專業設定
現設定有七年制臨床醫學專業（微無創方向）【此專業自2012年起正式由物理醫學方向更改為微無創方向】、五年制醫學影像學專業（物理醫學醫師方向）【此專業自2009年以後便不再招生】、五年制生物醫學工程專業（醫療器械方向）本科專業。已經形成了物理醫學醫師本科—碩士—博士—博士後和生物醫學工程本科—碩士—博士—博士後完整的人才培養體系。
學院榮譽
重慶醫科大學生物醫學工程學院是在重慶醫科大醫學超聲工程研究所的基礎上發展起來的，實行院（所）一體化管理。2002年12月，研究所被國家科技部批准為“省部（重慶市—科技部）共建國家重點實驗室”。2004年，經國家教育部批准，院（所）獲教育部“長江學者和創新團隊發展計畫”創新團隊稱號。同時，該院（所）是“國際超聲治療學會秘書處”、“中國超聲醫學工程學會治療委員會秘書處”的所在地。
教學科研
該院（所）以超聲治療學及相關的醫學、工程等交叉學科為研究領域，以超聲治療學為研究核心，初步建成了超聲治療領域學術、技術交流的平台，雲集了一批多學科交叉、醫工結合的科研隊伍。目前，該系共有博士生導師7名，碩士生導師10名，本科生專業教師19名，專業涉及生物醫學工程、腫瘤學、超聲治療學、電子學、計算機學、材料學、機械學等。已培養碩士研究生100餘名、博士研究生30名、博士後15名，在校本科生400名、碩士研究生70名、博士研究生10名、博士後8名。經過多年的發展，形成穩定的科研方向，包括超聲治療的套用基礎研究、超聲治療的臨床研究、醫學信號和圖像處理、胚胎與腫瘤的同源性研究等。
20餘年來，院（所）潛心於“高強度聚焦超聲(HIFU)技術”的工程理論與臨床研究，解決了阻礙HIFU無創治療技術發展的難題，即HIFU在組織內聚焦規律及劑量學等，首次提出“生物學焦域”概念等理論。通過對HIFU治療系統的最佳化、生物學效應研究、治療劑量研究、組織聲環境以及改變組織聲環境研究等，初步建立了超聲治療的基礎理論體系。
1997年12月，其研製的具有我國自主智慧財產權的大型醫療設備“高強度聚焦超聲腫瘤治療系統”（海扶超聲聚焦刀）正式運用於臨床。迄今為止，“海扶超聲聚焦刀”已在全國40餘家大型醫院投入使用，並遠渡重洋落戶英國、日本、韓國、新加坡等13個國家，成功治療了各類實體腫瘤患者1萬餘例。2005年6月28日，“海扶刀”取得了德國萊茵技術總公司頒發的歐盟（CE）認證。這是迄今為止世界唯一獲得該項認證的超聲監控的體外聚焦超聲治療設備，也是我國原始創新性大型醫療設備首次通過CE認證。
2002年8月，聚焦超聲婦科治療儀（海極星）研製成功並投放市場。全新的技術及概念，獨特的療效，對攻克婦科頑症—外陰白色病變、慢性宮頸炎等疾病開闢了一條新的治療途徑。迄今為止，“海極星”已在全國1000餘家醫院投入使用，數100萬餘例臨床病例證實，“海極星”有效率平均高達95%以上，療效顯著。
所獲獎項
近年來，該院（所）先後承擔了100餘項國家和地方科研項目，包括國家973計畫項目、國家十一五科技支撐計畫項目、國家自然科學基金委重點項目、傑出青年基金項目及多個面上項目，國家“九五”重點科技攻關項目，教育部創新團隊發展計畫項目等國家級項目50項，在國內外刊物上公開發表學術論文500餘篇，其中SCI論文30餘篇，主編了《治療超聲原理與套用》、《實用超聲治療學》，參編了第四、第五版《超聲醫學》HIFU篇章、《現代介入性超聲診斷與治療》。已獲2010年國家科技進步二等獎、2000年國家技術發明二等獎、“九五”國家重點科技攻關重大科技成果等、2000年重慶市科技進步一等獎、2005年重慶市技術發明一等獎、2009年重慶市科技進步一等獎等。已獲國際發明專利33件（共7個國家）、國內專利授權44件等。2001年5月，“首屆HIFU在醫學中的套用國際研討會”在中國重慶召開；2009年10月“首屆超聲無創治療國際高峰論壇”在中國重慶召開，這標誌著中國重慶在HIFU領域的基礎和臨床套用研究已走在了世界前列。
建設成果
2006年10月，經國家發改委批准，由重慶醫科大學及相關單位共同組建的“超聲醫療國家工程研究中心”正式投入使用，專門進行超聲治療設備的成果轉化，標誌著該領域上、中、下游完整的產業鏈已經形成，並將帶動我國原創醫療器械的發展。重慶醫科大學生物醫學工程系依託於“超聲醫療國家工程研究中心”辦學，實施產學研一體化教學，培養“實用化”人才。
在中國重慶的帶動下，世界範圍的超聲治療學專家對超聲無創治療技術的研究正在深入開展。英國牛津大學、美國哈佛大學等世界一流大學和研究機構的紛紛介入，讓我們看到超聲醫學工程技術及臨床套用的黃金時代即將到來。
