在思想史的地位及影響
中國社會科學院《歷史研究》主編馬勇所著的《儒學興衰史》提到：“從思想史的角度看，最先有意放棄程朱理學，向陸九淵心學靠攏的是陳獻章。自從他倡導涵養心性，靜養“端倪”之說開始，明代的儒學思想便明顯地劃分為前後兩個階段。他既是明代復興陸九淵心學的第一人，也是明代心學尤其是王陽明心學的先驅者。其學總的來說，是以自然為宗，以虛為基本，以靜為門戶，以自得為歸旨，並以自得之旨教人。陳獻章心學思想的直接傳承者是其及門弟子湛若水。湛若水的思想基本上是承襲陳獻章的。他所提出的“隨處體認天理”的修養方法，便被陳獻章嘉許為是以自然為宗，達到聖賢境界的可靠途徑。只是湛若水並不同意陳獻章“舍書冊，棄人事”而單純習靜的修養功夫，以為此種方法必將流於禪學。他認為，體認天理只能作為動靜合一、體用一致的方法。並由此進一步提出“勿忘勿助”以作為體認天理時所應維持的心理狀態，以此作為對陳獻章以自然為宗思想的發展。同時，由於以體認天理解釋格物，這自然與王陽明以致良知為格物的說法發生分歧。”
中國人民大學清史研究所教授楊念群在《“社會”是一個關鍵字：“五四解釋學”反思》提到：“宋代以後，經濟和文化中心不斷南移，儒學的中心地位也隨之被分散了。只要看看《宋元學案》、《明儒學案》開始按地區講儒學流派，你就會明白，儒學碎片話到了嶺南蠻夷之地都出了自創一派的儒家大師，你很難想像他們都是整齊劃一地認同‘道德教化’的思想策略，當年閩學和嶺學因為地域傳承的差異常爭執到水火不容的地步，吵得沒完沒了，我們在觀察思想傳統的流變時，這種空間和區域上的碎片化總不能視而不見。”
“無論是出生於嶺南、江南，還是湖湘與黃河以北的地區，近代知識人都隱隱約約與傳統思維脫不了干係，只是我們決不可天真地認為，他們秉承的就是一種懸置於普遍狀態的所謂‘儒學’的思考方式。嶺南康有為表現出更強烈的道德主義傾向的理由是與這個地區自明代起形成的‘心學’氛圍有關，陳白沙、湛若水的一支邊緣思想流派明顯形塑了康氏的性格。”
本體論的爭議
陳湛心學的本體論是“心一元論”還是“氣一元論”一直以來都有爭論。從陳白沙的“道不離氣”和湛若水的“一氣”說看來，陳湛心學的本體論是“氣一元論”。沒錯，陳湛心學承認物質在世界中的第一性，不過陳白沙又說“道超形於氣”，湛若水更把這加以發展為“心性圖說”。在湛若水看來，“氣”之所以重要，是因為“心”要通過“氣”才能得以表達，並要通過“氣”的發展變化來實現自己。“道”或“心”是“氣”的形而上的邏輯規定性。“氣”的能動性是內在的“心”賦予的。“心”在整個物質世界所表達出來的智慧就是“理”，因此也說“心則理”。所以，陳湛心學的本體論其實有兩個，一是關於世界本原的“氣一元論”，一是關於“氣”的邏輯規定的“心一元論”。但是陳湛心學和割裂精神和物質的二元論有根本區別，因為在陳湛心學那裡，“心”和“氣”是不可分割的。在認識和實踐論上，湛若水的“隨處體認天理”符合物質第一性、意識第二性的觀點。“以唯物主義解釋世界，以唯心主義解釋唯物主義”是陳湛心學乃至不少中國古代哲學的矛盾，正如恩格斯所說“是矛盾，然而世界正是這樣”。
對於“人的意義”這個問題，陳湛心學亦作出了唯物主義和唯心主義兩方面解釋。一方面，陳湛心學強調人在社會應有所作為，使自己和別人以“仁”為目標。另一方面，在陳湛心學特別是湛若水的思想中，人無論是向外追求的“理”還是向內追求的“心”都體現著“人”應該超越物質的局限、和世界建立一種精神關係的思想。在湛若水的“真心圖說”里，“心”在“氣”中，“心”和“氣”之間是“人”，“人”是“心”實現自己的必要條件。湛若水的心學其實和黑格爾的精神哲學很相似。所以，湛若水從本體論上論證了“人的意義”。
