嚴格選擇種蛋
須來自優良、健康的鳥群，挑選種蛋時，先將薄殼蛋、砂殼蛋、鋼皮蛋及過大、過小、過扁、過圓、污染面積過大的種蛋挑出。對剛產出的種蛋不宜馬上入孵，要蹙貯存24小時以上，但最好不要超過6天，保存的溫度以15℃為宜。若保存期超過6天，需要降低溫度，保存種蛋的相對適宜濕度應為70%～80%，並注意貯存室的通風。種蛋保存時，應大頭朝下，每天翻動1次。
完善衛生消毒措施
1．鴕鳥蛋貯藏室的消毒。每2天用消毒液擦地板1次，隔2周全部清洗、消毒，並用福馬林溶液進行熏蒸。
2．種蛋的消毒。鴕鳥產蛋時，飼養員要用消毒紗布接住，然後送孵化室消毒，消毒劑量每平方米用37%的福馬林42毫升，高錳酸鉀21克，熏蒸30分鐘。如果沒有接住，用經消毒液浸泡的紗布擦去表面贓物，馬上送孵化室消毒。入孵之前，用消毒藥（溫度不要超過40℃）浸泡20～30秒，然後用消毒過的乾紗布擦乾種蛋即可入孵。
3．孵化室的消毒。孵化室地板每隔2天用消毒藥拖擦1次，牆壁、天花板每隔半個月用消毒藥噴灑1次，1個月進行全面清掃1次。
4．孵化機的消毒。每次孵化之前，孵化機內外及表面用消毒藥擦拭一遍，並用福馬林熏蒸消毒。
適宜的孵化條件
1．適宜的溫度。經驗發現，室溫在18℃～25℃時，如果採用恆溫孵化法孵化溫度控制在37℃效果最好，隨著室溫的升高，孵化溫度可適當降低。也可採用變溫孵化法，將孵化期分為前期、中期和後期，溫度可分別控制為36.5℃、36℃、35.5℃，其相應相對溫度分別為22%、23%、25%，並且種蛋可按大、中、小或重、中、輕3個檔次，實行分機孵化，能提高孵化率和健雛率。
2．適合的溫度。對於恆溫孵化法，前期孵化溫度可控制在20%～25%，轉入出雛機濕度應相對提高，通常為30%～40%，後期濕度相對較高有利於雛雞啄殼。
3．合理通風與涼蛋。胚胎髮育需要新鮮的空氣和充足的氧氣，二氧化碳和各種有害氣體不要超標，因此，應定期通風換氣。鴕鳥蛋的體積較大，蛋殼較厚，尤其後期產熱較多，應主要涼蛋。
4．正確的腐化操作過程。入孵時，一定要使鴕鳥蛋的大頭朝上，依貯存期、產蛋期分清批次，認真記錄，儘量不要混孵，以免造成出雛的混亂，孵化過程中要翻蛋，孵化程式為：蛋的挑選→消毒→貯存室→孵化室→入孵→消毒→出鳥→發鳥作業，避免交叉感染。
