背景
阿古柏像III1864年（清同治三年）新疆各族人民發動的大規模反清叛亂遍及天山南北，但各支反清勢力的領導權皆為阿訇、和卓、伯克和清朝地方官吏等上層分子所掌握，他們為爭奪領導權，互相攻殺，形成若干地方割據勢力（見新疆各族人民叛亂）。 占據南疆喀什噶爾城（今喀什）的柯爾克孜族思的克伯克向中亞伊斯蘭教汗國浩罕乞師求援，迎請大小和卓之後、張格爾之子布素魯克汗返回新疆。1865年春，浩罕軍事頭目阿古柏隨布素魯克汗進入南疆。
阿古柏本為浩罕的軍官，初為浩罕國王呼達雅爾汗的“穆合熱本”（近衛），後升至阿克美奇特（白清真寺）要塞指揮官。1853年，阿古柏於阿克美奇特防禦俄國入侵戰役失敗後，參與了推翻浩罕國的陰謀活動。由於曾被阿古柏反對的呼達雅爾汗不久又取得王位，因此，當思的克（又稱司迪克）伯克來浩罕求援時，給懷有政治野心的阿古柏以躲避呼達雅爾汗打擊報復和入侵新疆的有利時機。
經過
入侵新疆
阿古柏進入南疆不久，便驅逐布素魯克汗，並對其他各支反清勢力展開攻勢，先後攻占喀什噶爾、阿克蘇、葉爾羌（今莎車）、庫車等地。1867年建立“哲德沙爾”（七城之意）政權，自立為汗。1870年攻占烏魯木齊，旋據有天山南路和天山北路部分地區。其政權對新疆各族人民實行野蠻掠奪和殘暴統治。
搖尾乞憐
阿古柏（1898）像阿古柏為維持其貧弱的反動政權，同當時爭奪中國新疆的英、俄兩國侵略勢力進行勾結。
英國為了從印度向新疆地區擴張勢力並抵制俄國勢力的南侵，竭力控制阿力進行勾結。古柏政權。1868年﹐派羅伯特·沙敖到喀什噶爾，與阿古柏建立直接聯繫﹔通過土耳其帝國在伊斯蘭教國家的宗教與政治影響，使土耳其蘇丹封阿古柏為艾米爾（統治者），並給予武器裝備方面的援助。1873年，英國又派出費賽斯使團帶給阿古柏一封英國女王的親筆信和大批武器。次年，雙方簽訂《英國與喀什噶爾條約》。通過條約，英國取得在新疆自由進出、商品自由流通及派駐領事享有治外法權等侵略權益。
與此同時，俄國為抵制英國擴張勢力，也密切注視著阿古柏入侵新疆的事態發展。1868年，派出名叫克盧道夫的商人到喀什噶爾活動，同年，阿古柏也派人去塔什乾和彼得堡同俄國政府進行勾結。1871年，俄國悍然出兵侵占伊犁。第二年便派出以考爾巴斯為首的使團來喀什噶爾，同阿古柏簽訂了《俄國和喀什葛爾條約》阿古柏取得了俄國政府對其政權的承認與支持﹔俄國在阿古柏占領下的中國新疆地區攫得大量侵略權益。
結果
外強中乾
傳教士繪偽“阿古柏”（1820－1877）像阿古柏的軍隊總兵力多達5萬人，其中騎兵約占三分之一。步兵的武器是火槍，騎兵則使用火槍和腰刀。除了火繩槍這種當時已經過時的古老火器之外，阿古柏軍隊從英屬印度和奧斯曼帝國獲得了1萬多支恩菲爾德M1853前裝線膛槍和斯奈得－恩菲爾德M1866後裝線膛槍。前者在當時雖然稍顯落伍，但這種口徑0.577英寸的線膛槍曾是當時英軍的制式步槍，它的性能可靠，射擊精度高，堪稱前裝線膛槍的完美謝幕；後者則是從前者改造而來，是當時的一流武器。
儘管擁有優良的武器裝備，安集延（即浩罕）人在清代也一直有善戰之名，連清政府都一度認為阿古柏是“氣吞天南之概”的強敵，但此時阿古柏的軍隊其實只是一隻“紙老虎”。一方面，浩罕人在阿古柏的軍隊里享有特權：軍隊的15個最高級軍官“愛米爾”中，竟有14個人來自浩罕；另一方面，穿著襤褸衣衫和破爛鞋子、被強征來的士兵們則士氣低落，逃亡現象時有發生。庫羅巴特金就曾一針見血地指出：“從阿古柏軍隊的士氣看，它不適於打硬仗。”
土崩瓦解
阿古柏的軍隊阿古柏作為一個中亞國家的入侵者，肆意出賣中國新疆地區的主 權和利益，以換取英俄兩國對他的支持，妄圖使新疆各族人民從統一多民族國家分裂出去，因而引起中國各族人民的強烈反對。1875年（光緒元年），清政府採納左宗棠的建議，派軍進入新疆。左宗棠採取“先北後南，緩進速戰”的進軍方針，於1876年收復天山北路，1877年進入南疆。阿古柏在節節失敗、眾叛親離情況下於庫爾勒服毒自殺（另說被毒殺或並亡），其汗國發生內訌。清軍以摧枯拉朽之勢繼續作戰，將其子、繼承汗位的伯克胡里逐出中國，新疆地區除伊犁仍被俄國侵占外，天山南﹑北兩路全部收復。
