目前，醫學院院本部分為兩個學區，金湖校區定位為基礎醫學教學區，人民東路校區為後期臨床教學區和門診部。學校辦學功能齊全，教學設施先進，建有醫學基礎醫學實驗中心、華夏護理實踐基地、臨床技能實訓中心、藥學技術實驗室等；並附設金華市健康諮詢與體檢中心、金華市醫學解剖中心、金華市護理技能培訓考核中心和農村衛生、肝病、不孕症、中藥資源研究與開發、血液病、天然藥物生物活性等六個研究所。學院開設了英語教育台，建立了校園網際網路。
醫學院下設醫學基礎部、護理專業、臨床醫學專業、醫學檢驗專業、藥學專業、中藥專業、康復治療專業、助產專業7個專業和繼續教育部、門診部。其中，護理專業為國家示範性高職院校重點建設專業，日前已與解放軍第二軍醫大學、英國蘭開夏中央大學和澳大利亞艾迪·科文大學緊密合作，聯合開展國際護理人才的培養項目和護理科學研究。臨床醫學專業為校重點建設專業。
醫學院堅持以社會需求為導向，注重對學生創新精神和實踐能力的培養。醫學院已向社會輸送近3000名大專生，畢業生深受用人單位的歡迎，有許多已成為醫學科技領域的專家、教授或學科帶頭人，還有40多名優秀畢業生考上研究生，成為醫學碩士、博士。
醫學院本著“以就業為先導，以學生為中心，以教育質量為核心，全面提高辦學水平”的辦學指導思想和“誠信、博思、求真、至善”的育人理念，積極探索多元化辦學之路，為形成高等醫學教育的自身特色奮力拚搏。
