的兇手。
第五季第16集在辛格爾頓警探的葬禮上，伊恩·加維居然還是抬棺人，這簡直就像是個諷刺。所幸已找到目擊證人，要指認出伊恩殺害辛格爾頓警探只是時間問題。但考慮到伊莉莎白與此案的關係，庫珀決定讓她暫時迴避。因伊恩屬於美國法警，管轄權歸內務部法警辦公室，聯調局的行動受到限制。雷丁頓對此事的態度很明確，伊恩為納什集團提供庇護，雷丁頓會找些人，不擇手段的撬開他們的嘴，得到所需要的情報。對辛格爾頓警探的調查工作，由庫珀和雷丁頓配合，在黑白兩道同時進行。伊莉莎白對此不滿，卻又無可奈何。恰在此時，賓州的同行側寫師格雷福斯與伊莉莎白取得了聯繫，當年的摩羯宮殺手再現。早在2010年，摩羯宮殺手的第一名受害者出現。死者被勒死，口中插有手工製成的寶劍，被擺放成奇怪的姿勢，丟棄在偏遠的樹林，身邊還擺有羊的頭骨，因此得名。此後的四年里，共有七名受害者。當時，伊莉莎白與其他側寫師都對罪犯進行了側寫。伊莉莎白與其他人有所不同，其他側寫師認為以這樣的殺人速度，摩羯宮殺手很快就會永遠停手，只有伊莉莎白認為兇手只是暫時蟄伏。伊莉莎白和萊斯勒、納瓦比來到現場。儘管現場的布置與以前的案件很像，伊莉莎白卻一眼看出破綻，插在死者口中的劍並非手工製作。不知為何，看著眼前的屍體，伊莉莎白沒有感覺恐怖，反而覺得內心中的黑暗可以讓她做出同樣的事，想像著把殺害湯姆的兇手以同樣的方式扼死在樹林中。像這樣的情緒，伊莉莎白沒有對負責評測的心理醫生富爾頓隱瞞。作為聯調局的心理評測師，富爾頓醫生能調出受測人員所經歷的各種案件，除了這起摩羯宮殺手案之外，富爾頓醫生還知道伊莉莎白接手的第一起懸案是睡魔殺手，一個在夜晚綁架兒童的連環殺手。這些懸而未決的案件，逍遙法外的兇手，對伊莉莎白在生活、工作都產生了影響，自然也會在內心中想像如何用法律之外的手段伸張正義。然而隨著調查工作的深入，伊莉莎白發覺有些不對勁。在被害者家的後院車庫裡，有座小型鍛造坊，工作檯上還擺放著多把手工製作的寶劍。車庫後上鎖的小房間裡，更是找到了摩羯宮殺手案中七名受害者的神龕。最新的受害者就是摩羯宮殺手，可相關案件的細節，警方從未對外公布。殺手要想得知並進行效仿就只有一種途徑，其本人就在警察系統工作。行動小組查到，那把非手工製作的寶劍是從網上匿名購買，賣家只能提供交貨地址。萊斯勒和納瓦比立刻前往，發現是間臨街的小庫房。衝進去時，只見庫房中央有座手術台，一名男子被綁在台上，手腳被肢解，死於非命。後門有黑影一閃，萊斯勒追了上去，但還是被兇手逃走。對死者調查後，伊莉莎白發現又是一名聯調局未破案件的兇手。其也是肢解多名受害者，至今未歸案。看來目前要抓捕的人，不僅能得到機密的內部資料，還有能力找到嫌疑人，並以其人之道還治彼身，用暴力張顯正義。伊莉莎白心中疑竇叢生，很可能是心理出現轉變的同行所為。伊莉莎白甚至都不否認，自己也想這么做，只是最後的一點職業道德底線在拘束著她。要想知道最近這些年，有哪些側寫師出現問題，最快捷的方法就是找富爾頓醫生，她那裡有聯調局所有人的心理治療紀錄。直接向富爾頓醫生索要，是不可能達到目的的。只有找雷丁頓，用非法手段取得醫療紀錄。從一疊記錄里，伊莉莎白很快就找到了重大嫌疑人，安東尼·霍利斯，因違抗命令而被認為不再適合工作遭解僱的優秀側寫師。伊莉莎白一邊通知還在行動小組的萊斯勒和納瓦比，一邊自行對安尼進行監視。因她只是部分復職，還沒有逮捕權。當看到安東尼拎著兩個行李袋外出時，也只能開車跟隨，並通知萊斯勒和納瓦比自己的方位。哪知剛開進樹林中的小道，伊莉莎白就被安東尼劫了下來，帶到林間小屋。令伊莉莎白萬萬沒想到的是，富爾頓醫生早已等在小屋之中。這座小屋就是一直讓伊莉莎白無法忘懷的睡魔殺手老巢，就是在這裡，睡魔殺手將綁架來的孩子用枕頭悶死。安東尼推開房門，一個人被綁在椅子上。他就是睡魔殺手，只要伊莉莎白接過富爾頓醫生手中的枕頭殺死眼前此人，就完成了蛻化，成為富爾頓醫生需要的暗黑義警。伊莉莎白正猶豫間，小屋大門被踹開，萊斯勒和納瓦比帶領的搜尋隊已趕了過來。富爾頓機警的從後門逃走，伊莉莎白在後面緊追不捨。可當追上富爾頓醫生時，伊莉莎白又放棄了，心中有了另一個想法。小屋內發生槍戰，安東尼連開數槍擊斃了睡魔殺手，自己也身中數彈倒在血泊之中。三樁懸案告破，卻沒讓庫珀感到輕鬆，因為辛格爾頓警探一案中的目擊證人，在送往安全屋進行保護性監禁的途中被人劫走。伊莉莎白失望之餘打電話給雷丁頓，請他務必不要放過伊恩·加維。可她不知道，雷丁頓在向她作出保證的時候，伊恩正從雷丁頓的眼前離開。雷丁頓已經找到了伊恩，可兩人間的談判陷入僵局。伊恩在了解全部真相前不會殺了雷丁頓，雷丁頓在沒有找到骸骨前也不能殺了伊恩。而如果受到指認坐牢，伊恩為了減輕罪責就會交出骸骨。雷丁頓才不得不動用自己的武裝力量，從行動小組的手中劫走目擊證人。但只要找到骸骨，雷丁頓發誓絕不會放過伊恩。
第五季第17集托尼目擊到加維謀殺辛格爾頓警探，可阿蘭姆奉命護送他前往安全屋時，遭到不明武裝份子攔截。失去了目擊證人，讓阿蘭姆充滿自責，時刻準備彌補自己的過失。法醫對押運車輛進行檢查後，在發動機里意外發現電子干擾器，正是它讓車輛失去動力。阿蘭姆以此為突破點，嘗試尋找干擾器與加維之間的關聯。行動小組成員正在安慰阿蘭姆時，伊莉莎白接到了雷丁頓的來電，提出想看一份案卷資料。雷丁頓所要的資料是關於傑瑞·賈瓦爾謀殺案，這名印度人接管了巴爾的摩的港口後，把工作班底都換成了本國印度人。雷丁頓知道傑瑞的另一個身份，納什犯罪集團的合作夥伴，通過港口偽造進出口資料，轉運毒品。傑瑞已答應將納什集團的台賬交給雷丁頓，恰在這個時候，他在自家書房被槍殺。所以雷丁頓相信，此事與納什集團保護傘加維不無關係。而行動小組認為是當地白人至上組織策劃了此次兇案，此前就有一名港口裝卸工被捅傷。極右組織的頭目叫摩根·哈德納特，行動小組通過常規手段追查總是讓他逃之夭夭。雷丁頓則不受法規條例的限制，用金錢加子彈，就把摩根從藏身處揪了出來。可讓他失望了，摩根並沒有殺人，更沒有拿走傑瑞的台賬。伊莉莎白將這一情況通報給行動小組後，庫珀都不想知道雷丁頓是如何找到的摩根。在將調查方向轉向加維殺害傑瑞之前，庫珀覺得應當做一些深入調查，便派萊斯勒和納瓦比到傑瑞家中進行了解，看看傑瑞的遺孀是否知道有其他毒品競爭集團等情況。當敲開傑瑞家大門時，兩人大吃一驚，傑瑞的妻子瑞瓦竟然是個稚氣未脫的16歲孩子。在瑞瓦父母的陪同下，萊斯勒和納瓦比對她進行了訊問。發現在謀殺案發生時，瑞瓦就在書房的樓下客廳做作業。聽到槍聲後，她的反應有些異常，只是報警卻未逃離。待要繼續追問下去時，瑞瓦突然暈了過去，訊問不得不中止。鑒於這種反常情況，行動小組向法院申請了搜查令。萊斯勒從瑞瓦的電腦上找到了一個地下聊天室，裡面都是未滿十八歲就因各種原因被迫與成年人結婚的女孩子。她們的聊天內容除了訴苦、相互安慰，還有就是圍繞著一個能給她們自由的“守護天使”。聊天室里，有九個女孩的丈夫被殺或意外喪命，不能不讓人懷疑其中隱藏著連環殺手。如果由聯邦探員出面，瑞瓦一定不會說出“守護天使”的任何訊息。何況雷丁頓也不希望台賬落入行動小組之手，從伊莉莎白那得到訊息的雷丁頓立刻趕到醫院病房。瑞瓦已經甦醒，雷丁頓讓她明白，傑瑞與毒販有瓜葛，要是拒絕說出“守護天使”的身份，只怕會連累到她和她的父母。涉世不深的瑞瓦被嚇得不輕，但她並不知道“守護天使”的身份，也沒有支付過錢款，“守護天使”要求的報酬只是提供下一個需要幫助的童養媳。根據雷丁頓提供的“守護天使”下一名客戶信息，行動小組查到是名叫塔拉的女孩，丈夫在特區經營二手車交易。萊斯勒和納瓦比分頭行事，納瓦比到學校訊問塔拉，萊斯勒則去二手車交易市場尋找並保護塔拉的丈夫戴爾。萊斯勒在二手車市場及時發現爆炸物，救下了戴爾。他遠遠看到一名戴著兜頭帽的女孩，可在追擊時，女孩佯裝可憐向路人求助，攔住了萊斯勒的去路。雖然沒能抓到女孩，但從路人衣服上提取到的指紋，證實該可疑女孩叫安娜，十三歲時隨同丈夫來到美國。從結婚證上，行動小組得到了安娜的住址。自知罪責難逃的安娜打算跳樓輕生，多年前被人強姦，家人為了遮醜竟然將她嫁給了強姦犯。跟著丈夫來到美國，她無時無刻不是生活在痛苦之中。之後，她用小刀殺死了丈夫得以解脫，也立下了拯救其他童養媳的誓願。納瓦比出生於中東，童養媳這種醜陋風俗在那司空見慣。她內心支持“守護天使”的作法，但出於職責，她必須勸阻安娜跳樓並交給法務部門判決。在納瓦比的努力下，法院以未成年犯罪輕判安娜，只要安娜在獄中表現良好，就能在21歲時獲釋。“守護天使”是找到了，可伊莉莎白還沒查到托尼的下落。阿蘭姆對電子干擾器的調查也沒有結果。不過押送車輛被人安裝干擾器，一定是內鬼所為。對監控進行搜尋後，阿蘭姆發現了一個人，伊莉莎白一看就知道是雷丁頓的手下。伊莉莎白怒氣沖沖找到雷丁頓質問，這才知道雷丁頓被加維握有把柄，沒找到旅行袋之前，不會擇手段的保護加維。庫珀得知這一情況後，認為托尼必定被雷丁頓轉移到海外某個秘密地點。阿蘭姆對東海岸的私人機場進行搜尋後，確認波士頓有海關人員看到過托尼和一個貌似雷丁頓的人上了私人飛機。伊莉莎白隨即趕往波士頓的小機場調查，卻發現中了加維的圈套。加維把伊莉莎白引來，就是為了抓住伊莉莎白，逼迫雷丁頓交出目擊證人托尼。幸好雷丁頓早有防備，一直暗中觀察伊莉莎白的行蹤，及時把她從險境中救了出來。
第五季第18集庫珀和伊莉莎白想過找內務部檢舉伊恩·加維，但內務部認為僅憑目前的證據、證詞無法立案。而且之前有人投訴過伊恩，內務部已經做了全面調查，並未發現伊恩有瀆職之處。對於庫珀提出的，投訴卷宗交行動小組重新調查的要求，內務部也婉言拒絕。官方程式走不通，雷丁頓倒是給伊莉莎白出了另一個點子。在傑瑞的港口台賬里，多次出現一個人的名字——扎拉克·莫薩德克。此人是阿富汗反毒品部長，也是當地的大毒梟。扎拉克操控著納什集團，通過他就能抓到伊恩的把柄。這可比那個目擊伊恩槍殺警察的證人要可靠得多，也更容易讓陪審團接受。當然，在阿富汗動不了扎拉克分毫。如今天賜良機，扎拉克抵達了巴黎，原因不明，正是抓捕的最佳時機。聽過伊莉莎白的簡報後，庫珀於公於私都要支持這次的境外行動。即剷除毒品源頭，又能將殺害湯姆的兇手繩之以法，是對伊莉莎白最好的交待。不過，在庫珀派出行動小組成員前往機場時，伊莉莎白卻另有打算。雷丁頓在自己的私人飛機上等了三個小時，才等來了萊斯勒和納瓦比。讓他意外的是，伊莉莎白居然沒來。到了巴黎，萊斯勒和納瓦比被丟在酒店，雷丁頓自行去找負責扎拉克安保工作的承包商。因為他知道，聯邦探員可不會願意用酒瓶砸頭，逼問安保方案的。得到扎拉克所住公寓地址和詳細安全措施後，雷丁頓制訂計畫，在保全最薄弱的電梯間下手。爆破電梯纜繩，電梯會由抱剎系統保護下墜到地下一層，就在那裡抓走扎拉克。可人算不如天算，炸彈劑量不足，一根未斷的纜繩扯住了轎廂。害得鄧比從地下層跑上一樓，冒著生命危險在轎廂下落前把扎拉克拖了出來。有驚無險的把扎拉克抓到安全屋，可扎拉克的反應卻讓雷丁頓吃了一驚。原來扎拉克來巴黎是為了贖回被塔利班綁架的兒子，隨身還帶了價值一千萬美元的鑽石作為贖金。塔利班組織綁架阿富汗政府官員的兒子，這種事很不尋常。雷丁頓猜到扎拉克很可能是中情局的秘密線人，這在中情局歷史上並不罕見。但美國不會派出海豹突擊隊實施營救行動，否則無異於公開雙方的關係。這讓身為聯邦探員的萊斯勒和納瓦比也很為難，只得向庫珀請示。庫珀與中情局局長辛西婭聯繫，對方言語模稜兩可。可見扎拉克確與中情局有關係，但辛西婭警告聯邦局不許插手扎拉克的事情。庫珀可不理這一套，仍下令萊斯勒和納瓦比協助營救扎拉克被綁架的兒子。交納贖金的地點在巴黎市郊的一處公墓，萊斯勒和納瓦比暗中保護扎拉克，雷丁頓和鄧比則在公墓外的車上等待訊息。萊斯勒遠遠看到一個孩子交給扎拉克一張紙，隨後扎拉克三轉兩轉就沒了蹤影。萊斯勒和納瓦比慌忙尋找，在一處家族墓穴中發現了通往地下墓道的入口。巴黎的地下墓道四通八達，兩人趕緊追了下去。在一個轉角處果然看到扎拉克雙手被反綁，他的兒子在一旁，腦袋上套著塑膠袋。塔利班綁匪不只要鑽石，還要強迫扎拉克說出其他線人的姓名。萊斯勒和納瓦比開槍射擊，兩名綁匪被擊斃，但扎拉克和他的兒子被其他綁匪拖進了另一個墓道。得到訊息的雷丁頓知道距離公墓最近的墓道出口，在附近的一處教堂。他和鄧比馬上開車前往，在出口處截住綁匪。在萊斯勒和納瓦比的配合下，兩面夾擊，救出了扎拉克和他的兒子。出於感激扎拉克同意與雷丁頓合作，而雷丁頓出於自責，將扎拉克的鑽石捐獻給了彈痕累累的教堂。雷丁頓這邊有了進展，伊莉莎白那邊也有了重大發現。伊莉莎白想以自己的方式更快的抓到伊恩，而調查伊恩的線索都在內務部的電腦里。有了阿蘭姆的幫助，她順利從內務部電腦里拷到了有關伊恩的調查資料。在這些資料中，伊莉莎白發現伊恩每周五都會驅車一個多小時到巴爾的摩的一家小餐館用餐，內務部的調查結論卻是伊恩愛吃該餐館的辣翅。伊莉莎白覺得這個結論太可笑，伊恩定期前往那家餐館，最大的可能性就是去見某人。伊莉莎白和阿蘭姆在餐館外蹲守了一個下午，看到伊恩進了餐館。透過餐館的落地窗能清楚看到伊恩點了瓶啤酒，四十多分鐘的時間裡，他沒碰過手機，也沒與人交談過。喝過啤酒後，伊恩從餐館出來，與在店門口打掃的店員擁抱告別，還親吻的對方的額頭。但也僅此而已，又不像是婚外情。這名店員叫莉莉安，在店裡工作了兩年，沒有前科劣跡。不論她與伊恩是什麼關係，一定知道伊恩的一些事情。等到深夜餐館打烊，伊莉莎白進了店，亮出聯邦探員的身份。她把莉莉安帶到自己的公寓，看看伊恩殺害彼得的地方。但莉莉安的回答讓伊莉莎白始料未及，莉莉安不知道別人如何看待伊恩，她只知道伊恩是個好人。是伊恩幫她加入了證人保護計畫，擺脫親生父親的傷害，而莉莉安的親生父親正是雷丁頓。伊莉莎白只覺得腦袋裡翁翁作響，沒想到會自己還有一個同父異母的妹妹。
第五季第19集有了扎拉克從中斡旋，伊恩終於同意與雷丁頓見面並交出骸骨，但伊莉莎白卻得到另一個情報。莉莉安沒有答應幫助伊莉莎白取得養父伊恩的罪證，伊莉莎白便動了歪點子，在她的外套里放置了竊聽器。可以發現莉莉安離開伊莉莎白家後，就立刻與伊恩取得了聯繫。顯然伊恩也已得到了扎拉克的指示，會在見面時除掉雷丁頓。所以伊恩安撫著情緒激動的莉莉安，卻讓竊聽到這個訊息的伊莉莎白吃了一驚。接到伊莉莎白的電話，雷丁頓想打聽情報來源以確定是否可信。但伊莉莎白對此守口如瓶，她還沒想好如何解釋莉莉安的事。既然知道了伊恩和扎拉克的詭計，雷丁頓便決定先下手為強，這就要用上“不在場製造者”羅利的看家本領。距離見面時間只有十六個小時，在這么短的時間裡羅利沒有辜負雷丁頓所望，製造出了一個替身。見面地點在偏遠的礦區，除了伊恩的手下，扎拉克的安保隊，連聯調局也出動了人馬密切監視整個過程。雷丁頓和扎拉克先行抵達，隨後伊恩拎著行李袋下了車。扎拉克命令將行李袋裡的東西交給雷丁頓，他卻從行李袋中掏出了手槍。就在所有人認為雷丁頓有危險時，誰都沒想到伊恩調轉槍口，連開數槍，槍槍命中扎拉克的胸口。趁著混亂，雷丁頓和伊恩都迅速離開了現場。“伊恩”開車逃進一處高架橋下，沒多久一輛拖車從橋下駛出，副駕駛位上坐著得意的羅利。他製作出伊恩完美的替身，讓聯調局以為伊恩槍殺了阿富汗政府官員，讓扎拉克的同夥認為伊恩幹掉了他們的老大，還讓納什集團認為伊恩切斷了他們最大的供貨源。此時真正的伊恩正被雷丁頓綁在椅子上，四面楚歌的他，被迫答應交出骸骨，然後由雷丁頓助他逃往西非納米比亞避難。可雷丁頓千算萬算還是低估了伊恩的意志力，在開車前往骸骨保存地點時，伊恩盡然搶奪鄧比手中的方向盤，導致撞車。等雷丁頓從撞擊中清醒過來，伊恩已逃之夭夭。他知道伊恩必會去找那個為伊莉莎白提供情報的線人，可聯繫了伊莉莎白，仍是拒不肯說出線人的下落。無奈之下，雷丁頓只有聯繫阿蘭姆，得知伊莉莎白是使用了竊聽器，而且目前竊聽器的GPS定位顯示是在一家巴爾的摩的小餐館內。當雷丁頓和鄧比趕到莉莉安打工的小餐館時，伊恩和伊莉莎白也已在場。伊恩正打算說出雷丁頓的秘密，卻被拿著手槍的雷丁頓打斷。奇怪的一幕發生了，雷丁頓用槍指著伊恩不許他開口，伊莉莎白同時舉槍對準了雷丁頓要聽一聽伊恩到底知道什麼秘密。手無寸鐵的莉莉安毅然擋在伊恩的身前，不允許生父傷害自己的養父。聽到面前這個女子是二十八年前的詹妮弗，雷丁頓也是一愣。伊恩趁機開槍，雷丁頓中槍倒地。伊莉莎白下意識的摳動扳機，伊恩胸口冒出血柱，頹然倒在血泊中。在警察趕來前，鄧比攙扶著受傷的雷丁頓撤離。伊恩掙扎著想說出最後一句話，卻終未能如願。看著被推進手術室搶救的伊恩，伊莉莎白發誓要弄清楚雷丁頓究竟隱藏了什麼秘密，還有彼得被害的真正原因。
第五季第20集雖然伊恩·加維死了，但伊莉莎白很清楚雷丁頓仍會不遺餘力的尋找那隻裝著骸骨的行李袋。當她來到雷丁頓的住處時，醫生已經替雷丁頓處理好了傷口。相對於胳膊上的槍傷，醫生更擔心雷丁頓因車禍撞擊造成的腦震盪。醫生再三叮囑雷丁頓要臥床休息，伊莉莎白也就不便打擾。在離開前，她發覺雷丁頓手邊放著一張報紙，頭條是關於一個小女孩。雷丁頓不會有閒心閱讀新聞，伊莉莎白相信此事必定與行李袋的下落有關。等伊莉莎白離開後，雷丁頓馬上從沙發上跳起來，與鄧比趕到詹妮弗家。詹妮弗知道他的目的是為了伊恩手裡的行李袋，可她從沒見過。雷丁頓並不懷疑詹妮弗的話，只是仍不死心，想打聽詹妮弗母親奈奧米的住處，說不定伊恩會把行李袋交給她。詹妮弗斷然拒絕了雷丁頓的要求，她不願母親再受痛苦。無計可施的雷丁頓只好讓斯莫基找人監視詹妮弗。斯莫基則想到了另一個捷徑，伊恩·加維的助手，在監獄服刑的賈德森應當知道伊恩把行李袋藏在了什麼地方。雷丁頓隨即買通監獄看守與賈德森取得了聯繫，為了能早點出獄，賈德森可謂知無不言。幾周前他送伊恩去機場飛哥斯大黎加，伊恩出發時帶著行李袋，返程卻沒有了。雷丁頓正打算前往哥斯大黎加，卻意外接到詹妮弗的電話，願意面談。見到詹妮弗時，雷丁頓知道她會提什麼問題。二十八年前的平安夜，雷丁頓拋棄奈奧米和詹妮弗母女倆也是情非得已。當時他與秘社有恩怨，又是中情局、聯調局、克格勃等機構的眼中釘。他選擇在平安夜拋下母女二人，正是為了保護她們。之後奈奧米和詹妮弗接受了政府的證人保護計畫，才得以平安的生活下去。可這只是雷丁頓一廂情願的想法。詹妮弗把他帶到了母親的墓前，奈奧米一生就沒有得到過平靜。早前被雷丁頓的仇人綁架，失去了一根手指。幾年前在走出家門時，被兩粒子彈奪去了生命。詹妮弗要告訴雷丁頓，他並沒能保護好自己的妻子和女兒。而且伊恩也不可能把雷丁頓想要的東西交給母親保管。另外，詹妮弗還要雷丁頓答應一件事，從今往後不要再聯繫。答應了詹妮弗的要求，讓雷丁頓很心痛也很失望。既然行李袋沒有交給奈奧米，那看來只能去哥斯大黎加尋找線索。而與此同時，伊莉莎白也在調查紐哈芬案。伊莉莎白已查到雷丁頓閱讀的報紙，頭條新聞報導在格拉夫頓縣的路邊樹林找到一名叫梅貝爾的女孩，送醫檢查發現其患有罕見血液病。伊莉莎白和納瓦比來到醫院，看到小女孩的病床邊灑有一圈褐紅色粉末。由於女孩的情緒還不穩定，伊莉莎白輕手輕腳的走進病房，試圖與梅貝爾交流。梅貝爾很警惕，卻沒有敵意，只是很擔心被抓走的父親。伊莉莎白想詳細了解更多情況，可當踏進紅色粉末圍成的圈子時，梅貝爾驚恐的大叫著“感染”，不讓伊莉莎白靠近。梅貝爾的反應很奇怪，阿蘭姆則找到了另一起相同的案例。2003年，也是在格拉夫頓縣，鐵路維修工發現了一名精神異常的人。該人自稱叫弗洛斯特，警方卻查不到相關人口資料。他的血液里同樣有少見的病原體，經過兩年治療後，轉入一所精神病院。伊莉莎白和納瓦比又前往精神病院，見到當年弗洛斯特的主治醫生韋爾納。韋爾納醫生已經看過梅貝爾的檔案，其中的一些內容與弗洛斯特驚人的相似。弗洛斯特認為自己從一場絕滅人類的瘟疫中倖存，他稱之為感染時代，而梅貝爾也說過“感染”。還有那些紅色粉末是流岩粉，被認為可以抵擋病毒。在弗洛斯特的談話錄音里，他還提到倖存者都生活在密林中與世隔絕的紐哈芬。紐哈芬之外，被“感染”的人稱為奧洛。長老們時刻提醒他們，奧洛會污染紐哈芬，必須保衛紐哈芬的純淨。根據檔案，弗洛斯特在精神病院居住了五年時間。2008年警衛發現他所住病房的窗子被打破，屋內有掙扎的痕跡，從此就銷聲匿跡。院方認為弗洛斯特逃走，但韋爾納醫生認為很可能是被人抓走。了解這一情況後，伊莉莎白帶了一罐流岩粉返回醫院，取得了梅貝爾的信任，了解到梅貝爾的父親是為了女兒的病人才外出尋找幫助。而父親被抓走，命運將會由長老摩爾先生決定。待還想了解更多有關摩爾先生的情況時，因一時疏忽，被假護士從伊莉莎白和納瓦比的眼皮底下抓走了梅貝爾。當她們二人見到來接梅貝爾去檢查的真護士時，才知道梅貝爾有危險。兩人從電梯和樓梯分頭追擊，從電梯下到停車場的納瓦比最先找到了嫌犯卻遭到襲擊，也被綁架。等伊莉莎白追到停車場時，只看到被丟棄在地上的手槍。與納瓦比有過一段感情的阿蘭姆得知這一情況變得很焦躁，倒是萊斯勒查到局裡有過一份名叫摩爾的失蹤男性通告，其於1973年失蹤，當時30歲，失蹤地點正是格拉夫頓縣。伊莉莎白和萊斯勒走訪了摩爾的“遺孀”，驚訝的發現摩爾出版過一本叫“感染時代”的小說，其中的內容就包括了大瘟疫、奧洛、紐哈芬、流岩粉等等，這絕不可能是巧合。唯一的解釋就是失蹤的摩爾在密林中建立起了紐哈芬，並欺騙和洗腦居住在其中的人。而書中還提到過淨化儀式，被感染的人將以火焰淨化。弗洛特斯和梅貝爾的父親可能已死於淨化儀式，如果再不採取行動，梅貝爾和納瓦比也會遭受同樣的噩運。
第五季第21集紐哈芬邪教社區被清除，長老摩爾也被擒獲，但納瓦比生死不明，讓行動小組成員都很沮喪。雷丁頓可以找人來嚴刑逼供，可時間上並不允許。急於找到納瓦比的阿蘭姆違反規定，私自接觸關在審訊室的摩爾，請求他提供一點線索。摩爾沒有拒絕，只要阿蘭姆把被列為證物之一的聖經還給他就行。阿蘭姆照辦了，如願知道了抓走納瓦比的人叫史蒂文，卻不知道聖經內頁里暗藏氰化物，讓摩爾得以逃脫人世間的懲罰。阿蘭姆僅用十幾分鐘就問出了綁架者的姓名，的確讓雷丁頓也有些驚訝。不過雷丁頓更驚訝的是，他知道史蒂文這個人。卡普蘭先生自殺後，有人曾推薦史蒂文接替“清道夫”的工作。史蒂文原名叫勞倫斯，號稱死亡學家。顧名思義，便知此人對死亡非常著迷，精於各種毀屍滅跡的方法。提供了這些情況後，雷丁頓不打算繼續呆在華盛頓。他要馬上趕去哥斯大黎加，斯莫基已經查到伊恩·加維把行李袋送進了一家地下拍賣所。有了綁架者的姓名，阿蘭姆很快查到其在西維吉尼亞州有處農場。追蹤勞倫斯的手機，發現其在農場周邊地區，但因地點偏僻只有一座基站接收信號，無法使用三角定位。行動小組率領武裝人員包圍農場，從飼養員口中得知，勞倫斯在其祖父的地產上進行死亡研究，觀察各種條件下死亡和腐敗的情況，而農場裡飼養的昆蟲、齧齒動物都是為了這個研究。勞倫斯祖父的地產有上百平方公裡面積的樹林覆蓋，武裝人員展開地毯式搜查，尋找到不下十具屍體，卻都是有些年頭的陳屍。一個多小時過去了，只搜查完一小塊地方。就在阿蘭姆手足無措之時，手機響起，螢幕上顯示出一個陌生號碼。接通電話，竟然是納瓦比的聲音。原來在勞倫斯開著改裝成牢籠的的廂式貨車前往死亡之地時，納瓦比試圖自救。她撞開後車門逃跑，還撿起地上的枯樹枝捅傷了勞倫斯，但終究敵不過勞倫斯手中的手槍。勞倫斯不想白白浪費實驗材料，所以忍著巨痛將納瓦比重新關進了車廂。但在之後行駛過程中，勞倫斯失血昏迷，貨車失控翻倒在路邊。納瓦比在車禍中被撬棒扎中腹部，無力逃離。勞倫斯清醒過來後，自行爬出駕駛室，不想遭到棕熊襲擊，死於非命。棕熊在撕咬時用力撞擊貨車，導致貨車翻下路基墜入河谷。河水迅速灌進車廂，絕望的納瓦比看到駕駛室里勞倫斯的手機。從扭曲變形的柵欄後伸手夠到手機，納瓦比最先想到的就是阿蘭姆。對於之前的那段感情，她只想告訴阿蘭姆一直期待的答案，那就是“我願意”。聽完納瓦比的話，阿蘭姆更加焦急。他的大腦飛速運轉，想找出納瓦比可能墜河的地點。整條河谷有幾百公里長，流經這片樹林的也有幾十公里。結合剛才查到的基站範圍，就可以把搜尋長度縮短到幾公里。阿蘭姆沿著最近的河谷尋找，果然發現了路邊樹木上車禍留下的撞擊痕跡，路基下就是幾乎全部沉入水中的廂式貨車。昏迷的納瓦比被送進了ICU，性命雖然保住了，但因長時間缺氧處於植物人狀態。阿蘭姆陪在病床邊，播放著納瓦比喜愛的歌曲，希望有朝一日能將她喚醒。庫珀和萊斯勒站在病房外，看著這一情景非常揪心。而有一件事讓庫珀不解，為什麼伊莉莎白沒有來看望納瓦比。伊莉莎白並沒有參與納瓦比的救援行動。湯姆和卡普蘭的死，都是為了讓她能知道行李袋中的秘密。所以她一定要去哥斯大黎加找到真相，即使雷丁頓不同意她這么做。雷丁頓是全球頭號通緝犯，行為處事都是黑道做法。持槍大鬧地下拍賣所，迫使拍賣所老闆岡薩雷斯與他見面。出了六百萬熄滅對方的怒火後，他才發現伊恩·加維根本沒有把行李袋交給拍賣所，而是親手交給了他的另一個仇家薩頓·羅斯。雷丁頓用盡手段知道了行李袋的下落，伊莉莎白卻只用聯調局探員的證件就讓岡薩雷斯交出了監控錄像。查出行李袋在薩頓·羅斯手中後，伊莉莎白決定與父親雷丁頓來一次對決，看看行李袋的秘密到底會石沉大海，還是大白於天下。
第五季第22集阿蘭姆不放心處於昏迷之中的納瓦比，幾乎日夜守在病床邊，反而給醫院的護理帶來了不便。伊莉莎白為了得到行李袋和其中隱藏的秘密，需要行動小組的支持，自然也少不了阿蘭姆。要找到行李袋，就要找到關鍵人物薩頓·羅斯。根據聯調局的資料，薩頓被中情局標記為高科技掮客，專以向國外販賣先進技術為業。幾年前，中情局設計讓他得到一架隱形戰機。賣家到手後發現根本是架失敗產品，憤而把他出賣給中情局。薩頓雖僥倖逃脫，卻始終認為是雷丁頓從中作梗，一直伺機報復。這也就能解釋伊恩·加維為何要將行李袋交給薩頓，目的就是要讓雷丁頓付出代價。從最新情報來看，薩頓昨天帶著偽造的搜查令，冒充聯調局探員，帶人搜查了“正宗機器人”公司。在被律師識破前，薩頓又丟下成箱的資料和雙手被銬的公司負責人逃之夭夭。沒人會做這種無用功，伊莉莎白和萊斯勒到了“正宗機器人”公司，得知搜查公司只是煙霧彈，薩頓真正的目的是公司首席技術官拉維·德賽。當天拉維在休假，事後公司才發現機房裡少了幾個硬碟，裡面就是拉維的最新研發項目，拉弗蒂計畫。阿蘭姆是拉維的忠實冬粉，對其在機器人領域的構想非常著迷，時常關注其在社交網上的動態。阿蘭姆在醫院遠程登入“正宗機器人”公司的備用伺服器，找到拉弗蒂計畫相關資料，發現是有關於外骨骼設計，正是薩頓感興趣的目標。但這些資料並不完整，如果要實現仍需拉維，這也就是說薩頓下一步很可能就是綁架拉維。從社交網上，可以看出拉維正陪著孩子們去看電影。伊莉莎白和萊斯勒立刻出發，前往劇院。與此同時，雷丁頓也在抓緊尋找薩頓的蹤跡。從拍賣行的監控中，雷丁頓發現了薩頓西裝袖內的製衣店商標。從店老闆郵寄賬單的地址追查到薩頓的會計，進而得到了與伊莉莎白相同的線索。當雷丁頓趕到劇院時，伊莉莎白和萊斯勒已與薩頓及其手下爆發槍戰。伊莉莎白控制了劇院前門的司機，迫使薩頓押著拉維從後門逃離。伊莉莎白不等萊斯勒前來接應，就將薩頓的司機推到后座，自己跳上駕駛位，奮不顧身的追了上去。雷丁頓見狀，立刻命鄧比開車緊隨其後。追擊路上，雷丁頓試圖勸說伊莉莎白放棄，卻被嚴辭拒絕。當看到伊莉莎白駕駛不慎撞上路邊垃圾箱頭破血流時，他又於心不忍，讓鄧比調頭回來查看伊莉莎白的傷勢。伊莉莎白只是有些腦震盪，並沒有太大關係。為她止住傷口流血後，雷丁頓押著后座上的司機開車離開。雷丁頓想通過司機知道薩頓的下一步計畫，但還是被行動小組搶先了一步。從劇院被擊斃的薩頓手下的手機中，萊斯勒查到一條簡訊，指定下午三點到某廢棄的製藥廠碰頭。阿蘭姆查出與“正宗機器人”有競爭關係的某國外機器人公司老總也在最近入境，極有可能是為拉弗蒂計畫和拉維而來。於是聯調局秘密拘禁該公司老總，由萊斯勒頂替接收拉維和資料。雷丁頓坐在車裡，用望遠鏡監視著遠處藥廠里薩頓的一舉一動，只待交接結束就下手擒拿。可讓他大吃一驚，萊斯勒竟然出現在視野里。拉維被萊斯勒接到車裡後，聯調局的武裝人員立即從四面八方出現，將薩頓包圍。在行動小組基地，雷丁頓焦急的要求庫珀交出薩頓，否則就撕毀合作協定。同時，在審訊室里，薩頓冷靜的要求與伊莉莎白單獨交談，並且關閉監控。不解其意的伊莉莎白請萊斯勒出了審訊室，再關閉監控系統。可萊斯勒從單向鏡看到審訊室里的兩人交談幾句後，薩頓突然發難制服伊莉莎白。隨後薩頓用滅火器砸壞門鎖，並向單向鏡噴射滅火乾粉，屋外無法得知屋內的情況。應急小組破門而入，才發現薩頓已押著伊莉莎白從通風管道逃出審訊室。從監控里可以看到薩頓襲擊了一名安保，試圖用安保身上的工作證逃出基地。安保人員進出需要密碼，薩斯便用手槍指著伊莉莎白的腦袋，要求庫珀說出密碼。庫珀和雷丁頓認定薩頓是虛張聲勢，一旁的阿蘭姆卻沉不住氣，通過擴音廣播說出了密碼。伊莉莎白失蹤，行動小組全力追尋其下落。雷丁頓此時接到了薩頓打來的電話，要他一個人到指定地點。雷丁頓不可能擺脫聯調局的監視，但薩頓自有辦法。鄧比遠遠看到雷丁頓獨自走進了一家木材店，不放心的跟了過去，險被一輛小巷衝出的冷飲車撞到。阿蘭姆從路面監控看到木材店後門，有人把蒙著頭的雷丁頓推進廂式貨車。正要指揮應急小隊前往時，後面又出現兩輛廂式貨車，同樣有穿著與雷丁頓一樣服飾的人被蒙頭推了進去。應急小組分三路追擊，終確認全是誘餌。鄧比立刻想到了那輛從小巷裡衝出來的冷飲車，那才是真正的目標。
第六季第1集伊莉莎白和詹妮弗對雷丁頓的身份產生了懷疑，研究過雷丁頓的資料，才發現聯調局只能追溯到1995年。由此可以推測，她們真正的父親在1990年那場大火中已然去世。當時伊莉莎白只有四歲，那段記憶又被雷丁頓消除。雷丁頓聲稱是為了保護伊莉莎白，現在看來應當是在保護他自己。有關那場火災能收集到的東西並不多，還需要想辦法回到現場，試試能否恢復伊莉莎白的記憶。正說著，雷丁頓打來電話。伊莉莎白若無其事的接聽，讓詹妮弗驚訝於她的沉著和鎮定。來到約定碰面的小公園，雷丁頓提供了新的黑名單目標，漢斯醫生。漢斯醫生是犯罪界的金牌整形醫生，幫助許多罪惡滔天的傢伙改頭換面，逍遙法外。他有一支移動醫療隊，通過先進的3D建模技術為客戶換臉。根據雷丁頓的情報，漢斯醫生最近曾在佩特沃斯一家停業裝修的麵包店裡給人做過手術。萊斯勒和伊莉莎白來到麵包店，在店主憤怒的抗議聲中，鑑證科進行了徹底的搜查，在排水管里發現微量血跡。與資料庫比對後，確認是軍火商貝塞爾。貝塞爾的名字，雷丁頓並不陌生。他在跑路前坑了不少客戶的錢，其中就包括雷丁頓。換臉容易，改習慣難。貝塞爾嗜好賭馬，雷丁頓在他常去的馬場，一眼就認出了面容迥異的貝塞爾。看著渾身發抖的貝塞爾，雷丁頓沒有半點憐憫，他不僅要拿回損失的本金，還要些利息，比如漢斯醫生的下落。貝塞爾哪敢多言，立刻聯繫了中間人。中間人是一名護士，她此前就接到漢斯醫生髮來的簡訊，稱正在法國度假。雷丁頓卻知道有詐，漢斯醫生討厭法國，不可能去那裡度假。他馬上將手機號碼發給了阿蘭姆，要求查詢簡訊傳送的方位。這會，伊莉莎白和詹妮弗正前往霍博斯海灘。詹妮弗從一份老報紙中找到了火災發生的地點，是距離海灘不遠的度假屋。抵達海灘後，伊莉莎白看到只剩水泥地基的度假小屋。她想起來當晚父親和母親卡特蓮娜發生激烈的爭吵，是她開槍殺死了父親。伊莉莎白和詹妮弗還找來了當晚出警的警官馬丁，可馬丁沒能提供更多線索，他抵達火場時，裡面的人員已經全部撤離。伊莉莎白剛想到周邊醫院查看那晚的醫療紀錄，阿蘭姆就打來了電話。阿蘭姆已查到漢斯醫生簡訊傳送地點並非法國，而是在華盛頓特區。雷丁頓已得到了訊息，當他趕到阿蘭姆提供的地點時，漢斯醫生的醫療團隊已死於非命。伊莉莎白、萊斯勒和納瓦比率領應急小隊抵達，與一夥身份不明的人發生火併，但還是有三人乘車逃走。伊莉莎白只看到雷丁頓跪在奄奄一息的漢斯醫生身邊，竊竊私語。按照雷丁頓的說法，漢斯醫生是他的摯友，因懷疑其被人劫持才想到利用聯調局查找其下落，不想還是晚了一步。對這種說辭，伊莉莎白和萊斯勒無法全盤接受。調查了被擊斃的守衛，確認是巴斯蒂安的同夥。聯調局的資料顯示，巴斯蒂安是世界上最可怕的殺手之一，是替反全球主義組織效力的民族主義者。任何全球性的機構和會議，都可能成為他的襲擊目標。這時接到報警，里根機場的停車場內找到逃逸車輛。車上有兩具屍體，全是巴斯蒂安的手下，唯獨不見巴斯蒂安。在不知道具體身份的情況下，行動小組只能封鎖機場所有出入口，檢查所有男性旅客的證件。但在衛生間發現一名機場工作人員屍體，制服被人拿走。巴斯蒂安已偽裝成工作人員逃之夭夭，消失在這個擁有上千萬人口的城市中。沮喪的伊莉莎白回到總部，向庫珀副局長正式提出雷丁頓不可信任。可沒過多久，雷丁頓就將一份名單交到她的手中。漢斯醫生很清楚替罪犯整容的後果，所以保留了一份詳細的客戶名單用於自保。哪知會被窮凶極惡的巴斯蒂安綁架，手術後仍慘遭滅口。臨死前，他將名單的藏匿地點告訴了雷丁頓。伊莉莎白捏著手裡存有名單的隨身碟，一時之間也猜不透這個假冒雷丁頓到底是敵是友。不過她能確定一件事，名單一定被改動過，雷丁頓整容前後的資料必定被刪除。
第六季第2集伊莉莎白想恢復名單中被刪除的部分，卻又不能冒著被雷丁頓發現的風險找阿蘭姆幫助。但凡知道雷丁頓之前身份的人都死了，湯姆、漢斯醫生，甚至是伊恩·加維。詹妮弗想辦法找了個搞計算機的朋友，一切都要在保密的狀態下進行。此時，雷丁頓有了巴斯蒂安的訊息。巴斯蒂安並沒有因為遭到通緝而停止執行任務。至於是什麼任務，還沒有得到具體訊息，只知道他正在與軍火商聯繫。雷丁頓也與軍火商亞倫取得聯繫，知道了巴斯蒂安要找的不是槍枝，而是一個人，炸彈專家麥克斯威爾。阿蘭姆也調閱了機場所有監控，沒有得到巴斯蒂安清晰的面部截圖。機場方面查到巴斯蒂安化名迪諾訂了一張前往紐約甘迺迪機場的機票，因聯調局的出現，未能成行。在對機場失竊車輛追蹤後，港務局發現該車已穿過荷蘭隧道，說明巴斯蒂安還是抵達了聯合國總部所在地——紐約。庫珀安排納瓦比立刻通知各大使館、機構和聯合國總部，伊莉莎白和萊斯勒則前往紐約調查。聯合國接到警報後，對當天未按時上班人員進行聯繫，隨即發現土耳其領事館外交官查爾斯死於私家車的後備箱，隨身裝有機密檔案的公文箱和門禁卡不知去向。經確認，查爾斯今天要參加一場聯合國會議，正符合巴斯蒂安的作案動機。而且六分鐘前，查爾斯的門禁卡已通過了聯合國的安檢門。此時雷丁頓打來電話，巴斯蒂安手裡有枚麥克斯威爾製造的炸彈。他選擇外交官是有精心考量的，外交公文箱可免於X光掃描，能秘密將炸彈帶進聯合總部大樓。炸彈的威力即便不會炸毀整座大樓，也能殺死樓內所有人。雷丁頓正乘著私人飛機，將麥克斯威爾送到紐約。伊莉莎白則要想辦法讓二人進入大樓，拆除炸彈。伊莉莎白和萊斯勒一到聯合國大樓，便要求疏散樓內人員至草坪，並阻止了土耳其大使觸碰剛剛送到的公文箱。這時，走廊里傳來槍聲，是巴斯蒂安見勢不妙，搶走安保人員手槍奪路而逃。阿蘭姆從監控中定位到襲擊安保的巴斯蒂安，指揮萊斯勒一路追擊。但大樓內外全是各國的工作人員，巴斯蒂安隨意劫持人質開槍，迫使萊斯勒不得不放棄。庫珀轉而啟動備用方案，與紐約警局合作，在全市範圍內播放巴斯蒂安的面部照片。雷丁頓和麥克斯威爾在聯調局武裝小隊的護送下進入聯合國總部大樓。經歷了驚心動魄的十分鐘後，炸彈終於被拆除。伊莉莎白突然意識到一件事，不論這個雷丁頓之前是什麼人，他現在所做的事，拯救了曼哈頓，還有很多無辜人的性命。意想不到的事情發生了，由於紐約警局介入，街頭布滿了巡警。正準備到酒吧里慶祝的雷丁頓被警方攔截，不由分說進行人身搜查。因他隨身攜帶槍枝，被警方拘捕，當即就有警員認出雷丁頓是全球頭號通緝犯。與雷丁頓之間的協定見不得光，也就是說聯調局和白宮都不可能出面搭救雷丁頓，伊莉莎白此時感覺到內心有種莫名的悲痛。聯邦檢察官霍特接手了對雷丁頓的刑事調查，庫珀抱著一絲希望將她請至行動小組總部，講述五年來雷丁頓提供的線報，幫助他們抓捕了不下百名重要罪犯，阻止了多起嚴重犯罪事件。庫珀表達出自己的願望，希望與雷丁頓的合作能繼續下去。但霍特不為所動，堅持盡最大限度依法提起訴訟。隨後，霍特舉行了新聞發布會，申明會嚴辦此案。身處囹圄的雷丁頓沒有驚慌，自己被一名巡警抓獲並非運氣不好，而是有人通風報信。他要求伊莉莎白找到那人，伊莉莎白卻不聲不響。因為就是她和詹妮弗背叛了雷丁頓，只有讓雷丁頓失去自由，才能不受阻礙的查清雷丁頓的真實身份。
第六季第3集伊莉莎白來到法院審前拘留所，探視即將出庭保釋聽證會的雷丁頓。庫珀今早跟法務部長交涉過，官方不會承認豁免協定的存在，庫珀也不得出庭作證。法務部甚至拒絕律師馬文與雷丁頓見面，只許使用公派律師。不過雷丁頓顯得胸有成竹，他的信心來自於今天電視裡播放的頭條新聞。在維吉尼亞州的倉庫里發現多具屍體，從現場分析應當是地下藥物試驗所致。雷丁頓能提供線索，實施試驗的人叫斯伯丁，此人行事離經叛道，致力於通過改變基因延長人類壽命。一年前，他曾聯繫過雷丁頓，以得到一些前沿的基因編輯設備。阿蘭姆對斯伯丁其人早有耳聞，知道其行事極端。曾自行注射自製的瘧疾疫苗導致半身不遂，並由此出名。萊斯勒和納瓦比到了維吉尼亞州，了解相關情況。當地法醫已對五具屍體做了檢查，均為運動皮層退化症晚期病人。從病理學來講，受害者已時日無多，是試驗用藥物加速了他們的死亡。所幸現場遺留了一個注射器，外形獨特，應當是訂製產品。能訂製注射器的廠商並不多，阿蘭姆查到維吉尼亞州就有家公司提供該種服務。查看公司網站資料時，納瓦比心中一驚，該公司老闆柯比正是案發倉庫的業主及報警人。此前柯比聲稱不認識斯伯丁，明顯是在撒謊。被帶到審訊室後，柯比坦白事前就與斯伯丁相熟。柯比本人也是名退化症患者，而斯伯丁的治療對他產生了良好的效果，所以一直支持斯伯丁的試驗。在對比了柯比的醫療記錄和注射器中殘留的藥物成分後，阿蘭姆確認倉庫中死者使用的配方多了一種極其罕見的神經毒劑，賽洛維克斯。柯比想起斯伯丁有個搭檔叫伊桑，負責合成配方上的藥物。伊桑因盜竊專利技術被原製藥公司開除，之後與斯伯丁合作。至於他為什麼要破壞配方，庫珀隱隱覺得不像是為了獨吞那么簡單。阿蘭姆查出斯伯丁近期與其他退化病人有過聯繫，今天就有幾名病人要接受治療。根據病人妻子提供的地址，萊斯勒和納瓦比率領應急小隊衝進一處廢舊民房，當場逮捕了斯伯丁和伊森。只可惜還是晚了一步，病人已無力回天。審訊後方才得知，庫珀的預感沒有錯。伊桑被開除本就個幌子，製藥公司意圖竊取並破壞斯伯丁的治療方案。只有這樣，製藥公司生產的控制病情藥物才能賺大錢。畢竟持續多年的治療費用，可比一次性治癒的藥費多得多。在調查斯伯丁案的兩天時間裡，庫珀和伊莉莎白還要忙著旁聽雷丁頓的聽證會。聽證會上，雷丁頓撇開沒用的公派律師，自行辯護。在大法官羅伯塔明確表示絕無可能保釋後，雷丁頓向法官提出了自己與聯邦政府簽訂的豁免協定。羅伯塔法官很詫異，但仍把庫珀從旁聽席叫到了跟前，詢問是否屬實。庫珀本著良心，承認的確存在豁免協定。羅伯塔聞言當即休庭，命相關人等全部到法官辦公室，把事情說清楚。在辦公室內，庫珀一五一十的說出了雷丁頓特別行動小組的事。當年同意此事的人，不是死了就是被調走，只剩他一人收拾爛攤子。大法官羅伯塔隨即要求庫珀通知法務部馬上提交協定複印件，法院將就這一協定所涉及的範圍召開聽證會，以便判斷協定是否合法有效。新的聽證會就在第二天進行，庫珀不希望雷丁頓坐牢。只是他萬萬沒想到，第一個出面勸阻他的人會是伊莉莎白。即使如此，庫珀仍決定向法院遞交協定複印件，並違抗上級命令出庭作證。第二天的聽證會在非公開方式下進行，庫珀的證詞很積極，肯定了雷丁頓這五年來協助抓捕很多隱藏極深的重要罪犯，間接拯救了上千人的生命。如果時間倒轉，他仍會毫不猶豫的與雷丁頓合作。可當公訴人問及五年時間裡雷丁頓是否遵紀守法時，庫珀不禁啞然。思索片刻後，他給予了肯定的答覆，這倒是出乎雷丁頓的意料。在大法官做出正式判決時，庫珀和伊莉莎白特批准予旁聽。羅伯塔認可公訴人的觀點，這份協定的確性質惡劣。但法官首先必須接受一個事實，雷丁頓的諸多罪名從未有過審判，也就是說，他現在並非法律意義上的罪犯，所以從對政府和國家有利的情況做出判決，法院認可豁免協定具有的法律效力。這時，公訴人助理得到匿名訊息，有證據證明雷丁頓違反了協定。其被捕時持有未註冊的非法槍枝，這屬於聯邦重罪，自然也違反了協定中遵守法律的條款。雷丁頓靈機一動，提出警員的搜查、逮捕行為本身就不合理，申請將手槍從證物中排除。為此，羅伯塔法官重新做出裁決，兩周后進行審前證據辯論程式。雷丁頓的努力就因為一條匿名訊息付諸東流，而在下一次庭審前他被押送至聯邦監獄看押。
第六季第4集克爾頓監獄裡的生活顯然不如以往養尊處優的日子舒服，囚犯都管這叫做碉堡。穿上配發的囚服，雷丁頓在食堂里找了個位置坐下。坐在對面的小伙子叫瓊斯，因為身材瘦小，平日裡沒少受人欺負。他對監獄裡的情況比較熟悉，向雷丁頓一一介紹幾個不能惹的傢伙。比如能從外面拿到額外食物的“墨西哥人”，能搞到毒品的“打蠟工”，與典獄長勾結的“量子”，還有因搶劫運鈔車而受人敬仰的巴爾多梅羅。巴爾多梅羅這個人，雷丁頓並不陌生，二人多年前就因伊斯塔帕拉帕的事結下了梁子。巴爾多梅羅挑釁式的當著雷丁頓的面，拿走瓊斯餐盤裡的午餐肉。雷丁頓仗義出頭，可巴爾多梅羅也不示弱。這裡是監獄，不是在外面，雷丁頓一個游標司令，根本不是對手。巴爾多梅羅跳起來狠揍了雷丁頓幾拳，麥卡提典獄長出現才平息風波。來探視的伊莉莎白看到鼻青臉腫的雷丁頓，想跟典獄長申請保護性監管。雷丁頓不希望這樣，他更喜歡監獄裡這種叢林法則。而且不享受任何優待，也是與特別小組保持距離，以免惹人非議。這些事先不談，雷丁頓要求伊莉莎白去抓黑名單上的下一個目標，羅德和德琳夫婦。羅德和德琳是衛理公會教堂的長期成員，也是櫻桃山奎克槍枝當鋪的老闆。一個不起眼的小店卻能給罪犯提供大量現金，用於交換高價非法物品，也是許多危險致命案件的始作俑者。萊斯勒和伊莉莎白來到巴爾的摩，在當鋪的街對面秘密監視。任何進出小店的人都會拍照取證，傳給阿蘭姆進行背景調查。這時，詹妮弗打來電話，嘗試修復漢斯醫生名單的事有結果了。伊莉莎白找個藉口退出監視工作，回到家。詹妮弗的朋友巴克嘗試各種方法，都無法恢複數據。在最後一次嘗試，僅得到按入院日期排序的檔案名稱。與手頭的數據對比，可知雷丁頓入院時間為1991年10月3日，之後最近的一次是1991年12月的傑拉德。當時雷丁頓應當還在那裡，也許傑拉德會知道一些事情。伊莉莎白回到特別小組時，阿蘭姆已查到當鋪店的一名客戶，是任職於某科技公司的麻省理工研究生哈德考夫。奇怪的是，此人擁有美國政府最高機密許可權，其所任職的科技公司與國安局有合作關係。國安局密碼破解與開發組負責人索菲亞應庫珀的要求來到特別小組，她承認哈德考夫受僱於國安局，從事研發工作。最近開發出一套新型算法，可用於破解某國大使館傳輸的加密數據。如果該算法曝光，大使館就會改變加密方式，幾年來的工作將付諸東流。根據當鋪店的規矩，哈德考夫三十天之內不贖回，存儲新型算法的硬碟就會被老闆公開售賣。可沒過多久，哈德考夫燒焦的屍體在一輛只剩鋼架的車裡被找到。種種跡象來看，哈德考夫賭博輸光了抵押得來的一大筆錢後又想要回硬碟，才導致殺身之禍。他一死，只怕硬碟很快就會被出售。聯調局不可能出面，那只會打草驚蛇。納瓦比以摩薩德的身份進入當鋪，提出購買硬碟。經過身份驗證後，德琳開出四百萬美元的價碼。納瓦比一口答應下來，德琳才打電話給丈夫羅德，從保管地取出硬碟，到指定地點交易。萊斯勒和伊莉莎白帶領武裝應急小隊跟著納瓦比的追蹤器信號來到一處公寓停車場，等交易完成，納瓦比拿到硬碟，應急小隊正要行動，一輛廂式貨車突然靠近。一陣槍林彈雨之後，硬碟被不明武裝份子搶走，德琳也不幸中彈。不用問，這夥人必定是某國的特工人員。在他們逃進大使館前，萊斯勒和納瓦比開車直接撞向廂式貨車車身，截獲硬碟。任務有驚無險的完成了，但庫珀仍產生疑問，是誰向某國使館通風報信，以至危及此次行動。庫珀決定讓阿蘭姆運行硬碟內的算法，破譯某國大使館最近傳送的數據。在破譯的數據中有份線人名單，索菲亞的名字赫然在列。索菲亞見真相曝露，只得束手就擒。在這段時間裡，雷丁頓也在想法解決面臨的威脅。瓊斯得到訊息，巴爾多梅羅要在放風時間下毒手，急忙來提醒雷丁頓。雷丁頓卻不慌不忙的在牢房裡，從毯子之中理出線頭，抽出一團細線。然後還請瓊斯幫忙弄一隻筆和一塊肉。不知道雷丁頓葫蘆里賣的什麼藥，瓊斯只得照辦。很快，一隻身上牽著細線，還附著張字條的老鼠被害蟲防治中心的工作人員發現。字條上的優厚報酬足夠讓他違反規定瞞報此事，並聯繫了鄧比。鄧比通過老鼠身上的細線回傳字條，和牢房裡的雷丁頓建立起一條監獄地下聯絡系統。因德琳不幸去世，心灰意冷的羅德交代了藏匿非法抵押物的倉庫所在。清理過後，伊莉莎白才察覺到自己又被雷丁頓利用。巴爾多梅羅在監獄中炫耀的搶劫運鈔車案件根本是其他人所為，因為搶劫過程中兩名押車員被殺，所以車裡的巨款一時無人敢收，就連同運鈔車一起被抵押給了羅德和德琳的當鋪。真正的搶劫犯早已拿著錢逃出了美國，運鈔車上的指紋證明了巴爾多梅羅的清白。雷丁頓要的就是這個訊息，巴爾多梅羅分明是為了躲避黑幫頭目羅斯的追殺才甘願頂包入獄。鄧比聘請的律師拿著這些證據前往監獄，為巴爾多梅羅爭取到了自由。被無罪釋放的巴爾多梅羅當晚就在酒吧被人殺害，同時羅斯還欠了雷丁頓一個人情。羅斯在監獄裡的手下，對雷丁頓無比崇敬。作為雷丁頓的小弟，瓊斯自此也無人敢惹。
第六季第5集關於是否將槍枝列為證據的聽證會如期舉行，雷丁頓以《第四修正案》提出抗訴，並堅持自行辯護。可剛開庭雷丁頓就申請休庭，因為他要向聯調局提供另一個大案。目前雷丁頓被捕面臨審判的訊息已成為各大媒體頭條，這讓他的合作夥伴很擔心。其中，卡洛認為應當斷絕關係，免受牽連。為此，要進行一次投票。而恰在此時，支持雷丁頓的億萬富翁哈里斯意外死於煤氣爆炸。雷丁頓要求伊莉莎白儘快查清真相，另外，他還秘密安排鄧比與卡洛談判，必要時清理門戶。哈里斯是船運大亨，資產上億。伊莉莎白和萊斯勒先從繼承人入手，沒想到哈里斯的合法繼承人有三十多個。律師事務所助理宣讀遺囑，讓所有人出乎意料的是，絕大部分遺產都給了此前都沒人知道的私生子蒂姆。當伊莉莎白和萊斯勒找到蒂姆時，他已包下了豪華酒店的房間，在酒店草坪上，正和狐朋狗友們縱情狂歡，完全看不出悲傷的意思。從阿蘭姆調查的背景資料來看，蒂姆出生後就被生母拋棄，在福利院長大。住拖車裡，在保齡球館工作。有犯罪前科，但都是酒駕、鬥毆的小事，怎么看也不像是個殺手。蒂姆甚至不知道生父是誰，直到律師打來電話。可就是這樣一個人，竟然有個清純漂亮的女友德迪。二人是一年前在保齡球館結識，相處到現在。狂歡派對上還有蒂姆的妹妹、妹夫，從他們的講述里伊莉莎白得知，他們也是在一年前母親過世時才知道有這么個弟弟，然後二人決定與弟弟相認。德迪的衣著舉止得體，與蒂姆實在不相配，引起了伊莉莎白的懷疑。阿蘭姆再調查她所說的工作單位，查無此人。在聯繫德迪無果後，阿蘭姆追蹤定位她的手機。伊莉莎白和萊斯勒趕到時，發現是場婚禮地點，新娘不是別人，正是自稱蒂姆女友的德迪。婚禮請柬上，德迪的名字變成了“平崎”。一直等到婚禮結束，伊莉莎白和萊斯勒才找到新郎，此時德迪已經離開。詢問過後才得知，新郎是通過服務中心僱人假裝婚禮，以掩蓋自己是同性戀的事實。服務中心的這項服務叫做“第二自我”，納瓦比來到服務中心調查，查清楚該服務就是演員給客戶提供沉浸式體驗。不僅是表演，而是一段完整經歷，無法預測走向，非常接近現實生活，彌補客戶在生活中缺失的人際關係。從事該服務的演員有上百人，負責人並不熟悉德迪，更不清楚她是否在利用工作謀求私利。從服務中心取得所有工作人員檔案後，發現德迪的真名叫簡。不只如此，派對上出現的蒂姆妹妹和妹夫都是服務中心的演員。這三人的僱主是同一人，在追悼會上宣讀遺囑的律所助理羅傑。被帶到聯調局審訊室的羅傑慌了神，和盤托出。一年前哈里斯心臟病發，經搶救死裡逃生。事後哈里斯便修改遺囑，加入了蒂姆的名字。修改工作是由羅傑完成，也是從那時開始，他策劃了此事，試圖侵占巨額資產。哪知扮演妹夫的馬庫斯急於拿到遺產，便對哈里斯實施謀殺。現在，簡已懷孕，他們正計畫對蒂姆下手。萊斯勒及時抵達酒店房間制止了馬庫斯，伊莉莎白也在電梯間截住了逃跑的簡。就在蒂姆還無法接受事情真相的時候，鄧比來了。雷丁頓可以說救了他一命，也到了他回報的時候。哈里斯的投票權由蒂姆繼承，因為蒂姆的支持，雷丁頓保住了自己在組織中的地位。雷丁頓贏得了一場勝利，可還有一場更堅苦的戰鬥在等著他。再次開庭後，當日逮捕雷丁頓的鮑德溫警官接受聆訊。那天他收到無線電通報，說有匿名線報，有人持槍在酒館附近出沒。調度員詳盡描述了嫌疑人的外貌特徵，鮑德溫據此抓到了雷丁頓。雷丁頓出示偽造身份證明，且面色緊張，在隨後的搜身中，被搜出攜帶的非法槍枝。整個過程順理成章，似乎並無違規之處。雷丁頓當場提出質疑。首先鮑德溫不可能事先知道身份證明有假，那可是頂尖人物為雷丁頓特製的證件。其次，雷丁頓自認與執法機構明爭暗鬥多年，不可能出現警官所描述的緊張神態。隨後雷丁頓嘲笑鮑德溫臃腫的體態，引得鮑德溫勃然大怒。這正是雷丁頓需要的，當日鮑德溫不是因為一通匿名線報才會搜查雷丁頓，純粹是因為被雷丁頓不屑一頓的態度惹怒了他，才會濫用職權，進行搜身。雷丁頓提出播放那段匿名電話的錄音，以確定是否真實存線上報。檢方極力反對，認為雷丁頓想藉機分辨舉報人的身份。在雙方爭執不下時，大法官羅伯塔做出裁定。雷丁頓的要求有其合理性，錄音確實是警方是否秉公執法的關鍵證據。但檢方的顧慮也不可忽略，所以錄音上交到法院，由羅伯塔大法官一人聽取。休庭一小時後，聽過錄音的羅伯塔大法官認定錄音與無線電通訊中的內容相符，沒有必要再列入證據之中。她裁定警官在當時的環境下進行搜查並非出於私心，雷丁頓要求將槍枝排除於證據之外的申請被駁回。待法院作出雷丁頓持有非法槍枝的有罪裁決後，豁免協定也將隨之作廢。
第六季第6集豁免協定失效，雷丁頓想以自己的精神狀態為由，儘量推延正式庭審的時間。他向法院提出動議，要求對自己的精神狀態進行評估。法官準許了這一看似荒唐的請求，雷丁頓將被送往密蘇里州聯邦醫療中心。在聯邦醫療中心期間不得與外界有任何聯繫，伊莉莎白很清楚這一點。這段時間正可以用來調查漢斯名單上，那個與雷丁頓相同時間做手術的傑拉德。伊莉莎白假借雷丁頓的名義，要求行動小組進行調查。傑拉德原是名醫生，卻更像是精算師。他會對病人進行分析，判斷是否值得投入醫療成本，還是應當把資源留給其他病人。因此，他先後殺害了十七名絕症病人。警方本以為是安樂死，當意識到是謀殺時，傑拉德已改頭換面，從人間消失。二十八年來，一直沒有傑拉德的訊息，對他的新身份也無從得知。只有漢斯醫生的醫療檔案顯示，傑拉德接受手術前在進行透析。阿蘭姆分析了近年來的腎臟移植病患名單，排除年齡、性別、種族不符之後，把嫌疑人縮減到了十四人。其中新澤西州的卡梅倫很可能就是傑拉德，因為政府檔案上根本就沒這個人。從消費記錄上看，卡梅倫在華盛頓特區一家酒店訂了房間。萊斯勒和伊莉莎白趕到時，房間已被警方封鎖，浴室內有名女子身亡，初步斷定是沐浴時意外滑倒。事情絕不會這么湊巧，阿蘭姆查到死者是一個案子的關鍵證人，被告是超級富翁迪格比。迪格比交通肇事逃逸，撞死一名路人。如今沒有了目擊證人，就無法立案。迪格比被傳喚到聯調局。起初他還堅決否認見過卡梅倫。當伊莉莎白揭開卡梅倫的真實身份，並威脅會將迪格比視為同夥後，迪格比坦白確實與卡梅倫有交易，用投資某地塊為交換。迪格比還交代了卡梅倫的聯繫電話，伊莉莎白將錯誤號碼交給阿蘭姆的同時，又偷偷把正確的號碼給了詹妮弗，讓她找巴克幫忙，務必先找到卡梅倫的下落。巴克查到電話號碼的地址是一輛房車，就停在一處停車場內。伊莉莎白找到卡梅倫後，卡梅倫的話讓她有些沮喪。他們找漢斯醫生就是為了保密，傑拉德即沒見過雷丁頓，雷丁頓同樣也沒見過傑拉德。只有一個叫瑪格麗特的護士見過所有病人，不論是術前還是術後。這時，萊斯勒打來電話。阿蘭姆調查的電話號碼沒有結果，但從被投資地塊的知情人那打聽到了卡梅倫的地址。現在，萊斯勒和納瓦比正在趕來的路上。伊莉莎白火速離開，自知罪責難逃的卡梅倫也選擇了自殺。雖然萊斯勒沒能活捉卡梅倫，但他找到了卡梅倫的電話，發現伊莉莎白提供錯誤號碼有意誤導調查。面對伊莉莎白的懇求，萊斯勒出於信任沒有上報，只等有朝一日，伊莉莎白會說出原因。雷丁頓想方設法到聯邦醫療中心，是想通過其中的一個病人阿蒂克斯找到自己要找的人。為了能讓有狂躁症的阿蒂克斯清醒，雷丁頓偷換主治醫生開給阿蒂克斯的藥丸。阿蒂克斯在逐漸恢復清醒思維的時候，說出了一個名字，希羅將軍。可還沒等雷丁頓弄明白，阿蒂克斯就像發瘋一樣沖向主治醫生格雷，要挖嘴割舌。雷丁頓急忙從背後抱住阿蒂克斯，救了格雷醫生一命。也正是雷丁頓在緊急情況下的救人舉動，反而證明他有辨別是非的能力。格雷出具給法院的結論中，認為雷丁頓有犯罪傾向，但還沒有到法律意義上瘋狂的地步，所以雷丁頓有能力為自己辯護。對這一評估結果，雷丁頓沒有提出異議，隨即被檢方正式以叛國罪起訴。回到監獄後，雷丁頓秘密通知鄧比，務必儘快查出希羅將軍的所有情況。
第六季第7集法院進入選擇陪審員的程式。雷丁頓向法官提交了三百多條問題，內容冗長，候選陪審員恐怕要幾天時間才能完成。雷丁頓堅持認為只有如此才能選出合適的陪審員，對自己的行為是否屬於叛國作出正確判斷。法官羅伯特很清楚他的目的，便規定提問不得超過40個，不許浪費庭審時間。不能通過提問找出支持自己的人，雷丁頓轉而讓鄧比去找在車管所工作的格倫。格倫可以從系統中得到候選人的資料，但找來找去也找不出有可能支持雷丁頓的人。到了遴選的日子，雷丁頓和檢方針鋒相對，相互不滿意對方認可的人選。雷丁頓幾乎都用完了法律準許的二十次無理由迴避權，這時他看到身材短小的格倫坐上了候選席。看到這個狡猾的侏儒，雷丁頓頭都大了，真不想把自己的命運交到他的手裡，可又沒有其他選擇。但是，僅這么一點希望也破滅了。見法官允許自己進入陪審團，格倫興奮的大讚羅伯塔比他碰到的上一個法官英明。從沒有過陪審記錄的格倫引起檢方懷疑，一查，他居然曾因涉嫌賭博欺詐被定罪。格倫離陪審團的大門僅一步之遙就被踢了出來，要靠製造陪審團內部意見不統一的方法已經行不通。雷丁頓唯有另一個辦法，找出“四郎將軍”。伊莉莎白聽到雷丁頓又要交辦一個案子，不由得表現出很厭倦。但雷丁頓被自己人出賣，在找出真相前，他絕不可能把自己的真實目的說出來。這一點伊莉莎白無從辯駁，只得接下案子。這樁案件事關昆蟲學戰。一千年以來，人類就一直把昆蟲變成武器。從中世紀拋入敵人城堡的黃蜂巢，到冷戰時期感染黃熱病的蚊子。最臭名昭著的就是二點期間，日本戰犯四郎將軍培育出帶有黑死病的昆蟲，殘害數萬中國人。一年前，專利律師斯坦納被發現死在辦公室。死因是感染了致命昆蟲，被蟲子吃光了胸腔。六個月前，化學品生產商赫爾弗里克因同樣原因死亡。昨天，洛克米生物科技公司總裁鮑勃也被體內生出的蟲子啃食臟器而死。雷丁頓認為是一位現代“四郎將軍”所為，庫珀也知道雷丁頓另有目的，但還是查案要緊。萊斯勒和伊莉莎白到法醫處，只能知道是某種食腐性昆蟲。法醫推薦昆蟲學家喬納森博士，正巧，他與被害的鮑勃在同一家公司工作。到了洛克米生物科技公司，喬納森博士已收到法醫的資料並進行了研究。博士認為是一種經過基因改造的龍虱，蟲卵在人體內一周時間孵化成蟲。改造過的龍虱下頜是正常尺寸的四倍，明顯被武器化。洛克米科技公司專業生產強效殺蟲劑，說不定是某些激進環保份子的報復。連博士本人都收到過死亡威脅，更不用說CEO鮑勃。洛克米公司的產品中有一個叫己烷佩烯的殺蟲劑，因藥效過強，能殺死所有昆蟲，被禁止商用，只準許能在緊急情況下才能使用，例如洪水過後的除蟲清理工作。而己烷佩烯能把三名死者聯繫起來，斯坦納是申請己烷佩烯專利的律師，赫爾弗里克是生產該殺蟲劑的製造商。根據最新資料，鮑勃在遊說國會和食品藥物管理局同意解禁己烷佩烯，應當是有人在試圖殺死推進此事的人。查閱鮑勃的日程安排，發現他一周前與迪克一起用午餐。迪克是提倡潔淨空氣淨化水源的環保主義者，在環保界大名鼎鼎，組織的活動主要是禁止類似己烷佩烯的殺蟲劑。喬納森博士說過，龍虱孵化期為一周。鮑勃可能就是在那次午餐上，被迪克下毒。萊斯勒和伊莉莎白趕到迪克家，還沒進門就看到龍虱從屋內飛出。萊斯勒一腳踹開大門，這才發現龍虱飛滿了整個屋子，迪克早已死於非命。這就讓伊莉莎白很困惑，前三名死者是要讓己烷佩烯合法化，迪克卻是反對者。法醫推斷迪克的死亡時間與鮑勃相差不到一小時，也就是說，那頓午餐兩人都攝入了蟲卵。納瓦比和阿蘭姆到鮑勃、迪克用餐的餐廳調查，經理不記得那兩個人，不過當天廚房的確發生了一件事。勤雜工看到有名陌生人進入，詢問時，對方匆匆逃離，在街轉角的梅肯酒店前上了計程車。阿蘭姆在酒店安保室調閱監控，找到當天的計程車司機。戰術小隊沖入計程車司機提供的地址，發現裡面是間實驗室。貨架上的玻璃培養皿中，都是各種奇怪昆蟲。屋主沒有抓到，但從搜查到的資料中，阿蘭姆察覺之前的判斷有誤，鮑勃已買通迪克支持國會正在審議的己烷佩烯合法化議案。資料中夾著一篇新聞稿，迪克的研究機構將於今日宣布支持己烷佩烯合法化。這個日期選擇的很微妙，因為今天正是國會舉行聽證的日子。萊斯勒、伊莉莎白和納瓦比立刻出動前往國會，阻止“四郎將軍”的惡行。喬納森博士以證人身份出席聽證會。他以研發者的身份，向委員會保證己烷佩烯符合環保標準。但他並不支持將己烷佩烯合法化，並大規模生產。己烷佩烯會無差別殺死昆蟲，造成昆蟲大量死亡。沒有人的地球依舊繁盛，沒有昆蟲的授粉、清腐地球將成為黑暗的墳場。之前喬納森博士被鮑勃欺騙，以為只會用於災後清理。在請求無果後，喬納森決定消除給地球帶來致命危險的因素。這是昆蟲的自衛行動，是正義之舉。一周前，喬納森就在委員會主席羅伯特議員的酒中下毒。龍虱當著眾人的面從羅伯特體內爬出，讓人們明白這並非兒戲。喬納森博士就是現代“四郎將軍”，他已不在乎坐牢，因為他也服下了蟲汁。
第六季第8集鄧比找到了蟲汁被寄送到位於倫敦的一個地址，收件人姓名是假的。雷丁頓派他前往倫敦，查清楚收件人要把蟲汁用在什麼地方，這樣才有籌碼跟政府談判，換取自由。這會監獄裡發生了騷亂，“獨眼人幫”的手下奧斯卡到“岩河幫”賭錢，後者拒絕支付賭資。典獄長想請雷丁頓出面調停，被當場拒絕，雷丁頓不想分神去管這種破事。伊莉莎白也找到了曾為漢斯醫生工作的瑪格麗特護士。她住在聯邦山高檔住宅區，只怕沒有哪個護士能賺這么多錢。在不能找聯調局幫忙的情況下，伊莉莎白和詹妮弗只有實施綁架一個辦法。沒想到二人剛得手，就被一輛SUV攔住去路。車上衝下來兩名持槍大漢，伊莉莎白開槍擊斃一人，可另一人不僅救走了瑪格麗特，還劫持了詹妮弗。出了這種狀況，伊莉莎白始料未及，只得向萊斯勒求助。萊斯勒可能是小組裡唯一會支持伊莉莎白的人，在聽了事情的來龍去脈後，他都不敢相信，旅行袋裡的東西，湯姆的死，卡普蘭知道的內情，居然全是為了一個冒牌雷丁頓。今天是周末，庫珀、阿蘭姆和納瓦比都不在局裡。二人利用設備追蹤詹妮弗的手機，顯示在高度六千多米的地方失去信號，看來是上了飛機。萊斯勒取了被伊莉莎白擊斃人的指紋，查到死者是馬爾科·揚科維奇的手下。馬爾科專做一種超強致幻劑，僅一克就價值一萬五千美元。據可靠情報，馬爾科會運貨到加拿大蒙特婁，然後通過毒騾運進美國。局裡只有四張馬爾科的照片，其中一張是他與女友在一起，伊莉莎白一眼看出照片裡的人是瑪格麗特，這就難怪瑪格麗特的身邊會有保鏢。帶走詹妮弗的飛機可能會去蒙特婁，只要一出國境聯調局就沒有執法權。萊斯勒建議找雷丁頓幫忙，就算他是假的，但他執掌著一個犯罪帝國，除了他沒人能救詹妮弗。伊莉莎白探訪雷丁頓時已是凌晨三點，她沒有說出詳情，只說詹妮弗在電話里求救。她趕到巴爾的摩聯邦山時，被人襲擊，詹妮弗也被劫持。像馬爾科這樣的毒梟不可能在詹妮弗身上浪費時間，雷丁頓知道伊莉莎白有所隱瞞，但伊莉莎白只肯說這些，他便不再多問。雷丁頓決定介入監獄裡的幫派之爭，只要奧斯卡能通過幫派里那些人查出馬爾稅的下落，他就可以讓岩河幫還賭債。奧斯卡還真沒讓雷丁頓失望，從外面的眼線得知馬爾科有個女友住在巴爾的摩聯邦山，名字叫瑪格麗特。雷丁頓心裡一驚，明白了伊莉莎白在隱瞞什麼。這時鄧比已從收件地址所在公寓的電腦里找到一個賬戶，有五百萬轉到了安軸加密貨幣公司。雷丁頓命他暫時擱置此事，務必在伊莉莎白之前找到瑪格麗特。隨後雷丁頓才在伊莉莎白探監時，透露馬爾科有個信使將入境美國。根據雷丁頓提供的航班號，萊斯勒和伊莉莎白在機場抓住這名叫亞麗珊德拉的女人。逃跑時，挺著大肚子的亞麗珊德拉摔倒在地。伊莉莎白和萊斯勒確認沒事後，把她帶到了萊斯勒的公寓。亞麗珊德拉手機里只有一個號碼，必定是用於聯繫馬爾科。就在萊斯勒與馬爾科談判換人時，亞麗珊德拉開始發燒、抽搐。其實亞麗珊德拉的肚子裡不是胎兒，還是近兩公斤的致幻劑。剛才摔倒，體內假體破裂，所以出現吸毒過量症狀。呼叫救護車已經來不及了，伊莉莎白只得當場剪開亞麗珊德拉腹部的縫合線，取出毒品，可還是沒能保住她的性命。亞麗珊德拉肚子裡的貨價值五千萬美元，馬爾科同意用貨交換詹妮弗。可毒販永遠是多疑的，萊斯勒和伊莉莎白都明白這一點。在馬爾科開槍之前，萊斯勒和伊莉莎白就先下手為強，擊斃了馬爾科和多名保鏢。詹妮弗鼻青臉腫，沒少受折磨。不過讓人有些意外，馬爾科竟然不知道自己的女友曾為漢斯醫生工作，還與雷丁頓有過接觸。詹妮弗因此有機會與瑪格麗特對質，但瑪格麗特並沒有跟雷丁頓說過話，也沒跟替雷丁頓聯繫動手術的俄羅斯女人說話。伊莉莎白聽到俄羅斯女人，首先想到的就是自己的母親卡特蓮娜，必須找到瑪格麗特確認此事。萊斯勒和伊莉莎白開車順著詹妮弗的指點來到馬爾科所住的別墅。馬爾科的死訊已經散布了出去，別墅里早已人去樓空。受到驚嚇的詹妮弗也打算退出，伊莉莎白並不怪她，自己會不惜任何代價找到瑪格麗特，查出真相。而雷丁頓不會給伊莉莎白這個機會，已讓接走瑪格麗特的鄧比消除隱患。
第六季第9集鄧比想辦法從線人手裡拿到了報警電話錄音，報警人的確詳細描述了雷丁頓的相貌，但聲音很陌生，所以還是沒有證據證明就是伊莉莎白打的電話。不過伊莉莎白在追查雷丁頓的過往，只有讓雷丁頓入獄才不會阻礙她的計畫，那雷丁頓的猜忌也不無道理。鄧比堅信伊莉莎白不會讓雷丁頓陷入面臨死刑指控的困境，雷丁頓也就不再爭辯，在電話里命他儘快查出報警人的身份，順便通知庫珀，又有新的案件。今天是雷丁頓叛國罪庭審的第一天，雷丁頓突然要交付案件，伊莉莎白免不了有所懷疑。雷丁頓也沒有隱瞞，這次案件的主角外號D部長，是名勒索慣犯而且隱藏極深，從未被人發現過。此人擅長蒐集有罪證據，用於敲詐勒索。2004年，他發現股票交易公司兩名操作員涉嫌內部交易，以此敲詐了四百萬。六年前，他又找到了參議員與地產開發商之間有回扣交易的罪證，又大撈了一筆。他是如何蒐集到有罪證據的方法不得而知，但只要找到他就能證明雷丁頓的清白。納瓦比認為雷丁頓此時交付該案，有可能是想尋找把柄，用於威脅陪審團或法官。可萊斯勒認為在抓到D部長前，不應過早下結論。根據雷丁頓提供的線索，伊莉莎白和萊斯勒先從薩嚴坦入手，這名計程車大亨在2006年曾向雷丁頓借款支付勒索款。在申明不是要逮捕其本人或者配合指控雷丁頓後，薩嚴坦才同意合作，說出被D部長勒索的經過。那天午飯後，他走進辦公室就看到桌上有封信。信裡面是一通電話的文本列印件，全是有關他的一些不法商業安排。幾天后，他就接到電話，被勒索40萬現金。付錢後，他找技術人員進行檢查，從公寓的電話線上找到了竊聽器。阿蘭姆認得薩嚴坦手機照片裡那個竊聽裝置，是分離器，可以複製手機信號，能夠控制通訊公司的地線或信號塔。通訊公司查了記錄，分離器安裝地點只有少數員工去過，排除新員工和定居國外、已死亡的人，僅剩一個叫伊利亞的員工。阿蘭姆查到該人是假名，學歷也系偽造，所有相關資料里只有一個位於阿靈頓的地址。正說著，檢察官西瑪不請自來，點名要找萊斯勒，庫珀只得派伊莉莎白和納瓦比前往阿靈頓。因為萊斯勒是在雷丁頓與聯調局合作前就參與了針對雷丁頓的調查工作，西瑪現在傳喚萊斯勒到庭作證，否則就會以包庇罪起訴萊斯勒。這就讓萊斯勒陷入兩難，如果在法庭指認被告席上的人是雷丁頓，就是撒謊；如果不指認，就證明他知道雷丁頓是個冒牌貨。法庭上，萊斯勒宣誓後坐上證人席。他證明了1990年12月一起美國潛艇執行機密任務時被蘇聯艦船擊沉，134名船員犧牲，是時任海軍情報官的雷丁頓出場情報所致。在被要求指認是否為被告席上的雷丁頓時，他猶豫了片刻才給出肯定的答覆。輪到雷丁頓訊問時，他把情報泄露的可能性轉移到卡特蓮娜身上，指出用於定罪的蘇聯方面公報很可能是偽造，誣陷海軍最為優秀的情報官也是情報界慣用手段。但這種毫無根據的猜測被法官駁回，在雷丁頓理清辯護思路前暫時休庭。與此同時，伊莉莎白和納瓦比率領應急小隊突擊搜查了位於阿靈頓的一所公寓，在地下室搜查到大批監聽設備和上萬份錄音磁帶。分析了公寓裡的一台手機打字機後，阿蘭姆從色帶和滾筒的印痕確定最近一名受害者叫德雷默。找到相應錄音磁帶，是德雷默與情婦米凱拉商量如何使用妻子兩百多萬的人壽保險賠償金，還提到了藏屍地點。在伊莉莎白和納瓦比進行抓捕時，德雷默墜樓身亡。審訊其情婦米凱拉得知，被要求將二十萬放在錢包裡帶去哈金斯博物館，裝進禮品店的袋子，並在下午三點一刻放在長椅上。米凱拉按要求把錢放到了指定地點，在遠處監視的伊莉莎白和納瓦比看見禮品袋被保潔員取走，然後交給了前台失物招領處。納瓦比到前台查看，袋子裡的錢包果然不見蹤影。伊莉莎白立即追趕，在廁所內抓住試圖逃跑的D部長。今天庭審不順的雷丁頓總算等來這個好訊息，要求庫珀查找一份1990年12月7日的電話錄音。再次開庭後，雷丁頓自己坐上了證人席，以自述方式為自己作證。他向陪審團講述自己那段不為人知的戀情，而卡特蓮娜雖然是克格勃特工，但她真正的上級隸屬於一個叫“秘社”的跨國秘密組織。雷丁頓得知此事後曾質問過，卡特蓮娜讓他不要過問，否則“秘社”會為了保護社團而讓他身敗名裂。他們確實這么做了，才會有之後那些證明雷丁頓叛國的罪證。從那以後，秘社繼續隱藏在暗處，卡特蓮娜失蹤，雷丁頓則變成了另一個人。雷丁頓承認做過很多可怕又違法的事，唯一沒做過的就是叛國。故事很悽美，可雷丁頓拿不出任何證據證明“秘社”這個組織存在過。特別小組在一大堆錄音資料中尋找時得知，D部長的DNA與一名退役陸軍工程兵團下士洛文相符。也就是在他錄下雷丁頓所要的那份錄音後，他愚蠢的向卡特蓮娜勒索。四天后，他的家發生爆炸，愛人身亡，他自己也嚴重燒傷入院。這份對他意義重大的錄音，被他藏在了相框後，相框裡的照片就是他與愛人的合影。
第六季第10集傳聞洗衣房的囚犯想鬧事，雷丁頓沒心情幫典獄長擺平這事，他還有更重要的事做。地檢官西瑪在想方設法的給他定罪，不能呆在監獄裡坐以待斃，得想辦法離開。雷丁頓已有了越獄方案的雛形，利用庭審的兩個月時間還能再完善一下，確保萬無一失。雷丁頓也沒打算低調行事，讓來探視的伊莉莎白在芝加哥預定一桌晚餐，時間就定在庭審結束後一周。這種態度對於一名面臨從洗錢到謀殺十六項指控的人來說，似乎不可思議。沒等伊莉莎白細問，雷丁頓就要揭發一個威脅極大的陰謀，牽扯到政府高層。特別小組必須先抓到一個綽號加密銀行家的人，才能知道何時才會發動襲擊。目前很多犯罪收入都是通過比特幣結算，以避過監管。據統計，每年有三千六百多萬起比特幣交易用於非法行為，這些比特幣大多通過加密銀行家洗白。雷丁頓只知道他現在就在華盛頓，伊莉莎白聯繫了局裡的虛擬貨幣調查組，查找本地的比特幣交易人。一個叫“老鼠”的黑客引起她的注意，阿蘭姆查出“老鼠”通過一種遠程控制伺服器的惡意軟體，勒索比特幣贖金。找到“老鼠”，就能找到負責洗錢的加密銀行家。“老鼠”最新目標是一家心臟起搏器頭號生產商，皮爾森醫療公司。萊斯勒和納瓦比查出該公司負責人馬特剛清算了名下幾百萬資產，購入大量比特幣，有被敲詐的嫌疑。找到馬特，他們才知道馬特的女兒婕咪先天心律不齊，馬特創建這家公司製造起搏器就是為了讓女兒有正常生活。“老鼠”不知道用什麼手段黑入公司伺服器，可以遠程控制婕咪的起搏器，用以敲詐馬特三百萬比特幣。為保證婕咪安全，阿蘭姆趴在後備箱裡，到了馬特家。他在婕咪的臥室里搭建起一座法拉第籠禁止信號。心急的馬特斷開婕咪的起搏器，心律不齊總比沒命好。可這一舉動引來“老鼠”的瘋狂報復，直接鎖死皮爾森公司的伺服器，並從二十多萬使用者中隨機挑選一千人。24小時之內馬特不交出六百萬比特幣，那一千人的起搏器就會發出致命電擊。阿蘭姆列出皮爾森公司的患者名單，發現其中一人並非病人。這個叫奧列格的人購買了心臟起搏器卻從未使用過，還每月支付費用，升級他的家裝監控器。可以斷定，他就是“老鼠”購買起搏器的目的就是通過家裝監控器入侵後台伺服器。手機定位到奧列格在喬治城一家咖啡店。為穩住他，馬特按要求向指定賬號匯入了六百萬比特幣。可機警的奧列格從聯調局的手心裡逃走，庫珀隨即發布全境追緝令。警方很快在一處偏僻停車場找到奧列格的車和他頭部中槍的屍體，裝有六百萬比特幣的手提電腦不翼而飛。馬特交了錢，卻沒拿到解鎖的驗證碼。距離最後時間僅剩半小時，一千人的性命危在旦夕。這時，阿蘭姆終於接收到奧列格電腦開機信號，定位電腦在馬里蘭第一銀行。萊斯勒、納瓦比和阿蘭姆當即出動，抵達第一銀行，抓住加密銀行家，繳獲奧列格的電腦。在最後一分鐘，傳送驗證碼，恢復了伺服器的控制。而雷丁頓在法庭上並沒有探員辦案那么順利。法庭上，難掩怒火的地檢官西瑪居然當著陪審團的面說出雷丁頓與政府簽有豁免協定。他明目張胆違反法庭的保密規定，就是要讓陪審團先入為主，判定雷丁頓自認有罪才會簽豁免協定。法官羅伯塔嚴厲斥責了西瑪的行為，但西瑪要求把特別小組成員作為人證傳喚到法庭，羅伯塔就不能阻止。一旦特別小組身份曝光，勢必招致其他犯罪集團的報復。為了伊莉莎白等人的安全，雷丁頓當庭認罪，前提是西瑪必須向陪審團聲明不存在豁免協定。鑒於西瑪的激進作法，雷丁頓決定把逃脫時間提前到次日下午四點。第二天開庭，因雷丁頓已認罪，法官羅伯塔取消庭審，直接進入量刑階段。雷丁頓認罪的決定令伊莉莎白很不安，即擔心他被判死刑，又害怕他另有企圖。已決意越獄的雷丁頓對陪審團的量刑裁決已不關心，就算死刑也不申請複議。等到下午，雷丁頓借著調解洗衣房犯人鬧事的事由到了典獄長辦公室。用鄧比傳進來的麻醉劑迷暈典獄長，再用膠水粘上事先從理髮師那拿來的鬍鬚，穿上典獄長的衣服，戴上帽子墨鏡，拿著手機擋住半張臉，大搖大擺向放風的草場走去。鄧比已駕駛著直升機隨時準備接應，可擔心雷丁頓的伊莉莎白進監獄探視，導致秘書提前發現異常發出警報。雷丁頓在草坪上被獄警抓獲，只得揮手讓天空中的直升機離開。越獄行動功虧一簣，伊莉莎白沒想到自己又成了送雷丁頓上刑場的人。現在唯一的希望就是加密銀行家能否找到那個策劃襲擊的人，只需要知道當初開羅交易時洗白的錢送到了哪個地址，哪個賬號。
第六季第11集聯邦監獄外，死刑反對者連夜集會，抗議即將執行的死刑判決。美國第一通緝犯雷丁頓計畫於周六午夜後執行注射死刑，各大媒體記者已做好報導準備。庫珀動用各種關係，想面呈總統給予減刑。雷丁頓可不需要這種機會渺茫的希望，他要掌握主動權，從盧森堡的一家銀行中竊取賬戶信息。伊莉莎白很清楚雷丁頓的想法，加密銀行家為一名開羅男子洗白了五百萬美元匯入該賬戶，只有找到賬戶所有者才能知道一項陰謀的具體計畫和實施對象。伊莉莎白和鄧比已經決定冒險搶劫銀行，逼迫工作人員提供賬戶信息。當她登上鄧比準備的私人飛機時，萊斯勒、納瓦比和阿蘭姆早已等候多時。按阿蘭姆的想法，從銀行搶劫一個名字，比搶劫整個銀行的罪名小得多。就在一行人飛往盧森堡的時候，庫珀來到白宮小會議室。他向總統迪亞茲陳述雷丁頓的諸多貢獻，白宮顧問辛西婭和法務部安娜也在場。庫珀提出先給予雷丁頓緩刑，待查清真相併解除威脅後，再酌情減刑。法務部的安娜則執意死刑，以顯示總統打擊犯罪的堅定決心。在飛機上，大家商量出一個新方案。因為信託銀行多為洗錢服務，賬戶高度機密，有著堅不可摧的防禦系統，連阿蘭姆也無法從外部攻破。據雷丁頓說，銀行行長可以用他上班時隨身攜帶的加密鑰匙掛件從外部登入系統。這可能是唯一的破解途徑，但行長身份也在保密範圍之內。鄧比幾個月前就以雷丁頓親信的身份進入銀行，得知能接手雷丁頓的巨額資產管理工作，銀行方面非常重視，行長親自出面監督資金的劃轉情況。到了盧森堡，鄧比守在街角，看見行長外出就餐就發出信號。遠處的萊斯勒負責跟蹤監視，通報行長所去的餐廳方位。進入餐廳後，伊莉莎白拿著地圖操著一口美式英語向行長打聽某地的去處。只會法語的行長急得滿頭大汗，此時坐在另一邊的納瓦比出手相助，解答伊莉莎白提出的“問題”。二人一左一右查看行長兩邊口袋，偷到鑰匙後，立刻傳給從後面走過的阿蘭姆。阿蘭姆躲進餐廳衛生間，以最快速度破解和進入銀行系統。完成任務後，鑰匙又被神不知鬼不覺的放進行長口袋裡。經查，賬戶持有人是42歲的喬納斯，隸屬德國國家聯邦情報局，是德國駐華盛頓大使館聯絡官。掌握到這個情況後，雷丁頓明白了，24小時之內，德國情報局長齊格勒將在美國境內被暗殺。可法務部的安娜仍然不相信，那賄賂喬納斯的五百萬可能來自於刺客，也可能來自於雷丁頓。就算雷丁頓知道刺客的姓名及阻止方法，她也要確保總統不會發布特赦令，即便可能會搭上盟友的利益。目前的狀況讓庫珀很為難。出於職責，他必須保護齊格勒，可這樣就相當於害了雷丁頓。伊莉莎白到監獄陪伴雷丁頓，萊斯勒和納瓦比帶領應急小隊突襲喬納斯的住所，將負隅頑抗的喬納斯抓獲。在審訊室，喬納斯承認自己的任務是檢查酒店，為齊格勒的到來布置安保。對方支付五百萬，就是用於交換齊格勒的行程以及喬納斯的通行證。喬納斯並不清楚具體的刺殺方案，但在給刺客通行證時，他看到過一個裝滿化學品的塑膠盒，疑似炸彈。庫珀命萊斯勒和納瓦比到酒店通知德國方面，同時他請辛西婭能再安排一次總統會面。喬納斯的證詞已然證明此次事件不是雷丁頓虛構，不論總統怎么想，但活著的雷丁頓更有價值。可令庫珀再次失望，安娜一意孤行，總統迪亞茲也認同法務部的意見。萊斯勒和納瓦比在酒店找到齊格勒，就在撤離過程中，齊格勒劇烈咳嗽，體內飛出成群龍虱，當場斃命。剛從白宮出來的庫珀得知情況後大怒，這明明是雷丁頓提供的黑名單“四郎將軍”作案手法。如果不是安娜的頑固不化，也不會讓齊格勒白白喪命。他立刻調頭回白宮，要求總統發布特赦令。否則就會告訴《紐約時報》，總統放任一名德國高級情報官員身亡。希望以此能在最後一刻，救下雷丁頓。
第六季第12集庫珀深夜造訪白宮，與總統迪亞茲見面。為避免外交危機，必須暫停雷丁頓的死刑，以徹底調查刺殺事件。庫珀顧不上什麼基本的禮儀，嚴厲斥責是迪亞茲無視雷丁頓的要求，才導致艾娃慘死。如果迪亞茲依舊執迷不悟，他就會將此事的內幕告知德國方面。子時剛到，行刑室的電話響起，死刑被叫停。雖然不清楚是赦免，還是緩刑，但伊莉莎白、鄧比以及萊斯勒等人都鬆了一口氣。白宮小會議室里，庫珀、安娜通過網路視頻，與剛在鬼門關前走了一遭的雷丁頓通話。法務部已同意給雷丁頓四十八小時找到殺害艾娃的人，如果成功就恢復豁免協定，否則死刑將繼續執行。調查工作必須處於保密狀態，雷丁頓還要佩戴GPS腳環。一旦潛逃，剛剛救他出火坑的庫珀就要擔上教唆縱容越獄的罪名。監獄外，伊莉莎白和鄧比看著雷丁頓走出監獄大門恍若隔世。可雷丁頓的話讓他們傻了眼，雷丁頓根本不知道兇手在哪。等到了特別小組基地，雷丁頓給出了嫌疑人的姓名巴斯蒂安，那個改頭換面還試圖炸了聯合國的民粹份子。從被捕入獄開始，雷丁頓就在挖掘這條線索。到聯邦醫療中心，調查四郎將軍，查到一瓶毒蟲汁寄往巴斯蒂安位於倫敦的公寓，鄧比在巴斯蒂安公寓查到五百萬美元匯給了加密銀行家，加密銀行家又存進喬納斯的戶頭用以換取艾娃的行程安排和通行證，最後巴斯蒂安在酒店內實施下毒。艾娃此來是為了向韋德議員披露一起妄圖襲擊美國的陰謀。現在艾娃遇害，巴斯蒂安必會對其他知情者下手。阿蘭姆調出聯合國爆炸案的調查報告，在巴斯蒂安放置炸彈的會議室與會人員名單中，雷丁頓認出一名叫克里斯托弗的前軍情六處特工兼聯合國安全顧問。如果真有一份關於襲擊美國的情報檔案，克里斯托弗必定就是編寫檔案的情報官員。通過線人，雷丁頓得知克里斯托弗住在哥倫比亞高地。萊斯勒和納瓦比率領應急小隊突襲克里斯托弗的住所，找到受重傷的克里斯托弗，保險箱裡的隨身碟已被取走。巴斯蒂安翻窗而出，從防火梯逃之夭夭。克里斯托弗臨死前，把隨身碟密碼告訴了納瓦比，但沒有檔案也是枉然。在飯館裡享受午餐的雷丁頓接到訊息，正想對策時，巴斯蒂安突然出現在他面前。雷丁頓立刻明白了一件事，巴斯蒂安能找到這裡唯有一個可能，有人泄露了GPS定位。除了特別小組成員，只有一人能獲取GPS數據，那就是法務部長助理安娜。巴斯蒂安承認受僱於德國極右組織“黑拳”，行刺艾娃的原因是她阻礙了德國民族主義的復活。可雷丁頓很清楚，巴斯蒂安被騙了。想置艾娃於死地的人並非“黑拳”，而是美國政府的人，只因為艾娃發現了一起襲擊美國的陰謀。為了證實自己的話，雷丁頓寫出了密碼。巴斯蒂安當即在手機上查看克里斯托弗所寫報告的內容，確認與德國無關，全部是關於襲擊美國的計畫。得知被騙後，巴斯蒂安憤而離開，帶走了隨身碟。雷丁頓心裡明白，他的下一個目標就是法務部的安娜。雷丁頓把訊息通報給特別小組。因一時找不到納瓦比，萊斯勒和伊莉莎白即刻出發趕往安娜公寓。應急小隊抵達時，巴斯蒂安從後門逃走。安娜雖神色緊張，但安然無恙，客廳里還有具不知名的外賣員屍體。萊斯勒和伊莉莎白緊追不捨，終於在路邊抓到了巴斯蒂安。巴斯蒂安沒有反抗，願意用一個秘密換取優待。可沒等他細說，一枚子彈穿顱而過，當場斃命。找到了行刺艾娃的兇手，雷丁頓的豁免協定隨即生效。安娜強調了三點，一如果庫珀公開這份協定，協定作廢；二雷丁頓再犯案，協定作廢；三特別小組成員知道雷丁頓犯案又知情不報，以同謀罪論處。新協定生效後，安娜成為特別小組監管人。雷丁頓雖然沒有看到克里斯托弗的檔案詳情，檔案也下落不明，但目前看來一定與安娜有牽連。只要安娜監管特別小組，要揭露這場陰謀背後的真相就不會簡單。庫珀很高興看到自己又愛又恨的人重回人間，但不得不面對另一名得力手下的離去。自從納瓦比上次墜河後（詳見S05E21），缺氧對大腦造成的損傷日漸惡化。除了喪失語言組織能力，出外勤時也漸感力不從心。為了不拖小隊後腿，她毅然提出辭呈。
第六季第13集雷丁頓死裡逃生，伊莉莎白也無意再追究他的真實身份，一切就像回到了從前。為此，雷丁頓在酒店裡大擺筵宴，招待認識和不認識的各路朋友。鄧比卻不在其中，他正在執行雷丁頓交待的秘密任務，把一具高度腐爛的屍體從古巴運回美國。酒會結束天已大亮，雷丁頓邊喝著芹菜番茄汁解酒，邊跟伊莉莎白說起下一個黑名單人物，威斯科。說起來，當年威斯科把雷丁頓招入麾下，也算是他的導師。可最後騙光了雷丁頓所有積蓄，還把年青的雷丁頓丟在了巴拉圭。威斯科在上世紀七十年代美國金融和政治醜聞中扮演了重要的角色。1971年，被證監會指控從其管理的共同基金中非法獲利兩億美元。一年後，被揭發為脫罪向尼克森捐了筆非法競選捐款。之後逃亡中美洲，有報導稱他在2007年死於古巴。但雷丁頓懷疑威斯科偽造了自己的死亡，才會派鄧比到哈瓦那挖墳盜屍，再拜託伊莉莎白找法醫做DNA檢測。庫珀記得局裡的確曾通緝過威斯科，多年後不了了之。此時威斯科再裝死，必定另有目的。這個想法與雷丁頓不謀而合，雷丁頓認為威斯科是找到了十八世紀沉沒於佛羅里達海岸，滿載黃金的德拉克魯茲號。因為威斯科曾親口說過，只要找到了那筆寶藏，就會永遠消失。兩大宗師級罪犯互鬥倒是很合庫珀的胃口。法醫檢測結果顯示，從威斯科墳墓里挖出的屍骨屬於一個叫安德森的人，是個普通小嘍羅。如果安德森在威斯科墓里，那威斯科一定冒用了安德森的身份。檔案顯示安德森現居於加拿大特魯羅市，庫珀命萊斯勒和伊莉莎白前往調查。哪知萊斯勒和伊莉莎白撲了個空，威斯科像是已得到風聲，逃進公寓外的小巷。伊莉莎白緊追不捨，眼睜睜看著他鑽進街角一輛警車裡逃之夭夭。透過後車窗玻璃，伊莉莎白清楚看到了雷丁頓的影子。心中懊惱，又被雷丁頓利用了。雷丁頓利用伊莉莎白，成功把威斯科誘到了自己的車上。威斯科卻並不承認找到了寶藏，他躲在加拿大起初是為了逃避宿敵的追殺，風頭過後，反而喜歡上了這種低調平淡，與世無爭的生活。見雷丁頓怒目圓睜，索要當年被騙的巨款，他只好說出實情。寶藏雖沒找到，但經過多年的研究已有了眉目。乘著私人飛機來到華盛頓特區，二人進了國會圖書館。這裡有全世界保存最齊全的原始資料，也是寶藏關鍵線索的所在地。館藏的《德拉克魯茲號之詩》是一名歌劇家詠誦德拉克魯茲號的辭句，內容是關於獨立戰爭期間一艘西班牙貨船往美國殖民地運送黃金和寶藏的哀歌，貨船在風暴中沉沒於東海岸某地。詩歌中描寫船沉於1778年春天，威斯科翻閱氣象記錄，找不到能掀翻這么大帆船的風暴記載。他猜測風暴或許是種隱喻，指代其他災難性的東西或人。貨船的航線要經過被稱為“地獄之門”的地方，以海盜肆虐聞名。當時最大的海盜頭子伊達爾戈在1778年5月之前大肆搶劫商船，此後便銷聲匿跡，應當是搶到財寶後逃到了內陸。根據海軍紀錄，他們在紐奧良附近逮捕並處死了伊達爾戈及其手下，卻沒有找回寶藏。這就要聯繫到另一個人，當時最著名的歌劇歌手朱迪斯。她很喜歡和壞小子們鬼混，伊達爾戈就是其中之一。威斯科相信，伊達爾戈把搶來的黃金藏在沒人敢搜查的地方，朱迪斯在紐奧良歌劇院的更衣室里。後來歌劇院被大火付之一炬，朱迪斯也葬身火海。在原址上，歌劇院被重建，朱迪斯更衣室的廢墟就在新舞台下方。寶藏唯一能在的地方，只有那裡。一連串的完美推理讓雷丁頓喜不自禁，但要搬運整車的黃金又不引人注意可不容易。威斯科想到的辦法就是在表演期間動手，趁散場時假裝劇組人員離開。整個行動的爆破、搬運都要靠表演時的音響掩蓋，威斯科要用幾周時間策劃、設計。雷丁頓可沒那份耐心，當即決定明晚就動手。雷丁頓有自己的方案和人手，他擔心的反倒是威斯科，沒有足夠的貪婪可辦不成這事。
第六季第14集伊莉莎白來到雷丁頓的臨時住所，看到桌上擺放著自己與母親的合影，心裡不免泛起一絲悲傷。當年卡特蓮娜叛逃遭到克格勃追殺，就涉及到一家專門從事暗殺的秘密組織。世界各國的情治單位有個共識，暗殺自己內部叛逃人員不利於團隊信心的建立。遇到這種事，往往會交給第三方，即奧斯特曼雨傘公司處理。通常雨傘公司都在境外運營，現在有線索表明他們的下一個目標在美國國內。既然事情將發生在境內，庫珀覺得有必要與中情局總部的熟人聯繫一下。可通過層層關係找到雨傘公司的代理人霍布斯，卻並沒有刺殺美國特工的相關訊息。萊斯勒和伊莉莎白偷偷跟蹤霍布斯，發現他的辦公室設在“全球系統進口公司”內。記錄顯示該公司成立於1987年，證照齊全，經營毫無瑕疵，連申請搜查令的理由都找不到。合法手段不行，就只能交給雷丁頓了。刑訊逼供是雷丁頓老朋友泰迪的專長，被一條飢餓森蚺纏住身體的滋味可不好受，霍布斯很快就招供出一個地址。在一間出租倉儲隔間裡，伊莉莎白找到一隻旅行箱，箱裡有目標資料和一隻空的戒指盒。看來殺手已領命出發，隨時都可能行動。而伊莉莎白翻開資料驚出一身冷汗，目標竟然是最近離職的納瓦比。伊莉莎白覺得異常憤怒，隸屬於摩薩德的納瓦比借調到聯調局幾年，從未接觸過實質性的機密事件。如今有人要借雨傘公司清理門戶，只可能是摩薩德下的命令。阿蘭姆昨天剛申請了幾天假期，要陪納瓦比外出旅遊散心，萊斯勒打了幾個電話，都無法取得聯繫。此時，納瓦比正和阿蘭姆在雪山度假區的木屋裡享受與世隔絕的生活。阿蘭姆接到前台電話，出門處理信用卡問題。可到了前台，接待人員又聲稱沒有打過電話。他看到櫃檯旁有水療宣傳單，便拎起前台電話撥通房間號碼，想問問納瓦比。沒想到這個電話，救了納瓦比一命。原來，阿蘭姆剛出門，就有名女子敲門，稱租借的雪地摩托出了故障，想借房間裡的電話一用。就在陌生女人打電話時，阿蘭姆打來了電話。鈴聲一響，納瓦比就警覺起來。知道那人打電話是假，便拎起火爐旁的捅條打了過去。整個度假區只有前台有手機信號，阿蘭姆收到了庫珀等人發來的警告簡訊，狂奔回木屋。推門進去，只見一名陌生女人倒在角落裡。殺手是在搏鬥時，暗藏在戒指上的毒刺誤扎到自己，當場斃命。二人趕緊收拾東西，離開了度假區。納瓦比非常清楚，還會有更多殺手。她必須離開阿蘭姆，改名換姓永遠消失。雨傘公司的殺手如附骨之疽，阿蘭姆不願在這種時候獨自逃生。他們不得不棄車，徒步穿越林間小道，並約定阿蘭姆去找庫珀求助，然後到附近的安全屋碰頭。為了阻止暗殺行動，雷丁頓找到摩薩德在華盛頓聯絡人利維，可唯一能取消行動的人只有摩薩德駐華盛頓情報站站長。庫珀以官方身份要求站長停在美國境內的暗殺活動，否則他會採取任何可能的行動，即便危及美國與以色列的關係，也在所不惜。在得到毫無意義的敷衍之辭後，庫珀任由雷丁頓抓走利維。雷丁頓也明白暗殺在所難免，索性用塑膠袋活活悶死利維，以解心頭之恨。庫珀接到阿蘭姆求助的訊息後，立刻準備了兩份新護照專程送到阿蘭姆手中，還安排了海外安全屋和過渡資金。但納瓦比已在雷丁頓的安排下拿到新護照，乘坐私人飛機離開了美國。阿蘭姆心懷怨恨，一拳打在雷丁頓的臉上，永遠不會原諒雷丁頓。
第六季第15集伊莉莎白很擔心阿蘭姆，自從納瓦比離開後，他就鬱鬱寡歡。雷丁頓現在關心的可不是阿蘭姆，他需要特別小組幫忙淘汰一個競爭對手。說著，他把今天的報紙遞給伊莉莎白，頭條是警察局長沃克剿滅薩萊里販毒集團。伊莉莎白不解的看著雷丁頓，不明白他的意思。其實，沃克局長一直以來都是薩萊里集團的保護傘。現在他突然改變立場，投靠了另一個勢力更強大的販毒集團。促成此事的人，就是雷丁頓所說的競爭對手，奧利維亞。奧利維亞曾是華爾街的分析師，靠著定向風險分析能力收入頗豐。2008年金融危機後，她作為公司蓄意收購者重新出現，客戶大多是地下犯罪集團。慣用手法就是尋找漏洞，編制目標映射圖，再分析出每一個壓力點，然後運用這些數據吞併或奪走目標的資產。在這個案例中，奧利維亞就是掌握了局長的罪證，迫使沃克局長倒戈，進而幫助客戶擴大地盤。伊莉莎白很奇怪一點，以前交付的案子，雷丁頓從不說明意圖，為何這一次明確是要除掉競爭對手。雷丁頓不否認這是個雙贏的行動，雷丁頓能少個對手，特別小組也能從奧利維亞那裡得到法務部長助理安娜的情報。奧利維亞最近要與一個潛在客戶見面，雷丁頓提供了時間和地點。現在安娜是特別小組的監管人，處理這個案子必須謹慎。為了了解安娜的真實目的，庫珀同意組織戰術小隊，伺機抓捕奧利維亞。紐約長島的一間倉庫外，正在車內監視的伊莉莎白和萊斯勒驚訝的發現，所謂的潛在客戶就是雷丁頓自己。雷丁頓和鄧比進了倉庫，狡猾的奧利維亞並未現身，而是通過一台電腦實時視頻通話。就在阿蘭姆追蹤通話來源時，更讓人吃驚的事發生了，雷丁頓居然開口就要求奧利維亞背叛安娜，把萊斯勒和伊莉莎白驚出一聲冷汗。奧利維亞也像是吃了一驚，矢口否認與安娜相識。不過雷丁頓早已知道安娜通過奧利維亞，在北美自由貿易協定表決時爭取到參議院足夠票數的事，容不得她否認。雷丁頓拖延了足夠多的時間，讓阿蘭姆查到奧利維亞是在移動的車輛上，利用高頻無線信號通話。一輛迎面而來的廂式貨車車頂有外架天線，正符合阿蘭姆的描述。萊斯勒趕忙調轉車頭追了過去，只可惜對方早有防備。追到一條小巷時，兩頭都被貨車擋路，萊斯勒和伊莉莎白的車困在巷子裡進退不得，失去了目標。目前的局面是庫珀最不想看到的，卻正是雷丁頓想達到的目的。安娜是個聰明又謹慎的人，雷丁頓就是要讓她感受到壓力。人一緊張，就會犯錯。果然，雷丁頓的話音剛落，安娜就衝進了庫珀的辦公室。她要求以後雷丁頓的任何案子，都必須在調查開始前提交備案。調查過程中，也要隨時提交報告。調查結束後，所有資料必須上交法務部，由她來決定是否有抓捕的必要。如此過分的要求，正說明安娜與奧利維亞有聯繫。但提到這個名字時，安娜又假裝不知。所以庫珀提出抓捕奧利維亞並搜查其客戶名單時，安娜也不便否決，只是強調客戶名單和資料全部交到法務部。阿蘭姆查到攔截萊斯勒的貨車屬於石錘電力公司，一個月前被一家私人控股公司收購，並將之關閉。隨後又被另一家雨雲公司收購，該公司專攻惡意收購，與奧利維亞的行事作風極為相似。萊斯勒和伊莉莎白隨即申請了搜查令，對雨雲公司進行搜查。擅長人物側寫的伊莉莎白很容易就從員工中看出什麼人最容易攻破，才25歲的助理艾瑞克交代了位於同一幢辦公樓的會計事務所才是真正的辦事點。
第六季第16集碼頭上兩個幫派險些就要動手，只因為在交通部做事的亨利沒處理好貨運清單，以致於部分貨物無故失蹤。雷丁頓親自出面擺平此事，還搭上了一瓶好酒。亨利嗜賭如命，必定又是輸光了錢，就打貨品的主意。沒等雷丁頓去找他，亨利就主動打來電話，說什麼交上好運，與幸運女神達成協定，要離開一段時間，很快就能解決所有麻煩。雷丁頓命親信斯莫基找間安全屋，便於處理一些事。在他坐牢期間，有些手下擅自接活，還有人試圖推翻他的統治，現在到了清算的時候，順便找出那個出賣他的人。鄧比沒想到雷丁頓第一個叫來的人會是伊莉莎白，不由得心中一寒。所幸雷丁頓不是懷疑到伊莉莎白頭上，而是讓她去調查下一個黑名單人物——“幸運女神”。幸運女神是個真實存在的都市傳說，一方面給予救助，另一方面又施以懲罰。亨利在破產之際，幸運女神伸出援手，給予一筆意外之財。至於與幸運女神共舞的賭注是什麼，連雷丁頓也不知道，只知道涉事的人都沒活下來。亨利與第三世界國家多有聯繫，雷丁頓拉攏他就是為了打探“第三世界”有何陰謀。如今他生死未卜，必須查清幸運女神要他做什麼。根據銀行流水，亨利在過去兩年內一共輸了十九萬六千美元。光是昨晚在大西洋城一家賭場，就輸了三千四百美元。監控顯示，他在凌晨四點十八分離開賭場，之後就再也沒出現。伊莉莎白和萊斯勒找到亨利的妻子特里，得知幾小時前亨利還從賓夕法尼亞州給家裡打過電話，說要出差幾天。不過特里哪會想到，丈夫兩個月前就被市政府解僱，甚至都不知道丈夫昨晚是在新澤西州的一家賭場裡。特里那找不到什麼線索，但一樁謀殺案事發地的周邊和大樓監控里倒發現了亨利的身影。被害人叫貝茲，兩周前在社交媒體發文，慶祝自己戒毒成功。網頁上分享了一個網路連結，是專為“賭博成癮康復治療”開設的互助會。貝茲是多家網上撲克賭博網站的註冊會員，遇害前不僅清償了欠款，還註銷了所有參賭賬號。案件發生後，亨利興高采烈的打電話給妻子，聲稱拿到了一大筆錢，還約定次日中午十一點在公園見面。特里配合聯調局展開布控，嘗試錄下認罪錄音。可亨利見到妻子後，只說能還清所有債務，隻字不提是如何做到的。這時，負責監視的萊斯勒看到不遠處有名可疑男子快步走向亨利，一隻手從口袋中掏出手槍。萊斯勒和伊莉莎白立刻帶人分頭包抄，亨利肩頭中彈倒地性命無礙，被伊莉莎白以謀殺罪名逮捕。萊斯勒則當場抓住那名殺人未遂的陌生男子，帶回調查。審問了亨利和那名叫奈德的陌生人，二人都是受一名老婦人指使，殺了指定的人就能得到大筆錢還債，開始新生活。亨利和奈德都是賭徒，除此之外並無交集。可以確定，幸運女神是用賭徒謀殺賭徒。收集符合類似情況的案件，可以找到多起賭徒死亡的案子。幸運女神的動機尚不明確，用於收買賭徒的資金也來源不明。目前只有一個線索，看看奈德怎么樣從幸運女神手中拿到錢。奈德積極配合，打電話請求見面，地點就在一家路邊餐館。伊莉莎白不明白，餐館四面都是櫥窗，幸運女神怎么會選擇這種很容易被觀察的地方。等卡座里的奈德接到電話，伊莉莎白才明白，幸運女神就在附近。幸運女神對這個餐館太熟悉了，認識每一名店員和顧客。伊莉莎白等人的生面孔出現，自然就會引起懷疑。幸運女神沒有露面。調閱餐館附近監控，伊莉莎白注意到一輛先停下後急速離開的車輛。車主叫阿加莎，還是個有故事的女人。阿加莎的丈夫盧也是個賭徒，1986年的時候，阿加莎在產房裡等著女兒莫伊拉出生，丈夫卻領著兒子去便利店買彩票。回來的路上發生車禍，兒子死亡，丈夫重傷，諷刺的是彩票中了頭獎8700萬美元，此事成為當年頭條新聞。
第六季第17集第三世界採購先進的監控設備是為了破壞備受貴族富豪青睞的安全系統，最近發生幾樁綁架億萬富翁子女事件，贖金達數億美元，該設備在其中就起到了關鍵作用。雷丁頓認為這是一種窮凶極惡積累資金的方式，但他還是不明白，為什麼一個白宮高級顧問要夥同第三世界襲擊自己的國家。現在的問題是，特別小組調查任何案件安娜都會第一時間得到訊息。果不其然，剛著手調查第三世界，安娜就來到局裡，親自坐鎮。阿蘭姆已查到五起綁架案，其中四人已安全回家，支付了總計三億美元贖金。第五名受害者德斯兩天前被綁架，與其他家庭不同，德斯的父親福伊拒絕接受秘密和解，並直接向紐約警局報案。萊斯勒和伊莉莎白奉命到德斯家了解情況，其父母在一小時前收到勒索視頻。視頻中，德斯四肢被綁縛在一個看似古舊的刑具上，痛苦的掙扎著。福伊態度強硬，聲稱絕不會向恐怖份子妥協。經過萊斯勒和伊莉莎白勸說，他才同意配合，但只是到指定地點與綁匪協商，並非付錢。哪知行動剛開始就受挫，綁匪沒有直接撥打福伊的電話，而是將一部手機粘在公園長椅底下。福伊按照電話里的指示，到公園對面咖啡館與一名女子接頭。女子見福伊進來，就起身離開，在桌上留下一本書，書籤上寫明要求福伊出後門，上一輛黑色賓士車。因聯調局監聽不到手機通話，福伊只好自言自語，通過身上的竊聽器傳遞訊息。這一反常舉動馬上引起綁匪懷疑，導致伊莉莎白沒能抓到可疑女子，黑色賓士也從萊斯勒身邊疾馳而過。沒過多久，福伊就收到兒子被槍殺的視頻。伊莉莎白仔細觀察視頻，從中找到一條可用線索。視頻里的刑具源自十八世紀，屬於古董級刑具，罕見且恐怖。對於這種稀奇古怪的東西，雷丁頓一定有辦法打聽到來源。雷丁頓的確認識一個人，專門收集類似古董。從她那得知，最近有架一模一樣的拷問台被文史專家兼收藏家尼爾拍得。此時，阿蘭姆查到那輛逃逸無牌黑色賓士在四十八小時前有份可疑車輛舉報，舉報人叫德拉，藥物公司總裁，稱那輛車在她家附近徘徊。德拉有個二十二歲的兒子泰勒，當萊斯勒和伊莉莎白趕到德拉家後，德拉才承認兒子的確已被綁架。伊莉莎白正要勸說德拉交付贖金，以便聯調局追蹤錢款流向，抓住綁匪。不想與德拉一家相熟的福伊闖了進來，在福伊的鼓動下，德拉拒絕合作。所幸雷丁頓已從尼爾那得知，他並沒有把拷問台賣給別人，而是一直存放在自己的私人博物館內。戰術小隊立刻在博物館四周秘密布下人手，伺機營救人質。因無法獲得樓內監控信號，阿蘭姆自告奮勇假裝寬頻公司員工進入小樓。沒想到尼爾的女兒是綁匪同夥之一。見有探員來找父親，立馬打電話通知了綁匪，阿蘭姆成為階下囚。就在庫珀與綁匪交涉時，安娜不請自來。在不了解樓內情況下，擁有特別指揮權的安娜要求戰術小隊突入。這個決定也得到德拉的支持，她是參議院的金主，連國防部長都對她禮敬三分，庫珀只得下令展開營救行動。實施行動的結果令所有人意想不到，福伊的兒子德斯竟然就是綁匪，泰勒也是，之前五名受害者全都是。泰勒在突襲中被擊斃，德斯被俘。德拉為自己的決定失去了兒子，福伊則眼睜睜看著兒子被推入警車，一切是這么諷刺。審訊室內，泰勒得知好友德斯送醫不治後內疚不已，交代了“第三世界”頭目是爆破專家魯迪格。雷丁頓用自己的手段進行審問，確定魯迪格指使富二代敲詐父母與安娜之間毫無關聯。安娜隱瞞“第三世界”的資料，是在故布疑陣。事情還沒結束，鑒於魯迪格不誠實，雷丁頓懷疑他就是向警方出賣自己的人。伊莉莎白現在也不知道是否該向雷丁頓說出真相，還是讓無辜的魯迪格擔下罪名。在調查“第三世界”的同時，萊斯勒仍在私下調查卡特蓮娜。在找到卡特蓮娜生母維吉尼亞的丈夫泰德後才知道，維吉尼亞幾個月前因癌症去世。卡特蓮娜是維吉尼亞前段婚姻所生的孩子，泰德只知道她們母女不和，一直沒有什麼聯繫。維吉尼亞臨終前給女兒寫了封信，托泰德幫忙寄出去，地址是個紐約上州的郵政信箱。萊斯勒調閱郵政局監控，愕然發現取信人是伊莉莎白的外公多米尼克。
第六季第18集雷丁頓與魯迪格的見面安排在中午，不想讓魯迪格冤死，就只有說出真相。伊莉莎白心情糾結的來找雷丁頓接受新的案子。雷丁頓要交付的案件是起六年前的舊案，從2013年開始的一年多時間裡，布羅克頓校區相繼有三名女學生被殺，屍體都被擺成冰凍的雕像。受害者的共同點是與同校學長克萊爾有過交往，其中一人體內還發現有卡萊爾的精液。卡萊爾被捕後認罪，並被判入獄。此案因為一個播客《解凍》而受到國際社會重視，播主是布羅克頓大學畢業的金伯利。她在播客中指出了很多疑點，包括警方未找到兇器及作案地點，校方在調查期間隱瞞其中一名受害者投訴阿德里安教授性騷擾，巧合的是受害者也都是阿德里安的學生。在輿論壓力下，案件複審。恰在此時，又一名女學生被發現死亡，屍體被凍成冰棍。雷丁頓認定兇手就是卡萊爾，但沒有能證明卡萊爾在監獄中指使同夥作案的證據，所以讓特別小組調查此事，否則卡萊爾的定罪就會被陪審團推翻。拿到案件資料後，伊莉莎白結結巴巴說出是自己向警方舉報的真相。雷丁頓當場愣住，半天說不出話來。其實雷丁頓早就有過懷疑，畢竟他一進監獄，伊莉莎白就忙著尋找漢斯醫生的護士。可雷丁頓一直在說服自己，伊莉莎白不可能背叛。現在聽到伊莉莎白親口說出來，仍讓他震驚。他也不知道是否該信任伊莉莎白和隱瞞了實情的鄧比。談話不歡而散，伊莉莎白回到總部，著手調查連環殺人案。阿蘭姆也是《解決》播客的冬粉，與雷丁頓想法不同，他認為兇手應當是播客中提到的阿德里安教授。不管怎樣，都不能讓兇手玩弄法律。庫珀便命伊莉莎白和萊斯勒到警局了解情況，阿蘭姆則去大學找阿德里安教授。萊斯勒和伊莉莎白來到法醫處，經屍檢確定死者和其他受害者一樣曾被浸泡在液氮中。頭皮下也有類似於嫩肉錘打擊留下的瘀傷，死因同樣是低溫。一樣的作案工具，一樣的殺人手段。實際上，這並不需要卡萊爾在獄中指點，但凡聽過《解凍》播客的人都知道該怎么做。另一邊，阿德里安教授在接受阿蘭姆問詢時反應激烈，聲稱正在起訴金伯利誹謗，更否認自己是連環殺手。緊接著，又一名布羅克頓大學學生珍妮失蹤。金伯利在播客中把矛頭直指阿德里安教授和大學，因為前一名受害者和失蹤的珍妮都是阿德里安的學生，學校卻不採取任何措施。萊斯勒和伊莉莎白查了卡萊爾的探監記錄、通話記錄，還有監獄食堂賬號，甚至是他家人的銀行記錄，未發現可疑之處。阿蘭姆調出阿德里安的離婚協定後，在分得的財產中有一間郊外的祖傳小木屋，與世隔絕很隱蔽。伊莉莎白和萊斯勒來到木屋，翻窗而入，果然發現一台冰櫃和奄奄一息的珍妮，現場還找到幾加侖罐裝液氮。由於這些新證據，阿德里安教授被定為重大嫌疑人，卡萊爾的罪名也被撤銷。案情戲劇性的反轉，成為各大媒體競相追逐的熱點。卡萊爾從法院出來時，在記者的包圍中看到了為他奔走多年的金伯利，不由得心生感激。阿德里安當天並未到校上課，阿蘭姆定位到他的手機信號在瑪戈家中。萊斯勒和伊莉莎白隨即前往實施逮捕。而瑪戈以前曾是阿德里安的學生，在連環殺人案初期，二人有著秘密戀情。阿德里安到她家，就是想請她出面作證。調查下來，前三起案件中，有一起案發時間的確有阿德雷里安和瑪戈的開房記錄。萊斯勒問過校園保全，珍妮失蹤當晚，阿德里安也是在辦公室批改作業，未曾離開。案件又陷入僵局。鑑證科在一罐液氮底部發現一枚殘缺指紋，比對後確認是在赫什化工廠工作的保羅。保羅見到聯調局探員，立刻承認有液氮丟失，而他的繼女金伯利嫌疑最大。戰術小隊衝進金伯利家時，正抓到她在地下室向冰櫃中充液氮，冰櫃裡的人就是剛剛出獄的卡萊爾。
第六季第19集伊莉莎白再次來到多米尼克家，這次是以外孫女的身份，而不是聯邦探員。從多米尼克的神態中，她得出多米尼克知道雷丁頓的真實身份。她很想知道為什麼多米尼克要隱瞞身份，而母親並未死在開普梅海灘，六個月後還幫一個人假扮成雷丁頓，母親和假雷丁頓之間到底是什麼關係，那六個月里發生了什麼事情，諸多疑問都需要多米尼克解答。多米尼克即是卡特蓮娜的父親，也是她的導師，指望著女兒長大能報效祖國。沒承想上世紀九十年代初，蘇聯剛解體的時候，因卡特蓮娜曾與秘社合作，幫助煽動起義，很多人都在找她，其中就有克格勃的頭號殺手安東·維勞夫。當年是多米尼克指派卡特蓮娜策反時任美國海軍高級情報官雷丁頓，誰想到生下了伊莉莎白。在發生爭吵的那個夜晚，年幼的伊莉莎白的確槍殺了生父雷丁頓。之後，卡特蓮娜把伊莉莎白交給“卡普蘭先生”凱特照顧。但克格勃知道卡特蓮娜背叛組織，秘社也知道她的情人雷丁頓手裡有足夠摧毀他們的情報，躲過連番追殺後，卡特蓮娜覺得只有死才能保護伊莉莎白不受牽連。她選擇投海自盡，終被海浪沖回了沙灘。之後卡特蓮娜隱姓埋名生活在一家收容所，報紙上刊登出她丟在海邊的個人物品，間接傳達了她想要的死訊，也給了她重生的機會。在收容所終於等到了時機，另一名收容者伊琳娜的酒鬼男友來鬧事，卡特蓮娜替她永遠解決了麻煩。隨後卡特蓮娜用那個男人的信用卡訂了個旅店房間，秘密聯繫在俄羅斯大使館工作的伊利亞。伊利亞自六歲時就認識卡特蓮娜，也一直愛戀著她，毫不猶豫的為卡特蓮娜製作了新護照和新身份。可卡特蓮娜剛把居住在美國的母親維吉尼亞安頓好，安東就已經追蹤到了旅店。一旦安東確定卡特蓮娜沒有死，下一個要找的人必定是身在莫斯科的多米尼克。卡特蓮娜和伊利亞冒險回國，險些被認定她是叛國者的父親交給克格勃。最後時刻，多米尼克理解了女兒，在伊利亞的幫助下逃離俄羅斯。也就是從那時開始，為保護外孫女的安全，多米尼克答應不會去見瑪莎。可還有一個問題，卡特蓮娜和伊利亞掩埋了雷丁頓的屍體。秘社在活不見人死不見屍的情況下，難免擔心雷丁頓曝光有關秘社的情報。他們勢必會先下手為強，毀了雷丁頓的名譽，毀掉詹妮弗的生活。然後順藤摸瓜找到卡特蓮娜和所有相關的人，一併毀去。如果取走雷丁頓存在秘密賬戶里的四千萬美元，製造雷丁頓叛逃的假象，就能迷惑秘社。只是取錢必須由雷丁頓親自辦理，於是伊利亞想到了漢斯醫生。伊利亞為了心愛的卡特蓮娜接受了深度易容手術，並承諾一旦卡特蓮娜被抓或被殺，他就會照顧伊莉莎白，視如親生。
第六季第20集距離上次談話過去了一周，雷丁頓才再次與伊莉莎白碰頭。他閉口不談以前的事，只說新案子，一起雙胞胎綁架案。伊莉莎白態度強硬，雷丁頓只得說出自己很矛盾。他能生存到現在，就是因為幹掉了所有背信棄義的人，從不寬恕任何人，甚至是最親密的同僚“卡普蘭先生”。如今，他即不能殺了伊莉莎白，又不能信任，更不會原諒。這個問題很複雜，所以先把案子解決了，再來討論二人之間該如何相處。案件中的孩子叫科琳，在明尼蘇達州的一家遊戲廳被綁架。37小時前，另一名叫諾拉的孩子在西雅圖一座公園內走失。二人的長相相同，根據記錄，科琳出生於2011年3月2日，父母叫馬克和海瑟。次日諾拉在3200公里外出生，父母叫本和莎拉。雷丁頓之所以關注這件案子，是因為他派去監視安娜的人拍攝到安娜與綁架嫌犯見面的場景。伊莉莎白和萊斯勒分別與孩子的父母會面。四位父母都驚訝於兩個孩子的相似程度，但他們也要接受一個現實，DNA檢測兩個孩子是雙胞胎，而他們都不是孩子的親生父母。在深入了解後得知，兩家人在同一診所做了試管嬰兒手術。診所負責人很配合調查，承認2010年時給兩家配備了不同的醫療團隊，不太可能出錯。真要有問題，只能是胚胎學家邁爾斯替換了遺傳物質。邁爾斯被帶到聯調局審訊室，再想否認都沒用。阿蘭姆已查出他之前欠了一身債，連助學貸款都還不上。到診所上班五個月後，就貸款買房，還添置了車輛。邁爾斯這才承認收錢，偷換了三枚胞胎。除了諾拉和科琳，還有個格蕾絲。伊莉莎白和萊斯勒立刻趕到學校，可惜還是晚了一步，格蕾絲已被一名自稱兒童保護服務處的人帶走。伊莉莎白查了資料庫，發現近十八個月來有多起兒童走失案件。對比之後可知，都是三胞胎失蹤，而且均由不同父母撫養。阿蘭姆檢測了三名女孩的DNA序列，懷疑有人把一個受精卵分裂成三枚胚胎，然後對其中兩個修改了基因，有理由認為是在做某種人體實驗。雷丁頓通過自己的渠道了解到那名綁匪叫科頓，專業從事尋找特殊東西的業務，一名參議員就僱傭他找丟失的收藏品“多聞天王”掛毯。雷丁頓找了個地下交易商，發出“多聞天王”掛毯照片，科頓果然自投羅網。再加上刑訊專家泰迪的手段，科頓很快就交代出是吉爾莫·黎薩博士雇他綁架。雷丁頓把名字發給了伊莉莎白，他關心的是另一件事，安娜到底想找什麼。房產紀錄顯示，黎薩博士在霍華德郡有座倉庫。庫珀立刻通知人質救援小隊出動並申請搜查令。在倉庫里，伊莉莎白和萊斯勒找到了失蹤的多對三胞胎。但警衛已發出警報，倉庫里響起槍聲，有人在清除罪證和人證。救援小隊迅速沖入倉庫，萊斯勒攔截住抱著科琳逃走的黎薩博士。審訊室里博士交代了實驗的目的是要加速人類進化，以適應地球日益惡劣的環境。倉庫的溫室中，科琳明顯比另兩個孩子更能忍受高溫、高濕環境，還能飲用高鹽分水源。她就是成功的實驗品，也是人類的希望。案子是解決了，不過伊莉莎白覺得雷丁頓不會原諒自己，就算打探出安娜的事也不會如實相告。可雷丁頓狠不下心，還是告訴了伊莉莎白。安娜僱傭科頓是為了找到克里斯托弗的報告，巴斯蒂安遇害那晚，把存儲了報告的隨身碟塞進一名路過孩子的書包里。如今安娜已知道此事，搶占了先機。
第六季第21集伊莉莎白第一時間向庫珀電話匯報了雷丁頓獲得的情報，安娜已經知道檔案的下落，在一名叫帕克的孩子背包里。庫珀命令萊斯勒召集特警與伊莉莎白匯合，阿蘭姆則通知帕克的家長。而此時，特勤局探員米利安已經到了帕克家中。帕克的父親詹森不在家，母親塔米知道兒子背包里那個不明隨身碟。因為隨身碟被加密，所以詹森前兩天送給了懂行的山姆，剛才就是被山姆叫走了。桌上的手機響起，在米利安探員犀利的目光下，塔米沒敢接聽。阿蘭姆一直聯繫不上帕克的父母。等應急小隊衝進帕克家時，裡面空無一人。通過家庭監控，伊莉莎白看到父親詹森四十分鐘前就把妻兒接走，且行色匆匆。詹森手裡好像還拿著一枚隨身碟，看神情，似乎知道裡面的內容。至於離開的原因，伊莉莎白猜測與一小時前出現在他家門口的人有關。但那人刻意避開攝像頭，並沒有拍到正面。這下庫珀有些犯難。如果發布全境協查通告，相當於幫助安娜尋找帕克一家。可沒有政府資源，尋找三人無異於大海撈針。伊莉莎白想到了一個人，雷丁頓的合作夥伴之一，羅赫略。羅赫略掌握著華盛頓龐大的女僕、清潔工、勤雜工大軍，遍及各大酒店、旅館。在羅赫略的小辦公室，雷丁頓拿出帕克家人的合影，懸賞兩萬美元，晚飯前找到還能翻倍。重獎之下必有勇夫，雷丁頓很快就拿到了地址，在一家汽車旅館內。但是特勤局也在監視帕克家，看到聯調局的人進進出出，立刻向安娜匯報。見安娜面色不善的衝進辦公室，庫珀索性把話講明，直指安娜涉嫌參與一起針對美國的陰謀。現在就是場競賽，誰先拿到隨身碟，就能讓對方死無葬身之地。伊莉莎白和萊斯勒在旅館房間找到如驚弓之鳥的帕克一家。今天上午詹森去山姆家，透過窗戶，親眼看到有人搶走了電腦，還殺山姆滅口。山姆在電話中提到過隨身碟里有涉及政府部門參與的陰謀，因此詹森很難再信任政府雇員。他已把原件寄給《華盛頓郵報》，要將此事公開。萊斯勒好不容易說服約翰孫，和伊莉莎白領著詹森、塔米、帕克從旅館後門離開。在停車場遇到特勤局米利安探員和其手下攔截，塔米認出了米利安，詹森也認出正是米利安搶走山姆的電腦，還殺人滅口。詹森的話一出口，雙方立刻拔槍對峙。特勤局人多勢眾，詹森又不甘心被抓，轉身奪槍，引發槍戰。米利安強行將詹森推上車，下令解決伊莉莎白、萊斯勒，還有塔米、帕克。危急時刻，雷丁頓殺到，擊斃一名特勤局探員，然後開車去追詹森。雷丁頓沒能追上米利安的車。庫珀派人去山姆家，屋內沒有任何痕跡。雷丁頓很清楚，安娜必定是找了清道夫清理過現場。阿蘭姆查到停車場死者的身份，的確是貨真價實的特勤局探員。此人手機里只有四個聯繫方式，阿蘭姆已對四個號碼進行監聽。
第六季第22集行動小組內的所有成員，包括副局長庫珀在內，均被國家安全局逮捕，就地關在基地內。安娜不愁給他們羅織罪名，也不擔心漏網的伊莉莎白和雷丁頓會銷聲匿跡，只怕總統羅伯特會臨陣退縮。而羅伯特的決心堅定，只求明天能一槍斃命，不要有太多痛苦。安娜查過門禁系統，確定伊莉莎白就在基地內，被抓是遲早的事。克里斯托弗的報告資料已徹底從阿蘭姆的電腦中刪除，沒了這份資料，庫珀就毫無勝算。安娜勸他放棄無謂的抵抗，打電話給伊莉莎白，讓其投降，卻遭到斷然拒絕。雷丁頓也在電話里讓伊莉莎白儘快離開基地，但伊莉莎白做不出獨自逃生的事。見說服不了伊莉莎白，雷丁頓只好妥協，去聯繫伊莉莎白要找的塔達希和魯迪格。魯迪格組織了一幫穿牆挖洞的高手，暗影五人組，他們曾悄無聲息的搶過西班牙銀行金庫，連雷丁頓都聽說過他們的大名。這幫亡命之徒聽說要去打劫聯調局，個個興奮的摩拳擦掌，就像是要去完成某項挑戰賽一樣。天才少年塔達希則入侵基地伺服器，在電話中指導機房裡的伊莉莎白破壞門禁系統，放出被分別囚禁在辦公室、審訊室和拘留室的同伴。庫珀、萊斯勒、阿蘭姆沿著依次開啟的電子鎖指示，脫離國安局人員的看管。眼看就能逃離，警報意外響起，三人被蜂擁而至的國安局人員包圍。安娜下令，將他們關進地下由鈦合金和防彈玻璃製成的安全屋內，這也正是伊莉莎白的目的。雷丁頓和魯迪格一行人，首先坐著偷來的郵遞車，控制了基地門衛。只等那邊伊莉莎白通知已繞開監控系統，將循環上傳重複視頻後，暗影五人組開始行動，在安全屋下一層安置炸彈。不過監控很快恢復，五人的行動被察覺。特勤局米利安立刻帶人前往抓捕，卻撲了個空，根本就是煙霧彈。等安娜和米利安再趕回安全屋，裡面的人已被伊莉莎白和雷丁頓救走。人是救出來了，可現在他們也成了全國通緝犯。要如何避開聯調局、國安局、警局的眼睛，在今晚的辯論會現場救下總統，揭穿陰謀，還是個問題。雷丁頓的計畫是混進會場外的抗議者里發動暴動，再扮成執法人員混入會場，在暗殺發生前，通過監控找到槍手。要完成這個任務，庫珀只能去找聯調局裡最可靠的朋友幫忙，把伊莉莎白和萊斯勒安排進警局的防暴隊。阿蘭姆化裝成學生，進入舉辦辯論會的大學，嘗試入侵學校安保系統。連上監控系統後，他發現有個攝像頭不在工作狀態。按照圖紙顯示，正是五樓燈光室，絕佳的狙擊地點。萬事俱備，下面就是出錢找人搞事了。“第三世界”本就是群激進的顛覆主義者，要煽動他們鬧事，簡直輕而易舉。等到時機合適，混在抗議人群里的瓊斯得到庫珀的指令，拋出兩支自製汽油瓶，現場頓時一片混亂。戴著防暴頭盔的伊莉莎白和萊斯勒趁亂進入大樓，迅速奔向五樓燈光室。此時，台上的辯論剛結束，總統羅伯特與第一夫人米爾亞姆一起向台下聽眾致謝。突然闖入的萊斯勒干擾了正要摳動扳機的米利安，子彈沒射中總統，而是射穿了一旁第一夫人的肩膀。雖然阻止了暗殺，可伊莉莎白和萊斯勒被特勤局逮捕。米利安惡人先告狀，指控二人慾行刺總統，他則是未能及時阻止開槍。阿蘭姆也隨即被抓，他們將面臨判國罪指控。在囚車裡，萊斯勒想不通一件事。他看過米利安的簡歷，其曾得過陸軍特種部隊狙擊比賽冠軍。比賽使用的是飛靶，比射擊總統難度大得多，不可能因為一點干擾就射偏那么多。話未說完，囚車便停在荒郊野外。米利安打開三人的手銬，要製造一樁囚犯逃跑被射殺的冤案。這時，雷丁頓的車突然從後方疾馳而來，撞向囚車。囚車側翻，伊莉莎白和萊斯勒反應迅速，奪下守衛的手槍，與雷丁頓左右夾擊，殺出條血路。米利安也在混戰中，被萊斯勒擊斃。槍戰剛結束，還在檢查戰場時，誰都沒注意到安娜出現在雷丁頓身後，把槍口抵在了雷丁頓的頭上。計畫失敗，安娜已無退路，抱著必死的決心前來，要一舉消滅所有知情人。但鄧比及時趕到，一槍貫穿了安娜的腦袋。大家都安全了，卻只是暫時的。沒有克里斯托弗的報告，就無法自證清白。萊斯勒繼續推理，覺得米利安的目標並非總統。米利安在辯論進行時，遲遲不動手。唯一的解釋就是羅伯特上演苦肉計，以爭取更多選票。雷丁頓有一個想法，可能米利安的目標就是第一夫人。要知道真相，就只有去問第一夫人。雷丁頓和庫珀主動投案，條件是到醫療中心與第一夫人面談。雷丁頓知道羅伯特在四年前曾接受過俄羅斯政治寡頭康斯坦丁的數億美元捐款，他當時還就此敲詐過羅伯特，大賺一筆。奇怪的是，那筆上億的政治獻金去向不明。雷丁頓有理由相信，羅伯特是要擺脫妻子的控制，才會策劃這起暗殺行動。病床上的米爾亞姆這才說出實情。初選前四個月，米爾亞姆和羅伯特在父母的湖邊別墅度假。羅伯特有次酒喝多了，開車時撞死一名女子和她的兒子。羅伯特最終沒有去自首，而是找人善後。那筆巨款沒有用在競選上，全用於贖回羅伯特的名聲。
（分集劇情參考資料）
演職員表
演員表
| 角色 | 演員 | 備註 |
| 雷蒙德· 瑞德 · 萊丁頓 | 詹姆斯· 斯派德 | 世界頭號通緝犯,掌握黑名單的“犯罪守門人”, |
| 伊莉莎白·基恩 | 梅根· 布恩 | 聯邦調查局側寫師,第一天上班的菜鳥警探 |
| 唐納德 · 萊斯勒 | 迭戈· 克萊特霍夫 | 外勤探員主管 |
| 哈羅德· 庫伯 | 哈里· 林尼科斯 | 聯邦調查局反恐部助理主管 |
| 湯姆 | 瑞安· 艾戈爾德 | 基恩的丈夫 |
職員表
| 製作人 | John C. Kelley、Patrick Massett、Anthony Sparks、Wendy West、John Zinman、Jon Bokenkamp、喬·卡納漢、約翰·戴維斯、John Eisendrath、John Fox、Katrin L. Goodson、Richard Heus、詹姆斯·斯派德、Gerrit van der Meer、Laura Benson、J.R. Orci、Lukas Reiter、Michael W. Watkins、Jace Alexander、Elizabeth Benjamin |
| 導演 | Jace Alexander、Michael W. Watkins、Vince Misiano、喬·卡納漢、亞當·阿金、Nick Gomez、Stephen Surjik、Steven A. Adelson、Dan Lerner、彼得·維納、Michael Zinberg、Randall Zisk |
| 編劇 | Jon Bokenkamp、Brandon Margolis、Brandon Sonnier、Lukas Reiter、J.R. Orci、喬·卡納漢、Patrick Massett、Amanda Kate Shuman、John Zinman-、Jason George、John C. Kelley、Wendy West、Jim Campolongo、John Eisendrath、Jonathan Shapiro、Anthony Sparks、Daniel Voll |
| 攝影 | Frank Prinzi、Arthur Albert、Michael Caracciolo、Yasu Tanida |
| 配樂 | Dave Porter、James S. Levine |
| 剪輯 | Jason Hellmann、Chris Brookshire、Nathan Gunn、David Post、Harvey Rosenstock、Kevin Hale、Amy M. Fleming |
| 藝術指導 | Andrew Jackness、Nicholas Lundy |
| 美術設計 | Bradley Schmidt |
| 服裝設計 | Christine Bean、艾米·韋斯科特 |
角色介紹
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[角色介紹來源]
幕後花絮
詹姆斯·斯派德認為演員常常為他們以前所扮演的角色所束縛，如果把頭髮剃光，再把帽子摘下來就是一個完全不同的人，這樣會很好。
獲獎記錄
| 時間 | 獎項名稱 | 獲獎主體 | 獲獎情況 |
| 2014年 | 美國金球獎劇情類劇集最佳男主角 | 詹姆斯·斯派德 | 提名 |
| 2014年 | 土星獎-最佳電視男主角 | 詹姆斯·斯派德 | 提名 |
| 2014年 | 土星獎-最佳公共電視網系列劇 | 黑名單 | 提名 |
| 2014年 | 創意艾美獎劇情類、迷你劇/電視電影特技協調 | 黑名單 | 獲獎 |
劇集評價
在這部劇中，斯派德身為警方通緝多年的重犯卻突然投案自首，出場便是一襲黑風衣瀟灑不羈，一顰一笑充滿了“老狐狸”的迷人風采。他與女主角梅根·布恩飾演的“菜鳥”探員相映成趣，兩人之間的對手戲也很有愛。（新京報評）
本劇亮點十足，故事情節圍繞在全球追擊罪犯展開，地域跨度大，打造出電影般的效果；情節起伏峰迴路轉又具話題性，有關伊莉莎白的神秘背景和她與紅魔的關係，以及誰會是下一個上“黑名單”的罪犯等等懸念令觀眾感到刺激的同時充滿期待。該劇不是“一周一個案件”類型的劇集，而是“混合型”。每一集都將深入調查一種完全不同的犯罪世界——有些犯罪分子和犯罪行為，FBI可能都不知道他們的存在，捲入每一起案件的人也五花八門，極具追看性。
![黑名單[2013罪案題材美劇《黑名單The Blacklist》]](/img/a/2f8/nBnauM3XxIzN1gjNyczNwMjM2UTM1QDN5MjM5ADMwAjMwUzL3czL4MzLt92YucmbvRWdo5Cd0FmLwE2LvoDc0RHa.jpg)
黑名單[2013罪案題材美劇《黑名單The Blacklist》]