簡介
間接污染是指污染物先污染了地表水或其它含水層，然後再進入所利用的含水層中。這種情況下，有時地下水中的污染物質可能與污染源中的污染物不同，因此，確定污染源就更複雜些了。
地表水受污染後再進入含水層，這時與直接污染的差別僅在於污染物質經過地表水的稀釋而降低濃度。
污染源先污染其它含水層然後再污染所使用的含水層，這多半是被污染的潛水進一步污染其下的承壓含水層，當潛水與承壓水間有半隔水層相隔時，如潛水位高於承壓水位，
可能發生越流補給，使污染的潛水進入所使用的承壓含水層而污染後者。即使天然條件下承壓水的測壓水位比潛水位高，在開採條件下也可能使其水位降到潛水位以下，從而發生污染。此外，當抽水井止水不良時，被污染的潛水可直接通過井壁迅速污染采水含水層。
在實驗室中進行的研究得出結淪：當水的氧化能力降低時，常溶濾岩石中所含的鐵進入水中。碳水化合物被帶入含水層，會與地下水中的溶解氧結合形成CO，降低水的氧化能力，並使pH值降低，同時將使地下水的暫時硬度及鐵、錳的含量逐漸增加。在含水層的補給區排放有機物，就會產生類似的結果。順便在此提及，在天然條件下，針葉林下的土壤常呈酸性(pH值為3~4)，雨水通過土壤完全缺氧，並富含有機質，當與含氧較多的地下水相遇時，使水中CO增加，從而溶解砂岩膠結物中的CaCO，並使包裹於砂粒表面的氧化物及硫酸鹽溶解，水中便增加這些物質的含量。這一過程可能需要2~5年方能看出其影響的結果。
間接污染舉例
例如，因降雨使大氣中的污染物質隨雨水流入江河水體之中，或者發酵性的有機物被微生物所分解，生成硫化氫和醛等；由一次污染物污染環境後，使自然界中某些化學組分由穩定、無害狀態變為某種有害狀態，進入環境造成新的污染；工業廢水與生活污染水中的酸與鹽類進入地下後，可使土中的鈣、鎂從難溶狀態的碳酸鈣、碳酸鎂，變為易溶態的鈣、鎂離子，這些鈣、鎂離子進入地下水，就使地下水硬度升高等，均屬間接污染。水俁病（甲基汞中毒）也是間接污染的實例。水俁病是由污染源排放的含汞廢水與甲醛或乙醛污水反應，或海水中的汞被顆粒物吸著沉降在海底，經由甲烷菌產生的甲烷作用，生成可溶性的氯化甲基汞，被生物積累，經食物鏈轉移到人體所引起的。氯化甲基汞比無機汞的毒性強，侵入到人的腦組織，會造成不可恢復的損害。間接污染對環境的和人體的危害往往比直接污染更為嚴重。
