近年來，隨著業務不斷發展和服務範圍不斷擴大，相繼批准成立了“雲南省科技諮詢評估中心”、“雲南省科技廳信息網路管理中心”、“雲南省科技圖書文獻中心”、“雲南省人民政府投資項目評審中心”、“雲南省項目科技評估論證中心”、“雲南省清潔發展機制技術服務中心”、“雲南省科技統計信息中心”、“雲南省競爭情報諮詢中心”等業務機構，現已發展成為雲南省規模最大、實力最強的科技信息研究服務中心與權威的綜合性科技諮詢評估機構。在科技文獻信息資源建設開發與服務、科技發展戰略與政策決策諮詢研究、項目諮詢與評估評審、科技統計信息服務、技術轉移與對外科技合作、工程諮詢服務、清潔發展機制技術服務、企業競爭情報服務等方面做出了重要貢獻，發揮了不可替代的“耳目、尖兵、參謀”作用。
全院組織構架由4個管理部門和11個業務部門構成。管理部門分別是辦公室、黨辦、財務部和後勤服務部；業務部門分別是文獻中心、查新中心、研究中心、網管中心、評估部、統計中心、技術轉移部、工程諮詢部、清潔發展技術部、競爭情報中心。
工程諮詢甲級資質、國家一級查新資質，通過ISO9001:2008國際質量管理標準認證，是國際諮詢工程師聯合會（FIDIC）會員和中國工程諮詢協會常務理事單位。2008年被科技部授予首批“國家技術轉移示範機構”，2009年被科技部認定為國際科技合作基地。
