互補基因
定義：若干非等位基因只有同時存在時才出現某一性狀，其中任何一個發生突變時都會導致同一突變型性狀，這些基因稱為互補基因。
互補基因-雞冠說明舉例：雞冠形狀的遺傳雞冠的形狀很多，除了我們常見的單冠外，
還有玫瑰冠、豌豆冠和胡桃冠等，這些不同種類的雞冠是品種特徵之一。如果把豌豆冠的雞跟玫瑰冠的雞交配，子一代的雞冠是胡桃冠。子一代個體間相互交配，得到子二代，它們的雞冠有胡桃冠、豌豆冠、玫瑰冠和單冠，大體上接近9：3：3：1。假定控制玫瑰冠的基因是R，控制豌豆冠的基因是P，而且都是顯性的，那末玫瑰冠的雞沒有顯性豌豆冠基因，所以基因型是ppRR，與之相反，豌豆冠的雞沒有顯性玫瑰冠基因，所以基因型是PPrr。前者產生的配子全部是pR，後者產生的配子全部是Pr，這兩種配子相互結合，得到的子一代是PpRr，由於P與R的互補作用，出現了胡桃冠。子一代的公雞和母雞都形成PR，Pr， pR和 pr的4種配子，數目相等。根據自由組合定律，子二代應該出現4種表型，胡桃冠（P__R__），豌豆冠（P__rr），玫瑰冠（ppR__）和單冠（pprr），它們的比數為9：3：3：1。在這個例子中，P與R是互補的，形成了胡桃冠，P與r是互補的，形成了單冠，所以P與R，p與r是互補基因。
異位顯性基因
定義：影響同一性狀的兩個非等位基因在一起時，得以表現性狀的基因稱為異位顯性基因或稱上位基因。
舉例：
隱形上位例子-家兔隱形上位：在家兔中，灰兔與白兔雜交，子一代全是灰兔，子二代中出現灰兔9
：黑兔3：白兔4的比率。看來這比率是從9：3：3：1衍生而來的，因為後面兩項相加，就會得到9：3：4的比率。在子二代中，有色個體（包括灰色和黑色）與白色個體之比是3：1，而在有色個體內部，灰色個體和黑色個體之比也是3：1，所以可以假設，這裡包括兩對基因之差。一對是C和c，每一個體至少有一個顯性基因C存在時，才能顯示出顏色來。另一對是G和g，只有當顯性基因C存在時，才能顯示作用。那就是說，當C存在時，基因型GG或Gg表現為灰色，gg表現為黑色；當顯性基因C不存在時，即在 cc個體中，不論是 GG，Gg，還是 gg，都表現為白色。
顯性上位基因-燕麥顯性上位：燕麥（Avena sativa）中，黑穎品系和黃穎品系雜交，子一代
全是黑穎，子二代的分離比是：黑穎12：黃穎3：白穎1。因為黑穎與非黑穎之比是3：1，又在非黑穎內部，黃穎和白穎之比也是3：1，所以可以假定，這裡包括兩對基因之差：其中一對是B和b，分別控制黑穎和非黑穎，另一對是Y和y，分別控制黃穎和白穎。只要有一個顯性基因B存在，植株就表現黑穎，有沒有顯性基因Y都一樣。如果沒有顯性基因B的存在，即在基因型為bb的植株中，表現為黃穎還是表現為白穎，就得看有沒有Y的存在而定。有顯性基因Y存在時，表現為黃穎，沒有Y存在時，表現為白穎。
累加基因
定義：對於同一性狀的表型來講，幾個非等位基因中的每一個都只有部分的影響，這樣的幾個基因稱為累加基因或多基因。在累加基因中每一個基因只有較小的一部分表型效應，所以又稱為微效基因。相對於微效基因來講，由單個基因決定某一性狀的基因稱為主效基因。
修飾基因
定義：本身具有或者沒有任何表型效應，可是和另一突變基因同時存在便會影響另一基因的表現程度的基因。如果本身具有同一表型效應則和累加基因沒有區別。
修飾基因例子-家蠶舉例：家蠶有結黃繭的，有結白繭的，這也是品種特徵之一。把結黃繭的
家蠶品種跟結白繭的中國品種交配，子一代全是結黃繭的，這表示中國品種的白繭是隱性的。但把結黃繭的家蠶品種跟結白繭的歐洲品種交配，子一代全是結白繭的，這表明歐洲品種的白繭是顯性的。把子一代結白繭的家蠶相互雜交，子二代結白繭的與結黃繭的比率是13：3，這是一個新的比率。這種遺傳方式可以用右圖說明。黃繭基因是Y，白繭基因是y。另外還有一個非等位的抑制基因I，有它存在時，可以抑制黃繭基因Y的作用，使Y不能顯出作用來。根據這樣的假定，黃繭品種基因型是iiYY，顯性白繭的基因型是IIyy，兩者之間相互雜交，子一代的基因型是IiYy，因為I對Y的抑制作用，Y的作用不能顯示出來，所以子一代的表型是白繭。子一代的個體相互交配，子二代中應該 9/16是I__Y__，3/16 I__yy， 3/16是iiY__，1/16是iiyy。同樣的，由於I對Y的抑制作用，所以子二代中表型比是白繭13（=9+3+1）：黃繭3。
抑制基因
定義：一個基因發生突變後使另一突變基因的表型效應消失而恢復野生型表型，稱前一基因為後一基因的抑制基因。如果前一基因本身具有表型效應則抑制基因和異位顯性基因沒有區別。
調節基因
定義：一個基因如果對另一個或幾個基因具有阻遏作用或激活作用則稱該基因為調節基因。調節基因通過對被調節的結構基因轉錄的控制而發揮作用。具有阻遏作用的調節基因不同於抑制基因，因為抑制基因作用於突變基因而且本身就是突變基因，調節基因則作用於野生型基因而且本身也是野生型基因。
微效多基因
定義：影響同一性狀的基因為數較多，以致無法在雜交子代中明顯地區分它們的類型，這些基因統稱為微效多基因或稱多基因。
背景基因型
定義：從理論上看，任何一個基因的作用都要受到同一細胞中其他基因的影響。除了人們正在研究的少數基因以外，其餘的全部基因構成所謂的背景基因型或稱殘餘基因型。
