優點：
螢光標記的特異性及可定量性。
共聚焦針孔的運用，有效的消除了焦平面上下散射光，提高軸向解析度。
點光源雷射的套用，對螢光素能達到有效的激發，激發的特異性高，降低對螢光的淬滅，增強側向解析度。
雙光子的套用，相對較低平均功率的紅外激發，大大減低對活細胞的損傷；螢光激發高度聚焦在焦點處，可避免了焦點以外的光漂白（Photobleaching）和光毒（cytotoxicity）作用，延長觀察時間，是目前用於活細胞跟蹤的最理想方法。
脈衝雷射散射和吸收程度小，透射性強，對厚樣品的穿透可達400um，是對厚的組織分析的最首先方法。
結合META新技術，尤其對螢光蛋白成像具有更方便，更精確的效果。
1.螢光標記的特異性及可定量性。
2.共聚焦針孔的運用，有效的消除了焦平面上下散射光，提高軸向解析度。
3.點光源雷射的套用，對螢光素能達到有效的激發，激發的特異性高，降低對螢光的淬滅，增強側向解析度。
4.雙光子的套用，相對較低平均功率的紅外激發，大大減低對活細胞的損傷；螢光激發高度聚焦在焦點處，可避免了焦點以外的光漂白（Photobleaching）和光毒（cytotoxicity）作用，延長觀察時間，是目前用於活細胞跟蹤的最理想方法。
5.脈衝雷射散射和吸收程度小，透射性強，對厚樣品的穿透可達400um，是對厚的組織分析的最首先方法。
6.結合META新技術，尤其對螢光蛋白成像具有更方便，更精確的效果。
套用領域：
共聚焦及雙光子在現代生物學研究中有如下套用：
多色螢光成像(Multi-color imaging)，具有多磁軌和雙向掃描，曲線掃描等特性。
三維重構（Three dimentional reconstruction）及定量分析。
實時成像（Time series,real time imaging），可進行活細胞跟蹤。
離子成像（Ion imaging）/比率成像（Ratio imaging），可進行Ca2+,Mg2+,H+,Na+,K+,Zn2+,Ni2+,Fe2+,Hg2+,Pb2+及Cd2+等成像。
螢光原位雜交（FISH:fluorescence in situ hybridization）；
螢光漂白恢復（FRAP：fluorescence recovery after photobleaching）；
螢光共振能量轉移（FRETM:fluorescence resonance energy transfer；
光生命期成像顯微術（FLIM:fluorescence lifetime imaging microscopy）。
螢光相關光譜（FCS:fluorescence correlation spectroscopy）。
1.多色螢光成像(Multi-color imaging)，具有多磁軌和雙向掃描，曲線掃描等特性。
2.三維重構（Three dimentional reconstruction）及定量分析。
3.實時成像（Time series,real time imaging），可進行活細胞跟蹤。
4.離子成像（Ion imaging）/比率成像（Ratio imaging），可進行Ca2+,Mg2+,H+,Na+,K+,Zn2+,Ni2+,Fe2+,Hg2+,Pb2+及Cd2+等成像。
5.螢光原位雜交（FISH:fluorescence in situ hybridization）；
6.螢光漂白恢復（FRAP：fluorescence recovery after photobleaching）；
7.螢光共振能量轉移（FRETM:fluorescence resonance energy transfer；
8.光生命期成像顯微術（FLIM:fluorescence lifetime imaging microscopy）。
9.螢光相關光譜（FCS:fluorescence correlation spectroscopy）。
