最高檢、公安部聯合下發《關於開展“另案處理”案件專項檢查活動的工作方案》，專項檢查將重點檢查三方面內容：
一是適用“另案處理”是否合法適當。要認真檢查“另案處理”人員是否屬於“在逃”、確需另行偵查取證、依法應當移送管轄、不構成犯罪應當做其他處理等情形，相關證據材料是否移送，決定“另案處理”的程式是否符合相關規定，審批手續是否完備，著重糾正有罪不究、以罰代刑、“另案處理”程式違法違規等問題。
二是“另案處理”人員是否得到依法處理。要認真檢查對“另案處理”的涉嫌犯罪人員是否及時另案開展了偵查活動，“另案處理”案件底數是否清楚；對應當逮捕、起訴的是否提請逮捕、移送審查起訴；依法應當移送管轄的是否及時移送管轄；對“在逃”人員是否採取了網上追逃、抓捕等措施，到案後是否得到依法處理；對不構成犯罪應當做其他處理的人員是否進行了處理或者及時移送有關機關處理，著重糾正應當另行立案偵查不立案偵查或者拖延偵查，該提請逮捕、移送審查起訴不提請、移送，該移送管轄不移送，不採取追逃措施，降格處理，不構成犯罪應當做其他處理而不處理或者不移送有關機關處理等問題。
三是對“另案處理”案件的法律監督是否到位。要認真檢查檢察機關對“另案處理”案件的底數是否清楚，對案件具體情況和“另案處理”後續工作情況是否掌握，對存在的問題是否及時發現並進行了糾正，著重解決案件信息渠道不暢、法律監督缺位和監督不到位、不規範、糾正問題不得力等問題。
