《難經》是一部闡述《內經》中有關脈學、經絡、臟腑、疾病、腧穴、針法等問題的著作，相傳為秦越人（扁鵲）所作。全書以質疑問難開工共分八十一難，其中第六十九難至八十一難主要討論針法及其補瀉法的運用。《難經》進一步豐富了《內經》的理論，對後世針灸學的發展有重要的影響。
強調雙手行針
左右雙手協同行針，《靈樞·九針十二原》：“右主推之，左持而御之。”指出右手將針刺入穴位時，左手要同時配合加以輔助。《難經》作了進一步的闡述。《七十八難》：“知為針者信其左；不知為針者信其右。當刺之時，必先以左手厭（壓）按所針滎輸（泛指穴位）之處，彈而努之，爪而下之，其氣之來如動脈之狀，順針而刺之。”意指懂得針術的人是重視左手（押手）的作用的，不懂針術的人才只信賴右手（刺手）的作用，並且具體指出：當進針的時候，一定要先用左手按壓所要針刺穴位的所在處，通過彈、爪等法以宣導氣行，使右手所持之針得以順利刺入。另在《八十難》中說：“左手見氣來至，乃內（納，推進）針，針入見氣盡，乃出針。是維有見加入，有見如出也。”說明左右雙手得協同配合，不僅僅是單指進針這一方面。臨床實踐證明，在定穴及進針、候氣、催氣、得氣、補瀉、出針等整個行針過程中，如能充分運用左右雙手的協同配合，可以探明穴位的所在，促使經氣的聚散，以及感知穴位處的皮肉筋脈骨分布和氣血循行等情況，減輕或免除進出針時的不適感，穩定腧穴部位和針身以便各種手法的施行等。所以雙手行針法為後世針灸家廣泛套用。
補瀉分清營衛
營衛之氣的運行，衛氣先行皮膚，先充絡脈，散布在淺表；營氣行於經隧，處於深里。所以刺衛者宜淺，刺營者宜深。《七十一難》說：“針陽者，臥針而刺之”意指針刺屬於陽得衛分（淺層）要沿皮橫刺，以免損傷深層的營氣。“刺陰者，先以左手攝按所針滎俞之處，氣散乃內針”，意指針刺屬於陰的營分（深層）要先用左手按壓穴位，使淺層的衛氣散開後，方可刺入，以免損傷淺表的衛氣。要求“刺榮無（毋）傷衛，刺衛無傷榮”。這說明針刺候氣時對深淺度要做到心中有數，有的放矢。如當深反淺，則未及於營而反傷於衛；當淺反深，則誅伐太過而損及於營。《七十六難》說：“當補之時，從衛取氣；當瀉之時，從榮置氣。……榮衛通行，此其要也。”《七十八難》中更為具體地指出：“得氣，因推而內（納）之，是謂補；動而伸之，是謂瀉。”就是說在進針得氣後，將針推進下插的為補法；將針動伸上提的為瀉法。因為補法系從衛分取氣，由淺向深按插，是從衛分引氣深入以納之。瀉法系從營分散氣，由深向淺抽提，是從營分引氣外出以散之。《醫學入門》：“補則從衛取氣，宜輕淺而針，從其衛氣隨之於後而濟其虛也。瀉則從榮棄置其氣，宜重深而刺，取其榮氣迎之於前而瀉奪其實也。”《難經》所說的“推而納（進）之”（以按為主）和“動而伸之”（以提為主）是《靈樞》補瀉法的推衍。後世針灸家以《金針賦》為代表，又演變為：補法用先淺後深，緊按慢提法；瀉法用先深後淺，緊提慢按法。 《七十八難》提到：“不得氣，乃與男外女內；不得氣，是謂十死不治也。”就是說假如針刺時未能得氣，男子可用淺提法候氣於衛分（外），女子可用深插法候氣於營分（內）。如久求而不得氣，說明營衛之氣衰竭，病情較為危重。
論述迎隨與調氣
《七十二難》說：“所謂迎隨者，知榮衛之流行，經脈之往來也。隨其逆順而取之，故曰迎隨。調氣之方，必在陰陽者，知其內外表里，隨其陰陽而調之。”迎，指瀉法；隨，指補法。運用補瀉針法必須知曉營衛氣血的傳注分布和盛衰，根據它的順逆以行補瀉。順著經氣以益其不足為補，所以稱為隨；逆著經氣以損奪其有餘為瀉，所以稱為迎。疾病的產生往往是陰陽失調的緣故，所以針刺調氣也必須以陰陽為基礎，以人體內外表里之間的關係為依據，對陰陽的盛衰進行調治。這與《靈樞·終始》：“瀉者迎之，補者隨之，知迎知隨，氣可令和。和氣之方，必通陰陽。”《靈樞·根結》：“用針之要，在於知調陰與陽。”之意相近。以後，元、明針灸醫家將各種針刺補瀉概稱迎隨。如補法採用順緊方向而刺，由淺入深（以插法為主）而刺、當氣血衰少時刺，為隨；瀉法採用逆經方向而刺，由深出淺（以提法為主）而刺，當氣血旺盛時刺，為迎。《針灸大成》中論述針刺補瀉法的一節，即以“經絡迎隨設為問答”作為標題。《濟生拔萃》中有《雲岐子論經絡迎隨補瀉法》。後世據此說又引伸具體化而成“針向補瀉”，如《醫學入門》引《圖注難經》說：“手三陽從手至頭，針芒（尖）從外往上為隨，針芒從內往下為迎；足三陽從頭至足，針芒從內往下為隨，針芒從外往上為迎；足三陰從足至腹，針芒從外往上為隨，針芒從內往下為迎；手三陰從胸至手，針芒從內往下為隨，針芒從外往上為迎。”宋代丁德用在注釋《七十二難》時說：“夫榮衛通流，散行十二經之內，即有始有終。其始自中焦，注手太陰一經一絡，然後注手陽明一經一絡，其經絡有二十四，日有二十四時，皆相合。此凡氣始至而用針取之，名曰迎而奪之。其氣流注終而內針，出針捫穴，名曰隨而濟之。”以經脈與日時相配合以行補瀉，後為《針灸聚英》所闡發，發展而成“十二經病井滎輸經合補虛瀉實”法，實即現在所稱的子午流注針法的一種——納支法。
針法結合腧穴特性
針法補瀉除涉及人體功能狀態、針灸作用方式外，腧穴選用也是一個因素，《難經》中主要介紹了以五腧穴為基礎，依據五行生剋的關係，通過配穴的形成而創立的“補母瀉子法”和“瀉南補北法。”
補母瀉子法 《六十四難》根據《靈樞·本輸》及陰陽剛柔相濟的原理，以五腧穴配屬五行：陰經為井木、滎火、輸土、經金、合水；陽經為井金、滎水、輸木、經火、合土。配十天干則肺屬辛金、大腸屬庚金；腎屬癸水，膀胱屬壬水；肝屬乙木，膽屬甲木；心、心包屬丁火，小腸、三焦屬丙火；脾屬巳土、胃屬戊土。按照五行相生關係，每條經各有一個“母穴”和一個“子穴”。“母能令子虛，子能令母實”，所以《六十九難》提出了“虛者補其母，實者瀉其子”的補瀉法。如肺屬金，肺虛可補其母穴——輸（土）穴太淵；肺實可瀉其子穴——合（水）穴尺澤。《七十九難》也舉例作了說明：“迎而奪之者，瀉其子也；隨而濟之者，補其母也。假令心病，瀉手心主俞，是謂迎而奪之者也；補手心主井，是謂隨而濟之者也。”瀉可取心包（火）經的輸（土）穴大陵，補可取心包（火）經的井（木）穴中沖。
補母瀉子法除用本經穴位外，也可套用相關經脈上的穴位。如肺虛可用脾（土）經穴位，或補脾經輸（土）穴太白；肺實可用腎（水）經穴位，或瀉腎經合（水）穴陰谷。《針灸大成·南豐李氏補瀉》：“凡針逆而迎奪，即瀉其子也，如心之熱病，必瀉於脾胃之分。針順而隨濟，即補其母也，如心之虛病，必補於肝膽之分。”即指心（火）之熱病可瀉脾、胃（土）經的穴位，心之虛病可補肝、膽（木）經的穴位。
瀉南補北法 《難經·七十五難》根據五行生剋關係，指出對肝實肺虛之證，要用瀉心火，補腎水的方法治療。說是：“東方實，西方虛，瀉南方，補北方。”東方屬木代表肝，西方屬金代表肺，南方屬火代表心，北方屬水代表腎。東方實，西方虛，即肝（木）實、肺（金）虛，是一種“木實侮金”的反克表現。補北（腎）瀉南（心）就是益水制火，即補腎瀉心。火（心）為木（肝）之子，瀉火能抑木，可奪肝（母）之實，又能減少其克金（肺）之力。水（腎）為金（肺）之子，補水可以制火（心），使火不能刑金，又能濟金以資肺（母）之虛，使金實得以制木。瀉南補北法可以說是對“虛者補其母，實者瀉其子”一說的補充。如果按照補母瀉子法，肝實肺虛，法當瀉心火補脾土，而這裡為什麼不補脾土而補腎水。清代葉霖《難經正義》中說：“夫五行之道，其所畏者，畏所克耳。今火大旺，水大虧，火何畏乎？惟其無畏，澤愈旺而莫能制，苟非滋水以求勝之，孰能勝也。……雖瀉火補水並言，然其要又在補水耳。……今補水而瀉火，火退則木氣削，又金不受克而制木，東方不實矣，金氣得平，又土不受克而生金，西方不虛矣。若以虛則補母言之，肺虛則當補脾，豈知肝氣正盛，克土之深，雖每日補脾，安能敵其正盛之勢哉？縱使土能生金，金受火克，亦所得不償失矣，此所以不補土而補水也。或疑木旺補水，恐水生木，或木愈旺，故聞獨瀉火不補水論，忻然而從之？殊不知木已旺矣，何待生乎。況水之虛，雖峻補不能復其本氣，安有餘力生木哉，若能生木，則能生火矣。……瀉火補水，使金得平木，正所謂能治其虛。不補土，不補金，乃瀉火補水，使金自平，此法之巧而妙者。”
瀉井刺滎法 實熱證需瀉井穴時，《難經》中指出可以根據“實者瀉其子”的原則，改以滎穴來代替。《七十三難》：“諸井者，肌肉淺薄，氣少不足使之，刺之奈何？然：諸井者木也；滎者火也，火者木之子。當刺井者，以滎瀉之。”因為井穴在手足指（趾）端，此處皮肉淺薄，而氣藏於皮肉之內，則氣較為微小，不便使用針刺手法，所以說氣少不足使也。如胃經實證當瀉其井穴歷兌，可改用其滎穴內庭。元代汪機《針灸問對》說：“此說為瀉井者言也，若當補井，則必補其合。”因此有“瀉井須瀉滎，補井當補合”之說。
針法合於四時
春夏刺淺，秋冬刺深 針刺深度視針刺部位、病證需要、針感程度而定，也要參考季節這個因素。《七十難》認為：“春夏者，陽氣在上，人氣變在上，故當淺取之；秋冬者，陽氣在下，人氣變在下，故當深取之。”認為人的氣血活動與季節有關。春夏季，自然界的陽氣向上，人體的陽氣也趨向淺層，所以針刺宜淺；秋冬季，自然界的陽氣向下，人體的陽氣也趨於深層，所以針刺宜深。“春夏溫，必致一陰者，初下針，沉之至腎肝之部，得氣，引持之，陰也。秋冬寒，必致一陽者，初內針，淺而浮之至心肺之部，得氣，推內之，陽也。是謂春夏必致一陰，秋冬必致一陽。”意指春夏從深層（肝腎之部）引出陰氣（一陰），秋冬則宜從淺層（心肺之部）納入陽氣（一陽）。
春刺井，夏刺滎，季夏刺輸，秋刺經，冬刺合 《七十四難》：“春刺井者，邪在肝；夏刺滎者，邪在心；季夏刺輸者，邪在脾；秋刺經者，邪在肺；冬刺合者，邪在腎。……四時有數，而並繫於春夏秋冬者也。針之要妙，在於秋毫者也。”認為井、滎、輸、經、合五腧穴，是與季節相聯繫的，針刺時要加以注意。其具體內容與《靈樞·順氣一日分為四時》中“冬刺井”、“春刺滎”、“夏刺輸”、“長夏刺經”、“秋刺合”以及《靈樞·四時氣》中“春取經、血脈、分肉之間”、“夏取盛經孫絡”、“秋取經輸。邪在府，取之合”、“冬取井滎”說法有所不同。擇要列表對照如下
四出
時處 《靈樞·本輸》《靈樞·四時氣》《素問·水熱穴論》《難經·七十四難》 春 春取絡脈諸滎大經分肉之間。甚者深取之，間者淺取之 春取經、血脈、分肉之間。甚者深刺之，間者淺刺之 春取絡脈分肉間（肝氣始生……經脈常深，其氣少，不能深入） 春刺井（邪在肝） 夏 夏取諸輸孫絡肌肉皮膚之上 夏取盛經孫絡，取分間，絕皮膚 夏取盛經分腠（心氣始長……邪居淺也） 夏刺滎（邪在心） 秋 秋取諸合，余如春法 秋取經、輸；邪在府，取之合 秋取經、輸（肺將收殺……取輸以瀉陰邪，取合以虛陽邪） 秋刺經（邪在肺） 冬 冬取諸井、諸輸之分，欲深而留之 冬取井、滎，必深以留之 冬取井、滎（腎方閉……取井以下陰逆，取滎以實陽氣） 冬刺合（邪在腎）
