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透納十二歲，是牧師的兒子，他和爸爸媽媽從波士頓搬到緬因州，可是緬因州的孩子欺生，處處給他難堪，棒球故意不讓他打到、說話帶刺，又逼他從懸崖上跳水；他嚥不下這口氣，索性離大家遠遠的。在孤單一個人的時候他遇到了馬拉加島上的黑人女孩莉莉，他和莉莉一起到島上認識當地黑人，並成了好朋友。他也常和莉莉一起在海灘練習打棒球，一起挖蛤蜊。有一次他們一起划船到外海，看到了鯨在他們近邊同游，透納看到了鯨的眼睛，覺得它裡面似乎藏著洞悉世間的祕密；因此鯨的眼神時時在他心裡環繞。
日子久了，透納漸漸發現當地一些特權份子找他爸爸過來傳道，真正的用意其實是希望利用他爸爸的背書，把馬拉加島的黑人趕走，好讓他們發展觀光事業。透納眼看著島上的好朋友一個個被驅逐出境，心生不忍，要想將自己受贈自一位老太太那兒的房子，送給莉莉，卻被當地人制止，最後莉莉甚至被送往精神病院，死在院中，而他爸爸也因為要保護他，和一名當地警官拉扯而摔下懸崖。他爸爸落海前的眼睛讓他想起鯨眼洞悉一切的眼睛。
特權份子騙了居民的錢，捲款潛逃後，當地人因有了覺悟而接納透納和透納的媽媽。透納也和當年找他麻煩的孩子成了朋友。每當他覺得寂寞，他就會划船到外海找鯨，看看它們清澈的眼。
