劇情
途徑玄武國,得知寒洛伯父勾結朱雀國,篡奪王位。實質是朱雀國企圖將戰線推進。寒洛隨同主角趕往女子國,請求援兵。在與白虎國,氐人國的幫助下,朱雀國戰敗而逃。白虎國決定乘勝追擊,眾人來到戰爭前線。在得知了戰爭真相後,主角決定直接潛入朱雀國。在地下宮殿中,發現朱雀帝正在釋放被封印的朱雀聖獸。在眾人與朱雀帝斗的兩敗俱傷的時候,一名青衣女子(青魃)出現,帶走了朱雀聖獸。原來,青龍聖者所說朱雀聖獸造成天象異常是錯誤的,實際是這名青衣女子想利用聖獸的力量解開自己的封印。
為了復仇,青魃在獲得真身之後將青龍,白虎,朱雀,玄武四國全部毀滅,並揚言在毀滅山海界後還將繼續毀滅軒轅界。主角在眾人幫助下,來到山海界中央地帶。打敗青魃,並讓青魃認識到自己的怨恨起於一場誤解。最後青魃自願接受封印。
原來逐鹿之戰的時候,青魃深愛黃帝,為了幫助他戰爭蚩尤,她偷來了軒轅劍,並為之消耗了自己的力量,導致戰爭結束後,青魃的體熱使一個地區乾旱不斷。黃帝為了整個軒轅界子民,用東皇鍾創造了新天地,忍痛將青魃與戰敗的炎帝部落一同移進去。隨後,青龍,白虎,朱雀,玄武也驅趕她,並將她封印,從此青魃誤以為自己付出全部卻得到這樣下場,決心復仇。
而普通結局在眾人進入朱雀國地下宮殿時開始,朱雀帝已經被皇甫暮雲和青魃打到,青魃正要解開朱雀聖獸封印,眾人前去阻攔。皇甫暮雲出於保護青魃,企圖武力阻止主角行動,卻遲遲不能下手。此時青魃打到皇甫,放出聖獸與大家決鬥。青魃戰敗身亡,皇甫為了報仇,邀約與主角單獨決鬥。最後同歸於盡。
按照《軒轅劍三外傳•天之痕》中一段對話的描寫,‘劍’、‘塔’曾有一度失去力量,無法恢復人形的例子,固尚未玩出隱藏結局的玩家,認為才是正統,但在隱藏結局中,劍塔都曾失去力量,塔是劍所殺,之後藉助鍾劍的力量重生,隨後劍為證明黃帝後悔的證據自毀,亦符合劍塔曾一度失去力量,固DOMO後來有言隱藏結局才是正統後續,唯一的迷團是盤古斧跟軒轅劍如何回去人間界。
經歷
主角經歷的山海界國家依次是:毛民國,氐人國,一目國,周饒國,青龍國,玄武國,女子國,白虎國,白民國,長臂國,厭火國,朱雀國,奇肱國。