權力來源
依據《中華人民共和國政府和大不列顛及北愛爾蘭聯合王國政府關於香港問題的聯合聲明》和《中華人民共和國政府和葡萄牙共和國政府關於澳門問題的聯合聲明》，香港特別行政區、澳門特別行政區直轄於中華人民共和國中央人民政府。除外交和國防事務屬中央人民政府管理外，香港特別行政區、澳門特別行政區享有高度的自治權。香港特別行政區、澳門特別行政區享有行政管理權、立法權、獨立的司法權和終審權。現行的法律基本不變。
依照《中華人民共和國香港特別行政區基本法》和《中華人民共和國澳門特別行政區基本法》的規定，全國人民代表大會授權香港特別行政區和澳門特別行政區實行高度自治，享有行政管理權、立法權、獨立的司法權和終審權。
另外，《反分裂國家法》第五條亦指出：國家和平統一後，台灣可以實行不同於大陸的制度，高度自治。
基本特徵
高度自治是比一般自治程度還要高的自治
高度，是從程度而言。我國地方自治分為三個層次：第一種為針對包括省和直轄市在內的普通行政區域，地方享有的自治權較小；第二種是為解決國內民族問題而產生的民族區域自治，是為實現少數民族當家做主，管理本民族內部地方性事務的權力，因此民族區域自治地區的自治權比一般行政區域高；第三種即為特別行政區的高度自治權，為解決歷史遺留問題，維護祖國統一，特別行政區實行原有資本主義制度和生活方式50年不變，享有行政管理權、立法權、獨立的司法權和終審權。所以，香港特別行政區的自治不是低水平的自治，而是比一般單一制國家的地方自治高，比我國民族自治地區的自治高，在某些許可權上甚至比聯邦製成員的許可權還要高的自治。
高度自治不能等同於完全自治
需注意的是，“高度自治”不是無限的自治，不能等同於“完全自治”，“高度”與“完全”是兩個不同的概念。完全自治意味著包括國防、外交在內的一切事務都可以自主決定，不受國家管轄。“自治不能沒有限度，既有限度就不能‘完全’。‘完全自治’就是‘兩個中國’，而不是一個中國。”實行高度自治是以中央完整地對特別行政區行使主權為前提的，實行高度自治是以維護國家統一為前提的。“一國”與“兩制”的正確關係應當是在堅持“一國”的前提下，允許一些地區實行不同的制度，“一國”是前提，離開“一國”，就談不上實行“兩制”。為了維護國家主權，為了香港長期繁榮穩定，有關國防、外交等權力必須由中央政府保留。
以香港為例講解
基本法總則第一條開宗明義規定：“香港特別行政區是中華人民共和國不可分離的部分。”第二條規定：“全國人民代表大會授權香港特別行政區依照本法的規定實行高度自治，享有行政管理權、立法權、獨立的司法權和終審權。”第十二條規定：“香港特別行政區是中華人民共和國的一個享有高度自治權的地方行政區域，直轄於中央人民政府。”這些規定明確了香港特別行政區的法律地位，表明香港特別行政區處於國家的完全主權之下。中央授予香港特別行政區多少權，特別行政區就有多少權，沒有明確的，根據基本法第二十條的規定，中央還可以授予，不存在所謂的“剩餘權力”問題 。
香港特別行政區成立後，保持原有資本主義制度和生活方式不變，法律基本不變。特別行政區依法保護私有財產權，保持自由港和單獨關稅區地位、保持財政獨立，實行獨立的稅收制度，自行制定經貿、金融和教科文衛體政策，等等。根據香港基本法和全國人大常委會關於處理香港原有法律的決定，香港原有法律，即普通法、衡平法、條例、附屬立法和習慣法，除同香港基本法相牴觸或經香港特別行政區立法機關作出修改者外，予以保留。在此基礎上，香港特別行政區依法實行高度自治，充分行使行政管理權、立法權、獨立的司法權和終審權 。
香港特別行政區行政長官是特別行政區的首長，代表香港特別行政區，既對中央人民政府負責又對香港特別行政區負責。行政長官還是特別行政區政府的首長，依法履行基本法授予的領導特別行政區政府、負責執行基本法以及其他各項職權。行政長官在行使職權時須執行中央人民政府就香港基本法有關事項發出的指令。特別行政區政府由香港永久性居民依照基本法有關規定組成，設政務司、財政司、律政司和各局、處、署，行使基本法規定的制定和執行政策、管理各項行政事務等職權。特別行政區享有的行政管理權極為廣泛，涵蓋經濟、教育、科學、文化、體育、宗教、社會服務、社會治安、出入境管理等領域。此外，根據中央政府的授權，特別行政區還享有一定的對外事務權 。
香港特別行政區立法會是特別行政區的立法機關，經選舉產生並根據基本法行使職權，包括根據基本法規定並依照法定程式制定、修改和廢除法律；根據政府的提案，審核、通過財政預算；批准稅收和公共開支等。特別行政區享有的立法權也極為廣泛，可以依照基本法制定民事、刑事、商事和訴訟程式等各方面適用於特別行政區的法律。特別行政區立法會制定的法律須報全國人大常委會備案。全國人大常委會在徵詢香港基本法委員會後，如認為特別行政區立法機關制定的任何法律不符合基本法關於中央管理的事務及中央和特別行政區的關係的條款，可將有關法律發回，但不作修改。經全國人大常委會發回的法律立即失效 。
香港特別行政區各級法院是特別行政區的司法機關，依法獨立行使審判權。特別行政區成立後，設立終審法院行使特別行政區的終審權。原在香港實行的司法體制，除因設立終審法院而產生變化外，予以保留。原在香港實施的普通法及相關的司法原則和制度，包括獨立審判原則、遵循先例原則、陪審制度原則等延續實行。特別行政區法院對國防、外交等國家行為無管轄權，除繼續保持香港原有法律制度和原則對法院審判權所作的限制外，對特別行政區所有的案件均有審判權。特別行政區法院審判案件時可參考其他普通法適用地區的司法判例，終審法院可根據需要邀請其他普通法適用地區的法官參加審判。
