1938年5月,在日偽大軍從歸綏(今呼和浩特市)、包頭進犯的重要關頭,馬悙靖率八十一軍赴綏西抗戰,軍部駐臨河。面對陸空聯合、步炮聯合的三萬多機械化敵人,毫不畏懼,指揮部隊在烏布狼口、四喜堂、烏拉垴包和烏鎮一帶英勇阻擊來犯日偽軍,當敵軍的坦克、裝甲車、汽車在飛機、大炮的掩護及投擲毒氣彈的情況下,馬部仍能頑強抵抗,發揮舊式步槍的作用,與敵展開肉搏戰,給敵人以重創,有效阻止日偽軍西進,粉碎日本軍方侵占寧夏和大西北的作戰計畫,並有力牽制華北日軍的力量。民國三十五年(1946年)八十一軍整編為八十一師,馬悙靖任師長。1947年任固(原)海(原)兵團司令,出兵隴東,在環縣與解放軍作戰,傷亡2000餘人,撤回寧夏。1948年八十一師擴編為八十一軍,馬悙靖繼任中將軍長,駐寧夏中衛。1949年8月蘭州解放,解放軍進軍寧夏,受綏遠董其武起義影響及聽從父親主張,於9月19日上午到石空渡口黃河中間的一個沙洲上和解放軍代表接觸後,進中寧城六十四軍軍部與曾思王軍長正式簽定《和平起義協定》,八十一軍改編為中國人民解放軍西北獨立第二軍。馬悙靖任軍長,在中衛縣城廣場舉行授旗命名大會。1951年3月,獨立第二軍整編為西北獨立第一師,馬悙靖調任寧夏軍區司令員。1954年甘、寧兩省軍區合併,調任甘肅省政協副主席。1961年選為第三屆全國人大代表,“文革”中受到衝擊。1972年因患癌症在蘭州病逝