唯物辯證法
馬克思主義政治經濟學任何經濟形式和經濟過程自始至終都存在著矛盾運動。在政治經濟學的研究中運用唯物辯證法，必須觀察和分析不同經濟時期的各種經濟形式的矛盾運動，闡明它們的產生、現狀和今後發展的趨勢。政治經濟學的研究，不應靜止地反映客觀經濟現實，必須反映客觀經濟現實的發展。這也意味著馬克思主義政治經濟學的研究不能為某種固定的框架所束縛，它必須保持自己的革命的、批判的本色，包括批判和揚棄自己的學說中已經不符合客觀經濟現實的內容。
抽象法
要透徹了解客觀經濟現實，掌握它的發展趨勢，必須深入實際進行調查，充分掌握資料，分析實際經濟運動過程中的各種經濟形式，探尋這些形式的內在聯繫。這就要求運用科學的抽象，即在複雜的經濟現象中，排除那些次要的、偶然的、表現事物外部特徵的一切聯繫，一步一步地深入考察和分析經濟運動過程中各種經濟形式的內部聯繫,闡明經濟範疇,揭示出經濟規律。科學的抽象是政治經濟學必須使用的研究方法，它是唯物辯證法的具體運用。
馬克思在《<政治經濟學批判>導言》中講到政治經濟學的方法時,提出了“從抽象上升到具體”的方法經濟學界對此有不同的解釋。有人認為，研究方法是“從具體到抽象”，敘述方法是“從抽象到具體”；有人則認為，從現實的具體（客觀事物）到理論的抽象，只是研究工作的起點，研究的進程還包括“從抽象上升到具體”這個邏輯思維的發展階段。馬克思說：“具體之所以具體,因為它是許多規定的綜合,因而是多樣性的統一。因此它在思維中表現為綜合的過程,表現為結果,而不是表現為起點”(《馬克思恩格斯選集》第2卷，第103頁)。可見，從抽象上升到具體，也就是從簡單的範疇上升到複雜的範疇，從個別、局部到整體，即運用從客觀事物中抽象出來的概念，進行判斷、推理，以構成理論的體系。馬克思在《資本論》中正是這樣做的，他從分析商品出發,研究了商品到貨幣、貨幣到資本的轉化,從剩餘價值的生產、實現到它的各種現象形態──利潤、利息、地租,一步步地上升到把握資本主義經濟形態的整體這種思維中的具體是資本主義現實的科學反映，也就是把資本主義現實“當做精神上的具體再現出來”。持這種觀點的人還認為，“從抽象上升到具體”的方法是抽象法的具體化。
方法
在馬克思主義政治經濟學的研究中，必須依據研究進程的需要，運用科學的認識論的各種方法：分析和綜合，歸納和演繹，邏輯的方法和歷史的方法。
政治經濟學既採用歷史的研究方法，也採用邏輯的研究方法。一般說來，歷史從哪裡開始，思想進程也應當從哪裡開始，並隨著歷史的發展而前進。但歷史常常是跳躍式地和曲折地前進的，思想進程不可能也不應當出現同步的跳躍和曲折。“因此，邏輯的研究方式是唯一適用的方式。但是，實際上這種方式無非是歷史的研究方式，不過擺脫了歷史的形式以及起擾亂作用的偶然性而已”（同前，第2卷，第122頁）。
運用邏輯的方法進行研究，常常需要在一定的假定下進行推理，這是許多門類科學在研究過程中都必須使用的。不能因為這種推理的運用同資產階級政治經濟學中的某些推理在形式上有相似的地方，就把二者等同起來。資產階級經濟學的研究方法具有它自己所特有的分類，如局部均衡分析、一般均衡分析，等等。這種研究方法,相對於馬克思主義政治經濟學的研究方法來說,是理論體系根本不同的兩種研究方法，應當加以區別。
馬克思主義政治經濟學不是單純地運用分析的方法或單純地運用綜合的方法。單純運用分析而不進行綜合，不容易全面了解和掌握客觀經濟現實中的各種情況，也難以把各種不同的情況進行比較，因而容易片面地看問題。單純地進行綜合而不加分析，不可能從客觀經濟現實的各種複雜情況中做到去偽存真,去粗取精。因此,分析法的運用應當同綜合法有機地結合在一起，使兩種方法反覆交替，互相補充。
馬克思主義政治經濟學也不是單純地運用歸納法或演繹法。如果只進行歸納而不進行演繹，容易成為經驗事實的堆積，難以形成理論概括和推理，甚至在混亂的事實中迷失方向，導致否認客觀經濟規律的存在。如果只進行演繹而不以歸納為基礎，就會脫離實際，流於空洞的推理，甚至會作出錯誤的結論。因此，歸納和演繹的運用，也應當有機地結合，依據研究的需要，交替使用，互相補充。
數量分析
經濟形式和經濟過程不僅有自己的質的規定性，也有自己的量的規定性。因此，政治經濟學必須在進行質的研究的同時，進行量的研究；在數量分析中探求經濟形式變化的數量界限，探求經濟過程變動的量的趨勢。馬克思說過：一種科學只有在成功地運用數學時，才算達到了真正完善的地步。政治經濟學研究的對象，具有繁多的數量關係，蘊含辯證法中質量互變的豐富內容，對於研究過程中進行分析和綜合、歸納和演繹，都有重要的意義。所以，在政治經濟學中不應缺少量的研究。政治經濟學中的數量分析要以質的研究為前提，它不能代替定性的理論分析。只依靠數學定理和數學方法不可能從經濟過程中推導出經濟規律。
輔助工具
馬克思主義政治經濟學的研究方法不是固定一式而無發展變化的。隨著現代科學方法的發展，馬克思主義政治經濟學也吸取其中可以吸取的方法用於研究中。例如，運籌學、控制論、資訊理論、系統論等，都可以作為政治經濟學研究的輔助工具。
根本原則
馬克思主義政治經濟學的研究方法，遵循唯物辯證法的一條根本原則──實踐是檢驗真理的唯一標準。判別政治經濟學採用的研究方法和它取得的成果是正確或是錯誤，是應當保持和發展還是應當修改或廢棄，都以經濟實踐為唯一標準。馬克思主義政治經濟學的研究必須不斷地經受經濟實踐的檢驗，隨著經濟實踐的發展而發展，才能保持自己的創造性和生命力。
