歷史
• 1957年起由民航空運公司以C－46型開始營運。
• 1966年始興建航站大廈，成立馬公候機室，隸屬於高雄航空站。
• 1977年8月1日成立馬公航空站（丙種航空站）。
• 1993年1月18日改設為乙種航空站。
• 1991年5月11日接管七美、望安兩離島機場，成立七美、望安輔助站。
航廈設計概況
馬公機場 • 樓層數地下一層地上三層建築物
• 總面積44,048㎡
• 建物高度18.45米
• 年旅客容量440萬人次
• 尖峰小時旅客容量1760人次/小時
• 跑道長度長3000米，寬45米
• 停機坪設定可提供A-321型與B-757以下大、中、小型飛機使用之停機坪九機位，直升機停機坪一機位
• 停車場小客車停車場可停放小客車480輛，機車停車場可停放392輛
• 助航設施目視滑降燈、進場燈、末端燈、閃光燈、跑道燈、邊燈、氣象自動測報系統。
• 新航廈啟用日期2002年9月
航空公司與目的地
墜機事件
2014年7月23日，一架從高雄飛往澎湖馬公機場的台灣復興航空小型客機GE-222航班因迫降失敗，墜毀於馬公機場附近的澎湖湖西鄉西溪村62號旁的空地。機上共58人，乘客54名(50名大人、4名兒童)，機組人員4名。台灣復興航空公司24日6時30分許發布說明,確認23日晚在澎湖失事的GE222航班上48人罹難,10人受傷。
